1URT | Genus

Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	237
structure length	237
Chain Sequence	GTRQSPINIQWKDSVYDPQLAPLRVSYDAASCRYLWNTGHAFQVEFDDSCEDSGISGGPLGNHYRLKQFHFHWGATDEWGSEHAVDGHTYPAELHLVHWNSTKYENYKKASVGENGLAVIGVFLKLGAHHQALQKLVDVLPEVRHKDTQVAMGDFDPSCLMPACRDYWTYPGSLTTPPLAESVTWIVQKTPVEVSPSQLSMFRTLLFSGRGEEEDVMVNNYRPLQPLRDRKLRSSFR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__614959572095032__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__614959572095032__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1urt/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__614959572095032__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"614959572095032","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1urt/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__614959572095032__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc36dd8a696f5ebda2aacd/pdb.gz): 381 ms

reading 237 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

237 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:236});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure-based design of an intramolecular proton transfer site in murine carbonic anhydrase V. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE V
molecule tags	Lyase
source organism	Mus musculus
total genus	66
structure length	237
sequence length	237
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1996-07-03

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1urtA00

3ZNCA 3V3IB 1CAHA 3JXGA 4L5VA 1BN4A 3M04A 1CNHA 5CA2A 2HKKA 1TE3X 3M3XA 1G46A 2NXTA 1ZE8A 3MHOA 5JG3B 3KNEA 5FL4A 1BNUA 1CRMA 2FMZA 1CALA 4QSBA 1YO1A 3F4XA 3RZ5A 3T5UA 4Q08A 3P55A 3MYQA 3QYKA 3RZ0B 1YDBA 4QK1A 4FL7A 5G0CA 1DCAA 4YHAA 2POVA 5FLTA 4GL1X 3IEOA 1CNYA 1TEUX 2H15A 3S78B 5DSKA 4E3HA 4ITOA 2WD3A 4RIUA 4M2RA 5SZ0A 5DSLA 3M2NA 2CA2A 4MO8A 2X7UA 1I9MA 3MDZA 4YXUA 3S9TA 4PYXA 2NN1A 2CBEA 3OYSA 1IF9A 3V7XA 3RZ1B 4Z0QA 4K1QA 5SZ4A 3S71B 2W2JA 4QTLA 5E2NA 3V3JA 4ILXA 4XFWA 5E2SA 3MNAA 2AW1A 4Q06A 4RFCA 2O4ZA 4MDMA 5BYIA 3KLDB 3DBUA 4R5AA 4JSAA 4FVOA 3R16A 1JD0A 1FQRA 5EKJA 2FOYA 3FW3A 4HT0A 4ZAOA 1G48A 5DSJA 3D9ZA 4RFDA 1I91A 2WD2A 2NWPA 4G7AA 4JSWA 3P4VA 3NJ9A 4BF1A 1IF5A 1Z97A 3IBNA 3V3GB 1CVFA 4YGFA 5G0BA 1CCUA 1RZEA 5EKHA 4Q90A 2IT4A 1UGAA 3P44A 5A25A 3CYUA 3RG3A 1URTA 3ML2A 1KOPA 1YDCA 4K0SA 4KNJA 4Q09A 1CNXA 3P58A 4Q8ZA 1CVBA 1J9WA 2FOSA 3S8XA 4KV0A 3FFPX 3OYQA 1Y7WA 1G54A 2NMXA 1CAZA 4ZX0A 1YDAA 4ITPA 3RYXB 3P5AA 1HUHA 3MNUA 9CA2A 4Q81A 1Z93A 1KEQA 3B1BA 2HOCA 5BRUA 5FNKA 5DSQA 4YGJA 5FLPA 3M1JA 2CBDA 1CIMA 4HEZA 2EU2A 5LMDA 4FU5A 3DCCA 4Q7WA 3S97A 1TH9A 4KUYA 3P3JA 2GEHA 4ZWIA 5DSMA 1Z9YA 5JEGB 2QO8A 3RJ7A 3NB5A 5SZ5A 3MMFA 2NNGA 1G4JA 3JXFA 5JG5B 4YGNA 3IBUA 5IPZA 4Z1JA 5FNLA 3CA2A 4MLXA 3OKVA 1BICA 4HT2A 1OKMA 4Q87A 1CNWA 2NWYA 1BN3A 1I8ZA 1CNJA 1CAIA 4QJMA 4YVYA 3RZ8A 4X5SA 1G0FA 3KOIA 1G3ZA 1CAMA 2HFWA 4KUWA 4Q7VA 2FOUA 4UOVA 5FDCA 4RN4A 5JEHB 4L5UA 1CNCA 1HEAA 3F7BA 3P5LA 1CNIA 3M40A 4KP8A 3M98A 4MLTA 3TVOX 1FLJA 1BV3A 3N3JA 3HS4A 4MTYA 1BN1A 1CA3A 1JV0A 3TVNX 3DVCA 1I9PA 3DD0A 1I90A 2WEGA 3DVBA 3BL1A 4CNRA 3NI5A 2ABEA 5JDVB 1V9EA 4N0XB 1FQNA 4ZX1A 4QJWA 5JESB 2ILIA 3DC9A 1IF4A 1LG6A 2QOAA 1DMYA 1G0EA 1UGDA 1XPZA 4WUPA 4E3GA 3MNJA 3M2XA 3M2YA 1CA2A 1HCBA 3MHCA 1CILA 3MNKA 4ZWZA 1RAYA 4Q8XA 4BF6A 5FLRA 5FNHA 1ZSAA 2CABA 2ZNCA 3BL0A 5DRSA 1FR7A 5BRVA 1AVNA 5DSOA 2X7TA 5AMLA 4K13A 4FPTA 5SZ3A 5FDIA 5L6KA 2NNSA 3IGPA 3UYNA 4XE1A 5DSIA 5E5RA 3W6HA 3D93A 4WW6A 3MHMA 3T83A 1DMXA 3PYKA 2CBBA 1G4OA 3SAXA 4CQ0A 5JQTA 4Q0LA 4WR7A 1CCSA 4ZWYA 4XIWA 3FE4A 3IBLA 3PO6A 3V5GA 4YXOA 4QY3A 5FL6A 4QJPA 5E28A 1IF6A 2AX2A 3DVDA 3SBIA 5JGTB 1TB0X 3ZP9A 1CANA 1OQ5A 1UGFA 5FLQA 4M2UA 4Q07A 1ZSBA 4WW8A 4JSSA 1BCDA 3S75B 3M5SA 4JSZA 2EZ7A 4Z1KA 4RIVA 5DSNA 4TWLA 3MHIA 4Q99A 1MOOA 2WEJA 3D92A 4KAPA 1LUGA 1CRAA 1LG5A 1FSNA 3RZ7A 3HKUA 1UGGA 3S74B 4Q6DA 1KWRA 4E3DA 3PJJA 2NWOA 2FNKA 2HL4A 4R59A 3V2MA 2H4NA 3MWOA 2FNMA 1CNGA 1CVEA 1UGCA 3KIGA 3DD8A 1IF8A 3KWAA 3S72B 1ZGEA 3DCWA 3CAJA 3F8EA 3DCSA 4CNWA 5DVXA 4MDLA 8CA2A 1FSQA 5EH7A 1CVDA 3V3HB 5SZ7A 1G45A 1HECA 3DV7A 1ZFKA 1HEDA 1CAJA 1BNTA 3M1QA 3VBDA 4TWMA 1XEVA 1CNBA 4Q9YA 1BNNA 1RJ5A 2WEHA 5AMDA 1T9NA 3HFPA 5FLOA 2NXRA 1RZAA 4QIZA 1RZDA 4K0ZA 3SBHA 4E4AA 1ZFQA 4MDGA 5E2KA 3F7UA 4K0TA 5DOHA 4QSIA 5DSPA 1UGEA 1AM6A 4RUZA 2Q1BA 4YGKA 1UGBA 5EH5A 3RLDA 5DSRA 1FQMA 1RZCA 4QJOA 3T5ZA 3T82A 4DZ7A 4Q6EA 2FNNA 4E5QA 3IAIA 5EZTX 1CVAA 3U7CA 3V3FA 1G6VA 1XQ0A 2FOVA 4XIXA 1THKA 1F2WA 4YYTA 3K7KA 5FLSA 1CVCA 3U47A 5BNLA 4YWPA 2POUA 4Q7PA 5BRWA 2FMGA 1BZMA 1TTMA 1ZH9A 1FSRA 1G53A 1HCAA 4PZHA 3TMJA 5EHEA 3T84A 3P3HA 2Q38A 3T85A 4ZWXA 3UYQA 4C3TA 4Q78A 5JQ0A 2NWZA 4Q8YA 4QJXA 5L3OA 3DA2A 4Q7SA 1OKNA 2Q1QA 3RYYA 2FW4A 3M1KA 4N16A 2X7SA 4HBAA 4R5BA 5FNJA 3V2JA 6CA2A 3M96A 5E5UA 3C7PA 4KUVA 5FNIA 4JS6A 1CAOA 4Q49A 4WL4A 2POWA 4M2WA 5HPJA 4YX4A 5EHVA 5EHWA 1FQLA 4RUXA 3RYZA 4CACA 4PQ7A 3S76A 3M5EA 3S73B 2WEOA 3MZCA 1H4NA 4QSAA 3ML5A 5FNMA 5E2MA 3DAZA 4G0CA 2NXSA 3KOKA 3MNHA 1BNWA 2FOQA 1YO0A 4RUYA 5JEPB 3RG4A 4E9OX 4Z1NA 3DC3A 2VVBX 5SZ6A 4E3FA 1DCBA 5CACA 3OIKA 4Z1EA 3BETA 3JXHC 4COQA 4IDRX 1BNMA 2CBAA 1IF7A 1V9IC 3LXEA 4FIKA 4HEWA 4PYYA 5C8IA 4KNNA 1YDDA 4FVNA 3W6IA 3N2PA 4QK2A 3MHLA 1I9QA 1TG3A 1JCZA 1G52A 4M2VA 4L5WA 2OSFA 1TBTX 3HKNA 1H9QA 1HEBA 4LP6A 1HUGA 4LU3A 3S77B 4CA2A 5FL5A 4QEFA 3OY0A 3L14A 3HKQA 1YO2A 4WUQA 1I9OA 1KOQA 1ZSCA 3IBIA 4QIYA 4YXIA 5EIJA 5J8ZA 1BNQA 4KNIA 5SZ2A 5CJFA 3OIMA 3EFTA 1CZMA 4FRCA 2F14A 3Q31A 1A42A 2HD6A 4LHIA 5EH8A 4IWZA 1KWQA 1HVAA 3U45X 3OILA 1H9NA 1OKLA 3N0NA 3SAPA 4PXXA 5G03A 1BNVA 5EKMA 1FR4A 3KONA 5G01A 3M67A 5SZ1A 4DZ9A 4RH2A 2GD8A 3HLJA 5A6HA 4YGLA 4Q83A 4BCWA 4ETQC 3M14A 2NN7A 2OSMA 4HF3A 1LZVA 3EFIA 1CAKA 1AZMA 7CA2A 5JGSB 3GZ0A 3N4BA 2QP6A 3HKTA 4XZ5A 12CAA 4QSJA 1CNKA 1RAZA 1EOUA 4E49A 1RZBA 5E2RA 3CZVA 1CAYA 4KP5A 4CNXA 1ZNCA 2NNOA 1MUAA 3OKUA 4HEYA 4KNMA 1I9NA 4QK3A 5DOGA 5AMGA 1ZGFA 2EU3A 3MNIA 3D8WA 5EOIA 3M2ZA 1LGDA 5FNGA 3K34A 4QJ0A 2NNVA 4Y0JA 1G1DA 3U3AX 3RYJB 3D0NA 1I9LA 2VVAX 3KS3A 5CLUA 3M1WA 1TG9A 2HNCA 3RYVB 1CCTA 3KKXA 1CINA 1XEGA 3M5TA 1TEQX 2CBCA 4CNVA 3K2FA 1CVHA 1RJ6A 3RGEA 4HU1A 3B4FA 3R17B
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZNC A;  3V3I B;  1CAH A;  3JXG A;  4L5V A;  1BN4 A;  3M04 A;  1CNH A;  5CA2 A;  2HKK A;  1TE3 X;  3M3X A;  1G46 A;  2NXT A;  1ZE8 A;  3MHO A;  5JG3 B;  3KNE A;  5FL4 A;  1BNU A;  1CRM A;  2FMZ A;  1CAL A;  4QSB A;  1YO1 A;  3F4X A;  3RZ5 A;  3T5U A;  4Q08 A;  3P55 A;  3MYQ A;  3QYK A;  3RZ0 B;  1YDB A;  4QK1 A;  4FL7 A;  5G0C A;  1DCA A;  4YHA A;  2POV A;  5FLT A;  4GL1 X;  3IEO A;  1CNY A;  1TEU X;  2H15 A;  3S78 B;  5DSK A;  4E3H A;  4ITO A;  2WD3 A;  4RIU A;  4M2R A;  5SZ0 A;  5DSL A;  3M2N A;  2CA2 A;  4MO8 A;  2X7U A;  1I9M A;  3MDZ A;  4YXU A;  3S9T A;  4PYX A;  2NN1 A;  2CBE A;  3OYS A;  1IF9 A;  3V7X A;  3RZ1 B;  4Z0Q A;  4K1Q A;  5SZ4 A;  3S71 B;  2W2J A;  4QTL A;  5E2N A;  3V3J A;  4ILX A;  4XFW A;  5E2S A;  3MNA A;  2AW1 A;  4Q06 A;  4RFC A;  2O4Z A;  4MDM A;  5BYI A;  3KLD B;  3DBU A;  4R5A A;  4JSA A;  4FVO A;  3R16 A;  1JD0 A;  1FQR A;  5EKJ A;  2FOY A;  3FW3 A;  4HT0 A;  4ZAO A;  1G48 A;  5DSJ A;  3D9Z A;  4RFD A;  1I91 A;  2WD2 A;  2NWP A;  4G7A A;  4JSW A;  3P4V A;  3NJ9 A;  4BF1 A;  1IF5 A;  1Z97 A;  3IBN A;  3V3G B;  1CVF A;  4YGF A;  5G0B A;  1CCU A;  1RZE A;  5EKH A;  4Q90 A;  2IT4 A;  1UGA A;  3P44 A;  5A25 A;  3CYU A;  3RG3 A;  1URT A;  3ML2 A;  1KOP A;  1YDC A;  4K0S A;  4KNJ A;  4Q09 A;  1CNX A;  3P58 A;  4Q8Z A;  1CVB A;  1J9W A;  2FOS A;  3S8X A;  4KV0 A;  3FFP X;  3OYQ A;  1Y7W A;  1G54 A;  2NMX A;  1CAZ A;  4ZX0 A;  1YDA A;  4ITP A;  3RYX B;  3P5A A;  1HUH A;  3MNU A;  9CA2 A;  4Q81 A;  1Z93 A;  1KEQ A;  3B1B A;  2HOC A;  5BRU A;  5FNK A;  5DSQ A;  4YGJ A;  5FLP A;  3M1J A;  2CBD A;  1CIM A;  4HEZ A;  2EU2 A;  5LMD A;  4FU5 A;  3DCC A;  4Q7W A;  3S97 A;  1TH9 A;  4KUY A;  3P3J A;  2GEH A;  4ZWI A;  5DSM A;  1Z9Y A;  5JEG B;  2QO8 A;  3RJ7 A;  3NB5 A;  5SZ5 A;  3MMF A;  2NNG A;  1G4J A;  3JXF A;  5JG5 B;  4YGN A;  3IBU A;  5IPZ A;  4Z1J A;  5FNL A;  3CA2 A;  4MLX A;  3OKV A;  1BIC A;  4HT2 A;  1OKM A;  4Q87 A;  1CNW A;  2NWY A;  1BN3 A;  1I8Z A;  1CNJ A;  1CAI A;  4QJM A;  4YVY A;  3RZ8 A;  4X5S A;  1G0F A;  3KOI A;  1G3Z A;  1CAM A;  2HFW A;  4KUW A;  4Q7V A;  2FOU A;  4UOV A;  5FDC A;  4RN4 A;  5JEH B;  4L5U A;  1CNC A;  1HEA A;  3F7B A;  3P5L A;  1CNI A;  3M40 A;  4KP8 A;  3M98 A;  4MLT A;  3TVO X;  1FLJ A;  1BV3 A;  3N3J A;  3HS4 A;  4MTY A;  1BN1 A;  1CA3 A;  1JV0 A;  3TVN X;  3DVC A;  1I9P A;  3DD0 A;  1I90 A;  2WEG A;  3DVB A;  3BL1 A;  4CNR A;  3NI5 A;  2ABE A;  5JDV B;  1V9E A;  4N0X B;  1FQN A;  4ZX1 A;  4QJW A;  5JES B;  2ILI A;  3DC9 A;  1IF4 A;  1LG6 A;  2QOA A;  1DMY A;  1G0E A;  1UGD A;  1XPZ A;  4WUP A;  4E3G A;  3MNJ A;  3M2X A;  3M2Y A;  1CA2 A;  1HCB A;  3MHC A;  1CIL A;  3MNK A;  4ZWZ A;  1RAY A;  4Q8X A;  4BF6 A;  5FLR A;  5FNH A;  1ZSA A;  2CAB A;  2ZNC A;  3BL0 A;  5DRS A;  1FR7 A;  5BRV A;  1AVN A;  5DSO A;  2X7T A;  5AML A;  4K13 A;  4FPT A;  5SZ3 A;  5FDI A;  5L6K A;  2NNS A;  3IGP A;  3UYN A;  4XE1 A;  5DSI A;  5E5R A;  3W6H A;  3D93 A;  4WW6 A;  3MHM A;  3T83 A;  1DMX A;  3PYK A;  2CBB A;  1G4O A;  3SAX A;  4CQ0 A;  5JQT A;  4Q0L A;  4WR7 A;  1CCS A;  4ZWY A;  4XIW A;  3FE4 A;  3IBL A;  3PO6 A;  3V5G A;  4YXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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