2CBE | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0844150733355646__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0844150733355646__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2cbe/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0844150733355646__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0844150733355646","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2cbe/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0844150733355646__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfcc188be3d686e3379c760/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfcc188be3d686e3379c760/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfcc188be3d686e3379c760/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfcc188be3d686e3379c760/pdb.gz): 1076 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of native and apo carbonic anhydrase II and structure of some of its anion-ligand complexes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE II
molecule tags	Lyase(oxo-acid)
source organism	Homo sapiens
total genus	79
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	1992-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2cbeA00

5FLPA 1KWQA 1TTMA 1HCAA 2FW4A 4K1QA 4PQ7A 3T5ZA 1RZCA 5CLUA 3CA2A 3M2NA 5DSPA 1CANA 4KNMA 1XPZA 5E2MA 4G7AA 4QJPA 1G3ZA 5BRWA 3M1QA 3OYSA 4N0XB 4CNRA 5HPJA 1CCTA 3S76A 4Q49A 4BF6A 1IF6A 1FQRA 4X5SA 1AM6A 1BN1A 5E2SA 1LG5A 5CACA 1RAZA 4E3DA 3T82A 5G0CA 2EU3A 2GEHA 2GD8A 4R5AA 1CNWA 1ZSCA 4KP8A 3Q31A 3F7UA 2HFWA 4Q08A 4E3HA 4HT0A 3FW3A 2F14A 4QSIA 4MDMA 2X7SA 1BNQA 5AMDA 1ZFKA 2HL4A 5DSOA 1Z93A 2POVA 1BNWA 4KUYA 5FL6A 4JSWA 4BCWA 4E3GA 1YO0A 3S73B 3CYUA 1DMXA 3N0NA 4WL4A 5AMGA 4YGKA 2Q1BA 1FR4A 3DVCA 4Q99A 3RYZA 3KOIA 4L5UA 3M5SA 4E49A 3RJ7A 4E5QA 3RLDA 4HF3A 4RUXA 1CVEA 1TH9A 3KNEA 1G46A 4QJMA 4WUQA 1G54A 1CAYA 3PYKA 4QTLA 3P44A 4QJOA 4QJ0A 3OYQA 8CA2A 4YXUA 3C7PA 3KWAA 2NWYA 2FOVA 5EOIA 3T5UA 3MWOA 1ZH9A 3F4XA 3D9ZA 5EKJA 4WR7A 3D0NA 5EHVA 4Q87A 3EFTA 3JXHC 3M40A 5G03A 4QK1A 1CNIA 4LP6A 1YDCA 5FLQA 1I90A 2CBBA 2POWA 4XZ5A 1HEBA 3HKTA 4E4AA 5SZ4A 1BN4A 12CAA 4K0SA 1FQMA 2NXRA 1UGCA 3CZVA 4Z0QA 3M1WA 3S72B 4K0TA 3RGEA 2NXTA 5FLOA 2ILIA 4L5WA 4HEWA 1CNXA 5DSRA 4Q07A 1I9PA 4CQ0A 4M2WA 3W6IA 2AW1A 5BYIA 4Q8YA 3ZNCA 1CINA 1CNKA 3IBUA 3SBIA 5JQ0A 4KNIA 3TVNX 1H9NA 3VBDA 1IF5A 2NNOA 1YO2A 1CVHA 1CAZA 3P55A 3N2PA 3M5TA 3S74B 4WW6A 4M2RA 1T9NA 5E2RA 5L3OA 5SZ3A 3KKXA 1HEAA 1FR7A 3ML2A 1G4JA 3IGPA 3K34A 5EHWA 3S8XA 1RZEA 3NI5A 4KNNA 3NB5A 3OILA 4HEZA 5FNGA 5SZ5A 5JGSB 1CZMA 1TG3A 4XIWA 4MTYA 3V3JA 2NXSA 5A6HA 4FVNA 3U3AX 3P5AA 3V7XA 1KOPA 3EFIA 2HNCA 5FLSA 4M2UA 1IF8A 4FPTA 1ZSAA 1CVDA 1BNNA 4FU5A 4ZWIA 1G6VA 6CA2A 1RZDA 4HBAA 3DCWA 1CVBA 4RIVA 5JEHB 1CRMA 3M2ZA 4Q7PA 3HKUA 3M3XA 3D92A 3D93A 1YDAA 1ZFQA 1KEQA 1I9NA 5EZTX 4RN4A 1CVAA 1LZVA 4E3FA 3MDZA 1TBTX 4Z1NA 3K2FA 4HU1A 4XIXA 3GZ0A 5JEGB 2H4NA 4QK3A 5FNIA 3UYQA 4YX4A 3RZ1B 5BNLA 3HS4A 5FLTA 2CA2A 3DC3A 3RYJB 3DA2A 5FDCA 1HVAA 2NN7A 1ZNCA 5EKHA 3JXGA 3V5GA 3UYNA 3KONA 3M04A 4RFDA 5DOGA 1AZMA 3F8EA 2ZNCA 2FOSA 4KV0A 5A25A 4Q83A 1BCDA 3FE4A 3DVDA 1Z9YA 2X7UA 1RZAA 4QIZA 1LGDA 4YXIA 3M98A 4QY3A 4ZWYA 5JGTB 3RZ0B 3JXFA 1KOQA 3PO6A 4C3TA 4LHIA 4DZ7A 3HLJA 1LUGA 1G52A 1CA3A 3D8WA 4PYYA 4RH2A 5AMLA 5FNLA 3IBLA 5LMDA 2VVBX 3OKUA 4ZAOA 2WD3A 3U47A 1CCSA 4CACA 3B1BA 3V3FA 3M67A 1I9MA 2VVAX 3P3JA 5CJFA 7CA2A 3MNHA 1EOUA 2FMZA 4KUVA 1XEVA 2CABA 3ML5A 5E2KA 3MHIA 5EHEA 1CNJA 3S71B 2X7TA 5SZ6A 1LG6A 5G01A 2NNGA 3OIKA 1J9WA 2FOQA 2NNVA 5FL5A 1I9QA 4ZX0A 1F2WA 1CAJA 1G4OA 5E5UA 9CA2A 1CNGA 3HKNA 1OQ5A 1TG9A 4YGJA 1G45A 3DCCA 4ZWZA 4JS6A 5IPZA 1BICA 4Q8ZA 4TWLA 2CBAA 3P3HA 3DV7A 1CIMA 5SZ1A 4YGLA 3M2XA 4QJXA 3RYXB 4XFWA 4YGFA 1BNMA 1G0FA 3KLDB 3F7BA 2NWOA 3MMFA 3V3GB 1DCBA 2OSFA 3MYQA 1H9QA 5DSIA 3DD0A 3RZ7A 5JG5B 4PZHA 4IWZA 3RYVB 5SZ0A 1RAYA 1HUGA 3N4BA 5E28A 3RG3A 4FL7A 3P58A 3S78B 1CAKA 5EKMA 3T83A 3L14A 4Q6EA 3BETA 4Q9YA 1G1DA 3M5EA 4Q6DA 4RFCA 1I8ZA 1MOOA 1IF7A 1BNTA 4FIKA 3T84A 3ZP9A 2CBCA 1CRAA 3K7KA 4YGNA 3NJ9A 4RUZA 1G0EA 3RG4A 5EH8A 4Q7WA 1CAHA 3S9TA 1CILA 4KAPA 1RJ5A 3U7CA 2CBDA 2NWZA 5JESB 3V2JA 3KIGA 2NN1A 4LU3A 2WEOA 3MNKA 1Z97A 1BN3A 3DD8A 1FSRA 3KOKA 2EU2A 1CALA 4JSZA 1XEGA 4YVYA 3MHOA 1ZE8A 4KNJA 4FVOA 4ILXA 5JEPB 4PYXA 1DMYA 5DSJA 1OKMA 1V9IC 2EZ7A 5DVXA 3IBIA 3BL0A 4Q8XA 3HFPA 4HEYA 1XQ0A 3MNAA 3R17B 4KP5A 3HKQA 4MLXA 1ZSBA 5FDIA 2WEGA 4XE1A 4IDRX 4YYTA 3P5LA 1CNHA 3DAZA 1JCZA 1JV0A 3SAXA 5SZ2A 5JG3B 2HD6A 1HCBA 1YO1A 3OY0A 3IEOA 2FNKA 3FFPX 1UGBA 4PXXA 3RYYA 1RZBA 1KWRA 3U45X 1FQLA 1HUHA 4QSAA 1UGFA 2W2JA 4Z1JA 3TMJA 3MZCA 4GL1X 1HECA 3M14A 1G53A 1HEDA 2NMXA 3B4FA 3MHMA 3T85A 4WUPA 3R16A 1UGGA 4DZ9A 1CNBA 1BNUA 4ZWXA 4YHAA 1FSQA 3S75B 5FNMA 1ZGFA 1TB0X 4CA2A 4COQA 4MDGA 4Q7SA 1CVCA 5E5RA 1CNYA 1I9LA 2QO8A 4TWMA 5SZ7A 3MNIA 5CA2A 2Q38A 1MUAA 1UGEA 2NNSA 1A42A 4Z1EA 4K0ZA 1TEUX 3MHLA 1TEQX 5JDVB 1BZMA 4Q06A 3RZ5A 4ITPA 4Q09A 5EH5A 2POUA 2NWPA 5FL4A 1JD0A 3DCSA 3M96A 5FNJA 1I91A 1OKNA 1TE3X 4Q0LA 3M2YA 4Y0JA 5FLRA 3SBHA 3LXEA 5DSNA 3RZ8A 2QOAA 3DVBA 1FSNA 4N16A 2IT4A 1YDBA 4KUWA 4ZX1A 4ITOA 2FOUA 3V3IB 5EH7A 3S97A 1CAOA 1CAMA 2WEHA 4Q7VA 2H15A 4ETQC 4QEFA 4Q78A 5DOHA 4E9OX 5DSLA 5DSKA 5L6KA 1FQNA 5BRVA 5G0BA 2FOYA 2HKKA 1Y7WA 3DBUA 4HT2A 3MHCA 4RIUA 2FNMA 3CAJA 3N3JA 4RUYA 4QJWA 4MO8A 3PJJA 3W6HA 4Q81A 4M2VA 4WW8A 2QP6A 2OSMA 1OKLA 5DSMA 1YDDA 2O4ZA 4G0CA 1G48A 4UOVA 4QK2A 1BV3A 4K13A 4CNVA 3M1KA 4L5VA 1V9EA 4YWPA 3MNUA 2WD2A 4Q90A 2FMGA 1CA2A 3KS3A 3QYKA 5DRSA 3S77B 3IBNA 5FNHA 5BRUA 1CVFA 3V3HB 1CAIA 1AVNA 1IF9A 3IAIA 1DCAA 2CBEA 3OIMA 5EIJA 1UGDA 1BNVA 4BF1A 1THKA 1I9OA 2Q1QA 3DC9A 4MDLA 4QIYA 3SAPA 1URTA 3M1JA 3TVOX 1UGAA 5JQTA 4R59A 3V2MA 1RJ6A 4FRCA 2AX2A 2WEJA 3OKVA 4R5BA 2ABEA 3BL1A 1FLJA 2HOCA 4Z1KA 4JSSA 4JSAA 4QSBA 2FNNA 5J8ZA 1IF4A 5DSQA 1H4NA 4CNWA 5C8IA 1ZGEA 4MLTA 1CNCA 3MNJA 3P4VA 4QSJA 1CCUA 5FNKA 4CNXA 4YXOA 5E2NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FLP A;  1KWQ A;  1TTM A;  1HCA A;  2FW4 A;  4K1Q A;  4PQ7 A;  3T5Z A;  1RZC A;  5CLU A;  3CA2 A;  3M2N A;  5DSP A;  1CAN A;  4KNM A;  1XPZ A;  5E2M A;  4G7A A;  4QJP A;  1G3Z A;  5BRW A;  3M1Q A;  3OYS A;  4N0X B;  4CNR A;  5HPJ A;  1CCT A;  3S76 A;  4Q49 A;  4BF6 A;  1IF6 A;  1FQR A;  4X5S A;  1AM6 A;  1BN1 A;  5E2S A;  1LG5 A;  5CAC A;  1RAZ A;  4E3D A;  3T82 A;  5G0C A;  2EU3 A;  2GEH A;  2GD8 A;  4R5A A;  1CNW A;  1ZSC A;  4KP8 A;  3Q31 A;  3F7U A;  2HFW A;  4Q08 A;  4E3H A;  4HT0 A;  3FW3 A;  2F14 A;  4QSI A;  4MDM A;  2X7S A;  1BNQ A;  5AMD A;  1ZFK A;  2HL4 A;  5DSO A;  1Z93 A;  2POV A;  1BNW A;  4KUY A;  5FL6 A;  4JSW A;  4BCW A;  4E3G A;  1YO0 A;  3S73 B;  3CYU A;  1DMX A;  3N0N A;  4WL4 A;  5AMG A;  4YGK A;  2Q1B A;  1FR4 A;  3DVC A;  4Q99 A;  3RYZ A;  3KOI A;  4L5U A;  3M5S A;  4E49 A;  3RJ7 A;  4E5Q A;  3RLD A;  4HF3 A;  4RUX A;  1CVE A;  1TH9 A;  3KNE A;  1G46 A;  4QJM A;  4WUQ A;  1G54 A;  1CAY A;  3PYK A;  4QTL A;  3P44 A;  4QJO A;  4QJ0 A;  3OYQ A;  8CA2 A;  4YXU A;  3C7P A;  3KWA A;  2NWY A;  2FOV A;  5EOI A;  3T5U A;  3MWO A;  1ZH9 A;  3F4X A;  3D9Z A;  5EKJ A;  4WR7 A;  3D0N A;  5EHV A;  4Q87 A;  3EFT A;  3JXH C;  3M40 A;  5G03 A;  4QK1 A;  1CNI A;  4LP6 A;  1YDC A;  5FLQ A;  1I90 A;  2CBB A;  2POW A;  4XZ5 A;  1HEB A;  3HKT A;  4E4A A;  5SZ4 A;  1BN4 A;  12CA A;  4K0S A;  1FQM A;  2NXR A;  1UGC A;  3CZV A;  4Z0Q A;  3M1W A;  3S72 B;  4K0T A;  3RGE A;  2NXT A;  5FLO A;  2ILI A;  4L5W A;  4HEW A;  1CNX A;  5DSR A;  4Q07 A;  1I9P A;  4CQ0 A;  4M2W A;  3W6I A;  2AW1 A;  5BYI A;  4Q8Y A;  3ZNC A;  1CIN A;  1CNK A;  3IBU A;  3SBI A;  5JQ0 A;  4KNI A;  3TVN X;  1H9N A;  3VBD A;  1IF5 A;  2NNO A;  1YO2 A;  1CVH A;  1CAZ A;  3P55 A;  3N2P A;  3M5T A;  3S74 B;  4WW6 A;  4M2R A;  1T9N A;  5E2R A;  5L3O A;  5SZ3 A;  3KKX A;  1HEA A;  1FR7 A;  3ML2 A;  1G4J A;  3IGP A;  3K34 A;  5EHW A;  3S8X A;  1RZE A;  3NI5 A;  4KNN A;  3NB5 A;  3OIL A;  4HEZ A;  5FNG A;  5SZ5 A;  5JGS B;  1CZM A;  1TG3 A;  4XIW A;  4MTY A;  3V3J A;  2NXS A;  5A6H A;  4FVN A;  3U3A X;  3P5A A;  3V7X A;  1KOP A;  3EFI A;  2HNC A;  5FLS A;  4M2U A;  1IF8 A;  4FPT A;  1ZSA A;  1CVD A;  1BNN A;  4FU5 A;  4ZWI A;  1G6V A;  6CA2 A;  1RZD A;  4HBA A;  3DCW A;  1CVB A;  4RIV A;  5JEH B;  1CRM A;  3M2Z A;  4Q7P A;  3HKU A;  3M3X A;  3D92 A;  3D93 A;  1YDA A;  1ZFQ A;  1KEQ A;  1I9N A;  5EZT X;  4RN4 A;  1CVA A;  1LZV A;  4E3F A;  3MDZ A;  1TBT X;  4Z1N A;  3K2F A;  4HU1 A;  4XIX A;  3GZ0 A;  5JEG B;  2H4N A;  4QK3 A;  5FNI A;  3UYQ A;  4YX4 A;  3RZ1 B;  5BNL A;  3HS4 A;  5FLT A;  2CA2 A;  3DC3 A;  3RYJ B;  3DA2 A;  5FDC A;  1HVA A;  2NN7 A;  1ZNC A;  5EKH A;  3JXG A;  3V5G A;  3UYN A;  3KON A;  3M04 A;  4RFD A;  5DOG A;  1AZM A;  3F8E A;  2ZNC A;  2FOS A;  4KV0 A;  5A25 A;  4Q83 A;  1BCD A;  3FE4 A;  3DVD A;  1Z9Y A;  2X7U A;  1RZA A;  4QIZ A;  1LGD A;  4YXI A;  3M98 A;  4QY3 A;  4ZWY A;  5JGT B;  3RZ0 B;  3JXF A;  1KOQ A;  3PO6 A;  4C3T A;  4LHI A;  4DZ7 A;  3HLJ A;  1LUG A;  1G52 A;  1CA3 A;  3D8W A;  4PYY A;  4RH2 A;  5AML A;  5FNL A;  3IBL A;  5LMD A;  2VVB X;  3OKU A;  4ZAO A;  2WD3 A;  3U47 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2CBEA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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