1TEU | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__634178659698944__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__634178659698944__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1teu/X/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__634178659698944__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"634178659698944","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1teu/X/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__634178659698944__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural and Kinetic Characterization of Active-Site Histidine as a Proton Shuttle in Catalysis by Human Carbonic Anhydrase II pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
total genus	74
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-05-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1teuX00

1I9OA 1CCSA 1HVAA 5LMDA 4L5WA 3BL0A 4MTYA 3RYXB 3KNEA 1BNQA 4Y0JA 2FMZA 3M5TA 3HS4A 2VVBX 2HNCA 3CZVA 4Q9YA 1G3ZA 1BNNA 4DZ7A 3S9TA 5E5UA 3V7XA 3MNKA 4Q07A 1UGEA 4QSIA 1ZGFA 2H15A 4RUZA 5L3OA 1MOOA 4UOVA 3K2FA 1I90A 3BL1A 4M2UA 4C3TA 5JGTB 4FIKA 1JD0A 5DSLA 4YGFA 4XE1A 3W6IA 5FLQA 3SBIA 3DAZA 2NMXA 4FU5A 1MUAA 3ZP9A 1RZAA 4Q8XA 3KKXA 4YWPA 3D8WA 3ML5A 2AW1A 2QP6A 5DSKA 2HKKA 1YO2A 1HCBA 1CRMA 3OY0A 2FOSA 4ZWYA 5A25A 5EOIA 4WR7A 4ETQC 4M2VA 4E3HA 4JSZA 1G0EA 1CAMA 5E5RA 1CNWA 3MNIA 4KV0A 3DD0A 3RJ7A 3T85A 4K13A 2Q1BA 1XEVA 1ZSAA 2OSFA 3D93A 3M1WA 5EZTX 1I91A 4JS6A 5DSPA 4Z1JA 4QSJA 4K0ZA 4KUVA 5BRVA 2X7UA 1V9IC 4ILXA 5E2KA 5JQTA 4Q7PA 2WD2A 3DVBA 3MHCA 4ITOA 4XIXA 1Z9YA 3D9ZA 4Q81A 4TWMA 3RYZA 4M2RA 2NWPA 1LGDA 3R16A 4KNIA 1RZDA 4WW6A 4QJMA 3N4BA 5SZ7A 4PYXA 5BNLA 4N16A 4N0XB 3S72B 1TB0X 1EOUA 1G45A 3IAIA 3B1BA 5JESB 1FLJA 5DSNA 4WW8A 3MMFA 1CAIA 2ABEA 2WEHA 3RLDA 3OIMA 4LP6A 3KOKA 3GZ0A 4CNVA 5J8ZA 3P55A 3MYQA 1G54A 1YDDA 4YXOA 3KLDB 5DSJA 1CNKA 4XFWA 5EH5A 4PYYA 2HFWA 3HFPA 3M2YA 1CNBA 5JQ0A 1FQMA 5BRUA 4CA2A 3W6HA 1CAKA 4FVNA 3M14A 5FLTA 5G01A 4HBAA 4ZX1A 1I9PA 3S75B 2GEHA 3DCCA 3M67A 1ZSCA 1RZCA 5FLSA 5DSMA 1KOQA 3FW3A 1TG3A 2HL4A 3SAPA 1FR7A 4FPTA 5G0CA 5SZ4A 2VVAX 2FNKA 3M1KA 1KOPA 1LG6A 3B4FA 4YHAA 4WUQA 4G0CA 3OKUA 3M2NA 3FFPX 3N3JA 3P3JA 9CA2A 1ZGEA 5A6HA 1HEBA 3N0NA 1URTA 3TVNX 5JGSB 1BV3A 1T9NA 3M1JA 3IEOA 1CANA 1TE3X 1JV0A 3U47A 5FL5A 1HCAA 3RYVB 2HOCA 3RZ1B 1FQLA 1ZSBA 5E2MA 3F8EA 4QEFA 3S74B 3VBDA 1CCTA 1BNWA 1FSQA 3DD8A 5L6KA 4WL4A 1UGFA 5DSOA 1DMXA 3JXFA 4FVOA 4RIUA 1DCBA 4QIYA 5DSIA 3NB5A 4DZ9A 1IF7A 1BICA 3DA2A 3SAXA 3HKNA 1IF8A 1OKLA 4QK3A 5HPJA 3MHMA 3M2XA 4FRCA 1OKNA 4ITPA 3P5LA 1KWRA 5EKHA 3U7CA 3V5GA 3F4XA 3MNJA 3RG4A 5FDIA 1CNHA 1AM6A 2FMGA 4RH2A 4MDGA 3M5SA 3P58A 2WEJA 4QJXA 4Q09A 1G46A 3T5UA 3T83A 4E49A 3S76A 3MHOA 1FSNA 1CNGA 2NXRA 5EKMA 3RGEA 1TEQX 4G7AA 3MHLA 1CAJA 1OQ5A 4PZHA 5DRSA 5FDCA 1CVHA 4KNJA 3MNHA 5SZ5A 4Q7WA 1ZNCA 2F14A 4QJWA 2GD8A 4BF6A 5BRWA 4E3GA 4Q90A 1Z93A 8CA2A 5CACA 2FOUA 5JEGB 2CABA 5C8IA 1BN1A 5JEHB 3DBUA 1CVAA 3DC3A 4XZ5A 5EKJA 4ZX0A 5FL4A 5JDVB 5FNHA 3RZ0B 2CBDA 2FOQA 1AZMA 2NN7A 3T5ZA 2FOVA 1H9QA 4YYTA 4E3DA 1G53A 4YVYA 4Q83A 5EHWA 5E2NA 4JSSA 3EFIA 3K34A 4Z0QA 3MHIA 5FLPA 5BYIA 3DCSA 1LZVA 4QK1A 1UGAA 1BZMA 4Q08A 3HLJA 3TMJA 2NXTA 4QJ0A 1RJ5A 4RUYA 3ML2A 4R5BA 4Q6EA 1LUGA 3U3AX 5IPZA 4YXIA 1XQ0A 4IWZA 1H4NA 1JCZA 3V2MA 5CA2A 5JG5B 1FSRA 3HKUA 1FQRA 2NNOA 4RFCA 4TWLA 3P44A 4Q8YA 5JG3B 3M96A 1G48A 1G6VA 1BCDA 3V3JA 1I9NA 4Q49A 1AVNA 5EIJA 6CA2A 1ZFKA 1XPZA 3DCWA 3RZ8A 3M3XA 4YXUA 3M98A 3MWOA 3OILA 4RFDA 3CYUA 3TVOX 4ZAOA 1CALA 4HEWA 1G4JA 3T82A 3K7KA 1CZMA 5AMDA 2EZ7A 4PQ7A 3S71B 5SZ1A 3RG3A 4HU1A 3V3GB 3M5EA 3PJJA 5FL6A 5DSQA 3M1QA 3IBUA 4MLTA 2IT4A 4YX4A 5FNKA 3F7BA 4Q0LA 4Z1EA 3RYJB 5AMLA 4CQ0A 1BNTA 4L5UA 4Q7VA 3Q31A 4KAPA 3V3IB 4L5VA 3V3FA 1YDBA 2W2JA 5EHEA 1CILA 2NWOA 4K1QA 3PO6A 1BN3A 4KUWA 4HT2A 3IGPA 3S8XA 3UYNA 1Z97A 1UGGA 1TEUX 3P4VA 1G1DA 3ZNCA 3IBIA 1YDAA 2WEGA 3PYKA 2NWYA 2QOAA 4MLXA 4MO8A 4KNMA 4X5SA 7CA2A 4LHIA 2WEOA 2EU3A 2NWZA 1ZFQA 4CACA 2CBBA 3L14A 4JSWA 1YO1A 4QY3A 3C7PA 1IF9A 4Q78A 4ZWXA 2POUA 2X7TA 1CNYA 2NXSA 2FOYA 1BN4A 5SZ0A 2Q38A 3SBHA 3U45X 4LU3A 1IF5A 1ZE8A 3S78B 1H9NA 5CJFA 3OKVA 5SZ6A 5DOGA 4Z1KA 5G03A 1RJ6A 1CCUA 2NNSA 4K0SA 4PXXA 4Q6DA 2H4NA 1CAZA 4HEYA 5EH7A 3T84A 1CVFA 1TTMA 1V9EA 3DVCA 5DOHA 3RZ5A 4JSAA 1CAYA 1HUGA 1CNJA 1KWQA 2CBAA 3NI5A 4E5QA 1TH9A 3RZ7A 3FE4A 1TBTX 1ZH9A 1IF6A 4BF1A 2CBEA 1BNMA 4HT0A 1CA2A 4QSBA 2WD3A 4KUYA 4KP8A 5SZ3A 3N2PA 5E2SA 4K0TA 4E9OX 3M04A 4WUPA 5FLRA 1BNUA 3IBLA 1FQNA 1FR4A 4Q06A 3MZCA 5FNLA 1Y7WA 4FL7A 4Q8ZA 2X7SA 1RAYA 3JXHC 5AMGA 3KWAA 4CNXA 1RAZA 1CVBA 1XEGA 1A42A 1CAOA 5G0BA 5CLUA 3M40A 4KNNA 4XIWA 4BCWA 4R59A 3JXGA 1OKMA 1BNVA 5FNIA 3V2JA 3KONA 4CNWA 4MDMA 2O4ZA 5FNMA 2NNVA 4Q7SA 3HKQA 1YDCA 3M2ZA 3MDZA 5EH8A 3KIGA 4E3FA 3BETA 2Q1QA 1G52A 1HECA 3MNAA 3OIKA 4YGNA 2POVA 5FNGA 1I8ZA 3P3HA 1F2WA 3OYQA 4M2WA 2ILIA 4RN4A 4RUXA 5SZ2A 4ZWZA 1I9QA 1RZEA 5E2RA 4ZWIA 1HEDA 3DVDA 2FW4A 3DC9A 3HKTA 4HEZA 3S77B 1DMYA 1CA3A 1CRAA 1CNXA 1CINA 5JEPB 3LXEA 3UYQA 3P5AA 4YGLA 3DV7A 1I9MA 3R17B 3EFTA 2CBCA 4QIZA 3RYYA 4Z1NA 1HEAA 5E28A 1G0FA 2FNNA 2QO8A 3V3HB 5FLOA 1J9WA 4HF3A 4R5AA 1I9LA 5DVXA 4QJOA 4GL1X 2OSMA 2NNGA 1HUHA 3NJ9A 3OYSA 4QTLA 3S97A 1CVEA 1CNCA 1CVCA 3F7UA 1DCAA 1G4OA 2FNMA 4YGJA 3CA2A 1IF4A 3KOIA 2AX2A 5DSRA 1RZBA 4QJPA 1UGDA 4IDRX 1YO0A 5FNJA 2CA2A 4RIVA 3S73B 1LG5A 2HD6A 3IBNA 1KEQA 3D92A 3QYKA 4QK2A 4Q87A 5EHVA 1CAHA 3MNUA 4QSAA 1CIMA 1CNIA 1TG9A 2POWA 4KP5A 4COQA 12CAA 2ZNCA 2NN1A 2EU2A 1CVDA 3CAJA 4Q99A 4E4AA 1THKA 3KS3A 1UGBA 4YGKA 4MDLA 4CNRA 1UGCA 3D0NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1I9O A;  1CCS A;  1HVA A;  5LMD A;  4L5W A;  3BL0 A;  4MTY A;  3RYX B;  3KNE A;  1BNQ A;  4Y0J A;  2FMZ A;  3M5T A;  3HS4 A;  2VVB X;  2HNC A;  3CZV A;  4Q9Y A;  1G3Z A;  1BNN A;  4DZ7 A;  3S9T A;  5E5U A;  3V7X A;  3MNK A;  4Q07 A;  1UGE A;  4QSI A;  1ZGF A;  2H15 A;  4RUZ A;  5L3O A;  1MOO A;  4UOV A;  3K2F A;  1I90 A;  3BL1 A;  4M2U A;  4C3T A;  5JGT B;  4FIK A;  1JD0 A;  5DSL A;  4YGF A;  4XE1 A;  3W6I A;  5FLQ A;  3SBI A;  3DAZ A;  2NMX A;  4FU5 A;  1MUA A;  3ZP9 A;  1RZA A;  4Q8X A;  3KKX A;  4YWP A;  3D8W A;  3ML5 A;  2AW1 A;  2QP6 A;  5DSK A;  2HKK A;  1YO2 A;  1HCB A;  1CRM A;  3OY0 A;  2FOS A;  4ZWY A;  5A25 A;  5EOI A;  4WR7 A;  4ETQ C;  4M2V A;  4E3H A;  4JSZ A;  1G0E A;  1CAM A;  5E5R A;  1CNW A;  3MNI A;  4KV0 A;  3DD0 A;  3RJ7 A;  3T85 A;  4K13 A;  2Q1B A;  1XEV A;  1ZSA A;  2OSF A;  3D93 A;  3M1W A;  5EZT X;  1I91 A;  4JS6 A;  5DSP A;  4Z1J A;  4QSJ A;  4K0Z A;  4KUV A;  5BRV A;  2X7U A;  1V9I C;  4ILX A;  5E2K A;  5JQT A;  4Q7P A;  2WD2 A;  3DVB A;  3MHC A;  4ITO A;  4XIX A;  1Z9Y A;  3D9Z A;  4Q81 A;  4TWM A;  3RYZ A;  4M2R A;  2NWP A;  1LGD A;  3R16 A;  4KNI A;  1RZD A;  4WW6 A;  4QJM A;  3N4B A;  5SZ7 A;  4PYX A;  5BNL A;  4N16 A;  4N0X B;  3S72 B;  1TB0 X;  1EOU A;  1G45 A;  3IAI A;  3B1B A;  5JES B;  1FLJ A;  5DSN A;  4WW8 A;  3MMF A;  1CAI A;  2ABE A;  2WEH A;  3RLD A;  3OIM A;  4LP6 A;  3KOK A;  3GZ0 A;  4CNV A;  5J8Z A;  3P55 A;  3MYQ A;  1G54 A;  1YDD A;  4YXO A;  3KLD B;  5DSJ A;  1CNK A;  4XFW A;  5EH5 A;  4PYY A;  2HFW A;  3HFP A;  3M2Y A;  1CNB A;  5JQ0 A;  1FQM A;  5BRU A;  4CA2 A;  3W6H A;  1CAK A;  4FVN A;  3M14 A;  5FLT A;  5G01 A;  4HBA A;  4ZX1 A;  1I9P A;  3S75 B;  2GEH A;  3DCC A;  3M67 A;  1ZSC A;  1RZC A;  5FLS A;  5DSM A;  1KOQ A;  3FW3 A;  1TG3 A;  2HL4 A;  3SAP A;  1FR7 A;  4FPT A;  5G0C A;  5SZ4 A;  2VVA X;  2FNK A;  3M1K A;  1KOP A;  1LG6 A;  3B4F A;  4YHA A;  4WUQ A;  4G0C A;  3OKU A;  3M2N A;  3FFP X;  3N3J A;  3P3J A;  9CA2 A;  1ZGE A;  5A6H A;  1HEB A;  3N0N A;  1URT A;  3TVN X;  5JGS B;  1BV3 A;  1T9N A;  3M1J A;  3IEO A;  1CAN A;  1TE3 X;  1JV0 A;  3U47 A;  5FL5 A;  1HCA A;  3RYV B;  2HOC A;  3RZ1 B;  1FQL A;  1ZSB A;  5E2M A;  3F8E A;  4QEF A;  3S74 B;  3VBD A;  1CCT A;  1BNW A;  1FSQ A;  3DD8 A;  5L6K A;  4WL4 A;  1UGF A;  5DSO A;  1DMX A;  3JXF A;  4FVO A;  4RIU A;  1DCB A;  4QIY A;  5DSI A;  3NB5 A;  4DZ9 A;  1IF7 A;  1BIC A;  3DA2 A;  3SAX A;  3HKN A;  1IF8 A;  1OKL A;  4QK3 A;  5HPJ A;  3MHM A;  3M2X A;  4FRC A;  1OKN A;  4ITP A;  3P5L A;  1KWR A;  5EKH A;  3U7C A;  3V5G A;  3F4X A;  3MNJ A;  3RG4 A;  5FDI A;  1CNH A;  1AM6 A;  2FMG A;  4RH2 A;  4MDG A;  3M5S A;  3P58 A;  2WEJ A;  4QJX A;  4Q09 A;  1G46 A;  3T5U A;  3T83 A;  4E49 A;  3S76 A;  3MHO A;  1FSN A;  1CNG A;  2NXR A;  5EKM A;  3RGE A;  1TEQ X;  4G7A A;  3MHL A;  1CAJ A;  1OQ5 A;  4PZH A;  5DRS A;  5FDC A;  1CVH A;  4KNJ A;  3MNH A;  5SZ5 A;  4Q7W A;  1ZNC A;  2F14 A;  4QJW A;  2GD8 A;  4BF6 A;  5BRW A;  4E3G A;  4Q90 A;  1Z93 A;  8CA2 A;  5CAC A;  2FOU A;  5JEG B;  2CAB A;  5C8I A;  1BN1 A;  5JEH B;  3DBU A;  1CVA A;  3DC3 A;  4XZ5 A;  5EKJ A;  4ZX0 A;  5FL4 A;  5JDV B;  5FNH A;  3RZ0 B;  2CBD A;  2FOQ A;  1AZM A;  2NN7 A;  3T5Z A;  2FOV A;  1H9Q A;  4YYT A;  4E3D A;  1G53 A;  4YVY A;  4Q83 A;  5EHW A;  5E2N A;  4JSS A;  3EFI A;  3K34 A;  4Z0Q A;  3MHI A;  5FLP A;  5BYI A;  3DCS A;  1LZV A;  4QK1 A;  1UGA A;  1BZM A;  4Q08 A;  3HLJ A;  3TMJ A;  2NXT A;  4QJ0 A;  1RJ5 A;  4RUY A;  3ML2 A;  4R5B A;  4Q6E A;  1LUG A;  3U3A X;  5IPZ A;  4YXI A;  1XQ0 A;  4IWZ A;  1H4N A;  1JCZ A;  3V2M A;  5CA2 A;  5JG5 B;  1FSR A;  3HKU A;  1FQR A;  2NNO A;  4RFC A;  4TWL A;  3P44 A;  4Q8Y A;  5JG3 B;  3M96 A;  1G48 A;  1G6V A;  1BCD A;  3V3J A;  1I9N A;  4Q49 A;  1AVN A;  5EIJ A;  6CA2 A;  1ZFK A;  1XPZ A;  3DCW A;  3RZ8 A;  3M3X A;  4YXU A;  3M98 A;  3MWO A;  3OIL A;  4RFD A;  3CYU A;  3TVO X;  4ZAO A;  1CAL A;  4HEW A;  1G4J A;  3T82 A;  3K7K A;  1CZM A;  5AMD A;  2EZ7 A;  4PQ7 A;  3S71 B;  5SZ1 A;  3RG3 A;  4HU1 A;  3V3G B;  3M5E A;  3PJJ A;  5FL6 A;  5DSQ A;  3M1Q A;  3IBU A;  4MLT A;  2IT4 A;  4YX4 A;  5FNK A;  3F7B A;  4Q0L A;  4Z1E A;  3RYJ B;  5AML A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TEUX

Total Genus

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Chain Sequence

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