1XEV | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2422506774601354__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2422506774601354__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1xev/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2422506774601354__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2422506774601354","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1xev/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2422506774601354__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of human carbonic anhydrase II in a new crystal form rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	72
structure length	258
sequence length	258
chains with identical sequence	B, C, D
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1xevA00

5JEPB 2NWZA 5FLSA 1CAOA 4Q87A 1DCAA 2FOYA 3M2YA 4LU3A 4G0CA 1A42A 5EHEA 1THKA 1ZFKA 4YWPA 4Q7VA 3MHIA 3SBIA 5G0BA 4Q7PA 3NJ9A 4WW8A 4Q6EA 3T82A 3V2JA 3MNKA 1AM6A 1G4OA 2FMZA 3DCCA 1CANA 1RZBA 3D8WA 1HUGA 4CACA 4FRCA 5FDCA 5EOIA 4HT2A 3DVCA 3MNUA 4HBAA 1CVFA 4Q90A 1G1DA 5DSRA 3V7XA 4ZWIA 2WD2A 4IDRX 1H9NA 2IT4A 4YGLA 4E9OX 2H4NA 4Q99A 5EIJA 4BCWA 3FW3A 3DVBA 4YXUA 5CA2A 1CVAA 3P5LA 2Q1QA 1UGGA 1Z9YA 3DD0A 2WEOA 3OIKA 1XPZA 3OYSA 3OKVA 5FNJA 3V3GB 5JGSB 4FVOA 4JSWA 2HD6A 3ZNCA 3V3FA 4L5WA 1CCSA 1I9MA 5LMDA 4QK3A 4MTYA 5L6KA 1UGEA 2GEHA 3NI5A 4CNXA 3RG4A 8CA2A 5FNGA 3M2NA 2EU3A 3UYQA 4QY3A 3T5UA 3IBNA 4Q7SA 4QTLA 3HKTA 4YGFA 1CNXA 1IF9A 3KS3A 1FSQA 4Y0JA 3DV7A 5DSLA 1ZGFA 2QP6A 3M2XA 5CLUA 3GZ0A 4MDMA 4XIXA 4E3DA 3S9TA 3CAJA 3MHCA 2NXSA 1BNUA 4Q49A 3BL0A 4QJMA 2WEGA 1MOOA 5CACA 4R59A 5E2MA 3N0NA 1G45A 4HEYA 1BNVA 3EFTA 1LUGA 3OILA 3P55A 4RIUA 1CILA 2CBDA 1TE3X 4QSAA 3V5GA 4K0ZA 5JG5B 4HU1A 1CA2A 1TB0X 5EKMA 3RGEA 1HEDA 3BL1A 1HVAA 4YXIA 5CJFA 4RH2A 2EU2A 1YDCA 5FLOA 3M1WA 2AW1A 1J9WA 3F7UA 4CNRA 5SZ3A 3P3HA 5FNLA 5E28A 1YDDA 2O4ZA 3D9ZA 3MWOA 5E2SA 5DSIA 4XE1A 5DRSA 5FNMA 1UGDA 3M96A 4QIYA 3U45X 1CNGA 1G6VA 4QK2A 1CAZA 4CQ0A 4Q09A 1EOUA 2OSMA 2NN1A 3VBDA 2QO8A 4WL4A 5BNLA 3RLDA 1CAMA 1TTMA 3K7KA 3LXEA 4K13A 3KOKA 5L3OA 3RYXB 3ML2A 4CNWA 4JSZA 1FSRA 4QJ0A 4ETQC 1CVEA 3D93A 4QJWA 1JV0A 1CZMA 4ZAOA 3OKUA 4BF1A 4KNNA 2NWYA 3ML5A 3T83A 1CA3A 4R5AA 1CRAA 1ZFQA 4M2RA 4N0XB 3MDZA 3OIMA 5EH7A 4QSJA 4PXXA 1G48A 3FE4A 1KWRA 3R17B 3JXGA 7CA2A 1LZVA 4QEFA 3HKNA 1BZMA 3N2PA 3KONA 1I9NA 5FNKA 3KNEA 3M67A 2HNCA 2NN7A 1CNYA 5BRVA 5E5RA 1Z97A 4CNVA 3KIGA 3K34A 1G52A 1TEQX 4FVNA 3N3JA 3MZCA 4QK1A 4RUXA 4Q9YA 1CVDA 1HEBA 1YO2A 5DSPA 4E49A 5JQTA 3P44A 3T84A 1FR7A 1V9EA 2NWPA 5EZTX 2ZNCA 1RZCA 2Q38A 1TEUX 1XEVA 5FNHA 1CAJA 5EH8A 4COQA 5DSQA 1CAYA 3JXHC 1BICA 3SAPA 4E4AA 4KNJA 3RYYA 1OKNA 4HEZA 1FR4A 4RFDA 1UGFA 1BNTA 1I91A 3BETA 1FQRA 2FNMA 4Q7WA 5FNIA 4KNMA 5BYIA 3OYQA 1T9NA 3M04A 4ITPA 3SBHA 1MUAA 5E2NA 5DVXA 5SZ2A 1LG6A 2POVA 3IEOA 3N4BA 3L14A 4Z1EA 2NNVA 4Q6DA 1CCTA 4LP6A 3MMFA 2X7TA 4MDLA 4XFWA 4DZ7A 1TG3A 3D0NA 1CNBA 1V9IC 1I9QA 1FQMA 4M2VA 3HS4A 2QOAA 4PYYA 3IBIA 1CRMA 5E5UA 4XIWA 5A25A 4KAPA 4ZX0A 1IF4A 4L5UA 5FDIA 2CABA 1BV3A 4BF6A 2Q1BA 2WEHA 1I9PA 3KKXA 1Y7WA 1LGDA 1BN4A 1G3ZA 4ZWYA 3RZ5A 1CNWA 2VVAX 3DD8A 2POWA 3DA2A 4QJOA 1ZE8A 4PQ7A 1RZEA 3F7BA 3M98A 2X7SA 4YX4A 1KEQA 4QJXA 3S72B 3F4XA 3MNAA 4TWMA 3M5TA 1ZH9A 5HPJA 1G0EA 3TMJA 3Q31A 3KOIA 1CNIA 4G7AA 3IBUA 4FIKA 4X5SA 1FSNA 5DSKA 4LHIA 3SAXA 2CBAA 4YHAA 4QSBA 4HT0A 3RG3A 3MNIA 1G0FA 2ABEA 3EFIA 1F2WA 5G0CA 4FL7A 3UYNA 3DBUA 1CAKA 4R5BA 3NB5A 2POUA 4Z1KA 3T5ZA 5JG3B 1FLJA 5JEHB 1CAHA 4MDGA 3RJ7A 3S77B 2CBBA 4PYXA 4RUYA 4E5QA 5FLPA 3MNHA 1URTA 1I8ZA 2FOUA 2NNSA 5SZ0A 1G4JA 5SZ5A 2NNOA 4ITOA 4YGJA 4KUVA 5BRWA 2CBEA 1YO0A 1Z93A 4YYTA 4KUWA 3IAIA 1HUHA 3ZP9A 3MHMA 3P5AA 5JDVB 3MHOA 4ILXA 3C7PA 4YGKA 5FLQA 1KOPA 2NXRA 5C8IA 1BN1A 1I9OA 5SZ7A 1CNCA 1UGAA 4HF3A 4E3FA 3F8EA 4KUYA 4E3HA 1BN3A 3RZ1B 5BRUA 4K0TA 5G01A 1UGCA 1LG5A 5EHVA 3B4FA 2EZ7A 3K2FA 1IF8A 4KV0A 1CIMA 1YDBA 3S8XA 3HKQA 4RFCA 3PO6A 5J8ZA 3RYVB 2NWOA 1DMXA 1ZSAA 3CZVA 4JSAA 5DSJA 4Q78A 4JS6A 4Q83A 5JEGB 2CBCA 3M14A 4M2UA 3P3JA 1FQLA 1HECA 1OKLA 4KNIA 5DOGA 1RJ5A 3M1JA 1RZDA 4K1QA 3RZ7A 1KWQA 4QSIA 2CA2A 1AVNA 1JCZA 1CALA 2NXTA 3TVNX 4GL1X 5AMDA 1CVHA 5SZ4A 5EKHA 1BNWA 3S76A 1XEGA 4L5VA 5G03A 2OSFA 4TWLA 3DCWA 2F14A 3M1QA 4WW6A 1BCDA 2FOQA 3KWAA 1CCUA 1IF7A 1CAIA 3CA2A 5JQ0A 4UOVA 3MHLA 3U3AX 4WUPA 5IPZA 3M5EA 3R16A 4Q8ZA 3RYZA 3S74B 1BNMA 1H4NA 1HCAA 1DMYA 4Z0QA 4PZHA 9CA2A 2WEJA 4Q06A 4Q0LA 2X7UA 5DSOA 5FL5A 1HEAA 3PYKA 3QYKA 1G53A 3DC3A 2FOSA 4KP5A 4QIZA 5DOHA 4ZX1A 1RAYA 2ILIA 1OQ5A 3B1BA 3KLDB 2AX2A 1CNKA 3MNJA 3V3JA 4DZ9A 4YVYA 3U7CA 1BNQA 3HLJA 1ZGEA 2HKKA 1TH9A 4RUZA 3W6IA 4WUQA 4K0SA 4FU5A 2HL4A 3S75B 4FPTA 3U47A 1ZNCA 4KP8A 3S73B 3M3XA 4WR7A 1CINA 3P4VA 1RZAA 1KOQA 4QJPA 1JD0A 5E2RA 4YXOA 5JGTB 5SZ1A 4Q08A 3OY0A 3W6HA 5AMLA 1I9LA 5EKJA 4MLXA 4ZWZA 4RIVA 3RZ0B 1HCBA 1FQNA 4MO8A 3M1KA 5SZ6A 2HOCA 3D92A 2FMGA 3DVDA 1YO1A 2WD3A 5FL6A 3S97A 2VVBX 3IBLA 4Q81A 3RYJB 3V3IB 3MYQA 1UGBA 1CNJA 2FNNA 3PJJA 12CAA 1IF6A 1RJ6A 3V3HB 1G46A 5A6HA 4N16A 1XQ0A 5FLTA 4HEWA 3TVOX 1TBTX 4E3GA 2NMXA 1ZSBA 1AZMA 3HFPA 1I90A 3M5SA 4Z1NA 4ZWXA 3HKUA 5AMGA 1H9QA 3CYUA 3M40A 3M2ZA 1CVCA 3P58A 5DSNA 4JSSA 3S71B 5E2KA 2FW4A 3DAZA 3T85A 3V2MA 1ZSCA 3RZ8A 1IF5A 3JXFA 2H15A 3DCSA 4IWZA 4MLTA 5DSMA 2FNKA 2NNGA 5JESB 4YGNA 2GD8A 4M2WA 5FL4A 4Q8XA 1RAZA 1YDAA 4RN4A 4Z1JA 3S78B 2HFWA 5FLRA 4CA2A 1TG9A 2W2JA 6CA2A 2FOVA 4C3TA 1CNHA 3IGPA 5EH5A 1G54A 3FFPX 4Q07A 1BNNA 4Q8YA 1DCBA 1OKMA 5EHWA 4XZ5A 1CVBA 3DC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JEP B;  2NWZ A;  5FLS A;  1CAO A;  4Q87 A;  1DCA A;  2FOY A;  3M2Y A;  4LU3 A;  4G0C A;  1A42 A;  5EHE A;  1THK A;  1ZFK A;  4YWP A;  4Q7V A;  3MHI A;  3SBI A;  5G0B A;  4Q7P A;  3NJ9 A;  4WW8 A;  4Q6E A;  3T82 A;  3V2J A;  3MNK A;  1AM6 A;  1G4O A;  2FMZ A;  3DCC A;  1CAN A;  1RZB A;  3D8W A;  1HUG A;  4CAC A;  4FRC A;  5FDC A;  5EOI A;  4HT2 A;  3DVC A;  3MNU A;  4HBA A;  1CVF A;  4Q90 A;  1G1D A;  5DSR A;  3V7X A;  4ZWI A;  2WD2 A;  4IDR X;  1H9N A;  2IT4 A;  4YGL A;  4E9O X;  2H4N A;  4Q99 A;  5EIJ A;  4BCW A;  3FW3 A;  3DVB A;  4YXU A;  5CA2 A;  1CVA A;  3P5L A;  2Q1Q A;  1UGG A;  1Z9Y A;  3DD0 A;  2WEO A;  3OIK A;  1XPZ A;  3OYS A;  3OKV A;  5FNJ A;  3V3G B;  5JGS B;  4FVO A;  4JSW A;  2HD6 A;  3ZNC A;  3V3F A;  4L5W A;  1CCS A;  1I9M A;  5LMD A;  4QK3 A;  4MTY A;  5L6K A;  1UGE A;  2GEH A;  3NI5 A;  4CNX A;  3RG4 A;  8CA2 A;  5FNG A;  3M2N A;  2EU3 A;  3UYQ A;  4QY3 A;  3T5U A;  3IBN A;  4Q7S A;  4QTL A;  3HKT A;  4YGF A;  1CNX A;  1IF9 A;  3KS3 A;  1FSQ A;  4Y0J A;  3DV7 A;  5DSL A;  1ZGF A;  2QP6 A;  3M2X A;  5CLU A;  3GZ0 A;  4MDM A;  4XIX A;  4E3D A;  3S9T A;  3CAJ A;  3MHC A;  2NXS A;  1BNU A;  4Q49 A;  3BL0 A;  4QJM A;  2WEG A;  1MOO A;  5CAC A;  4R59 A;  5E2M A;  3N0N A;  1G45 A;  4HEY A;  1BNV A;  3EFT A;  1LUG A;  3OIL A;  3P55 A;  4RIU A;  1CIL A;  2CBD A;  1TE3 X;  4QSA A;  3V5G A;  4K0Z A;  5JG5 B;  4HU1 A;  1CA2 A;  1TB0 X;  5EKM A;  3RGE A;  1HED A;  3BL1 A;  1HVA A;  4YXI A;  5CJF A;  4RH2 A;  2EU2 A;  1YDC A;  5FLO A;  3M1W A;  2AW1 A;  1J9W A;  3F7U A;  4CNR A;  5SZ3 A;  3P3H A;  5FNL A;  5E28 A;  1YDD A;  2O4Z A;  3D9Z A;  3MWO A;  5E2S A;  5DSI A;  4XE1 A;  5DRS A;  5FNM A;  1UGD A;  3M96 A;  4QIY A;  3U45 X;  1CNG A;  1G6V A;  4QK2 A;  1CAZ A;  4CQ0 A;  4Q09 A;  1EOU A;  2OSM A;  2NN1 A;  3VBD A;  2QO8 A;  4WL4 A;  5BNL A;  3RLD A;  1CAM A;  1TTM A;  3K7K A;  3LXE A;  4K13 A;  3KOK A;  5L3O A;  3RYX B;  3ML2 A;  4CNW A;  4JSZ A;  1FSR A;  4QJ0 A;  4ETQ C;  1CVE A;  3D93 A;  4QJW A;  1JV0 A;  1CZM A;  4ZAO A;  3OKU A;  4BF1 A;  4KNN A;  2NWY A;  3ML5 A;  3T83 A;  1CA3 A;  4R5A A;  1CRA A;  1ZFQ A;  4M2R A;  4N0X B;  3MDZ A;  3OIM A;  5EH7 A;  4QSJ A;  4PXX A;  1G48 A;  3FE4 A;  1KWR A;  3R17 B;  3JXG A;  7CA2 A;  1LZV A;  4QEF A;  3HKN A;  1BZM A;  3N2P A;  3KON A;  1I9N A;  5FNK A;  3KNE A;  3M67 A;  2HNC A;  2NN7 A;  1CNY A;  5BRV A;  5E5R A;  1Z97 A;  4CNV A;  3KIG A;  3K34 A;  1G52 A;  1TEQ X;  4FVN A;  3N3J A;  3MZC A;  4QK1 A;  4RUX A;  4Q9Y A;  1CVD A;  1HEB A;  1YO2 A;  5DSP A;  4E49 A;  5JQT A;  3P44 A;  3T84 A;  1FR7 A;  1V9E A;  2NWP A;  5EZT X;  2ZNC A;  1RZC A;  2Q38 A;  1TEU X;  1XEV A;  5FNH A;  1CAJ A;  5EH8 A;  4COQ A;  5DSQ A;  1CAY A;  3JXH C;  1BIC A;  3SAP A;  4E4A A;  4KNJ A;  3RYY A;  1OKN A;  4HEZ A;  1FR4 A;  4RFD A;  1UGF A;  1BNT A;  1I91 A;  3BET A;  1FQR A;  2FNM A;  4Q7W A;  5FNI A;  4KNM A;  5BYI A;  3OYQ A;  1T9N A;  3M04 A;  4ITP A;  3SBH A;  1MUA A;  5E2N A;  5DVX A;  5SZ2 A;  1LG6 A;  2POV A;  3IEO A;  3N4B A;  3L14 A;  4Z1E A;  2NNV A;  4Q6D A;  1CCT A;  4LP6 A;  3MMF A;  2X7T A;  4MDL A;  4XFW A;  4DZ7 A;  1TG3 A;  3D0N A;  1CNB A;  1V9I C;  1I9Q A;  1FQM A;  4M2V A;  3HS4 A;  2QOA A;  4PYY A;  3IBI A;  1CRM A;  5E5U A;  4XIW A;  5A25 A;  4KAP A;  4ZX0 A;  1IF4 A;  4L5U A;  5FDI A;  2CAB A;  1BV3 A;  4BF6 A;  2Q1B A;  2WEH A;  1I9P A;  3KKX A;  1Y7W A;  1LGD A;  1BN4 A;  1G3Z A;  4ZWY A;  3RZ5 A;  1CNW A;  2VVA X;  3DD8 A;  2POW A;  3DA2 A;  4QJO A;  1ZE8 A;  4PQ7 A;  1RZE A;  3F7B A;  3M98 A;  2X7S A;  4YX4 A;  1KEQ A;  4QJX A;  3S72 B;  3F4X A;  3MNA A;  4TWM A;  3M5T A;  1ZH9 A;  5HPJ A;  1G0E A;  3TMJ A;  3Q31 A;  3KOI A;  1CNI A;  4G7A A;  3IBU A;  4FIK A;  4X5S A;  1FSN A;  5DSK A;  4LHI A;  3SAX A;  2CBA A;  4YHA A;  4QSB A;  4HT0 A;  3RG3 A;  3MNI A;  1G0F A;  2ABE A;  3EFI A;  1F2W A;  5G0C A;  4FL7 A;  3UYN A;  3DBU A;  1CAK A;  4R5B A;  3NB5 A;  2POU A;  4Z1K A;  3T5Z A;  5JG3 B;  1FLJ A;  5JEH B;  1CAH A;  4MDG A;  3RJ7 A;  3S77 B;  2CBB A;  4PYX A;  4RUY A;  4E5Q A;  5FLP A;  3MNH A;  1URT A;  1I8Z A;  2FOU A;  2NNS A;  5SZ0 A;  1G4J A;  5SZ5 A;  2NNO A;  4ITO A;  4YGJ A;  4KUV A; 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1XEVA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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