1TE3 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__433893758868798__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__433893758868798__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1te3/X/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__433893758868798__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"433893758868798","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1te3/X/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__433893758868798__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz): 153 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Kinetic Characterization of Active-Site Histidine as a Proton Shuttle in Catalysis by Human Carbonic Anhydrase II pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	73
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-05-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1te3X00

5E2NA 4Q08A 4QSBA 2F14A 2VVAX 3DAZA 1G53A 3D93A 3P3HA 1BN3A 5FDCA 3KLDB 4GL1X 5SZ1A 3IBNA 1V9EA 3U3AX 4JSZA 5DOHA 5EH5A 1I9LA 3ZP9A 4L5VA 4Q8YA 1CCUA 4HEYA 4JSSA 1ZE8A 5BRVA 1RZBA 1F2WA 3M2NA 1UGEA 1T9NA 3BL0A 3OKUA 1ZFKA 1LG6A 2Q1QA 3MHLA 3NB5A 4K0ZA 4Q8XA 3S97A 3W6IA 2HD6A 1YO2A 1DCAA 5FLTA 2NMXA 5DRSA 4QSJA 3P4VA 1ZGFA 1FR7A 4Q81A 1IF9A 1AVNA 4C3TA 5FNJA 5CACA 2WD2A 4Q8ZA 3DVBA 4ILXA 3P44A 5EH7A 2FMZA 4QK3A 4YGNA 1BN4A 5FL5A 1CILA 3OYSA 4LHIA 5DSIA 4K0SA 4MDMA 4Q87A 5FNMA 2CBEA 4KP5A 4PQ7A 1G0EA 4E9OX 1TBTX 3QYKA 3JXHC 4KUYA 1CVAA 3D0NA 3D9ZA 3RLDA 3N2PA 4ZWYA 3HLJA 4K13A 4LU3A 2NXRA 4QK1A 3RG3A 1CANA 1CNHA 2NNSA 4Q7WA 3KS3A 3R16A 4HEWA 4E3FA 1CAMA 1I9OA 4YXOA 2W2JA 1CNKA 3M40A 5FNLA 4ZX1A 2WEGA 3OY0A 3M1KA 4Q09A 1HEBA 5SZ6A 3S9TA 4R5BA 5EHVA 2IT4A 2QP6A 1TTMA 4HT0A 1FSQA 4MLXA 5BRWA 1G1DA 4FL7A 1BV3A 1KWQA 3OIKA 4YWPA 5JEPB 1CAYA 2X7UA 5EOIA 4WW6A 1Y7WA 4XZ5A 4E4AA 4Q83A 2WEOA 4E3HA 1UGDA 1MOOA 2NWPA 2GEHA 3DA2A 1G4JA 3V7XA 1YDDA 1YDBA 5A25A 5FNGA 3T5ZA 3K34A 1CNIA 2EZ7A 4PZHA 4R5AA 2NNGA 4FRCA 5JDVB 4M2RA 3N0NA 1YO1A 9CA2A 3IEOA 5DSKA 2NN1A 2H4NA 4QJPA 5C8IA 2POWA 2GD8A 1TEQX 4JSAA 5G03A 8CA2A 4YXUA 3KOKA 5CA2A 5DOGA 3BETA 4MLTA 3F7UA 3F8EA 1FQMA 3DVCA 4K0TA 4WR7A 4BF1A 3KWAA 5EH8A 4QSAA 2X7TA 2FW4A 5FLRA 2FNKA 4CNWA 1HECA 1V9IC 3RG4A 1YDAA 4YXIA 5E5RA 1I9NA 5EIJA 5E2RA 4QJ0A 5SZ5A 3S8XA 5DSMA 1CCTA 4CA2A 4HU1A 1G4OA 3T85A 1IF5A 3S73B 4HT2A 3ML5A 4RUYA 1Z9YA 1RZEA 1CVHA 4JSWA 4KV0A 1LGDA 3CZVA 2ABEA 4QK2A 5EKJA 2HKKA 2FOVA 3IBUA 4WW8A 4YHAA 3RYZA 3KIGA 3U45X 1G48A 1G54A 4Q7SA 3T82A 5BRUA 1RZAA 5LMDA 4E3GA 3DCWA 4JS6A 4Q07A 4YGKA 4KNIA 3CAJA 5FL6A 5A6HA 4RN4A 4KNNA 5DSJA 3P58A 2NNOA 2EU2A 3OIMA 5FLQA 1DCBA 3MNUA 4ZWXA 1BCDA 3ML2A 4WUQA 3MHOA 3NI5A 5SZ3A 3FFPX 4ZWZA 1J9WA 1TH9A 1HVAA 5FLOA 1AZMA 4Z0QA 5SZ4A 4CACA 3S76A 5DSRA 3M04A 2HFWA 1BNWA 1ZSBA 1OKMA 1CNJA 2HOCA 1CVFA 1ZSCA 4FPTA 4MDLA 3RYVB 1G3ZA 2VVBX 1UGAA 4G7AA 3M2XA 3M67A 3MDZA 1I9PA 3DC3A 4BCWA 5EHEA 2CABA 1CAKA 4QIYA 4XIXA 3T83A 3M1QA 5G0CA 3IGPA 4COQA 5L3OA 4CNRA 3GZ0A 3FE4A 3MMFA 3PO6A 4K1QA 4E5QA 1CNCA 2FNNA 2ZNCA 3BL1A 4Q78A 3HKQA 3PJJA 3SBIA 3DV7A 1Z97A 4MDGA 2H15A 1CVEA 2Q38A 1BNMA 4Q99A 4RIVA 2NWYA 1FR4A 5DSPA 4TWLA 2EU3A 4XE1A 1BZMA 4RFCA 4CQ0A 1HCBA 1JD0A 3B1BA 4QJWA 2FOYA 1CVBA 3N3JA 3T5UA 3RZ5A 1CALA 2POUA 4RIUA 2O4ZA 1BNVA 5FDIA 2NXTA 1ZH9A 1I90A 2CA2A 1YO0A 4Z1KA 5JESB 4FVOA 1KEQA 4YGFA 5HPJA 2AX2A 1CNYA 1G52A 3DD8A 4N16A 3HS4A 4ETQC 2NNVA 4QJMA 3JXGA 3S78B 3FW3A 3UYQA 5JQTA 3MNKA 2OSMA 3M1JA 3SAXA 4UOVA 1CAOA 3K2FA 4QJOA 3P5LA 2CBCA 1JV0A 3MHCA 4QIZA 5CLUA 1RAYA 4ZWIA 5G01A 4Q6DA 3DCSA 5G0BA 1CVCA 4DZ7A 3U47A 4DZ9A 1KOQA 3VBDA 4RFDA 3V5GA 1RJ5A 3P5AA 3V2JA 1KWRA 1TG3A 5SZ2A 1I91A 1XEVA 4LP6A 4QEFA 4ITPA 5FLSA 1IF7A 4Q49A 3S74B 4Z1EA 1FQRA 4Q06A 1IF6A 4PXXA 1EOUA 3OKVA 3RYXB 5JEHB 3DCCA 12CAA 3PYKA 5E2KA 1CAJA 1XQ0A 1BNUA 5DSNA 3HKNA 4WL4A 3RJ7A 1BICA 4YX4A 3M98A 1HUHA 3V3FA 3RZ7A 2WEHA 3RYJB 5BNLA 1DMYA 4G0CA 4KUWA 4RH2A 5EHWA 1CAZA 4M2VA 3MNAA 2HNCA 2Q1BA 4QTLA 2CBDA 1H4NA 3DBUA 1BNTA 2FMGA 4PYXA 5JQ0A 1UGGA 3F7BA 4E49A 5SZ0A 3MZCA 1TG9A 3TVOX 3V3JA 2FOUA 5FNHA 4QJXA 2CBAA 3EFIA 5SZ7A 5AMDA 2WD3A 5CJFA 1TE3X 3IBIA 1CVDA 1CA2A 2FNMA 5JGSB 4YVYA 1H9NA 5AMLA 3EFTA 1ZSAA 1BNNA 1BN1A 1TEUX 2OSFA 3JXFA 3M1WA 4KNMA 1CNGA 3T84A 3P55A 4IDRX 4PYYA 1LG5A 4FU5A 4BF6A 4HBAA 3M2YA 4KP8A 1G6VA 1YDCA 3K7KA 3D92A 3M5TA 3RGEA 4E3DA 5FNKA 3ZNCA 3KONA 4Q6EA 1FQLA 1OKLA 2QO8A 3V2MA 5E2SA 3CA2A 1I9MA 5J8ZA 3MNHA 1CRAA 4L5UA 1CAHA 3MYQA 4M2UA 1FSRA 4WUPA 1UGCA 3M96A 5E2MA 1DMXA 2NN7A 1HUGA 3S75B 1I8ZA 1IF4A 3RZ8A 3MHMA 5DVXA 1A42A 1HEDA 1FSNA 4RUZA 3MHIA 1CAIA 1Z93A 2X7SA 1CA3A 4ZX0A 2NWZA 2QOAA 4Q90A 3LXEA 5E5UA 1I9QA 1FLJA 1LUGA 1JCZA 1LZVA 5JGTB 4M2WA 3V3HB 4L5WA 3TMJA 1XEGA 4X5SA 2FOSA 4CNXA 4KUVA 3S77B 5DSOA 7CA2A 4CNVA 4FVNA 3L14A 2CBBA 3RYYA 5FNIA 4QY3A 4Z1JA 4XIWA 1ZGEA 5EKMA 3DD0A 1CCSA 3CYUA 4IWZA 5DSQA 3DC9A 3V3GB 4MO8A 4ITOA 1OQ5A 3OYQA 2POVA 5L6KA 4TWMA 3M14A 1UGBA 4Q7VA 3S71B 3KNEA 6CA2A 1H9QA 2NXSA 3KKXA 5IPZA 3SAPA 1AM6A 2FOQA 3HFPA 1HEAA 2NWOA 3IBLA 4R59A 4RUXA 3U7CA 3V3IB 3M5EA 5FLPA 3MNJA 4Y0JA 3S72B 1BNQA 1RZCA 3OILA 1CNXA 1CINA 4MTYA 4YGJA 1KOPA 3M3XA 4HF3A 3W6HA 4Q0LA 3HKTA 5DSLA 5E28A 5EKHA 4YYTA 1CNBA 3R17B 3N4BA 5JG3B 4QSIA 3C7PA 1ZNCA 4FIKA 5EZTX 5JG5B 3M2ZA 1XPZA 1TB0X 4KNJA 1G46A 4KAPA 5JEGB 2AW1A 2WEJA 3P3JA 5AMGA 1RZDA 3Q31A 1CIMA 3TVNX 1HCAA 4YGLA 3RZ1B 1UGFA 1ZFQA 1IF8A 5FL4A 3HKUA 1G45A 1CNWA 1RJ6A 3KOIA 4XFWA 1FQNA 3M5SA 4ZAOA 3IAIA 3UYNA 1RAZA 4Z1NA 1MUAA 1CRMA 1G0FA 3MWOA 3MNIA 3DVDA 1OKNA 3B4FA 3D8WA 1THKA 2ILIA 3SBHA 4HEZA 2HL4A 3NJ9A 1CZMA 4N0XB 1URTA 3RZ0B 3F4XA 5BYIA 4Q9YA 4Q7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E2N A;  4Q08 A;  4QSB A;  2F14 A;  2VVA X;  3DAZ A;  1G53 A;  3D93 A;  3P3H A;  1BN3 A;  5FDC A;  3KLD B;  4GL1 X;  5SZ1 A;  3IBN A;  1V9E A;  3U3A X;  4JSZ A;  5DOH A;  5EH5 A;  1I9L A;  3ZP9 A;  4L5V A;  4Q8Y A;  1CCU A;  4HEY A;  4JSS A;  1ZE8 A;  5BRV A;  1RZB A;  1F2W A;  3M2N A;  1UGE A;  1T9N A;  3BL0 A;  3OKU A;  1ZFK A;  1LG6 A;  2Q1Q A;  3MHL A;  3NB5 A;  4K0Z A;  4Q8X A;  3S97 A;  3W6I A;  2HD6 A;  1YO2 A;  1DCA A;  5FLT A;  2NMX A;  5DRS A;  4QSJ A;  3P4V A;  1ZGF A;  1FR7 A;  4Q81 A;  1IF9 A;  1AVN A;  4C3T A;  5FNJ A;  5CAC A;  2WD2 A;  4Q8Z A;  3DVB A;  4ILX A;  3P44 A;  5EH7 A;  2FMZ A;  4QK3 A;  4YGN A;  1BN4 A;  5FL5 A;  1CIL A;  3OYS A;  4LHI A;  5DSI A;  4K0S A;  4MDM A;  4Q87 A;  5FNM A;  2CBE A;  4KP5 A;  4PQ7 A;  1G0E A;  4E9O X;  1TBT X;  3QYK A;  3JXH C;  4KUY A;  1CVA A;  3D0N A;  3D9Z A;  3RLD A;  3N2P A;  4ZWY A;  3HLJ A;  4K13 A;  4LU3 A;  2NXR A;  4QK1 A;  3RG3 A;  1CAN A;  1CNH A;  2NNS A;  4Q7W A;  3KS3 A;  3R16 A;  4HEW A;  4E3F A;  1CAM A;  1I9O A;  4YXO A;  2W2J A;  1CNK A;  3M40 A;  5FNL A;  4ZX1 A;  2WEG A;  3OY0 A;  3M1K A;  4Q09 A;  1HEB A;  5SZ6 A;  3S9T A;  4R5B A;  5EHV A;  2IT4 A;  2QP6 A;  1TTM A;  4HT0 A;  1FSQ A;  4MLX A;  5BRW A;  1G1D A;  4FL7 A;  1BV3 A;  1KWQ A;  3OIK A;  4YWP A;  5JEP B;  1CAY A;  2X7U A;  5EOI A;  4WW6 A;  1Y7W A;  4XZ5 A;  4E4A A;  4Q83 A;  2WEO A;  4E3H A;  1UGD A;  1MOO A;  2NWP A;  2GEH A;  3DA2 A;  1G4J A;  3V7X A;  1YDD A;  1YDB A;  5A25 A;  5FNG A;  3T5Z A;  3K34 A;  1CNI A;  2EZ7 A;  4PZH A;  4R5A A;  2NNG A;  4FRC A;  5JDV B;  4M2R A;  3N0N A;  1YO1 A;  9CA2 A;  3IEO A;  5DSK A;  2NN1 A;  2H4N A;  4QJP A;  5C8I A;  2POW A;  2GD8 A;  1TEQ X;  4JSA A;  5G03 A;  8CA2 A;  4YXU A;  3KOK A;  5CA2 A;  5DOG A;  3BET A;  4MLT A;  3F7U A;  3F8E A;  1FQM A;  3DVC A;  4K0T A;  4WR7 A;  4BF1 A;  3KWA A;  5EH8 A;  4QSA A;  2X7T A;  2FW4 A;  5FLR A;  2FNK A;  4CNW A;  1HEC A;  1V9I C;  3RG4 A;  1YDA A;  4YXI A;  5E5R A;  1I9N A;  5EIJ A;  5E2R A;  4QJ0 A;  5SZ5 A;  3S8X A;  5DSM A;  1CCT A;  4CA2 A;  4HU1 A;  1G4O A;  3T85 A;  1IF5 A;  3S73 B;  4HT2 A;  3ML5 A;  4RUY A;  1Z9Y A;  1RZE A;  1CVH A;  4JSW A;  4KV0 A;  1LGD A;  3CZV A;  2ABE A;  4QK2 A;  5EKJ A;  2HKK A;  2FOV A;  3IBU A;  4WW8 A;  4YHA A;  3RYZ A;  3KIG A;  3U45 X;  1G48 A;  1G54 A;  4Q7S A;  3T82 A;  5BRU A;  1RZA A;  5LMD A;  4E3G A;  3DCW A;  4JS6 A;  4Q07 A;  4YGK A;  4KNI A;  3CAJ A;  5FL6 A;  5A6H A;  4RN4 A;  4KNN A;  5DSJ A;  3P58 A;  2NNO A;  2EU2 A;  3OIM A;  5FLQ A;  1DCB A;  3MNU A;  4ZWX A;  1BCD A;  3ML2 A;  4WUQ A;  3MHO A;  3NI5 A;  5SZ3 A;  3FFP X;  4ZWZ A;  1J9W A;  1TH9 A;  1HVA A;  5FLO A;  1AZM A;  4Z0Q A;  5SZ4 A;  4CAC A;  3S76 A;  5DSR A;  3M04 A;  2HFW A;  1BNW A;  1ZSB A;  1OKM A;  1CNJ A;  2HOC A;  1CVF A;  1ZSC A;  4FPT A;  4MDL A;  3RYV B;  1G3Z A;  2VVB X;  1UGA A;  4G7A A;  3M2X A;  3M67 A;  3MDZ A;  1I9P A;  3DC3 A;  4BCW A;  5EHE A;  2CAB A;  1CAK A;  4QIY A;  4XIX A;  3T83 A;  3M1Q A;  5G0C A;  3IGP A;  4COQ A;  5L3O A;  4CNR A;  3GZ0 A;  3FE4 A;  3MMF A;  3PO6 A;  4K1Q A;  4E5Q A;  1CNC A;  2FNN A;  2ZNC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1TE3X

Total Genus

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Chain Sequence

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