1XEV | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__470407592414309__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__470407592414309__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1xev/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__470407592414309__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"470407592414309","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1xev/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__470407592414309__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of human carbonic anhydrase II in a new crystal form rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	72
structure length	258
sequence length	258
chains with identical sequence	B, C, D
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-09-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1xevA00

4Q49A 1G4OA 5C8IA 3DA2A 5EHWA 1JD0A 3U7CA 3RLDA 1CVFA 1CCTA 1H9QA 3KKXA 5FLQA 3VBDA 3U45X 1MUAA 3K34A 3R16A 1G48A 5E2RA 3DVDA 4RUYA 3FFPX 4Q0LA 5J8ZA 3D8WA 3PYKA 4RUXA 4X5SA 1TBTX 7CA2A 3OIMA 5L3OA 2CBAA 1CALA 12CAA 1LG5A 1A42A 3P44A 1CNIA 1G1DA 3IEOA 3P4VA 1BNQA 1CCSA 4JSAA 5SZ2A 2FMZA 3RYXB 3RYVB 3S75B 4PYXA 3MDZA 4Q83A 5DSJA 4C3TA 3V3IB 3R17B 3DC3A 4KP5A 4QIYA 2WD3A 1AM6A 1FQLA 1UGCA 5A6HA 1URTA 4CNWA 1FR7A 1BNUA 1YO0A 4K13A 5DSOA 3RG3A 3RYJB 4Q08A 1LGDA 4CACA 4RUZA 4Z1JA 3FW3A 2Q1QA 1HEBA 3P5AA 3P3HA 1T9NA 1FLJA 3GZ0A 3KIGA 3M5EA 5EH8A 4E5QA 5DSNA 2POVA 4L5VA 3UYQA 2EZ7A 5G03A 3M98A 3MHMA 1CAIA 4PXXA 4ZAOA 4DZ7A 2FNNA 1I91A 1XPZA 4G7AA 5JDVB 3T5UA 4E4AA 4M2UA 4MDMA 4YGJA 3IBUA 4RN4A 1KOPA 3U47A 4KUVA 1CAOA 2FOQA 4Q7VA 1CINA 1UGAA 2FW4A 4QIZA 3M96A 3MNIA 4RIVA 2EU3A 1CAMA 1CANA 1Z9YA 5E2SA 4MTYA 3TVNX 4L5WA 1CNHA 4Q87A 2X7SA 5CACA 4ITPA 4Q07A 4QY3A 1FQRA 4Q81A 5CA2A 1CNCA 4LU3A 4CQ0A 4HF3A 1UGDA 4QJOA 4Q09A 1FSRA 1IF8A 5FDIA 4K0ZA 1DCBA 4KNMA 5SZ5A 1CAKA 3DAZA 4Q8XA 2Q38A 4FU5A 4LP6A 3RGEA 3RJ7A 4E3GA 4CNXA 5FL5A 1HEDA 1OKNA 3IAIA 3MHCA 4Z1KA 3DCWA 1YDAA 4RIUA 1YDBA 3HKNA 2VVAX 2QOAA 1CAZA 4L5UA 3T82A 2CBDA 3P58A 2Q1BA 3ZNCA 5AMLA 3NB5A 3V2JA 4ILXA 2FNMA 4WW6A 5FDCA 3MZCA 2WD2A 2NXSA 5SZ1A 1YO2A 2FOUA 3IBIA 3LXEA 3MHOA 3F7UA 1CIMA 1ZE8A 4HT2A 3S9TA 3B1BA 4KNIA 1CZMA 3PO6A 4ETQC 3N3JA 1LUGA 1CVEA 4Q99A 3KS3A 2IT4A 5FL6A 1I9OA 4Q9YA 5FNHA 9CA2A 3M67A 3DBUA 4KAPA 4WL4A 1MOOA 4Z1NA 3OYSA 3IBNA 1IF5A 5IPZA 1RJ5A 2CBCA 5FLSA 4JSZA 4COQA 3QYKA 4IDRX 3SAPA 1BICA 5E5UA 4CNRA 1DMYA 3SAXA 5CLUA 3KWAA 3SBIA 1G4JA 5E2KA 3P5LA 5SZ7A 3T83A 1UGBA 1KWQA 1RAZA 1THKA 4QSIA 4BF1A 3F7BA 4YGLA 1FQMA 3KOIA 1UGGA 1TTMA 4XIWA 2QP6A 4QJMA 4K1QA 4Q8YA 1V9IC 4R59A 4Q6DA 2NNSA 5BRVA 1JCZA 1G45A 2FOYA 2WEHA 1FSQA 1CNKA 5E2MA 3S97A 5E2NA 1G54A 3M2NA 4MLTA 1G3ZA 4ZWXA 1CRMA 4YX4A 3D93A 2NWYA 5BNLA 1HUHA 3M1KA 4ZX1A 3EFTA 4HEYA 4WUPA 4PQ7A 2HD6A 3NI5A 4G0CA 1CA3A 1G52A 5JG5B 2FOVA 3V7XA 2O4ZA 4JS6A 3DD0A 5BYIA 1UGFA 4HU1A 3NJ9A 3V2MA 3S74B 3OYQA 4PYYA 1FR4A 1OQ5A 4UOVA 5FNGA 2H4NA 5JEGB 4FRCA 3MHIA 3DVBA 4N16A 5LMDA 4E9OX 5SZ4A 1RZDA 3OIKA 5EKHA 1ZFQA 4JSWA 4KUYA 3C7PA 5EIJA 3MNUA 4WW8A 3TMJA 3MMFA 5DSLA 2NNOA 4YGNA 3T84A 5JQTA 4MLXA 4QJWA 1ZGEA 5JG3B 1F2WA 3TVOX 2NWPA 5L6KA 1UGEA 4KNJA 4Y0JA 4KNNA 2FNKA 1ZNCA 4HT0A 3MNKA 1J9WA 4Q8ZA 3DCSA 2HOCA 4KP8A 5A25A 1BN3A 1CNYA 1IF9A 1TG3A 2QO8A 3BL1A 3M3XA 1CNGA 4Q90A 4QJXA 5EH7A 1BZMA 3OKUA 4BF6A 3V3GB 4KUWA 3S76A 1FQNA 2H15A 3DCCA 4YYTA 4MDLA 3ML5A 3MNHA 1BNWA 4YXUA 3P55A 4Q7SA 4WUQA 4BCWA 4E3FA 4QK2A 1Y7WA 1CAHA 1IF6A 1RJ6A 5EH5A 5FNIA 3D92A 1RZEA 4Z0QA 1ZSCA 2HL4A 1ZSAA 3CA2A 3MYQA 2ZNCA 3FE4A 4M2RA 5AMGA 5FLTA 3RYYA 5E5RA 3V5GA 3MHLA 4Q78A 1JV0A 1G53A 1TEQX 2HNCA 4RFCA 1H9NA 2W2JA 5DSIA 3OY0A 3RZ5A 3M14A 4K0TA 3HLJA 5DSPA 2POWA 3ML2A 5SZ3A 1YDDA 2AX2A 5EKMA 4MDGA 3U3AX 2NMXA 3D0NA 3N2PA 4WR7A 1ZH9A 4Z1EA 3KOKA 1I8ZA 1KEQA 1BN4A 1RAYA 3M1JA 2HFWA 1CVHA 5FNLA 4QEFA 5EOIA 3M1WA 3MNAA 5FNKA 3HKUA 2FOSA 3JXFA 4YVYA 3M1QA 4LHIA 1TEUX 5EZTX 2WEOA 3MWOA 4QSAA 8CA2A 3DV7A 1CNWA 5FLOA 1G0FA 3DVCA 4HBAA 2NN7A 5FL4A 3N4BA 4YWPA 4FL7A 4DZ9A 4TWMA 5HPJA 3S78B 4Q06A 1ZSBA 3HKQA 2EU2A 1XEVA 3RG4A 5JEHB 3K7KA 3W6HA 4IWZA 3M2ZA 1DMXA 3S72B 5AMDA 1XQ0A 4YGFA 2NNGA 5G0CA 5FNJA 1RZAA 2HKKA 3SBHA 1CNBA 1CVBA 3RZ8A 5JQ0A 3M40A 3PJJA 3IGPA 5FLPA 3M2YA 2WEGA 1RZCA 4MO8A 2CBBA 5EHEA 5FLRA 4ZWZA 1HVAA 1TB0X 3HS4A 4QK1A 1I9PA 3F4XA 2F14A 3F8EA 1XEGA 3RZ7A 1H4NA 3BL0A 1KWRA 3T5ZA 3M04A 2NXTA 4QJPA 5EHVA 4FIKA 1CAJA 4XFWA 1RZBA 1CA2A 2FMGA 1OKMA 5E28A 4HEZA 1DCAA 3V3JA 2CBEA 5JESB 1HCAA 1HUGA 3M2XA 1LZVA 1I9LA 1TE3X 3JXHC 2NNVA 1CRAA 1YDCA 1OKLA 4N0XB 5BRUA 3RZ1B 4CNVA 3S73B 2NN1A 4E3DA 5DSRA 1CILA 3KLDB 2AW1A 3S77B 3DD8A 1EOUA 4CA2A 3OKVA 4RH2A 4ITOA 2GD8A 4XZ5A 5JGSB 2X7TA 4ZX0A 4Q7WA 5G01A 3Q31A 1CAYA 2CABA 2NXRA 1BV3A 1CVCA 3MNJA 3OILA 5G0BA 5SZ0A 4E49A 4M2WA 3RYZA 4M2VA 6CA2A 1BN1A 1YO1A 5DRSA 4YXIA 5DSQA 1V9EA 2POUA 3JXGA 4QSBA 1Z97A 4XIXA 1ZGFA 1CVDA 3CZVA 1FSNA 1Z93A 2ABEA 2CA2A 1LG6A 3KONA 3N0NA 5JEPB 4ZWYA 2OSFA 4QTLA 1I90A 4Q7PA 1AVNA 2WEJA 4PZHA 2X7UA 1CNJA 4FPTA 1BNVA 3RZ0B 3L14A 5JGTB 3B4FA 4TWLA 3DC9A 3D9ZA 3W6IA 4R5AA 4Q6EA 4YXOA 1BCDA 4E3HA 5SZ6A 3V3FA 1ZFKA 3P3JA 5FNMA 4FVNA 1KOQA 1HCBA 4HEWA 1CNXA 3IBLA 1IF7A 5CJFA 1I9QA 3EFIA 4XE1A 4QK3A 1BNMA 4RFDA 1G46A 2ILIA 5DOGA 1CCUA 3KNEA 4KV0A 3V3HB 4QSJA 2GEHA 4YHAA 3CYUA 3BETA 5DSKA 1I9MA 3S8XA 5DVXA 5EKJA 3HFPA 4GL1X 5BRWA 1BNTA 4K0SA 4YGKA 3HKTA 1TG9A 1CVAA 1TH9A 3CAJA 1G0EA 1G6VA 3S71B 2VVBX 3K2FA 2NWZA 3M5TA 4R5BA 2OSMA 4ZWIA 2NWOA 1IF4A 3M5SA 1I9NA 1AZMA 3T85A 5DSMA 3UYNA 1HECA 1HEAA 5DOHA 4QJ0A 4FVOA 3ZP9A 1BNNA 4JSSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q49 A;  1G4O A;  5C8I A;  3DA2 A;  5EHW A;  1JD0 A;  3U7C A;  3RLD A;  1CVF A;  1CCT A;  1H9Q A;  3KKX A;  5FLQ A;  3VBD A;  3U45 X;  1MUA A;  3K34 A;  3R16 A;  1G48 A;  5E2R A;  3DVD A;  4RUY A;  3FFP X;  4Q0L A;  5J8Z A;  3D8W A;  3PYK A;  4RUX A;  4X5S A;  1TBT X;  7CA2 A;  3OIM A;  5L3O A;  2CBA A;  1CAL A;  12CA A;  1LG5 A;  1A42 A;  3P44 A;  1CNI A;  1G1D A;  3IEO A;  3P4V A;  1BNQ A;  1CCS A;  4JSA A;  5SZ2 A;  2FMZ A;  3RYX B;  3RYV B;  3S75 B;  4PYX A;  3MDZ A;  4Q83 A;  5DSJ A;  4C3T A;  3V3I B;  3R17 B;  3DC3 A;  4KP5 A;  4QIY A;  2WD3 A;  1AM6 A;  1FQL A;  1UGC A;  5A6H A;  1URT A;  4CNW A;  1FR7 A;  1BNU A;  1YO0 A;  4K13 A;  5DSO A;  3RG3 A;  3RYJ B;  4Q08 A;  1LGD A;  4CAC A;  4RUZ A;  4Z1J A;  3FW3 A;  2Q1Q A;  1HEB A;  3P5A A;  3P3H A;  1T9N A;  1FLJ A;  3GZ0 A;  3KIG A;  3M5E A;  5EH8 A;  4E5Q A;  5DSN A;  2POV A;  4L5V A;  3UYQ A;  2EZ7 A;  5G03 A;  3M98 A;  3MHM A;  1CAI A;  4PXX A;  4ZAO A;  4DZ7 A;  2FNN A;  1I91 A;  1XPZ A;  4G7A A;  5JDV B;  3T5U A;  4E4A A;  4M2U A;  4MDM A;  4YGJ A;  3IBU A;  4RN4 A;  1KOP A;  3U47 A;  4KUV A;  1CAO A;  2FOQ A;  4Q7V A;  1CIN A;  1UGA A;  2FW4 A;  4QIZ A;  3M96 A;  3MNI A;  4RIV A;  2EU3 A;  1CAM A;  1CAN A;  1Z9Y A;  5E2S A;  4MTY A;  3TVN X;  4L5W A;  1CNH A;  4Q87 A;  2X7S A;  5CAC A;  4ITP A;  4Q07 A;  4QY3 A;  1FQR A;  4Q81 A;  5CA2 A;  1CNC A;  4LU3 A;  4CQ0 A;  4HF3 A;  1UGD A;  4QJO A;  4Q09 A;  1FSR A;  1IF8 A;  5FDI A;  4K0Z A;  1DCB A;  4KNM A;  5SZ5 A;  1CAK A;  3DAZ A;  4Q8X A;  2Q38 A;  4FU5 A;  4LP6 A;  3RGE A;  3RJ7 A;  4E3G A;  4CNX A;  5FL5 A;  1HED A;  1OKN A;  3IAI A;  3MHC A;  4Z1K A;  3DCW A;  1YDA A;  4RIU A;  1YDB A;  3HKN A;  2VVA X;  2QOA A;  1CAZ A;  4L5U A;  3T82 A;  2CBD A;  3P58 A;  2Q1B A;  3ZNC A;  5AML A;  3NB5 A;  3V2J A;  4ILX A;  2FNM A;  4WW6 A;  5FDC A;  3MZC A;  2WD2 A;  2NXS A;  5SZ1 A;  1YO2 A;  2FOU A;  3IBI A;  3LXE A;  3MHO A;  3F7U A;  1CIM A;  1ZE8 A;  4HT2 A;  3S9T A;  3B1B A;  4KNI A;  1CZM A;  3PO6 A;  4ETQ C;  3N3J A;  1LUG A;  1CVE A;  4Q99 A;  3KS3 A;  2IT4 A;  5FL6 A; 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 5LMD A;  4E9O X;  5SZ4 A;  1RZD A;  3OIK A;  5EKH A;  1ZFQ A;  4JSW A;  4KUY A;  3C7P A;  5EIJ A;  3MNU A;  4WW8 A;  3TMJ A;  3MMF A;  5DSL A;  2NNO A;  4YGN A;  3T84 A;  5JQT A;  4MLX A;  4QJW A;  1ZGE A;  5JG3 B;  1F2W A;  3TVO X;  2NWP A;  5L6K A;  1UGE A;  4KNJ A;  4Y0J A;  4KNN A;  2FNK A;  1ZNC A;  4HT0 A;  3MNK A;  1J9W A;  4Q8Z A;  3DCS A;  2HOC A;  4KP8 A;  5A25 A;  1BN3 A;  1CNY A;  1IF9 A;  1TG3 A;  2QO8 A;  3BL1 A;  3M3X A;  1CNG A;  4Q90 A;  4QJX A;  5EH7 A;  1BZM A;  3OKU A;  4BF6 A;  3V3G B;  4KUW A;  3S76 A;  1FQN A;  2H15 A;  3DCC A;  4YYT A;  4MDL A;  3ML5 A;  3MNH A;  1BNW A;  4YXU A;  3P55 A;  4Q7S A;  4WUQ A;  4BCW A;  4E3F A;  4QK2 A;  1Y7W A;  1CAH A;  1IF6 A;  1RJ6 A;  5EH5 A;  5FNI A;  3D92 A;  1RZE A;  4Z0Q A;  1ZSC A;  2HL4 A;  1ZSA A;  3CA2 A;  3MYQ A;  2ZNC A;  3FE4 A;  4M2R A;  5AMG A;  5FLT A;  3RYY A;  5E5R A;  3V5G A;  3MHL A;  4Q78 A;  1JV0 A;  1G53 A;  1TEQ X;  2HNC A;  4RFC A;  1H9N A;  2W2J A;  5DSI A;  3OY0 A;  3RZ5 A;  3M14 A;  4K0T A;  3HLJ A;  5DSP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1XEVA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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