1URT | Genus

Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	237
structure length	237
Chain Sequence	GTRQSPINIQWKDSVYDPQLAPLRVSYDAASCRYLWNTGHAFQVEFDDSCEDSGISGGPLGNHYRLKQFHFHWGATDEWGSEHAVDGHTYPAELHLVHWNSTKYENYKKASVGENGLAVIGVFLKLGAHHQALQKLVDVLPEVRHKDTQVAMGDFDPSCLMPACRDYWTYPGSLTTPPLAESVTWIVQKTPVEVSPSQLSMFRTLLFSGRGEEEDVMVNNYRPLQPLRDRKLRSSFR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2892320818109568__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2892320818109568__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1urt/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2892320818109568__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2892320818109568","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1urt/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2892320818109568__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz): 647 ms

reading 237 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

237 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:236});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-based design of an intramolecular proton transfer site in murine carbonic anhydrase V. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE V
molecule tags	Lyase
source organism	Mus musculus
total genus	66
structure length	237
sequence length	237
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1996-07-03

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1urtA00

4R59A 5JG5B 3V2MA 3KKXA 3T82A 1CCUA 5SZ2A 1V9IC 1JCZA 3ML5A 4ETQC 3EFTA 5FL5A 1TB0X 4M2UA 5DSKA 4KNNA 3U7CA 1Y7WA 5L6KA 4L5VA 1CNWA 3V5GA 3KIGA 1IF9A 5FLRA 3Q31A 1ZSCA 3DCCA 1CNJA 1RZEA 4L5UA 2OSMA 5EKJA 1I90A 2CBAA 3KOKA 1CAIA 4JSZA 1G45A 4KAPA 4Q07A 4QJPA 5SZ6A 4E49A 3HFPA 1J9WA 4MDMA 3TMJA 1ZH9A 2ABEA 3M1WA 4HU1A 1HEBA 3K7KA 4L5WA 1CAZA 2EU2A 4K0SA 3MNUA 3T84A 5CJFA 7CA2A 1YDCA 4Q87A 5EOIA 3MHCA 3P5AA 4JSWA 1FQMA 3S77B 4QY3A 3MHLA 2NWZA 3DVBA 1G1DA 1BNUA 5DSLA 5BNLA 4Z1NA 2NWPA 5AMDA 3MWOA 1BZMA 5G0BA 2GEHA 3M2YA 1UGDA 4XIWA 1JD0A 1CNYA 4N0XB 4PQ7A 3MDZA 3RYVB 2QP6A 3M2XA 3N4BA 3RG3A 2QOAA 5SZ4A 4MDGA 5DSNA 5EHEA 2FMZA 1YO2A 3HKTA 3IBIA 1BN3A 3MNHA 3RGEA 4Q49A 4CQ0A 1I9OA 1AZMA 1LGDA 3W6HA 3P5LA 4XZ5A 5J8ZA 5JQTA 4K13A 3F4XA 5JQ0A 3M3XA 1BN1A 1DMXA 1CNIA 5FLQA 4Q9YA 5DSOA 3S76A 4YX4A 4BCWA 5FL6A 3S71B 1BNVA 1CRAA 3CZVA 2HD6A 2CBCA 4C3TA 1TH9A 1AM6A 1CNCA 4Q7WA 4PZHA 2POWA 1CAYA 4RFDA 4TWMA 3HKUA 2X7TA 1HUHA 4FRCA 1OQ5A 1FR4A 2H15A 3MHIA 3MZCA 4K1QA 4HF3A 1ZE8A 5G03A 3V3JA 5JGSB 4Q8YA 4HEYA 1DCBA 1OKMA 5BRUA 4QSBA 2O4ZA 1I9LA 1RZBA 3R17B 3OYSA 3DVDA 3RLDA 4YGJA 3DAZA 2NNOA 3M1QA 4ZWXA 3RYZA 1CNKA 5FNGA 3M2NA 5G01A 1TE3X 4FVNA 3M04A 2X7SA 4Q7VA 3KNEA 4X5SA 5DOHA 1CAHA 2NNSA 2NMXA 4QK2A 3JXGA 1CAMA 3DC3A 4DZ7A 5FNIA 5JEHB 3M98A 4LU3A 4Q7SA 2VVAX 3DCSA 1OKLA 3JXHC 4QSAA 3VBDA 4Q08A 1ZNCA 4Q6DA 4WR7A 1HUGA 1G48A 3T83A 2WD3A 3SAPA 1G4JA 4CNXA 2NNGA 1HEAA 3FE4A 2WD2A 2WEGA 3RJ7A 3CYUA 1YO0A 5E2RA 3IGPA 5SZ0A 5A6HA 2NN1A 3LXEA 4KNJA 4LHIA 2ZNCA 5E2MA 4QIYA 2EU3A 1I91A 4RUXA 2CBBA 4E9OX 3KONA 5AMGA 3HLJA 1TEQX 1BV3A 3F8EA 1CRMA 1XQ0A 3MNAA 3B1BA 4G0CA 4WL4A 4WW8A 5CACA 3M67A 5FNJA 1TBTX 2HL4A 1UGEA 2NN7A 5DVXA 1CIMA 4PYYA 1LUGA 2FNMA 4FPTA 4YHAA 4KNMA 3TVNX 4E3FA 1EOUA 5C8IA 3C7PA 3GZ0A 4CNRA 3M5TA 3RYJB 1ZGEA 3UYQA 4RIVA 4MO8A 5JDVB 2FOUA 2F14A 3P58A 5AMLA 4ITOA 3OKUA 1CALA 4RFCA 1BCDA 1IF4A 4K0TA 3MHMA 1JV0A 4YGLA 1KEQA 4WUPA 3HKNA 1RAYA 1FSQA 2W2JA 1HVAA 1Z93A 4QK1A 4RIUA 4IWZA 4RH2A 2NXRA 4R5BA 3W6IA 4FIKA 5A25A 1OKNA 4ZAOA 4M2WA 3K34A 3KLDB 4JSAA 2FMGA 3M14A 1KOQA 1UGBA 1RZAA 1HCAA 1CINA 4N16A 2GD8A 3L14A 3IAIA 3V3HB 3P55A 3PO6A 3M5EA 1CAJA 2POUA 1CVBA 4RUZA 3BL0A 4E3GA 1XEGA 5JESB 5EHVA 4PXXA 5DSPA 5SZ7A 1FQNA 3DD0A 1G0EA 1MUAA 4YGFA 4YYTA 4Q8ZA 4Q0LA 3S78B 3M5SA 3V3GB 1CCSA 3RYYA 1IF8A 1RZDA 3MHOA 4Q8XA 1CA3A 2HFWA 4PYXA 4HT0A 3NJ9A 1THKA 4KUWA 3T5UA 4HEWA 4ZX1A 5BYIA 4QEFA 1H4NA 2VVBX 2FNKA 3CAJA 3HS4A 1CAOA 1CVDA 4QSJA 1FLJA 1BNMA 5FLPA 4FL7A 1G53A 4HEZA 5FNHA 1CVFA 5DSMA 3N0NA 2AW1A 4KP5A 4MDLA 4CNWA 4DZ9A 3M1KA 4QIZA 3P3JA 5DOGA 3DC9A 1V9EA 5EH5A 2WEOA 4Y0JA 1KWQA 2HNCA 5SZ1A 4UOVA 5DRSA 4MTYA 1CILA 1IF6A 4Q78A 3ZP9A 4QJXA 3RG4A 4FU5A 1CNBA 1UGGA 1LG5A 4YXIA 4Z0QA 3D8WA 1FSRA 3MNJA 3V2JA 4K0ZA 3DVCA 4QJMA 4JSSA 1I9PA 3U3AX 1CNGA 4CA2A 2IT4A 1RZCA 1XEVA 4M2RA 1G4OA 5BRWA 3M1JA 1KWRA 3D93A 3M2ZA 4XE1A 4KNIA 4YWPA 3NI5A 5FLSA 3S97A 1UGFA 1YDAA 4CNVA 2WEJA 3ZNCA 1Z9YA 1ZGFA 5HPJA 3KOIA 3QYKA 3F7BA 1Z97A 1IF5A 3S9TA 1BN4A 5JG3B 2HKKA 3MYQA 3N3JA 4Q90A 5IPZA 3KWAA 5FNKA 4YXUA 3N2PA 2ILIA 4Q7PA 3DD8A 5FLTA 5EKMA 1DMYA 1CZMA 2CABA 3M96A 2Q1BA 3SBIA 4E3DA 2NNVA 4IDRX 4M2VA 2X7UA 2FOYA 3RZ1B 4MLXA 3UYNA 4ZWIA 3MMFA 1F2WA 1TTMA 2NXTA 3V7XA 3DBUA 3BETA 3IBNA 4Z1EA 4Q6EA 1UGCA 1G46A 1I9QA 1IF7A 2CBEA 1TG3A 4RN4A 2EZ7A 4WUQA 5JGTB 5L3OA 4FVOA 3RZ0B 1HEDA 1YDDA 4XIXA 4E3HA 3IBLA 8CA2A 1FQLA 4YXOA 1YO1A 1I9NA 4Q06A 3T85A 4QTLA 3CA2A 5FLOA 3V3FA 2Q1QA 3MNIA 3D0NA 1CVHA 4Q99A 2CA2A 5CLUA 5JEGB 3HKQA 5DSQA 3DCWA 3OIMA 4CACA 1TG9A 3OILA 4HBAA 4ILXA 1HCBA 1TEUX 2OSFA 1XPZA 2NWYA 2FOQA 1RAZA 4Z1JA 1RJ6A 3RZ8A 5FDIA 3P44A 3F7UA 3FFPX 3NB5A 4ITPA 4TWLA 3OY0A 1HECA 4KV0A 5G0CA 2FOVA 1YDBA 4KUYA 3OIKA 2QO8A 3EFIA 4XFWA 4QK3A 5EH7A 4G7AA 2HOCA 4KP8A 1FSNA 2FW4A 6CA2A 2FOSA 1BNQA 1DCAA 12CAA 1FQRA 4QJWA 4LP6A 5CA2A 5E2KA 1I8ZA 4ZWYA 3MNKA 3OKVA 1A42A 2CBDA 5EZTX 3S74B 3JXFA 3D9ZA 3IBUA 1CVEA 4YVYA 5JEPB 1CVAA 5BRVA 4YGNA 5EIJA 2AX2A 3RYXB 5FL4A 1BNNA 1G52A 1KOPA 3D92A 4E4AA 3BL1A 1CAKA 5DSIA 5E28A 9CA2A 3TVOX 1CCTA 1T9NA 1BICA 4HT2A 1CVCA 2Q38A 3RZ5A 5SZ3A 1CANA 4Q09A 3U47A 4BF1A 1H9QA 5EHWA 5EKHA 4JS6A 5E2NA 2H4NA 3S75B 3PYKA 3R16A 4QJOA 4WW6A 4COQA 3B4FA 1LZVA 3ML2A 4MLTA 1CNXA 4QJ0A 3V3IB 4KUVA 1ZFQA 4RUYA 1URTA 4E5QA 3IEOA 1H9NA 3S72B 1LG6A 5FNMA 3SAXA 1G54A 2POVA 4ZX0A 1G3ZA 3KS3A 3P3HA 2NXSA 3DV7A 5DSRA 3S73B 3M40A 5E5RA 3DA2A 4ZWZA 5EH8A 4GL1X 3K2FA 1BNWA 3U45X 3S8XA 5LMDA 1G6VA 5E2SA 3PJJA 1AVNA 1BNTA 1CA2A 1UGAA 5DSJA 1G0FA 4Z1KA 4BF6A 1MOOA 1FR7A 5E5UA 4Q81A 3SBHA 2WEHA 3RZ7A 1RJ5A 1ZFKA 1ZSBA 1ZSAA 5FNLA 5FDCA 4YGKA 4QSIA 5SZ5A 3OYQA 1I9MA 3P4VA 1CNHA 3T5ZA 4R5AA 3FW3A 2FNNA 4Q83A 2NWOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4R59 A;  5JG5 B;  3V2M A;  3KKX A;  3T82 A;  1CCU A;  5SZ2 A;  1V9I C;  1JCZ A;  3ML5 A;  4ETQ C;  3EFT A;  5FL5 A;  1TB0 X;  4M2U A;  5DSK A;  4KNN A;  3U7C A;  1Y7W A;  5L6K A;  4L5V A;  1CNW A;  3V5G A;  3KIG A;  1IF9 A;  5FLR A;  3Q31 A;  1ZSC A;  3DCC A;  1CNJ A;  1RZE A;  4L5U A;  2OSM A;  5EKJ A;  1I90 A;  2CBA A;  3KOK A;  1CAI A;  4JSZ A;  1G45 A;  4KAP A;  4Q07 A;  4QJP A;  5SZ6 A;  4E49 A;  3HFP A;  1J9W A;  4MDM A;  3TMJ A;  1ZH9 A;  2ABE A;  3M1W A;  4HU1 A;  1HEB A;  3K7K A;  4L5W A;  1CAZ A;  2EU2 A;  4K0S A;  3MNU A;  3T84 A;  5CJF A;  7CA2 A;  1YDC A;  4Q87 A;  5EOI A;  3MHC A;  3P5A A;  4JSW A;  1FQM A;  3S77 B;  4QY3 A;  3MHL A;  2NWZ A;  3DVB A;  1G1D A;  1BNU A;  5DSL A;  5BNL A;  4Z1N A;  2NWP A;  5AMD A;  3MWO A;  1BZM A;  5G0B A;  2GEH A;  3M2Y A;  1UGD A;  4XIW A;  1JD0 A;  1CNY A;  4N0X B;  4PQ7 A;  3MDZ A;  3RYV B;  2QP6 A;  3M2X A;  3N4B A;  3RG3 A;  2QOA A;  5SZ4 A;  4MDG A;  5DSN A;  5EHE A;  2FMZ A;  1YO2 A;  3HKT A;  3IBI A;  1BN3 A;  3MNH A;  3RGE A;  4Q49 A;  4CQ0 A;  1I9O A;  1AZM A;  1LGD A;  3W6H A;  3P5L A;  4XZ5 A;  5J8Z A;  5JQT A;  4K13 A;  3F4X A;  5JQ0 A;  3M3X A;  1BN1 A;  1DMX A;  1CNI A;  5FLQ A;  4Q9Y A;  5DSO A;  3S76 A;  4YX4 A;  4BCW A;  5FL6 A;  3S71 B;  1BNV A;  1CRA A;  3CZV A;  2HD6 A;  2CBC A;  4C3T A;  1TH9 A;  1AM6 A;  1CNC A;  4Q7W A;  4PZH A;  2POW A;  1CAY A;  4RFD A;  4TWM A;  3HKU A;  2X7T A;  1HUH A;  4FRC A;  1OQ5 A;  1FR4 A;  2H15 A;  3MHI A;  3MZC A;  4K1Q A;  4HF3 A;  1ZE8 A;  5G03 A;  3V3J A;  5JGS B;  4Q8Y A;  4HEY A;  1DCB A;  1OKM A;  5BRU A;  4QSB A;  2O4Z A;  1I9L A;  1RZB A;  3R17 B;  3OYS A;  3DVD A;  3RLD A;  4YGJ A;  3DAZ A;  2NNO A;  3M1Q A;  4ZWX A;  3RYZ A;  1CNK A;  5FNG A;  3M2N A;  5G01 A;  1TE3 X;  4FVN A;  3M04 A;  2X7S A;  4Q7V A;  3KNE A;  4X5S A;  5DOH A;  1CAH A;  2NNS A;  2NMX A;  4QK2 A;  3JXG A;  1CAM A;  3DC3 A;  4DZ7 A;  5FNI A;  5JEH B;  3M98 A;  4LU3 A;  4Q7S A;  2VVA X;  3DCS A;  1OKL A;  3JXH C;  4QSA A;  3VBD A;  4Q08 A;  1ZNC A;  4Q6D A;  4WR7 A;  1HUG A;  1G48 A;  3T83 A;  2WD3 A;  3SAP A;  1G4J A;  4CNX A;  2NNG A;  1HEA A;  3FE4 A;  2WD2 A;  2WEG A;  3RJ7 A;  3CYU A;  1YO0 A;  5E2R A;  3IGP A;  5SZ0 A;  5A6H A;  2NN1 A;  3LXE A;  4KNJ A;  4LHI A;  2ZNC A;  5E2M A;  4QIY A;  2EU3 A;  1I91 A;  4RUX A;  2CBB A;  4E9O X;  3KON A;  5AMG A;  3HLJ A;  1TEQ X;  1BV3 A;  3F8E A;  1CRM A;  1XQ0 A;  3MNA A;  3B1B A;  4G0C A;  4WL4 A;  4WW8 A;  5CAC A;  3M67 A;  5FNJ A;  1TBT X;  2HL4 A;  1UGE A;  2NN7 A;  5DVX A;  1CIM A;  4PYY A;  1LUG A;  2FNM A;  4FPT A;  4YHA A;  4KNM A;  3TVN X;  4E3F A;  1EOU A;  5C8I A;  3C7P A;  3GZ0 A;  4CNR A;  3M5T A;  3RYJ B;  1ZGE A;  3UYQ A;  4RIV A;  4MO8 A;  5JDV B;  2FOU A;  2F14 A;  3P58 A;  5AML A;  4ITO A;  3OKU A;  1CAL A;  4RFC A;  1BCD A;  1IF4 A;  4K0T A;  3MHM A;  1JV0 A;  4YGL A;  1KEQ A;  4WUP A;  3HKN A;  1RAY A;  1FSQ A;  2W2J A;  1HVA A;  1Z93 A;  4QK1 A;  4RIU A;  4IWZ A;  4RH2 A;  2NXR A;  4R5B A;  3W6I A;  4FIK A;  5A25 A;  1OKN A;  4ZAO A;  4M2W A;  3K34 A;  3KLD B;  4JSA A;  2FMG A;  3M14 A;  1KOQ A;  1UGB A;  1RZA A;  1HCA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1DMXA 1DMYA 1KEQA 7NZRA 7NZSA 7NZTA 7NZUA 7NZWA 7NZXA
similar chains in the Genus database (40% sequence similarity)

None
similar chains in the pdb database (40% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (40% sequence similarity)
1DMX A; 1DMY A; 1KEQ A; 7NZR A; 7NZS A; 7NZT A; 7NZU A; 7NZW A; 7NZX A; 
#similar chains, but unknotted

#similar chains in the pdb database (40% sequence similarity)

1URTA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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