1LUG | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	259
structure length	259
Chain Sequence	SHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__527363231161458__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__527363231161458__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1lug/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__527363231161458__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"527363231161458","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1lug/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__527363231161458__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Atomic resolution studies of carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic Anhydrase II
total genus	79
structure length	259
sequence length	259
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2002-05-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1lugA00

2QOAA 4KNNA 1XQ0A 3S8XA 3M14A 5FNGA 3ZNCA 2W2JA 4MTYA 4ITOA 1CNWA 3PO6A 3RZ5A 1G48A 1FSRA 4L5UA 3HKTA 1AM6A 2WEGA 2CA2A 4MLTA 4MDGA 3BL0A 5E2NA 2EU2A 4WW8A 3M5EA 5FNMA 4Q6DA 3DD0A 3N0NA 1G1DA 2HOCA 5DRSA 1IF8A 4CACA 4KAPA 3IEOA 4Q7VA 4TWLA 5EKMA 4QJ0A 1ZFQA 1IF9A 1BNMA 4MDLA 3R16A 5FNJA 1CVDA 1UGFA 1LGDA 3T84A 1I90A 4YWPA 4BF1A 3MNKA 4PXXA 3DD8A 3M5SA 3RG4A 4PQ7A 5E2KA 1KEQA 1BN3A 5FDIA 1BN4A 1YO2A 2NWYA 1V9EA 4HBAA 1ZSBA 4Q87A 3F7BA 3U3AX 5EIJA 3T85A 4Q6EA 2FW4A 3IBUA 3ML5A 4JSSA 1CNBA 5JEPB 6CA2A 1TE3X 1FLJA 2CBDA 3DCWA 4KUYA 5EKHA 1CAJA 1HEBA 1RZDA 3IBNA 4ITPA 3SAPA 3HKNA 1OKMA 1CNGA 3M67A 3N3JA 2NNVA 1H9QA 3TVOX 1DMXA 2X7SA 2NN1A 4FPTA 1CVAA 1CCTA 2VVBX 4RN4A 5JQTA 1RJ5A 3S77B 1JD0A 5IPZA 3V2JA 5JDVB 4MDMA 1CNHA 5FL5A 2Q1QA 4Q83A 4RIUA 3S75B 4QIYA 4E3GA 1I9OA 4WW6A 1IF4A 3DVCA 4L5VA 4M2RA 3FE4A 3PYKA 4COQA 2WD3A 1CVCA 2ILIA 4QJMA 3DAZA 4PYYA 2HKKA 3S78B 5EHWA 4FVOA 2HD6A 1RZAA 3KIGA 3K2FA 4CNRA 1CAYA 3OILA 1G46A 1MOOA 1CNYA 2X7TA 3RZ7A 3DC3A 3V3HB 3NJ9A 4KNJA 4M2WA 3DV7A 4Q78A 5CA2A 2FOSA 4Q90A 1TEUX 2QO8A 3D93A 4ZWZA 3RGEA 1LG6A 3PJJA 5BNLA 2Q38A 3HLJA 3D9ZA 4CQ0A 5CJFA 3S72B 5HPJA 4E3DA 4JSZA 4HEWA 4E49A 4HEZA 2NNGA 3W6HA 4RUYA 1RJ6A 4ZWIA 1UGBA 3M1WA 3OIMA 1ZGEA 5G0BA 1UGCA 1CIMA 3EFIA 3IGPA 3U47A 3IAIA 3P5AA 1H4NA 1CRMA 1FQRA 4ETQC 4YGLA 4BF6A 1I9PA 4RFCA 3KONA 4Z1JA 2O4ZA 1IF7A 5FLRA 3KKXA 4YGFA 3MHIA 1G53A 1G4JA 1UGGA 1RAYA 1IF5A 1BNQA 4HF3A 4JSWA 2AX2A 4FL7A 5AMDA 1ZSAA 2NXRA 4HT0A 5DSPA 1FSNA 4RFDA 5E28A 2HL4A 3RYXB 4Q49A 5A6HA 5FLQA 1CAOA 4Q99A 5DSJA 1TEQX 3KNEA 2CBEA 4CNWA 3F7UA 4YGNA 1TTMA 1YO1A 3F4XA 3HKQA 4KNMA 3ZP9A 2GD8A 1ZH9A 5JESB 4WUQA 4Y0JA 1RZCA 1BN1A 1CCSA 1CNCA 3JXHC 4CNVA 3N2PA 2CABA 4WL4A 1CALA 4Q06A 1Z93A 3MNAA 5G03A 1YO0A 4G0CA 4Z1EA 3V5GA 5FLOA 4M2VA 2Q1BA 4L5WA 3SBHA 3M2NA 4ZAOA 1ZSCA 3MHCA 4RUZA 3VBDA 4QEFA 2H4NA 3KOKA 2POWA 4M2UA 5SZ4A 4LU3A 1HEAA 3OYQA 4XE1A 5JG5B 5FL4A 1CAMA 3EFTA 4YYTA 1I9QA 3M1JA 2IT4A 4FIKA 1G54A 4MLXA 5EH7A 1T9NA 5L3OA 3W6IA 9CA2A 5FNLA 5L6KA 1KWQA 5DSQA 3S76A 1KWRA 1CVHA 5FNIA 4KUVA 3D92A 4ZWXA 2FOUA 5JGTB 4R5BA 2FMGA 3M40A 1CZMA 2GEHA 5AMGA 3M96A 1ZFKA 3KLDB 4QSIA 2OSMA 4QSAA 2HNCA 2VVAX 1CAHA 3MHOA 5DSLA 3MHMA 3ML2A 5E2SA 1G6VA 3GZ0A 3MMFA 5FLPA 1LZVA 3FW3A 1I9NA 1RZEA 5FL6A 3TVNX 3D0NA 1FQLA 3M2ZA 3M2XA 5E5RA 4Q0LA 2WEJA 4FVNA 5G0CA 3M5TA 3M1QA 1BZMA 2FNMA 5FDCA 3JXGA 2ABEA 5E5UA 3U7CA 1G45A 1FSQA 3RYJB 4JS6A 4QSJA 2NWZA 1BNVA 1CNIA 1HEDA 1JCZA 1CRAA 3B1BA 1HUGA 3T5ZA 1ZGFA 3T82A 4Q8XA 3FFPX 3JXFA 5FNKA 1Z9YA 4DZ7A 1BNTA 5C8IA 1CA2A 2CBAA 1DCBA 3HS4A 3UYNA 4HU1A 4Q81A 3RZ8A 4N16A 1IF6A 2HFWA 4HT2A 4YVYA 4UOVA 1F2WA 2ZNCA 4K13A 4E9OX 3S73B 1OQ5A 1CAKA 4X5SA 3NB5A 1HVAA 2NMXA 3M3XA 1FQMA 1FR7A 1I91A 4KUWA 5BYIA 1G52A 4JSAA 3V3IB 4K0ZA 2POUA 1CILA 1YDBA 1RZBA 4RIVA 2NNOA 5SZ3A 1CINA 4Q7PA 1ZNCA 2FNKA 4LHIA 1AZMA 5DSIA 3MWOA 1URTA 3DCCA 5BRWA 4ZX1A 1RAZA 3KOIA 1G0EA 1XEGA 5JG3B 1YDAA 5DSRA 3V2MA 5JQ0A 3T83A 3F8EA 3MZCA 3RYYA 2EZ7A 3V3FA 3IBIA 2EU3A 4YXOA 5SZ1A 2POVA 4K1QA 3S97A 3P3JA 3N4BA 4PYXA 1TH9A 4Q09A 1UGAA 3DVBA 4QJPA 1CA3A 4Q8ZA 4MO8A 5A25A 1FR4A 3P4VA 4KV0A 5G01A 5EH8A 4XFWA 5FLSA 5FNHA 4Z1NA 3M2YA 1CAZA 4FRCA 3S71B 3RJ7A 1LG5A 4Q9YA 7CA2A 3BETA 4YHAA 1H9NA 4Q08A 4Q7WA 3P55A 1LUGA 1CAIA 5JGSB 1TG9A 4KNIA 1G0FA 5EOIA 2FNNA 4QJWA 3L14A 4RUXA 1TBTX 5EKJA 5DOGA 5E2RA 2FOVA 4YXUA 3OKVA 1Y7WA 3CZVA 4E3HA 5DVXA 3TMJA 1CVBA 4QSBA 4WUPA 1ZE8A 4IDRX 1KOPA 2NWPA 4TWMA 2AW1A 1DMYA 3MYQA 3CAJA 3P58A 3P44A 4DZ9A 2WEOA 1TB0X 1HCBA 4K0TA 3IBLA 4YGKA 5AMLA 2NXSA 3KWAA 5BRVA 8CA2A 3DVDA 5E2MA 2WD2A 3OIKA 3U45X 3V7XA 4PZHA 1I8ZA 3V3GB 5BRUA 3RZ1B 1BV3A 4Q7SA 5SZ0A 4RH2A 4QK3A 2FMZA 1EOUA 3RLDA 1YDCA 1OKNA 4QJOA 5JEGB 2H15A 1G3ZA 4YX4A 3OY0A 1HCAA 2NXTA 5JEHB 1BCDA 4KP8A 4XZ5A 4CA2A 5LMDA 1FQNA 1BNWA 3MHLA 3P5LA 4KP5A 5SZ7A 4G7AA 1Z97A 4ZX0A 5DSMA 1CNKA 4WR7A 3DA2A 2WEHA 4R5AA 1CCUA 4E4AA 4ILXA 3UYQA 4QIZA 2CBBA 3T5UA 3K7KA 2FOYA 1V9IC 3NI5A 3RYVB 4R59A 5EHEA 1CNJA 4LP6A 1TG3A 1CNXA 1JV0A 1YDDA 3C7PA 3DC9A 3RG3A 3RYZA 1G4OA 5DSNA 1UGDA 5CACA 5EZTX 1MUAA 4Q07A 5SZ2A 1AVNA 1KOQA 4YGJA 4GL1X 2NN7A 4XIWA 3MDZA 1I9MA 1THKA 2CBCA 5DSOA 1BNUA 5CLUA 1HUHA 3M04A 1BICA 4CNXA 3DCSA 3M98A 4Z0QA 2NNSA 4QY3A 1A42A 1UGEA 5EH5A 3V3JA 1I9LA 2X7UA 1XEVA 3M1KA 4IWZA 5J8ZA 5DSKA 5FLTA 3SAXA 4K0SA 3MNIA 3SBIA 3Q31A 1DCAA 3QYKA 4N0XB 4E5QA 4QTLA 4BCWA 2NWOA 3K34A 3KS3A 4C3TA 4XIXA 3B4FA 3DBUA 3LXEA 2FOQA 3OKUA 3P3HA 4Z1KA 5DOHA 1XPZA 3S9TA 3MNHA 1OKLA 3RZ0B 2F14A 3S74B 4ZWYA 4QK1A 4QJXA 4HEYA 5SZ5A 1CVEA 1HECA 5SZ6A 3R17B 3D8WA 12CAA 2QP6A 1CVFA 3CA2A 3MNUA 3HFPA 1J9WA 3CYUA 4QK2A 4YXIA 1CANA 3BL1A 1BNNA 3HKUA 3OYSA 2OSFA 4Q8YA 5EHVA 4FU5A 3MNJA 4E3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QOA A;  4KNN A;  1XQ0 A;  3S8X A;  3M14 A;  5FNG A;  3ZNC A;  2W2J A;  4MTY A;  4ITO A;  1CNW A;  3PO6 A;  3RZ5 A;  1G48 A;  1FSR A;  4L5U A;  3HKT A;  1AM6 A;  2WEG A;  2CA2 A;  4MLT A;  4MDG A;  3BL0 A;  5E2N A;  2EU2 A;  4WW8 A;  3M5E A;  5FNM A;  4Q6D A;  3DD0 A;  3N0N A;  1G1D A;  2HOC A;  5DRS A;  1IF8 A;  4CAC A;  4KAP A;  3IEO A;  4Q7V A;  4TWL A;  5EKM A;  4QJ0 A;  1ZFQ A;  1IF9 A;  1BNM A;  4MDL A;  3R16 A;  5FNJ A;  1CVD A;  1UGF A;  1LGD A;  3T84 A;  1I90 A;  4YWP A;  4BF1 A;  3MNK A;  4PXX A;  3DD8 A;  3M5S A;  3RG4 A;  4PQ7 A;  5E2K A;  1KEQ A;  1BN3 A;  5FDI A;  1BN4 A;  1YO2 A;  2NWY A;  1V9E A;  4HBA A;  1ZSB A;  4Q87 A;  3F7B A;  3U3A X;  5EIJ A;  3T85 A;  4Q6E A;  2FW4 A;  3IBU A;  3ML5 A;  4JSS A;  1CNB A;  5JEP B;  6CA2 A;  1TE3 X;  1FLJ A;  2CBD A;  3DCW A;  4KUY A;  5EKH A;  1CAJ A;  1HEB A;  1RZD A;  3IBN A;  4ITP A;  3SAP A;  3HKN A;  1OKM A;  1CNG A;  3M67 A;  3N3J A;  2NNV A;  1H9Q A;  3TVO X;  1DMX A;  2X7S A;  2NN1 A;  4FPT A;  1CVA A;  1CCT A;  2VVB X;  4RN4 A;  5JQT A;  1RJ5 A;  3S77 B;  1JD0 A;  5IPZ A;  3V2J A;  5JDV B;  4MDM A;  1CNH A;  5FL5 A;  2Q1Q A;  4Q83 A;  4RIU A;  3S75 B;  4QIY A;  4E3G A;  1I9O A;  4WW6 A;  1IF4 A;  3DVC A;  4L5V A;  4M2R A;  3FE4 A;  3PYK A;  4COQ A;  2WD3 A;  1CVC A;  2ILI A;  4QJM A;  3DAZ A;  4PYY A;  2HKK A;  3S78 B;  5EHW A;  4FVO A;  2HD6 A;  1RZA A;  3KIG A;  3K2F A;  4CNR A;  1CAY A;  3OIL A;  1G46 A;  1MOO A;  1CNY A;  2X7T A;  3RZ7 A;  3DC3 A;  3V3H B;  3NJ9 A;  4KNJ A;  4M2W A;  3DV7 A;  4Q78 A;  5CA2 A;  2FOS A;  4Q90 A;  1TEU X;  2QO8 A;  3D93 A;  4ZWZ A;  3RGE A;  1LG6 A;  3PJJ A;  5BNL A;  2Q38 A;  3HLJ A;  3D9Z A;  4CQ0 A;  5CJF A;  3S72 B;  5HPJ A;  4E3D A;  4JSZ A;  4HEW A;  4E49 A;  4HEZ A;  2NNG A;  3W6H A;  4RUY A;  1RJ6 A;  4ZWI A;  1UGB A;  3M1W A;  3OIM A;  1ZGE A;  5G0B A;  1UGC A;  1CIM A;  3EFI A;  3IGP A;  3U47 A;  3IAI A;  3P5A A;  1H4N A;  1CRM A;  1FQR A;  4ETQ C;  4YGL A;  4BF6 A;  1I9P A;  4RFC A;  3KON A;  4Z1J A;  2O4Z A;  1IF7 A;  5FLR A;  3KKX A;  4YGF A;  3MHI A;  1G53 A;  1G4J A;  1UGG A;  1RAY A;  1IF5 A;  1BNQ A;  4HF3 A;  4JSW A;  2AX2 A;  4FL7 A;  5AMD A;  1ZSA A;  2NXR A;  4HT0 A;  5DSP A;  1FSN A;  4RFD A;  5E28 A;  2HL4 A;  3RYX B;  4Q49 A;  5A6H A;  5FLQ A;  1CAO A;  4Q99 A;  5DSJ A;  1TEQ X;  3KNE A;  2CBE A;  4CNW A;  3F7U A;  4YGN A;  1TTM A;  1YO1 A;  3F4X A;  3HKQ A;  4KNM A;  3ZP9 A;  2GD8 A;  1ZH9 A;  5JES B;  4WUQ A;  4Y0J A;  1RZC A;  1BN1 A;  1CCS A;  1CNC A;  3JXH C;  4CNV A;  3N2P A;  2CAB A;  4WL4 A;  1CAL A;  4Q06 A;  1Z93 A;  3MNA A;  5G03 A;  1YO0 A;  4G0C A;  4Z1E A;  3V5G A;  5FLO A;  4M2V A;  2Q1B A;  4L5W A;  3SBH A;  3M2N A;  4ZAO A;  1ZSC A;  3MHC A;  4RUZ A;  3VBD A;  4QEF A;  2H4N A;  3KOK A;  2POW A;  4M2U A;  5SZ4 A;  4LU3 A;  1HEA A;  3OYQ A;  4XE1 A;  5JG5 B;  5FL4 A;  1CAM A;  3EFT A;  4YYT A;  1I9Q A;  3M1J A;  2IT4 A;  4FIK A;  1G54 A;  4MLX A;  5EH7 A;  1T9N A;  5L3O A;  3W6I A;  9CA2 A;  5FNL A;  5L6K A;  1KWQ A;  5DSQ A;  3S76 A;  1KWR A;  1CVH A;  5FNI A;  4KUV A;  3D92 A;  4ZWX A;  2FOU A;  5JGT B;  4R5B A;  2FMG A;  3M40 A;  1CZM A;  2GEH A;  5AMG A;  3M96 A;  1ZFK A;  3KLD B;  4QSI A;  2OSM A;  4QSA A;  2HNC A;  2VVA X;  1CAH A;  3MHO A;  5DSL A;  3MHM A;  3ML2 A;  5E2S A;  1G6V A;  3GZ0 A;  3MMF A;  5FLP A;  1LZV A;  3FW3 A;  1I9N A;  1RZE A;  5FL6 A;  3TVN X;  3D0N A;  1FQL A;  3M2Z A;  3M2X A;  5E5R A;  4Q0L A;  2WEJ A;  4FVN A;  5G0C A;  3M5T A;  3M1Q A;  1BZM A;  2FNM A;  5FDC A;  3JXG A;  2ABE A;  5E5U A;  3U7C A;  1G45 A;  1FSQ A;  3RYJ B;  4JS6 A;  4QSJ A;  2NWZ A;  1BNV A;  1CNI A;  1HED A;  1JCZ A;  1CRA A;  3B1B A;  1HUG A;  3T5Z A;  1ZGF A;  3T82 A;  4Q8X A;  3FFP X;  3JXF A;  5FNK A;  1Z9Y A;  4DZ7 A;  1BNT A;  5C8I A;  1CA2 A;  2CBA A;  1DCB A;  3HS4 A;  3UYN A;  4HU1 A;  4Q81 A;  3RZ8 A;  4N16 A;  1IF6 A;  2HFW A;  4HT2 A;  4YVY A;  4UOV A;  1F2W A;  2ZNC A;  4K13 A;  4E9O X;  3S73 B;  1OQ5 A;  1CAK A;  4X5S A;  3NB5 A;  1HVA A;  2NMX A;  3M3X A;  1FQM A;  1FR7 A;  1I91 A;  4KUW A;  5BYI A;  1G52 A;  4JSA A;  3V3I B;  4K0Z A;  2POU A;  1CIL A;  1YDB A;  1RZB A;  4RIV A;  2NNO A;  5SZ3 A;  1CIN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1LUGA

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