1LZV | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	WGHGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__486844827267619__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__486844827267619__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1lzv/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__486844827267619__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"486844827267619","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1lzv/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__486844827267619__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Kinetic analysis of multiple proton shuttles in the active site of human carbonic anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic Anhydrase II
total genus	73
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2002-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1lzvA00

1UGCA 1RZAA 4FL7A 5L6KA 4Q78A 1CVCA 3UYNA 1URTA 5HPJA 3OYSA 4YVYA 1LGDA 3B4FA 4Q7VA 1ZGEA 4QK2A 4QK1A 2WEOA 3OY0A 5FDIA 3DCWA 1A42A 5G03A 3M1WA 3V3FA 3K34A 1CNGA 1YDBA 4QJPA 2POUA 3HS4A 1CVEA 4YX4A 4Q7PA 3RYYA 1ZNCA 4FIKA 3MYQA 1V9IC 3P5AA 4KV0A 3T5ZA 4Y0JA 1I9PA 3DAZA 3S73B 2QP6A 4Q7SA 2H4NA 5E28A 3DVBA 5G0CA 3ML2A 1HEAA 1FQMA 2POVA 4Q9YA 3M2XA 4TWMA 5FLPA 4YXOA 1IF6A 3SAPA 4KNJA 1BNVA 1CZMA 1FR4A 5E5RA 1G52A 5CACA 1CIMA 3SBIA 4RFCA 2HL4A 3RYXB 3TMJA 5FLTA 5EOIA 3RLDA 4HF3A 1CNXA 4XE1A 4K13A 5A25A 1YDAA 3M67A 4KP8A 2FNKA 4Q99A 1FSQA 3JXFA 4MDLA 3DBUA 5IPZA 1HCBA 3KKXA 3D93A 3M5EA 1UGDA 5E2RA 2EZ7A 1CAKA 1CVDA 4L5UA 1I90A 3U45X 4Q7WA 1LZVA 5DSKA 5BRVA 1I8ZA 2FOSA 3DCSA 3KIGA 3ZNCA 1MUAA 3T84A 3S97A 5DSMA 1TEUX 2CBAA 3FW3A 4E5QA 4M2UA 1FSRA 4X5SA 5EKMA 5E2KA 3RZ1B 3M3XA 4ZWIA 1UGGA 2FOQA 4Q90A 6CA2A 4M2RA 5J8ZA 3IEOA 4PQ7A 3NB5A 1BCDA 4HBAA 3RYJB 3P3JA 3W6IA 5EH5A 4E3GA 1CAYA 1RAYA 1CINA 1CNHA 1DMYA 4Q08A 1KWQA 1CNCA 1HECA 4Z1NA 1G53A 3M5TA 4WUQA 3DCCA 1IF9A 4YGKA 2ZNCA 3MHCA 3RYVB 1JV0A 3IBNA 4QSAA 1I9LA 3HKNA 3DD0A 1G3ZA 3DC9A 4CNVA 4KAPA 1ZSCA 3MNIA 1CAJA 4Q87A 3U47A 3TVNX 3N4BA 3PYKA 4YHAA 5CA2A 4XFWA 4KNNA 2H15A 5EIJA 2ILIA 4E4AA 4YWPA 4FVOA 1FR7A 4HT0A 2Q1QA 2NNOA 5FLOA 2NWZA 2FOUA 3M1JA 4RUXA 4QY3A 3D8WA 1CVFA 4Q06A 2HNCA 1AM6A 5E2MA 4QJWA 5DSIA 1TBTX 5EH7A 2IT4A 4PYYA 2CBCA 2CABA 5DOGA 1G54A 4MDMA 1CVHA 4YGNA 3JXGA 3RZ0B 1ZE8A 1ZH9A 3P55A 5EHWA 1RZBA 3F8EA 2CBEA 3SBHA 4IWZA 3S8XA 1RZDA 4L5VA 5SZ0A 3IGPA 1CNYA 1RAZA 5E5UA 1YO0A 4ITPA 4Q6EA 1OKLA 3BL1A 3FE4A 5JQ0A 5FNHA 5SZ5A 3RG3A 3M5SA 2W2JA 2NNSA 2VVBX 3OIMA 4CNXA 4QJ0A 4R5BA 3RG4A 4RIVA 3KS3A 3N2PA 4Z0QA 4Q8ZA 2HD6A 3P44A 4JSSA 5AMDA 3DD8A 1BV3A 4K0ZA 2GEHA 4RFDA 3V3GB 3IBUA 4HEWA 4N16A 3P58A 2NMXA 5FDCA 5FL6A 1H9QA 1CRMA 3P3HA 1G4JA 1RZEA 1V9EA 1DCAA 3D0NA 2QO8A 4M2WA 3PO6A 3D9ZA 1OKNA 4JSZA 4RUZA 1JD0A 1CNKA 2CBBA 1BZMA 4FPTA 3P4VA 2Q1BA 5DSPA 3S76A 3HFPA 3OKUA 1IF7A 4MLXA 1BNQA 1BNWA 4Z1EA 1IF4A 2AW1A 5JGSB 3MNUA 5E2SA 3SAXA 12CAA 2FOVA 1ZFKA 4XIWA 1TH9A 1YDDA 4WW8A 4HEZA 4FRCA 3M04A 5EKHA 5BRUA 4QSBA 5CLUA 4HEYA 4RN4A 3S75B 5FNMA 1IF5A 1BN4A 3Q31A 3FFPX 1Y7WA 4KP5A 5JQTA 4DZ9A 4ZWZA 1HUGA 2NXSA 1G4OA 1ZSBA 4M2VA 1CNJA 4QJMA 4Q8XA 5DVXA 3EFIA 3P5LA 2FNMA 3ML5A 3T5UA 1YO1A 3B1BA 4KUWA 5AMLA 5FLSA 1KEQA 3DV7A 3RYZA 2FMGA 1I9OA 4Q8YA 3OIKA 5FNLA 4JSWA 2VVAX 1CANA 2NN1A 2WEGA 3M40A 5SZ3A 4MLTA 4TWLA 4K0TA 1TG9A 9CA2A 4Q83A 4G7AA 3R16A 5DSOA 3T85A 3MHLA 1UGBA 1TB0X 5BNLA 4ZX1A 3S71B 7CA2A 5DRSA 4HT2A 4CNRA 1RZCA 5BRWA 5SZ1A 3IAIA 2NWYA 5FLQA 3U3AX 1TTMA 5FNKA 2EU3A 4G0CA 4E3DA 3F7UA 4QSIA 4KUVA 1G46A 1I9NA 5E2NA 5JEPB 1HEDA 4PYXA 1CCSA 5SZ4A 5EKJA 2HFWA 4Q49A 5EHVA 4QIYA 1Z97A 4COQA 2X7UA 5JG5B 5SZ7A 1AVNA 1H4NA 1XPZA 4E49A 3ZP9A 1CAOA 4UOVA 3M2NA 3TVOX 1BICA 1FQRA 3HKTA 4DZ7A 5C8IA 4CACA 2WEHA 3M98A 4Q07A 1FQLA 5AMGA 4BF1A 1FLJA 1KOPA 3KONA 3V7XA 4BF6A 5A6HA 2Q38A 4ETQC 3IBLA 5JDVB 3BETA 3CAJA 4YXUA 4E3HA 1CILA 1LUGA 5SZ2A 3V3HB 4YXIA 1HUHA 3S74B 3M1KA 3DC3A 1BN1A 4Q09A 5FLRA 1CAZA 2QOAA 2FNNA 4ZAOA 1FSNA 1UGAA 2NWOA 1BNNA 3HKUA 3OYQA 2ABEA 1BN3A 3S78B 2X7SA 3V3IB 1G1DA 4RIUA 2CA2A 4WUPA 4ZWYA 1RJ5A 3JXHC 4KNMA 1G45A 1J9WA 3T82A 2HKKA 3MNHA 3DVDA 1BNTA 3D92A 1IF8A 4JS6A 4Q0LA 5JEHB 5FL4A 1DMXA 4N0XB 3NI5A 1OKMA 5DSJA 3RZ5A 1TG3A 3OKVA 5DSRA 4R5AA 4CNWA 3S9TA 1FQNA 5FNGA 4Z1KA 3HKQA 3M96A 3EFTA 4E9OX 3R17B 4WR7A 2EU2A 4QSJA 1LG6A 4LU3A 3IBIA 1CA3A 4QJOA 2FOYA 3RZ7A 2OSFA 1Z9YA 2F14A 4WL4A 4QJXA 3K7KA 1OQ5A 3N0NA 3UYQA 3M2YA 4ZX0A 1T9NA 1UGFA 5DSNA 5JGTB 1YO2A 1CNBA 3PJJA 1HVAA 2X7TA 2FMZA 3MHOA 1TE3X 4ZWXA 4IDRX 4QTLA 2NXRA 1CALA 4R59A 1HEBA 2OSMA 1CRAA 1G0FA 2GD8A 3LXEA 3HLJA 1Z93A 4FVNA 2WD3A 4RUYA 2FW4A 3BL0A 3MWOA 4Q81A 5LMDA 1UGEA 3NJ9A 1G6VA 1F2WA 3DVCA 2WD2A 1CVAA 3CZVA 4QEFA 5EHEA 2NNVA 1I9MA 3VBDA 1CA2A 3GZ0A 3MHIA 4PZHA 1RJ6A 3MZCA 5EH8A 2NNGA 1XQ0A 1I9QA 4YGJA 1G48A 4ITOA 4MDGA 5FNJA 4CQ0A 1CAIA 2HOCA 3C7PA 3U7CA 3MDZA 1H9NA 3MHMA 4WW6A 5L3OA 1ZFQA 3KLDB 4BCWA 5DSQA 5EZTX 4LHIA 2CBDA 5JG3B 3V3JA 1JCZA 5G01A 2O4ZA 3M2ZA 4C3TA 1G0EA 2NXTA 4YGFA 5DOHA 3S72B 2POWA 3RJ7A 3L14A 3F7BA 5JEGB 1HCAA 3CYUA 3N3JA 1THKA 4HU1A 4QK3A 4KNIA 1MOOA 3RGEA 3V2MA 3T83A 4Z1JA 4FU5A 2NWPA 1CCUA 4Q6DA 3V5GA 1BNMA 1ZGFA 3KOKA 3MNAA 5FNIA 1LG5A 3QYKA 1CCTA 3V2JA 1TEQX 4XZ5A 8CA2A 4XIXA 4LP6A 3S77B 3KNEA 4E3FA 1KOQA 1CAMA 4L5WA 1CVBA 1CNWA 3K2FA 1AZMA 5DSLA 2AX2A 3MNKA 2WEJA 4PXXA 4K1QA 4YGLA 4JSAA 3KWAA 3MMFA 1ZSAA 5G0BA 3OILA 4CA2A 1EOUA 3RZ8A 4YYTA 5JESB 1XEVA 1YDCA 3M14A 1KWRA 1BNUA 3M1QA 3W6HA 4QIZA 4RH2A 1I91A 3CA2A 2NN7A 3KOIA 3MNJA 5BYIA 4MTYA 5SZ6A 1XEGA 1CNIA 1DCBA 4ILXA 1CAHA 4GL1X 3DA2A 5FL5A 3F4XA 4K0SA 4KUYA 5CJFA 4MO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UGC A;  1RZA A;  4FL7 A;  5L6K A;  4Q78 A;  1CVC A;  3UYN A;  1URT A;  5HPJ A;  3OYS A;  4YVY A;  1LGD A;  3B4F A;  4Q7V A;  1ZGE A;  4QK2 A;  4QK1 A;  2WEO A;  3OY0 A;  5FDI A;  3DCW A;  1A42 A;  5G03 A;  3M1W A;  3V3F A;  3K34 A;  1CNG A;  1YDB A;  4QJP A;  2POU A;  3HS4 A;  1CVE A;  4YX4 A;  4Q7P A;  3RYY A;  1ZNC A;  4FIK A;  3MYQ A;  1V9I C;  3P5A A;  4KV0 A;  3T5Z A;  4Y0J A;  1I9P A;  3DAZ A;  3S73 B;  2QP6 A;  4Q7S A;  2H4N A;  5E28 A;  3DVB A;  5G0C A;  3ML2 A;  1HEA A;  1FQM A;  2POV A;  4Q9Y A;  3M2X A;  4TWM A;  5FLP A;  4YXO A;  1IF6 A;  3SAP A;  4KNJ A;  1BNV A;  1CZM A;  1FR4 A;  5E5R A;  1G52 A;  5CAC A;  1CIM A;  3SBI A;  4RFC A;  2HL4 A;  3RYX B;  3TMJ A;  5FLT A;  5EOI A;  3RLD A;  4HF3 A;  1CNX A;  4XE1 A;  4K13 A;  5A25 A;  1YDA A;  3M67 A;  4KP8 A;  2FNK A;  4Q99 A;  1FSQ A;  3JXF A;  4MDL A;  3DBU A;  5IPZ A;  1HCB A;  3KKX A;  3D93 A;  3M5E A;  1UGD A;  5E2R A;  2EZ7 A;  1CAK A;  1CVD A;  4L5U A;  1I90 A;  3U45 X;  4Q7W A;  1LZV A;  5DSK A;  5BRV A;  1I8Z A;  2FOS A;  3DCS A;  3KIG A;  3ZNC A;  1MUA A;  3T84 A;  3S97 A;  5DSM A;  1TEU X;  2CBA A;  3FW3 A;  4E5Q A;  4M2U A;  1FSR A;  4X5S A;  5EKM A;  5E2K A;  3RZ1 B;  3M3X A;  4ZWI A;  1UGG A;  2FOQ A;  4Q90 A;  6CA2 A;  4M2R A;  5J8Z A;  3IEO A;  4PQ7 A;  3NB5 A;  1BCD A;  4HBA A;  3RYJ B;  3P3J A;  3W6I A;  5EH5 A;  4E3G A;  1CAY A;  1RAY A;  1CIN A;  1CNH A;  1DMY A;  4Q08 A;  1KWQ A;  1CNC A;  1HEC A;  4Z1N A;  1G53 A;  3M5T A;  4WUQ A;  3DCC A;  1IF9 A;  4YGK A;  2ZNC A;  3MHC A;  3RYV B;  1JV0 A;  3IBN A;  4QSA A;  1I9L A;  3HKN A;  3DD0 A;  1G3Z A;  3DC9 A;  4CNV A;  4KAP A;  1ZSC A;  3MNI A;  1CAJ A;  4Q87 A;  3U47 A;  3TVN X;  3N4B A;  3PYK A;  4YHA A;  5CA2 A;  4XFW A;  4KNN A;  2H15 A;  5EIJ A;  2ILI A;  4E4A A;  4YWP A;  4FVO A;  1FR7 A;  4HT0 A;  2Q1Q A;  2NNO A;  5FLO A;  2NWZ A;  2FOU A;  3M1J A;  4RUX A;  4QY3 A;  3D8W A;  1CVF A;  4Q06 A;  2HNC A;  1AM6 A;  5E2M A;  4QJW A;  5DSI A;  1TBT X;  5EH7 A;  2IT4 A;  4PYY A;  2CBC A;  2CAB A;  5DOG A;  1G54 A;  4MDM A;  1CVH A;  4YGN A;  3JXG A;  3RZ0 B;  1ZE8 A;  1ZH9 A;  3P55 A;  5EHW A;  1RZB A;  3F8E A;  2CBE A;  3SBH A;  4IWZ A;  3S8X A;  1RZD A;  4L5V A;  5SZ0 A;  3IGP A;  1CNY A;  1RAZ A;  5E5U A;  1YO0 A;  4ITP A;  4Q6E A;  1OKL A;  3BL1 A;  3FE4 A;  5JQ0 A;  5FNH A;  5SZ5 A;  3RG3 A;  3M5S A;  2W2J A;  2NNS A;  2VVB X;  3OIM A;  4CNX A;  4QJ0 A;  4R5B A;  3RG4 A;  4RIV A;  3KS3 A;  3N2P A;  4Z0Q A;  4Q8Z A;  2HD6 A;  3P44 A;  4JSS A;  5AMD A;  3DD8 A;  1BV3 A;  4K0Z A;  2GEH A;  4RFD A;  3V3G B;  3IBU A;  4HEW A;  4N16 A;  3P58 A;  2NMX A;  5FDC A;  5FL6 A;  1H9Q A;  1CRM A;  3P3H A;  1G4J A;  1RZE A;  1V9E A;  1DCA A;  3D0N A;  2QO8 A;  4M2W A;  3PO6 A;  3D9Z A;  1OKN A;  4JSZ A;  4RUZ A;  1JD0 A;  1CNK A;  2CBB A;  1BZM A;  4FPT A;  3P4V A;  2Q1B A;  5DSP A;  3S76 A;  3HFP A;  3OKU A;  1IF7 A;  4MLX A;  1BNQ A;  1BNW A;  4Z1E A;  1IF4 A;  2AW1 A;  5JGS B;  3MNU A;  5E2S A;  3SAX A;  12CA A;  2FOV A;  1ZFK A;  4XIW A;  1TH9 A;  1YDD A;  4WW8 A;  4HEZ A;  4FRC A;  3M04 A;  5EKH A;  5BRU A;  4QSB A;  5CLU A;  4HEY A;  4RN4 A;  3S75 B;  5FNM A;  1IF5 A;  1BN4 A;  3Q31 A;  3FFP X;  1Y7W A;  4KP5 A;  5JQT A;  4DZ9 A;  4ZWZ A;  1HUG A;  2NXS A;  1G4O A;  1ZSB A;  4M2V A;  1CNJ A;  4QJM A;  4Q8X A;  5DVX A;  3EFI A;  3P5L A;  2FNM A;  3ML5 A;  3T5U A;  1YO1 A;  3B1B A;  4KUW A;  5AML A;  5FLS A;  1KEQ A;  3DV7 A;  3RYZ A;  2FMG A;  1I9O A;  4Q8Y A;  3OIK A;  5FNL A;  4JSW A;  2VVA X;  1CAN A;  2NN1 A;  2WEG A;  3M40 A;  5SZ3 A;  4MLT A;  4TWL A;  4K0T A;  1TG9 A;  9CA2 A;  4Q83 A;  4G7A A;  3R16 A;  5DSO A;  3T85 A;  3MHL A;  1UGB A;  1TB0 X;  5BNL A;  4ZX1 A;  3S71 B;  7CA2 A;  5DRS A;  4HT2 A;  4CNR A;  1RZC A;  5BRW A;  5SZ1 A;  3IAI A;  2NWY A;  5FLQ A;  3U3A X;  1TTM A;  5FNK A;  2EU3 A;  4G0C A;  4E3D A;  3F7U A;  4QSI A;  4KUV A;  1G46 A;  1I9N A;  5E2N A;  5JEP B;  1HED A;  4PYX A;  1CCS A;  5SZ4 A;  5EKJ A;  2HFW A;  4Q49 A;  5EHV A;  4QIY A;  1Z97 A;  4COQ A;  2X7U A;  5JG5 B;  5SZ7 A;  1AVN A;  1H4N A;  1XPZ A;  4E49 A;  3ZP9 A;  1CAO A;  4UOV A;  3M2N A;  3TVO X;  1BIC A;  1FQR A;  3HKT A;  4DZ7 A;  5C8I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1LZVA

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