1TBT | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__302511939377465__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__302511939377465__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1tbt/X/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__302511939377465__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"302511939377465","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1tbt/X/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__302511939377465__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc1464e7ef679294de01e3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc1464e7ef679294de01e3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc1464e7ef679294de01e3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc1464e7ef679294de01e3/pdb.gz): 568 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Kinetic Characterization of Active-Site Histidine as a Proton Shuttle in Catalysis by Human Carbonic Anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	75
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-05-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1tbtX00

3L14A 4Q8YA 3W6HA 4KAPA 1XEGA 1CNBA 4N16A 5DSQA 1BICA 3RLDA 1CCSA 5FNHA 5JEPB 1TE3X 3MNAA 1T9NA 3HS4A 1CVDA 1DMXA 5DOGA 4MDGA 5CJFA 4PQ7A 4RN4A 8CA2A 5AMDA 2FMGA 3M40A 3HKNA 5EKHA 1BN4A 3OIMA 4LU3A 3DV7A 1OQ5A 2NN7A 5JGSB 1G53A 1TBTX 1I91A 4L5UA 3P3HA 4JSZA 5FLTA 4GL1X 3PJJA 4PZHA 4QJ0A 2HD6A 4CNVA 1IF4A 4C3TA 3M2NA 5BRWA 3F7BA 3NB5A 3PO6A 4K0SA 5G03A 3V5GA 1I9MA 4Y0JA 4Q83A 4ETQC 3HKQA 3CZVA 4CQ0A 2FW4A 3KONA 4QSBA 1IF6A 2FOYA 3M2YA 3P5LA 1CVAA 2NWPA 3MHMA 4QJMA 1CNJA 4QJPA 1I9LA 1XPZA 3HKTA 3DVDA 3V2MA 1FQLA 1Y7WA 4KUWA 1ZSCA 4DZ9A 3HLJA 5JQ0A 2NNSA 2ILIA 5FLQA 5BYIA 1YDBA 1YDCA 5G0BA 3ML2A 1ZGFA 1V9EA 5FL4A 3MHCA 2NWOA 3P55A 4ZWYA 1ZGEA 5L3OA 3IEOA 1FR7A 4YGJA 1CNWA 3BL0A 3HFPA 2CBCA 5JQTA 1CNCA 4Q7SA 5FDCA 3VBDA 2NXSA 4Q87A 1OKNA 1YDDA 1TG9A 4YGFA 4E3HA 5DSJA 1H9QA 4XE1A 4E9OX 5AMGA 1BZMA 4QTLA 4N0XB 4MO8A 3M1QA 5DSNA 2EZ7A 4LP6A 4MTYA 2AX2A 1HCBA 3OY0A 3F7UA 1I9OA 4WUPA 5FL5A 3RYVB 1JV0A 5FLRA 1G0FA 5DSPA 4Q7PA 5SZ0A 3W6IA 2FNMA 1LG6A 4HEWA 1UGGA 3CYUA 4Z1EA 2FNKA 3IAIA 3RYXB 5DSMA 3UYQA 1LZVA 1URTA 1AVNA 3S74B 1G1DA 2QOAA 2NWYA 5DSIA 4ZX1A 1IF5A 1CILA 1G52A 5DRSA 4HEYA 2FOQA 5E2MA 4MLTA 1TEQX 1IF9A 4RIVA 1BNNA 2HKKA 3OKUA 1H9NA 5FNMA 3RYYA 4Q9YA 5DOHA 4YX4A 3T5ZA 4HF3A 3TVNX 3DAZA 1I90A 3CA2A 3V7XA 1HCAA 1DMYA 4BF6A 3IBNA 3K7KA 3S8XA 4JSAA 3RZ5A 2X7SA 1BNWA 4CNXA 5JG5B 2QP6A 4RUYA 4QY3A 4RFDA 4XIXA 1RZBA 4Q90A 4IDRX 3LXEA 2WEOA 1ZSBA 5CLUA 5FNKA 3B1BA 1LUGA 2QO8A 4L5WA 3M5SA 2NNVA 2CBEA 1CANA 2NMXA 2POWA 1CNGA 3QYKA 3M1JA 2NN1A 4E5QA 1CAOA 5EH5A 4QSIA 3FE4A 1UGAA 1OKMA 1FQRA 3DA2A 3DVCA 3T83A 3V3JA 3MNJA 1TTMA 5SZ3A 1CAZA 3B4FA 4JSSA 4K0TA 1KEQA 1CVCA 3DC3A 5A6HA 1CNHA 1I9QA 5JESB 4Q7VA 5E28A 2AW1A 2H4NA 3M04A 5EZTX 1JD0A 2ABEA 3MWOA 3FFPX 4QSJA 3OYQA 4QSAA 4FRCA 1FQNA 1EOUA 5FLSA 4QIYA 1I9PA 5EHEA 2GD8A 4R5AA 1MUAA 3KIGA 2NXRA 4BF1A 3P4VA 3V2JA 3S9TA 2NWZA 5HPJA 4G0CA 4HEZA 2WEJA 4YXOA 2W2JA 1CNXA 3OYSA 2FOSA 4PYYA 2HOCA 3S75B 4Z0QA 1DCBA 1RJ6A 5JEHB 4FPTA 3T5UA 9CA2A 3M14A 1G4JA 4HBAA 3K2FA 1XQ0A 4WUQA 3SBHA 5BRUA 1CA3A 4KNIA 5DSLA 4DZ7A 3DVBA 2GEHA 1BNQA 4ZWIA 4L5VA 4YVYA 1HEBA 3KOIA 2POVA 3JXHC 4RFCA 1FSNA 5G01A 4JS6A 5LMDA 2IT4A 4TWMA 1CNYA 3D9ZA 3DC9A 3DCSA 1G48A 5FNLA 5FNIA 4XZ5A 1YO2A 1CCUA 3R17B 4FL7A 1RAZA 3N4BA 1G46A 4FIKA 3MDZA 3PYKA 1CRAA 3NI5A 7CA2A 1BNTA 1CINA 3ML5A 3P5AA 4QJWA 3KS3A 3M5EA 1HUHA 3GZ0A 3MZCA 1UGCA 4Q09A 3KWAA 4Q8ZA 4MDMA 4YYTA 4JSWA 1CVEA 4Z1JA 4YXUA 4QK2A 4ZWZA 4PYXA 5E5RA 1OKLA 1RJ5A 1G3ZA 3KLDB 1I8ZA 1BNMA 1Z97A 3OKVA 1V9IC 3T82A 3N3JA 1LG5A 3EFTA 4CNWA 4YHAA 5JDVB 5EH8A 2EU2A 5E2SA 2NNGA 1G0EA 4WW6A 5FNGA 3S97A 1RZCA 5EH7A 1YDAA 3NJ9A 4RUZA 5SZ6A 3S73B 3D92A 5FLOA 4WW8A 3RZ0B 4YGKA 1KWRA 2WD3A 1ZFKA 1G6VA 2Q1BA 4HU1A 1JCZA 2WEGA 5EIJA 1RZDA 3BL1A 3P58A 2ZNCA 2X7TA 3U45X 4PXXA 3D0NA 1FLJA 4FU5A 5A25A 3RZ7A 4X5SA 5DSKA 2FOVA 4K13A 3V3FA 1CVBA 4TWLA 4QJXA 4Q49A 3MHOA 1CALA 3U47A 4M2VA 4IWZA 1TEUX 1CVHA 3MMFA 3DCCA 3MNKA 4ZAOA 3S77B 3M96A 4Z1KA 1FR4A 2OSFA 1HEAA 4Q0LA 4MLXA 1H4NA 1Z93A 6CA2A 3MHIA 4Q7WA 1Z9YA 4KNNA 3RZ8A 3S71B 3U3AX 1CAMA 3P3JA 4FVOA 3OIKA 4XFWA 1HVAA 3DD8A 2CBAA 3M2ZA 3M3XA 4ITPA 1UGEA 1RAYA 4M2RA 1A42A 2O4ZA 2Q38A 4R59A 1G54A 4M2UA 4WL4A 3M2XA 2F14A 3Q31A 3ZP9A 1IF8A 3M5TA 1AM6A 4LHIA 1FSRA 4ZWXA 3N0NA 3CAJA 1CIMA 4ITOA 3RG4A 3RGEA 2VVBX 2HL4A 3EFIA 3TVOX 1ZFQA 3RYJB 3SAXA 1BNVA 5SZ4A 4QJOA 3UYNA 5SZ1A 5EHVA 1HECA 3DD0A 1CRMA 3SBIA 1HEDA 3T85A 4Q07A 1XEVA 4YGNA 1MOOA 5SZ7A 1TG3A 1CAKA 2WD2A 4RH2A 2FOUA 2OSMA 5JEGB 1UGBA 4Q6DA 3JXFA 4KV0A 5L6KA 5AMLA 4Q8XA 4Q81A 5EKJA 3RG3A 5E2RA 4MDLA 1YO1A 1YO0A 3DCWA 3RZ1B 3FW3A 5E2NA 1RZEA 4KUYA 2CABA 3V3IB 3ZNCA 4XIWA 1CAIA 3IBIA 3S76A 1ZSAA 5DSRA 1BV3A 1CZMA 2CBDA 4Q6EA 3RJ7A 5CACA 2Q1QA 1AZMA 2FMZA 4KNJA 1LGDA 3RYZA 3TMJA 5C8IA 3R16A 4Q06A 3T84A 5EHWA 4WR7A 4E4AA 4UOVA 4HT0A 1CVFA 3D8WA 1ZNCA 1THKA 4FVNA 2CA2A 1KOPA 5FNJA 5IPZA 1BN1A 3S72B 4COQA 3U7CA 4ILXA 3MNHA 1BNUA 3N2PA 1RZAA 4Q78A 1BN3A 5BRVA 2HNCA 5J8ZA 3F8EA 3IBUA 5EOIA 1HUGA 5JG3B 4ZX0A 2VVAX 3KNEA 4QEFA 4KP5A 1CCTA 1CAJA 3JXGA 3KKXA 5FL6A 1CA2A 12CAA 1F2WA 5SZ2A 4YGLA 4Z1NA 2NXTA 1J9WA 5FLPA 5E5UA 4R5BA 3K34A 3MNUA 3M1KA 3M1WA 4E3DA 5DVXA 4M2WA 1TH9A 4Q99A 4RIUA 4QIZA 3BETA 1ZH9A 3P44A 5E2KA 3M98A 1CNKA 2NNOA 4RUXA 4K1QA 5FDIA 3S78B 2HFWA 4BCWA 1IF7A 3F4XA 3C7PA 4E3GA 4E3FA 1KOQA 4G7AA 1TB0X 1FSQA 4CA2A 1CAHA 1CNIA 4KP8A 1G4OA 2WEHA 2POUA 3V3GB 1BCDA 4QK3A 5DSOA 4HT2A 2EU3A 3MNIA 3OILA 2CBBA 4KUVA 1G45A 3IBLA 3KOKA 1FQMA 3IGPA 3MHLA 3MYQA 5JGTB 3M67A 1KWQA 4YXIA 2H15A 5G0CA 3DBUA 3V3HB 4E49A 4KNMA 5SZ5A 2X7UA 1UGDA 5BNLA 1I9NA 4CACA 5CA2A 1ZE8A 1DCAA 3HKUA 4QK1A 4CNRA 3SAPA 2FNNA 1UGFA 3D93A 4Q08A 1CAYA 4K0ZA 4YWPA 5EKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L14 A;  4Q8Y A;  3W6H A;  4KAP A;  1XEG A;  1CNB A;  4N16 A;  5DSQ A;  1BIC A;  3RLD A;  1CCS A;  5FNH A;  5JEP B;  1TE3 X;  3MNA A;  1T9N A;  3HS4 A;  1CVD A;  1DMX A;  5DOG A;  4MDG A;  5CJF A;  4PQ7 A;  4RN4 A;  8CA2 A;  5AMD A;  2FMG A;  3M40 A;  3HKN A;  5EKH A;  1BN4 A;  3OIM A;  4LU3 A;  3DV7 A;  1OQ5 A;  2NN7 A;  5JGS B;  1G53 A;  1TBT X;  1I91 A;  4L5U A;  3P3H A;  4JSZ A;  5FLT A;  4GL1 X;  3PJJ A;  4PZH A;  4QJ0 A;  2HD6 A;  4CNV A;  1IF4 A;  4C3T A;  3M2N A;  5BRW A;  3F7B A;  3NB5 A;  3PO6 A;  4K0S A;  5G03 A;  3V5G A;  1I9M A;  4Y0J A;  4Q83 A;  4ETQ C;  3HKQ A;  3CZV A;  4CQ0 A;  2FW4 A;  3KON A;  4QSB A;  1IF6 A;  2FOY A;  3M2Y A;  3P5L A;  1CVA A;  2NWP A;  3MHM A;  4QJM A;  1CNJ A;  4QJP A;  1I9L A;  1XPZ A;  3HKT A;  3DVD A;  3V2M A;  1FQL A;  1Y7W A;  4KUW A;  1ZSC A;  4DZ9 A;  3HLJ A;  5JQ0 A;  2NNS A;  2ILI A;  5FLQ A;  5BYI A;  1YDB A;  1YDC A;  5G0B A;  3ML2 A;  1ZGF A;  1V9E A;  5FL4 A;  3MHC A;  2NWO A;  3P55 A;  4ZWY A;  1ZGE A;  5L3O A;  3IEO A;  1FR7 A;  4YGJ A;  1CNW A;  3BL0 A;  3HFP A;  2CBC A;  5JQT A;  1CNC A;  4Q7S A;  5FDC A;  3VBD A;  2NXS A;  4Q87 A;  1OKN A;  1YDD A;  1TG9 A;  4YGF A;  4E3H A;  5DSJ A;  1H9Q A;  4XE1 A;  4E9O X;  5AMG A;  1BZM A;  4QTL A;  4N0X B;  4MO8 A;  3M1Q A;  5DSN A;  2EZ7 A;  4LP6 A;  4MTY A;  2AX2 A;  1HCB A;  3OY0 A;  3F7U A;  1I9O A;  4WUP A;  5FL5 A;  3RYV B;  1JV0 A;  5FLR A;  1G0F A;  5DSP A;  4Q7P A;  5SZ0 A;  3W6I A;  2FNM A;  1LG6 A;  4HEW A;  1UGG A;  3CYU A;  4Z1E A;  2FNK A;  3IAI A;  3RYX B;  5DSM A;  3UYQ A;  1LZV A;  1URT A;  1AVN A;  3S74 B;  1G1D A;  2QOA A;  2NWY A;  5DSI A;  4ZX1 A;  1IF5 A;  1CIL A;  1G52 A;  5DRS A;  4HEY A;  2FOQ A;  5E2M A;  4MLT A;  1TEQ X;  1IF9 A;  4RIV A;  1BNN A;  2HKK A;  3OKU A;  1H9N A;  5FNM A;  3RYY A;  4Q9Y A;  5DOH A;  4YX4 A;  3T5Z A;  4HF3 A;  3TVN X;  3DAZ A;  1I90 A;  3CA2 A;  3V7X A;  1HCA A;  1DMY A;  4BF6 A;  3IBN A;  3K7K A;  3S8X A;  4JSA A;  3RZ5 A;  2X7S A;  1BNW A;  4CNX A;  5JG5 B;  2QP6 A;  4RUY A;  4QY3 A;  4RFD A;  4XIX A;  1RZB A;  4Q90 A;  4IDR X;  3LXE A;  2WEO A;  1ZSB A;  5CLU A;  5FNK A;  3B1B A;  1LUG A;  2QO8 A;  4L5W A;  3M5S A;  2NNV A;  2CBE A;  1CAN A;  2NMX A;  2POW A;  1CNG A;  3QYK A;  3M1J A;  2NN1 A;  4E5Q A;  1CAO A;  5EH5 A;  4QSI A;  3FE4 A;  1UGA A;  1OKM A;  1FQR A;  3DA2 A;  3DVC A;  3T83 A;  3V3J A;  3MNJ A;  1TTM A;  5SZ3 A;  1CAZ A;  3B4F A;  4JSS A;  4K0T A;  1KEQ A;  1CVC A;  3DC3 A;  5A6H A;  1CNH A;  1I9Q A;  5JES B;  4Q7V A;  5E28 A;  2AW1 A;  2H4N A;  3M04 A;  5EZT X;  1JD0 A;  2ABE A;  3MWO A;  3FFP X;  4QSJ A;  3OYQ A;  4QSA A;  4FRC A;  1FQN A;  1EOU A;  5FLS A;  4QIY A;  1I9P A;  5EHE A;  2GD8 A;  4R5A A;  1MUA A;  3KIG A;  2NXR A;  4BF1 A;  3P4V A;  3V2J A;  3S9T A;  2NWZ A;  5HPJ A;  4G0C A;  4HEZ A;  2WEJ A;  4YXO A;  2W2J A;  1CNX A;  3OYS A;  2FOS A;  4PYY A;  2HOC A;  3S75 B;  4Z0Q A;  1DCB A;  1RJ6 A;  5JEH B;  4FPT A;  3T5U A;  9CA2 A;  3M14 A;  1G4J A;  4HBA A;  3K2F A;  1XQ0 A;  4WUQ A;  3SBH A;  5BRU A;  1CA3 A;  4KNI A;  5DSL A;  4DZ7 A;  3DVB A;  2GEH A;  1BNQ A;  4ZWI A;  4L5V A;  4YVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1TBTX

Total Genus

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