1TE3 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7174834939373143__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7174834939373143__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1te3/X/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7174834939373143__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7174834939373143","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1te3/X/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7174834939373143__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc141ee7ef679294de01d7/pdb.gz): 285 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Kinetic Characterization of Active-Site Histidine as a Proton Shuttle in Catalysis by Human Carbonic Anhydrase II pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	73
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-05-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1te3X00

1G54A 3W6IA 3S71B 4QSAA 3MYQA 3C7PA 4QK3A 4FRCA 4KV0A 4Z1EA 5SZ4A 1AZMA 4ZWXA 4ZX0A 5E2NA 3U7CA 3UYNA 4R5BA 3EFTA 4G0CA 1LG6A 5EHVA 5J8ZA 2FW4A 1I9LA 5FNMA 4QEFA 1KWRA 4Q06A 4QTLA 5CJFA 2ABEA 4K1QA 1G0EA 4Q8XA 4Q7PA 4E3GA 4C3TA 1ZSAA 5FNKA 3TVNX 1TB0X 1CINA 3PYKA 5BNLA 4Q8ZA 3MHOA 1RJ5A 3RGEA 1CRMA 1FR4A 4XE1A 5FNJA 4Z1JA 2AX2A 2NNGA 9CA2A 4QJ0A 3OKVA 5FLQA 4E3DA 4LHIA 4MLXA 3Q31A 5SZ7A 4HT2A 5DSKA 3OILA 3KS3A 4WR7A 5A25A 4RUXA 2WEJA 4ITOA 3DCSA 4Q6EA 1G48A 1MOOA 3V3FA 2OSFA 2NXTA 4FIKA 12CAA 1AVNA 1JV0A 4MLTA 4M2WA 3RG3A 3OYSA 3S73B 5E2MA 4XIXA 5L6KA 1UGCA 3DCCA 3M2NA 4KNJA 4M2RA 3R16A 4ZAOA 2FNKA 1CNXA 1ZNCA 2IT4A 4HF3A 4FL7A 5LMDA 4YVYA 5FLPA 3S9TA 1G45A 1AM6A 4E3FA 3T84A 1BCDA 2QO8A 1G0FA 4L5WA 3SBIA 5L3OA 3P4VA 1DCBA 4QJOA 5JESB 1XQ0A 1A42A 3D92A 2NWPA 4PQ7A 3DVDA 4N16A 4MTYA 5DSOA 1DMYA 4BF6A 3M5TA 3FE4A 1T9NA 1CALA 4XFWA 3KONA 3B4FA 3RYYA 1XEGA 3JXFA 3L14A 5SZ5A 3V5GA 1KOQA 1OKMA 1CVBA 3LXEA 4KNMA 1I9QA 4E9OX 4KP5A 2FOYA 3HLJA 1OKNA 4XIWA 5DOGA 3TMJA 4E5QA 4CA2A 1RJ6A 1H4NA 4MDMA 5E5UA 4JSSA 3MDZA 1BNNA 1Z97A 3RJ7A 3F7BA 3P55A 1BZMA 2CBBA 3MNUA 3DVCA 4WW8A 3V3IB 1CCUA 4K0SA 2FMGA 5DSJA 5HPJA 2ZNCA 5FL4A 4HEZA 1CNHA 1CANA 3M67A 1DMXA 1CCSA 2CA2A 4RFDA 5DOHA 1G46A 4ITPA 3RYVB 4KUWA 5G03A 4YWPA 3M5SA 4XZ5A 2CBDA 4Q7WA 2FOUA 1XPZA 1IF5A 1YDDA 5JEHB 1KWQA 4IDRX 3MHIA 5EKMA 1BICA 4FU5A 5DSLA 1BNMA 4Q6DA 4Q7SA 4QIYA 3ZNCA 3VBDA 1YO2A 1UGGA 4KP8A 5EH8A 3DC9A 4IWZA 2FMZA 1YDBA 3S97A 2NNOA 2QP6A 3W6HA 2NNSA 2EZ7A 4Q90A 3QYKA 2HKKA 4YYTA 3V3GB 3MHCA 1IF9A 3P3HA 5DSMA 4HBAA 1CNGA 1KEQA 3D93A 3KLDB 3KOKA 4RIUA 1CIMA 4YGKA 5DSPA 4Q09A 1TE3X 1JCZA 4KNIA 2FOQA 1CAIA 1CNCA 1FSQA 3HS4A 3PJJA 4Z0QA 6CA2A 2EU2A 4L5VA 5A6HA 1CAMA 1J9WA 2WEHA 4ZWZA 1HEAA 3PO6A 5FDIA 3RYJB 3DVBA 4Q9YA 3S72B 1V9IC 2O4ZA 4HT0A 1I9NA 2QOAA 3T5ZA 4PZHA 4GL1X 4M2UA 4UOVA 2EU3A 1ZGFA 4HEYA 4YX4A 5G0BA 1CNKA 4QIZA 3M3XA 3F8EA 1TEUX 5G0CA 5JQTA 1ZFKA 3M1WA 4YGNA 3MNJA 4YHAA 5EHWA 5FL5A 1IF4A 1XEVA 4QSIA 3BETA 2WD2A 5FNLA 4ZWYA 1HUHA 1G4OA 4QY3A 5CLUA 1H9NA 5BRVA 5EZTX 5JGSB 1ZSCA 1CAJA 2FNNA 5IPZA 1CVCA 4K13A 4YGJA 4FPTA 3UYQA 1FQLA 2FOVA 4HEWA 5SZ1A 1ZH9A 3T85A 5CACA 3HKUA 1TBTX 1YO0A 4WUPA 2GEHA 3DC3A 2HL4A 3SAPA 1BV3A 3N2PA 1UGBA 3DBUA 2NXRA 1CAZA 3FFPX 4YGFA 1ZE8A 3NJ9A 2NN7A 3S74B 4Q0LA 1CVEA 1YDCA 3MMFA 4Q49A 4FVOA 3BL0A 4QJPA 5SZ2A 4CQ0A 3K7KA 1RAZA 1CVAA 3T83A 3MZCA 5JGTB 1BN4A 2NXSA 4Z1KA 4DZ7A 4ZX1A 4ETQC 4Q81A 1OKLA 4TWLA 3IGPA 3IAIA 3M1QA 5JQ0A 1KOPA 3S78B 1CA3A 3IBNA 3P5AA 4K0TA 5JDVB 3RZ8A 3EFIA 3T82A 2CBEA 4LU3A 4Y0JA 1RZDA 4KAPA 4M2VA 3V2JA 2X7TA 1RZCA 1HCBA 3FW3A 3V3JA 1BNVA 3KOIA 4RH2A 3ML2A 1JD0A 4Q08A 4WW6A 1FSNA 1TEQX 3V7XA 1UGFA 1RZBA 4RIVA 3DAZA 3MNAA 2ILIA 5FLTA 1LZVA 3M04A 4CNWA 2F14A 5C8IA 5EH5A 5EOIA 3MHMA 4Q99A 4Q83A 4CNRA 5EHEA 3F7UA 1RZAA 4K0ZA 1DCAA 4YGLA 3M40A 1EOUA 2POUA 5JG5B 5DSNA 1G1DA 1HCAA 3RZ5A 1CNYA 4TWMA 4Q07A 1FQRA 2VVBX 2CBAA 5E2KA 1CVFA 2AW1A 3IEOA 2OSMA 1Z9YA 1LGDA 5JG3B 4CNVA 3S76A 1HUGA 1CVHA 3M2XA 3M1KA 3MNIA 4Q78A 1CAHA 1G53A 3SBHA 3P3JA 5DVXA 4QSJA 2H15A 4BCWA 3IBIA 3P44A 4QJMA 5AMLA 1HEDA 1CRAA 2WEOA 5FNGA 3V2MA 3DD8A 3OY0A 5FLRA 5SZ0A 4Q8YA 5DSQA 4YXIA 3ML5A 4X5SA 2CBCA 2NWZA 3NI5A 7CA2A 3K2FA 5FDCA 3D8WA 1G3ZA 3M98A 1YDAA 5FLSA 2NWOA 3N3JA 3OIKA 3OYQA 5FLOA 1BNTA 4QJXA 1UGDA 1ZGEA 2NWYA 2HNCA 1HVAA 1Z93A 5JEPB 1YO1A 3KIGA 4KUYA 4RUZA 4HU1A 4FVNA 2HD6A 2HFWA 3TVOX 3R17B 5SZ3A 4JSAA 3KKXA 3KWAA 1CAOA 3RYXB 3B1BA 4PYXA 1V9EA 1I9MA 1IF8A 2WEGA 3S8XA 1BNQA 1TG3A 3RZ7A 4MDGA 1I8ZA 1RZEA 2GD8A 3M1JA 1THKA 4KUVA 1I9PA 3MNKA 3NB5A 3DD0A 1G4JA 2POVA 3V3HB 5SZ6A 1FQNA 3U3AX 1CNBA 2H4NA 8CA2A 3KNEA 3HKNA 2CABA 3F4XA 3N4BA 4ILXA 5E5RA 3CZVA 1CNIA 4L5UA 4YXUA 3RYZA 2NMXA 3MHLA 3MWOA 1I91A 2X7SA 5BRUA 1CAYA 1BN3A 3IBUA 1LUGA 1CNWA 4Q7VA 4YXOA 5EH7A 4QK1A 3T5UA 5BYIA 1F2WA 3U45X 1I90A 3MNHA 5EIJA 4KNNA 3S77B 1H9QA 3K34A 3P5LA 5EKHA 3D0NA 1CVDA 1ZFQA 2WD3A 3HKTA 2FOSA 3M2YA 4Z1NA 5JEGB 2POWA 3OIMA 2VVAX 1CZMA 4CNXA 5E28A 3CAJA 4ZWIA 2X7UA 5FL6A 4QK2A 5FNIA 4DZ9A 2Q1BA 1CAKA 1UGEA 3RZ1B 3RG4A 2Q1QA 3HKQA 5E2SA 1BN1A 1TH9A 4QJWA 4G7AA 3M96A 4MDLA 5AMDA 4PYYA 3RLDA 5DRSA 4N0XB 5DSRA 1G6VA 2NNVA 1UGAA 2NN1A 3CYUA 3OKUA 4R59A 2HOCA 3U47A 3RZ0B 4WUQA 4RN4A 1IF7A 4E4AA 1RAYA 1TTMA 2FNMA 5DSIA 3JXHC 4PXXA 3IBLA 5AMGA 4BF1A 3M14A 3D9ZA 1CILA 3SAXA 3GZ0A 1BNWA 1HEBA 1LG5A 3M5EA 1FR7A 1CCTA 4Q87A 1G52A 3HFPA 4RUYA 2W2JA 3JXGA 3P58A 1TG9A 1BNUA 1CNJA 1Y7WA 4E3HA 5G01A 4JS6A 3CA2A 4CACA 1IF6A 1OQ5A 4E49A 3BL1A 1FLJA 3DV7A 3M2ZA 1FQMA 2Q38A 4QSBA 4RFCA 3DA2A 4WL4A 3S75B 4COQA 5BRWA 1URTA 3ZP9A 4LP6A 5CA2A 1I9OA 4JSZA 4MO8A 5E2RA 1ZSBA 1MUAA 1HECA 5EKJA 5FNHA 3DCWA 1CA2A 4R5AA 1FSRA 4JSWA 3N0NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G54 A;  3W6I A;  3S71 B;  4QSA A;  3MYQ A;  3C7P A;  4QK3 A;  4FRC A;  4KV0 A;  4Z1E A;  5SZ4 A;  1AZM A;  4ZWX A;  4ZX0 A;  5E2N A;  3U7C A;  3UYN A;  4R5B A;  3EFT A;  4G0C A;  1LG6 A;  5EHV A;  5J8Z A;  2FW4 A;  1I9L A;  5FNM A;  4QEF A;  1KWR A;  4Q06 A;  4QTL A;  5CJF A;  2ABE A;  4K1Q A;  1G0E A;  4Q8X A;  4Q7P A;  4E3G A;  4C3T A;  1ZSA A;  5FNK A;  3TVN X;  1TB0 X;  1CIN A;  3PYK A;  5BNL A;  4Q8Z A;  3MHO A;  1RJ5 A;  3RGE A;  1CRM A;  1FR4 A;  4XE1 A;  5FNJ A;  4Z1J A;  2AX2 A;  2NNG A;  9CA2 A;  4QJ0 A;  3OKV A;  5FLQ A;  4E3D A;  4LHI A;  4MLX A;  3Q31 A;  5SZ7 A;  4HT2 A;  5DSK A;  3OIL A;  3KS3 A;  4WR7 A;  5A25 A;  4RUX A;  2WEJ A;  4ITO A;  3DCS A;  4Q6E A;  1G48 A;  1MOO A;  3V3F A;  2OSF A;  2NXT A;  4FIK A;  12CA A;  1AVN A;  1JV0 A;  4MLT A;  4M2W A;  3RG3 A;  3OYS A;  3S73 B;  5E2M A;  4XIX A;  5L6K A;  1UGC A;  3DCC A;  3M2N A;  4KNJ A;  4M2R A;  3R16 A;  4ZAO A;  2FNK A;  1CNX A;  1ZNC A;  2IT4 A;  4HF3 A;  4FL7 A;  5LMD A;  4YVY A;  5FLP A;  3S9T A;  1G45 A;  1AM6 A;  4E3F A;  3T84 A;  1BCD A;  2QO8 A;  1G0F A;  4L5W A;  3SBI A;  5L3O A;  3P4V A;  1DCB A;  4QJO A;  5JES B;  1XQ0 A;  1A42 A;  3D92 A;  2NWP A;  4PQ7 A;  3DVD A;  4N16 A;  4MTY A;  5DSO A;  1DMY A;  4BF6 A;  3M5T A;  3FE4 A;  1T9N A;  1CAL A;  4XFW A;  3KON A;  3B4F A;  3RYY A;  1XEG A;  3JXF A;  3L14 A;  5SZ5 A;  3V5G A;  1KOQ A;  1OKM A;  1CVB A;  3LXE A;  4KNM A;  1I9Q A;  4E9O X;  4KP5 A;  2FOY A;  3HLJ A;  1OKN A;  4XIW A;  5DOG A;  3TMJ A;  4E5Q A;  4CA2 A;  1RJ6 A;  1H4N A;  4MDM A;  5E5U A;  4JSS A;  3MDZ A;  1BNN A;  1Z97 A;  3RJ7 A;  3F7B A;  3P55 A;  1BZM A;  2CBB A;  3MNU A;  3DVC A;  4WW8 A;  3V3I B;  1CCU A;  4K0S A;  2FMG A;  5DSJ A;  5HPJ A;  2ZNC A;  5FL4 A;  4HEZ A;  1CNH A;  1CAN A;  3M67 A;  1DMX A;  1CCS A;  2CA2 A;  4RFD A;  5DOH A;  1G46 A;  4ITP A;  3RYV B;  4KUW A;  5G03 A;  4YWP A;  3M5S A;  4XZ5 A;  2CBD A;  4Q7W A;  2FOU A;  1XPZ A;  1IF5 A;  1YDD A;  5JEH B;  1KWQ A;  4IDR X;  3MHI A;  5EKM A;  1BIC A;  4FU5 A;  5DSL A;  1BNM A;  4Q6D A;  4Q7S A;  4QIY A;  3ZNC A;  3VBD A;  1YO2 A;  1UGG A;  4KP8 A;  5EH8 A;  3DC9 A;  4IWZ A;  2FMZ A;  1YDB A;  3S97 A;  2NNO A;  2QP6 A;  3W6H A;  2NNS A;  2EZ7 A;  4Q90 A;  3QYK A;  2HKK A;  4YYT A;  3V3G B;  3MHC A;  1IF9 A;  3P3H A;  5DSM A;  4HBA A;  1CNG A;  1KEQ A;  3D93 A;  3KLD B;  3KOK A;  4RIU A;  1CIM A;  4YGK A;  5DSP A;  4Q09 A;  1TE3 X;  1JCZ A;  4KNI A;  2FOQ A;  1CAI A;  1CNC A;  1FSQ A;  3HS4 A;  3PJJ A;  4Z0Q A;  6CA2 A;  2EU2 A;  4L5V A;  5A6H A;  1CAM A;  1J9W A;  2WEH A;  4ZWZ A;  1HEA A;  3PO6 A;  5FDI A;  3RYJ B;  3DVB A;  4Q9Y A;  3S72 B;  1V9I C;  2O4Z A;  4HT0 A;  1I9N A;  2QOA A;  3T5Z A;  4PZH A;  4GL1 X;  4M2U A;  4UOV A;  2EU3 A;  1ZGF A;  4HEY A;  4YX4 A;  5G0B A;  1CNK A;  4QIZ A;  3M3X A;  3F8E A;  1TEU X;  5G0C A;  5JQT A;  1ZFK A;  3M1W A;  4YGN A;  3MNJ A;  4YHA A;  5EHW A;  5FL5 A;  1IF4 A;  1XEV A;  4QSI A;  3BET A;  2WD2 A;  5FNL A;  4ZWY A;  1HUH A;  1G4O A;  4QY3 A;  5CLU A;  1H9N A;  5BRV A;  5EZT X;  5JGS B;  1ZSC A;  1CAJ A;  2FNN A;  5IPZ A;  1CVC A;  4K13 A;  4YGJ A;  4FPT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1TE3X

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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