1RZE | Genus

Total Genus 78

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2714446978054994__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2714446978054994__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1rze/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2714446978054994__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2714446978054994","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1rze/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2714446978054994__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	X-ray analysis of metal-substituted human carbonic anhydrase II derivatives. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	78
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1993-05-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1rzeA00

4M2RA 1JCZA 3D8WA 1JD0A 3DVCA 3OKVA 3RYJB 4MLXA 1BZMA 1MOOA 2HFWA 2OSMA 3NJ9A 4FIKA 1CVHA 3W6IA 1CANA 5FNLA 5EH7A 1J9WA 5CLUA 1CAJA 4Z1KA 3DD8A 3NI5A 2Q1BA 3MHOA 3SAXA 3T84A 2POWA 1CAOA 3M14A 5A25A 4E3FA 4YWPA 4XE1A 3EFIA 4FVOA 3V3JA 1YO1A 2FNMA 1TBTX 1G45A 2CABA 1BNUA 3D93A 3F7UA 4QJXA 1H4NA 1UGFA 3HKUA 2NNOA 3KLDB 5DSJA 1OKMA 3HKTA 4KUYA 3IGPA 4DZ9A 1HEBA 1FR4A 1G0FA 3V5GA 2FW4A 1CCUA 3D9ZA 3VBDA 2X7TA 3V3FA 1FSQA 1RAZA 1ZFKA 3KWAA 4Q7SA 4M2UA 1Z93A 5E5UA 3S77B 3U3AX 5EKMA 3KNEA 4PQ7A 4WW8A 4BF1A 3K2FA 3HLJA 1UGAA 5DSOA 1CAIA 3L14A 5E5RA 3SAPA 1DCAA 5DSMA 1CILA 1G46A 5FLRA 5E2RA 2NXRA 2NNSA 2HL4A 4M2WA 3MYQA 3DD0A 3T85A 3MNKA 3N4BA 4KNIA 3JXHC 4YGKA 3IAIA 3OY0A 4CNXA 2X7SA 3QYKA 1DMYA 4HBAA 1UGBA 4TWMA 4YGFA 4KP8A 1LUGA 3BL1A 2H15A 3ZP9A 4JSZA 4MLTA 5BRUA 4UOVA 5EHVA 3F4XA 4RH2A 2Q38A 4E3HA 3V2MA 1Z97A 2VVBX 4K1QA 4COQA 1FQRA 5G03A 3KONA 5FL4A 1FQMA 5JEGB 1CNIA 5FNMA 3V2JA 1HCAA 4JSSA 3OIKA 4QEFA 3V7XA 3W6HA 1CNWA 1CRAA 4QSAA 1FR7A 1HVAA 4QY3A 3S72B 5SZ2A 4RN4A 4KP5A 3S76A 2CBCA 2OSFA 5JDVB 4Q81A 5FDIA 5FNGA 4ZX0A 4CA2A 4YXIA 3DBUA 2CA2A 1BICA 5JGSB 1CAMA 5EIJA 4PYXA 3FW3A 1HCBA 5SZ7A 1CNYA 5AMLA 1I9NA 2CBEA 3P5LA 3T5ZA 4CNVA 3M5SA 4RUZA 1I91A 2POUA 3MMFA 5BRWA 4Q07A 5DSLA 1CAZA 5CA2A 4R59A 1CRMA 3JXFA 1UGCA 4R5BA 3P4VA 1UGGA 4WW6A 4XZ5A 2FOUA 4C3TA 4Y0JA 3S71B 1CZMA 2NWPA 3CAJA 3FE4A 4Z0QA 4LHIA 3TMJA 1TG3A 1V9EA 1YDCA 4FU5A 4L5UA 2WD3A 5DOGA 1LGDA 4ZX1A 5DSPA 3PYKA 3MNJA 4L5VA 4YX4A 1Z9YA 3UYQA 1AVNA 1RZAA 3OILA 1CNHA 4KNNA 4QSBA 2WEOA 3S74B 5L3OA 4Z1NA 7CA2A 5LMDA 2FOVA 1TE3X 3DAZA 3MWOA 3RGEA 1YO2A 3S9TA 1CVAA 3MHLA 3CZVA 5JESB 3M1QA 3GZ0A 1I9PA 2ABEA 3MNHA 5A6HA 5E2SA 5JEPB 2NNVA 4G0CA 3T5UA 1TEUX 4Q99A 4RFDA 1ZGFA 3M5TA 2GD8A 1I90A 4YGLA 3P58A 1CAYA 1G48A 1CNXA 4CNWA 2AW1A 4MTYA 2WD2A 3DVDA 5JQ0A 1BV3A 3P44A 4Q49A 3MHMA 3RYYA 5BRVA 4PZHA 2NWYA 5CACA 3M40A 3HKQA 5EH8A 3IBIA 4E3GA 1BNNA 1TB0X 4QSJA 5SZ1A 4LP6A 4KUVA 2NWOA 3U45X 3M1KA 4HEWA 5FLSA 1CCTA 3PJJA 2FOYA 1BNVA 1UGEA 4M2VA 5SZ3A 4QJMA 1LG5A 3RG3A 4YXOA 1IF6A 1JV0A 2VVAX 1BN1A 5FL6A 2EU3A 3DVBA 1CALA 5FLTA 4QK2A 3V3IB 5DVXA 4ETQC 2QP6A 1ZE8A 1ZSAA 4QTLA 1HEDA 4Q78A 2NN1A 1YDAA 3N2PA 3M04A 5FLPA 1XPZA 5G01A 4Q9YA 4GL1X 2NWZA 2EU2A 4Q8YA 3P5AA 4ZWXA 1AM6A 1LG6A 4Q7VA 3N3JA 5DOHA 1KWRA 2O4ZA 3RZ7A 4XIWA 5FNIA 3T83A 5DSNA 5DSKA 3SBHA 3RYVB 8CA2A 4Q06A 1MUAA 1RAYA 2POVA 1RZDA 1CVEA 3MDZA 3IBLA 1CNBA 3M67A 1BNMA 4ILXA 4Q90A 1XQ0A 5E2NA 1CAKA 5EOIA 1ZGEA 3V3GB 4N16A 4XFWA 4BF6A 4ITPA 5JQTA 2W2JA 1URTA 5SZ5A 1CVDA 4Q87A 1CIMA 4Q7WA 4ZWYA 3BL0A 1H9QA 3IBUA 5AMGA 4X5SA 1CAHA 4QJ0A 4IDRX 5IPZA 3KS3A 5FLOA 1Y7WA 1YDDA 5DSRA 4WL4A 5EH5A 4CNRA 3M5EA 3HFPA 3RYXB 5EZTX 2Q1QA 4E49A 1FQLA 5J8ZA 1ZSBA 4RUXA 3C7PA 4YVYA 1G6VA 1TG9A 5SZ4A 3P55A 2NXTA 3PO6A 3B1BA 5JG3B 4MDMA 3KKXA 1RZCA 4Z1EA 3HKNA 3EFTA 1UGDA 3R16A 1TTMA 3DC9A 4WUPA 4ZAOA 5SZ0A 1BCDA 1FSNA 4XIXA 1I9QA 3K7KA 4E3DA 4KAPA 3P3HA 3S73B 3FFPX 3CA2A 1XEVA 4Q6DA 2FMZA 4CQ0A 5L6KA 3D92A 3OYQA 1CVFA 3M1WA 3MNUA 3MZCA 1G1DA 4BCWA 4HU1A 3ML5A 4HT2A 1I9LA 4KNJA 5CJFA 1I9MA 3V3HB 4MDLA 4Q83A 3OIMA 3HS4A 4PYYA 3RYZA 1FSRA 3M3XA 3Q31A 4G7AA 4QJWA 2EZ7A 1I9OA 3DCCA 3CYUA 1G0EA 1H9NA 3IBNA 5EHEA 4QJOA 2FNNA 4K0TA 3MHIA 1KOQA 1XEGA 3T82A 2ILIA 4N0XB 3N0NA 1IF9A 1TH9A 1RZEA 3K34A 4JSAA 3MHCA 3OKUA 3F7BA 2QO8A 2CBDA 1KOPA 4MDGA 1BNTA 3RLDA 4Q0LA 5EKJA 2FMGA 3ZNCA 2WEGA 1KEQA 1TEQX 5FL5A 3IEOA 5E28A 4ITOA 1THKA 3RZ0B 2HNCA 4E5QA 4YXUA 1G53A 4RIUA 1ZNCA 4Q09A 1FLJA 4RIVA 5FNKA 1RJ5A 3TVNX 5FNHA 5C8IA 2WEJA 1HECA 3UYNA 3DV7A 2IT4A 1HEAA 2FOSA 3RZ5A 1FQNA 1HUGA 2GEHA 4ZWIA 2ZNCA 4Q7PA 2H4NA 4E4AA 4JS6A 1CVBA 3RZ1B 1IF5A 3M2ZA 5EHWA 1BNQA 4FRCA 1RJ6A 1T9NA 1ZFQA 3MNAA 4WUQA 4JSWA 1BNWA 3M2YA 4YYTA 1CCSA 1G4JA 4E9OX 4YGNA 4ZWZA 2HD6A 1ZH9A 3MNIA 1IF7A 1G4OA 3KIGA 1G52A 1YO0A 9CA2A 5DSQA 1G3ZA 4DZ7A 2NN7A 4KNMA 1EOUA 1BN4A 1BN3A 3M98A 3DCWA 1CA2A 4FPTA 4Z1JA 4K0ZA 4FL7A 3D0NA 3M2XA 4LU3A 3RJ7A 1CNJA 5JEHB 1IF8A 4K0SA 4CACA 1AZMA 5AMDA 3TVOX 2HOCA 3B4FA 3U7CA 3OYSA 4QIZA 1G54A 4KV0A 1OQ5A 1YDBA 3DA2A 3F8EA 3DCSA 4YGJA 3KOIA 5SZ6A 3RG4A 3M1JA 5DSIA 3M2NA 4R5AA 2CBBA 4WR7A 5G0CA 3DC3A 3S78B 5E2MA 4L5WA 1ZSCA 3S97A 1OKLA 4YHAA 5FNJA 1IF4A 5BYIA 4HT0A 3S75B 5DRSA 2NMXA 4TWLA 5HPJA 1I8ZA 1V9IC 2WEHA 3M96A 1CINA 5JGTB 4RUYA 4FVNA 2HKKA 4QJPA 6CA2A 1CA3A 4RFCA 5EKHA 3RZ8A 4KUWA 4HEZA 3ML2A 2NXSA 1RZBA 3LXEA 2X7UA 1HUHA 3P3JA 4QK1A 1CNKA 4Q8XA 12CAA 1OKNA 1F2WA 3BETA 5G0BA 3NB5A 3R17B 2QOAA 5E2KA 4K13A 4QSIA 4MO8A 4PXXA 4HF3A 5FLQA 3JXGA 2CBAA 2F14A 1CVCA 3S8XA 1KWQA 5FDCA 3KOKA 4HEYA 5BNLA 4Q8ZA 1A42A 2AX2A 4QK3A 3U47A 3SBIA 4Q6EA 1LZVA 1DCBA 4IWZA 1DMXA 2FNKA 2FOQA 4Q08A 5JG5B 2NNGA 1CNCA 1CNGA 4QIYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M2R A;  1JCZ A;  3D8W A;  1JD0 A;  3DVC A;  3OKV A;  3RYJ B;  4MLX A;  1BZM A;  1MOO A;  2HFW A;  2OSM A;  3NJ9 A;  4FIK A;  1CVH A;  3W6I A;  1CAN A;  5FNL A;  5EH7 A;  1J9W A;  5CLU A;  1CAJ A;  4Z1K A;  3DD8 A;  3NI5 A;  2Q1B A;  3MHO A;  3SAX A;  3T84 A;  2POW A;  1CAO A;  3M14 A;  5A25 A;  4E3F A;  4YWP A;  4XE1 A;  3EFI A;  4FVO A;  3V3J A;  1YO1 A;  2FNM A;  1TBT X;  1G45 A;  2CAB A;  1BNU A;  3D93 A;  3F7U A;  4QJX A;  1H4N A;  1UGF A;  3HKU A;  2NNO A;  3KLD B;  5DSJ A;  1OKM A;  3HKT A;  4KUY A;  3IGP A;  4DZ9 A;  1HEB A;  1FR4 A;  1G0F A;  3V5G A;  2FW4 A;  1CCU A;  3D9Z A;  3VBD A;  2X7T A;  3V3F A;  1FSQ A;  1RAZ A;  1ZFK A;  3KWA A;  4Q7S A;  4M2U A;  1Z93 A;  5E5U A;  3S77 B;  3U3A X;  5EKM A;  3KNE A;  4PQ7 A;  4WW8 A;  4BF1 A;  3K2F A;  3HLJ A;  1UGA A;  5DSO A;  1CAI A;  3L14 A;  5E5R A;  3SAP A;  1DCA A;  5DSM A;  1CIL A;  1G46 A;  5FLR A;  5E2R A;  2NXR A;  2NNS A;  2HL4 A;  4M2W A;  3MYQ A;  3DD0 A;  3T85 A;  3MNK A;  3N4B A;  4KNI A;  3JXH C;  4YGK A;  3IAI A;  3OY0 A;  4CNX A;  2X7S A;  3QYK A;  1DMY A;  4HBA A;  1UGB A;  4TWM A;  4YGF A;  4KP8 A;  1LUG A;  3BL1 A;  2H15 A;  3ZP9 A;  4JSZ A;  4MLT A;  5BRU A;  4UOV A;  5EHV A;  3F4X A;  4RH2 A;  2Q38 A;  4E3H A;  3V2M A;  1Z97 A;  2VVB X;  4K1Q A;  4COQ A;  1FQR A;  5G03 A;  3KON A;  5FL4 A;  1FQM A;  5JEG B;  1CNI A;  5FNM A;  3V2J A;  1HCA A;  4JSS A;  3OIK A;  4QEF A;  3V7X A;  3W6H A;  1CNW A;  1CRA A;  4QSA A;  1FR7 A;  1HVA A;  4QY3 A;  3S72 B;  5SZ2 A;  4RN4 A;  4KP5 A;  3S76 A;  2CBC A;  2OSF A;  5JDV B;  4Q81 A;  5FDI A;  5FNG A;  4ZX0 A;  4CA2 A;  4YXI A;  3DBU A;  2CA2 A;  1BIC A;  5JGS B;  1CAM A;  5EIJ A;  4PYX A;  3FW3 A;  1HCB A;  5SZ7 A;  1CNY A;  5AML A;  1I9N A;  2CBE A;  3P5L A;  3T5Z A;  4CNV A;  3M5S A;  4RUZ A;  1I91 A;  2POU A;  3MMF A;  5BRW A;  4Q07 A;  5DSL A;  1CAZ A;  5CA2 A;  4R59 A;  1CRM A;  3JXF A;  1UGC A;  4R5B A;  3P4V A;  1UGG A;  4WW6 A;  4XZ5 A;  2FOU A;  4C3T A;  4Y0J A;  3S71 B;  1CZM A;  2NWP A;  3CAJ A;  3FE4 A;  4Z0Q A;  4LHI A;  3TMJ A;  1TG3 A;  1V9E A;  1YDC A;  4FU5 A;  4L5U A;  2WD3 A;  5DOG A;  1LGD A;  4ZX1 A;  5DSP A;  3PYK A;  3MNJ A;  4L5V A;  4YX4 A;  1Z9Y A;  3UYQ A;  1AVN A;  1RZA A;  3OIL A;  1CNH A;  4KNN A;  4QSB A;  2WEO A;  3S74 B;  5L3O A;  4Z1N A;  7CA2 A;  5LMD A;  2FOV A;  1TE3 X;  3DAZ A;  3MWO A;  3RGE A;  1YO2 A;  3S9T A;  1CVA A;  3MHL A;  3CZV A;  5JES B;  3M1Q A;  3GZ0 A;  1I9P A;  2ABE A;  3MNH A;  5A6H A;  5E2S A;  5JEP B;  2NNV A;  4G0C A;  3T5U A;  1TEU X;  4Q99 A;  4RFD A;  1ZGF A;  3M5T A;  2GD8 A;  1I90 A;  4YGL A;  3P58 A;  1CAY A;  1G48 A;  1CNX A;  4CNW A;  2AW1 A;  4MTY A;  2WD2 A;  3DVD A;  5JQ0 A;  1BV3 A;  3P44 A;  4Q49 A;  3MHM A;  3RYY A;  5BRV A;  4PZH A;  2NWY A;  5CAC A;  3M40 A;  3HKQ A;  5EH8 A;  3IBI A;  4E3G A;  1BNN A;  1TB0 X;  4QSJ A;  5SZ1 A;  4LP6 A;  4KUV A;  2NWO A;  3U45 X;  3M1K A;  4HEW A;  5FLS A;  1CCT A;  3PJJ A;  2FOY A;  1BNV A;  1UGE A;  4M2V A;  5SZ3 A;  4QJM A;  1LG5 A;  3RG3 A;  4YXO A;  1IF6 A;  1JV0 A;  2VVA X;  1BN1 A;  5FL6 A;  2EU3 A;  3DVB A;  1CAL A;  5FLT A;  4QK2 A;  3V3I B;  5DVX A;  4ETQ C;  2QP6 A;  1ZE8 A;  1ZSA A;  4QTL A;  1HED A;  4Q78 A;  2NN1 A;  1YDA A;  3N2P A;  3M04 A;  5FLP A;  1XPZ A;  5G01 A;  4Q9Y A;  4GL1 X;  2NWZ A;  2EU2 A;  4Q8Y A;  3P5A A;  4ZWX A;  1AM6 A;  1LG6 A;  4Q7V A;  3N3J A;  5DOH A;  1KWR A;  2O4Z A;  3RZ7 A;  4XIW A;  5FNI A;  3T83 A;  5DSN A;  5DSK A;  3SBH A;  3RYV B;  8CA2 A;  4Q06 A;  1MUA A;  1RAY A;  2POV A;  1RZD A;  1CVE A;  3MDZ A;  3IBL A;  1CNB A;  3M67 A;  1BNM A;  4ILX A;  4Q90 A;  1XQ0 A;  5E2N A;  1CAK A;  5EOI A;  1ZGE A;  3V3G B;  4N16 A;  4XFW A;  4BF6 A;  4ITP A;  5JQT A;  2W2J A;  1URT A;  5SZ5 A;  1CVD A;  4Q87 A;  1CIM A;  4Q7W A;  4ZWY A;  3BL0 A;  1H9Q A;  3IBU A;  5AMG A;  4X5S A;  1CAH A;  4QJ0 A;  4IDR X;  5IPZ A;  3KS3 A;  5FLO A;  1Y7W A;  1YDD A;  5DSR A;  4WL4 A;  5EH5 A;  4CNR A;  3M5E A;  3HFP A;  3RYX B;  5EZT X;  2Q1Q A;  4E49 A;  1FQL A;  5J8Z A;  1ZSB A;  4RUX A;  3C7P A;  4YVY A;  1G6V A;  1TG9 A;  5SZ4 A;  3P55 A;  2NXT A;  3PO6 A;  3B1B A;  5JG3 B;  4MDM A;  3KKX A;  1RZC A;  4Z1E A;  3HKN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1RZEA

Total Genus

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Chain Sequence

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