1JV0 | Genus

Total Genus 68

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	68
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	DWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFRVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__066966818915462__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__066966818915462__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1jv0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__066966818915462__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"066966818915462","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1jv0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__066966818915462__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb679116189a02f7c99f3d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb679116189a02f7c99f3d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb679116189a02f7c99f3d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb679116189a02f7c99f3d/pdb.gz): 592 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of a zinc-activated variant of human carbonic anhydrase I, CA I Michigan 1: evidence for a second zinc binding site involving arginine coordination pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE I
total genus	68
structure length	257
sequence length	257
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2001-08-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1jv0A00

3RG4A 3T5ZA 5JEPB 1I9OA 5LMDA 4Q07A 1CNXA 3HLJA 4K0TA 1YDBA 3C7PA 3V3GB 3BETA 4WW6A 1RZAA 3K34A 1FSQA 3KNEA 5EH8A 2HNCA 3S74B 4Q09A 1CVDA 4LP6A 2WD3A 1XPZA 2FOYA 1HECA 3ZP9A 3T85A 4CQ0A 1J9WA 2NNSA 4Q90A 5DSMA 1RAYA 4HEZA 5CA2A 1OKNA 3UYNA 2NWZA 1THKA 1XEVA 4Q0LA 5FNJA 1CNGA 3IBNA 3OKUA 1RZDA 5FL5A 1AZMA 1CVHA 1HUGA 1XQ0A 3T83A 3HS4A 4CACA 3DA2A 1RZCA 1UGDA 4M2VA 3RYYA 2ZNCA 4KNIA 4MLXA 1Y7WA 3F7BA 4Q8XA 5EOIA 4E5QA 7CA2A 2NXSA 4MTYA 1LGDA 5DVXA 4XZ5A 3M1WA 4KV0A 1TEQX 3S72B 3TVOX 3M1QA 4Q99A 5FDIA 4Y0JA 3D8WA 4KNMA 4XFWA 2EU2A 2NN7A 4BCWA 1AM6A 3DBUA 4K0ZA 1DMXA 5DSIA 4ZAOA 5G03A 3CZVA 4MLTA 5EKJA 1CCUA 2Q38A 1G48A 5DSRA 3DCWA 4CA2A 1CNIA 3IBUA 2POUA 4KAPA 1LUGA 1IF7A 2POWA 1H9QA 4Q87A 5E28A 1FQMA 3HFPA 5FLTA 4ZX0A 2Q1QA 5SZ4A 4QK2A 3RZ0B 4Z1EA 1I9QA 1DCBA 3RZ8A 4RIUA 4RUZA 3P5AA 1IF9A 1EOUA 4JSZA 3QYKA 3RZ5A 2GD8A 2AW1A 3V3HB 3U7CA 3W6IA 1CNKA 4MDGA 2CBDA 4YGNA 5DSQA 1TBTX 2QO8A 5FLSA 3HKNA 4MO8A 3DD8A 4QJOA 1BN1A 1I9NA 5FL6A 5AMDA 3S97A 2FMGA 4YXIA 4E3HA 5EIJA 5DSJA 5J8ZA 1CIMA 3M5TA 1I9LA 3RGEA 1HCBA 2X7UA 5JQTA 4M2RA 1MOOA 2QP6A 3SAPA 3P44A 4ZWXA 2FW4A 1IF8A 1CNHA 4PYYA 1BNNA 1XEGA 5BYIA 1G45A 4YGLA 3MHOA 1G6VA 2OSMA 4FL7A 2HOCA 3MMFA 1DCAA 4Q78A 4GL1X 4HEYA 4CNVA 4K13A 5E5RA 1CCSA 1I9MA 5JGTB 1BNUA 2VVBX 1G4JA 2FOUA 4M2UA 3MNIA 4WL4A 4L5VA 4QJMA 3JXHC 5IPZA 2FOVA 3M3XA 3OILA 4CNWA 1TG3A 3IAIA 4Q7SA 1G46A 4FRCA 3KOKA 1KWRA 3SBHA 4KUYA 5L6KA 1V9IC 5E2RA 3M14A 3RYXB 3KONA 3R16A 5EHEA 1FR4A 1OKMA 3NJ9A 1Z97A 3MHCA 4G7AA 1UGEA 5BRUA 2HFWA 5CJFA 6CA2A 4HT0A 3FW3A 4FU5A 1T9NA 5SZ6A 3T82A 2IT4A 5E2KA 1UGBA 3D0NA 3M1KA 1BN4A 4MDMA 1LZVA 1UGGA 2VVAX 1FSNA 3NB5A 4L5UA 1CA3A 4YX4A 4HF3A 2WD2A 3IBIA 3RJ7A 3T5UA 2CBCA 3DC3A 3CYUA 3MNJA 1YDDA 5FDCA 4Z0QA 3MHIA 5CLUA 1YO2A 3IEOA 4QJXA 1CVAA 4QSIA 3M96A 2X7SA 1IF6A 5FNGA 5AMGA 1HEBA 3MHMA 3TMJA 3V2MA 1CNWA 2W2JA 1UGAA 4Q7VA 2CA2A 2HKKA 4YGFA 1G54A 5FNHA 4RH2A 5JESB 4LHIA 3CAJA 1JCZA 1TG9A 5HPJA 3N4BA 3V5GA 5JEGB 3MNAA 3LXEA 4Q06A 4DZ7A 3V7XA 1TH9A 3MNUA 2NWYA 1CNJA 1ZGFA 2EU3A 3RYZA 1H4NA 3D93A 4IDRX 3IGPA 1RZBA 3TVNX 1ZE8A 1HUHA 3PO6A 2NWOA 1G3ZA 3DVDA 1CRMA 3S76A 2NXRA 1RJ5A 1CNCA 1LG5A 1KOPA 4RUXA 3B4FA 4R5BA 3OIKA 5A25A 4Q8ZA 3NI5A 5BNLA 1CCTA 5FLOA 3S73B 2ILIA 2NN1A 1I90A 3M2YA 3S77B 2NWPA 5FLRA 1I8ZA 4KNJA 3M04A 4DZ9A 1URTA 3R17B 4E9OX 5JG5B 2HL4A 1OKLA 5BRVA 5E2MA 4Q7WA 1TEUX 3M98A 2FNKA 5FNLA 4ZWIA 3F4XA 3KOIA 5E5UA 2NNGA 3U47A 8CA2A 3S78B 4R5AA 3M67A 3HKTA 5SZ2A 2H4NA 4WUQA 3D9ZA 2CBBA 4KP8A 5A6HA 4TWLA 1FQLA 4K0SA 3V3FA 5EKHA 1KOQA 3EFIA 1CAZA 4G0CA 4WR7A 5DSLA 5BRWA 3M5EA 4YWPA 3RYVB 1MUAA 1BZMA 5JQ0A 1HCAA 1YDCA 1TB0X 5EH5A 2FNNA 4MDLA 3SBIA 2POVA 5FLPA 3SAXA 2F14A 2FMZA 1CRAA 3HKUA 5FNKA 4RIVA 4PZHA 4YGKA 3FFPX 3P4VA 1YO0A 1F2WA 4QSAA 3DCCA 3JXFA 4WW8A 1CA2A 3MNHA 4YHAA 4Z1JA 3RLDA 3UYQA 3RZ1B 4Z1KA 1BNWA 1G4OA 1ZSBA 3DCSA 2X7TA 5SZ7A 1TE3X 3MDZA 2CBAA 4WUPA 3D92A 1AVNA 4LU3A 3P3HA 3HKQA 4QSJA 3P55A 1H9NA 1ZSAA 3ZNCA 2FNMA 3KLDB 1CAMA 4RFCA 3OY0A 1LG6A 3P5LA 4Q83A 4M2WA 4PQ7A 1G0EA 1BV3A 3MHLA 1OQ5A 5EH7A 1ZGEA 5JEHB 4ILXA 4QSBA 5EZTX 5FNMA 4PXXA 9CA2A 4TWMA 3L14A 4Q08A 4KP5A 4E3GA 4E3FA 4YXOA 4Z1NA 1FQRA 2Q1BA 3KKXA 3M2NA 2FOQA 2WEHA 3K7KA 1RZEA 4Q6EA 1YO1A 3KIGA 3T84A 3PJJA 1IF5A 4FIKA 1JV0A 4FPTA 3OYQA 1CNBA 4JSAA 5SZ5A 3S9TA 4XIWA 5SZ3A 4RFDA 1V9EA 5CACA 1CAJA 1ZNCA 3K2FA 5AMLA 4Q49A 4N16A 1G52A 1RJ6A 4ZWYA 2QOAA 1BNMA 4C3TA 5DSPA 2ABEA 3P58A 5SZ0A 4HEWA 2NMXA 5JG3B 1CVBA 4FVNA 1CZMA 1CALA 5SZ1A 3S71B 4QTLA 4ZWZA 3U3AX 2H15A 3MZCA 4QIZA 4RN4A 3DV7A 1UGFA 1Z9YA 1G53A 3VBDA 1HEAA 1BNVA 4E3DA 5DSOA 1KWQA 2FOSA 1CAYA 2NNVA 4QIYA 1YDAA 4BF6A 3BL0A 3KS3A 5DOGA 1RAZA 3DVBA 1CAIA 1FQNA 1CVEA 3V3JA 5FNIA 1BNTA 4XE1A 3S75B 4KUWA 3KWAA 3ML2A 4Q7PA 3OIMA 2NNOA 4KUVA 2O4ZA 1HEDA 2EZ7A 2CBEA 4QJPA 5G0BA 4K1QA 5DRSA 1ZH9A 12CAA 1BICA 3V3IB 1CAKA 3F8EA 5L3OA 5DSNA 3N2PA 4QK3A 3U45X 4CNXA 1KEQA 4YYTA 5E2SA 4E4AA 4ZX1A 2OSFA 4COQA 1TTMA 3GZ0A 3DAZA 4JSWA 4KNNA 1BCDA 4YVYA 1FLJA 1G0FA 5DOHA 4Q8YA 4X5SA 3JXGA 1IF4A 3M2ZA 2GEHA 3W6HA 1CAHA 1G1DA 5E2NA 4ITPA 4Q6DA 1JD0A 1ZFQA 2CABA 4HU1A 5FLQA 4PYXA 4JSSA 3OKVA 1ZFKA 4ETQC 2HD6A 3V2JA 1I91A 1A42A 3DVCA 3IBLA 3DD0A 3M40A 3N0NA 3M5SA 4E49A 1ZSCA 2WEGA 2WEOA 4QY3A 1FR7A 3MYQA 4RUYA 3M1JA 3BL1A 4BF1A 3OYSA 5FL4A 3RZ7A 3S8XA 1CVFA 4JS6A 5G01A 1UGCA 1CVCA 2AX2A 1BNQA 3CA2A 3B1BA 4IWZA 1BN3A 3DC9A 3F7UA 1CILA 4HBAA 4QJWA 5C8IA 5JGSB 3N3JA 2WEJA 4UOVA 1DMYA 4XIXA 2NXTA 5JDVB 5G0CA 1CAOA 4L5WA 4N0XB 3P3JA 3MWOA 4YXUA 4FVOA 5DSKA 1HVAA 4YGJA 3Q31A 4QK1A 1CANA 5EKMA 4Q81A 3RYJB 4R59A 5EHVA 4Q9YA 1CNYA 3PYKA 3ML5A 4QJ0A 3EFTA 4QEFA 1FSRA 5EHWA 3FE4A 4HT2A 1CINA 3RG3A 3MNKA 1Z93A 3M2XA 4ITOA 1I9PA 4CNRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RG4 A;  3T5Z A;  5JEP B;  1I9O A;  5LMD A;  4Q07 A;  1CNX A;  3HLJ A;  4K0T A;  1YDB A;  3C7P A;  3V3G B;  3BET A;  4WW6 A;  1RZA A;  3K34 A;  1FSQ A;  3KNE A;  5EH8 A;  2HNC A;  3S74 B;  4Q09 A;  1CVD A;  4LP6 A;  2WD3 A;  1XPZ A;  2FOY A;  1HEC A;  3ZP9 A;  3T85 A;  4CQ0 A;  1J9W A;  2NNS A;  4Q90 A;  5DSM A;  1RAY A;  4HEZ A;  5CA2 A;  1OKN A;  3UYN A;  2NWZ A;  1THK A;  1XEV A;  4Q0L A;  5FNJ A;  1CNG A;  3IBN A;  3OKU A;  1RZD A;  5FL5 A;  1AZM A;  1CVH A;  1HUG A;  1XQ0 A;  3T83 A;  3HS4 A;  4CAC A;  3DA2 A;  1RZC A;  1UGD A;  4M2V A;  3RYY A;  2ZNC A;  4KNI A;  4MLX A;  1Y7W A;  3F7B A;  4Q8X A;  5EOI A;  4E5Q A;  7CA2 A;  2NXS A;  4MTY A;  1LGD A;  5DVX A;  4XZ5 A;  3M1W A;  4KV0 A;  1TEQ X;  3S72 B;  3TVO X;  3M1Q A;  4Q99 A;  5FDI A;  4Y0J A;  3D8W A;  4KNM A;  4XFW A;  2EU2 A;  2NN7 A;  4BCW A;  1AM6 A;  3DBU A;  4K0Z A;  1DMX A;  5DSI A;  4ZAO A;  5G03 A;  3CZV A;  4MLT A;  5EKJ A;  1CCU A;  2Q38 A;  1G48 A;  5DSR A;  3DCW A;  4CA2 A;  1CNI A;  3IBU A;  2POU A;  4KAP A;  1LUG A;  1IF7 A;  2POW A;  1H9Q A;  4Q87 A;  5E28 A;  1FQM A;  3HFP A;  5FLT A;  4ZX0 A;  2Q1Q A;  5SZ4 A;  4QK2 A;  3RZ0 B;  4Z1E A;  1I9Q A;  1DCB A;  3RZ8 A;  4RIU A;  4RUZ A;  3P5A A;  1IF9 A;  1EOU A;  4JSZ A;  3QYK A;  3RZ5 A;  2GD8 A;  2AW1 A;  3V3H B;  3U7C A;  3W6I A;  1CNK A;  4MDG A;  2CBD A;  4YGN A;  5DSQ A;  1TBT X;  2QO8 A;  5FLS A;  3HKN A;  4MO8 A;  3DD8 A;  4QJO A;  1BN1 A;  1I9N A;  5FL6 A;  5AMD A;  3S97 A;  2FMG A;  4YXI A;  4E3H A;  5EIJ A;  5DSJ A;  5J8Z A;  1CIM A;  3M5T A;  1I9L A;  3RGE A;  1HCB A;  2X7U A;  5JQT A;  4M2R A;  1MOO A;  2QP6 A;  3SAP A;  3P44 A;  4ZWX A;  2FW4 A;  1IF8 A;  1CNH A;  4PYY A;  1BNN A;  1XEG A;  5BYI A;  1G45 A;  4YGL A;  3MHO A;  1G6V A;  2OSM A;  4FL7 A;  2HOC A;  3MMF A;  1DCA A;  4Q78 A;  4GL1 X;  4HEY A;  4CNV A;  4K13 A;  5E5R A;  1CCS A;  1I9M A;  5JGT B;  1BNU A;  2VVB X;  1G4J A;  2FOU A;  4M2U A;  3MNI A;  4WL4 A;  4L5V A;  4QJM A;  3JXH C;  5IPZ A;  2FOV A;  3M3X A;  3OIL A;  4CNW A;  1TG3 A;  3IAI A;  4Q7S A;  1G46 A;  4FRC A;  3KOK A;  1KWR A;  3SBH A;  4KUY A;  5L6K A;  1V9I C;  5E2R A;  3M14 A;  3RYX B;  3KON A;  3R16 A;  5EHE A;  1FR4 A;  1OKM A;  3NJ9 A;  1Z97 A;  3MHC A;  4G7A A;  1UGE A;  5BRU A;  2HFW A;  5CJF A;  6CA2 A;  4HT0 A;  3FW3 A;  4FU5 A;  1T9N A;  5SZ6 A;  3T82 A;  2IT4 A;  5E2K A;  1UGB A;  3D0N A;  3M1K A;  1BN4 A;  4MDM A;  1LZV A;  1UGG A;  2VVA X;  1FSN A;  3NB5 A;  4L5U A;  1CA3 A;  4YX4 A;  4HF3 A;  2WD2 A;  3IBI A;  3RJ7 A;  3T5U A;  2CBC A;  3DC3 A;  3CYU A;  3MNJ A;  1YDD A;  5FDC A;  4Z0Q A;  3MHI A;  5CLU A;  1YO2 A;  3IEO A;  4QJX A;  1CVA A;  4QSI A;  3M96 A;  2X7S A;  1IF6 A;  5FNG A;  5AMG A;  1HEB A;  3MHM A;  3TMJ A;  3V2M A;  1CNW A;  2W2J A;  1UGA A;  4Q7V A;  2CA2 A;  2HKK A;  4YGF A;  1G54 A;  5FNH A;  4RH2 A;  5JES B;  4LHI A;  3CAJ A;  1JCZ A;  1TG9 A;  5HPJ A;  3N4B A;  3V5G A;  5JEG B;  3MNA A;  3LXE A;  4Q06 A;  4DZ7 A;  3V7X A;  1TH9 A;  3MNU A;  2NWY A;  1CNJ A;  1ZGF A;  2EU3 A;  3RYZ A;  1H4N A;  3D93 A;  4IDR X;  3IGP A;  1RZB A;  3TVN X;  1ZE8 A;  1HUH A;  3PO6 A;  2NWO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1JV0A

Total Genus

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Chain Sequence

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