2EU2 | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__892008123035525__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__892008123035525__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2eu2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__892008123035525__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"892008123035525","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2eu2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__892008123035525__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfced34b014550d5621a74b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfced34b014550d5621a74b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfced34b014550d5621a74b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfced34b014550d5621a74b/pdb.gz): 551 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	X-ray crystallographic studies reveal that the incorporation of spacer groups in carbonic anhydrase inhibitors causes alternate binding modes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	74
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2005-10-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2eu2A00

4FRCA 3Q31A 4JS6A 2X7TA 5FLQA 5FL5A 5JGTB 3ML2A 1JD0A 4E3DA 4BF1A 4X5SA 4YGKA 4YYTA 1MUAA 4JSAA 1CVAA 2FNMA 1CNKA 3S71B 3PJJA 4KNJA 1CVFA 1CVDA 1FR7A 4Q07A 3T84A 5BRUA 4Q49A 3M67A 4Z1JA 1THKA 4IWZA 1Z9YA 2GEHA 2NWZA 4KNIA 1BZMA 4QK2A 4XIXA 3JXFA 3S97A 1CCUA 3BL0A 4WL4A 2H15A 5JQ0A 3LXEA 3M2XA 4Q81A 5DSNA 1FQNA 3CA2A 3M1JA 1LZVA 4YXIA 3MNAA 3RYYA 4QJOA 1DCBA 1UGAA 4MLTA 4QK3A 5SZ4A 3HKTA 4QJXA 1DMYA 5DSQA 3F8EA 5E28A 3U3AX 2WEOA 5G0CA 5L6KA 1J9WA 1RAZA 1HUHA 3V2MA 5EHWA 4CQ0A 3MWOA 4KP8A 3MNIA 2FOUA 9CA2A 1BN3A 3MNJA 1CINA 5FDCA 4HT2A 3RYVB 1HECA 3C7PA 4PYYA 3SBIA 5EHVA 4M2UA 2QO8A 5FLOA 1FR4A 1KWRA 1BICA 4BCWA 2CBCA 4R59A 3OIKA 4YXUA 5EKMA 3JXGA 1YO2A 5FLPA 3OKVA 4HBAA 2H4NA 3VBDA 1G52A 1ZSBA 4YGFA 5DSIA 2NWPA 3SBHA 4QEFA 3D9ZA 3MNKA 1CAKA 2NNOA 3RZ1B 1URTA 1CALA 2FNNA 1CANA 2HKKA 2NMXA 4L5UA 5DOGA 3SAXA 3KS3A 1ZFKA 2FOVA 1G4OA 2FOYA 3P44A 5FLSA 3S75B 5JESB 3KKXA 5JDVB 4CNRA 2ILIA 3S9TA 1TTMA 5SZ0A 1BN4A 1CNBA 5AMGA 1ZNCA 4PQ7A 1TB0X 4GL1X 4K13A 3T5ZA 4KUYA 5E2SA 4PZHA 4ZX0A 5EH8A 3IAIA 4PXXA 1YDAA 3DC9A 3CYUA 3R16A 1V9EA 4C3TA 3EFTA 3KONA 7CA2A 2WEJA 4KUWA 1IF5A 4YX4A 5E2RA 3R17B 3D0NA 1AZMA 1HCAA 3MHMA 4Q8YA 3NI5A 1G4JA 3B1BA 3M3XA 5FNKA 5FLTA 3M98A 3RLDA 1AM6A 3OKUA 3S78B 3V3JA 3P4VA 1I9OA 4Q99A 5EOIA 3RJ7A 2Q38A 3KLDB 1CNHA 1LGDA 2FOQA 2CBEA 3U47A 1BNQA 5BRWA 3P3HA 4E3HA 1Z97A 3IGPA 1RJ6A 1I9LA 1CVEA 4WUPA 3MHOA 1RJ5A 1CAIA 1DCAA 1FSQA 4RUYA 5DSKA 1CAJA 1FSNA 4QJWA 3M2NA 5SZ7A 4QSBA 1T9NA 1I91A 4Q7VA 3T82A 3D8WA 4ZX1A 3MHCA 1RAYA 3HKQA 4FPTA 2GD8A 1TH9A 4TWLA 5DSRA 3IBNA 4QJMA 1UGBA 3DVDA 4RH2A 2EU3A 3DD8A 3IBIA 3M96A 4E3FA 2QP6A 3CAJA 1IF8A 4K0ZA 5G03A 4MDMA 3P5AA 4XFWA 3DCWA 3TMJA 1KOQA 3DVCA 4Z1KA 3IBUA 3S76A 3EFIA 1RZCA 2FOSA 5FL6A 4WW8A 4ZWXA 2ZNCA 1CA2A 4Q09A 5DVXA 3SAPA 1G6VA 3DCSA 4Q7SA 5IPZA 4FVOA 1KWQA 1YO1A 3ML5A 5JEGB 5SZ2A 4ZWZA 4FIKA 4IDRX 2WEGA 2IT4A 4MDLA 4KV0A 4ZAOA 5JQTA 5SZ5A 3T83A 4CNWA 5AMLA 2POUA 3DVBA 2EZ7A 4QK1A 4QSJA 4LHIA 1V9IC 4MTYA 2NNGA 4ZWIA 4XIWA 5JG3B 3M5EA 4MDGA 1BN1A 4E5QA 2AX2A 4Q8XA 2CA2A 4Y0JA 2O4ZA 1HVAA 5EHEA 4CA2A 4YXOA 3DA2A 2FMZA 5HPJA 4RFDA 4KUVA 5LMDA 2WD3A 5G0BA 4ETQC 4KP5A 2WEHA 1ZSAA 4RIUA 1CNWA 3D93A 1CIMA 4RN4A 2HOCA 3V5GA 3BL1A 2Q1QA 1CA3A 1UGCA 4K0SA 1H4NA 4K0TA 2NN7A 4L5WA 5E5RA 4CACA 4DZ7A 4ILXA 3K2FA 4ITPA 4Z1NA 1I9PA 1XEVA 3OILA 1YO0A 2Q1BA 4HEZA 2NNVA 1CAZA 2X7UA 5FNMA 3P5LA 2NWOA 2AW1A 3T85A 1G48A 2W2JA 5CA2A 2POVA 1TG3A 3RG3A 2QOAA 1CZMA 2ABEA 4QJPA 3V3IB 3M14A 3OY0A 3OYQA 3S74B 3RYJB 3P58A 1H9QA 1BNVA 4LP6A 1G54A 1BCDA 3M1WA 4Z0QA 1XPZA 3HLJA 4Q08A 3FE4A 1UGDA 4KNMA 4E4AA 4QSAA 2HL4A 4Q8ZA 4M2RA 4Q7PA 3PYKA 1AVNA 3IBLA 4Q83A 1BNUA 5C8IA 2EU2A 4MO8A 4PYXA 4CNVA 1TEUX 3FW3A 4WUQA 5CJFA 1G3ZA 2CBDA 3TVNX 1FQLA 1G1DA 4QSIA 2CABA 1MOOA 3M40A 3M2ZA 3M1KA 1FLJA 3HKUA 4XE1A 4JSWA 1ZGFA 1ZFQA 3MMFA 4YGLA 4M2VA 5A25A 1RZAA 1FQMA 5E2KA 3MNHA 3MHIA 3N4BA 3DD0A 4Q87A 1HEDA 1CRMA 1RZBA 3MHLA 1BV3A 5L3OA 4COQA 1G46A 4KAPA 1DMXA 4HU1A 3T5UA 1CNGA 1CVBA 3V3FA 1CNIA 3D92A 3NB5A 3S8XA 1JCZA 1FSRA 1ZE8A 5DOHA 3MDZA 4LU3A 5FNHA 4Q0LA 1TBTX 3M5TA 4CNXA 5BYIA 1CAYA 4Q6EA 5E2NA 3N0NA 2POWA 4R5AA 3FFPX 2NXTA 2VVAX 4E49A 4QJ0A 3RGEA 3ZNCA 1YDBA 1Y7WA 1OQ5A 1CCSA 2NXRA 4RIVA 3V7XA 1CCTA 4Z1EA 5DSLA 3KOIA 4Q7WA 3MNUA 1HEBA 2FNKA 5EKJA 1TG9A 3B4FA 2CBAA 2OSMA 5EZTX 3UYQA 3V2JA 3IEOA 1BNMA 1CVHA 1YDCA 3V3GB 3GZ0A 1RZDA 3KNEA 1CAOA 1I9QA 1CNCA 4FL7A 5DRSA 5BRVA 1CAHA 1CAMA 3OIMA 2OSFA 4YVYA 4HF3A 5FDIA 5E5UA 1LG5A 2HD6A 3DV7A 5DSJA 3S72B 4R5BA 5BNLA 1BNNA 1Z93A 4WW6A 4ZWYA 4FU5A 1I9MA 3RZ0B 1ZH9A 5EH5A 3DBUA 5CLUA 5DSPA 4UOVA 1G45A 3DC3A 5J8ZA 4QY3A 1I9NA 1ZSCA 5FNIA 1CVCA 1UGGA 3KOKA 3V3HB 3F4XA 4Q9YA 4KNNA 1G0EA 4FVNA 4MLXA 4Q06A 4Q6DA 4QIYA 5JEPB 3RZ8A 5JGSB 2NXSA 4Q90A 1UGEA 3HKNA 2FMGA 4HEYA 3DAZA 1IF7A 1H9NA 12CAA 1HUGA 2CBBA 4JSSA 5FL4A 5FNGA 3HS4A 1OKNA 4G0CA 3ZP9A 4RUZA 2NN1A 1TE3X 3K34A 5G01A 2VVBX 5SZ1A 1XEGA 4DZ9A 5FNJA 4N16A 4QTLA 5CACA 1CNXA 2NWYA 1LUGA 1A42A 3BETA 3S73B 5E2MA 1OKMA 1ZGEA 4YWPA 4YGNA 4E9OX 3JXHC 3P55A 1EOUA 3N2PA 4G7AA 5EKHA 3W6IA 1CILA 4QIZA 3DCCA 5EIJA 3TVOX 3KWAA 8CA2A 3P3JA 5EH7A 4L5VA 5DSMA 3MZCA 4HT0A 5SZ6A 4TWMA 1UGFA 3HFPA 1I8ZA 4E3GA 3M5SA 3M2YA 4N0XB 2FW4A 3M1QA 3L14A 4Q78A 1OKLA 5FNLA 3RZ5A 3U45X 1JV0A 1IF9A 3F7BA 2HNCA 2NNSA 1I90A 5SZ3A 3RYZA 1CNYA 2X7SA 4WR7A 1KEQA 1HCBA 1G0FA 4K1QA 3K7KA 3RYXB 5DSOA 6CA2A 5JEHB 3N3JA 3W6HA 5JG5B 2HFWA 3RG4A 1RZEA 5AMDA 1F2WA 3CZVA 3PO6A 3M04A 4BF6A 1FQRA 1YDDA 1HEAA 3OYSA 3RZ7A 3QYKA 1G53A 1CNJA 3UYNA 4YHAA 1BNTA 4HEWA 5FLRA 4XZ5A 4M2WA 1KOPA 1CRAA 1IF6A 4ITOA 3NJ9A 3U7CA 1TEQX 4RUXA 2F14A 3F7UA 2WD2A 5A6HA 4JSZA 1BNWA 1IF4A 3KIGA 4RFCA 3S77B 1XQ0A 3MYQA 1LG6A 4YGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRC A;  3Q31 A;  4JS6 A;  2X7T A;  5FLQ A;  5FL5 A;  5JGT B;  3ML2 A;  1JD0 A;  4E3D A;  4BF1 A;  4X5S A;  4YGK A;  4YYT A;  1MUA A;  4JSA A;  1CVA A;  2FNM A;  1CNK A;  3S71 B;  3PJJ A;  4KNJ A;  1CVF A;  1CVD A;  1FR7 A;  4Q07 A;  3T84 A;  5BRU A;  4Q49 A;  3M67 A;  4Z1J A;  1THK A;  4IWZ A;  1Z9Y A;  2GEH A;  2NWZ A;  4KNI A;  1BZM A;  4QK2 A;  4XIX A;  3JXF A;  3S97 A;  1CCU A;  3BL0 A;  4WL4 A;  2H15 A;  5JQ0 A;  3LXE A;  3M2X A;  4Q81 A;  5DSN A;  1FQN A;  3CA2 A;  3M1J A;  1LZV A;  4YXI A;  3MNA A;  3RYY A;  4QJO A;  1DCB A;  1UGA A;  4MLT A;  4QK3 A;  5SZ4 A;  3HKT A;  4QJX A;  1DMY A;  5DSQ A;  3F8E A;  5E28 A;  3U3A X;  2WEO A;  5G0C A;  5L6K A;  1J9W A;  1RAZ A;  1HUH A;  3V2M A;  5EHW A;  4CQ0 A;  3MWO A;  4KP8 A;  3MNI A;  2FOU A;  9CA2 A;  1BN3 A;  3MNJ A;  1CIN A;  5FDC A;  4HT2 A;  3RYV B;  1HEC A;  3C7P A;  4PYY A;  3SBI A;  5EHV A;  4M2U A;  2QO8 A;  5FLO A;  1FR4 A;  1KWR A;  1BIC A;  4BCW A;  2CBC A;  4R59 A;  3OIK A;  4YXU A;  5EKM A;  3JXG A;  1YO2 A;  5FLP A;  3OKV A;  4HBA A;  2H4N A;  3VBD A;  1G52 A;  1ZSB A;  4YGF A;  5DSI A;  2NWP A;  3SBH A;  4QEF A;  3D9Z A;  3MNK A;  1CAK A;  2NNO A;  3RZ1 B;  1URT A;  1CAL A;  2FNN A;  1CAN A;  2HKK A;  2NMX A;  4L5U A;  5DOG A;  3SAX A;  3KS3 A;  1ZFK A;  2FOV A;  1G4O A;  2FOY A;  3P44 A;  5FLS A;  3S75 B;  5JES B;  3KKX A;  5JDV B;  4CNR A;  2ILI A;  3S9T A;  1TTM A;  5SZ0 A;  1BN4 A;  1CNB A;  5AMG A;  1ZNC A;  4PQ7 A;  1TB0 X;  4GL1 X;  4K13 A;  3T5Z A;  4KUY A;  5E2S A;  4PZH A;  4ZX0 A;  5EH8 A;  3IAI A;  4PXX A;  1YDA A;  3DC9 A;  3CYU A;  3R16 A;  1V9E A;  4C3T A;  3EFT A;  3KON A;  7CA2 A;  2WEJ A;  4KUW A;  1IF5 A;  4YX4 A;  5E2R A;  3R17 B;  3D0N A;  1AZM A;  1HCA A;  3MHM A;  4Q8Y A;  3NI5 A;  1G4J A;  3B1B A;  3M3X A;  5FNK A;  5FLT A;  3M98 A;  3RLD A;  1AM6 A;  3OKU A;  3S78 B;  3V3J A;  3P4V A;  1I9O A;  4Q99 A;  5EOI A;  3RJ7 A;  2Q38 A;  3KLD B;  1CNH A;  1LGD A;  2FOQ A;  2CBE A;  3U47 A;  1BNQ A;  5BRW A;  3P3H A;  4E3H A;  1Z97 A;  3IGP A;  1RJ6 A;  1I9L A;  1CVE A;  4WUP A;  3MHO A;  1RJ5 A;  1CAI A;  1DCA A;  1FSQ A;  4RUY A;  5DSK A;  1CAJ A;  1FSN A;  4QJW A;  3M2N A;  5SZ7 A;  4QSB A;  1T9N A;  1I91 A;  4Q7V A;  3T82 A;  3D8W A;  4ZX1 A;  3MHC A;  1RAY A;  3HKQ A;  4FPT A;  2GD8 A;  1TH9 A;  4TWL A;  5DSR A;  3IBN A;  4QJM A;  1UGB A;  3DVD A;  4RH2 A;  2EU3 A;  3DD8 A;  3IBI A;  3M96 A;  4E3F A;  2QP6 A;  3CAJ A;  1IF8 A;  4K0Z A;  5G03 A;  4MDM A;  3P5A A;  4XFW A;  3DCW A;  3TMJ A;  1KOQ A;  3DVC A;  4Z1K A;  3IBU A;  3S76 A;  3EFI A;  1RZC A;  2FOS A;  5FL6 A;  4WW8 A;  4ZWX A;  2ZNC A;  1CA2 A;  4Q09 A;  5DVX A;  3SAP A;  1G6V A;  3DCS A;  4Q7S A;  5IPZ A;  4FVO A;  1KWQ A;  1YO1 A;  3ML5 A;  5JEG B;  5SZ2 A;  4ZWZ A;  4FIK A;  4IDR X;  2WEG A;  2IT4 A;  4MDL A;  4KV0 A;  4ZAO A;  5JQT A;  5SZ5 A;  3T83 A;  4CNW A;  5AML A;  2POU A;  3DVB A;  2EZ7 A;  4QK1 A;  4QSJ A;  4LHI A;  1V9I C;  4MTY A;  2NNG A;  4ZWI A;  4XIW A;  5JG3 B;  3M5E A;  4MDG A;  1BN1 A;  4E5Q A;  2AX2 A;  4Q8X A;  2CA2 A;  4Y0J A;  2O4Z A;  1HVA A;  5EHE A;  4CA2 A;  4YXO A;  3DA2 A;  2FMZ A;  5HPJ A; 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2EU2A

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Chain Sequence

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