2CAB | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	WGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNQDRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__766862749288222__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__766862749288222__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2cab/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__766862749288222__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"766862749288222","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2cab/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__766862749288222__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydro-lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structure, refinement, and function of carbonic anhydrase isozymes: refinement of human carbonic anhydrase I pubmed rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE FORM B
total genus	75
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1983-10-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2cabA00

1V9IC 1HECA 12CAA 5DSNA 4L5UA 4BCWA 1FSQA 3OIMA 1CCSA 3QYKA 3M2XA 5SZ1A 4BF1A 2W2JA 4RFCA 5LMDA 4YYTA 2FOUA 5DSJA 4QJPA 5E2RA 4YXUA 3S8XA 5FL5A 5SZ6A 4ZWIA 1IF4A 2WEHA 2QOAA 1KWRA 3KS3A 5E2SA 2CA2A 1CA3A 1BNUA 3M2YA 3P3HA 3ML5A 3MNJA 4Q7WA 1G4JA 4ZWYA 5FDIA 1T9NA 1URTA 3M96A 3V3IB 3F7UA 1KOPA 3M5EA 2OSFA 5FNIA 5FLSA 2FNMA 4Q8XA 4QJOA 5A25A 4JSZA 1FQMA 5J8ZA 4KNIA 1CVFA 1KEQA 2F14A 4XIXA 3MZCA 3K2FA 4R5BA 4WUPA 5JESB 3V3FA 4RIUA 1YO1A 4KV0A 1Y7WA 1IF8A 5EH7A 3CYUA 1CNGA 5FLPA 1AM6A 1LZVA 5EOIA 1LG6A 3P4VA 2WEGA 4KP5A 4KP8A 1AVNA 3M5SA 3M3XA 5AMGA 4CACA 3JXFA 3TVNX 3M1KA 1G3ZA 5C8IA 1Z9YA 3S9TA 4Y0JA 1FSRA 4ZAOA 3MNUA 1TG9A 3MNKA 1RJ5A 1XEGA 3L14A 3S73B 4QSJA 1UGBA 2EU3A 4YGKA 4Q49A 5EKHA 2WEJA 3M1WA 1TG3A 3MHLA 1UGDA 4KUVA 3T84A 2POUA 4ITPA 4YWPA 1FQNA 4CNXA 1YDBA 1I90A 3DA2A 4LU3A 4ETQC 4HEYA 3T85A 1G4OA 1TEQX 3HKNA 2AX2A 2FW4A 3P3JA 1G0EA 1BNQA 3M04A 4ZX0A 1OKNA 2Q1QA 2OSMA 5E5RA 9CA2A 3R16A 5DRSA 1I91A 4PXXA 3EFIA 3V2JA 4C3TA 4Q87A 3K7KA 4MLTA 1F2WA 1Z97A 3W6IA 1YDAA 3RZ5A 1UGEA 3PO6A 1BZMA 4KNJA 1LGDA 4QK3A 1I8ZA 1I9NA 1RZDA 2FMZA 4TWMA 1CAZA 3FW3A 4Q08A 3R17B 4Q8YA 2GEHA 2ILIA 1MUAA 2X7SA 3MNIA 3V3JA 1MOOA 2NWPA 4HT0A 1DCBA 3W6HA 1YO2A 4Z0QA 2CBAA 1DMYA 3FE4A 5JGTB 1HUHA 1OKLA 4YHAA 3F4XA 3JXHC 3VBDA 1CNWA 1CVEA 4FPTA 2EZ7A 1G48A 3RYJB 4K0ZA 4YGJA 5SZ7A 4Q09A 1BICA 4FVOA 5DSRA 4UOVA 1CNBA 2HNCA 4RUYA 1FQLA 3ZNCA 1TEUX 4YGFA 3S78B 5FLTA 3CA2A 1THKA 4MDLA 5EIJA 2Q1BA 4RN4A 4Q99A 3RZ0B 4KNMA 3N3JA 3RZ8A 4RFDA 2HL4A 3OKVA 3KOIA 3K34A 1CRMA 2NN1A 2NNGA 4PQ7A 1TTMA 1XQ0A 4N0XB 3M1QA 5DSLA 4Q0LA 3SBIA 3V5GA 1JD0A 4K0SA 3RG3A 5FNKA 3DCSA 3JXGA 5DOHA 1RZCA 1CNXA 2Q38A 4R5AA 3NI5A 2X7TA 6CA2A 4LP6A 1CAYA 4MLXA 8CA2A 5FNLA 3RYYA 5JG3B 4IDRX 3HFPA 2WD2A 4ITOA 4XE1A 4QJMA 3GZ0A 3N0NA 3DAZA 3RJ7A 3OKUA 2HD6A 3DV7A 4RH2A 3DD0A 4ILXA 5FLOA 5BRWA 4MDGA 2NNOA 1CAJA 1ZFKA 2FOYA 3MNAA 4R59A 3B4FA 4X5SA 3M1JA 4E49A 2NNSA 3RGEA 2WEOA 5FL4A 3OYSA 4E3GA 1G1DA 3OYQA 2WD3A 1CCTA 3N4BA 2IT4A 5JEGB 5SZ0A 4E9OX 1CAIA 5JQ0A 4QJWA 1RAZA 1CVHA 5DSKA 4CNVA 1FQRA 5EKJA 1I9QA 3Q31A 4Z1KA 4Q90A 1H9NA 2QP6A 3HS4A 4QJ0A 3IBNA 1ZSBA 5E2NA 1I9OA 1ZGEA 3IBIA 4QIYA 3D8WA 3M5TA 3F8EA 5EHEA 2NWZA 3MHIA 3P55A 3KIGA 4YVYA 4M2UA 2HOCA 2FNKA 1KOQA 1V9EA 1BN3A 1CNYA 5EZTX 5JEHB 3KLDB 4QIZA 5JG5B 1TH9A 4YGNA 1G53A 3D9ZA 4Q8ZA 3P58A 1A42A 4K0TA 5CLUA 5SZ3A 3S74B 3KKXA 4G0CA 3BETA 4JS6A 1CIMA 3V3GB 5EHVA 4FVNA 5JGSB 4YGLA 3PJJA 4Z1NA 1CCUA 5G0BA 4HT2A 3M14A 4YXIA 1RZAA 3RZ7A 3M98A 2FOQA 4TWLA 3ML2A 5L3OA 5FLQA 2CBCA 1RJ6A 2CBBA 3S75B 3DBUA 4CA2A 3DC3A 1ZGFA 3MYQA 4BF6A 3M67A 3N2PA 4YXOA 4Z1JA 4ZX1A 1TBTX 5G01A 3P5LA 1KWQA 4FU5A 5BNLA 3IGPA 4LHIA 3KOKA 4PZHA 4HEWA 4Q78A 5FL6A 1I9PA 4JSWA 1XEVA 2NXTA 5AMLA 1IF6A 1FSNA 4QK2A 5FLRA 4HBAA 1G52A 2QO8A 5A6HA 1CNHA 2FOSA 1ZNCA 4XZ5A 3DVCA 1CAMA 1CRAA 1CINA 4WUQA 5BYIA 5SZ5A 3U3AX 3KONA 1HEBA 3PYKA 3MWOA 4E4AA 1DCAA 3OIKA 3F7BA 5FDCA 3S72B 3DCCA 1RZEA 5DSPA 3HLJA 5EH5A 1IF5A 4FIKA 4XFWA 4QK1A 3RYXB 1ZH9A 3HKUA 3MNHA 4QJXA 4KUWA 5E2MA 3S77B 5AMDA 1BNWA 4RUXA 1I9LA 1CNKA 2POVA 3T83A 4HU1A 3OY0A 4XIWA 2ABEA 5JQTA 2HKKA 4QTLA 4E3FA 1G6VA 1CANA 4Q81A 3V3HB 1CA2A 4M2WA 2FOVA 4JSSA 1CAKA 1UGAA 4KNNA 3TVOX 1JV0A 1RAYA 3MDZA 3IBUA 3S71B 4HEZA 1HCBA 3SBHA 4Q07A 1J9WA 3OILA 3HKTA 4YX4A 4Q7PA 2VVAX 1CZMA 5G0CA 3RG4A 3CZVA 1TB0X 4E3HA 3UYNA 1YDDA 3DD8A 5DSOA 4HF3A 4Q6EA 5FNGA 2NWYA 3P5AA 4E3DA 1BV3A 4Q06A 3T5UA 3RYZA 1H4NA 4K13A 1BNNA 3DVDA 3V2MA 2POWA 4N16A 4DZ7A 1LG5A 2NN7A 5EHWA 2FMGA 4GL1X 3DVBA 4L5VA 1IF9A 2HFWA 1RZBA 1OKMA 2X7UA 1BNTA 4MO8A 3M2ZA 1HCAA 2NNVA 4L5WA 1CAHA 5DSQA 3MMFA 5JEPB 3SAPA 1I9MA 4M2VA 4PYXA 3S76A 1IF7A 2O4ZA 5BRUA 4QSIA 2NXRA 1FR7A 1CAOA 1CALA 3NJ9A 4WW8A 3P44A 3FFPX 4MTYA 1TE3X 4Q7SA 1BNVA 3MHCA 4CQ0A 1CNIA 1FLJA 3KWAA 5CJFA 2GD8A 1OQ5A 1BN1A 3LXEA 3DC9A 3RLDA 5SZ2A 2NWOA 5DSMA 1HEAA 1UGFA 4QSAA 3B1BA 5HPJA 2FNNA 4KUYA 4PYYA 3C7PA 4CNWA 5CACA 3D92A 3RYVB 3MHOA 3T82A 1CILA 4QY3A 5E5UA 3M2NA 4WW6A 5FNHA 1EOUA 4DZ9A 1CVCA 1G54A 2AW1A 5FNJA 3UYQA 1UGCA 5DVXA 4FL7A 3U7CA 4RUZA 4E5QA 1CVAA 5E28A 1BN4A 3HKQA 1CNJA 1G0FA 5BRVA 1YO0A 1BNMA 3NB5A 7CA2A 3RZ1B 4G7AA 4WR7A 4Z1EA 1CNCA 4Q83A 3DCWA 1BCDA 1HEDA 4ZWXA 4CNRA 3T5ZA 1HVAA 3TMJA 4Q6DA 1ZFQA 2CBDA 2ZNCA 4MDMA 4M2RA 1DMXA 2H4NA 1CVBA 5EH8A 1Z93A 3D93A 3U45X 3SAXA 4KAPA 5E2KA 5L6KA 2NXSA 1CVDA 1JCZA 3IEOA 2CABA 2NMXA 4JSAA 1FR4A 2VVBX 5G03A 5IPZA 1ZE8A 5JDVB 3ZP9A 5EKMA 3M40A 2H15A 4QSBA 4WL4A 3BL1A 3D0NA 1UGGA 3EFTA 3V7XA 3BL0A 1LUGA 5DOGA 5CA2A 5FNMA 4ZWZA 1ZSAA 3MHMA 4RIVA 3IBLA 4COQA 2EU2A 1XPZA 5SZ4A 3S97A 3CAJA 4FRCA 1HUGA 1G45A 4Q7VA 4K1QA 3KNEA 4Q9YA 1G46A 1H9QA 5DSIA 1YDCA 3IAIA 1AZMA 4QEFA 3U47A 4IWZA 2CBEA 1ZSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V9I C;  1HEC A;  12CA A;  5DSN A;  4L5U A;  4BCW A;  1FSQ A;  3OIM A;  1CCS A;  3QYK A;  3M2X A;  5SZ1 A;  4BF1 A;  2W2J A;  4RFC A;  5LMD A;  4YYT A;  2FOU A;  5DSJ A;  4QJP A;  5E2R A;  4YXU A;  3S8X A;  5FL5 A;  5SZ6 A;  4ZWI A;  1IF4 A;  2WEH A;  2QOA A;  1KWR A;  3KS3 A;  5E2S A;  2CA2 A;  1CA3 A;  1BNU A;  3M2Y A;  3P3H A;  3ML5 A;  3MNJ A;  4Q7W A;  1G4J A;  4ZWY A;  5FDI A;  1T9N A;  1URT A;  3M96 A;  3V3I B;  3F7U A;  1KOP A;  3M5E A;  2OSF A;  5FNI A;  5FLS A;  2FNM A;  4Q8X A;  4QJO A;  5A25 A;  4JSZ A;  1FQM A;  5J8Z A;  4KNI A;  1CVF A;  1KEQ A;  2F14 A;  4XIX A;  3MZC A;  3K2F A;  4R5B A;  4WUP A;  5JES B;  3V3F A;  4RIU A;  1YO1 A;  4KV0 A;  1Y7W A;  1IF8 A;  5EH7 A;  3CYU A;  1CNG A;  5FLP A;  1AM6 A;  1LZV A;  5EOI A;  1LG6 A;  3P4V A;  2WEG A;  4KP5 A;  4KP8 A;  1AVN A;  3M5S A;  3M3X A;  5AMG A;  4CAC A;  3JXF A;  3TVN X;  3M1K A;  1G3Z A;  5C8I A;  1Z9Y A;  3S9T A;  4Y0J A;  1FSR A;  4ZAO A;  3MNU A;  1TG9 A;  3MNK A;  1RJ5 A;  1XEG A;  3L14 A;  3S73 B;  4QSJ A;  1UGB A;  2EU3 A;  4YGK A;  4Q49 A;  5EKH A;  2WEJ A;  3M1W A;  1TG3 A;  3MHL A;  1UGD A;  4KUV A;  3T84 A;  2POU A;  4ITP A;  4YWP A;  1FQN A;  4CNX A;  1YDB A;  1I90 A;  3DA2 A;  4LU3 A;  4ETQ C;  4HEY A;  3T85 A;  1G4O A;  1TEQ X;  3HKN A;  2AX2 A;  2FW4 A;  3P3J A;  1G0E A;  1BNQ A;  3M04 A;  4ZX0 A;  1OKN A;  2Q1Q A;  2OSM A;  5E5R A;  9CA2 A;  3R16 A;  5DRS A;  1I91 A;  4PXX A;  3EFI A;  3V2J A;  4C3T A;  4Q87 A;  3K7K A;  4MLT A;  1F2W A;  1Z97 A;  3W6I A;  1YDA A;  3RZ5 A;  1UGE A;  3PO6 A;  1BZM A;  4KNJ A;  1LGD A;  4QK3 A;  1I8Z A;  1I9N A;  1RZD A;  2FMZ A;  4TWM A;  1CAZ A;  3FW3 A;  4Q08 A;  3R17 B;  4Q8Y A;  2GEH A;  2ILI A;  1MUA A;  2X7S A;  3MNI A;  3V3J A;  1MOO A;  2NWP A;  4HT0 A;  1DCB A;  3W6H A;  1YO2 A;  4Z0Q A;  2CBA A;  1DMY A;  3FE4 A;  5JGT B;  1HUH A;  1OKL A;  4YHA A;  3F4X A;  3JXH C;  3VBD A;  1CNW A;  1CVE A;  4FPT A;  2EZ7 A;  1G48 A;  3RYJ B;  4K0Z A;  4YGJ A;  5SZ7 A;  4Q09 A;  1BIC A;  4FVO A;  5DSR A;  4UOV A;  1CNB A;  2HNC A;  4RUY A;  1FQL A;  3ZNC A;  1TEU X;  4YGF A;  3S78 B;  5FLT A;  3CA2 A;  1THK A;  4MDL A;  5EIJ A;  2Q1B A;  4RN4 A;  4Q99 A;  3RZ0 B;  4KNM A;  3N3J A;  3RZ8 A;  4RFD A;  2HL4 A;  3OKV A;  3KOI A;  3K34 A;  1CRM A;  2NN1 A;  2NNG A;  4PQ7 A;  1TTM A;  1XQ0 A;  4N0X B;  3M1Q A;  5DSL A;  4Q0L A;  3SBI A;  3V5G A;  1JD0 A;  4K0S A;  3RG3 A;  5FNK A;  3DCS A;  3JXG A;  5DOH A;  1RZC A;  1CNX A;  2Q38 A;  4R5A A;  3NI5 A;  2X7T A;  6CA2 A;  4LP6 A;  1CAY A;  4MLX A;  8CA2 A;  5FNL A;  3RYY A;  5JG3 B;  4IDR X;  3HFP A;  2WD2 A;  4ITO A;  4XE1 A;  4QJM A;  3GZ0 A;  3N0N A;  3DAZ A;  3RJ7 A;  3OKU A;  2HD6 A;  3DV7 A;  4RH2 A;  3DD0 A;  4ILX A;  5FLO A;  5BRW A;  4MDG A;  2NNO A;  1CAJ A;  1ZFK A;  2FOY A;  3MNA A;  4R59 A;  3B4F A;  4X5S A;  3M1J A;  4E49 A;  2NNS A;  3RGE A;  2WEO A;  5FL4 A;  3OYS A;  4E3G A;  1G1D A;  3OYQ A;  2WD3 A;  1CCT A;  3N4B A;  2IT4 A;  5JEG B;  5SZ0 A;  4E9O X;  1CAI A;  5JQ0 A;  4QJW A;  1RAZ A;  1CVH A;  5DSK A;  4CNV A;  1FQR A;  5EKJ A;  1I9Q A;  3Q31 A;  4Z1K A;  4Q90 A;  1H9N A;  2QP6 A;  3HS4 A;  4QJ0 A;  3IBN A;  1ZSB A;  5E2N A;  1I9O A;  1ZGE A;  3IBI A;  4QIY A;  3D8W A;  3M5T A;  3F8E A;  5EHE A;  2NWZ A;  3MHI A;  3P55 A;  3KIG A;  4YVY A;  4M2U A;  2HOC A;  2FNK A;  1KOQ A;  1V9E A;  1BN3 A;  1CNY A;  5EZT X;  5JEH B;  3KLD B;  4QIZ A;  5JG5 B;  1TH9 A;  4YGN A;  1G53 A;  3D9Z A;  4Q8Z A;  3P58 A;  1A42 A;  4K0T A;  5CLU A;  5SZ3 A;  3S74 B;  3KKX A;  4G0C A;  3BET A;  4JS6 A;  1CIM A;  3V3G B;  5EHV A;  4FVN A;  5JGS B;  4YGL A;  3PJJ A;  4Z1N A;  1CCU A;  5G0B A;  4HT2 A;  3M14 A;  4YXI A;  1RZA A;  3RZ7 A;  3M98 A;  2FOQ A;  4TWL A;  3ML2 A;  5L3O A;  5FLQ A;  2CBC A;  1RJ6 A;  2CBB A;  3S75 B;  3DBU A;  4CA2 A;  3DC3 A;  1ZGF A;  3MYQ A;  4BF6 A;  3M67 A;  3N2P A;  4YXO A;  4Z1J A;  4ZX1 A;  1TBT X;  5G01 A;  3P5L A;  1KWQ A;  4FU5 A;  5BNL A;  3IGP A;  4LHI A;  3KOK A;  4PZH A;  4HEW A;  4Q78 A;  5FL6 A;  1I9P A;  4JSW A;  1XEV A;  2NXT A;  5AML A;  1IF6 A;  1FSN A;  4QK2 A;  5FLR A;  4HBA A;  1G52 A;  2QO8 A;  5A6H A;  1CNH A;  2FOS A;  1ZNC A;  4XZ5 A;  3DVC A;  1CAM A; 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2CABA

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Chain Sequence

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