1MUA | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPALLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6789722573684362__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6789722573684362__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1mua/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6789722573684362__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6789722573684362","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1mua/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6789722573684362__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb99082dc6e558c6b295e3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb99082dc6e558c6b295e3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb99082dc6e558c6b295e3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb99082dc6e558c6b295e3/pdb.gz): 455 ms

reading 256 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

256 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:255});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure and energetics of a non-proline cis-peptidyl linkage in a proline-202-->alanine carbonic anhydrase II variant. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
total genus	79
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1993-06-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1muaA00

1JCZA 1CVAA 3B4FA 4QJ0A 1G6VA 4QSIA 4RUZA 5CLUA 3P4VA 1BICA 1CNJA 4MDMA 5FL6A 4XIWA 3BL0A 4MTYA 1CILA 3M5EA 3D0NA 4KV0A 3MHCA 3HKTA 1RZAA 3V7XA 2X7TA 4RUXA 5BRVA 5AMGA 3MDZA 1RZDA 5C8IA 4YXUA 3D93A 4Z1NA 2QP6A 2AW1A 3P58A 4Q6EA 2HKKA 4YGJA 1CVBA 1TEQX 1DMYA 1I9MA 5EH7A 4QJXA 3KOIA 5DSLA 4Q09A 2WD3A 3F7BA 2HOCA 1G46A 4E9OX 3OIKA 4FVNA 4ZWIA 5EOIA 4ILXA 1YDBA 1RZBA 5EZTX 1H9QA 2NWYA 1IF7A 1OKNA 1BV3A 4Z1KA 3V3HB 3DA2A 3OY0A 3M67A 4X5SA 3HS4A 5FDCA 4E5QA 1IF4A 3DC3A 3MHLA 4XIXA 1CIMA 3DD0A 1CVEA 1XQ0A 4QSJA 1H4NA 1JV0A 4QK3A 2NN7A 2CBEA 3LXEA 3N0NA 4BF6A 4L5WA 4MLXA 5JEGB 3S74B 3RZ1B 4BF1A 1G53A 3ML5A 5AMLA 1RAYA 3P3JA 1CANA 3MZCA 1FQMA 1CRMA 3W6HA 4Q81A 3QYKA 1G48A 4ZX1A 1IF5A 1UGDA 4Q78A 4KNIA 1RZEA 4Q8XA 5L6KA 3FFPX 4PXXA 3RYYA 4Q08A 4E4AA 4ZWZA 1T9NA 3HLJA 2NWPA 2WEGA 3MYQA 2QOAA 5SZ0A 3RYVB 5JG5B 3M2NA 4YX4A 1TBTX 4WW8A 4CQ0A 5DSNA 5FLQA 3KOKA 5DOHA 5SZ4A 1G54A 2NNSA 2NXSA 4LHIA 4R5AA 4K0TA 1CAZA 5FNJA 2W2JA 3C7PA 4Q83A 4ZWYA 3M14A 4QSBA 2ABEA 3IBIA 3MWOA 1ZGEA 4FVOA 3ZNCA 5DSRA 4XZ5A 1UGEA 1CAIA 1KOPA 1ZFQA 3M98A 1KOQA 2GD8A 1CCSA 3CZVA 3M2YA 4HU1A 1F2WA 1TB0X 3M1WA 4QEFA 4WW6A 3M1JA 2IT4A 1G1DA 3MNIA 1CCTA 1IF8A 3OIMA 4Q6DA 3EFIA 3BETA 4YGKA 2GEHA 2POVA 3V5GA 5DSOA 3RLDA 5DSQA 5DSJA 5JGTB 1LGDA 1UGFA 3EFTA 1CRAA 3F4XA 1THKA 5FL5A 1BNVA 4Q8ZA 3F7UA 5DVXA 3MMFA 4L5VA 3S75B 4FIKA 3V2MA 4C3TA 3NB5A 1IF6A 3M3XA 3Q31A 4Y0JA 3S72B 5BRWA 1FQLA 1CNCA 4Q99A 3PO6A 4CACA 4WL4A 4UOVA 4R59A 3M04A 4DZ7A 4Z1EA 4KP8A 3IEOA 2WEHA 1OQ5A 4KAPA 4YXOA 5EHEA 3M2XA 4HBAA 2H15A 4M2UA 2Q1BA 4ZX0A 1G0EA 5FL4A 3R16A 3OYQA 4L5UA 2VVAX 4CA2A 1BN4A 1OKMA 2NXRA 3HKUA 3D9ZA 5FLSA 3JXGA 4QY3A 1UGCA 1XEGA 3P44A 1HVAA 1HUHA 3RYZA 1EOUA 1UGAA 1ZGFA 1XEVA 5G03A 1I9QA 3F8EA 1ZSAA 5EH8A 3P55A 5E2SA 5L3OA 5CA2A 5DSIA 3FE4A 2WEJA 1CNYA 3PYKA 1H9NA 4Q7VA 3RG4A 1TEUX 1ZSCA 1KWRA 3SBHA 5BYIA 3MNKA 4JSAA 1YO1A 4Q9YA 3V3FA 4QJOA 1CAKA 2FNNA 1BNTA 3TVNX 4QIYA 1V9EA 5DSMA 5EKHA 2NMXA 1CNKA 1CNGA 3M5SA 5CJFA 1CNXA 4YGNA 3HKQA 3P5AA 1TG9A 1RAZA 3S97A 3MNAA 1OKLA 3DAZA 4G0CA 3RZ8A 3T83A 5DRSA 1KWQA 4Q07A 4WUQA 2NWZA 3ML2A 5EKMA 1G52A 3DBUA 1Z93A 5E2KA 3OILA 3KS3A 5E5UA 1DMXA 3K2FA 4JSSA 3MNUA 2F14A 3DV7A 3CYUA 4KNNA 4M2RA 3U45X 2Q38A 5EH5A 1URTA 2EU3A 3HFPA 1ZH9A 2POWA 4Q7PA 2EZ7A 3P3HA 4Q7WA 1CVDA 3RYJB 2CBAA 3IBLA 3U3AX 1AVNA 1CA2A 3TMJA 5FNMA 3KIGA 3RJ7A 1UGBA 2O4ZA 3RZ5A 4QJWA 1CNIA 4E3DA 1I9OA 9CA2A 1YDDA 5JG3B 3T84A 5JQTA 1TH9A 1CA3A 4WR7A 4E3GA 1BNNA 1YO2A 4XFWA 4YGFA 5EHVA 5G01A 2OSFA 5G0CA 4MO8A 4HEZA 1HEAA 2VVBX 1HCBA 2WD2A 5IPZA 1I8ZA 1ZFKA 5E28A 3T85A 4WUPA 3NJ9A 3D8WA 8CA2A 1G4JA 1HEDA 2X7UA 3M2ZA 5DSKA 2AX2A 4TWLA 4K13A 1HECA 3K7KA 1G4OA 1CVFA 4GL1X 4LP6A 4MLTA 7CA2A 1LZVA 4Q90A 5SZ1A 3V3JA 4N0XB 3BL1A 1CVCA 4DZ9A 3U7CA 3ZP9A 1CNWA 4QK1A 2FOVA 2CBDA 5JESB 1FSQA 4FU5A 1CZMA 1TG3A 4ZWXA 4E3HA 5FLOA 2QO8A 4Q06A 4QIZA 3DD8A 2NWOA 3M96A 1G3ZA 2CBBA 1HUGA 4K1QA 4M2WA 2WEOA 1CAJA 1FSNA 3CA2A 3S78B 4E3FA 3GZ0A 1MOOA 3KONA 3S73B 5FNIA 4Q0LA 3TVOX 2X7SA 3S8XA 5BRUA 5FDIA 2FW4A 2HFWA 4LU3A 4RUYA 3KLDB 5SZ7A 5A25A 1CALA 3RG3A 3B1BA 3DCWA 3VBDA 3SAPA 3IBUA 4RH2A 1IF9A 4PZHA 4RFCA 4E49A 1Y7WA 2NNVA 1HEBA 5EIJA 1BNQA 3N4BA 5LMDA 4YGLA 2POUA 3DC9A 1I91A 4RFDA 1RZCA 1ZSBA 1RJ6A 2FNKA 1G45A 3IBNA 5FNHA 4Q8YA 4Q49A 3MHMA 4KUWA 5FLTA 4ETQC 4K0ZA 4ZAOA 3OKUA 1CAMA 5JQ0A 2CBCA 4QJPA 5DOGA 2FMZA 3NI5A 1YDAA 1FLJA 3DCCA 5DSPA 5E5RA 5SZ5A 4YXIA 5FNLA 3L14A 2FMGA 4FL7A 1V9IC 4M2VA 4R5BA 3T5UA 3KWAA 2CABA 1YO0A 4COQA 3CAJA 1KEQA 4JS6A 1TE3X 5FNKA 3T5ZA 2H4NA 3HKNA 3DVBA 1CAOA 3RGEA 4QSAA 2HD6A 5SZ3A 1UGGA 5HPJA 5EKJA 1TTMA 1CAYA 4RN4A 3DCSA 1XPZA 4K0SA 1FSRA 5E2RA 5FLRA 1BN3A 5CACA 1FQRA 3RYXB 3T82A 4QK2A 1HCAA 1BNUA 4Q7SA 3JXHC 1J9WA 2ILIA 3S76A 4HEWA 1LUGA 2FNMA 4FPTA 4Q87A 1LG5A 2FOYA 1AM6A 2Q1QA 4CNXA 4G7AA 4YYTA 4IWZA 4Z1JA 5BNLA 5SZ6A 1CNBA 4HF3A 2EU2A 1AZMA 3KNEA 5EHWA 4XE1A 4JSZA 1CVHA 1CCUA 4CNWA 1RJ5A 5E2MA 1Z97A 3JXFA 1I90A 4HT2A 4KNMA 4PYXA 3R17B 2FOUA 3D92A 3MHIA 4QTLA 3S9TA 5JEPB 3UYNA 1FQNA 3N2PA 3OKVA 1CINA 1ZE8A 2FOSA 4IDRX 1YDCA 1CNHA 5AMDA 4MDLA 1I9LA 2HL4A 2OSMA 3V2JA 4BCWA 1FR4A 2NN1A 3IGPA 3P5LA 3SBIA 4FRCA 4Z0QA 3RZ0B 4HEYA 1DCBA 3N3JA 3U47A 4RIVA 3M5TA 4KUVA 4CNVA 4PQ7A 3M1QA 4N16A 3S77B 2ZNCA 3SAXA 4QJMA 5G0BA 6CA2A 3MHOA 1G0FA 3OYSA 2NXTA 5JDVB 5A6HA 1LG6A 4CNRA 4JSWA 1I9NA 3S71B 3PJJA 4MDGA 4RIUA 3M40A 1BN1A 4KUYA 1FR7A 4YVYA 4YHAA 1MUAA 1BCDA 2HNCA 3M1KA 4PYYA 3KKXA 3K34A 3RZ7A 3IAIA 2NNOA 1A42A 4HT0A 5FLPA 5FNGA 1JD0A 3MNHA 1Z9YA 4ITPA 12CAA 3DVDA 2FOQA 1BNWA 1I9PA 5E2NA 3V3IB 3FW3A 5J8ZA 1ZNCA 3DVCA 3V3GB 2CA2A 4YWPA 5SZ2A 1BNMA 5JEHB 1BZMA 3W6IA 3UYQA 1DCAA 5JGSB 4KNJA 4TWMA 1CAHA 2NNGA 4ITOA 3MNJA 4KP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JCZ A;  1CVA A;  3B4F A;  4QJ0 A;  1G6V A;  4QSI A;  4RUZ A;  5CLU A;  3P4V A;  1BIC A;  1CNJ A;  4MDM A;  5FL6 A;  4XIW A;  3BL0 A;  4MTY A;  1CIL A;  3M5E A;  3D0N A;  4KV0 A;  3MHC A;  3HKT A;  1RZA A;  3V7X A;  2X7T A;  4RUX A;  5BRV A;  5AMG A;  3MDZ A;  1RZD A;  5C8I A;  4YXU A;  3D93 A;  4Z1N A;  2QP6 A;  2AW1 A;  3P58 A;  4Q6E A;  2HKK A;  4YGJ A;  1CVB A;  1TEQ X;  1DMY A;  1I9M A;  5EH7 A;  4QJX A;  3KOI A;  5DSL A;  4Q09 A;  2WD3 A;  3F7B A;  2HOC A;  1G46 A;  4E9O X;  3OIK A;  4FVN A;  4ZWI A;  5EOI A;  4ILX A;  1YDB A;  1RZB A;  5EZT X;  1H9Q A;  2NWY A;  1IF7 A;  1OKN A;  1BV3 A;  4Z1K A;  3V3H B;  3DA2 A;  3OY0 A;  3M67 A;  4X5S A;  3HS4 A;  5FDC A;  4E5Q A;  1IF4 A;  3DC3 A;  3MHL A;  4XIX A;  1CIM A;  3DD0 A;  1CVE A;  1XQ0 A;  4QSJ A;  1H4N A;  1JV0 A;  4QK3 A;  2NN7 A;  2CBE A;  3LXE A;  3N0N A;  4BF6 A;  4L5W A;  4MLX A;  5JEG B;  3S74 B;  3RZ1 B;  4BF1 A;  1G53 A;  3ML5 A;  5AML A;  1RAY A;  3P3J A;  1CAN A;  3MZC A;  1FQM A;  1CRM A;  3W6H A;  4Q81 A;  3QYK A;  1G48 A;  4ZX1 A;  1IF5 A;  1UGD A;  4Q78 A;  4KNI A;  1RZE A;  4Q8X A;  5L6K A;  3FFP X;  4PXX A;  3RYY A;  4Q08 A;  4E4A A;  4ZWZ A;  1T9N A;  3HLJ A;  2NWP A;  2WEG A;  3MYQ A;  2QOA A;  5SZ0 A;  3RYV B;  5JG5 B;  3M2N A;  4YX4 A;  1TBT X;  4WW8 A;  4CQ0 A;  5DSN A;  5FLQ A;  3KOK A;  5DOH A;  5SZ4 A;  1G54 A;  2NNS A;  2NXS A;  4LHI A;  4R5A A;  4K0T A;  1CAZ A;  5FNJ A;  2W2J A;  3C7P A;  4Q83 A;  4ZWY A;  3M14 A;  4QSB A;  2ABE A;  3IBI A;  3MWO A;  1ZGE A;  4FVO A;  3ZNC A;  5DSR A;  4XZ5 A;  1UGE A;  1CAI A;  1KOP A;  1ZFQ A;  3M98 A;  1KOQ A;  2GD8 A;  1CCS A;  3CZV A;  3M2Y A;  4HU1 A;  1F2W A;  1TB0 X;  3M1W A;  4QEF A;  4WW6 A;  3M1J A;  2IT4 A;  1G1D A;  3MNI A;  1CCT A;  1IF8 A;  3OIM A;  4Q6D A;  3EFI A;  3BET A;  4YGK A;  2GEH A;  2POV A;  3V5G A;  5DSO A;  3RLD A;  5DSQ A;  5DSJ A;  5JGT B;  1LGD A;  1UGF A;  3EFT A;  1CRA A;  3F4X A;  1THK A;  5FL5 A;  1BNV A;  4Q8Z A;  3F7U A;  5DVX A;  3MMF A;  4L5V A;  3S75 B;  4FIK A;  3V2M A;  4C3T A;  3NB5 A;  1IF6 A;  3M3X A;  3Q31 A;  4Y0J A; 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1MUAA

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