1KOP | Genus

Total Genus 60

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	60
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	223
structure length	223
Chain Sequence	HTHWGYTGHDSPESWGNLSEEFRLCSTGKNQSPVNITETVSGKLPAIKVNYKPSMVDVENNGHTIQVNYPEGGNTLTVNGRTYTLKQFHFHVPSENQIKGRTFPMEAHFVHLDENKQPLVLAVLYEAGKTNGRLSSIWNVMPMTAGKVKLNQPFDASTLLPKRLKYYRFAGSLTTPPCTEGVSWLVLKTYDHIDQAQAEKFTRAVGSENNRPVQPLNARVVIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__844687448422349__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__844687448422349__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1kop/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__844687448422349__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"844687448422349","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1kop/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__844687448422349__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Neisseria gonorrhoeae
publication title	Crystal structure of carbonic anhydrase from Neisseria gonorrhoeae and its complex with the inhibitor acetazolamide. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE
total genus	60
structure length	223
sequence length	223
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1998-03-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1kopA00

1IF8A 3V5GA 1KOQA 4ITOA 2NWOA 1DMXA 1KOPA 3ML2A 4YHAA 3SAPA 4L5UA 1F2WA 3OIMA 3M1WA 2GD8A 1IF9A 3U7CA 3S78B 1CCUA 3P5AA 3KIGA 4L5VA 5SZ7A 2WEOA 3IAIA 4RN4A 3M3XA 3IGPA 2NNOA 4Z1EA 3RYYA 2HFWA 2QP6A 1I90A 4QJ0A 1UGAA 3C7PA 5DSRA 3MNAA 4Q6DA 1Z9YA 2NN7A 4XFWA 3FE4A 5EH5A 2AW1A 3D92A 4Q8ZA 4UOVA 5DOHA 4WUPA 5EHVA 1RZBA 1ZH9A 2FOYA 5CLUA 4E5QA 3IBUA 4FPTA 2NN1A 4MLXA 5DOGA 2NXSA 4XIXA 1CNXA 3S77B 1FQNA 3M1JA 1TE3X 2WEJA 3KWAA 4Q0LA 4IDRX 5FNHA 3DVCA 1XEGA 4Q78A 3RYJB 4DZ9A 5DSPA 2CBAA 3M67A 1CVAA 3R16A 1JCZA 3DVDA 1YDBA 5EIJA 4DZ7A 3KNEA 1HUHA 2VVAX 1HEBA 4LU3A 3RG4A 3DVBA 5E5RA 2QO8A 3SBIA 4ZWYA 5BNLA 5E2MA 1CCSA 1CRMA 4RH2A 5J8ZA 1HEDA 1UGDA 1I9OA 2POUA 5E2RA 1G4JA 3DCCA 5BYIA 4KP8A 4KV0A 1TG9A 5E2SA 2WD2A 4C3TA 3T5ZA 1G46A 3NI5A 3P44A 4PQ7A 1BV3A 3FFPX 4KUWA 1TB0X 4Q81A 4RIVA 3TVOX 4ETQC 4LP6A 4WW8A 3DD8A 1FLJA 3U47A 1JV0A 3TVNX 4Z1NA 4L5WA 1AZMA 1RZAA 2OSMA 4Q99A 5FNLA 5DSIA 3DA2A 1I9QA 4HBAA 1I9LA 1XEVA 2H4NA 1UGFA 1H9QA 1CNJA 4HF3A 3NB5A 5FDIA 5FLOA 3HKUA 4FU5A 5SZ4A 1BICA 1BNVA 1XPZA 4E3HA 1H4NA 4FVNA 4Q08A 4QSIA 5EOIA 3RYXB 3UYNA 4CACA 3P3JA 3OILA 1FR7A 2EU3A 5A6HA 3T84A 3W6HA 1CA3A 4RUYA 3KKXA 4Q87A 4Q83A 3M96A 4FRCA 1FSQA 1CNYA 2FNKA 4Z1KA 1KWQA 1OKNA 1ZE8A 1LG6A 3HKTA 1DCBA 3PO6A 5JEGB 3F4XA 2WEGA 4K0SA 3CAJA 4R5BA 5FLPA 1ZFKA 2HOCA 3K34A 4YXIA 5DVXA 1CNKA 4E3GA 5JEHB 1TEUX 2Q38A 4Q90A 3NJ9A 4ZWXA 1RAZA 4KNNA 3P5LA 3MWOA 1CAOA 4WR7A 4ZAOA 2F14A 4IWZA 3RGEA 1BNTA 4RUXA 1CALA 3M98A 4Z0QA 3QYKA 1YDDA 3M1KA 2NXRA 4R59A 2IT4A 1LG5A 1FQRA 2FNNA 4E4AA 4QSBA 5CJFA 3JXGA 1CANA 5EHEA 4ITPA 1CIMA 3BETA 1BNMA 3OYQA 4QK2A 3F7UA 4KNJA 1I9PA 1I8ZA 2NWPA 5FLSA 1RJ6A 5BRVA 3P4VA 5SZ5A 4QSAA 2Q1BA 1TBTX 3LXEA 4ZX0A 9CA2A 4XIWA 1CAIA 4MDGA 7CA2A 5G03A 3M2NA 1FR4A 5C8IA 4QJOA 1CVDA 2NXTA 1CVEA 1IF6A 4PZHA 5EHWA 3R17B 5JDVB 2EZ7A 2FNMA 4Q9YA 4MDLA 1IF5A 4YX4A 4ZWZA 3MHIA 3MHLA 1CNIA 2FOQA 4KNMA 4XZ5A 3SBHA 5EKJA 4YGLA 5SZ2A 1G0EA 3MNJA 4QIYA 1TH9A 1CAMA 4YGKA 3B1BA 1FQLA 3EFIA 4HEYA 5FNIA 2HNCA 2X7UA 2NNVA 3DBUA 3MMFA 5G0BA 3JXFA 5JEPB 1BCDA 3MHMA 5L3OA 3M5EA 5BRUA 3MNHA 6CA2A 2CBDA 5E2NA 3KOKA 1OKLA 1YO2A 1DMYA 4QEFA 4YVYA 4Q06A 3M14A 4HT2A 3CA2A 3S97A 4Q6EA 4Q07A 5SZ3A 3M5SA 2HD6A 2O4ZA 3N3JA 4Q7VA 2VVBX 2W2JA 1OQ5A 1CCTA 4HEWA 4Q7SA 1CAJA 3M04A 2AX2A 3TMJA 3OIKA 4QJWA 5JGSB 3B4FA 3D9ZA 1UGBA 1CAKA 4RIUA 1BN3A 1G52A 3KONA 1ZSAA 1CAHA 4KP5A 4WUQA 5FNJA 3MHOA 5G0CA 1CINA 3MHCA 1ZSBA 4G7AA 3DC3A 1CVFA 1YO1A 1BNWA 2NNSA 1HUGA 2POVA 5DSOA 5HPJA 3MNKA 4X5SA 1G45A 2NWZA 2GEHA 1I9MA 3V7XA 4KNIA 1BN1A 5JG5B 3BL1A 4R5AA 5IPZA 1I91A 4COQA 3DCWA 1UGGA 3T83A 1LGDA 2FOVA 1YDCA 2X7SA 4M2VA 1XQ0A 1G3ZA 1G48A 4PXXA 4CNVA 5JQ0A 1CNCA 4Q8XA 4TWLA 1HEAA 5FLQA 1ZGEA 4YGJA 4QSJA 3GZ0A 5DSLA 4K13A 5DSKA 3DCSA 5EH8A 4QJMA 2ABEA 4E3DA 1ZGFA 1ZNCA 3L14A 3S75B 3M1QA 4JSAA 1CVHA 2POWA 1BNNA 1V9IC 5JESB 1CAZA 1CNWA 1G53A 1MOOA 5DSNA 3EFTA 2CBBA 3N4BA 1T9NA 4YWPA 3DV7A 1DCAA 4ZWIA 4RFDA 4QY3A 3IBLA 1YDAA 4G0CA 5FDCA 3PJJA 2HL4A 3FW3A 1CNBA 1Z93A 2OSFA 3Q31A 4CA2A 3BL0A 4MLTA 3IBIA 3VBDA 3KS3A 1H9NA 3DD0A 2FW4A 3MDZA 12CAA 1THKA 4QJPA 3RZ7A 1CNHA 4N16A 1HCAA 3S73B 1AM6A 1BN4A 3M2ZA 4FL7A 3D93A 4KUVA 5CA2A 5SZ6A 3S9TA 3V3FA 1UGEA 4MDMA 4MTYA 4ZX1A 2ILIA 3P3HA 2WEHA 4YXUA 5JG3B 3RYZA 3P55A 1KEQA 5FNMA 3V2JA 3IBNA 4HEZA 4HT0A 4KAPA 5AMGA 1MUAA 2Q1QA 1V9EA 3F8EA 4CQ0A 1TEQX 4Q7PA 4YGFA 4YGNA 4K0ZA 5AMDA 4QK3A 3RZ5A 3M2XA 3U45X 2NNGA 3ZP9A 2WD3A 3DC9A 1RZDA 1RJ5A 3KLDB 4FVOA 1I9NA 2FMZA 3UYQA 3S71B 1ZFQA 3ML5A 1URTA 1BNQA 1CNGA 4RFCA 3T5UA 5A25A 4XE1A 3HKQA 4Q7WA 3HKNA 5FL6A 3CZVA 1CZMA 1G54A 1FSNA 5EKHA 4LHIA 4KUYA 1Z97A 3CYUA 5JQTA 1HCBA 1RZCA 1Y7WA 4Z1JA 3D0NA 3RJ7A 1JD0A 4WW6A 3S8XA 1RZEA 5DSMA 1G1DA 3RLDA 4QIZA 3HS4A 4GL1X 4K1QA 4M2RA 3F7BA 4E9OX 2EU2A 4MO8A 3P58A 3RZ0B 2H15A 4QJXA 3RZ8A 4E3FA 3DAZA 3RG3A 4Q8YA 5EZTX 1BZMA 3MNUA 4WL4A 3IEOA 4FIKA 5FNKA 4BF1A 4BCWA 2CA2A 3M40A 1IF4A 5FNGA 3MNIA 3N2PA 1G6VA 3N0NA 5FL4A 1ZSCA 1HECA 3OYSA 5EKMA 4YXOA 4CNWA 1CAYA 1CA2A 2FOUA 4JS6A 4QTLA 1EOUA 2ZNCA 3S76A 1G4OA 2QOAA 1BNUA 1OKMA 1YO0A 3V3GB 5JGTB 5FLRA 2CBCA 3S74B 4E49A 3V3IB 2HKKA 4Q09A 2FOSA 4M2UA 2NMXA 1AVNA 2NWYA 5FLTA 5FL5A 5G01A 5BRWA 3RZ1B 3S72B 3T82A 1CVBA 1G0FA 5LMDA 4CNXA 3MZCA 1FSRA 4YYTA 5E5UA 5E28A 4PYYA 1KWRA 3M5TA 5DSJA 5SZ0A 3RYVB 4JSZA 4N0XB 4CNRA 3M2YA 5L6KA 3V3HB 3OY0A 4RUZA 3V2MA 1A42A 4M2WA 3D8WA 1FQMA 4TWMA 1RAYA 4PYXA 5DSQA 3ZNCA 2X7TA 3K2FA 5CACA 1TG3A 1CILA 5DRSA 1J9WA 3U3AX 3JXHC 4ILXA 1HVAA 1UGCA 3OKUA 4JSWA 3HLJA 5EH7A 3W6IA 4K0TA 1CVCA 3PYKA 4HU1A 3OKVA 4BF6A 3SAXA 1CRAA 3K7KA 3MYQA 4QK1A 4Q49A 1IF7A 3V3JA 2FMGA 4Y0JA 1TTMA 8CA2A 1LZVA 5E2KA 3KOIA 5SZ1A 1LUGA 4JSSA 3HFPA 3T85A 5AMLA 2CBEA 2CABA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IF8 A;  3V5G A;  1KOQ A;  4ITO A;  2NWO A;  1DMX A;  1KOP A;  3ML2 A;  4YHA A;  3SAP A;  4L5U A;  1F2W A;  3OIM A;  3M1W A;  2GD8 A;  1IF9 A;  3U7C A;  3S78 B;  1CCU A;  3P5A A;  3KIG A;  4L5V A;  5SZ7 A;  2WEO A;  3IAI A;  4RN4 A;  3M3X A;  3IGP A;  2NNO A;  4Z1E A;  3RYY A;  2HFW A;  2QP6 A;  1I90 A;  4QJ0 A;  1UGA A;  3C7P A;  5DSR A;  3MNA A;  4Q6D A;  1Z9Y A;  2NN7 A;  4XFW A;  3FE4 A;  5EH5 A;  2AW1 A;  3D92 A;  4Q8Z A;  4UOV A;  5DOH A;  4WUP A;  5EHV A;  1RZB A;  1ZH9 A;  2FOY A;  5CLU A;  4E5Q A;  3IBU A;  4FPT A;  2NN1 A;  4MLX A;  5DOG A;  2NXS A;  4XIX A;  1CNX A;  3S77 B;  1FQN A;  3M1J A;  1TE3 X;  2WEJ A;  3KWA A;  4Q0L A;  4IDR X;  5FNH A;  3DVC A;  1XEG A;  4Q78 A;  3RYJ B;  4DZ9 A;  5DSP A;  2CBA A;  3M67 A;  1CVA A;  3R16 A;  1JCZ A;  3DVD A;  1YDB A;  5EIJ A;  4DZ7 A;  3KNE A;  1HUH A;  2VVA X;  1HEB A;  4LU3 A;  3RG4 A;  3DVB A;  5E5R A;  2QO8 A;  3SBI A;  4ZWY A;  5BNL A;  5E2M A;  1CCS A;  1CRM A;  4RH2 A;  5J8Z A;  1HED A;  1UGD A;  1I9O A;  2POU A;  5E2R A;  1G4J A;  3DCC A;  5BYI A;  4KP8 A;  4KV0 A;  1TG9 A;  5E2S A;  2WD2 A;  4C3T A;  3T5Z A;  1G46 A;  3NI5 A;  3P44 A;  4PQ7 A;  1BV3 A;  3FFP X;  4KUW A;  1TB0 X;  4Q81 A;  4RIV A;  3TVO X;  4ETQ C;  4LP6 A;  4WW8 A;  3DD8 A;  1FLJ A;  3U47 A;  1JV0 A;  3TVN X;  4Z1N A;  4L5W A;  1AZM A;  1RZA A;  2OSM A;  4Q99 A;  5FNL A;  5DSI A;  3DA2 A;  1I9Q A;  4HBA A;  1I9L A;  1XEV A;  2H4N A;  1UGF A;  1H9Q A;  1CNJ A;  4HF3 A;  3NB5 A;  5FDI A;  5FLO A;  3HKU A;  4FU5 A;  5SZ4 A;  1BIC A;  1BNV A;  1XPZ A;  4E3H A;  1H4N A;  4FVN A;  4Q08 A;  4QSI A;  5EOI A;  3RYX B;  3UYN A;  4CAC A;  3P3J A;  3OIL A;  1FR7 A;  2EU3 A;  5A6H A;  3T84 A;  3W6H A;  1CA3 A;  4RUY A;  3KKX A;  4Q87 A;  4Q83 A;  3M96 A;  4FRC A;  1FSQ A;  1CNY A;  2FNK A;  4Z1K A;  1KWQ A;  1OKN A;  1ZE8 A;  1LG6 A;  3HKT A;  1DCB A;  3PO6 A;  5JEG B;  3F4X A;  2WEG A;  4K0S A;  3CAJ A;  4R5B A;  5FLP A;  1ZFK A;  2HOC A;  3K34 A;  4YXI A;  5DVX A;  1CNK A;  4E3G A;  5JEH B;  1TEU X;  2Q38 A;  4Q90 A;  3NJ9 A;  4ZWX A;  1RAZ A;  4KNN A;  3P5L A;  3MWO A;  1CAO A;  4WR7 A;  4ZAO A;  2F14 A;  4IWZ A;  3RGE A;  1BNT A;  4RUX A;  1CAL A;  3M98 A;  4Z0Q A;  3QYK A;  1YDD A;  3M1K A;  2NXR A;  4R59 A;  2IT4 A;  1LG5 A;  1FQR A;  2FNN A;  4E4A A;  4QSB A;  5CJF A;  3JXG A;  1CAN A;  5EHE A;  4ITP A;  1CIM A;  3BET A;  1BNM A;  3OYQ A;  4QK2 A;  3F7U A;  4KNJ A;  1I9P A;  1I8Z A;  2NWP A;  5FLS A;  1RJ6 A;  5BRV A;  3P4V A;  5SZ5 A;  4QSA A;  2Q1B A;  1TBT X;  3LXE A;  4ZX0 A;  9CA2 A;  4XIW A;  1CAI A;  4MDG A;  7CA2 A;  5G03 A;  3M2N A;  1FR4 A;  5C8I A;  4QJO A;  1CVD A;  2NXT A;  1CVE A;  1IF6 A;  4PZH A;  5EHW A;  3R17 B;  5JDV B;  2EZ7 A;  2FNM A;  4Q9Y A;  4MDL A;  1IF5 A;  4YX4 A;  4ZWZ A;  3MHI A;  3MHL A;  1CNI A;  2FOQ A;  4KNM A;  4XZ5 A;  3SBH A;  5EKJ A;  4YGL A;  5SZ2 A;  1G0E A;  3MNJ A;  4QIY A;  1TH9 A;  1CAM A;  4YGK A;  3B1B A;  1FQL A;  3EFI A;  4HEY A;  5FNI A;  2HNC A;  2X7U A;  2NNV A;  3DBU A;  3MMF A;  5G0B A;  3JXF A;  5JEP B;  1BCD A;  3MHM A;  5L3O A;  3M5E A;  5BRU A;  3MNH A;  6CA2 A;  2CBD A;  5E2N A;  3KOK A;  1OKL A;  1YO2 A;  1DMY A;  4QEF A;  4YVY A;  4Q06 A;  3M14 A;  4HT2 A;  3CA2 A;  3S97 A;  4Q6E A;  4Q07 A;  5SZ3 A;  3M5S A;  2HD6 A;  2O4Z A;  3N3J A;  4Q7V A;  2VVB X;  2W2J A;  1OQ5 A;  1CCT A;  4HEW A;  4Q7S A;  1CAJ A;  3M04 A;  2AX2 A;  3TMJ A;  3OIK A;  4QJW A;  5JGS B;  3B4F A;  3D9Z A;  1UGB A;  1CAK A;  4RIU A;  1BN3 A;  1G52 A;  3KON A;  1ZSA A;  1CAH A;  4KP5 A;  4WUQ A;  5FNJ A;  3MHO A;  5G0C A;  1CIN A;  3MHC A;  1ZSB A;  4G7A A;  3DC3 A;  1CVF A;  1YO1 A;  1BNW A;  2NNS A;  1HUG A;  2POV A;  5DSO A;  5HPJ A;  3MNK A;  4X5S A;  1G45 A;  2NWZ A;  2GEH A;  1I9M A;  3V7X A;  4KNI A;  1BN1 A;  5JG5 B;  3BL1 A;  4R5A A;  5IPZ A;  1I91 A;  4COQ A;  3DCW A;  1UGG A;  3T83 A;  1LGD A;  2FOV A;  1YDC A;  2X7S A;  4M2V A;  1XQ0 A;  1G3Z A;  1G48 A;  4PXX A;  4CNV A;  5JQ0 A;  1CNC A;  4Q8X A;  4TWL A;  1HEA A;  5FLQ A;  1ZGE A;  4YGJ A;  4QSJ A;  3GZ0 A;  5DSL A;  4K13 A;  5DSK A;  3DCS A;  5EH8 A;  4QJM A;  2ABE A;  4E3D A;  1ZGF A;  1ZNC A;  3L14 A;  3S75 B;  3M1Q A;  4JSA A;  1CVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KOPA

Total Genus

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sequence length

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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