1YDD | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSRTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__269314048997275__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__269314048997275__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ydd/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__269314048997275__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"269314048997275","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ydd/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__269314048997275__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis of inhibitor affinity to variants of human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Hydro-lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1994-12-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1yddA00

3S71B 9CA2A 3U47A 5JEPB 3HKUA 1H9NA 4CNRA 3K7KA 3MDZA 4YGKA 3T82A 1CNJA 3OKVA 4FRCA 5CLUA 3RYVB 1MUAA 2WEOA 4ZWZA 1XPZA 4CQ0A 2HD6A 1JCZA 2Q1QA 1DMXA 3MZCA 3SAXA 3R17B 1RZBA 3IEOA 3V2JA 3SBIA 2CBCA 3N4BA 5JQTA 3MNKA 3ZP9A 2NN7A 3P4VA 2ABEA 1THKA 4Q06A 1KOQA 2HKKA 3F8EA 1AZMA 3R16A 1CNKA 5JEGB 1URTA 1V9IC 4G7AA 4Q7VA 3DC3A 1CINA 4E3GA 3M2NA 1RZDA 5FLOA 1FQRA 2CBBA 1UGAA 4CNWA 3RZ1B 1ZFKA 1I8ZA 3CYUA 4N16A 1AM6A 3HKTA 1KWQA 3RZ0B 1HVAA 4LP6A 4Z1NA 4YGNA 1CAJA 5DOHA 4E5QA 3KWAA 4IDRX 1CZMA 4YYTA 5EZTX 5DRSA 7CA2A 4KNMA 4R59A 2NNSA 1Z97A 3P3JA 4Q09A 3KOIA 4YXIA 4L5WA 1OQ5A 1FR7A 1UGBA 3RLDA 2NWPA 4QJMA 4RUYA 3KONA 4RIUA 5E2MA 1CNWA 4KP8A 1FQNA 5FNJA 2VVAX 4PYYA 3MHIA 2O4ZA 4BF6A 1ZNCA 4YGJA 4Q78A 1G0FA 3DD0A 5FNGA 1RJ6A 3MNAA 4Q0LA 4QJXA 3MYQA 4HT2A 4WL4A 4COQA 3M1JA 3PO6A 5FLPA 3P5AA 4M2RA 5DOGA 3S73B 4ZAOA 4WUQA 5SZ2A 1BNVA 4Z0QA 1JD0A 4GL1X 3F7BA 5DSMA 1CANA 2OSMA 5EOIA 4Q7WA 1G6VA 3M96A 5E28A 3V3GB 5CA2A 2CA2A 5FDCA 3S74B 4HEYA 3D8WA 1G45A 4R5AA 5JESB 3M5TA 4QIZA 5CACA 5FL4A 3DVDA 4QSBA 5EH8A 1DMYA 1ZSBA 1MOOA 3IBUA 5A25A 4QEFA 3RYJB 2NWYA 2EZ7A 4CNXA 4FPTA 1CVCA 4L5VA 3S78B 1RAZA 5EH5A 2NXRA 1JV0A 4RUXA 5EKJA 5DSIA 2AW1A 1BZMA 4KUVA 2ZNCA 1HUGA 3IBNA 3DAZA 3IBLA 3OIMA 1FR4A 3DA2A 4YX4A 5FNLA 3M98A 2FNNA 1H9QA 5SZ3A 2HFWA 3PJJA 3MHOA 3PYKA 1TBTX 4Q8XA 3NB5A 1CNBA 4ZWXA 3CAJA 1CILA 5EKHA 3RJ7A 3V3JA 3FW3A 2OSFA 3DD8A 3Q31A 4FU5A 5L3OA 5IPZA 2FNMA 4XZ5A 4XIXA 8CA2A 3V5GA 1CVAA 4K0TA 3B1BA 5E5RA 4C3TA 3BL1A 5LMDA 2Q38A 4JS6A 5HPJA 1BCDA 1FQMA 2FOQA 3SAPA 5JDVB 2CABA 2NXTA 4HEWA 2GEHA 4E3DA 4KV0A 3DCSA 5DSKA 3S72B 4BCWA 4Y0JA 2FNKA 3DC9A 4QK2A 3F7UA 3KNEA 1CVEA 1HEDA 3U7CA 5A6HA 4IWZA 3D0NA 1UGEA 2WEHA 3DCCA 1LG5A 4MDLA 4Q6DA 1IF8A 3RYYA 2GD8A 4YGFA 1TG9A 1BN4A 1FQLA 4HU1A 1IF4A 3MNHA 1ZSAA 1LGDA 2IT4A 1J9WA 1H4NA 4RFCA 5G03A 2HL4A 4JSZA 4Q90A 4RH2A 5DSJA 1CVFA 2X7TA 1I9OA 3M04A 5G01A 5SZ1A 4M2UA 4KP5A 3V3IB 1IF7A 2Q1BA 3S75B 4ITOA 4HBAA 3HFPA 3ML5A 4E9OX 4YXOA 3KIGA 3NI5A 5CJFA 1CA3A 1AVNA 1BN3A 3T84A 2NWOA 3DVCA 3FFPX 1CAKA 4PXXA 1BICA 1FSQA 1T9NA 4YVYA 5FDIA 4KNNA 1XQ0A 3P5LA 5E5UA 4XE1A 5DVXA 5FLSA 1ZSCA 4QJWA 3TVNX 3MNJA 1CVBA 2H15A 3BETA 4K1QA 4QSIA 4TWMA 3M1QA 1I9PA 2CBEA 1G0EA 3JXFA 4Z1JA 3DBUA 3JXHC 4LU3A 2QO8A 1UGDA 3KS3A 4K13A 2W2JA 3NJ9A 4BF1A 3RG3A 1FSNA 1I9QA 3V7XA 2WD2A 3U45X 4WUPA 3UYNA 1TG3A 3RZ5A 4X5SA 4RUZA 3CZVA 5E2NA 2NWZA 3ML2A 2WD3A 3B4FA 5SZ4A 2NMXA 1YO0A 4FVOA 3K34A 1BNNA 4YHAA 5AMGA 2WEGA 1CRMA 3MHLA 5JG5B 4Q6EA 4HF3A 4KNJA 5EH7A 3BL0A 2QP6A 3MWOA 1Z9YA 1TH9A 4PZHA 1UGGA 3M2YA 4K0ZA 4MDGA 4QIYA 1G3ZA 3M2XA 1IF9A 3RZ7A 2FOYA 5EHVA 2FOSA 3N3JA 5BRVA 1YDCA 1Z93A 3JXGA 1CVHA 2X7UA 2FOVA 3HLJA 3OIKA 1CA2A 4E49A 5EIJA 1G53A 3HKQA 4QK3A 3M1WA 1F2WA 4YGLA 6CA2A 4MDMA 1G4OA 5JGTB 3D9ZA 1CAMA 4G0CA 1ZGEA 3M40A 1CNHA 4UOVA 3T5ZA 4XFWA 3M2ZA 2CBAA 3RG4A 4PYXA 5FLTA 3MNUA 1ZE8A 1TEUX 5DSRA 5AMDA 4DZ7A 3EFIA 1XEVA 3GZ0A 1CVDA 4HEZA 5E2RA 2WEJA 3S77B 3L14A 3P44A 4JSSA 5DSLA 1CNXA 3RYXB 1CAZA 3IBIA 2CBDA 1FSRA 1RJ5A 4DZ9A 12CAA 2NN1A 4QJPA 3VBDA 4RIVA 2NNGA 3N2PA 4WR7A 1BNQA 4RFDA 4CNVA 2NXSA 4E4AA 4QSAA 3OILA 4KUWA 5JG3B 3M14A 5AMLA 2EU2A 1I90A 4MTYA 5DSOA 3MHCA 1RZEA 4QSJA 4ILXA 1BNWA 2FMZA 1ZFQA 3M5EA 5EKMA 3V3HB 5J8ZA 5G0CA 5SZ0A 4CA2A 4E3HA 3P55A 4JSWA 3D92A 3KKXA 3MHMA 4ZX1A 1CAYA 4YWPA 1IF5A 3M67A 5G0BA 3P58A 1CNGA 4FIKA 4ZWIA 1BV3A 3OYSA 3FE4A 1BNMA 4HT0A 2NNOA 4Q99A 1HEBA 5FNIA 1UGCA 1OKLA 2POVA 3IGPA 4ETQC 3RYZA 5BRWA 5DSNA 1RAYA 1DCAA 5SZ5A 1TEQX 5EHWA 3K2FA 3N0NA 5DSPA 5DSQA 1G48A 1HCBA 3V2MA 5SZ7A 1XEGA 2FW4A 5SZ6A 1G52A 4N0XB 3DVBA 4YXUA 3IAIA 3ZNCA 4WW6A 5BNLA 4Z1KA 5C8IA 3T5UA 4Q7SA 1KWRA 3KLDB 1CCTA 2NNVA 4E3FA 3RGEA 4ITPA 5FNMA 1FLJA 1RZCA 5E2SA 5FNKA 5JGSB 3MNIA 1CCUA 3KOKA 1CAHA 3M1KA 3M3XA 1Y7WA 1BN1A 3F4XA 4QTLA 1CNYA 4Q49A 3UYQA 1IF6A 1YDDA 4CACA 1HEAA 1LUGA 3EFTA 3S8XA 3U3AX 1YDBA 1DCBA 1TE3X 5E2KA 1YO2A 3T85A 3CA2A 2QOAA 4K0SA 2ILIA 1CRAA 1I9NA 3TMJA 5FLQA 1CNCA 1CCSA 4LHIA 2AX2A 1YO1A 3S97A 3V3FA 1A42A 1G46A 4Q83A 4QK1A 4Q7PA 4Q8ZA 3P3HA 4ZX0A 1G4JA 5L6KA 1G54A 1CAOA 1CIMA 3LXEA 4Q87A 3DV7A 3HS4A 4M2WA 4XIWA 1CALA 4Z1EA 4QJOA 1CNIA 2HNCA 4TWLA 1UGFA 4KUYA 4L5UA 4FVNA 1HECA 5BYIA 4KAPA 3S9TA 1EOUA 4KNIA 1HCAA 4QY3A 1V9EA 2POUA 1I91A 4MO8A 1CAIA 1TTMA 5FL5A 1ZGFA 1ZH9A 5FL6A 5JEHB 1I9MA 4M2VA 4JSAA 4Q9YA 1G1DA 4RN4A 3RZ8A 1LG6A 3T83A 4Q07A 3D93A 3QYKA 2F14A 3TVOX 4R5BA 2EU3A 2HOCA 3HKNA 3W6IA 5BRUA 5FLRA 1LZVA 3OYQA 2POWA 3DCWA 4Q81A 2X7SA 1HUHA 2FOUA 3OY0A 1KEQA 1TB0X 2FMGA 5EHEA 1BNTA 1KOPA 4Q8YA 4PQ7A 3C7PA 4MLTA 1YDAA 1OKMA 4Q08A 3S76A 4MLXA 1I9LA 1BNUA 5FNHA 2VVBX 4WW8A 3MMFA 3M5SA 3W6HA 3OKUA 3SBHA 5JQ0A 1RZAA 4QJ0A 2H4NA 4ZWYA 1OKNA 4FL7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S71 B;  9CA2 A;  3U47 A;  5JEP B;  3HKU A;  1H9N A;  4CNR A;  3K7K A;  3MDZ A;  4YGK A;  3T82 A;  1CNJ A;  3OKV A;  4FRC A;  5CLU A;  3RYV B;  1MUA A;  2WEO A;  4ZWZ A;  1XPZ A;  4CQ0 A;  2HD6 A;  1JCZ A;  2Q1Q A;  1DMX A;  3MZC A;  3SAX A;  3R17 B;  1RZB A;  3IEO A;  3V2J A;  3SBI A;  2CBC A;  3N4B A;  5JQT A;  3MNK A;  3ZP9 A;  2NN7 A;  3P4V A;  2ABE A;  1THK A;  4Q06 A;  1KOQ A;  2HKK A;  3F8E A;  1AZM A;  3R16 A;  1CNK A;  5JEG B;  1URT A;  1V9I C;  4G7A A;  4Q7V A;  3DC3 A;  1CIN A;  4E3G A;  3M2N A;  1RZD A;  5FLO A;  1FQR A;  2CBB A;  1UGA A;  4CNW A;  3RZ1 B;  1ZFK A;  1I8Z A;  3CYU A;  4N16 A;  1AM6 A;  3HKT A;  1KWQ A;  3RZ0 B;  1HVA A;  4LP6 A;  4Z1N A;  4YGN A;  1CAJ A;  5DOH A;  4E5Q A;  3KWA A;  4IDR X;  1CZM A;  4YYT A;  5EZT X;  5DRS A;  7CA2 A;  4KNM A;  4R59 A;  2NNS A;  1Z97 A;  3P3J A;  4Q09 A;  3KOI A;  4YXI A;  4L5W A;  1OQ5 A;  1FR7 A;  1UGB A;  3RLD A;  2NWP A;  4QJM A;  4RUY A;  3KON A;  4RIU A;  5E2M A;  1CNW A;  4KP8 A;  1FQN A;  5FNJ A;  2VVA X;  4PYY A;  3MHI A;  2O4Z A;  4BF6 A;  1ZNC A;  4YGJ A;  4Q78 A;  1G0F A;  3DD0 A;  5FNG A;  1RJ6 A;  3MNA A;  4Q0L A;  4QJX A;  3MYQ A;  4HT2 A;  4WL4 A;  4COQ A;  3M1J A;  3PO6 A;  5FLP A;  3P5A A;  4M2R A;  5DOG A;  3S73 B;  4ZAO A;  4WUQ A;  5SZ2 A;  1BNV A;  4Z0Q A;  1JD0 A;  4GL1 X;  3F7B A;  5DSM A;  1CAN A;  2OSM A;  5EOI A;  4Q7W A;  1G6V A;  3M96 A;  5E28 A;  3V3G B;  5CA2 A;  2CA2 A;  5FDC A;  3S74 B;  4HEY A;  3D8W A;  1G45 A;  4R5A A;  5JES B;  3M5T A;  4QIZ A;  5CAC A;  5FL4 A;  3DVD A;  4QSB A;  5EH8 A;  1DMY A;  1ZSB A;  1MOO A;  3IBU A;  5A25 A;  4QEF A;  3RYJ B;  2NWY A;  2EZ7 A;  4CNX A;  4FPT A;  1CVC A;  4L5V A;  3S78 B;  1RAZ A;  5EH5 A;  2NXR A;  1JV0 A;  4RUX A;  5EKJ A;  5DSI A;  2AW1 A;  1BZM A;  4KUV A;  2ZNC A;  1HUG A;  3IBN A;  3DAZ A;  3IBL A;  3OIM A;  1FR4 A;  3DA2 A;  4YX4 A;  5FNL A;  3M98 A;  2FNN A;  1H9Q A;  5SZ3 A;  2HFW A;  3PJJ A;  3MHO A;  3PYK A;  1TBT X;  4Q8X A;  3NB5 A;  1CNB A;  4ZWX A;  3CAJ A;  1CIL A;  5EKH A;  3RJ7 A;  3V3J A;  3FW3 A;  2OSF A;  3DD8 A;  3Q31 A;  4FU5 A;  5L3O A;  5IPZ A;  2FNM A;  4XZ5 A;  4XIX A;  8CA2 A;  3V5G A;  1CVA A;  4K0T A;  3B1B A;  5E5R A;  4C3T A;  3BL1 A;  5LMD A;  2Q38 A;  4JS6 A;  5HPJ A;  1BCD A;  1FQM A;  2FOQ A;  3SAP A;  5JDV B;  2CAB A;  2NXT A;  4HEW A;  2GEH A;  4E3D A;  4KV0 A;  3DCS A;  5DSK A;  3S72 B;  4BCW A;  4Y0J A;  2FNK A;  3DC9 A;  4QK2 A;  3F7U A;  3KNE A;  1CVE A;  1HED A;  3U7C A;  5A6H A;  4IWZ A;  3D0N A;  1UGE A;  2WEH A;  3DCC A;  1LG5 A;  4MDL A;  4Q6D A;  1IF8 A;  3RYY A;  2GD8 A;  4YGF A;  1TG9 A;  1BN4 A;  1FQL A;  4HU1 A;  1IF4 A;  3MNH A;  1ZSA A;  1LGD A;  2IT4 A;  1J9W A;  1H4N A;  4RFC A;  5G03 A;  2HL4 A;  4JSZ A;  4Q90 A;  4RH2 A;  5DSJ A;  1CVF A;  2X7T A;  1I9O A;  3M04 A;  5G01 A;  5SZ1 A;  4M2U A;  4KP5 A;  3V3I B;  1IF7 A;  2Q1B A;  3S75 B;  4ITO A;  4HBA A;  3HFP A;  3ML5 A;  4E9O X;  4YXO A;  3KIG A;  3NI5 A;  5CJF A;  1CA3 A;  1AVN A;  1BN3 A;  3T84 A;  2NWO A;  3DVC A;  3FFP X;  1CAK A;  4PXX A;  1BIC A;  1FSQ A;  1T9N A;  4YVY A;  5FDI A;  4KNN A;  1XQ0 A;  3P5L A;  5E5U A;  4XE1 A;  5DVX A;  5FLS A;  1ZSC A;  4QJW A;  3TVN X;  3MNJ A;  1CVB A;  2H15 A;  3BET A;  4K1Q A;  4QSI A;  4TWM A;  3M1Q A;  1I9P A;  2CBE A;  1G0E A;  3JXF A;  4Z1J A;  3DBU A;  3JXH C;  4LU3 A;  2QO8 A;  1UGD A;  3KS3 A;  4K13 A;  2W2J A;  3NJ9 A;  4BF1 A;  3RG3 A;  1FSN A;  1I9Q A;  3V7X A;  2WD2 A;  3U45 X;  4WUP A;  3UYN A;  1TG3 A;  3RZ5 A;  4X5S A;  4RUZ A;  3CZV A;  5E2N A;  2NWZ A;  3ML2 A;  2WD3 A;  3B4F A;  5SZ4 A;  2NMX A;  1YO0 A;  4FVO A;  3K34 A;  1BNN A;  4YHA A;  5AMG A;  2WEG A;  1CRM A;  3MHL A;  5JG5 B;  4Q6E A;  4HF3 A;  4KNJ A;  5EH7 A;  3BL0 A;  2QP6 A;  3MWO A;  1Z9Y A;  1TH9 A;  4PZH A;  1UGG A;  3M2Y A;  4K0Z A;  4MDG A;  4QIY A;  1G3Z A;  3M2X A;  1IF9 A;  3RZ7 A;  2FOY A;  5EHV A;  2FOS A;  3N3J A;  5BRV A;  1YDC A;  1Z93 A;  3JXG A;  1CVH A;  2X7U A;  2FOV A;  3HLJ A;  3OIK A;  1CA2 A;  4E49 A;  5EIJ A;  1G53 A;  3HKQ A;  4QK3 A;  3M1W A;  1F2W A;  4YGL A;  6CA2 A;  4MDM A;  1G4O A;  5JGT B;  3D9Z A;  1CAM A;  4G0C A;  1ZGE A;  3M40 A;  1CNH A;  4UOV A;  3T5Z A; 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1YDDA

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