1I9L | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDVGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__071407949303534__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__071407949303534__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1i9l/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__071407949303534__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"071407949303534","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1i9l/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__071407949303534__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb60ebb60a6d9fd527eef5/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb60ebb60a6d9fd527eef5/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb60ebb60a6d9fd527eef5/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb60ebb60a6d9fd527eef5/pdb.gz): 583 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Fluoroaromatic-fluoroaromatic interactions between inhibitors bound in the crystal lattice of human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	72
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2001-03-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1i9lA00

1BN4A 4K0ZA 3D92A 1Z9YA 3LXEA 4QJOA 3M14A 2W2JA 5JEPB 1CAIA 3M5TA 3RG3A 1HVAA 4XZ5A 1CVHA 2WEOA 4PYYA 5L3OA 4YGNA 1TBTX 2FNKA 4Q07A 3MMFA 5EKJA 1J9WA 1F2WA 3KIGA 3P44A 4Q0LA 3CYUA 3M96A 4KUVA 4ZWYA 1RJ6A 3IGPA 4Q81A 1CIMA 1I9LA 1H9NA 3M2ZA 1CAHA 3DD0A 4DZ9A 1RAZA 4Q90A 2NWOA 2HKKA 3MHMA 4XE1A 3M1QA 2X7UA 5SZ6A 4C3TA 1UGDA 3HS4A 3UYQA 1JD0A 1EOUA 1XEGA 3NI5A 3PYKA 5E2KA 1CRAA 1G1DA 3DAZA 2NN1A 2POVA 4GL1X 4LU3A 5FNMA 3Q31A 1CVAA 4QK3A 1G0EA 1ZNCA 5DSPA 3T5UA 1CNCA 4XFWA 3RZ0B 3MNAA 4HF3A 1DMYA 3FE4A 1G6VA 4Z0QA 5DSQA 4YGFA 1HUGA 4CACA 2WD2A 1BV3A 4QSBA 4RUXA 4Q8ZA 4ZX0A 5EH5A 4YXIA 1Y7WA 4L5VA 5E5RA 5EZTX 3K7KA 1BCDA 1DCAA 2NNOA 3FW3A 4WR7A 2NXSA 1CNKA 1LZVA 3GZ0A 5DSNA 1ZGFA 1G45A 3BL1A 4ILXA 3RYVB 4RFDA 3M98A 2FMZA 4Q78A 3IEOA 3P5AA 1ZGEA 2GEHA 4MDMA 1AM6A 5EIJA 4KP8A 4Q08A 4Z1JA 3R16A 4QY3A 1UGEA 5BRWA 1TEQX 1G3ZA 1V9IC 5EKMA 1ZSAA 2POWA 1I9NA 4YVYA 1CVBA 2NNGA 4Q8YA 4Z1KA 5JGSB 2CBAA 3DC3A 5CJFA 5SZ4A 3SAPA 1LG5A 3M5SA 4MDGA 5E2RA 3C7PA 1CAKA 5FL6A 3F8EA 3RYZA 4COQA 1CAOA 4Q7WA 4JS6A 1CCTA 1CANA 3FFPX 3ML2A 3N0NA 1FSQA 2OSFA 3DCWA 1AZMA 3ML5A 3MNUA 2X7TA 4PXXA 1HEDA 5E2MA 2IT4A 3HKQA 5FLRA 5BRVA 5SZ5A 1HCBA 1RZAA 1XQ0A 3MZCA 5EH7A 4YHAA 2FOVA 4M2UA 3DCSA 3W6HA 4E3DA 4YXOA 3V5GA 4HT2A 5DOHA 2NN7A 1HEBA 1FQMA 5DSLA 4HU1A 2EU2A 5E2NA 5EKHA 5FNHA 2X7SA 1KOQA 4CNVA 4K0SA 1FQNA 4Q87A 4WW6A 1IF4A 3BL0A 4PQ7A 4QJ0A 4KUWA 3S97A 2VVBX 4FVOA 1YDDA 4G7AA 4QEFA 4BF1A 4CNRA 4FL7A 5FNIA 1YO2A 3MHCA 5SZ7A 3KWAA 1CAYA 1G53A 4YGLA 1G48A 4QJPA 3MWOA 3T83A 5AMGA 1G4JA 4QTLA 4WUPA 5L6KA 4PZHA 5C8IA 2FNNA 3EFTA 2NNVA 8CA2A 3S72B 2VVAX 3PJJA 5EHVA 4HT0A 4UOVA 3QYKA 1CNWA 3RYXB 5FNKA 3JXHC 3S9TA 1I9OA 3KNEA 3P3HA 3IBNA 5EH8A 4Q83A 3RYJB 1IF7A 1IF8A 4Z1NA 2NXTA 3P5LA 2FNMA 4YXUA 3T5ZA 3K34A 1BNWA 3T84A 2FOYA 5A6HA 2NXRA 1H9QA 2Q1QA 3M1WA 2H15A 4QSJA 5AMLA 1CVCA 3V7XA 4KNMA 3DCCA 4QK1A 5BNLA 1BN1A 1IF6A 1G54A 1LG6A 3DD8A 2FOSA 3CA2A 1LGDA 1FQRA 1KOPA 4TWLA 1CNJA 1MOOA 3OKUA 1BNNA 3M3XA 1V9EA 3V2MA 3M1KA 1CA3A 3MDZA 4QK2A 3KONA 3RZ8A 4FIKA 2HD6A 1BNUA 4PYXA 4RN4A 1CNYA 1I9QA 1T9NA 3V3IB 1I9PA 4E4AA 5E2SA 1ZSCA 2O4ZA 3B1BA 4ZWIA 4E3HA 1UGBA 5G0BA 3MHOA 3SAXA 5DSIA 1IF9A 3MNJA 4XIWA 4RH2A 1ZFQA 1FR4A 2HNCA 3HLJA 3D0NA 1FQLA 1ZE8A 3U7CA 4MLXA 1CCSA 3DVBA 4DZ7A 1CNHA 4HEYA 5G01A 3S71B 3M40A 2CBEA 4KAPA 5EHWA 1BNMA 1CVEA 2CBCA 3KS3A 4QIYA 4XIXA 1I91A 1FSNA 1CAJA 3R17B 4JSWA 1CNGA 1G0FA 4YYTA 4Q6EA 5EOIA 4LP6A 3M1JA 3S78B 1UGAA 4Q9YA 4CQ0A 1CA2A 2Q1BA 1RZCA 4HBAA 6CA2A 5FL4A 3V2JA 2EZ7A 1FSRA 2ILIA 1BN3A 3MHIA 1RZEA 1YO0A 1TB0X 1G52A 3S77B 1XPZA 4QJWA 3M2YA 3DV7A 5SZ3A 3MYQA 1DMXA 4RUZA 4FRCA 3HKTA 3P3JA 3BETA 3HFPA 1G4OA 5G03A 1URTA 5DSKA 3DBUA 5FNJA 2NWYA 2HL4A 3CAJA 2FW4A 1IF5A 4M2VA 1UGFA 4Q06A 3M67A 9CA2A 1RZBA 3OYQA 2POUA 4FVNA 4Q6DA 3IBIA 2ZNCA 4Q8XA 2CBDA 3MNHA 1CNIA 3D9ZA 3PO6A 5JQ0A 1OKMA 5JQTA 3F7UA 3U47A 4MDLA 4FPTA 4CNXA 1TE3X 4M2WA 1CINA 3P4VA 3T82A 1CILA 3IBLA 2FOUA 3S75B 4N0XB 2NWZA 5FLPA 4Z1EA 1TTMA 4K0TA 4YGKA 1FR7A 3KKXA 1CZMA 4KV0A 3UYNA 4K13A 5LMDA 3SBHA 4E3GA 3RZ1B 4WUQA 4QIZA 2QO8A 1CCUA 3TVNX 3RJ7A 4JSSA 4X5SA 1BZMA 4BF6A 4ZAOA 3M2XA 5G0CA 3RZ5A 4WL4A 2Q38A 1TEUX 4Q49A 2FMGA 3S8XA 4BCWA 1LUGA 2CABA 4L5WA 4QJMA 5SZ1A 4Q99A 1YDBA 5FLQA 2WEJA 2NNSA 3P55A 5CLUA 12CAA 5JESB 3NJ9A 3RYYA 1OKLA 3F7BA 1CNXA 3M04A 3IBUA 3N4BA 2H4NA 3EFIA 1FLJA 4KP5A 4E9OX 4ZWZA 4Y0JA 1BNVA 4IDRX 5FLTA 3OIMA 1H4NA 5CACA 3DVCA 1CALA 3CZVA 4JSAA 4ZWXA 5DSOA 2HFWA 1XEVA 2NMXA 3N2PA 5DSMA 4ZX1A 1I8ZA 1BICA 4ITPA 3DVDA 2AX2A 4MTYA 3U3AX 5SZ2A 3JXGA 3L14A 5FLOA 1I90A 3KLDB 1YO1A 2NWPA 3IAIA 1JCZA 4KUYA 4E3FA 5BYIA 2GD8A 2WEHA 1ZSBA 3HKUA 5FLSA 1UGCA 1HECA 4ETQC 5IPZA 3T85A 5FL5A 4E5QA 3N3JA 2HOCA 3JXFA 1RJ5A 3U45X 4R5AA 3OYSA 4L5UA 2AW1A 1TG3A 3TVOX 1DCBA 3RGEA 3ZP9A 1BNQA 4LHIA 3V3FA 1MUAA 3RLDA 5A25A 2WEGA 3D8WA 1CRMA 3D93A 5J8ZA 2CA2A 4TWMA 4M2RA 5JDVB 5FDCA 5FNGA 1JV0A 4HEWA 1HUHA 1RAYA 3RG4A 1RZDA 1CAZA 3MNIA 3VBDA 5JEHB 1TG9A 1Z93A 1ZFKA 4IWZA 5JGTB 1KEQA 3NB5A 1I9MA 4N16A 1AVNA 3MHLA 2FOQA 4RIVA 3OKVA 4YWPA 4QSIA 3S74B 5HPJA 4Q7VA 5JEGB 4FU5A 4RIUA 4HEZA 3KOKA 4KNNA 2QP6A 1UGGA 5DVXA 4JSZA 5E5UA 4MO8A 1HEAA 4CNWA 4R59A 3MNKA 1BNTA 3HKNA 4RUYA 4CA2A 2EU3A 3P58A 5EHEA 5JG5B 3W6IA 1OKNA 2ABEA 5DOGA 3TMJA 4R5BA 1TH9A 3OY0A 5BRUA 1A42A 5JG3B 5FNLA 2CBBA 5DRSA 3V3GB 2WD3A 4QSAA 4KNJA 1CAMA 3OILA 5E28A 5DSRA 1OQ5A 3F4XA 4YX4A 3K2FA 4WW8A 2OSMA 4E49A 3S76A 3B4FA 3ZNCA 5CA2A 1THKA 4G0CA 4YGJA 5SZ0A 3M5EA 3S73B 3V3HB 1CVFA 2F14A 2QOAA 3RZ7A 3OIKA 5FDIA 4MLTA 4RFCA 4Q7SA 4QJXA 1KWQA 4ITOA 4K1QA 3DC9A 1Z97A 3V3JA 1HCAA 1ZH9A 3SBIA 5DSJA 1CNBA 4KNIA 4Q09A 4Q7PA 1CVDA 3KOIA 3M2NA 3DA2A 1KWRA 7CA2A 1G46A 1YDCA 1YDAA 5AMDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BN4 A;  4K0Z A;  3D92 A;  1Z9Y A;  3LXE A;  4QJO A;  3M14 A;  2W2J A;  5JEP B;  1CAI A;  3M5T A;  3RG3 A;  1HVA A;  4XZ5 A;  1CVH A;  2WEO A;  4PYY A;  5L3O A;  4YGN A;  1TBT X;  2FNK A;  4Q07 A;  3MMF A;  5EKJ A;  1J9W A;  1F2W A;  3KIG A;  3P44 A;  4Q0L A;  3CYU A;  3M96 A;  4KUV A;  4ZWY A;  1RJ6 A;  3IGP A;  4Q81 A;  1CIM A;  1I9L A;  1H9N A;  3M2Z A;  1CAH A;  3DD0 A;  4DZ9 A;  1RAZ A;  4Q90 A;  2NWO A;  2HKK A;  3MHM A;  4XE1 A;  3M1Q A;  2X7U A;  5SZ6 A;  4C3T A;  1UGD A;  3HS4 A;  3UYQ A;  1JD0 A;  1EOU A;  1XEG A;  3NI5 A;  3PYK A;  5E2K A;  1CRA A;  1G1D A;  3DAZ A;  2NN1 A;  2POV A;  4GL1 X;  4LU3 A;  5FNM A;  3Q31 A;  1CVA A;  4QK3 A;  1G0E A;  1ZNC A;  5DSP A;  3T5U A;  1CNC A;  4XFW A;  3RZ0 B;  3MNA A;  4HF3 A;  1DMY A;  3FE4 A;  1G6V A;  4Z0Q A;  5DSQ A;  4YGF A;  1HUG A;  4CAC A;  2WD2 A;  1BV3 A;  4QSB A;  4RUX A;  4Q8Z A;  4ZX0 A;  5EH5 A;  4YXI A;  1Y7W A;  4L5V A;  5E5R A;  5EZT X;  3K7K A;  1BCD A;  1DCA A;  2NNO A;  3FW3 A;  4WR7 A;  2NXS A;  1CNK A;  1LZV A;  3GZ0 A;  5DSN A;  1ZGF A;  1G45 A;  3BL1 A;  4ILX A;  3RYV B;  4RFD A;  3M98 A;  2FMZ A;  4Q78 A;  3IEO A;  3P5A A;  1ZGE A;  2GEH A;  4MDM A;  1AM6 A;  5EIJ A;  4KP8 A;  4Q08 A;  4Z1J A;  3R16 A;  4QY3 A;  1UGE A;  5BRW A;  1TEQ X;  1G3Z A;  1V9I C;  5EKM A;  1ZSA A;  2POW A;  1I9N A;  4YVY A;  1CVB A;  2NNG A;  4Q8Y A;  4Z1K A;  5JGS B;  2CBA A;  3DC3 A;  5CJF A;  5SZ4 A;  3SAP A;  1LG5 A;  3M5S A;  4MDG A;  5E2R A;  3C7P A;  1CAK A;  5FL6 A;  3F8E A;  3RYZ A;  4COQ A;  1CAO A;  4Q7W A;  4JS6 A;  1CCT A;  1CAN A;  3FFP X;  3ML2 A;  3N0N A;  1FSQ A;  2OSF A;  3DCW A;  1AZM A;  3ML5 A;  3MNU A;  2X7T A;  4PXX A;  1HED A;  5E2M A;  2IT4 A;  3HKQ A;  5FLR A;  5BRV A;  5SZ5 A;  1HCB A;  1RZA A;  1XQ0 A;  3MZC A;  5EH7 A;  4YHA A;  2FOV A;  4M2U A;  3DCS A;  3W6H A;  4E3D A;  4YXO A;  3V5G A;  4HT2 A;  5DOH A;  2NN7 A;  1HEB A;  1FQM A;  5DSL A;  4HU1 A;  2EU2 A;  5E2N A;  5EKH A;  5FNH A;  2X7S A;  1KOQ A;  4CNV A;  4K0S A;  1FQN A;  4Q87 A;  4WW6 A;  1IF4 A;  3BL0 A;  4PQ7 A;  4QJ0 A;  4KUW A;  3S97 A;  2VVB X;  4FVO A;  1YDD A;  4G7A A;  4QEF A;  4BF1 A;  4CNR A;  4FL7 A;  5FNI A;  1YO2 A;  3MHC A;  5SZ7 A;  3KWA A;  1CAY A;  1G53 A;  4YGL A;  1G48 A;  4QJP A;  3MWO A;  3T83 A;  5AMG A;  1G4J A;  4QTL A;  4WUP A;  5L6K A;  4PZH A;  5C8I A;  2FNN A;  3EFT A;  2NNV A;  8CA2 A;  3S72 B;  2VVA X;  3PJJ A;  5EHV A;  4HT0 A;  4UOV A;  3QYK A;  1CNW A;  3RYX B;  5FNK A;  3JXH C;  3S9T A;  1I9O A;  3KNE A;  3P3H A;  3IBN A;  5EH8 A;  4Q83 A;  3RYJ B;  1IF7 A;  1IF8 A;  4Z1N A;  2NXT A;  3P5L A;  2FNM A;  4YXU A;  3T5Z A;  3K34 A;  1BNW A;  3T84 A;  2FOY A;  5A6H A;  2NXR A;  1H9Q A;  2Q1Q A;  3M1W A;  2H15 A;  4QSJ A;  5AML A;  1CVC A;  3V7X A;  4KNM A;  3DCC A;  4QK1 A;  5BNL A;  1BN1 A;  1IF6 A;  1G54 A;  1LG6 A;  3DD8 A;  2FOS A;  3CA2 A;  1LGD A;  1FQR A;  1KOP A;  4TWL A;  1CNJ A;  1MOO A;  3OKU A;  1BNN A;  3M3X A;  1V9E A;  3V2M A;  3M1K A;  1CA3 A;  3MDZ A;  4QK2 A;  3KON A;  3RZ8 A;  4FIK A;  2HD6 A;  1BNU A;  4PYX A;  4RN4 A;  1CNY A;  1I9Q A;  1T9N A;  3V3I B;  1I9P A;  4E4A A;  5E2S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1I9LA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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