1I90 | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__982754801900245__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__982754801900245__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1i90/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__982754801900245__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"982754801900245","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1i90/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__982754801900245__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb54d1f0ea4c833a7852d5/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb54d1f0ea4c833a7852d5/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb54d1f0ea4c833a7852d5/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb54d1f0ea4c833a7852d5/pdb.gz): 792 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural aspects of isozyme selectivity in the binding of inhibitors to carbonic anhydrases II and IV. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2001-03-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1i90A00

4Q9YA 5FNGA 2X7UA 3U7CA 3IBUA 3P44A 3PJJA 4Q7VA 3KWAA 1UGBA 3TVNX 3UYQA 2CBAA 4KUYA 3HKUA 3S75B 4KUWA 1FQMA 4YX4A 1V9EA 4G7AA 5AMDA 4WW8A 2HNCA 3D0NA 3IEOA 4ITPA 1BNQA 1KOQA 1CALA 3L14A 4Q8XA 1AZMA 4LHIA 2CABA 1Z9YA 5BRVA 3S77B 1RJ5A 1I9MA 1CNIA 3MHIA 5DSPA 3R16A 2NXTA 2AW1A 4QY3A 4KP5A 4JSAA 5CA2A 3S8XA 5SZ2A 2NWPA 4HT0A 1CRAA 4BF1A 1CCUA 4HEWA 4GL1X 4QJXA 3IAIA 1UGDA 1H4NA 2FOVA 4X5SA 4HU1A 1YDBA 4QJMA 5JG5B 4RUYA 5BRWA 5EKMA 4FVOA 4RFCA 4RUZA 3JXHC 2AX2A 5E2NA 5G03A 1XQ0A 1BNUA 4Q81A 4Q6DA 4YGNA 4N16A 1RAZA 1UGCA 1OQ5A 4KUVA 4MDMA 3T82A 5E5UA 1LGDA 3S9TA 5FNJA 4N0XB 3P58A 4Q8YA 4E9OX 1CAKA 2QO8A 4MLTA 1G0EA 2H4NA 4L5UA 3D8WA 1HVAA 4XZ5A 2FOYA 1BICA 1CVCA 1G54A 3B4FA 3HKTA 3DD8A 2QP6A 4R59A 4TWLA 2GD8A 1OKMA 4JSSA 4QIZA 4YWPA 4CNWA 3S71B 5E2SA 3M1KA 2FNMA 2CBBA 1CA3A 3KNEA 3P5AA 3V3FA 1G6VA 1RZAA 1YDDA 2WEHA 3KLDB 1LUGA 3MHCA 5SZ4A 1TE3X 5JESB 2VVAX 4Q0LA 3M5SA 2WD3A 4Q78A 5CLUA 1MUAA 5E5RA 4QSAA 1CNYA 4QK3A 1FR4A 1IF8A 4YGJA 1HEDA 4YGKA 3DBUA 5FNHA 1TEUX 3MNKA 1BNTA 3M2ZA 1RJ6A 5AMLA 4FL7A 3M04A 4ZWZA 5FL6A 3M96A 1I9NA 3OYQA 4QSBA 3KONA 1XEGA 3HKQA 4MDLA 5FLTA 1CNJA 4Q49A 4KV0A 1BNVA 3P3HA 4FIKA 3K7KA 5FDCA 1TEQX 1TG9A 3MNIA 4QIYA 5DSRA 1IF5A 4PXXA 1ZE8A 3M5TA 3S76A 3VBDA 3EFTA 1CINA 3S78B 1I8ZA 1LG6A 2NNSA 4KNMA 3W6HA 2ILIA 4K0ZA 3D9ZA 1TG3A 5IPZA 2HKKA 1JV0A 3MDZA 3MYQA 3DA2A 5FDIA 5JEGB 3F7BA 1OKLA 4QJPA 3KIGA 3FFPX 4FVNA 4Q07A 1IF9A 3DV7A 4YXOA 3SBHA 3DCCA 3RZ5A 4RFDA 1FLJA 5C8IA 1MOOA 1TB0X 4MDGA 3T84A 1H9NA 3S72B 1LZVA 3SBIA 1A42A 1I9LA 3MWOA 3JXGA 4CQ0A 4M2WA 3SAPA 3ZP9A 1CAOA 1I9QA 3M40A 3KOIA 3M1WA 1CVEA 1CANA 1URTA 3M5EA 5JDVB 5SZ1A 1HEBA 4ITOA 2Q1BA 1KWRA 3V3JA 5SZ6A 3EFIA 1THKA 4K13A 2POUA 4G0CA 1KOPA 2CA2A 1G52A 3C7PA 3GZ0A 3OKVA 4IWZA 4YGFA 1YDCA 5EKJA 1ZFKA 1YO0A 12CAA 1CAZA 5J8ZA 1ZSAA 3S97A 1CNKA 5FLOA 3BL1A 3RZ8A 1HEAA 1ZH9A 3D92A 1HECA 1CAYA 1TTMA 2NN7A 1CIMA 4ETQC 5DSQA 1YO1A 5FNIA 4E3DA 4E3GA 3JXFA 5EHVA 5SZ5A 1YO2A 1CAMA 2NWZA 5DSJA 3F8EA 1HCAA 2NNGA 3V3HB 5DOGA 1JCZA 5FLRA 4ZWYA 3HKNA 1BZMA 3DD0A 4IDRX 3P55A 4C3TA 3HLJA 1CNBA 3CZVA 3N0NA 5EKHA 5BYIA 1I90A 3N2PA 1G0FA 2WEOA 3IBLA 1BN3A 1G48A 2NWYA 2NNVA 5FLSA 3DVCA 4KP8A 2WD2A 5FNMA 1AVNA 2ZNCA 1EOUA 1BCDA 1CZMA 1ZSCA 2FOUA 2OSMA 4K0TA 5DSNA 3U47A 3B1BA 5L6KA 3P4VA 3OILA 1CA2A 4JSZA 4KNIA 1HUGA 3OKUA 3RYVB 2FOQA 4XIXA 4ZWXA 4YXUA 1V9IC 4YHAA 3HS4A 1CNCA 1LG5A 1CVHA 4E49A 4E3FA 4E5QA 4WW6A 3MHLA 3LXEA 2WEGA 7CA2A 4Q7WA 1DCBA 1CAIA 4Q90A 4ZAOA 3IBIA 5DRSA 1TBTX 5L3OA 1IF4A 4RN4A 3D93A 5DSLA 3IBNA 1DCAA 1KWQA 4YYTA 4Z0QA 1ZGFA 1Z93A 4JS6A 2NNOA 2VVBX 1BN4A 3K34A 4LU3A 5DOHA 5EH7A 3TVOX 3T5UA 1G3ZA 4HF3A 5EHEA 4QSJA 4Q06A 5FLPA 3V3GB 1Z97A 3FE4A 2CBDA 1UGEA 3OIMA 1XPZA 2GEHA 3PYKA 4QEFA 3DAZA 1H9QA 3CYUA 1I9PA 3MZCA 4Q87A 4Q8ZA 4CNXA 5FLQA 2EZ7A 5SZ7A 1DMYA 3MNJA 4M2UA 1T9NA 4QK2A 4R5BA 3V7XA 4QJOA 1HUHA 2NXRA 5E28A 4COQA 4LP6A 5DSOA 1CVFA 4MO8A 5EH5A 3OIKA 3DVDA 2X7SA 4Q7PA 3RYJB 1G45A 5CJFA 4QSIA 1FQLA 4K1QA 1XEVA 4FRCA 1CVDA 5EH8A 4CACA 5DVXA 1F2WA 5G0BA 9CA2A 3DC9A 2CBCA 1I91A 1CNHA 2NWOA 2EU3A 6CA2A 5CACA 3DC3A 5E2MA 3T83A 5FNLA 4Q08A 3M2NA 5DSKA 2Q38A 4WUPA 1I9OA 3S74B 5BRUA 5DSIA 5JGTB 3ML5A 1BNWA 8CA2A 2FNNA 1CNWA 3NB5A 2HOCA 1AM6A 1DMXA 3BL0A 3F7UA 1FSNA 1ZGEA 1G4OA 1RZDA 3RGEA 1CCTA 4Y0JA 3P5LA 3RZ1B 1BNMA 3M2XA 3KOKA 4QJWA 2X7TA 4YXIA 3RJ7A 3T85A 1G1DA 2FOSA 3MMFA 2FMGA 1CVBA 4E3HA 3M98A 3MHMA 5A25A 4BF6A 1CRMA 1OKNA 3NI5A 4QTLA 5E2RA 1RZEA 3N4BA 3HFPA 2W2JA 2NN1A 5FL4A 3RZ7A 2HFWA 2O4ZA 1G53A 3K2FA 1HCBA 1UGFA 4ZX0A 3V3IB 2FMZA 1Y7WA 4KNNA 1FSQA 4K0SA 4PYYA 3M1QA 3TMJA 1FSRA 3OYSA 3RYZA 2POVA 4HT2A 4WL4A 4XIWA 5EHWA 3V5GA 3BETA 3DCWA 4QJ0A 4ILXA 1UGGA 3RLDA 4PYXA 3RG3A 4CNVA 2QOAA 5LMDA 3FW3A 5EZTX 3RYYA 1KEQA 1ZFQA 5FL5A 4M2VA 5SZ0A 2CBEA 2HD6A 4TWMA 3V2MA 1IF6A 4RH2A 1CVAA 1CNGA 3RG4A 5A6HA 1CAJA 3PO6A 2Q1QA 1ZSBA 5SZ3A 1CNXA 4HBAA 1G4JA 1FQNA 1ZNCA 3N3JA 4M2RA 3ML2A 5JG3B 5G01A 4PZHA 3M67A 1CAHA 3M1JA 2POWA 4MLXA 4CA2A 4XFWA 5E2KA 1RZCA 2OSFA 1FR7A 4DZ9A 4R5AA 4L5WA 5JQTA 4Q09A 3KKXA 4WUQA 5BNLA 3QYKA 3M14A 1CILA 4WR7A 3V2JA 3M3XA 5HPJA 4CNRA 4Q6EA 1G46A 3T5ZA 5EOIA 3DVBA 2H15A 5EIJA 3IGPA 3M2YA 1J9WA 1JD0A 2ABEA 3U45X 3F4XA 2FW4A 4HEZA 1BV3A 4Z1JA 4FU5A 4QK1A 4RIUA 3MHOA 4Q7SA 3ZNCA 3P3JA 4Q83A 4UOVA 3U3AX 4ZWIA 2EU2A 5G0CA 3OY0A 4Q99A 3UYNA 2FNKA 2WEJA 3KS3A 4BCWA 3MNUA 1TH9A 3NJ9A 2IT4A 1IF7A 5DSMA 3SAXA 3S73B 4KNJA 5JGSB 2NXSA 4Z1NA 4KAPA 4FPTA 1RZBA 4ZX1A 3RZ0B 4Z1KA 4RUXA 2NMXA 5JEPB 2F14A 5JQ0A 4L5VA 1YDAA 5JEHB 4YVYA 4Z1EA 4DZ7A 3CA2A 3RYXB 1CCSA 4JSWA 3R17B 1RAYA 3W6IA 4MTYA 4E4AA 1BN1A 5FNKA 4YGLA 3CAJA 3Q31A 2HL4A 4XE1A 4PQ7A 5AMGA 1UGAA 3MNAA 4HEYA 3DCSA 1FQRA 3MNHA 1BNNA 4RIVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q9Y A;  5FNG A;  2X7U A;  3U7C A;  3IBU A;  3P44 A;  3PJJ A;  4Q7V A;  3KWA A;  1UGB A;  3TVN X;  3UYQ A;  2CBA A;  4KUY A;  3HKU A;  3S75 B;  4KUW A;  1FQM A;  4YX4 A;  1V9E A;  4G7A A;  5AMD A;  4WW8 A;  2HNC A;  3D0N A;  3IEO A;  4ITP A;  1BNQ A;  1KOQ A;  1CAL A;  3L14 A;  4Q8X A;  1AZM A;  4LHI A;  2CAB A;  1Z9Y A;  5BRV A;  3S77 B;  1RJ5 A;  1I9M A;  1CNI A;  3MHI A;  5DSP A;  3R16 A;  2NXT A;  2AW1 A;  4QY3 A;  4KP5 A;  4JSA A;  5CA2 A;  3S8X A;  5SZ2 A;  2NWP A;  4HT0 A;  1CRA A;  4BF1 A;  1CCU A;  4HEW A;  4GL1 X;  4QJX A;  3IAI A;  1UGD A;  1H4N A;  2FOV A;  4X5S A;  4HU1 A;  1YDB A;  4QJM A;  5JG5 B;  4RUY A;  5BRW A;  5EKM A;  4FVO A;  4RFC A;  4RUZ A;  3JXH C;  2AX2 A;  5E2N A;  5G03 A;  1XQ0 A;  1BNU A;  4Q81 A;  4Q6D A;  4YGN A;  4N16 A;  1RAZ A;  1UGC A;  1OQ5 A;  4KUV A;  4MDM A;  3T82 A;  5E5U A;  1LGD A;  3S9T A;  5FNJ A;  4N0X B;  3P58 A;  4Q8Y A;  4E9O X;  1CAK A;  2QO8 A;  4MLT A;  1G0E A;  2H4N A;  4L5U A;  3D8W A;  1HVA A;  4XZ5 A;  2FOY A;  1BIC A;  1CVC A;  1G54 A; 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 4FVN A;  4Q07 A;  1IF9 A;  3DV7 A;  4YXO A;  3SBH A;  3DCC A;  3RZ5 A;  4RFD A;  1FLJ A;  5C8I A;  1MOO A;  1TB0 X;  4MDG A;  3T84 A;  1H9N A;  3S72 B;  1LZV A;  3SBI A;  1A42 A;  1I9L A;  3MWO A;  3JXG A;  4CQ0 A;  4M2W A;  3SAP A;  3ZP9 A;  1CAO A;  1I9Q A;  3M40 A;  3KOI A;  3M1W A;  1CVE A;  1CAN A;  1URT A;  3M5E A;  5JDV B;  5SZ1 A;  1HEB A;  4ITO A;  2Q1B A;  1KWR A;  3V3J A;  5SZ6 A;  3EFI A;  1THK A;  4K13 A;  2POU A;  4G0C A;  1KOP A;  2CA2 A;  1G52 A;  3C7P A;  3GZ0 A;  3OKV A;  4IWZ A;  4YGF A;  1YDC A;  5EKJ A;  1ZFK A;  1YO0 A;  12CA A;  1CAZ A;  5J8Z A;  1ZSA A;  3S97 A;  1CNK A;  5FLO A;  3BL1 A;  3RZ8 A;  1HEA A;  1ZH9 A;  3D92 A;  1HEC A;  1CAY A;  1TTM A;  2NN7 A;  1CIM A;  4ETQ C;  5DSQ A;  1YO1 A;  5FNI A;  4E3D A;  4E3G A;  3JXF A;  5EHV A;  5SZ5 A;  1YO2 A;  1CAM A;  2NWZ A;  5DSJ A;  3F8E A;  1HCA A;  2NNG A;  3V3H B;  5DOG A;  1JCZ A;  5FLR A;  4ZWY A;  3HKN A;  1BZM A;  3DD0 A;  4IDR X;  3P55 A;  4C3T A;  3HLJ A;  1CNB A;  3CZV A;  3N0N A;  5EKH A;  5BYI A;  1I90 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1I90A

Total Genus

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Chain Sequence

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