2AX2 | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__570432983319064__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__570432983319064__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2ax2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__570432983319064__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"570432983319064","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2ax2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__570432983319064__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfca24de0f6540cec760c5d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfca24de0f6540cec760c5d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfca24de0f6540cec760c5d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfca24de0f6540cec760c5d/pdb.gz): 374 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Production and X-ray crystallographic analysis of fully deuterated human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase II
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	77
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2005-09-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2ax2A00

1RJ5A 3MNAA 1HEBA 1ZGEA 5BRWA 3M98A 3U47A 3OYSA 4HEZA 4KP5A 4PZHA 5EH8A 4QJMA 4R59A 4QJXA 3DVBA 1G6VA 4G7AA 3DA2A 5G0BA 4WW8A 3HS4A 3EFIA 3RZ1B 1LZVA 1ZSCA 1KWQA 4CQ0A 3T85A 1RZEA 1YDBA 4KUYA 2Q1BA 4WUPA 4Q83A 5FNMA 2CBBA 4HT2A 1FQRA 1I8ZA 5FLQA 3P4VA 1URTA 3RG4A 4G0CA 4MTYA 4QK2A 4Q9YA 3IBIA 4N0XB 3V3HB 1CVEA 1CAOA 1CNWA 3OYQA 2HFWA 3MHCA 3T5ZA 4X5SA 5FL5A 2POUA 4CNRA 4E3DA 4Y0JA 1KEQA 3RZ0B 4CA2A 4RIVA 2ABEA 3HKNA 4FVOA 3GZ0A 1ZE8A 3IBUA 3CZVA 3M2XA 5EKHA 2NNGA 4Q09A 1CANA 2FW4A 1LG6A 3C7PA 1CCUA 3ML2A 1BNTA 4MDLA 5DSIA 4IDRX 3KOKA 3S78B 1CNGA 3MWOA 1RZDA 4MLTA 4TWLA 3K7KA 4E4AA 5CLUA 1A42A 6CA2A 3W6HA 5IPZA 3SBIA 4ITPA 1G4OA 2POVA 3DC9A 1FLJA 1UGCA 3T84A 1OKNA 1HCBA 1CAIA 5EKJA 5E2KA 3P3JA 5FNKA 4QEFA 3RZ5A 3U3AX 3K2FA 1CVCA 4E5QA 3M2NA 5EHWA 3MHMA 4LP6A 1BZMA 2FOQA 3KONA 3OILA 4LHIA 3V5GA 1HECA 1OQ5A 4YWPA 5FLTA 1BNMA 3K34A 2NXSA 3ZP9A 3OIKA 4ZWXA 4Q8YA 12CAA 1CNKA 5AMLA 2WD3A 2NWPA 3CA2A 1HUGA 1CNXA 5DSNA 4RUZA 4XIWA 1CCSA 5SZ5A 4Q7SA 4DZ9A 1CAKA 4PYXA 1DCAA 5BRVA 4N16A 3DV7A 2FNMA 3HKQA 4KNMA 5SZ6A 1I9OA 4QTLA 1IF9A 3MYQA 5JG5B 4M2UA 4QSJA 2NXRA 1I9NA 5FL6A 2CBDA 3M2ZA 1Z93A 5C8IA 3LXEA 4KNIA 3S71B 4ZAOA 2CBAA 1G0EA 2WEGA 3M40A 1CVBA 2F14A 4JSZA 4JSSA 3DD8A 5FLOA 3M04A 4K0TA 4FPTA 3N2PA 4ITOA 5DOHA 4MDGA 1CVHA 3RYJB 3M67A 4WL4A 3D8WA 3EFTA 2FOSA 5E5UA 4Q87A 1G48A 3MNJA 3N0NA 1G53A 4PXXA 1BNNA 4FU5A 1FQMA 4QSIA 3CAJA 4L5UA 1LUGA 3UYQA 1DMXA 4E3FA 3FW3A 2FOVA 4RUXA 5FNLA 1CCTA 3JXFA 5E2RA 2ILIA 5JQTA 3CYUA 3NI5A 5E5RA 3KS3A 2QOAA 4R5BA 5DOGA 4YXUA 4Q7PA 4ZX1A 2NNSA 3RGEA 4M2RA 1UGBA 4Q78A 3S72B 3BL0A 1OKMA 2NXTA 3D92A 3F7UA 3M96A 1H9QA 3MZCA 3DCCA 3TVNX 2VVAX 4E9OX 4ZWZA 4Q06A 1YDDA 5CA2A 5DSMA 3S8XA 2X7SA 1ZFKA 4COQA 3FE4A 3RG3A 5CACA 5EOIA 3P55A 2AX2A 4HU1A 1IF5A 4Z1KA 4YVYA 4ZWYA 5BRUA 5L3OA 1TG9A 4DZ7A 1KOPA 4Z1NA 5SZ1A 4Q81A 1G4JA 2NN7A 1AVNA 1CAMA 1BV3A 1I9PA 1CNJA 1TG3A 2NNVA 4Q99A 3S9TA 3DVCA 2HNCA 4RIUA 1BN3A 4Q8ZA 3KOIA 5E2SA 3SAXA 3T5UA 3NB5A 1TBTX 4YYTA 4HF3A 4KP8A 4YGFA 2X7TA 4KNJA 3U7CA 1YO0A 3PJJA 4PYYA 4QY3A 1JV0A 4XZ5A 5G03A 1TEUX 3P3HA 3F7BA 3MHIA 4L5VA 4KUWA 4ZWIA 5JGSB 1XQ0A 1FQLA 1ZGFA 3DBUA 3RYVB 1UGFA 3VBDA 1H4NA 3JXGA 3MNUA 4YGNA 4QSAA 3P5LA 3M5SA 3UYNA 1G45A 1RZAA 2NMXA 4HEYA 1RZCA 2EZ7A 3N3JA 3SBHA 1TB0X 3MNHA 1MUAA 4RFCA 3B1BA 1HCAA 3PYKA 1RAZA 1Z97A 3M1QA 4YGLA 1CNIA 1YDAA 1AM6A 1J9WA 4HBAA 3T82A 4FIKA 1CNYA 3S77B 3SAPA 5FL4A 2HKKA 5EH7A 4FVNA 4QJ0A 1ZSBA 9CA2A 4YHAA 3KWAA 1T9NA 5AMGA 3MHOA 3M1JA 1IF7A 1UGAA 5E28A 4E49A 4YX4A 1BICA 4PQ7A 3M5EA 5L6KA 4RN4A 3F8EA 5DRSA 1I9MA 3R16A 3R17B 5EH5A 1CILA 1RAYA 4TWMA 3V2MA 3RLDA 5EHEA 2W2JA 1V9EA 2HOCA 1BCDA 4Z0QA 1Y7WA 2NNOA 4JS6A 1CVDA 1BNUA 5JQ0A 2NWOA 1UGDA 2POWA 8CA2A 1CVFA 1F2WA 1AZMA 3RYXB 3OKUA 3D93A 5DSQA 5DSRA 4RH2A 3W6IA 2FMGA 1CIMA 4ZX0A 3S73B 1ZSAA 4KNNA 2NN1A 1BN4A 3HLJA 4QIZA 2Q1QA 1RJ6A 5EHVA 3Q31A 4Q08A 3HKUA 3IBLA 4MDMA 1CNBA 5JEPB 2OSFA 3QYKA 5FDIA 3HFPA 1CNHA 4CACA 1TH9A 3OKVA 1IF6A 2HD6A 3DD0A 4Z1JA 4FL7A 4IWZA 1FSNA 3JXHC 4K0SA 2FOYA 3MMFA 1CRMA 3KKXA 1CAHA 4Q49A 4QK1A 2WEJA 3DC3A 4WW6A 4YGJA 5FNIA 1DCBA 4MO8A 5EIJA 1TEQX 1CAJA 1ZNCA 3P44A 4CNWA 2CA2A 5LMDA 3OIMA 4KUVA 5E2NA 3S74B 4E3HA 2O4ZA 1TTMA 4RUYA 1I90A 3V2JA 2FOUA 1FR7A 4UOVA 3D0NA 3V3GB 2QO8A 4Q6DA 2H15A 1JCZA 2FNNA 5JESB 3U45X 4XIXA 3RYZA 1IF4A 1FR4A 1ZFQA 2CABA 3BL1A 1HEDA 3MDZA 1H9NA 5EZTX 5SZ0A 5E2MA 4Q6EA 5DSPA 4YGKA 1CALA 3M5TA 2QP6A 3IBNA 1YO2A 3MNIA 5SZ3A 4CNVA 2CBEA 5FDCA 3V3FA 3S76A 7CA2A 1CAYA 1G1DA 1XEGA 2WEHA 3N4BA 3RZ8A 4ETQC 5SZ2A 5JEHB 1CA2A 3L14A 2FNKA 2AW1A 4QK3A 4QJWA 3B4FA 3IEOA 4RFDA 5DVXA 1THKA 1CINA 4BF6A 4JSWA 1IF8A 5SZ7A 3IGPA 5DSJA 2Q38A 1LG5A 4JSAA 4MLXA 1I9LA 1JD0A 2H4NA 3V7XA 3RJ7A 3ML5A 4QIYA 1CAZA 1G54A 1CA3A 1XPZA 4Q8XA 4K0ZA 2HL4A 4BF1A 4E3GA 3D9ZA 2GEHA 1FSRA 2GD8A 5AMDA 3ZNCA 1HVAA 4Q7VA 3M3XA 4QJOA 3MHLA 4BCWA 1MOOA 2IT4A 1G0FA 5FNGA 5G0CA 1G3ZA 4YXOA 3S75B 4C3TA 3RZ7A 1BNQA 1BN1A 1BNWA 4Q7WA 4QJPA 1EOUA 5BYIA 3HKTA 2WD2A 3M2YA 4Z1EA 2ZNCA 3V3JA 5FNHA 3P5AA 2EU2A 4QSBA 5FLRA 3S97A 4LU3A 3M14A 4XE1A 5JDVB 1DMYA 5DSOA 1OKLA 1LGDA 4M2WA 4HT0A 1FQNA 4Q0LA 1CVAA 1HEAA 1YO1A 4ILXA 4XFWA 4YXIA 1HUHA 3TMJA 1FSQA 3MNKA 3DCWA 3RYYA 4CNXA 4KV0A 5HPJA 1I91A 1RZBA 4Q07A 3T83A 3BETA 1XEVA 1Z9YA 3DVDA 2CBCA 3PO6A 5A6HA 3OY0A 4L5WA 1V9IC 3M1KA 3KNEA 3FFPX 2EU3A 3TVOX 2WEOA 1UGGA 5DSKA 3NJ9A 5EKMA 1G46A 2OSMA 4K13A 2VVBX 1KOQA 3DCSA 4HEWA 1CZMA 5FNJA 4FRCA 3V3IB 4R5AA 5JGTB 2NWYA 5CJFA 5G01A 3DAZA 1CRAA 5JG3B 2FMZA 4KAPA 1YDCA 1I9QA 5A25A 1G52A 3M1WA 3P58A 4GL1X 5SZ4A 5FLPA 2X7UA 4WR7A 3KLDB 5J8ZA 4Q90A 2NWZA 3F4XA 5FLSA 3KIGA 4K1QA 1TE3X 4WUQA 1ZH9A 1UGEA 3IAIA 5BNLA 4M2VA 1BNVA 5DSLA 1KWRA 5JEGB 1CNCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RJ5 A;  3MNA A;  1HEB A;  1ZGE A;  5BRW A;  3M98 A;  3U47 A;  3OYS A;  4HEZ A;  4KP5 A;  4PZH A;  5EH8 A;  4QJM A;  4R59 A;  4QJX A;  3DVB A;  1G6V A;  4G7A A;  3DA2 A;  5G0B A;  4WW8 A;  3HS4 A;  3EFI A;  3RZ1 B;  1LZV A;  1ZSC A;  1KWQ A;  4CQ0 A;  3T85 A;  1RZE A;  1YDB A;  4KUY A;  2Q1B A;  4WUP A;  4Q83 A;  5FNM A;  2CBB A;  4HT2 A;  1FQR A;  1I8Z A;  5FLQ A;  3P4V A;  1URT A;  3RG4 A;  4G0C A;  4MTY A;  4QK2 A;  4Q9Y A;  3IBI A;  4N0X B;  3V3H B;  1CVE A;  1CAO A;  1CNW A;  3OYQ A;  2HFW A;  3MHC A;  3T5Z A;  4X5S A;  5FL5 A;  2POU A;  4CNR A;  4E3D A;  4Y0J A;  1KEQ A;  3RZ0 B;  4CA2 A;  4RIV A;  2ABE A;  3HKN A;  4FVO A;  3GZ0 A;  1ZE8 A;  3IBU A;  3CZV A;  3M2X A;  5EKH A;  2NNG A;  4Q09 A;  1CAN A;  2FW4 A;  1LG6 A;  3C7P A;  1CCU A;  3ML2 A;  1BNT A;  4MDL A;  5DSI A;  4IDR X;  3KOK A;  3S78 B;  1CNG A;  3MWO A;  1RZD A;  4MLT A;  4TWL A;  3K7K A;  4E4A A;  5CLU A;  1A42 A;  6CA2 A;  3W6H A;  5IPZ A;  3SBI A;  4ITP A;  1G4O A;  2POV A;  3DC9 A;  1FLJ A;  1UGC A;  3T84 A;  1OKN A;  1HCB A;  1CAI A;  5EKJ A;  5E2K A;  3P3J A;  5FNK A;  4QEF A;  3RZ5 A;  3U3A X;  3K2F A;  1CVC A;  4E5Q A;  3M2N A;  5EHW A;  3MHM A;  4LP6 A;  1BZM A;  2FOQ A;  3KON A;  3OIL A;  4LHI A;  3V5G A;  1HEC A;  1OQ5 A;  4YWP A;  5FLT A;  1BNM A;  3K34 A;  2NXS A;  3ZP9 A;  3OIK A;  4ZWX A;  4Q8Y A;  12CA A;  1CNK A;  5AML A;  2WD3 A;  2NWP A;  3CA2 A;  1HUG A;  1CNX A;  5DSN A;  4RUZ A;  4XIW A;  1CCS A;  5SZ5 A;  4Q7S A;  4DZ9 A;  1CAK A;  4PYX A;  1DCA A;  5BRV A;  4N16 A;  3DV7 A;  2FNM A;  3HKQ A;  4KNM A;  5SZ6 A;  1I9O A;  4QTL A;  1IF9 A;  3MYQ A;  5JG5 B;  4M2U A;  4QSJ A;  2NXR A;  1I9N A;  5FL6 A;  2CBD A;  3M2Z A;  1Z93 A;  5C8I A;  3LXE A;  4KNI A;  3S71 B;  4ZAO A;  2CBA A;  1G0E A;  2WEG A;  3M40 A;  1CVB A;  2F14 A;  4JSZ A;  4JSS A;  3DD8 A;  5FLO A;  3M04 A;  4K0T A;  4FPT A;  3N2P A;  4ITO A;  5DOH A;  4MDG A;  1CVH A;  3RYJ B;  3M67 A;  4WL4 A;  3D8W A;  3EFT A;  2FOS A;  5E5U A;  4Q87 A;  1G48 A;  3MNJ A;  3N0N A;  1G53 A;  4PXX A;  1BNN A;  4FU5 A;  1FQM A;  4QSI A;  3CAJ A;  4L5U A;  1LUG A;  3UYQ A;  1DMX A;  4E3F A;  3FW3 A;  2FOV A;  4RUX A;  5FNL A;  1CCT A;  3JXF A;  5E2R A;  2ILI A;  5JQT A;  3CYU A;  3NI5 A;  5E5R A;  3KS3 A;  2QOA A;  4R5B A;  5DOG A;  4YXU A;  4Q7P A;  4ZX1 A;  2NNS A;  3RGE A;  4M2R A;  1UGB A;  4Q78 A;  3S72 B;  3BL0 A;  1OKM A;  2NXT A;  3D92 A;  3F7U A;  3M96 A;  1H9Q A;  3MZC A;  3DCC A;  3TVN X;  2VVA X;  4E9O X;  4ZWZ A;  4Q06 A;  1YDD A;  5CA2 A;  5DSM A;  3S8X A;  2X7S A;  1ZFK A;  4COQ A;  3FE4 A;  3RG3 A;  5CAC A;  5EOI A;  3P55 A;  2AX2 A;  4HU1 A;  1IF5 A;  4Z1K A;  4YVY A;  4ZWY A;  5BRU A;  5L3O A;  1TG9 A;  4DZ7 A;  1KOP A;  4Z1N A;  5SZ1 A;  4Q81 A;  1G4J A;  2NN7 A;  1AVN A;  1CAM A;  1BV3 A;  1I9P A;  1CNJ A;  1TG3 A;  2NNV A;  4Q99 A;  3S9T A;  3DVC A;  2HNC A;  4RIU A;  1BN3 A;  4Q8Z A;  3KOI A;  5E2S A;  3SAX A;  3T5U A;  3NB5 A;  1TBT X;  4YYT A;  4HF3 A;  4KP8 A;  4YGF A;  2X7T A;  4KNJ A;  3U7C A;  1YO0 A;  3PJJ A;  4PYY A;  4QY3 A;  1JV0 A;  4XZ5 A;  5G03 A;  1TEU X;  3P3H A;  3F7B A;  3MHI A;  4L5V A;  4KUW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2AX2A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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