1Y7W | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	274
structure length	274
Chain Sequence	NPNDGYDYMQHGFDWPGLQEGGTTKYPACSGSNQSPIDINTNQLMEPSSRSGTSAVSLNGLNVDGAQADGITLTNAKVDLEQGMKVTFDQPAANLPTIEIGGTTKSFVPIQFHFHHFLSEHTINGIHYPLELHIVMQEQDPADVATAQLAVIGIMYKYSENGDAFLNSLQTQIEGKIGDGTASYGDTGVSIDNINVKTQLLPSSLKYAGYDGSLTTPGCDERVKWHVFTTPREVTREQMKLFVDVTMGAHAGADVVNNRMIQDLGDREVYKYNY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__21795230832107__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__21795230832107__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1y7w/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__21795230832107__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"21795230832107","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1y7w/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__21795230832107__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc79b489da35180e2ccdc4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc79b489da35180e2ccdc4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc79b489da35180e2ccdc4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc79b489da35180e2ccdc4/pdb.gz): 479 ms

reading 274 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

274 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:273});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Dunaliella salina
publication title	Three-dimensional structure of a halotolerant algal carbonic anhydrase predicts halotolerance of a mammalian homolog. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Halotolerant alpha-type carbonic anhydrase (dCA II)
total genus	78
structure length	274
sequence length	274
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2004-12-10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1y7wA01

2AX2A 3MDZA 2HOCA 1THKA 3RG3A 2X7TA 4TWLA 3N2PA 1KOPA 1HEBA 4QJXA 4YGKA 1KWRA 2HNCA 2NN7A 4C3TA 2GD8A 4E3FA 5DSMA 3P44A 1DCAA 1CNHA 3L14A 1TTMA 5CACA 8CA2A 4QIYA 1YO0A 3P5AA 4Q7WA 4E9OX 3MNIA 4MDGA 1RZAA 1HEDA 4WUQA 2W2JA 3HFPA 3RGEA 3T84A 4QSJA 1CNYA 3IAIA 3S97A 1YDBA 5SZ5A 3DVDA 4Q6DA 1HEAA 2WEJA 2CBEA 1TEUX 5BRUA 3EFTA 5FNMA 3NI5A 4Z1JA 4CACA 1KOQA 3BETA 3F8EA 3KLDB 1Z97A 1CZMA 2QOAA 3M2NA 1BNWA 4HU1A 5FDIA 5EH5A 4YXOA 1AVNA 3DC9A 2OSFA 1CNWA 2NWZA 4LP6A 1CANA 1BCDA 1CAZA 1MOOA 3V7XA 3RG4A 5AMGA 1G3ZA 4QTLA 1ZH9A 1CVDA 5JEGB 2O4ZA 2AW1A 2QO8A 1RJ6A 4ZX0A 3F7UA 5DSLA 1CIMA 4Q8XA 1JV0A 1RZDA 3JXFA 4YWPA 2FOQA 3DAZA 1HECA 1FQRA 5FNKA 3BL1A 3M14A 3EFIA 3OIKA 4E3DA 4Q8YA 2NWOA 3MZCA 3V3FA 1G52A 3D0NA 4YGLA 3T82A 5FNGA 4ZWXA 3IBNA 5FL5A 4RIVA 5FNIA 3T5UA 3N0NA 2F14A 4Q83A 4WL4A 4Q6EA 2FOVA 1CAIA 5CA2A 3MHMA 1HVAA 1G48A 4Q49A 4K0SA 3U47A 4E4AA 5A6HA 4G7AA 3VBDA 1H9QA 3S8XA 4Z1NA 2WEGA 4PZHA 1FQLA 3S75B 1CVBA 4Q8ZA 3W6HA 5JESB 2H15A 3V3HB 3U3AX 5DSPA 1TG3A 1CAKA 1G46A 3DD0A 4CNWA 5C8IA 2HD6A 1CNJA 4KUWA 4Q90A 1LUGA 1FSQA 3ML2A 1UGDA 2VVBX 4Q9YA 4Q81A 5G03A 4KP5A 5EKJA 2IT4A 1XEVA 3MHLA 1CNIA 1CNCA 1I9QA 5AMLA 6CA2A 1YDDA 3M98A 3NB5A 1H9NA 1LG6A 2WEOA 4Z1EA 1HCBA 3MNHA 3K2FA 3PJJA 4E3HA 2FMZA 4ZWZA 3M5SA 3RZ1B 1I9NA 1FQNA 1FSNA 5HPJA 3B1BA 3FFPX 3N3JA 3OKUA 3MNJA 3QYKA 3DD8A 5FNLA 4QJOA 4CQ0A 1KEQA 1G54A 4RFDA 3RZ5A 5JQ0A 2Q1QA 5DSJA 2WD3A 1BICA 1BNTA 3R16A 5FLSA 4YXIA 4Q7VA 5IPZA 1CALA 4Q7SA 3M1QA 5SZ0A 1I9PA 3KOIA 4IWZA 5E2SA 3C7PA 4KV0A 1CCUA 4RUXA 1J9WA 2CBBA 1RZEA 5DSQA 4KUYA 3HKTA 4YGNA 1ZFKA 2ILIA 1BN1A 3KOKA 5SZ2A 5JDVB 1UGBA 1ZSBA 1G4OA 2Q38A 5EKMA 5BRWA 2NNSA 1BN3A 1CVCA 4KNMA 2HKKA 1OKMA 5E5UA 3OYQA 3RYVB 3ZNCA 1JD0A 4JSWA 4E5QA 4R5AA 1BNVA 3KS3A 3DBUA 4HEWA 4JSAA 4QK3A 4XE1A 4Q08A 4KNJA 4ZWIA 5J8ZA 4MTYA 3S78B 5SZ4A 3M5EA 1OQ5A 7CA2A 4MLXA 4M2WA 3F4XA 1CNKA 3HS4A 5JEPB 3B4FA 4HBAA 1IF7A 2VVAX 5G01A 2QP6A 2FNKA 1JCZA 3RYYA 3M2ZA 2FOYA 3MHOA 3MNKA 5JG5B 4YX4A 5E28A 1YO1A 5SZ3A 3HLJA 2CBCA 4K0TA 1CINA 5AMDA 4ZX1A 4FRCA 4FIKA 3MNUA 3P4VA 3V2JA 4K1QA 3T85A 3TMJA 4L5WA 1BNNA 3SAXA 1RZBA 1T9NA 3DCWA 2EZ7A 5A25A 1V9EA 3S74B 1I91A 4XIWA 2FMGA 3RYJB 5DSKA 2X7UA 4HT0A 3HKUA 2NMXA 4Q07A 2POUA 3ML5A 4Q78A 1CRMA 4WR7A 4KAPA 4XFWA 3P55A 1G0EA 3N4BA 1RJ5A 1DMYA 3OKVA 4WW6A 5DSOA 4CA2A 5BYIA 5DSIA 2NXRA 5E5RA 2OSMA 4Y0JA 3S9TA 2CA2A 5EH7A 3V3JA 5SZ1A 1XEGA 4HF3A 1HCAA 5FLTA 3LXEA 1BNQA 4QY3A 4Q87A 4QJMA 1LGDA 2NN1A 1IF5A 3OYSA 2FNNA 2ZNCA 4QJ0A 3BL0A 5JGTB 4QK2A 4QSBA 1I90A 1FSRA 2NNGA 4JS6A 3M1WA 4YXUA 3U7CA 1IF6A 4E3GA 1CNBA 5FLRA 4PXXA 2FOSA 5G0CA 1TBTX 1V9IC 4COQA 3F7BA 4RN4A 3IBLA 4YHAA 1Y7WA 1Z9YA 3K34A 3V2MA 3RYXB 5EH8A 4ITOA 3TVOX 1G45A 3T83A 3SBHA 1CAJA 4PYXA 3KIGA 5DSNA 3IBIA 4L5UA 1TG9A 1CNXA 4Q0LA 3FW3A 3S71B 4M2VA 1CA3A 3MNAA 4ILXA 4Z0QA 1I8ZA 4RIUA 4RUZA 1RAZA 3S77B 1ZFQA 1ZSCA 4RFCA 4LHIA 4PQ7A 5FL4A 1BZMA 4FL7A 1CCTA 5EOIA 3RLDA 1YDAA 4YVYA 5EKHA 4M2RA 5FDCA 1UGGA 1MUAA 5EZTX 2FW4A 1XQ0A 5E2RA 5EHWA 4CNXA 4QJWA 4QEFA 1CNGA 4K0ZA 2NWPA 5JEHB 4HT2A 4DZ7A 1TB0X 4MLTA 1UGAA 5BNLA 3DC3A 2WEHA 1IF9A 3M3XA 4ITPA 4JSSA 5E2NA 1OKLA 5DRSA 4MDMA 1CVHA 3RZ7A 3D93A 4ZWYA 3ZP9A 3CYUA 3JXHC 1G53A 3W6IA 4BF6A 3DVBA 4GL1X 3TVNX 4Z1KA 3M04A 1ZGFA 1RAYA 4DZ9A 5DSRA 3IGPA 3CA2A 4HEZA 1BNUA 2POWA 4KP8A 1CAYA 3FE4A 5DVXA 4BF1A 3D9ZA 1OKNA 1I9MA 1BNMA 3M5TA 4Q99A 3DV7A 3S72B 4E49A 1UGFA 4YYTA 3MYQA 3UYNA 3KNEA 3M96A 4TWMA 1UGCA 2EU3A 3V3IB 2NXSA 2GEHA 5BRVA 4MDLA 3NJ9A 4N0XB 1FR4A 4QIZA 4YGJA 1G1DA 5FLPA 1BV3A 3IEOA 1G0FA 5CJFA 1HUGA 5FNJA 2CBDA 4QJPA 4QSAA 4RUYA 2POVA 5DOHA 1CCSA 3GZ0A 3RJ7A 3D92A 1ZNCA 4RH2A 3HKNA 3OIMA 3T5ZA 1I9OA 1EOUA 2FOUA 4WUPA 3P58A 1CAMA 2X7SA 3DA2A 1HUHA 1TEQX 2NXTA 4HEYA 4KUVA 3RZ8A 1CVAA 1BN4A 1LG5A 2FNMA 2EU2A 1LZVA 2Q1BA 3KWAA 3DVCA 3U45X 5EIJA 3CZVA 3JXGA 3P3JA 3MHIA 5JGSB 4CNVA 5FLQA 1KWQA 1ZSAA 5SZ6A 4FU5A 4X5SA 3S76A 3IBUA 4XZ5A 4Q06A 1UGEA 4R5BA 3DCCA 4L5VA 5E2KA 4FVOA 1DCBA 3M67A 3OY0A 5DOGA 3KONA 5JQTA 1H4NA 1RZCA 3M2YA 1FR7A 3P3HA 3RZ0B 4R59A 5FNHA 1AZMA 5JG3B 1G6VA 1I9LA 3MMFA 1A42A 12CAA 2CBAA 3PYKA 4FPTA 2H4NA 4QK1A 1CRAA 4PYYA 3M40A 1IF8A 4N16A 1FLJA 1CILA 3CAJA 4K13A 3KKXA 2HFWA 1YDCA 1ZE8A 1Z93A 1ZGEA 5E2MA 4YGFA 3P5LA 4Q09A 4WW8A 3SBIA 3PO6A 1CVEA 4G0CA 4QSIA 5EHVA 4UOVA 1FQMA 1TH9A 2HL4A 5FLOA 5G0BA 3UYQA 9CA2A 1XPZA 4FVNA 3V3GB 1TE3X 4JSZA 4XIXA 5FL6A 3RYZA 3S73B 3SAPA 3M1JA 5CLUA 3HKQA 1F2WA 1IF4A 5L6KA 3R17B 2ABEA 1G4JA 2NNVA 3MWOA 4MO8A 4Q7PA 1CA2A 1CAOA 1URTA 3OILA 4KNIA 3Q31A 2WD2A 2CABA 4BCWA 4ETQC 1YO2A 1AM6A 5L3OA 3M2XA 4LU3A 2NWYA 5LMDA 4KNNA 3V5GA 2NNOA 4IDRX 1CAHA 3MHCA 4M2UA 5SZ7A 3M1KA 4ZAOA 1CVFA 1DMXA 5EHEA 3DCSA 3D8WA 4CNRA 3K7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AX2 A;  3MDZ A;  2HOC A;  1THK A;  3RG3 A;  2X7T A;  4TWL A;  3N2P A;  1KOP A;  1HEB A;  4QJX A;  4YGK A;  1KWR A;  2HNC A;  2NN7 A;  4C3T A;  2GD8 A;  4E3F A;  5DSM A;  3P44 A;  1DCA A;  1CNH A;  3L14 A;  1TTM A;  5CAC A;  8CA2 A;  4QIY A;  1YO0 A;  3P5A A;  4Q7W A;  4E9O X;  3MNI A;  4MDG A;  1RZA A;  1HED A;  4WUQ A;  2W2J A;  3HFP A;  3RGE A;  3T84 A;  4QSJ A;  1CNY A;  3IAI A;  3S97 A;  1YDB A;  5SZ5 A;  3DVD A;  4Q6D A;  1HEA A;  2WEJ A;  2CBE A;  1TEU X;  5BRU A;  3EFT A;  5FNM A;  3NI5 A;  4Z1J A;  4CAC A;  1KOQ A;  3BET A;  3F8E A;  3KLD B;  1Z97 A;  1CZM A;  2QOA A;  3M2N A;  1BNW A;  4HU1 A;  5FDI A;  5EH5 A;  4YXO A;  1AVN A;  3DC9 A;  2OSF A;  1CNW A;  2NWZ A;  4LP6 A;  1CAN A;  1BCD A;  1CAZ A;  1MOO A;  3V7X A;  3RG4 A;  5AMG A;  1G3Z A;  4QTL A;  1ZH9 A;  1CVD A;  5JEG B;  2O4Z A;  2AW1 A;  2QO8 A;  1RJ6 A;  4ZX0 A;  3F7U A;  5DSL A;  1CIM A;  4Q8X A;  1JV0 A;  1RZD A;  3JXF A;  4YWP A;  2FOQ A;  3DAZ A;  1HEC A;  1FQR A;  5FNK A;  3BL1 A;  3M14 A;  3EFI A;  3OIK A;  4E3D A;  4Q8Y A;  2NWO A;  3MZC A;  3V3F A;  1G52 A;  3D0N A;  4YGL A;  3T82 A;  5FNG A;  4ZWX A;  3IBN A;  5FL5 A;  4RIV A;  5FNI A;  3T5U A;  3N0N A;  2F14 A;  4Q83 A;  4WL4 A;  4Q6E A;  2FOV A;  1CAI A;  5CA2 A;  3MHM A;  1HVA A;  1G48 A;  4Q49 A;  4K0S A;  3U47 A;  4E4A A;  5A6H A;  4G7A A;  3VBD A;  1H9Q A;  3S8X A;  4Z1N A;  2WEG A;  4PZH A;  1FQL A;  3S75 B;  1CVB A;  4Q8Z A;  3W6H A;  5JES B;  2H15 A;  3V3H B;  3U3A X;  5DSP A;  1TG3 A;  1CAK A;  1G46 A;  3DD0 A;  4CNW A;  5C8I A;  2HD6 A;  1CNJ A;  4KUW A;  4Q90 A;  1LUG A;  1FSQ A;  3ML2 A;  1UGD A;  2VVB X;  4Q9Y A;  4Q81 A;  5G03 A;  4KP5 A;  5EKJ A;  2IT4 A;  1XEV A;  3MHL A;  1CNI A;  1CNC A;  1I9Q A;  5AML A;  6CA2 A;  1YDD A;  3M98 A;  3NB5 A;  1H9N A;  1LG6 A;  2WEO A;  4Z1E A;  1HCB A;  3MNH A;  3K2F A;  3PJJ A;  4E3H A;  2FMZ A;  4ZWZ A;  3M5S A;  3RZ1 B;  1I9N A;  1FQN A;  1FSN A;  5HPJ A;  3B1B A;  3FFP X;  3N3J A;  3OKU A;  3MNJ A;  3QYK A;  3DD8 A;  5FNL A;  4QJO A;  4CQ0 A;  1KEQ A;  1G54 A;  4RFD A;  3RZ5 A;  5JQ0 A;  2Q1Q A;  5DSJ A;  2WD3 A;  1BIC A;  1BNT A;  3R16 A;  5FLS A;  4YXI A;  4Q7V A;  5IPZ A;  1CAL A;  4Q7S A;  3M1Q A;  5SZ0 A;  1I9P A;  3KOI A;  4IWZ A;  5E2S A;  3C7P A;  4KV0 A;  1CCU A;  4RUX A;  1J9W A;  2CBB A;  1RZE A;  5DSQ A;  4KUY A;  3HKT A;  4YGN A;  1ZFK A;  2ILI A;  1BN1 A;  3KOK A;  5SZ2 A;  5JDV B;  1UGB A;  1ZSB A;  1G4O A;  2Q38 A;  5EKM A;  5BRW A;  2NNS A;  1BN3 A;  1CVC A;  4KNM A;  2HKK A;  1OKM A;  5E5U A;  3OYQ A;  3RYV B;  3ZNC A;  1JD0 A;  4JSW A;  4E5Q A;  4R5A A;  1BNV A;  3KS3 A;  3DBU A;  4HEW A;  4JSA A;  4QK3 A;  4XE1 A;  4Q08 A;  4KNJ A;  4ZWI A;  5J8Z A;  4MTY A;  3S78 B;  5SZ4 A;  3M5E A;  1OQ5 A;  7CA2 A;  4MLX A;  4M2W A;  3F4X A;  1CNK A;  3HS4 A;  5JEP B;  3B4F A;  4HBA A;  1IF7 A;  2VVA X;  5G01 A;  2QP6 A;  2FNK A;  1JCZ A;  3RYY A;  3M2Z A;  2FOY A;  3MHO A;  3MNK A;  5JG5 B;  4YX4 A;  5E28 A;  1YO1 A;  5SZ3 A;  3HLJ A;  2CBC A;  4K0T A;  1CIN A;  5AMD A;  4ZX1 A;  4FRC A;  4FIK A;  3MNU A;  3P4V A;  3V2J A;  4K1Q A;  3T85 A;  3TMJ A;  4L5W A;  1BNN A;  3SAX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1Y7WA

Total Genus

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Chain Sequence

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