1IF8 | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6873827719164303__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6873827719164303__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1if8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6873827719164303__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6873827719164303","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1if8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6873827719164303__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Combinatorial computational method gives new picomolar ligands for a known enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	72
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2001-04-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1if8A00

1CIMA 1H4NA 4ILXA 4HT2A 4X5SA 4ZWIA 4KAPA 4L5UA 4QY3A 4CACA 2FNKA 5DOGA 1I9OA 1T9NA 1HEBA 2NN7A 4ZX0A 3DBUA 3RYZA 2GEHA 3DVBA 4HU1A 5E2RA 5FLQA 1OKNA 1KWRA 3L14A 5DRSA 5JQ0A 1UGCA 3M2YA 2HOCA 3DVCA 3S9TA 4L5VA 2ZNCA 3M14A 4YGFA 2WEGA 4HT0A 2Q1QA 1RAZA 1V9IC 4YXIA 2FOQA 5SZ2A 4LHIA 4PYYA 2FMGA 1I9QA 5DSKA 4E9OX 1KWQA 2NWZA 5JESB 1CVBA 4Z1KA 2IT4A 3R16A 5E2KA 4Q90A 4R5AA 1JCZA 5BYIA 1TTMA 5BNLA 4QEFA 4Q7PA 1CNBA 5IPZA 3D92A 3K34A 4CNRA 3U45X 3RG4A 4YYTA 1KOPA 1ZE8A 3S73B 3MDZA 3IBNA 3V3JA 4ETQC 3BL0A 4K1QA 3OIMA 1YDAA 3MHOA 3M1WA 4BF6A 3KOIA 1G48A 5EH7A 3N4BA 1I9NA 3M1KA 5JG3B 1UGEA 1YO1A 4CA2A 3D93A 1G1DA 2CBCA 1FQMA 1G0FA 1HUHA 3U47A 1G46A 1THKA 3DC3A 3M67A 5BRWA 3CYUA 4YWPA 2AW1A 1FQLA 3MWOA 3RLDA 3M5EA 4Q07A 3T5ZA 3SBIA 5EZTX 4QSJA 3RYJB 3M3XA 4E3HA 4Z1NA 4RFDA 4MLTA 3RZ5A 3HKQA 2EU3A 1CAKA 3F4XA 1FR7A 3MNHA 2CABA 1DMXA 4K13A 4WUPA 3DC9A 3OYQA 5EHWA 4RFCA 4QK3A 3V2JA 4RN4A 5E2SA 1UGGA 5FL4A 4L5WA 4Q09A 3MNKA 1YO0A 1UGBA 4HF3A 5E5UA 1CANA 3HKTA 5EKHA 1LG5A 1CAZA 2QOAA 5CA2A 5DSOA 3HKNA 3K7KA 3KWAA 5EHVA 1FSRA 2VVAX 4QTLA 4KNIA 1MUAA 4DZ7A 4WW6A 1TEUX 5DSJA 2F14A 1OQ5A 2QO8A 3KIGA 4KP8A 4Q49A 4QJ0A 4BCWA 3MHMA 3TVOX 3V7XA 1MOOA 1CA3A 1RAYA 1CNGA 4E3DA 3M1JA 3P5AA 1BNUA 3DA2A 1CVEA 3EFTA 1J9WA 4LP6A 5DSIA 4JSWA 2Q1BA 1CVAA 3KLDB 5JEHB 3B1BA 4N16A 3N2PA 1KEQA 1CAIA 2EU2A 5DSMA 4FVNA 3OKUA 4Z0QA 5SZ3A 3V5GA 4KV0A 3PYKA 4YGJA 4QIYA 3M1QA 4QJWA 2NMXA 1CNJA 4Q7SA 4WW8A 4Z1JA 3P58A 1IF7A 3C7PA 3M2ZA 4M2WA 5FNKA 1CNXA 1Z9YA 5E5RA 5FNLA 4ZWZA 1TE3X 3MNJA 4YGNA 1AVNA 5L3OA 3SAXA 1EOUA 2H15A 1CAYA 5DSQA 1FSQA 3V3HB 4WL4A 4KUVA 5SZ4A 1KOQA 1BV3A 3P55A 2W2JA 1BNQA 1IF8A 3D0NA 5EHEA 1CZMA 4FL7A 1URTA 3S97A 3OIKA 2Q38A 4E5QA 5A25A 3U7CA 1YO2A 3OKVA 4YXOA 3RZ1B 4E3GA 5DOHA 4ZAOA 4KNNA 3IBIA 1LG6A 1CAOA 2HNCA 4Q8YA 1AM6A 4KNMA 1ZGEA 2H4NA 3FFPX 3V3FA 3S78B 5FNMA 3W6HA 3P44A 3JXHC 2WEJA 3OY0A 3P3JA 2EZ7A 5G01A 5AMDA 4DZ9A 4M2RA 4QK1A 2FOSA 3MNAA 3SBHA 3TMJA 5BRUA 2NWYA 3JXGA 3RGEA 1FR4A 3MHIA 3P4VA 5SZ5A 4QK2A 2HL4A 1HECA 1CNHA 1G54A 4Q81A 1CRMA 3T83A 3V2MA 8CA2A 5JQTA 3DVDA 3W6IA 4M2UA 3U3AX 4Q08A 2X7SA 3KNEA 4Q83A 4MLXA 5FLOA 2CBDA 3ZNCA 4WUQA 5E28A 1BNVA 3S71B 5JG5B 3V3IB 5SZ7A 5DSRA 3S8XA 2WD3A 3M40A 1IF4A 4XFWA 2GD8A 4ZWXA 4COQA 1RZBA 4R59A 4E4AA 1V9EA 1CNWA 2POWA 1RZDA 3MMFA 3ML2A 1RZEA 5G03A 4E49A 4Q8XA 4QJOA 1CVHA 5JGSB 1BICA 3KONA 5LMDA 3N3JA 3NI5A 1G0EA 1G45A 3RYYA 3OILA 4ITOA 4LU3A 1BN3A 1YDDA 1ZH9A 2NNSA 5DSNA 5A6HA 3D9ZA 3S76A 1TH9A 3JXFA 1CINA 4XIXA 3GZ0A 5EH8A 1G53A 4ZWYA 1YDCA 4MO8A 3FW3A 4YXUA 1FLJA 2HFWA 1DMYA 5BRVA 1ZFKA 3FE4A 1CNYA 2X7UA 1CA2A 3BL1A 3IBUA 2NNGA 2OSFA 4KUYA 4WR7A 4GL1X 4CNXA 3P3HA 4KUWA 5HPJA 4Q87A 5AMGA 1JV0A 4HEWA 3M5TA 3T85A 7CA2A 1FQNA 5EIJA 4MDGA 2FOYA 3DCWA 1CVFA 5FL5A 1CCUA 1IF5A 5DSLA 3S77B 4FIKA 4YHAA 3F7UA 3HKUA 2WEHA 3M04A 1HEDA 1CNKA 2O4ZA 1HCBA 4K0SA 4QSAA 2CA2A 3P5LA 5C8IA 5FL6A 1IF9A 5E2MA 4CNVA 3S74B 1BZMA 2NWOA 3M96A 1G4JA 1YDBA 3V3GB 5FNGA 3VBDA 3KS3A 4Q6EA 3MZCA 5CJFA 5AMLA 1ZFQA 1TG9A 5J8ZA 1CRAA 1CVCA 1CVDA 4QSBA 3UYQA 4ZX1A 4XE1A 4MDMA 5EH5A 3ZP9A 4G7AA 1A42A 1JD0A 4HEZA 4BF1A 3RJ7A 3MHLA 3S75B 3PO6A 4Y0JA 1TBTX 1HCAA 4HEYA 4Q8ZA 4CNWA 3HLJA 3B4FA 5FNHA 5JEPB 3RZ7A 4RUYA 3CA2A 4Z1EA 2NXTA 1IF6A 1TG3A 2OSMA 1TEQX 4N0XB 1CNIA 1F2WA 2AX2A 4QSIA 1FQRA 1BN4A 1ZNCA 1LZVA 5SZ0A 4ITPA 5FDIA 5EOIA 3T82A 3M2XA 3SAPA 6CA2A 5SZ6A 4JSZA 1XEGA 4Q9YA 1BCDA 1HUGA 2CBBA 2X7TA 3RZ8A 2NWPA 4M2VA 5FLTA 1H9NA 1HVAA 3EFIA 5FNIA 4YX4A 5JGTB 5L6KA 4PXXA 5CLUA 1G3ZA 2CBAA 1G6VA 2NNOA 4FPTA 2FOUA 2POUA 5CACA 4KNJA 5G0BA 3MYQA 1HEAA 2FNMA 5FLRA 4FRCA 3NB5A 1G52A 1LGDA 1XPZA 3S72B 4XIWA 3DD0A 4CQ0A 1BNNA 1CNCA 5E2NA 5FDCA 4YGLA 3IBLA 4KP5A 4QJMA 2ABEA 4K0ZA 1ZSAA 4MDLA 5EKMA 4Q6DA 3ML5A 4C3TA 1AZMA 1ZSCA 4Q06A 4QIZA 3CAJA 4XZ5A 3T5UA 2NXRA 1UGDA 4UOVA 1I9LA 4YVYA 3RZ0B 3BETA 4MTYA 2VVBX 4Q7VA 9CA2A 1CCTA 3R17B 1LUGA 3DCSA 4JSAA 3IEOA 2FW4A 3RG3A 4RIVA 1XEVA 5FLSA 1XQ0A 3IGPA 1RJ5A 2HKKA 3M2NA 1RJ6A 3K2FA 2HD6A 1BNWA 4TWLA 3RYXB 2WEOA 4Q0LA 4G0CA 1FSNA 1CAJA 4HBAA 4FU5A 4PZHA 2NN1A 1DCAA 4FVOA 4RIUA 3DCCA 5DSPA 3D8WA 12CAA 3F8EA 3DD8A 1I8ZA 4IDRX 4Q7WA 4YGKA 5EKJA 3UYNA 1I9PA 3IAIA 2FNNA 1Z93A 3RYVB 1RZAA 3T84A 4K0TA 4PQ7A 3N0NA 2FOVA 3Q31A 4PYXA 5G0CA 3F7BA 1I90A 4Q78A 5FLPA 1TB0X 3MNIA 3HS4A 4RUZA 2CBEA 3M5SA 2QP6A 1OKMA 1ZSBA 1H9QA 3NJ9A 3QYKA 1Z97A 2ILIA 1CCSA 4TWMA 4E3FA 4RUXA 1CALA 2WD2A 4Q99A 1UGAA 2POVA 5FNJA 3OYSA 1BNMA 1UGFA 2NXSA 2NNVA 3TVNX 3HFPA 1Y7WA 3DAZA 4JS6A 1ZGFA 3CZVA 1CILA 2FMZA 4IWZA 3MHCA 3DV7A 3MNUA 5JDVB 3PJJA 3M98A 1I9MA 4RH2A 1G4OA 3KOKA 4QJPA 1BN1A 1BNTA 1RZCA 1DCBA 5SZ1A 3LXEA 4JSSA 1CAHA 5JEGB 1CAMA 1OKLA 4QJXA 3KKXA 5DVXA 1I91A 4R5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CIM A;  1H4N A;  4ILX A;  4HT2 A;  4X5S A;  4ZWI A;  4KAP A;  4L5U A;  4QY3 A;  4CAC A;  2FNK A;  5DOG A;  1I9O A;  1T9N A;  1HEB A;  2NN7 A;  4ZX0 A;  3DBU A;  3RYZ A;  2GEH A;  3DVB A;  4HU1 A;  5E2R A;  5FLQ A;  1OKN A;  1KWR A;  3L14 A;  5DRS A;  5JQ0 A;  1UGC A;  3M2Y A;  2HOC A;  3DVC A;  3S9T A;  4L5V A;  2ZNC A;  3M14 A;  4YGF A;  2WEG A;  4HT0 A;  2Q1Q A;  1RAZ A;  1V9I C;  4YXI A;  2FOQ A;  5SZ2 A;  4LHI A;  4PYY A;  2FMG A;  1I9Q A;  5DSK A;  4E9O X;  1KWQ A;  2NWZ A;  5JES B;  1CVB A;  4Z1K A;  2IT4 A;  3R16 A;  5E2K A;  4Q90 A;  4R5A A;  1JCZ A;  5BYI A;  1TTM A;  5BNL A;  4QEF A;  4Q7P A;  1CNB A;  5IPZ A;  3D92 A;  3K34 A;  4CNR A;  3U45 X;  3RG4 A;  4YYT A;  1KOP A;  1ZE8 A;  3S73 B;  3MDZ A;  3IBN A;  3V3J A;  4ETQ C;  3BL0 A;  4K1Q A;  3OIM A;  1YDA A;  3MHO A;  3M1W A;  4BF6 A;  3KOI A;  1G48 A;  5EH7 A;  3N4B A;  1I9N A;  3M1K A;  5JG3 B;  1UGE A;  1YO1 A;  4CA2 A;  3D93 A;  1G1D A;  2CBC A;  1FQM A;  1G0F A;  1HUH A;  3U47 A;  1G46 A;  1THK A;  3DC3 A;  3M67 A;  5BRW A;  3CYU A;  4YWP A;  2AW1 A;  1FQL A;  3MWO A;  3RLD A;  3M5E A;  4Q07 A;  3T5Z A;  3SBI A;  5EZT X;  4QSJ A;  3RYJ B;  3M3X A;  4E3H A;  4Z1N A;  4RFD A;  4MLT A;  3RZ5 A;  3HKQ A;  2EU3 A;  1CAK A;  3F4X A;  1FR7 A;  3MNH A;  2CAB A;  1DMX A;  4K13 A;  4WUP A;  3DC9 A;  3OYQ A;  5EHW A;  4RFC A;  4QK3 A;  3V2J A;  4RN4 A;  5E2S A;  1UGG A;  5FL4 A;  4L5W A;  4Q09 A;  3MNK A;  1YO0 A;  1UGB A;  4HF3 A;  5E5U A;  1CAN A;  3HKT A;  5EKH A;  1LG5 A;  1CAZ A;  2QOA A;  5CA2 A;  5DSO A;  3HKN A;  3K7K A;  3KWA A;  5EHV A;  1FSR A;  2VVA X;  4QTL A;  4KNI A;  1MUA A;  4DZ7 A;  4WW6 A;  1TEU X;  5DSJ A;  2F14 A;  1OQ5 A;  2QO8 A;  3KIG A;  4KP8 A;  4Q49 A;  4QJ0 A;  4BCW A;  3MHM A;  3TVO X;  3V7X A;  1MOO A;  1CA3 A;  1RAY A;  1CNG A;  4E3D A;  3M1J A;  3P5A A;  1BNU A;  3DA2 A;  1CVE A;  3EFT A;  1J9W A;  4LP6 A;  5DSI A;  4JSW A;  2Q1B A;  1CVA A;  3KLD B;  5JEH B;  3B1B A;  4N16 A;  3N2P A;  1KEQ A;  1CAI A;  2EU2 A;  5DSM A;  4FVN A;  3OKU A;  4Z0Q A;  5SZ3 A;  3V5G A;  4KV0 A;  3PYK A;  4YGJ A;  4QIY A;  3M1Q A;  4QJW A;  2NMX A;  1CNJ A;  4Q7S A;  4WW8 A;  4Z1J A;  3P58 A;  1IF7 A;  3C7P A;  3M2Z A;  4M2W A;  5FNK A;  1CNX A;  1Z9Y A;  5E5R A;  5FNL A;  4ZWZ A;  1TE3 X;  3MNJ A;  4YGN A;  1AVN A;  5L3O A;  3SAX A;  1EOU A;  2H15 A;  1CAY A;  5DSQ A;  1FSQ A;  3V3H B;  4WL4 A;  4KUV A;  5SZ4 A;  1KOQ A;  1BV3 A;  3P55 A;  2W2J A;  1BNQ A;  1IF8 A;  3D0N A;  5EHE A;  1CZM A;  4FL7 A;  1URT A;  3S97 A;  3OIK A;  2Q38 A;  4E5Q A;  5A25 A;  3U7C A;  1YO2 A;  3OKV A;  4YXO A;  3RZ1 B;  4E3G A;  5DOH A;  4ZAO A;  4KNN A;  3IBI A;  1LG6 A;  1CAO A;  2HNC A;  4Q8Y A;  1AM6 A;  4KNM A;  1ZGE A;  2H4N A;  3FFP X;  3V3F A;  3S78 B;  5FNM A;  3W6H A;  3P44 A;  3JXH C;  2WEJ A;  3OY0 A;  3P3J A;  2EZ7 A;  5G01 A;  5AMD A;  4DZ9 A;  4M2R A;  4QK1 A;  2FOS A;  3MNA A;  3SBH A;  3TMJ A;  5BRU A;  2NWY A;  3JXG A;  3RGE A;  1FR4 A;  3MHI A;  3P4V A;  5SZ5 A;  4QK2 A;  2HL4 A;  1HEC A;  1CNH A;  1G54 A;  4Q81 A;  1CRM A;  3T83 A;  3V2M A;  8CA2 A;  5JQT A;  3DVD A;  3W6I A;  4M2U A;  3U3A X;  4Q08 A;  2X7S A;  3KNE A;  4Q83 A;  4MLX A;  5FLO A;  2CBD A;  3ZNC A;  4WUQ A;  5E28 A;  1BNV A;  3S71 B;  5JG5 B;  3V3I B;  5SZ7 A;  5DSR A;  3S8X A;  2WD3 A;  3M40 A;  1IF4 A;  4XFW A;  2GD8 A;  4ZWX A;  4COQ A;  1RZB A;  4R59 A;  4E4A A;  1V9E A;  1CNW A;  2POW A;  1RZD A;  3MMF A;  3ML2 A;  1RZE A;  5G03 A;  4E49 A;  4Q8X A;  4QJO A;  1CVH A;  5JGS B;  1BIC A;  3KON A;  5LMD A;  3N3J A;  3NI5 A;  1G0E A;  1G45 A;  3RYY A;  3OIL A;  4ITO A;  4LU3 A;  1BN3 A;  1YDD A;  1ZH9 A;  2NNS A;  5DSN A;  5A6H A;  3D9Z A;  3S76 A;  1TH9 A;  3JXF A;  1CIN A;  4XIX A;  3GZ0 A;  5EH8 A;  1G53 A;  4ZWY A;  1YDC A;  4MO8 A;  3FW3 A;  4YXU A;  1FLJ A;  2HFW A;  1DMY A;  5BRV A;  1ZFK A;  3FE4 A;  1CNY A;  2X7U A;  1CA2 A;  3BL1 A;  3IBU A;  2NNG A;  2OSF A;  4KUY A;  4WR7 A;  4GL1 X;  4CNX A;  3P3H A;  4KUW A;  5HPJ A;  4Q87 A;  5AMG A;  1JV0 A;  4HEW A;  3M5T A;  3T85 A;  7CA2 A;  1FQN A;  5EIJ A;  4MDG A;  2FOY A;  3DCW A;  1CVF A;  5FL5 A;  1CCU A;  1IF5 A;  5DSL A;  3S77 B;  4FIK A;  4YHA A;  3F7U A;  3HKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1IF8A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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