1TE3 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__854982337804296__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__854982337804296__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1te3/X/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__854982337804296__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"854982337804296","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1te3/X/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__854982337804296__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz): 230 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Kinetic Characterization of Active-Site Histidine as a Proton Shuttle in Catalysis by Human Carbonic Anhydrase II pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	73
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-05-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1te3X00

1I9LA 3D9ZA 4Q7PA 4CNWA 5BRVA 5FLTA 4Z1EA 3DCWA 4Q8YA 3RZ0B 1BN3A 1RZDA 2NXRA 3JXFA 1BZMA 5SZ4A 3P44A 1JD0A 2NNSA 1CAKA 3LXEA 1LGDA 1CAOA 3KOKA 4CNXA 1CINA 1CVBA 2QO8A 4LHIA 4MLTA 1CIMA 4ZX1A 1H9QA 4R5AA 2CBEA 2EZ7A 4Q81A 2WEGA 2NXTA 4Q7WA 1FQMA 2POWA 2CA2A 3M67A 4CQ0A 2QP6A 3CAJA 3S9TA 3P3JA 5FNGA 4YXOA 2EU2A 4Q08A 3KIGA 2NWZA 1KEQA 2FOUA 3T82A 5FL5A 3RG4A 1KWRA 3M2ZA 2NNVA 3PJJA 3RZ5A 1YDAA 5FLRA 3S74B 5A25A 3M3XA 1AVNA 2CBCA 4YGNA 2HL4A 3N3JA 4FVOA 3V5GA 3DCCA 3L14A 4QTLA 3U47A 1JV0A 1CNIA 3IGPA 4KV0A 3PYKA 4RUYA 3W6IA 1IF9A 4JSSA 1ZFQA 3DD0A 1CAMA 3KONA 3RYJB 5G0CA 4HT2A 3CYUA 1BNUA 3M04A 1OQ5A 2W2JA 4YWPA 1CNHA 4IWZA 4QK1A 2FOQA 3M1QA 2VVBX 4Q9YA 1TG9A 5FNKA 3ML5A 5FDIA 1RAYA 1V9IC 4FRCA 4QY3A 4KUYA 1G4JA 1CRAA 1HECA 3OKUA 1ZGEA 3OKVA 3R16A 4Q8ZA 4WW6A 5LMDA 1ZSCA 6CA2A 4C3TA 3T5UA 1CA3A 1KWQA 1XQ0A 3KLDB 3DVBA 4Q0LA 3GZ0A 4PZHA 4QK2A 5DOGA 2ZNCA 3Q31A 1TBTX 4Q49A 3V3FA 3N2PA 3S75B 1ZFKA 1CILA 1ZGFA 3C7PA 5JEHB 4CNRA 4CNVA 1MUAA 3KWAA 3MHCA 1BNMA 3P55A 3MMFA 4WR7A 2X7TA 4WUPA 2X7UA 1HUGA 2WEOA 3S8XA 1CNXA 1G0FA 3DBUA 1URTA 3CA2A 5EH5A 4QSBA 1UGGA 3V3GB 2FOVA 2FMZA 3S76A 1CVEA 5SZ5A 4XZ5A 5L6KA 3JXHC 1RZBA 4L5WA 3U3AX 1I8ZA 5E5UA 4KAPA 3HKUA 5JQTA 3S97A 4E9OX 2Q1QA 2Q1BA 4FVNA 5FLOA 3QYKA 4QJWA 4LU3A 1JCZA 4YXUA 2OSMA 3P3HA 4COQA 4QSIA 3D0NA 4RFCA 2NNOA 3RJ7A 1HUHA 4QJXA 5SZ6A 4ETQC 1I9QA 1ZH9A 3MDZA 4ITPA 1G3ZA 1CA2A 5EIJA 5DSNA 4Q6EA 3DAZA 5HPJA 3RYYA 5FNHA 1CAYA 2HD6A 3S73B 4FPTA 5SZ0A 5EHEA 3P4VA 1HCBA 5AMGA 8CA2A 1IF4A 2CBAA 1HEDA 5JGSB 4Q78A 1MOOA 4Q7VA 1LZVA 3M14A 3S77B 1BNNA 4QIYA 3V2MA 3D93A 3NI5A 1I9OA 5JGTB 4KNMA 1UGEA 4QSJA 1CANA 4QJPA 3RLDA 5FLSA 1BNQA 1THKA 3MNIA 3MNAA 1OKNA 3MNKA 4K0SA 3MHIA 3NB5A 5DOHA 3KOIA 1G45A 3B4FA 3IBUA 3NJ9A 3RZ8A 1TB0X 4XFWA 3N4BA 4G0CA 5A6HA 5FNMA 3FE4A 5JQ0A 1ZSBA 2O4ZA 1ZSAA 1RAZA 3T5ZA 5EZTX 1RZCA 1CRMA 3CZVA 4PYYA 1CCUA 1FLJA 2FNMA 3R17B 5DVXA 2WEJA 5DSJA 3ZP9A 4XIWA 1CVHA 3OY0A 4G7AA 3JXGA 4Q83A 1H4NA 3KNEA 1RJ5A 2FNNA 3DC9A 4FL7A 5SZ3A 4ZWZA 4HEWA 3TVNX 1AZMA 3U45X 1FR4A 3IBIA 4YXIA 4XE1A 3V3IB 1I91A 5BYIA 1OKLA 2AX2A 1LG6A 2HNCA 4JS6A 3UYNA 5CA2A 5FNJA 3HKNA 1YDBA 4ZX0A 1CNYA 4MDLA 2GD8A 5FLQA 3RYVB 1CVCA 4N0XB 3M96A 3MNUA 3OIKA 4Z1KA 5JG3B 1CNWA 2F14A 5BNLA 3P5AA 4FU5A 4Q09A 3RYXB 5FNIA 3HS4A 1BICA 4Q06A 5L3OA 2FW4A 4YGLA 4Z1NA 5DSMA 1YDDA 4M2UA 3RG3A 3IAIA 7CA2A 1BCDA 5G03A 5DSPA 3BL0A 1XPZA 3MNJA 4QSAA 4YGKA 5SZ1A 1CVAA 1AM6A 1YDCA 1KOPA 1G54A 1TEUX 3IBLA 1UGCA 4ITOA 1TH9A 5G01A 4L5UA 5EHVA 3SAPA 3F4XA 5EHWA 2ABEA 3MHLA 3KS3A 1I9MA 2H15A 5FDCA 3OILA 4WL4A 5JEPB 1YO0A 1I90A 4Y0JA 9CA2A 4TWMA 2VVAX 3K34A 5EKMA 2WD3A 5JESB 3RZ1B 3HFPA 5DSKA 3DC3A 4WW8A 4QIZA 4Q8XA 1TG3A 1Z9YA 2HOCA 3RYZA 3V7XA 4KNIA 4E3FA 1BNVA 1CAIA 5J8ZA 4RIVA 3IEOA 4QJMA 5JDVB 1Z93A 4ZWXA 3ZNCA 5IPZA 1Z97A 4Q07A 4DZ7A 1IF8A 3IBNA 4E3HA 2NXSA 2AW1A 2POVA 1UGDA 4RIUA 3FW3A 1FQNA 3M1KA 2FOSA 2CBDA 3M98A 4HF3A 4N16A 2WEHA 1BN1A 4PXXA 4KNJA 4E3GA 3K7KA 3OYQA 3M2YA 2FMGA 3MYQA 5AMLA 5EKJA 5DSIA 3PO6A 5CLUA 5G0BA 5FLPA 2NN1A 4PYXA 1HCAA 2FNKA 4RUZA 1G53A 1YO1A 4Q6DA 4Q90A 4YHAA 5EKHA 5DSLA 4RH2A 1BNTA 3V3JA 1A42A 4L5VA 4E5QA 1FSNA 1G46A 3BETA 3P58A 1IF7A 4K1QA 5FL6A 1TE3X 5E5RA 2NMXA 1FR7A 4QEFA 1I9NA 3TVOX 4Q87A 1H9NA 4YGJA 4HU1A 3BL1A 3SAXA 3T85A 2Q38A 1J9WA 3DVDA 2EU3A 3N0NA 4Z1JA 3DCSA 4Q99A 1FSRA 3M1WA 5SZ7A 5C8IA 1G1DA 1RZEA 2ILIA 1TEQX 3B1BA 3M5TA 1FQLA 1LUGA 2H4NA 1CNCA 4JSZA 5E2NA 5DSOA 3S71B 3DV7A 1XEGA 1CNBA 3M5SA 5DSRA 1BN4A 3MHMA 1BNWA 4RUXA 5EH7A 3SBIA 3W6HA 4KP5A 1F2WA 3MHOA 1UGBA 4FIKA 3OYSA 5FL4A 5BRUA 3VBDA 4KP8A 1RJ6A 5DRSA 3F8EA 5CJFA 2WD2A 1YO2A 4QK3A 4JSWA 2HFWA 3HLJA 4M2RA 3M2XA 3F7UA 4RFDA 4MLXA 2NN7A 1HVAA 3T83A 3M5EA 3S78B 1DMXA 2OSFA 5E2SA 2IT4A 3MNHA 1EOUA 1XEVA 5JEGB 5DSQA 2NNGA 3MWOA 3SBHA 1CCTA 1V9EA 1G4OA 1FSQA 4Z0QA 5BRWA 3T84A 1CAJA 4JSAA 1DMYA 3DD8A 1CAHA 3P5LA 4HEYA 1CAZA 1Y7WA 4RN4A 5FNLA 5JG5B 1CNKA 4Q7SA 1G48A 4K0ZA 4QJOA 3V3HB 4CACA 2NWYA 4X5SA 1CCSA 4E3DA 1HEAA 1ZNCA 1CVFA 4YYTA 2HKKA 3D92A 2FOYA 3MZCA 1G52A 4MO8A 4ZWYA 4IDRX 2NWOA 4UOVA 4ILXA 4ZWIA 4BF6A 4M2VA 1IF6A 12CAA 3U7CA 1IF5A 1CVDA 4HT0A 1UGFA 2NWPA 3EFIA 4MTYA 1OKMA 1T9NA 3EFTA 3M1JA 4MDMA 4MDGA 1UGAA 1I9PA 1KOQA 2GEHA 3S72B 4BCWA 5E2MA 4CA2A 4YGFA 1CNGA 1RZAA 1CZMA 1G6VA 3K2FA 3KKXA 1LG5A 4QJ0A 5E2KA 4XIXA 2CBBA 1FQRA 4DZ9A 4ZAOA 5AMDA 4KNNA 2CABA 2QOAA 5SZ2A 3D8WA 1DCAA 3FFPX 3UYQA 4YX4A 1HEBA 3RGEA 4M2WA 5CACA 1CNJA 4GL1X 4BF1A 4E49A 3V2JA 5E2RA 4LP6A 3DA2A 3ML2A 3DVCA 3M40A 4R59A 5EOIA 3TMJA 2POUA 4KUVA 3M2NA 4E4AA 1G0EA 3HKQA 5E28A 1CALA 4K13A 3F7BA 1DCBA 2X7SA 5EH8A 1BV3A 4WUQA 4HBAA 4HEZA 4YVYA 4R5BA 1TTMA 4KUWA 4TWLA 1ZE8A 3RZ7A 4PQ7A 3HKTA 4K0TA 3OIMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1I9L A;  3D9Z A;  4Q7P A;  4CNW A;  5BRV A;  5FLT A;  4Z1E A;  3DCW A;  4Q8Y A;  3RZ0 B;  1BN3 A;  1RZD A;  2NXR A;  3JXF A;  1BZM A;  5SZ4 A;  3P44 A;  1JD0 A;  2NNS A;  1CAK A;  3LXE A;  1LGD A;  1CAO A;  3KOK A;  4CNX A;  1CIN A;  1CVB A;  2QO8 A;  4LHI A;  4MLT A;  1CIM A;  4ZX1 A;  1H9Q A;  4R5A A;  2CBE A;  2EZ7 A;  4Q81 A;  2WEG A;  2NXT A;  4Q7W A;  1FQM A;  2POW A;  2CA2 A;  3M67 A;  4CQ0 A;  2QP6 A;  3CAJ A;  3S9T A;  3P3J A;  5FNG A;  4YXO A;  2EU2 A;  4Q08 A;  3KIG A;  2NWZ A;  1KEQ A;  2FOU A;  3T82 A;  5FL5 A;  3RG4 A;  1KWR A;  3M2Z A;  2NNV A;  3PJJ A;  3RZ5 A;  1YDA A;  5FLR A;  3S74 B;  5A25 A;  3M3X A;  1AVN A;  2CBC A;  4YGN A;  2HL4 A;  3N3J A;  4FVO A;  3V5G A;  3DCC A;  3L14 A;  4QTL A;  3U47 A;  1JV0 A;  1CNI A;  3IGP A;  4KV0 A;  3PYK A;  4RUY A;  3W6I A;  1IF9 A;  4JSS A;  1ZFQ A;  3DD0 A;  1CAM A;  3KON A;  3RYJ B;  5G0C A;  4HT2 A;  3CYU A;  1BNU A;  3M04 A;  1OQ5 A;  2W2J A;  4YWP A;  1CNH A;  4IWZ A;  4QK1 A;  2FOQ A;  3M1Q A;  2VVB X;  4Q9Y A;  1TG9 A;  5FNK A;  3ML5 A;  5FDI A;  1RAY A;  1V9I C;  4FRC A;  4QY3 A;  4KUY A;  1G4J A;  1CRA A;  1HEC A;  3OKU A;  1ZGE A;  3OKV A;  3R16 A;  4Q8Z A;  4WW6 A;  5LMD A;  1ZSC A;  6CA2 A;  4C3T A;  3T5U A;  1CA3 A;  1KWQ A;  1XQ0 A;  3KLD B;  3DVB A;  4Q0L A;  3GZ0 A;  4PZH A;  4QK2 A;  5DOG A;  2ZNC A;  3Q31 A;  1TBT X;  4Q49 A;  3V3F A;  3N2P A;  3S75 B;  1ZFK A;  1CIL A;  1ZGF A;  3C7P A;  5JEH B;  4CNR A;  4CNV A;  1MUA A;  3KWA A;  3MHC A;  1BNM A;  3P55 A;  3MMF A;  4WR7 A;  2X7T A;  4WUP A;  2X7U A;  1HUG A;  2WEO A;  3S8X A;  1CNX A;  1G0F A;  3DBU A;  1URT A;  3CA2 A;  5EH5 A;  4QSB A;  1UGG A;  3V3G B;  2FOV A;  2FMZ A;  3S76 A;  1CVE A;  5SZ5 A;  4XZ5 A;  5L6K A;  3JXH C;  1RZB A;  4L5W A;  3U3A X;  1I8Z A;  5E5U A;  4KAP A;  3HKU A;  5JQT A;  3S97 A;  4E9O X;  2Q1Q A;  2Q1B A;  4FVN A;  5FLO A;  3QYK A;  4QJW A;  4LU3 A;  1JCZ A;  4YXU A;  2OSM A;  3P3H A;  4COQ A;  4QSI A;  3D0N A;  4RFC A;  2NNO A;  3RJ7 A;  1HUH A;  4QJX A;  5SZ6 A;  4ETQ C;  1I9Q A;  1ZH9 A;  3MDZ A;  4ITP A;  1G3Z A;  1CA2 A;  5EIJ A;  5DSN A;  4Q6E A;  3DAZ A;  5HPJ A;  3RYY A;  5FNH A;  1CAY A;  2HD6 A;  3S73 B;  4FPT A;  5SZ0 A;  5EHE A;  3P4V A;  1HCB A;  5AMG A;  8CA2 A;  1IF4 A;  2CBA A;  1HED A;  5JGS B;  4Q78 A;  1MOO A;  4Q7V A;  1LZV A;  3M14 A;  3S77 B;  1BNN A;  4QIY A;  3V2M A;  3D93 A;  3NI5 A;  1I9O A;  5JGT B;  4KNM A;  1UGE A;  4QSJ A;  1CAN A;  4QJP A;  3RLD A;  5FLS A;  1BNQ A;  1THK A;  3MNI A;  3MNA A;  1OKN A;  3MNK A;  4K0S A;  3MHI A;  3NB5 A;  5DOH A;  3KOI A;  1G45 A;  3B4F A;  3IBU A;  3NJ9 A;  3RZ8 A;  1TB0 X;  4XFW A;  3N4B A;  4G0C A;  5A6H A;  5FNM A;  3FE4 A;  5JQ0 A;  1ZSB A;  2O4Z A;  1ZSA A;  1RAZ A;  3T5Z A;  5EZT X;  1RZC A;  1CRM A;  3CZV A;  4PYY A;  1CCU A;  1FLJ A;  2FNM A;  3R17 B;  5DVX A;  2WEJ A;  5DSJ A;  3ZP9 A;  4XIW A;  1CVH A;  3OY0 A;  4G7A A;  3JXG A;  4Q83 A;  1H4N A;  3KNE A;  1RJ5 A;  2FNN A;  3DC9 A;  4FL7 A;  5SZ3 A;  4ZWZ A;  4HEW A;  3TVN X;  1AZM A;  3U45 X;  1FR4 A;  3IBI A;  4YXI A;  4XE1 A;  3V3I B;  1I91 A;  5BYI A;  1OKL A;  2AX2 A;  1LG6 A;  2HNC A; 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1TE3X

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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