1URT | Genus

Total Genus 66

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	237
structure length	237
Chain Sequence	GTRQSPINIQWKDSVYDPQLAPLRVSYDAASCRYLWNTGHAFQVEFDDSCEDSGISGGPLGNHYRLKQFHFHWGATDEWGSEHAVDGHTYPAELHLVHWNSTKYENYKKASVGENGLAVIGVFLKLGAHHQALQKLVDVLPEVRHKDTQVAMGDFDPSCLMPACRDYWTYPGSLTTPPLAESVTWIVQKTPVEVSPSQLSMFRTLLFSGRGEEEDVMVNNYRPLQPLRDRKLRSSFR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5662435219290218__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5662435219290218__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1urt/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5662435219290218__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5662435219290218","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1urt/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5662435219290218__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-based design of an intramolecular proton transfer site in murine carbonic anhydrase V. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE V
molecule tags	Lyase
source organism	Mus musculus
total genus	66
structure length	237
sequence length	237
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1996-07-03

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1urtA00

1BNNA 5JDVB 4X5SA 1YO0A 2QOAA 1Z93A 4JSZA 4BCWA 3EFTA 4ZX1A 1FSNA 1AVNA 4MDLA 4MDMA 3OKVA 2EU3A 1CVAA 2WEJA 3D93A 3M2NA 3OILA 4HU1A 5E2RA 3TMJA 5CLUA 1G6VA 3U3AX 4BF1A 4ZWYA 4RUYA 1BNTA 1CILA 3T82A 3MNKA 4QK3A 4Q0LA 1ZE8A 4L5WA 3BL1A 3V2MA 3CYUA 3S77B 2NWPA 1CCSA 5SZ3A 1TH9A 4WUPA 4ILXA 3JXFA 5BRWA 4IDRX 1UGAA 3MNHA 3OKUA 1RZEA 4WW6A 3M1QA 1HUHA 4E3DA 1I8ZA 3S72B 3M1JA 3DCCA 4Z0QA 3IBUA 2EZ7A 3M1WA 5JG3B 3D9ZA 1LGDA 4YVYA 3M3XA 3UYQA 5SZ5A 3D8WA 3M5EA 1CNIA 1G3ZA 5E2KA 3SBHA 2HNCA 2NN1A 3S8XA 1OQ5A 5CACA 1CAZA 3S75B 5DSQA 2WEOA 3M2XA 4QK1A 5C8IA 1RJ6A 1JV0A 1RAYA 3NB5A 1CNBA 2FOSA 3P3JA 1BN3A 1UGBA 3P4VA 3PO6A 4GL1X 5EKJA 4G7AA 5DOGA 5G0BA 2X7TA 4Q49A 3V3IB 3JXGA 3MNAA 1I91A 3CZVA 4Q8XA 5EHWA 4FVOA 5FNJA 4CACA 4L5VA 2OSMA 1KWQA 1LG5A 5EIJA 4DZ9A 1CNGA 3DC9A 4YX4A 1CVEA 1CVDA 4N0XB 3P58A 4YGKA 1I9PA 2FOYA 3QYKA 1I9LA 3KIGA 2GEHA 2H4NA 3CAJA 4RIVA 3K2FA 4KNIA 4L5UA 5A25A 1FQMA 5A6HA 5SZ1A 3RYYA 3SAPA 3F7BA 5FNMA 4YWPA 1G0FA 3DVDA 3NJ9A 4M2WA 1F2WA 1FSRA 4QJPA 1TEUX 5JGTB 2AW1A 4CNVA 3VBDA 5EHEA 4HEYA 5DVXA 1UGEA 2WD2A 3DVBA 4HEWA 1TEQX 2ABEA 4CNXA 2O4ZA 2WEHA 4Q6EA 3P5AA 4HBAA 4Q7WA 4QJOA 1G46A 5JESB 3C7PA 3B4FA 4Q78A 1TB0X 4MDGA 1HEDA 5EKMA 4KNMA 2NNSA 3MHLA 5DRSA 1G45A 2FNNA 1FR4A 4PXXA 2POWA 4M2VA 4KAPA 4RUXA 1HVAA 3MHMA 3MNIA 4TWLA 2CBCA 3KS3A 3MMFA 2NNOA 3TVNX 5DSNA 1YDDA 4COQA 2FNMA 1RZCA 3PYKA 3S73B 3RZ8A 1IF4A 2CBEA 3N2PA 4XFWA 4KNNA 3N4BA 4DZ7A 1G4JA 1CAMA 5EH5A 2NWYA 4G0CA 3K7KA 1TBTX 4Q06A 1IF7A 3IGPA 1DCAA 3JXHC 3U45X 4Q81A 1CA2A 3KKXA 1HECA 3FFPX 5DSJA 1RJ5A 4ETQC 1ZGEA 5JQ0A 1TTMA 1CNCA 1HEAA 2W2JA 5EH7A 2HL4A 3DCSA 2ZNCA 5JEHB 5FNHA 4RH2A 5FLRA 4CQ0A 5LMDA 3S78B 1ZSBA 2FNKA 3DC3A 1ZSAA 3P3HA 3OYSA 4FRCA 4RFCA 3EFIA 5JEPB 12CAA 1I9OA 1CALA 1H9QA 3M40A 3P44A 5DSPA 1CVCA 4KV0A 4MLTA 4WR7A 2NWOA 2NXSA 5EZTX 2FW4A 1AM6A 1Z97A 2AX2A 4KUYA 4QSJA 4E4AA 4E9OX 1BNWA 3MNJA 4FL7A 5SZ4A 3S74B 4E5QA 1AZMA 3OYQA 3DBUA 3F4XA 3RJ7A 4Q08A 5JQTA 4MLXA 3T84A 3KNEA 1T9NA 1XEGA 1BNVA 2FMZA 2NXTA 4Q90A 4QTLA 3N0NA 4QJXA 1CNJA 3RLDA 1CNWA 3BL0A 1I9MA 1ZGFA 3L14A 3ZNCA 1G1DA 4MO8A 3DA2A 3OY0A 3CA2A 1BZMA 1OKNA 3R16A 5FNKA 5FLOA 1BCDA 3ZP9A 5J8ZA 3B1BA 1MOOA 3D0NA 1YDBA 4LHIA 5FLQA 1G53A 3IAIA 2X7UA 5DSOA 4E49A 5IPZA 3M2ZA 2Q1BA 1BNQA 3TVOX 3BETA 1CAJA 4K0TA 4PYYA 1TE3X 3HKTA 3V2JA 5DSMA 4QJWA 3M5TA 1Z9YA 4JSAA 3M14A 5BYIA 1BNUA 4KUVA 1BN4A 1LG6A 1Y7WA 1EOUA 2VVBX 3IBNA 4Q7VA 4Z1NA 4YXOA 2QP6A 3HFPA 4Q09A 5BNLA 5FL6A 3HLJA 5FLTA 5AMDA 4ZWZA 3RZ7A 3KLDB 1RZDA 4MTYA 4PQ7A 1CVHA 5FNLA 3V3JA 3DAZA 1CVFA 3ML2A 1I9QA 4QK2A 3RYVB 3S97A 3M96A 1JD0A 4Q7SA 3RGEA 1DMXA 4QIYA 5EHVA 4YHAA 3FW3A 3K34A 3DV7A 3P55A 1G52A 5EH8A 3MZCA 4QSIA 4RN4A 1BNMA 2Q38A 3W6HA 4R59A 3DCWA 1LZVA 3F8EA 3W6IA 5FNGA 5HPJA 3KONA 4CA2A 2X7SA 1G48A 3RZ0B 4Q8YA 1CAKA 2IT4A 3MHCA 3SBIA 1V9EA 1OKLA 3MHOA 4QSBA 1CAIA 4RIUA 4ITPA 5SZ0A 1G54A 5G03A 4YGNA 4WL4A 4CNWA 4PYXA 4Q7PA 2NNVA 4Q6DA 4QJMA 2OSFA 3NI5A 1J9WA 5L6KA 5DSIA 4M2RA 1CIMA 3T5ZA 4RUZA 3MHIA 4R5BA 3SAXA 4LU3A 5G01A 5BRVA 1YO1A 1IF9A 3OIMA 4K0ZA 3RYJB 1IF8A 3F7UA 4JS6A 5CA2A 1YDAA 4WUQA 3S71B 4YXIA 2H15A 3HS4A 3MNUA 4QY3A 3MDZA 1FQNA 5FL5A 4TWMA 3FE4A 2HOCA 4FVNA 4C3TA 5L3OA 4YXUA 3LXEA 4XIXA 2FOVA 1UGGA 4ZWXA 2ILIA 5DOHA 5FDCA 5E2MA 1XQ0A 3HKQA 1KOQA 1CA3A 1ZH9A 5DSLA 2FMGA 3T85A 3MWOA 4JSSA 1OKMA 3V3FA 1LUGA 4ZWIA 1XEVA 1ZFQA 3V5GA 9CA2A 1A42A 3T83A 4K0SA 5FDIA 2QO8A 4HT2A 4ZX0A 4Z1KA 1FQRA 4XZ5A 5SZ7A 5JEGB 8CA2A 3RZ5A 1CINA 4QIZA 5FLSA 1KEQA 4JSWA 6CA2A 4FIKA 2CA2A 5CJFA 2CBBA 4LP6A 1TG3A 2POUA 3U7CA 1CRMA 4Z1JA 1ZFKA 4IWZA 4CNRA 3D92A 4YYTA 1JCZA 1CCTA 1THKA 1CNYA 1XPZA 4M2UA 2CBAA 4WW8A 5EKHA 2FOQA 2NNGA 1BN1A 3DD0A 4KP8A 1CANA 4K1QA 1HCAA 4Q83A 3M2YA 4YGJA 1CRAA 1KOPA 1RZAA 4Q07A 3M1KA 1H9NA 4UOVA 3RZ1B 5EOIA 4E3FA 3M67A 1DMYA 4XIWA 3V3HB 7CA2A 3KWAA 4QEFA 3KOIA 1YO2A 1IF6A 5JGSB 1CNKA 1HEBA 2VVAX 3PJJA 5AMGA 5AMLA 5BRUA 1CNHA 1FR7A 1YDCA 1FLJA 1V9IC 3RYXB 1HCBA 5E5RA 1RAZA 1TG9A 4YGLA 1RZBA 4KNJA 3S76A 1G4OA 3M5SA 5E28A 3T5UA 3M98A 1BV3A 3KOKA 3RYZA 3V3GB 3HKUA 2WEGA 4FPTA 2NN7A 1CAHA 3GZ0A 4XE1A 4R5AA 1CZMA 4Q9YA 1UGFA 4QJ0A 5G0CA 4Q87A 4K13A 3RG3A 4Y0JA 4N16A 5SZ6A 4E3GA 3S9TA 2HFWA 5FL4A 3MYQA 3ML5A 4PZHA 2CABA 1H4NA 2EU2A 3P5LA 2CBDA 4YGFA 2HKKA 1DCBA 2Q1QA 3DVCA 3IBLA 1FQLA 3RG4A 2POVA 4RFDA 5DSKA 1CVBA 3HKNA 3V7XA 5E2NA 1I90A 2F14A 4KP5A 5E2SA 1MUAA 4HEZA 4ZAOA 5SZ2A 1CCUA 3DD8A 1KWRA 1FSQA 4HT0A 1BICA 1CAOA 4E3HA 4QSAA 4ITOA 5FNIA 2FOUA 5FLPA 5DSRA 1CNXA 2NXRA 1UGDA 3OIKA 3Q31A 4KUWA 1UGCA 4Q8ZA 2HD6A 1HUGA 4Q99A 3IEOA 1CAYA 3N3JA 3U47A 3R17B 2GD8A 4BF6A 1ZSCA 2WD3A 3IBIA 4HF3A 1URTA 4Z1EA 1I9NA 5JG5B 2NWZA 4FU5A 1ZNCA 5E5UA 3UYNA 1G0EA 3M04A 1IF5A 2NMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BNN A;  5JDV B;  4X5S A;  1YO0 A;  2QOA A;  1Z93 A;  4JSZ A;  4BCW A;  3EFT A;  4ZX1 A;  1FSN A;  1AVN A;  4MDL A;  4MDM A;  3OKV A;  2EU3 A;  1CVA A;  2WEJ A;  3D93 A;  3M2N A;  3OIL A;  4HU1 A;  5E2R A;  3TMJ A;  5CLU A;  1G6V A;  3U3A X;  4BF1 A;  4ZWY A;  4RUY A;  1BNT A;  1CIL A;  3T82 A;  3MNK A;  4QK3 A;  4Q0L A;  1ZE8 A;  4L5W A;  3BL1 A;  3V2M A;  3CYU A;  3S77 B;  2NWP A;  1CCS A;  5SZ3 A;  1TH9 A;  4WUP A;  4ILX A;  3JXF A;  5BRW A;  4IDR X;  1UGA A;  3MNH A;  3OKU A;  1RZE A;  4WW6 A;  3M1Q A;  1HUH A;  4E3D A;  1I8Z A;  3S72 B;  3M1J A;  3DCC A;  4Z0Q A;  3IBU A;  2EZ7 A;  3M1W A;  5JG3 B;  3D9Z A;  1LGD A;  4YVY A;  3M3X A;  3UYQ A;  5SZ5 A;  3D8W A;  3M5E A;  1CNI A;  1G3Z A;  5E2K A;  3SBH A;  2HNC A;  2NN1 A;  3S8X A;  1OQ5 A;  5CAC A;  1CAZ A;  3S75 B;  5DSQ A;  2WEO A;  3M2X A;  4QK1 A;  5C8I A;  1RJ6 A;  1JV0 A;  1RAY A;  3NB5 A;  1CNB A;  2FOS A;  3P3J A;  1BN3 A;  1UGB A;  3P4V A;  3PO6 A;  4GL1 X;  5EKJ A;  4G7A A;  5DOG A;  5G0B A;  2X7T A;  4Q49 A;  3V3I B;  3JXG A;  3MNA A;  1I91 A;  3CZV A;  4Q8X A;  5EHW A;  4FVO A;  5FNJ A;  4CAC A;  4L5V A;  2OSM A;  1KWQ A;  1LG5 A;  5EIJ A;  4DZ9 A;  1CNG A;  3DC9 A;  4YX4 A;  1CVE A;  1CVD A;  4N0X B;  3P58 A;  4YGK A;  1I9P A;  2FOY A;  3QYK A;  1I9L A;  3KIG A;  2GEH A;  2H4N A;  3CAJ A;  4RIV A;  3K2F A;  4KNI A;  4L5U A;  5A25 A;  1FQM A;  5A6H A;  5SZ1 A;  3RYY A;  3SAP A;  3F7B A;  5FNM A;  4YWP A;  1G0F A;  3DVD A;  3NJ9 A;  4M2W A;  1F2W A;  1FSR A;  4QJP A;  1TEU X;  5JGT B;  2AW1 A;  4CNV A;  3VBD A;  5EHE A;  4HEY A;  5DVX A;  1UGE A;  2WD2 A;  3DVB A;  4HEW A;  1TEQ X;  2ABE A;  4CNX A;  2O4Z A;  2WEH A;  4Q6E A;  3P5A A;  4HBA A;  4Q7W A;  4QJO A;  1G46 A;  5JES B;  3C7P A;  3B4F A;  4Q78 A;  1TB0 X;  4MDG A;  1HED A;  5EKM A;  4KNM A;  2NNS A;  3MHL A;  5DRS A;  1G45 A;  2FNN A;  1FR4 A;  4PXX A;  2POW A;  4M2V A;  4KAP A;  4RUX A;  1HVA A;  3MHM A;  3MNI A;  4TWL A;  2CBC A;  3KS3 A;  3MMF A;  2NNO A;  3TVN X;  5DSN A;  1YDD A;  4COQ A;  2FNM A;  1RZC A;  3PYK A;  3S73 B;  3RZ8 A;  1IF4 A;  2CBE A;  3N2P A;  4XFW A;  4KNN A;  3N4B A;  4DZ7 A;  1G4J A;  1CAM A;  5EH5 A;  2NWY A;  4G0C A;  3K7K A;  1TBT X;  4Q06 A;  1IF7 A;  3IGP A;  1DCA A;  3JXH C;  3U45 X;  4Q81 A;  1CA2 A;  3KKX A;  1HEC A;  3FFP X;  5DSJ A;  1RJ5 A;  4ETQ C;  1ZGE A;  5JQ0 A;  1TTM A;  1CNC A;  1HEA A;  2W2J A;  5EH7 A;  2HL4 A;  3DCS A;  2ZNC A;  5JEH B;  5FNH A;  4RH2 A;  5FLR A;  4CQ0 A;  5LMD A;  3S78 B;  1ZSB A;  2FNK A;  3DC3 A;  1ZSA A;  3P3H A;  3OYS A;  4FRC A;  4RFC A;  3EFI A;  5JEP B;  12CA A;  1I9O A;  1CAL A;  1H9Q A;  3M40 A;  3P44 A;  5DSP A;  1CVC A;  4KV0 A;  4MLT A;  4WR7 A;  2NWO A;  2NXS A;  5EZT X;  2FW4 A;  1AM6 A;  1Z97 A;  2AX2 A;  4KUY A;  4QSJ A;  4E4A A;  4E9O X;  1BNW A;  3MNJ A;  4FL7 A;  5SZ4 A;  3S74 B;  4E5Q A;  1AZM A;  3OYQ A;  3DBU A;  3F4X A;  3RJ7 A;  4Q08 A;  5JQT A;  4MLX A;  3T84 A;  3KNE A;  1T9N A;  1XEG A;  1BNV A;  2FMZ A;  2NXT A;  4Q90 A;  4QTL A;  3N0N A;  4QJX A;  1CNJ A;  3RLD A;  1CNW A;  3BL0 A;  1I9M A;  1ZGF A;  3L14 A;  3ZNC A;  1G1D A;  4MO8 A;  3DA2 A;  3OY0 A;  3CA2 A;  1BZM A;  1OKN A;  3R16 A;  5FNK A;  5FLO A;  1BCD A;  3ZP9 A;  5J8Z A;  3B1B A;  1MOO A;  3D0N A;  1YDB A;  4LHI A;  5FLQ A;  1G53 A;  3IAI A;  2X7U A;  5DSO A;  4E49 A;  5IPZ A;  3M2Z A;  2Q1B A;  1BNQ A;  3TVO X;  3BET A;  1CAJ A;  4K0T A;  4PYY A;  1TE3 X;  3HKT A;  3V2J A;  5DSM A;  4QJW A;  3M5T A;  1Z9Y A;  4JSA A;  3M14 A;  5BYI A;  1BNU A;  4KUV A;  1BN4 A;  1LG6 A;  1Y7W A;  1EOU A;  2VVB X;  3IBN A;  4Q7V A;  4Z1N A;  4YXO A;  2QP6 A;  3HFP A;  4Q09 A;  5BNL A;  5FL6 A;  3HLJ A;  5FLT A;  5AMD A;  4ZWZ A;  3RZ7 A;  3KLD B;  1RZD A;  4MTY A;  4PQ7 A;  1CVH A;  5FNL A;  3V3J A;  3DAZ A;  1CVF A;  3ML2 A;  1I9Q A;  4QK2 A;  3RYV B;  3S97 A;  3M96 A;  1JD0 A;  4Q7S A;  3RGE A;  1DMX A;  4QIY A;  5EHV A;  4YHA A;  3FW3 A;  3K34 A;  3DV7 A;  3P55 A;  1G52 A;  5EH8 A;  3MZC A;  4QSI A;  4RN4 A;  1BNM A;  2Q38 A;  3W6H A;  4R59 A;  3DCW A;  1LZV A;  3F8E A;  3W6I A;  5FNG A;  5HPJ A;  3KON A;  4CA2 A;  2X7S A;  1G48 A;  3RZ0 B;  4Q8Y A;  1CAK A;  2IT4 A;  3MHC A;  3SBI A;  1V9E A; 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1URTA

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