1LG5 | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLPTPPLLESVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__043143621634738__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__043143621634738__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1lg5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__043143621634738__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"043143621634738","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1lg5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__043143621634738__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Organization of an efficient carbonic anhydrase: implications for the mechanism based on structure-function studies of a T199P/C206S mutant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
total genus	72
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2002-04-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1lg5A00

2QO8A 5FNMA 4E9OX 4E5QA 3P3HA 1AM6A 5EH7A 4Z1KA 2FMZA 3IBUA 4RIUA 5SZ5A 3F4XA 2FW4A 2HFWA 1V9IC 5EKJA 5EOIA 3R16A 2CABA 5SZ7A 3V7XA 4MDLA 3TMJA 1G45A 3KNEA 5DSOA 4HEWA 5DSRA 3CYUA 4ILXA 1ZFKA 1CNHA 2FOSA 3IAIA 1DCBA 3MWOA 5DSKA 4YGLA 3M5TA 1Z9YA 1CA3A 3RGEA 1BN1A 1RZAA 4FIKA 3P3JA 4M2WA 1CAMA 5DSNA 4KUWA 4YXIA 1CAOA 1H9NA 4QY3A 4HF3A 5EH5A 1CINA 1A42A 3P5LA 1ZE8A 2POVA 4Q81A 5JDVB 3RYZA 4RUZA 3T85A 5JQTA 1FQRA 4ZWZA 3JXFA 3M1KA 1JCZA 5FNLA 1UGEA 1IF8A 4Q07A 3OY0A 1XEGA 3RZ8A 1CA2A 2ABEA 3PJJA 3FFPX 3DV7A 4KNJA 4Q8ZA 3DCWA 2FNNA 1AZMA 1CRAA 1I9LA 2VVAX 1RAYA 4KNNA 5FNHA 4QK1A 3K2FA 3C7PA 4YGKA 4Q7PA 4Z1JA 2POWA 1TG9A 3RZ7A 1G48A 5FL5A 2OSFA 3K7KA 2CBBA 1RZDA 1BNQA 1FLJA 1HEAA 4Y0JA 1CVHA 2AW1A 4ITPA 1G1DA 3T83A 1DMYA 1FQNA 5J8ZA 1CALA 5E2NA 4FL7A 1CVAA 3HS4A 4L5VA 4KAPA 5DOHA 3M1QA 2ILIA 1ZSCA 3N4BA 1G3ZA 4RFDA 4PZHA 3DVCA 3DC9A 3OKVA 2CA2A 1CAZA 3M5EA 5G01A 4LHIA 1CVBA 3RLDA 4WW8A 3ZNCA 1OKMA 1UGGA 3P5AA 4Q78A 2POUA 1T9NA 4PQ7A 4RH2A 1LG5A 3P58A 1FSRA 3V2JA 5EIJA 2H4NA 3DAZA 2NNGA 3KS3A 3DCCA 4QK3A 3RZ0B 1RZBA 4FPTA 1CAJA 5FLSA 4BCWA 1EOUA 1I9OA 3M2ZA 4Q49A 3M40A 1TH9A 5E28A 4YXUA 4Q6EA 1YO1A 3F7BA 4YXOA 1KEQA 1G4JA 3P4VA 5G03A 1CNKA 1HEDA 3CA2A 3IEOA 4WUQA 3P44A 4E3DA 3D0NA 4QSAA 1TEUX 3F8EA 4Q87A 1YDAA 3MNHA 3S72B 1CRMA 3PO6A 5FLQA 4QJMA 2FOYA 2HOCA 1ZGEA 4XIXA 1XPZA 3S97A 4JSAA 5E2MA 1BNUA 4HEYA 3OYSA 4JS6A 3KKXA 3MNJA 3L14A 4Z1EA 2X7SA 3BL0A 1CNIA 1OKNA 1RAZA 1BV3A 5EHVA 2WEOA 4WL4A 1CNYA 3M2XA 4ITOA 5FNKA 1MUAA 1CCUA 4C3TA 4MTYA 3SAXA 5BRWA 4Q9YA 1G6VA 5DSQA 4Q7WA 5FNGA 4RIVA 3HKNA 4RFCA 4QSBA 5FNJA 5SZ4A 2WEGA 4Q0LA 4QJXA 3DA2A 3Q31A 2NXSA 3KOKA 3OKUA 4QJOA 3MNKA 4M2UA 12CAA 2NNSA 1I8ZA 3OILA 5AMGA 1H4NA 5G0BA 2FNMA 3U7CA 4COQA 1TBTX 3BL1A 4CNWA 3GZ0A 4Q90A 4QSJA 1CNWA 1ZNCA 1CCSA 1UGDA 1CNCA 3S78B 1RJ6A 5A6HA 1LGDA 3D93A 3V3HB 5AMLA 1JV0A 3M67A 1BICA 1URTA 3ML5A 1CVDA 5SZ1A 4CNRA 1J9WA 4CA2A 3BETA 2GEHA 4K13A 5JEHB 3NJ9A 5FLRA 3N0NA 3RYXB 1LG6A 9CA2A 5E5RA 1TEQX 5JG5B 1I9MA 5EHEA 1FSQA 1XEVA 1RZEA 3HLJA 3IGPA 1I9QA 3NI5A 4Q7VA 2Q38A 4RN4A 4MDMA 3S76A 3MNIA 4HT2A 4QSIA 1CVCA 4G0CA 5BRUA 1TG3A 5FDCA 3B4FA 1UGFA 1BZMA 7CA2A 5JESB 3KOIA 3S8XA 5CA2A 6CA2A 3UYNA 1YDCA 4CACA 3U3AX 4QIZA 4YWPA 4HEZA 3FE4A 3U47A 1G0EA 4L5WA 1I9PA 5E2KA 1CAYA 3IBLA 1CNJA 3QYKA 3D9ZA 4HU1A 3V2MA 3TVNX 5FLTA 1UGAA 3M96A 3U45X 1FR4A 2WD3A 5DSPA 4HT0A 3JXGA 5JG3B 2QOAA 1ZH9A 3DVDA 4QJWA 3F7UA 4K1QA 3IBIA 3DD0A 5CJFA 3MHCA 3T84A 4Q7SA 2NNOA 5FNIA 1KOPA 4K0ZA 3T5UA 4YGNA 5DSLA 3UYQA 1BN4A 4ZWYA 3EFTA 4JSZA 4KV0A 3D92A 3KONA 1IF7A 4QK2A 2NWOA 3DCSA 3HKQA 5EHWA 5DSIA 2EZ7A 3PYKA 1HVAA 3DVBA 3N3JA 3M98A 4KP5A 4K0TA 4CNVA 3JXHC 2EU2A 4TWMA 5DRSA 4YGJA 4CQ0A 3S9TA 3M14A 5JGTB 3MYQA 3D8WA 3RZ1B 1YO0A 2ZNCA 4Q09A 4R5AA 5JEPB 1LUGA 5SZ0A 2HNCA 5EH8A 3S74B 1IF9A 4WR7A 4PXXA 4FRCA 4WW6A 4Q99A 4M2VA 5LMDA 1MOOA 4BF1A 4Q8XA 1G4OA 3V3JA 4GL1X 5SZ6A 3MZCA 4ZX0A 1FR7A 4BF6A 2X7UA 3W6IA 4E3HA 4R59A 1LZVA 3MMFA 3NB5A 4ZWXA 5IPZA 1OQ5A 2AX2A 1HEBA 4JSSA 4N16A 1F2WA 1CVEA 2NWPA 3MNAA 5EZTX 4E3GA 4XZ5A 3CAJA 1CNXA 3P55A 2O4ZA 3MHIA 3MDZA 1FSNA 2NN7A 5G0CA 1V9EA 3M1WA 1THKA 4LP6A 1YO2A 4ETQC 5BYIA 5DOGA 4E49A 8CA2A 4IDRX 3KWAA 2FMGA 5DSJA 1FQLA 4MDGA 5C8IA 3ML2A 1XQ0A 2W2JA 2HD6A 1G0FA 1BNNA 3N2PA 1I90A 3S75B 3KIGA 4XE1A 2CBEA 1Z97A 5AMDA 2WEJA 4PYYA 4DZ7A 5CACA 3SBHA 5FDIA 1HUGA 1RZCA 1CZMA 1BN3A 1CAIA 1G53A 5SZ3A 1CCTA 4QIYA 3ZP9A 2NWZA 2GD8A 3EFIA 4FVNA 2CBAA 4KP8A 1ZSAA 3IBNA 3MHMA 4MO8A 5E2SA 3RG4A 2FOVA 2IT4A 1G46A 1TB0X 3DD8A 1BNWA 4YYTA 1TE3X 3CZVA 4QEFA 1CAHA 4Q8YA 3T82A 1AVNA 2NN1A 4HBAA 2NWYA 4RUYA 4QJ0A 4XIWA 1ZGFA 1IF6A 4L5UA 1CNBA 3RYYA 3RZ5A 4Q08A 1KWQA 5SZ2A 2FNKA 2HL4A 4KUVA 3MHLA 3RYJB 3M1JA 5FLOA 4ZWIA 4CNXA 4N0XB 2F14A 2X7TA 4YVYA 5FLPA 5EKHA 3HFPA 1G54A 1IF4A 1YDBA 3HKTA 3M2YA 4KNIA 4PYXA 4WUPA 3W6HA 3HKUA 4KNMA 2FOQA 3V3GB 1BNTA 1CILA 5FL6A 1G52A 5DSMA 5FL4A 1Z93A 2NNVA 1DCAA 2NXTA 4Q06A 5L6KA 2WEHA 3LXEA 2NXRA 3DBUA 4K0SA 4FVOA 3MHOA 5BNLA 3KLDB 5HPJA 4R5BA 3V3IB 4IWZA 3T5ZA 3R17B 1CIMA 1HECA 1BNMA 1FQMA 2OSMA 3RG3A 3K34A 4QTLA 1BNVA 2EU3A 1ZFQA 3B1BA 4MLXA 4MLTA 4ZX1A 5E2RA 5L3OA 1ZSBA 1OKLA 4LU3A 3M04A 2CBDA 5JEGB 5EKMA 4E4AA 4X5SA 4YX4A 3S77B 4YHAA 2FOUA 4RUXA 3MNUA 1KOQA 3S73B 4M2RA 2QP6A 4TWLA 1Y7WA 1UGBA 3M2NA 1JD0A 3SAPA 2WD2A 5E5UA 1H9QA 1HUHA 1KWRA 3OYQA 3RYVB 1IF5A 4QJPA 5A25A 3M3XA 3DC3A 5CLUA 2Q1QA 4Z1NA 1CNGA 2HKKA 4KUYA 3S71B 1HCBA 2NMXA 2H15A 2Q1BA 1CVFA 1HCAA 1I91A 4E3FA 5JQ0A 1UGCA 2CBCA 4G7AA 3V3FA 4XFWA 5JGSB 4YGFA 3TVOX 3OIKA 2VVBX 5DVXA 1RJ5A 4FU5A 4ZAOA 3V5GA 4Q83A 1CANA 1YDDA 3M5SA 3VBDA 1CAKA 3SBIA 3OIMA 3RJ7A 1TTMA 4Q6DA 1I9NA 4JSWA 5BRVA 1DMXA 4UOVA 3FW3A 1BCDA 4DZ9A 4Z0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QO8 A;  5FNM A;  4E9O X;  4E5Q A;  3P3H A;  1AM6 A;  5EH7 A;  4Z1K A;  2FMZ A;  3IBU A;  4RIU A;  5SZ5 A;  3F4X A;  2FW4 A;  2HFW A;  1V9I C;  5EKJ A;  5EOI A;  3R16 A;  2CAB A;  5SZ7 A;  3V7X A;  4MDL A;  3TMJ A;  1G45 A;  3KNE A;  5DSO A;  4HEW A;  5DSR A;  3CYU A;  4ILX A;  1ZFK A;  1CNH A;  2FOS A;  3IAI A;  1DCB A;  3MWO A;  5DSK A;  4YGL A;  3M5T A;  1Z9Y A;  1CA3 A;  3RGE A;  1BN1 A;  1RZA A;  4FIK A;  3P3J A;  4M2W A;  1CAM A;  5DSN A;  4KUW A;  4YXI A;  1CAO A;  1H9N A;  4QY3 A;  4HF3 A;  5EH5 A;  1CIN A;  1A42 A;  3P5L A;  1ZE8 A;  2POV A;  4Q81 A;  5JDV B;  3RYZ A;  4RUZ A;  3T85 A;  5JQT A;  1FQR A;  4ZWZ A;  3JXF A;  3M1K A;  1JCZ A;  5FNL A;  1UGE A;  1IF8 A;  4Q07 A;  3OY0 A;  1XEG A;  3RZ8 A;  1CA2 A;  2ABE A;  3PJJ A;  3FFP X;  3DV7 A;  4KNJ A;  4Q8Z A;  3DCW A;  2FNN A;  1AZM A;  1CRA A;  1I9L A;  2VVA X;  1RAY A;  4KNN A;  5FNH A;  4QK1 A;  3K2F A;  3C7P A;  4YGK A;  4Q7P A;  4Z1J A;  2POW A;  1TG9 A;  3RZ7 A;  1G48 A;  5FL5 A;  2OSF A;  3K7K A;  2CBB A;  1RZD A;  1BNQ A;  1FLJ A;  1HEA A;  4Y0J A;  1CVH A;  2AW1 A;  4ITP A;  1G1D A;  3T83 A;  1DMY A;  1FQN A;  5J8Z A;  1CAL A;  5E2N A;  4FL7 A;  1CVA A;  3HS4 A;  4L5V A;  4KAP A;  5DOH A;  3M1Q A;  2ILI A;  1ZSC A;  3N4B A;  1G3Z A;  4RFD A;  4PZH A;  3DVC A;  3DC9 A;  3OKV A;  2CA2 A;  1CAZ A;  3M5E A;  5G01 A;  4LHI A;  1CVB A;  3RLD A;  4WW8 A;  3ZNC A;  1OKM A;  1UGG A;  3P5A A;  4Q78 A;  2POU A;  1T9N A;  4PQ7 A;  4RH2 A;  1LG5 A;  3P58 A;  1FSR A;  3V2J A;  5EIJ A;  2H4N A;  3DAZ A;  2NNG A;  3KS3 A;  3DCC A;  4QK3 A;  3RZ0 B;  1RZB A;  4FPT A;  1CAJ A;  5FLS A;  4BCW A;  1EOU A;  1I9O A;  3M2Z A;  4Q49 A;  3M40 A;  1TH9 A;  5E28 A;  4YXU A;  4Q6E A;  1YO1 A;  3F7B A;  4YXO A;  1KEQ A;  1G4J A;  3P4V A;  5G03 A;  1CNK A;  1HED A;  3CA2 A;  3IEO A;  4WUQ A;  3P44 A;  4E3D A;  3D0N A;  4QSA A;  1TEU X;  3F8E A;  4Q87 A;  1YDA A;  3MNH A;  3S72 B;  1CRM A;  3PO6 A;  5FLQ A;  4QJM A;  2FOY A;  2HOC A;  1ZGE A;  4XIX A;  1XPZ A;  3S97 A;  4JSA A;  5E2M A;  1BNU A;  4HEY A;  3OYS A;  4JS6 A;  3KKX A;  3MNJ A;  3L14 A;  4Z1E A;  2X7S A;  3BL0 A;  1CNI A;  1OKN A;  1RAZ A;  1BV3 A;  5EHV A;  2WEO A;  4WL4 A;  1CNY A;  3M2X A;  4ITO A;  5FNK A;  1MUA A;  1CCU A;  4C3T A;  4MTY A;  3SAX A;  5BRW A;  4Q9Y A;  1G6V A;  5DSQ A;  4Q7W A;  5FNG A;  4RIV A;  3HKN A;  4RFC A;  4QSB A;  5FNJ A;  5SZ4 A;  2WEG A;  4Q0L A;  4QJX A;  3DA2 A;  3Q31 A;  2NXS A;  3KOK A;  3OKU A;  4QJO A;  3MNK A;  4M2U A;  12CA A;  2NNS A;  1I8Z A;  3OIL A;  5AMG A;  1H4N A;  5G0B A;  2FNM A;  3U7C A;  4COQ A;  1TBT X;  3BL1 A;  4CNW A;  3GZ0 A;  4Q90 A;  4QSJ A;  1CNW A;  1ZNC A;  1CCS A;  1UGD A;  1CNC A;  3S78 B;  1RJ6 A;  5A6H A;  1LGD A;  3D93 A;  3V3H B;  5AML A;  1JV0 A;  3M67 A;  1BIC A;  1URT A;  3ML5 A;  1CVD A;  5SZ1 A;  4CNR A;  1J9W A;  4CA2 A;  3BET A;  2GEH A;  4K13 A;  5JEH B;  3NJ9 A;  5FLR A;  3N0N A;  3RYX B;  1LG6 A;  9CA2 A;  5E5R A;  1TEQ X;  5JG5 B;  1I9M A;  5EHE A;  1FSQ A;  1XEV A;  1RZE A;  3HLJ A;  3IGP A;  1I9Q A;  3NI5 A;  4Q7V A;  2Q38 A;  4RN4 A;  4MDM A;  3S76 A;  3MNI A;  4HT2 A;  4QSI A;  1CVC A;  4G0C A;  5BRU A;  1TG3 A;  5FDC A;  3B4F A;  1UGF A;  1BZM A;  7CA2 A;  5JES B;  3KOI A;  3S8X A;  5CA2 A;  6CA2 A;  3UYN A;  1YDC A;  4CAC A;  3U3A X;  4QIZ A;  4YWP A;  4HEZ A;  3FE4 A;  3U47 A;  1G0E A;  4L5W A;  1I9P A;  5E2K A;  1CAY A;  3IBL A;  1CNJ A;  3QYK A;  3D9Z A;  4HU1 A;  3V2M A;  3TVN X;  5FLT A;  1UGA A;  3M96 A;  3U45 X;  1FR4 A;  2WD3 A;  5DSP A;  4HT0 A;  3JXG A;  5JG3 B;  2QOA A;  1ZH9 A;  3DVD A;  4QJW A;  3F7U A;  4K1Q A;  3IBI A;  3DD0 A;  5CJF A;  3MHC A;  3T84 A;  4Q7S A;  2NNO A;  5FNI A;  1KOP A;  4K0Z A;  3T5U A;  4YGN A;  5DSL A;  3UYQ A;  1BN4 A;  4ZWY A;  3EFT A;  4JSZ A;  4KV0 A;  3D92 A;  3KON A;  1IF7 A;  4QK2 A;  2NWO A;  3DCS A;  3HKQ A;  5EHW A;  5DSI A;  2EZ7 A;  3PYK A;  1HVA A;  3DVB A;  3N3J A;  3M98 A;  4KP5 A;  4K0T A;  4CNV A;  3JXH C;  2EU2 A;  4TWM A;  5DRS A;  4YGJ A;  4CQ0 A;  3S9T A;  3M14 A;  5JGT B;  3MYQ A;  3D8W A;  3RZ1 B;  1YO0 A;  2ZNC A;  4Q09 A;  4R5A A;  5JEP B;  1LUG A;  5SZ0 A;  2HNC A;  5EH8 A;  3S74 B;  1IF9 A;  4WR7 A;  4PXX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1LG5A

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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