1TTM | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__04747731780603948__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__04747731780603948__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ttm/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__04747731780603948__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"04747731780603948","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ttm/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__04747731780603948__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc1cb289f985553e432133/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc1cb289f985553e432133/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc1cb289f985553e432133/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc1cb289f985553e432133/pdb.gz): 1029 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of human carbonic anhydrase II at 1.95 A resolution in complex with 667-coumate, a novel anti-cancer agent pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-06-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1ttmA00

1MOOA 2CBBA 4Q07A 3IBIA 2IT4A 1LZVA 4PXXA 4ZWIA 4Q06A 3P3HA 4Z0QA 1CNWA 1HCBA 3DBUA 3TVOX 4E3DA 3DD8A 4ITPA 4Q81A 4HEYA 5SZ7A 2W2JA 2X7TA 5J8ZA 3IBLA 3M1KA 1YO1A 4Q7SA 4R5BA 4Q78A 5AMGA 1TB0X 4Z1EA 2FMGA 3TVNX 4LP6A 1IF4A 4KP5A 5EH7A 3V3FA 4UOVA 3MHOA 1CAIA 1LG5A 3R17B 3M2YA 1HECA 2VVAX 4Q83A 9CA2A 4ZWYA 3MNHA 5FNIA 5BRWA 3KOKA 1BN4A 3M5TA 1FSRA 1KOPA 4YX4A 1CNJA 1J9WA 1LGDA 4QK2A 1TEQX 4JSAA 4QK1A 3MHIA 1YDDA 4MDMA 1G3ZA 4QTLA 4M2WA 4FRCA 3S72B 4CNXA 1DCAA 1RAZA 3M2ZA 5EIJA 1CNYA 1BCDA 2ABEA 3KOIA 3UYNA 4FVNA 3MNIA 3F7BA 4COQA 3RZ1B 2H15A 2EU2A 4XIWA 3M67A 1ZSAA 4ETQC 1BNWA 4RFCA 3EFIA 4ITOA 1YO2A 3QYKA 4KUWA 2H4NA 5JGTB 1FR4A 3RYZA 3FW3A 1CNIA 4PZHA 1CCTA 1V9IC 5AMLA 5SZ3A 4JSSA 5BYIA 4YXUA 3OIKA 5EH5A 1CVBA 4CNRA 2OSFA 4YWPA 3V5GA 1EOUA 3FFPX 1CANA 4YXOA 1I9OA 3M1WA 1ZSCA 1YDAA 1CNGA 1G54A 3P5LA 4KUVA 4Q8XA 5FNLA 3L14A 3P44A 1CAYA 1BN3A 4RUXA 4YGFA 2F14A 1FSNA 4QJWA 1IF7A 1ZH9A 2Q1BA 3PYKA 12CAA 3RZ8A 3M2NA 1CVCA 4WR7A 5JEPB 3RG3A 2CABA 2FNKA 3F8EA 1FSQA 1CVHA 4K1QA 3DC9A 4QSBA 4Q6DA 2ZNCA 1RZBA 4KNIA 3OY0A 1A42A 3S9TA 2WEHA 4QJ0A 5FL5A 1I9NA 1TBTX 2Q38A 4HU1A 5EKJA 3RGEA 4RUYA 4KUYA 4C3TA 3MYQA 2NXSA 4E3GA 1UGBA 1AZMA 3T5UA 4ZX0A 5EHWA 1HEDA 3IBNA 3RG4A 1BNMA 4FIKA 3M2XA 5G03A 4E3FA 1BNTA 1HCAA 3DC3A 3V3GB 3HKTA 3DVDA 4KNJA 4Q8ZA 3M98A 5JQTA 4L5VA 5DRSA 3M3XA 1H9QA 3RZ7A 4QEFA 4N16A 3V3JA 3KS3A 3JXGA 3LXEA 6CA2A 1UGCA 2FW4A 3NI5A 4WUPA 3S97A 1G0EA 1I9MA 1HUHA 5FLPA 5HPJA 5FDIA 1I91A 5L3OA 2FOSA 3OYSA 3KWAA 4KP8A 3UYQA 5JEHB 3P58A 1I90A 1BNNA 4YGNA 5FL6A 1I9QA 5FLOA 1FR7A 3M1QA 5DSRA 2FOYA 3NJ9A 1TEUX 2NWZA 5EHVA 1Z9YA 1CCUA 3MZCA 4HBAA 4N0XB 3RYVB 3MNKA 1OKMA 2CBDA 1RZEA 3V3HB 4RFDA 4WW6A 3RLDA 4G0CA 2OSMA 3N2PA 5FL4A 7CA2A 5DSMA 1CVDA 3GZ0A 3KONA 3T82A 2FMZA 1TTMA 1FLJA 4QJPA 3U3AX 5G0CA 2EZ7A 4CNVA 1CNHA 4Q7WA 2QP6A 1OKNA 1CA3A 3M5EA 3S71B 4L5UA 4Z1KA 1CALA 2Q1QA 4YHAA 1YO0A 5DSOA 1CNBA 2CA2A 2WEGA 5DSKA 3N4BA 4TWMA 4L5WA 1CAMA 1OQ5A 3IAIA 5JG3B 1HUGA 1JCZA 1CAZA 4BCWA 3HFPA 1UGEA 5BNLA 1RAYA 3D92A 4QJOA 1I8ZA 1IF9A 4RH2A 8CA2A 3KLDB 4WL4A 4PYXA 3JXHC 2NWYA 4LHIA 4CQ0A 1Z97A 3DVCA 1XEVA 3V3IB 4ZWZA 1ZGFA 1DCBA 1BNUA 2VVBX 3K7KA 4ZWXA 4YGLA 2NNGA 3DCSA 1G46A 1I9LA 2CBAA 2ILIA 1V9EA 3MDZA 5E2MA 3S75B 2POUA 2HFWA 5EZTX 4IDRX 4QSIA 3RYXB 3V2JA 2FOUA 4Q6EA 4Z1NA 3M5SA 4MO8A 3IBUA 1CRMA 4FU5A 4G7AA 3P55A 5E2SA 3M14A 3P3JA 5DOGA 5DSJA 1G52A 3RJ7A 4TWLA 4XE1A 3T84A 3MMFA 3P5AA 4FPTA 4GL1X 1CVAA 5CA2A 3BL0A 1URTA 1BNVA 5BRUA 1BZMA 1LG6A 4K13A 4PQ7A 3R16A 2HKKA 1H9NA 4YYTA 3MWOA 3OYQA 4QIYA 4RUZA 3MHCA 4Z1JA 3SAXA 3B4FA 5L6KA 1JD0A 1CZMA 1XQ0A 1CAOA 4M2UA 4Q7VA 4QIZA 5DSPA 3VBDA 2NNOA 3DCWA 4M2VA 4MLXA 3V7XA 5A6HA 3FE4A 3NB5A 3MHLA 3U7CA 3MHMA 5E2KA 3HKQA 3M40A 1G45A 1ZE8A 1G1DA 3IEOA 3D0NA 4FL7A 4MTYA 3D9ZA 4Q8YA 5FDCA 5FNGA 5CACA 4WW8A 5FNJA 1THKA 1MUAA 2EU3A 4IWZA 1IF6A 2HNCA 3HS4A 5CLUA 3N3JA 1ZFKA 5DSQA 3SBIA 2GD8A 1ZGEA 4MLTA 4WUQA 2HD6A 1UGGA 5JEGB 5DOHA 3HKUA 5E5RA 5FNHA 1ZNCA 5EH8A 3DD0A 3MNAA 1H4NA 3IGPA 1KWQA 2POVA 3K34A 3HKNA 1YDCA 1HVAA 2WD3A 3TMJA 1TE3X 5LMDA 4PYYA 1Z93A 1BN1A 4E4AA 2FNMA 1CCSA 1RJ6A 5JQ0A 1CINA 1I9PA 5JESB 1DMXA 3K2FA 4R59A 5DSNA 2NNSA 4K0ZA 4K0TA 3SBHA 4Q09A 3ZP9A 2FOVA 1CAJA 3T83A 4HT0A 1XPZA 1RZDA 1CA2A 3M1JA 4HT2A 3U45X 5BRVA 3CAJA 4KV0A 5IPZA 1CNKA 3CA2A 3BL1A 2NMXA 1CRAA 4E49A 3OIMA 3Q31A 3S78B 1G6VA 3W6IA 2NN7A 2WEOA 1G53A 4YGJA 2AW1A 3RYJB 5FLQA 2NNVA 4YVYA 4FVOA 4R5AA 4RN4A 1YDBA 3DVBA 1HEAA 3CYUA 3B1BA 4BF6A 4QK3A 1OKLA 4JS6A 4CACA 4JSWA 5EKMA 3D93A 1TH9A 3V2MA 1FQNA 5SZ1A 4QJXA 5EKHA 3S8XA 5E5UA 1G0FA 3CZVA 4HEZA 4Q08A 1DMYA 1ZSBA 3F7UA 4Q7PA 3U47A 5JGSB 3F4XA 1BV3A 1CILA 1CVFA 1G48A 4YGKA 1IF5A 1T9NA 5G0BA 3JXFA 4X5SA 5SZ6A 4Y0JA 3S73B 4ILXA 3S74B 4BF1A 1CNXA 5CJFA 4QJMA 3M96A 1JV0A 4KNNA 1UGAA 3RZ0B 5FLTA 5AMDA 4XZ5A 4Q90A 1CAHA 1TG3A 2POWA 5E28A 3S76A 3DV7A 4CA2A 3ML5A 5FLSA 5JG5B 3SAPA 1F2WA 1CIMA 2WD2A 2NXRA 1Y7WA 4JSZA 2NWOA 2CBEA 2AX2A 1AM6A 3PO6A 3MNJA 1CNCA 5E2RA 3P4VA 4Q87A 4CNWA 3C7PA 4K0SA 3MNUA 2NWPA 2NXTA 1BICA 4QSAA 3RYYA 3D8WA 3W6HA 4XFWA 3OKUA 2X7UA 3RZ5A 4XIXA 4MDGA 4DZ9A 3ZNCA 4ZX1A 3S77B 2QO8A 1RZAA 4Q0LA 1FQLA 1RJ5A 1FQMA 2FNNA 5EOIA 1TG9A 4ZAOA 1IF8A 4KAPA 1LUGA 3KIGA 4RIUA 1XEGA 5DVXA 5FNMA 4E5QA 1KWRA 2O4ZA 3OILA 4HEWA 4DZ7A 1HEBA 5C8IA 5FLRA 1UGFA 5SZ2A 4QY3A 3DAZA 5A25A 5SZ4A 2QOAA 1CVEA 3HLJA 4RIVA 1G4JA 2NN1A 2FOQA 3N0NA 1UGDA 1FQRA 3PJJA 3EFTA 1AVNA 4MDLA 5SZ0A 3OKVA 5EHEA 4QSJA 1BNQA 1KEQA 3M04A 2CBCA 5JDVB 3DA2A 5DSIA 1CAKA 3ML2A 1ZFQA 1KOQA 1G4OA 2X7SA 2WEJA 5SZ5A 4E9OX 4Q9YA 3KNEA 5G01A 5E2NA 2HL4A 4Q99A 4HF3A 3BETA 5DSLA 2GEHA 3KKXA 3DCCA 4KNMA 4M2RA 5FNKA 4E3HA 3T85A 4YXIA 2HOCA 4Q49A 1RZCA 4LU3A 3T5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MOO A;  2CBB A;  4Q07 A;  3IBI A;  2IT4 A;  1LZV A;  4PXX A;  4ZWI A;  4Q06 A;  3P3H A;  4Z0Q A;  1CNW A;  1HCB A;  3DBU A;  3TVO X;  4E3D A;  3DD8 A;  4ITP A;  4Q81 A;  4HEY A;  5SZ7 A;  2W2J A;  2X7T A;  5J8Z A;  3IBL A;  3M1K A;  1YO1 A;  4Q7S A;  4R5B A;  4Q78 A;  5AMG A;  1TB0 X;  4Z1E A;  2FMG A;  3TVN X;  4LP6 A;  1IF4 A;  4KP5 A;  5EH7 A;  3V3F A;  4UOV A;  3MHO A;  1CAI A;  1LG5 A;  3R17 B;  3M2Y A;  1HEC A;  2VVA X;  4Q83 A;  9CA2 A;  4ZWY A;  3MNH A;  5FNI A;  5BRW A;  3KOK A;  1BN4 A;  3M5T A;  1FSR A;  1KOP A;  4YX4 A;  1CNJ A;  1J9W A;  1LGD A;  4QK2 A;  1TEQ X;  4JSA A;  4QK1 A;  3MHI A;  1YDD A;  4MDM A;  1G3Z A;  4QTL A;  4M2W A;  4FRC A;  3S72 B;  4CNX A;  1DCA A;  1RAZ A;  3M2Z A;  5EIJ A;  1CNY A;  1BCD A;  2ABE A;  3KOI A;  3UYN A;  4FVN A;  3MNI A;  3F7B A;  4COQ A;  3RZ1 B;  2H15 A;  2EU2 A;  4XIW A;  3M67 A;  1ZSA A;  4ETQ C;  1BNW A;  4RFC A;  3EFI A;  4ITO A;  1YO2 A;  3QYK A;  4KUW A;  2H4N A;  5JGT B;  1FR4 A;  3RYZ A;  3FW3 A;  1CNI A;  4PZH A;  1CCT A;  1V9I C;  5AML A;  5SZ3 A;  4JSS A;  5BYI A;  4YXU A;  3OIK A;  5EH5 A;  1CVB A;  4CNR A;  2OSF A;  4YWP A;  3V5G A;  1EOU A;  3FFP X;  1CAN A;  4YXO A;  1I9O A;  3M1W A;  1ZSC A;  1YDA A;  1CNG A;  1G54 A;  3P5L A;  4KUV A;  4Q8X A;  5FNL A;  3L14 A;  3P44 A;  1CAY A;  1BN3 A;  4RUX A;  4YGF A;  2F14 A;  1FSN A;  4QJW A;  1IF7 A;  1ZH9 A;  2Q1B A;  3PYK A;  12CA A;  3RZ8 A;  3M2N A;  1CVC A;  4WR7 A;  5JEP B;  3RG3 A;  2CAB A;  2FNK A;  3F8E A;  1FSQ A;  1CVH A;  4K1Q A;  3DC9 A;  4QSB A;  4Q6D A;  2ZNC A;  1RZB A;  4KNI A;  3OY0 A;  1A42 A;  3S9T A;  2WEH A;  4QJ0 A;  5FL5 A;  1I9N A;  1TBT X;  2Q38 A;  4HU1 A;  5EKJ A;  3RGE A;  4RUY A;  4KUY A;  4C3T A;  3MYQ A;  2NXS A;  4E3G A;  1UGB A;  1AZM A;  3T5U A;  4ZX0 A;  5EHW A;  1HED A;  3IBN A;  3RG4 A;  1BNM A;  4FIK A;  3M2X A;  5G03 A;  4E3F A;  1BNT A;  1HCA A;  3DC3 A;  3V3G B;  3HKT A;  3DVD A;  4KNJ A;  4Q8Z A;  3M98 A;  5JQT A;  4L5V A;  5DRS A;  3M3X A;  1H9Q A;  3RZ7 A;  4QEF A;  4N16 A;  3V3J A;  3KS3 A;  3JXG A;  3LXE A;  6CA2 A;  1UGC A;  2FW4 A;  3NI5 A;  4WUP A;  3S97 A;  1G0E A;  1I9M A;  1HUH A;  5FLP A;  5HPJ A;  5FDI A;  1I91 A;  5L3O A;  2FOS A;  3OYS A;  3KWA A;  4KP8 A;  3UYQ A;  5JEH B;  3P58 A;  1I90 A;  1BNN A;  4YGN A;  5FL6 A;  1I9Q A;  5FLO A;  1FR7 A;  3M1Q A;  5DSR A;  2FOY A;  3NJ9 A;  1TEU X;  2NWZ A;  5EHV A;  1Z9Y A;  1CCU A;  3MZC A;  4HBA A;  4N0X B;  3RYV B;  3MNK A;  1OKM A;  2CBD A;  1RZE A;  3V3H B;  4RFD A;  4WW6 A;  3RLD A;  4G0C A;  2OSM A;  3N2P A;  5FL4 A;  7CA2 A;  5DSM A;  1CVD A;  3GZ0 A;  3KON A;  3T82 A;  2FMZ A;  1TTM A;  1FLJ A;  4QJP A;  3U3A X;  5G0C A;  2EZ7 A;  4CNV A;  1CNH A;  4Q7W A;  2QP6 A;  1OKN A;  1CA3 A;  3M5E A;  3S71 B;  4L5U A;  4Z1K A;  1CAL A;  2Q1Q A;  4YHA A;  1YO0 A;  5DSO A;  1CNB A;  2CA2 A;  2WEG A;  5DSK A;  3N4B A;  4TWM A;  4L5W A;  1CAM A;  1OQ5 A;  3IAI A;  5JG3 B;  1HUG A;  1JCZ A;  1CAZ A;  4BCW A;  3HFP A;  1UGE A;  5BNL A;  1RAY A;  3D92 A;  4QJO A;  1I8Z A;  1IF9 A;  4RH2 A;  8CA2 A;  3KLD B;  4WL4 A;  4PYX A;  3JXH C;  2NWY A;  4LHI A;  4CQ0 A;  1Z97 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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