1XEV | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__836495161949358__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__836495161949358__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1xev/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__836495161949358__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"836495161949358","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1xev/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__836495161949358__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc67ad95459ec8dc13ed7c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc67ad95459ec8dc13ed7c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc67ad95459ec8dc13ed7c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc67ad95459ec8dc13ed7c/pdb.gz): 1703 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of human carbonic anhydrase II in a new crystal form rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	72
structure length	258
sequence length	258
chains with identical sequence	B, C, D
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1xevA00

1JD0A 5SZ4A 5DSKA 8CA2A 3N4BA 1LGDA 4Q7PA 1RZAA 1TG9A 3M04A 3MHCA 3B1BA 5AMLA 1IF9A 5EOIA 4KV0A 1CAOA 4E9OX 4RIVA 3UYNA 5FNLA 4E3HA 2EU3A 3M5SA 3M1KA 4BF1A 1BZMA 4L5WA 3M3XA 2X7SA 4PXXA 3D92A 3KIGA 1RZEA 3S77B 5A6HA 1BCDA 4KNJA 3S76A 2VVAX 4K0ZA 5BNLA 5SZ6A 4E49A 1BNUA 1ZFQA 5SZ0A 3IEOA 3DV7A 1KOPA 3F8EA 1FQMA 4E3DA 4N16A 3MNIA 1Z97A 4XIXA 1IF5A 1I9MA 3DCCA 3GZ0A 3HKNA 3HKTA 4QSAA 3HKQA 4RFDA 3P58A 4Q7SA 1UGAA 5FL4A 1FR4A 4LHIA 4QK1A 5G0CA 4E5QA 4K0TA 1ZSCA 1G48A 3M1QA 5L6KA 5BYIA 1TB0X 1EOUA 2EU2A 3P5LA 3KS3A 4Q06A 3P4VA 1KWRA 2QOAA 1ZH9A 1CNGA 3P55A 1HCAA 3DAZA 1CCSA 2W2JA 4MLTA 1LG5A 5JDVB 2OSFA 3EFTA 3OY0A 4FVNA 4PQ7A 1CNBA 1HECA 2CBCA 4M2UA 3FE4A 4FPTA 3D8WA 1CALA 3QYKA 1FLJA 1H9NA 4Q78A 1IF4A 1RAZA 2NMXA 4KUYA 1HUGA 1CAHA 1CRAA 3DD0A 4WW6A 3FFPX 1KEQA 1Z9YA 4E3GA 2WEJA 4COQA 4PYYA 1CAJA 3M1WA 4LU3A 1AM6A 2FNMA 5FLOA 1JCZA 4KUVA 3U3AX 4BCWA 3HS4A 4X5SA 1DCAA 4Q83A 3ZNCA 3RZ5A 2F14A 4FL7A 4Q8ZA 4JSAA 5EHEA 4Z1JA 3V5GA 5DSIA 4M2RA 3IAIA 1CVCA 5E2SA 2GD8A 5FNIA 3NB5A 3DVCA 1DMXA 3V3FA 1CAMA 1CNJA 4WR7A 4HBAA 1I91A 4MO8A 3F7BA 1LUGA 5EHWA 4G7AA 1JV0A 2NXSA 3V2MA 3P3HA 3U7CA 1DMYA 5E5RA 1I9OA 1G45A 1ZGFA 5BRWA 4WL4A 4N0XB 5FNHA 4RUYA 1G3ZA 4R5AA 4YXUA 3V2JA 3RYJB 5IPZA 1FSQA 1YDBA 1FQNA 4RH2A 3SBIA 2HL4A 3D93A 2NWYA 4QJWA 2CBBA 3HLJA 3DCWA 2FW4A 3HKUA 4QSJA 4ITPA 1XEGA 4HEWA 4R5BA 4XE1A 5G01A 1RZCA 1CAKA 4Z1NA 4Q7WA 3BL0A 5E2KA 3CA2A 3RYVB 5EZTX 1TEUX 1TE3X 4MDLA 4ZWZA 1TH9A 3MNAA 5DSMA 5G0BA 1TBTX 2AW1A 3KKXA 3VBDA 2CBDA 3K34A 5EKHA 3R17B 3M98A 3M14A 3MYQA 4Q81A 1AZMA 2NN1A 3TVOX 1OKLA 6CA2A 1UGDA 4GL1X 1CVHA 1I9PA 3MNJA 5JG5B 4KUWA 1OQ5A 1FR7A 1HEAA 4FU5A 1CAIA 3Q31A 4JSZA 3M2XA 3M5EA 4QIZA 7CA2A 2ILIA 3MDZA 4Y0JA 4ZX1A 5SZ1A 5CA2A 1RZDA 1IF7A 2CBAA 3OKUA 3RZ1B 3MNUA 1LZVA 5DSPA 1HCBA 5DSOA 3MZCA 1I9LA 2HD6A 5JQ0A 4Q7VA 12CAA 2Q1BA 3U47A 3T85A 5E28A 1G46A 3T5ZA 4CNRA 2X7TA 1A42A 4CACA 3S8XA 4KNMA 1TEQX 1H9QA 4KNNA 5G03A 2X7UA 2NWZA 3S71B 1YDCA 4KP5A 3EFIA 5A25A 1BICA 3DA2A 1KOQA 4DZ9A 4XZ5A 1H4NA 4YGNA 1ZSAA 1UGEA 3BETA 5DOGA 4IDRX 4Z1KA 2FOSA 1G1DA 2CA2A 3JXFA 3RYXB 1YDDA 1CA3A 5J8ZA 3KOIA 1HVAA 3PJJA 4WW8A 3BL1A 4QJPA 3CZVA 3B4FA 1CNXA 3N0NA 4MDMA 4C3TA 3RYZA 1G4JA 3OILA 5E2MA 1I9QA 1XEVA 1RJ5A 5DRSA 1G0EA 1LG6A 1G4OA 1G6VA 1HEBA 1RZBA 2VVBX 1I9NA 5EKMA 4YXIA 2WEGA 3S73B 2POVA 3DCSA 4WUQA 4YYTA 1BNQA 5SZ3A 4HEZA 4E4AA 3SAXA 4YHAA 5JEGB 3ML5A 5C8IA 4Q9YA 3C7PA 5E2RA 2FOUA 3DVBA 4RN4A 2ABEA 4ITOA 1CNIA 1FSRA 5DSQA 4M2WA 3ZP9A 3T5UA 3V7XA 4QK3A 3RG4A 4CA2A 1CAYA 3MNKA 5FNKA 3IBIA 1CVDA 3T82A 1YDAA 1CINA 1V9IC 4PZHA 2NWOA 4FRCA 5L3OA 1BN1A 5CJFA 1CVEA 3PO6A 3D9ZA 3L14A 4YWPA 4TWMA 5JESB 1CNYA 2CABA 3S72B 2H15A 1Z93A 1CVBA 4Z0QA 2OSMA 3T84A 1G0FA 4Q8YA 5DOHA 2NNGA 1MUAA 4Q99A 4QJXA 3OKVA 4Q90A 4Q49A 5FL5A 3MHOA 1AVNA 1URTA 3RZ0B 1BNTA 1XPZA 3T83A 3IBLA 4Q08A 2H4NA 2FMZA 3W6IA 3JXGA 2HOCA 3PYKA 2WD3A 5AMGA 4KP8A 1XQ0A 3M2ZA 3OYQA 2FNNA 5EKJA 1CZMA 3IBUA 5DSLA 3M5TA 3MWOA 1TTMA 4CNWA 4ZX0A 1RJ6A 1I90A 5EIJA 1BN3A 1ZNCA 3KLDB 2NXRA 1J9WA 1RAYA 3CYUA 3JXHC 5DVXA 1ZSBA 3TMJA 4QEFA 3V3IB 1G54A 3S97A 2GEHA 2ZNCA 4R59A 4YGLA 3N3JA 2WEOA 3DVDA 1ZFKA 5LMDA 2NN7A 5EH5A 4DZ7A 3U45X 1CANA 1CCTA 1BNNA 1YO0A 1BNMA 4K13A 4WUPA 3KONA 2EZ7A 1T9NA 2FOQA 4QK2A 1FQRA 2HFWA 3D0NA 4JSSA 4MTYA 2NNOA 5FLQA 1BNVA 4G0CA 3MHLA 5BRUA 2O4ZA 4ZWXA 5EH8A 1UGFA 4QSIA 9CA2A 5FDIA 3RZ7A 3DC3A 1UGCA 2HKKA 1UGGA 1HEDA 1YO1A 1CRMA 4L5VA 4YGJA 1IF6A 4K1QA 5HPJA 3KNEA 4QTLA 4YVYA 3NJ9A 5DSNA 4TWLA 5FLTA 4YGFA 4Q09A 5EHVA 3RZ8A 5JGSB 3OYSA 4RUXA 3K7KA 2Q1QA 3M96A 1FSNA 3RG3A 3MNHA 4QY3A 4RUZA 5JGTB 2IT4A 5JEPB 1CAZA 1MOOA 2WD2A 3F7UA 4HF3A 1DCBA 2FMGA 4HT2A 4Q87A 3SAPA 1CVAA 3S78B 1CILA 1CNWA 3IGPA 3M40A 4Q0LA 5FLRA 3UYQA 5FL6A 5FLSA 5SZ2A 4RFCA 3RJ7A 2CBEA 3M2YA 4RIUA 4UOVA 1BN4A 1YO2A 5SZ5A 3S9TA 1CNCA 3LXEA 5FLPA 1V9EA 5E2NA 3RLDA 5AMDA 3MHIA 4IWZA 4QJOA 3MHMA 4L5UA 4QSBA 2FNKA 4QJMA 1FQLA 3ML2A 1G53A 4Q6DA 1CCUA 4ZWIA 3HFPA 1CNKA 2POUA 2NNSA 3V3HB 4FVOA 4K0SA 4YGKA 4CQ0A 1CIMA 2WEHA 3OIKA 1THKA 2FOVA 4QJ0A 4CNXA 4Q6EA 5CLUA 1OKMA 5SZ7A 5BRVA 2HNCA 4PYXA 5DSRA 4ZWYA 3FW3A 4Q07A 3KOKA 4CNVA 1CVFA 3V3GB 3OIMA 4HT0A 1CNHA 1HUHA 4M2VA 5JQTA 3S74B 4FIKA 4YX4A 1KWQA 4JS6A 3MMFA 3K2FA 3P3JA 2NWPA 3RGEA 1ZE8A 2NNVA 4HEYA 3F4XA 4YXOA 3KWAA 5FNGA 4Q8XA 4KNIA 1BV3A 3DBUA 4BF6A 4JSWA 1IF8A 1TG3A 3DD8A 5FNMA 3TVNX 3IBNA 1OKNA 2FOYA 1I8ZA 2POWA 3SBHA 5JEHB 3S75B 4E3FA 3M1JA 4LP6A 3R16A 1G52A 3N2PA 3M2NA 3NI5A 4ETQC 2AX2A 4XFWA 3DC9A 5JG3B 1UGBA 4Z1EA 4KAPA 4MDGA 5DSJA 3P5AA 4MLXA 5E5UA 4HU1A 3RYYA 3V3JA 1F2WA 1BNWA 3P44A 5FNJA 1Y7WA 1ZGEA 4XIWA 4ILXA 2QP6A 5CACA 3CAJA 3W6HA 2Q38A 3M67A 2NXTA 4QIYA 5EH7A 4ZAOA 5FDCA 1CA2A 2QO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JD0 A;  5SZ4 A;  5DSK A;  8CA2 A;  3N4B A;  1LGD A;  4Q7P A;  1RZA A;  1TG9 A;  3M04 A;  3MHC A;  3B1B A;  5AML A;  1IF9 A;  5EOI A;  4KV0 A;  1CAO A;  4E9O X;  4RIV A;  3UYN A;  5FNL A;  4E3H A;  2EU3 A;  3M5S A;  3M1K A;  4BF1 A;  1BZM A;  4L5W A;  3M3X A;  2X7S A;  4PXX A;  3D92 A;  3KIG A;  1RZE A;  3S77 B;  5A6H A;  1BCD A;  4KNJ A;  3S76 A;  2VVA X;  4K0Z A;  5BNL A;  5SZ6 A;  4E49 A;  1BNU A;  1ZFQ A;  5SZ0 A;  3IEO A;  3DV7 A;  1KOP A;  3F8E A;  1FQM A;  4E3D A;  4N16 A;  3MNI A;  1Z97 A;  4XIX A;  1IF5 A;  1I9M A;  3DCC A;  3GZ0 A;  3HKN A;  3HKT A;  4QSA A;  3HKQ A;  4RFD A;  3P58 A;  4Q7S A;  1UGA A;  5FL4 A;  1FR4 A;  4LHI A;  4QK1 A;  5G0C A;  4E5Q A;  4K0T A;  1ZSC A;  1G48 A;  3M1Q A;  5L6K A;  5BYI A;  1TB0 X;  1EOU A;  2EU2 A;  3P5L A;  3KS3 A;  4Q06 A;  3P4V A;  1KWR A;  2QOA A;  1ZH9 A;  1CNG A;  3P55 A;  1HCA A;  3DAZ A;  1CCS A;  2W2J A;  4MLT A;  1LG5 A;  5JDV B;  2OSF A;  3EFT A;  3OY0 A;  4FVN A;  4PQ7 A;  1CNB A;  1HEC A;  2CBC A;  4M2U A;  3FE4 A;  4FPT A;  3D8W A;  1CAL A;  3QYK A;  1FLJ A;  1H9N A;  4Q78 A;  1IF4 A;  1RAZ A;  2NMX A;  4KUY A;  1HUG A;  1CAH A;  1CRA A;  3DD0 A;  4WW6 A;  3FFP X;  1KEQ A;  1Z9Y A;  4E3G A;  2WEJ A;  4COQ A;  4PYY A;  1CAJ A;  3M1W A;  4LU3 A;  1AM6 A;  2FNM A;  5FLO A;  1JCZ A;  4KUV A;  3U3A X;  4BCW A;  3HS4 A;  4X5S A;  1DCA A;  4Q83 A;  3ZNC A;  3RZ5 A;  2F14 A;  4FL7 A;  4Q8Z A;  4JSA A;  5EHE A;  4Z1J A;  3V5G A;  5DSI A;  4M2R A;  3IAI A;  1CVC A;  5E2S A;  2GD8 A;  5FNI A;  3NB5 A;  3DVC A;  1DMX A;  3V3F A;  1CAM A;  1CNJ A;  4WR7 A;  4HBA A;  1I91 A;  4MO8 A;  3F7B A;  1LUG A;  5EHW A;  4G7A A;  1JV0 A;  2NXS A;  3V2M A;  3P3H A;  3U7C A;  1DMY A;  5E5R A;  1I9O A;  1G45 A;  1ZGF A;  5BRW A;  4WL4 A;  4N0X B;  5FNH A;  4RUY A;  1G3Z A;  4R5A A;  4YXU A;  3V2J A;  3RYJ B;  5IPZ A;  1FSQ A;  1YDB A;  1FQN A;  4RH2 A;  3SBI A;  2HL4 A;  3D93 A;  2NWY A;  4QJW A;  2CBB A;  3HLJ A;  3DCW A;  2FW4 A;  3HKU A;  4QSJ A;  4ITP A;  1XEG A;  4HEW A;  4R5B A;  4XE1 A;  5G01 A;  1RZC A;  1CAK A;  4Z1N A;  4Q7W A;  3BL0 A;  5E2K A;  3CA2 A;  3RYV B;  5EZT X;  1TEU X;  1TE3 X;  4MDL A;  4ZWZ A;  1TH9 A;  3MNA A;  5DSM A;  5G0B A;  1TBT X;  2AW1 A;  3KKX A;  3VBD A;  2CBD A;  3K34 A;  5EKH A;  3R17 B;  3M98 A;  3M14 A;  3MYQ A;  4Q81 A;  1AZM A;  2NN1 A;  3TVO X;  1OKL A;  6CA2 A;  1UGD A;  4GL1 X;  1CVH A;  1I9P A;  3MNJ A;  5JG5 B;  4KUW A;  1OQ5 A;  1FR7 A;  1HEA A;  4FU5 A;  1CAI A;  3Q31 A;  4JSZ A;  3M2X A;  3M5E A;  4QIZ A;  7CA2 A;  2ILI A;  3MDZ A;  4Y0J A;  4ZX1 A;  5SZ1 A;  5CA2 A;  1RZD A;  1IF7 A;  2CBA A;  3OKU A;  3RZ1 B;  3MNU A;  1LZV A;  5DSP A;  1HCB A;  5DSO A;  3MZC A;  1I9L A;  2HD6 A;  5JQ0 A;  4Q7V A;  12CA A;  2Q1B A;  3U47 A;  3T85 A;  5E28 A;  1G46 A;  3T5Z A;  4CNR A;  2X7T A;  1A42 A;  4CAC A;  3S8X A;  4KNM A;  1TEQ X;  1H9Q A;  4KNN A;  5G03 A;  2X7U A;  2NWZ A;  3S71 B;  1YDC A;  4KP5 A;  3EFI A;  5A25 A;  1BIC A;  3DA2 A;  1KOQ A;  4DZ9 A;  4XZ5 A;  1H4N A;  4YGN A;  1ZSA A;  1UGE A;  3BET A;  5DOG A;  4IDR X;  4Z1K A;  2FOS A;  1G1D A;  2CA2 A;  3JXF A;  3RYX B;  1YDD A;  1CA3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1XEVA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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