1HUH | Genus

Total Genus 68

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	68
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	DWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__648033486172614__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__648033486172614__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1huh/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__648033486172614__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"648033486172614","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1huh/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__648033486172614__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb5b61b60a6d9fd527ed39/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb5b61b60a6d9fd527ed39/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb5b61b60a6d9fd527ed39/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb5b61b60a6d9fd527ed39/pdb.gz): 74 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Differences in anionic inhibition of human carbonic anhydrase I revealed from the structures of iodide and gold cyanide inhibitor complexes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE I
total genus	68
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1993-10-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1huhA00

5DSQA 3MHCA 4MO8A 1HECA 5FL5A 5JG5B 1BV3A 3ML2A 4Q83A 2W2JA 5JQ0A 1CRAA 2NWYA 4Q07A 5CA2A 4DZ9A 2VVBX 4HT0A 4KV0A 1FQNA 4CNRA 3QYKA 3MNAA 3FE4A 3HKNA 4Q9YA 4XIXA 5E2RA 1DCBA 3ML5A 5JGSB 4QIYA 5DOGA 5J8ZA 3U47A 5DRSA 2WEGA 3KNEA 5G0BA 2GEHA 2CABA 3M96A 3OYQA 4CNWA 1IF9A 1FSQA 1RZBA 4PQ7A 5DOHA 4E9OX 3RZ5A 1ZSCA 1DMXA 4Q7SA 5FDIA 5LMDA 5DSOA 4IWZA 2Q1BA 4M2UA 5E2NA 3PJJA 4K13A 1YO0A 5FLTA 4QJMA 1F2WA 3SAXA 3MHLA 1I9PA 1G0FA 3N0NA 1H9QA 3NJ9A 4HT2A 3S73B 1UGGA 4Q06A 4QSBA 4HBAA 4ZAOA 3P4VA 4JSZA 4RUXA 4YGNA 5JEHB 1I9NA 3OILA 4QJPA 2FMZA 4ZWXA 4MLXA 5DSKA 3Q31A 3S76A 3MMFA 3RYXB 3DCWA 5AMDA 3M98A 1TBTX 1AZMA 1EOUA 1TB0X 3V3FA 3SBHA 2X7TA 4MDLA 1RZAA 4R59A 8CA2A 4YXUA 3MDZA 5SZ0A 4R5AA 3DCCA 2FOUA 3FFPX 3M67A 4Z1EA 4FU5A 1OKLA 1BNWA 2AW1A 5EKHA 5DSPA 1RJ5A 4Q0LA 2OSFA 1CANA 4RN4A 1ZSBA 1I9QA 4HU1A 4MLTA 1TH9A 2WEHA 1G45A 1LUGA 1XEGA 4E3FA 4HEZA 1TEQX 3RG4A 3M2ZA 2NNVA 4ZX1A 4XZ5A 2ZNCA 2Q38A 5FDCA 5FNGA 4KAPA 4QEFA 2NN7A 1CCTA 1HCBA 1CNKA 1CNWA 1BNQA 3B4FA 4CACA 4GL1X 1G52A 3HS4A 4LP6A 3JXGA 4K1QA 5JESB 5DSJA 1YDBA 1HVAA 4WUQA 3S9TA 1FSNA 2CBAA 4K0ZA 4PYXA 1CAOA 1IF6A 4Q7PA 3TVNX 3M14A 4E3HA 3P44A 1CZMA 4WUPA 1BICA 4WW8A 3MHMA 1BNNA 1CAZA 1ZSAA 2FNKA 4Q7WA 2FMGA 2WEOA 1UGAA 3MYQA 4Q6EA 1BN3A 5AMLA 3VBDA 1I9MA 1KOPA 1YDDA 3M1WA 5FL4A 1CVBA 4Z0QA 4YGJA 3D0NA 4QK3A 1JV0A 1CVAA 4LHIA 3S75B 1G1DA 1J9WA 2NWPA 3RZ7A 5EZTX 3F4XA 5SZ5A 4RH2A 1UGEA 2X7UA 4RUYA 1CALA 3OYSA 4YGKA 4YYTA 1RAZA 2FNNA 5DVXA 3S72B 3ZP9A 1HUHA 4RFDA 5BNLA 1XPZA 3OIMA 3DV7A 2NWOA 3MHIA 3P55A 1I9OA 3N4BA 1BNMA 3N2PA 1XQ0A 3UYQA 3RJ7A 1CCSA 3M3XA 4XIWA 1OKNA 1RZDA 3S97A 3K2FA 1FLJA 2HOCA 5FL6A 2CA2A 4YX4A 3P58A 2WEJA 3RGEA 4RFCA 2AX2A 1AVNA 4PYYA 3CYUA 3EFTA 1HEDA 4QK1A 3PYKA 3JXFA 4KNIA 1Z93A 1ZNCA 1I90A 5FLPA 3TVOX 3OKUA 5E2KA 3S74B 3RYVB 1LG5A 1G0EA 4K0TA 4YVYA 1CNGA 2POUA 3MHOA 5FNHA 4QJXA 2FNMA 3MNHA 4CNVA 1CAKA 1LG6A 4KNNA 4Q8ZA 1ZH9A 5EH5A 3NI5A 1CVDA 1IF7A 3JXHC 3KS3A 4Q87A 1CA3A 2NWZA 3IBUA 3K34A 4ZWIA 3DD0A 4ITOA 4PXXA 5BRWA 1BN1A 1YDCA 1FQRA 4Q99A 4QSAA 1CILA 1G6VA 3M2YA 1IF8A 4QJOA 4FPTA 3M2NA 1OQ5A 4N16A 3V2JA 1G53A 1G46A 5EKMA 1CNBA 3U7CA 4XFWA 1V9EA 5EHVA 1HEAA 1CNYA 1MOOA 3F7BA 4TWMA 3U45X 4QSJA 3MNKA 3S71B 3M04A 5DSLA 3CA2A 3P5AA 5FLRA 4FVNA 1UGCA 5BRVA 1H9NA 2EZ7A 4Z1JA 5JDVB 4DZ7A 4RIVA 1YO1A 6CA2A 2FW4A 5G03A 3IGPA 4G0CA 5E5RA 3BETA 2NXRA 4CA2A 3V7XA 3D8WA 1IF4A 3KOIA 1G54A 1FR4A 4ETQC 3D93A 1JCZA 1RJ6A 3DVCA 1TTMA 4C3TA 3RYJB 1CIMA 3MNIA 4FVOA 4XE1A 5E28A 4YWPA 4BF6A 1ZE8A 2CBCA 5E2SA 5E2MA 1G3ZA 3M5TA 3MNJA 2NN1A 2NNOA 3F8EA 4ZWZA 1CAYA 5CJFA 1G4OA 4KNJA 4RUZA 1I91A 2HL4A 5HPJA 1CVHA 1FQLA 3HFPA 1KWRA 3KOKA 1CNHA 4M2RA 3T83A 1Z9YA 2EU3A 1KWQA 4E3DA 3OIKA 2FOQA 4Q09A 5FNLA 1LZVA 3BL1A 5CLUA 3S8XA 3D92A 1V9IC 4KNMA 2H4NA 3RLDA 1BN4A 4ITPA 5CACA 2HD6A 5DSNA 1TG9A 3HKTA 4YGFA 3HLJA 4Y0JA 3IBLA 3MNUA 4BCWA 4E5QA 1UGDA 4Q8YA 3GZ0A 3R17B 1CNXA 4ZWYA 1BNUA 5DSMA 1HCAA 1KOQA 3KLDB 1BZMA 1THKA 5G01A 4E3GA 1CAHA 1I8ZA 3P3JA 4WL4A 1LGDA 1YO2A 3MZCA 5SZ4A 5FLSA 3P5LA 2QO8A 2NNGA 4KP8A 4JSWA 4QJ0A 4MTYA 7CA2A 4KUWA 1CNIA 3M2XA 5SZ6A 2WD2A 3T5UA 1FSRA 5SZ2A 3T85A 1G4JA 5JEGB 1BNVA 2CBBA 3S78B 3UYNA 2NXSA 3DC3A 4M2WA 3SBIA 4IDRX 1AM6A 5JG3B 4CNXA 4HEYA 3DVBA 4YXIA 4FL7A 4JS6A 5EHEA 2O4ZA 3K7KA 1RAYA 4RIUA 2HNCA 1TG3A 3B1BA 4QK2A 4QY3A 1YDAA 4Q08A 4Q81A 5SZ3A 1MUAA 1CINA 1CAJA 1ZFQA 1G48A 5BRUA 3DAZA 4ILXA 1XEVA 3M1QA 1UGBA 2GD8A 3DA2A 5EIJA 1BCDA 1HEBA 3KIGA 4MDMA 1JD0A 3V3JA 4YGLA 3PO6A 4Q7VA 2HKKA 3W6IA 1T9NA 5FNMA 4TWLA 3M1KA 2FOYA 2OSMA 3V3GB 3ZNCA 4Q6DA 1A42A 4FIKA 5DSRA 1RZCA 3IBIA 4WW6A 4LU3A 2QOAA 1I9LA 1DCAA 3IEOA 4PZHA 4WR7A 2HFWA 5SZ7A 2IT4A 4N0XB 5AMGA 3DC9A 1CVFA 3R16A 3RG3A 3RYYA 4L5VA 1ZGFA 3DD8A 1H4NA 3FW3A 2WD3A 3CZVA 5IPZA 3U3AX 1CAMA 2ILIA 4KUYA 3M40A 4QIZA 4X5SA 5C8IA 4K0SA 5FNKA 3TMJA 3OKVA 3IBNA 4Q90A 1URTA 1CA2A 1ZGEA 4JSSA 4L5WA 2NMXA 2VVAX 4QJWA 4CQ0A 1KEQA 5JEPB 1BNTA 2POVA 2X7SA 3C7PA 3L14A 1TEUX 4HEWA 5FNJA 3RZ8A 1CRMA 5EHWA 3DVDA 4Z1NA 2CBEA 5FLOA 3DCSA 5BYIA 3W6HA 3MWOA 3HKQA 1IF5A 4Q49A 3M1JA 4YXOA 2EU2A 5DSIA 3OY0A 1CVCA 5A6HA 1UGFA 3D9ZA 1Y7WA 3P3HA 4FRCA 4G7AA 4Q78A 1FQMA 2F14A 3T84A 3F7UA 3N3JA 3S77B 1TE3X 5E5UA 3BL0A 5A25A 4HF3A 3IAIA 3KWAA 5EOIA 4Q8XA 2NNSA 2FOSA 3T82A 1HUGA 1Z97A 1FR7A 3EFIA 4JSAA 2QP6A 3SAPA 1OKMA 4L5UA 5JGTB 5FLQA 5L6KA 3V5GA 3RZ1B 4MDGA 4QTLA 3CAJA 4QSIA 2Q1QA 2CBDA 3M5SA 3RZ0B 1CCUA 1RZEA 3M5EA 1ZFKA 5FNIA 2H15A 3V3HB 4Z1KA 4YHAA 5JQTA 9CA2A 5G0CA 3V2MA 2FOVA 4UOVA 5EH7A 3RYZA 3NB5A 4M2VA 3LXEA 5EH8A 3KKXA 2NXTA 1CNCA 4ZX0A 1CNJA 4COQA 4E4AA 4R5BA 3DBUA 5SZ1A 12CAA 2ABEA 3KONA 1CAIA 3V3IB 4E49A 1CVEA 5L3OA 1DMYA 4KUVA 3HKUA 5EKJA 2POWA 4BF1A 3T5ZA 4KP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DSQ A;  3MHC A;  4MO8 A;  1HEC A;  5FL5 A;  5JG5 B;  1BV3 A;  3ML2 A;  4Q83 A;  2W2J A;  5JQ0 A;  1CRA A;  2NWY A;  4Q07 A;  5CA2 A;  4DZ9 A;  2VVB X;  4HT0 A;  4KV0 A;  1FQN A;  4CNR A;  3QYK A;  3MNA A;  3FE4 A;  3HKN A;  4Q9Y A;  4XIX A;  5E2R A;  1DCB A;  3ML5 A;  5JGS B;  4QIY A;  5DOG A;  5J8Z A;  3U47 A;  5DRS A;  2WEG A;  3KNE A;  5G0B A;  2GEH A;  2CAB A;  3M96 A;  3OYQ A;  4CNW A;  1IF9 A;  1FSQ A;  1RZB A;  4PQ7 A;  5DOH A;  4E9O X;  3RZ5 A;  1ZSC A;  1DMX A;  4Q7S A;  5FDI A;  5LMD A;  5DSO A;  4IWZ A;  2Q1B A;  4M2U A;  5E2N A;  3PJJ A;  4K13 A;  1YO0 A;  5FLT A;  4QJM A;  1F2W A;  3SAX A;  3MHL A;  1I9P A;  1G0F A;  3N0N A;  1H9Q A;  3NJ9 A;  4HT2 A;  3S73 B;  1UGG A;  4Q06 A;  4QSB A;  4HBA A;  4ZAO A;  3P4V A;  4JSZ A;  4RUX A;  4YGN A;  5JEH B;  1I9N A;  3OIL A;  4QJP A;  2FMZ A;  4ZWX A;  4MLX A;  5DSK A;  3Q31 A;  3S76 A;  3MMF A;  3RYX B;  3DCW A;  5AMD A;  3M98 A;  1TBT X;  1AZM A;  1EOU A;  1TB0 X;  3V3F A;  3SBH A;  2X7T A;  4MDL A;  1RZA A;  4R59 A;  8CA2 A;  4YXU A;  3MDZ A;  5SZ0 A;  4R5A A;  3DCC A;  2FOU A;  3FFP X;  3M67 A;  4Z1E A;  4FU5 A;  1OKL A;  1BNW A;  2AW1 A;  5EKH A;  5DSP A;  1RJ5 A;  4Q0L A;  2OSF A;  1CAN A;  4RN4 A;  1ZSB A;  1I9Q A;  4HU1 A;  4MLT A;  1TH9 A;  2WEH A;  1G45 A;  1LUG A;  1XEG A;  4E3F A;  4HEZ A;  1TEQ X;  3RG4 A;  3M2Z A;  2NNV A;  4ZX1 A;  4XZ5 A;  2ZNC A;  2Q38 A;  5FDC A;  5FNG A;  4KAP A;  4QEF A;  2NN7 A;  1CCT A;  1HCB A;  1CNK A;  1CNW A;  1BNQ A;  3B4F A;  4CAC A;  4GL1 X;  1G52 A;  3HS4 A;  4LP6 A;  3JXG A;  4K1Q A;  5JES B;  5DSJ A;  1YDB A;  1HVA A;  4WUQ A;  3S9T A;  1FSN A;  2CBA A;  4K0Z A;  4PYX A;  1CAO A;  1IF6 A;  4Q7P A;  3TVN X;  3M14 A;  4E3H A;  3P44 A;  1CZM A;  4WUP A;  1BIC A;  4WW8 A;  3MHM A;  1BNN A;  1CAZ A;  1ZSA A;  2FNK A;  4Q7W A;  2FMG A;  2WEO A;  1UGA A;  3MYQ A;  4Q6E A;  1BN3 A;  5AML A;  3VBD A;  1I9M A;  1KOP A;  1YDD A;  3M1W A;  5FL4 A;  1CVB A;  4Z0Q A;  4YGJ A;  3D0N A;  4QK3 A;  1JV0 A;  1CVA A;  4LHI A;  3S75 B;  1G1D A;  1J9W A;  2NWP A;  3RZ7 A;  5EZT X;  3F4X A;  5SZ5 A;  4RH2 A;  1UGE A;  2X7U A;  4RUY A;  1CAL A;  3OYS A;  4YGK A;  4YYT A;  1RAZ A;  2FNN A;  5DVX A;  3S72 B;  3ZP9 A;  1HUH A;  4RFD A;  5BNL A;  1XPZ A;  3OIM A;  3DV7 A;  2NWO A;  3MHI A;  3P55 A;  1I9O A;  3N4B A;  1BNM A;  3N2P A;  1XQ0 A;  3UYQ A;  3RJ7 A;  1CCS A;  3M3X A;  4XIW A;  1OKN A;  1RZD A;  3S97 A;  3K2F A;  1FLJ A;  2HOC A;  5FL6 A;  2CA2 A;  4YX4 A;  3P58 A;  2WEJ A;  3RGE A;  4RFC A;  2AX2 A;  1AVN A;  4PYY A;  3CYU A;  3EFT A;  1HED A;  4QK1 A;  3PYK A;  3JXF A;  4KNI A;  1Z93 A;  1ZNC A;  1I90 A;  5FLP A;  3TVO X;  3OKU A;  5E2K A;  3S74 B;  3RYV B;  1LG5 A;  1G0E A;  4K0T A;  4YVY A;  1CNG A;  2POU A;  3MHO A;  5FNH A;  4QJX A;  2FNM A;  3MNH A;  4CNV A;  1CAK A;  1LG6 A;  4KNN A;  4Q8Z A;  1ZH9 A;  5EH5 A;  3NI5 A;  1CVD A;  1IF7 A;  3JXH C;  3KS3 A;  4Q87 A;  1CA3 A;  2NWZ A;  3IBU A;  3K34 A;  4ZWI A;  3DD0 A;  4ITO A;  4PXX A;  5BRW A;  1BN1 A;  1YDC A;  1FQR A;  4Q99 A;  4QSA A;  1CIL A;  1G6V A;  3M2Y A;  1IF8 A;  4QJO A;  4FPT A;  3M2N A;  1OQ5 A;  4N16 A;  3V2J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HUHA

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Chain Sequence

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