1ZSA | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAQLHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__508071288711377__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__508071288711377__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1zsa/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__508071288711377__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"508071288711377","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1zsa/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__508071288711377__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase (oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
publication title	Reversal of the hydrogen bond to zinc ligand histidine-119 dramatically diminishes catalysis and enhances metal equilibration kinetics in carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
total genus	70
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1996-01-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	1zsaA00

1FSQA 3F4XA 4CQ0A 3RYJB 1XEVA 2NN1A 5DSKA 3F8EA 4Q83A 3RG4A 1I8ZA 1UGBA 3S9TA 2WEJA 5FL4A 2WD2A 2AX2A 2VVAX 3RG3A 3IBLA 3MDZA 1Z93A 4ITOA 1AM6A 1T9NA 3MYQA 3IGPA 3FE4A 1RZBA 3ML5A 3QYKA 3CZVA 1MUAA 3DV7A 5E5RA 2X7TA 4CA2A 5DSJA 5G01A 5SZ5A 3D8WA 4G7AA 4MDMA 3IAIA 3B4FA 3MZCA 4QIYA 1TTMA 1TE3X 1Z9YA 1TBTX 4E4AA 3DCCA 1IF8A 1YO2A 1H4NA 4JSAA 1BNMA 1AVNA 3DBUA 1FLJA 1RAZA 3W6HA 1CAKA 3U7CA 4PZHA 5JGSB 3C7PA 2CBBA 1BNNA 4MO8A 3MNHA 1BNQA 4RIVA 1I91A 8CA2A 3DVCA 4KUVA 3P3HA 3CA2A 1G0EA 4Q78A 4Q09A 4BCWA 1IF5A 1CNYA 1JV0A 4JSZA 1XQ0A 5J8ZA 2CBCA 4QSIA 4M2RA 1HVAA 1ZGEA 5DRSA 5FLPA 4QSBA 5DSMA 1CAHA 3MNJA 4ZAOA 3PYKA 5FNJA 5BRWA 5JG5B 5AMLA 3T84A 2NWOA 1CAYA 5FLQA 3DCWA 4Q6EA 4ZX0A 1ZSAA 3V3FA 5EKJA 4YX4A 1OKMA 3IEOA 3N4BA 1CCTA 4RUZA 4M2UA 1RZEA 5DOGA 1UGDA 4RH2A 1EOUA 1I9NA 1TH9A 2WEOA 3KKXA 4GL1X 5DSRA 1G52A 4Q90A 2FOUA 1I9OA 1FSNA 4KAPA 3MNAA 2NNSA 1IF6A 1CALA 3V5GA 4Q0LA 3BETA 3F7BA 1G4OA 3D93A 1IF4A 4KP8A 1CANA 2Q38A 4ZWXA 2POWA 3M96A 1CNCA 1CCSA 2FOSA 1CVCA 1FQMA 5DOHA 3PO6A 5SZ7A 5EH8A 1YDCA 3KWAA 3V3GB 4TWLA 3MHOA 1BN4A 1G46A 1G6VA 1RZAA 4TWMA 3DCSA 2NNVA 4KV0A 1BNUA 4MDGA 4R5BA 2GEHA 4PYXA 1RAYA 2EU3A 4K0ZA 3RJ7A 5HPJA 2HL4A 4QJOA 4Q9YA 1BV3A 4JSWA 3OYQA 2FW4A 4ZWZA 1CNBA 1TB0X 2QOAA 2WEGA 9CA2A 4LHIA 1ZGFA 1UGCA 3BL1A 1UGEA 2ILIA 3S77B 3P3JA 3HKNA 1HECA 4FPTA 5CJFA 1FSRA 1F2WA 1LG5A 4IDRX 4RFDA 1CNHA 1HCAA 1FR7A 4KP5A 2NNGA 4R5AA 3T5UA 3B1BA 3MHMA 2EZ7A 1CNWA 5A25A 4Q49A 3V2JA 2FMGA 1V9EA 1THKA 2X7SA 4WL4A 5FNIA 1TG9A 5EHEA 5EOIA 1LZVA 2GD8A 4KNMA 4M2VA 1DCBA 4R59A 3RGEA 4Q7VA 4HU1A 4K0SA 3CYUA 1CNKA 3ML2A 1HUHA 1YO0A 4Z1JA 4YGLA 3U47A 4HBAA 3S75B 2FOQA 2Q1BA 5EIJA 3NB5A 3KNEA 2FNNA 4YYTA 5E2SA 4IWZA 4Q81A 4KUYA 1AZMA 3FFPX 5CACA 4QJWA 2O4ZA 5EHWA 1CIMA 1G53A 3U45X 1DMXA 3HFPA 1JD0A 5DSQA 1URTA 4HEZA 1KWRA 1KEQA 1Y7WA 5JG3B 4LU3A 1LG6A 3OIMA 4QEFA 5JESB 5L6KA 3M40A 3V3IB 3N0NA 2X7UA 3MNIA 5FDCA 3S71B 1CINA 3SAPA 3JXHC 5DSIA 5A6HA 1RZCA 4FRCA 6CA2A 3K34A 1G54A 3RYXB 3MHIA 4YWPA 3TMJA 3TVOX 3PJJA 4Q8XA 1I9PA 5E2RA 3MNUA 4E3GA 3IBUA 3HKUA 1YDAA 5FNKA 1JCZA 3KIGA 4Q6DA 2NWZA 5CLUA 4L5UA 3L14A 5FNGA 4QSAA 1I90A 3P55A 4CNXA 4QY3A 1FQLA 4JSSA 1CRMA 5E2KA 2QP6A 3DA2A 3P5AA 3V2MA 4CACA 4CNRA 5SZ4A 5SZ0A 3RZ0B 2HKKA 3MWOA 4LP6A 3RYZA 3EFIA 3M2ZA 5SZ1A 4K13A 4FVNA 1DCAA 4HF3A 4QIZA 3M1QA 5EHVA 4E3FA 4Q7PA 3N2PA 2EU2A 1CAOA 4MDLA 1KOPA 4QJXA 1UGAA 2CA2A 3MMFA 4HT2A 4Q08A 4ILXA 5DSNA 4E5QA 4BF1A 4YXIA 4K1QA 4QJ0A 3S8XA 3U3AX 4ITPA 4KNJA 4YGKA 3DVDA 1ZSCA 2NWYA 1CVDA 1ZFQA 2FNKA 2OSMA 3MHLA 1V9IC 1Z97A 3IBIA 4PQ7A 4Q8YA 3D9ZA 5JEPB 1CNXA 3M1WA 3M98A 3M2XA 3SBIA 4YGNA 4Q06A 4Q07A 1ZH9A 4YGJA 4XFWA 4BF6A 1OKNA 3D0NA 3S76A 3M5EA 4WR7A 1CAJA 5SZ3A 3RZ7A 5AMGA 1BNTA 2IT4A 4YXUA 1HCBA 4DZ9A 3M5TA 4Z1EA 3DC3A 3S72B 4FU5A 4XZ5A 2WEHA 4G0CA 1DMYA 1MOOA 1CVEA 4Z0QA 1CRAA 4KUWA 3JXGA 5EKHA 3RLDA 2CABA 4Y0JA 1H9NA 4RIUA 1G4JA 1CILA 4JS6A 4XIWA 2FOYA 2QO8A 4ZWYA 4HT0A 1BN3A 1CVBA 7CA2A 3S97A 4ETQC 5JGTB 1TEUX 2VVBX 3UYQA 5JEHB 5LMDA 3LXEA 1CAIA 4HEYA 2H15A 3M04A 1LUGA 5FDIA 4QJPA 3MNKA 1RJ5A 4N16A 4RUXA 4E3HA 1BNWA 3MHCA 4MLTA 3T83A 3T5ZA 4QK3A 5DSLA 2Q1QA 1TEQX 1BNVA 4QSJA 3W6IA 3V7XA 3KS3A 1CA2A 2OSFA 5BYIA 4X5SA 4Z1NA 2CBAA 5FLOA 4QK1A 5DSOA 5FNMA 3EFTA 1CVAA 1J9WA 1A42A 1UGGA 4QJMA 4WUQA 1CA3A 4C3TA 4FL7A 2CBEA 4RFCA 1KOQA 3RZ1B 1G1DA 1BN1A 1G0FA 1CVHA 2AW1A 4FIKA 3SBHA 5EH5A 4MLXA 4YXOA 4YHAA 1UGFA 5G0CA 4ZX1A 3OIKA 5FNHA 1IF7A 1ZE8A 3OYSA 5JQTA 4KNNA 3NJ9A 3M2YA 4Q8ZA 3V3HB 3T85A 1FQRA 2FMZA 5JEGB 2NXRA 5EH7A 1ZFKA 3P44A 4CNVA 3HKQA 5FL6A 3R16A 3OKVA 2FOVA 3DD0A 4XE1A 4WW6A 4K0TA 1TG3A 5EKMA 3KLDB 1I9QA 1CCUA 2HNCA 5E5UA 4E3DA 3RZ8A 1XEGA 1RJ6A 4Q7WA 1CNGA 3M1JA 4COQA 1LGDA 1BCDA 1FQNA 5DVXA 5G03A 1CAZA 5FLRA 1H9QA 4QTLA 3RYYA 2NXTA 1ZNCA 4KNIA 5CA2A 3DD8A 5BRVA 5AMDA 4ZWIA 5SZ2A 3Q31A 3KONA 1I9LA 2NMXA 4CNWA 4YGFA 3KOKA 1CNJA 3P5LA 4MTYA 4RUYA 5BNLA 4L5VA 1BICA 2NWPA 3K7KA 3K2FA 1HEBA 3M3XA 3D92A 3M67A 3M1KA 2F14A 5C8IA 5E28A 5FNLA 4RN4A 4HEWA 3JXFA 4XIXA 1HEDA 1OQ5A 1YDDA 1KWQA 3NI5A 5L3OA 2W2JA 4YVYA 3F7UA 4WUPA 5JDVB 1HEAA 3N3JA 1ZSBA 2ABEA 5DSPA 3DVBA 4Q7SA 1XPZA 2ZNCA 1RZDA 2POVA 1CVFA 3CAJA 3FW3A 3HKTA 5JQ0A 3HS4A 1CNIA 1G3ZA 2FNMA 3P4VA 3T82A 1OKLA 3DC9A 5IPZA 1FR4A 2HOCA 1CZMA 3BL0A 2HFWA 2NNOA 1BZMA 1IF9A 2POUA 3RZ5A 5G0BA 1YDBA 4M2WA 4DZ7A 3OKUA 3OY0A 5E2NA 4PXXA 1YO1A 4E9OX 5FLTA 4Z1KA 1G45A 3V3JA 3GZ0A 4UOVA 3S74B 2H4NA 1HUGA 4N0XB 3TVNX 5FL5A 5BRUA 2NXSA 3HLJA 3RYVB 1I9MA 5E2MA 5EZTX 3M2NA 4FVOA 12CAA 2HD6A 4Q99A 3SAXA 3UYNA 3ZNCA 4L5WA 3VBDA 3P58A 3DAZA 5FLSA 3S73B 2NN7A 3ZP9A 3R17B 1CAMA 4Q87A 4PYYA 4E49A 3KOIA 2CBDA 3M5SA 4WW8A 1G48A 3OILA 3IBNA 3M14A 3S78B 4QK2A 2WD3A 5SZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FSQ A;  3F4X A;  4CQ0 A;  3RYJ B;  1XEV A;  2NN1 A;  5DSK A;  3F8E A;  4Q83 A;  3RG4 A;  1I8Z A;  1UGB A;  3S9T A;  2WEJ A;  5FL4 A;  2WD2 A;  2AX2 A;  2VVA X;  3RG3 A;  3IBL A;  3MDZ A;  1Z93 A;  4ITO A;  1AM6 A;  1T9N A;  3MYQ A;  3IGP A;  3FE4 A;  1RZB A;  3ML5 A;  3QYK A;  3CZV A;  1MUA A;  3DV7 A;  5E5R A;  2X7T A;  4CA2 A;  5DSJ A;  5G01 A;  5SZ5 A;  3D8W A;  4G7A A;  4MDM A;  3IAI A;  3B4F A;  3MZC A;  4QIY A;  1TTM A;  1TE3 X;  1Z9Y A;  1TBT X;  4E4A A;  3DCC A;  1IF8 A;  1YO2 A;  1H4N A;  4JSA A;  1BNM A;  1AVN A;  3DBU A;  1FLJ A;  1RAZ A;  3W6H A;  1CAK A;  3U7C A;  4PZH A;  5JGS B;  3C7P A;  2CBB A;  1BNN A;  4MO8 A;  3MNH A;  1BNQ A;  4RIV A;  1I91 A;  8CA2 A;  3DVC A;  4KUV A;  3P3H A;  3CA2 A;  1G0E A;  4Q78 A;  4Q09 A;  4BCW A;  1IF5 A;  1CNY A;  1JV0 A;  4JSZ A;  1XQ0 A;  5J8Z A;  2CBC A;  4QSI A;  4M2R A;  1HVA A;  1ZGE A;  5DRS A;  5FLP A;  4QSB A;  5DSM A;  1CAH A;  3MNJ A;  4ZAO A;  3PYK A;  5FNJ A;  5BRW A;  5JG5 B;  5AML A;  3T84 A;  2NWO A;  1CAY A;  5FLQ A;  3DCW A;  4Q6E A;  4ZX0 A;  1ZSA A;  3V3F A;  5EKJ A;  4YX4 A;  1OKM A;  3IEO A;  3N4B A;  1CCT A;  4RUZ A;  4M2U A;  1RZE A;  5DOG A;  1UGD A;  4RH2 A;  1EOU A;  1I9N A;  1TH9 A;  2WEO A;  3KKX A;  4GL1 X;  5DSR A;  1G52 A;  4Q90 A;  2FOU A;  1I9O A;  1FSN A;  4KAP A;  3MNA A;  2NNS A;  1IF6 A;  1CAL A;  3V5G A;  4Q0L A;  3BET A;  3F7B A;  1G4O A;  3D93 A;  1IF4 A;  4KP8 A;  1CAN A;  2Q38 A;  4ZWX A;  2POW A;  3M96 A;  1CNC A;  1CCS A;  2FOS A;  1CVC A;  1FQM A;  5DOH A;  3PO6 A;  5SZ7 A;  5EH8 A;  1YDC A;  3KWA A;  3V3G B;  4TWL A;  3MHO A;  1BN4 A;  1G46 A;  1G6V A;  1RZA A;  4TWM A;  3DCS A;  2NNV A;  4KV0 A;  1BNU A;  4MDG A;  4R5B A;  2GEH A;  4PYX A;  1RAY A;  2EU3 A;  4K0Z A;  3RJ7 A;  5HPJ A;  2HL4 A;  4QJO A;  4Q9Y A;  1BV3 A;  4JSW A;  3OYQ A;  2FW4 A;  4ZWZ A;  1CNB A;  1TB0 X;  2QOA A;  2WEG A;  9CA2 A;  4LHI A;  1ZGF A;  1UGC A;  3BL1 A;  1UGE A;  2ILI A;  3S77 B;  3P3J A;  3HKN A;  1HEC A;  4FPT A;  5CJF A;  1FSR A;  1F2W A;  1LG5 A;  4IDR X;  4RFD A;  1CNH A;  1HCA A;  1FR7 A;  4KP5 A;  2NNG A;  4R5A A;  3T5U A;  3B1B A;  3MHM A;  2EZ7 A;  1CNW A;  5A25 A;  4Q49 A;  3V2J A;  2FMG A;  1V9E A;  1THK A;  2X7S A;  4WL4 A;  5FNI A;  1TG9 A;  5EHE A;  5EOI A;  1LZV A;  2GD8 A;  4KNM A;  4M2V A;  1DCB A;  4R59 A;  3RGE A;  4Q7V A;  4HU1 A;  4K0S A;  3CYU A;  1CNK A;  3ML2 A;  1HUH A;  1YO0 A;  4Z1J A;  4YGL A;  3U47 A;  4HBA A;  3S75 B;  2FOQ A;  2Q1B A;  5EIJ A;  3NB5 A;  3KNE A;  2FNN A;  4YYT A;  5E2S A;  4IWZ A;  4Q81 A;  4KUY A;  1AZM A;  3FFP X;  5CAC A;  4QJW A;  2O4Z A;  5EHW A;  1CIM A;  1G53 A;  3U45 X;  1DMX A;  3HFP A;  1JD0 A;  5DSQ A;  1URT A;  4HEZ A;  1KWR A;  1KEQ A;  1Y7W A;  5JG3 B;  4LU3 A;  1LG6 A;  3OIM A;  4QEF A;  5JES B;  5L6K A;  3M40 A;  3V3I B;  3N0N A;  2X7U A;  3MNI A;  5FDC A;  3S71 B;  1CIN A;  3SAP A;  3JXH C;  5DSI A;  5A6H A;  1RZC A;  4FRC A;  6CA2 A;  3K34 A;  1G54 A;  3RYX B;  3MHI A;  4YWP A;  3TMJ A;  3TVO X;  3PJJ A;  4Q8X A;  1I9P A;  5E2R A;  3MNU A;  4E3G A;  3IBU A;  3HKU A;  1YDA A;  5FNK A;  1JCZ A;  3KIG A;  4Q6D A;  2NWZ A;  5CLU A;  4L5U A;  3L14 A;  5FNG A;  4QSA A;  1I90 A;  3P55 A;  4CNX A;  4QY3 A;  1FQL A;  4JSS A;  1CRM A;  5E2K A;  2QP6 A;  3DA2 A;  3P5A A;  3V2M A;  4CAC A;  4CNR A;  5SZ4 A;  5SZ0 A;  3RZ0 B;  2HKK A;  3MWO A;  4LP6 A;  3RYZ A;  3EFI A;  3M2Z A;  5SZ1 A;  4K13 A;  4FVN A;  1DCA A;  4HF3 A;  4QIZ A;  3M1Q A;  5EHV A;  4E3F A;  4Q7P A;  3N2P A;  2EU2 A;  1CAO A;  4MDL A;  1KOP A;  4QJX A;  1UGA A;  2CA2 A;  3MMF A;  4HT2 A;  4Q08 A;  4ILX A;  5DSN A;  4E5Q A;  4BF1 A;  4YXI A;  4K1Q A;  4QJ0 A;  3S8X A;  3U3A X;  4ITP A;  4KNJ A;  4YGK A;  3DVD A;  1ZSC A;  2NWY A;  1CVD A;  1ZFQ A;  2FNK A;  2OSM A;  3MHL A;  1V9I C;  1Z97 A;  3IBI A;  4PQ7 A;  4Q8Y A;  3D9Z A;  5JEP B;  1CNX A;  3M1W A;  3M98 A;  3M2X A;  3SBI A;  4YGN A;  4Q06 A;  4Q07 A;  1ZH9 A;  4YGJ A;  4XFW A;  4BF6 A;  1OKN A;  3D0N A;  3S76 A;  3M5E A;  4WR7 A;  1CAJ A;  5SZ3 A;  3RZ7 A;  5AMG A;  1BNT A;  2IT4 A;  4YXU A;  1HCB A;  4DZ9 A;  3M5T A;  4Z1E A;  3DC3 A;  3S72 B;  4FU5 A;  4XZ5 A;  2WEH A;  4G0C A;  1DMY A;  1MOO A;  1CVE A; 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1ZSAA

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