2HNC | Genus

Total Genus 74

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6763724220462963__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6763724220462963__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2hnc/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6763724220462963__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6763724220462963","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2hnc/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6763724220462963__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd249079a9a72ad1456ba8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd249079a9a72ad1456ba8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd249079a9a72ad1456ba8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd249079a9a72ad1456ba8/pdb.gz): 340 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Carbonic anhydrase inhibitors: X-ray crystallographic studies for the binding of 5-amino-1,3,4-thiadiazole-2-sulfonamide and 5-(4-amino-3-chloro-5-fluorophenylsulfonamido)-1,3,4-thiadiazole-2-sulfonamide to human isoform II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
total genus	74
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2006-07-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2hncA00

5E5UA 5DSPA 4JSSA 5DSMA 3MNJA 1YO2A 5G01A 5A6HA 4KAPA 3M1WA 4QEFA 2FOQA 2CBCA 4RIUA 4BF1A 1FLJA 3P4VA 5BRVA 1JV0A 2NWYA 4ZWIA 3MHLA 4R59A 4QSJA 5FNLA 3HKUA 1TBTX 1V9EA 1YO0A 1KOQA 1CA2A 3GZ0A 4ITPA 4N16A 4Q87A 1BNVA 1UGDA 2WEJA 3F8EA 3KKXA 1IF8A 1BNNA 1CVEA 2OSFA 4LU3A 4QSAA 2FOSA 4GL1X 1CRMA 3V3HB 4M2WA 4XZ5A 3S77B 1BNUA 3IBIA 4E3GA 3M2NA 4CACA 2FNNA 3PYKA 4HEYA 1CAMA 4YGLA 1BNWA 1CA3A 3ML5A 4E9OX 4WW8A 1FSQA 4ITOA 1JCZA 4DZ9A 1CAHA 1FSRA 5E2MA 3RZ1B 1G1DA 4HEZA 3W6IA 3OKVA 4CNVA 4RFDA 1CNGA 3HS4A 2WD2A 4QSBA 1TH9A 1I9LA 2ILIA 1RJ6A 1CNCA 4YGKA 4Z1JA 5E2KA 3MHIA 1ZFKA 4PQ7A 4E5QA 3M5EA 3U47A 2NXTA 4HF3A 1TG9A 1G6VA 5EKMA 5SZ4A 5AMLA 1CVFA 2FMGA 4ZAOA 3OIKA 1BICA 2HNCA 2NWPA 1CAJA 4Q81A 3HKNA 3PO6A 4IWZA 3HFPA 5DOHA 5DOGA 3V2MA 1FQRA 4PYYA 2CBBA 4RUYA 2NXRA 5FL4A 5FLOA 4RIVA 3V3JA 2Q1BA 3C7PA 4PZHA 2X7SA 4ZWXA 3BL0A 3M40A 4PYXA 4R5AA 3P58A 4CQ0A 4LP6A 1ZE8A 3CA2A 1KWRA 3R16A 3MHMA 4CNWA 4G0CA 2IT4A 8CA2A 4QJ0A 1ZSAA 3K2FA 2FNMA 4ZWYA 4Q8ZA 1CIMA 1FSNA 1RZCA 4YXUA 3RGEA 1IF7A 4MDGA 5J8ZA 5CLUA 2NN1A 3PJJA 4UOVA 3NJ9A 5EKHA 5DSRA 4HU1A 4HT2A 1TTMA 4RUXA 3RYZA 3S8XA 1HVAA 3DC3A 4YVYA 5JQTA 5BRWA 4WUQA 3MHOA 2X7TA 4QIZA 3DBUA 5JEHB 1LGDA 4MDMA 3RYVB 4G7AA 2FOYA 5EIJA 1H9NA 3B4FA 1I9OA 3HLJA 3CAJA 2X7UA 1BNTA 2NXSA 2Q38A 4FU5A 4KUYA 4M2RA 1FR7A 2NNGA 4IDRX 1AM6A 3W6HA 1H9QA 1ZSBA 3IBUA 3T82A 2HKKA 3T85A 2OSMA 4YGNA 4KP5A 3P3JA 1G52A 1T9NA 5DSOA 1CNXA 1UGCA 3S74B 5FNIA 4Q7SA 4WR7A 5FLPA 3KIGA 2CBEA 3OY0A 1KWQA 3S73B 1BN1A 1AVNA 5DRSA 4Q78A 4QJOA 4RFCA 3T5UA 1OQ5A 5DSIA 5SZ5A 3RZ5A 2CBAA 3V3GB 3BETA 5EHVA 1CILA 1CALA 3DD0A 3IBNA 1JD0A 1KOPA 2CA2A 3F7BA 4XIXA 5BRUA 4KNMA 5DSJA 1CANA 1CAIA 3M5SA 4Q6DA 4QJXA 5E5RA 5SZ3A 2W2JA 3OILA 3OKUA 1CINA 4K1QA 1HECA 3M2ZA 1BZMA 1DMXA 2WEOA 4PXXA 1CNJA 1I91A 1YDDA 4KNIA 3IGPA 5JG5B 5JQ0A 3DCCA 4X5SA 1UGBA 2GEHA 3V7XA 3M2XA 1CZMA 4FVOA 1I9NA 4ZX1A 3SAXA 3DVDA 1TE3X 4Q0LA 1CNBA 1IF6A 3S75B 2EZ7A 1BN3A 3M04A 3ML2A 1CVHA 1UGFA 1RZAA 4Q8YA 2HD6A 5SZ2A 5SZ0A 1XQ0A 3MWOA 3OYSA 4Q8XA 5CA2A 5FLTA 4Q49A 2QOAA 1CNHA 4CNXA 5E2SA 3M98A 3Q31A 4R5BA 3FW3A 3M96A 1HEAA 5SZ6A 2QO8A 1UGAA 3M5TA 4YGJA 5FNGA 1CAYA 1G4OA 4KNNA 3KONA 3OYQA 1FQLA 1G0EA 2NN7A 4K13A 4WW6A 3D0NA 4QK3A 3SAPA 3LXEA 3EFTA 4Z1KA 1THKA 6CA2A 3KOKA 4WL4A 3IBLA 1ZNCA 1RAZA 4YX4A 3D9ZA 5EH5A 1CNYA 3N2PA 1DCAA 3VBDA 2NNOA 4QK1A 2FNKA 1TEUX 3FE4A 2WD3A 4K0ZA 1BN4A 4COQA 3TVOX 5FNKA 4Z1EA 3S71B 2NWOA 2H4NA 4Q9YA 5FLRA 1G53A 5AMGA 4XFWA 4E3DA 3KLDB 5JDVB 1I9MA 3P3HA 1FR4A 3JXHC 5DSQA 3DC9A 3JXFA 3D93A 3U3AX 3MHCA 4L5VA 1CCUA 3TMJA 2NWZA 3KOIA 1J9WA 1I8ZA 1I9PA 4KNJA 5FLQA 4CA2A 3RZ7A 3RZ8A 3DVCA 4Q7PA 3M67A 5G0CA 2FW4A 3DV7A 4Q09A 3V3IB 2VVAX 3F7UA 3P44A 3FFPX 3V5GA 2FOUA 4LHIA 3DA2A 1LUGA 4JS6A 3S72B 1CVCA 4E49A 4ETQC 1G45A 3HKQA 4RH2A 3M1KA 5SZ7A 3N3JA 1ZSCA 5JGTB 1Y7WA 1RZEA 2FMZA 4M2VA 3UYNA 5E2NA 3DCSA 3RLDA 3K7KA 1G54A 2VVBX 2AX2A 3BL1A 1YDCA 4FPTA 1F2WA 4K0TA 5JG3B 3M2YA 1LZVA 1CNIA 1YDAA 4JSAA 3V3FA 4TWLA 1CCTA 1URTA 1UGGA 4RN4A 1BCDA 4C3TA 4YWPA 1DMYA 3RYXB 1ZGEA 4E3HA 1YO1A 4QTLA 4WUPA 4XE1A 2QP6A 5FNHA 2EU3A 4FRCA 4ILXA 4Q06A 4E4AA 5FLSA 3N0NA 3EFIA 3DD8A 4KV0A 5G0BA 4YYTA 3K34A 3P5LA 1CAKA 5E2RA 4E3FA 4Q07A 1A42A 3B1BA 5IPZA 4MDLA 3S78B 1XPZA 3MZCA 1I90A 5CJFA 1XEGA 2POUA 5AMDA 1CVBA 1IF4A 5FL5A 4TWMA 1MOOA 1MUAA 3U45X 1G4JA 4N0XB 5C8IA 2HOCA 4MLTA 1UGEA 2HFWA 4YHAA 3HKTA 3UYQA 3JXGA 3MMFA 3MNKA 3KS3A 3U7CA 3RYYA 1IF5A 4FVNA 3IEOA 3S97A 2O4ZA 1V9IC 1Z93A 5A25A 1TG3A 4M2UA 4QJWA 5FNJA 1I9QA 1IF9A 5LMDA 4MLXA 2GD8A 3KWAA 3MDZA 1HEBA 5FDIA 1H4NA 5BYIA 1LG5A 5EH8A 5G03A 3RG4A 4QY3A 3NI5A 4Q6EA 12CAA 2F14A 5DSLA 5SZ1A 2H15A 5FDCA 3ZNCA 4KUVA 5CACA 3MNUA 3NB5A 3S9TA 1ZFQA 4RUZA 5L3OA 1RZBA 4YXOA 3R17B 1EOUA 4QSIA 4ZX0A 4YGFA 5JEPB 1OKMA 4JSWA 1CVDA 3M1QA 2POWA 2ZNCA 3MNHA 5JESB 1RJ5A 1XEVA 3S76A 2CBDA 3F4XA 5JEGB 1DCBA 3V2JA 3P55A 3SBIA 1TB0X 3T84A 4Z1NA 4MO8A 1CRAA 7CA2A 5FL6A 2NMXA 1CCSA 3M1JA 4QK2A 4Q7WA 2FOVA 4Q99A 1BV3A 1Z9YA 3P5AA 5E28A 3ZP9A 3M14A 2EU2A 1BNMA 1HCAA 2NNVA 4JSZA 3DAZA 4MTYA 5DVXA 1ZGFA 5EH7A 4HT0A 1KEQA 9CA2A 5EKJA 1OKLA 3IAIA 1LG6A 5HPJA 1G48A 1CNWA 1CNKA 4CNRA 1HUGA 3RYJB 1G0FA 4XIWA 2WEGA 3MNAA 2POVA 5EHEA 4FIKA 2HL4A 2Q1QA 4QJMA 3QYKA 4BCWA 1HEDA 4L5UA 3CYUA 4QIYA 2WEHA 2AW1A 4ZWZA 3D8WA 5DSNA 1RAYA 1ZH9A 5JGSB 3OIMA 3N4BA 5EOIA 4QJPA 4KP8A 3T5ZA 1YDBA 3CZVA 1TEQX 3D92A 1Z97A 4K0SA 2CABA 4Q08A 3T83A 4FL7A 1AZMA 4YXIA 1G46A 3RJ7A 3SBHA 1FQNA 4Q7VA 1CAOA 4BF6A 1BNQA 3RZ0B 2ABEA 5L6KA 4Y0JA 3KNEA 1OKNA 3MNIA 4KUWA 4Q83A 2NNSA 5EHWA 1G3ZA 1HUHA 1HCBA 3L14A 4L5WA 3RG3A 3TVNX 4DZ7A 3M3XA 4Z0QA 1FQMA 4HBAA 3MYQA 1CVAA 5EZTX 1RZDA 3DCWA 4Q90A 5FNMA 4HEWA 1CAZA 5BNLA 5DSKA 3DVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E5U A;  5DSP A;  4JSS A;  5DSM A;  3MNJ A;  1YO2 A;  5G01 A;  5A6H A;  4KAP A;  3M1W A;  4QEF A;  2FOQ A;  2CBC A;  4RIU A;  4BF1 A;  1FLJ A;  3P4V A;  5BRV A;  1JV0 A;  2NWY A;  4ZWI A;  3MHL A;  4R59 A;  4QSJ A;  5FNL A;  3HKU A;  1TBT X;  1V9E A;  1YO0 A;  1KOQ A;  1CA2 A;  3GZ0 A;  4ITP A;  4N16 A;  4Q87 A;  1BNV A;  1UGD A;  2WEJ A;  3F8E A;  3KKX A;  1IF8 A;  1BNN A;  1CVE A;  2OSF A;  4LU3 A;  4QSA A;  2FOS A;  4GL1 X;  1CRM A;  3V3H B;  4M2W A;  4XZ5 A;  3S77 B;  1BNU A;  3IBI A;  4E3G A;  3M2N A;  4CAC A;  2FNN A;  3PYK A;  4HEY A;  1CAM A;  4YGL A;  1BNW A;  1CA3 A;  3ML5 A;  4E9O X;  4WW8 A;  1FSQ A;  4ITO A;  1JCZ A;  4DZ9 A;  1CAH A;  1FSR A;  5E2M A;  3RZ1 B;  1G1D A;  4HEZ A;  3W6I A;  3OKV A;  4CNV A;  4RFD A;  1CNG A;  3HS4 A;  2WD2 A;  4QSB A;  1TH9 A;  1I9L A;  2ILI A;  1RJ6 A;  1CNC A;  4YGK A;  4Z1J A;  5E2K A;  3MHI A;  1ZFK A;  4PQ7 A;  4E5Q A;  3M5E A;  3U47 A;  2NXT A;  4HF3 A;  1TG9 A;  1G6V A;  5EKM A;  5SZ4 A;  5AML A;  1CVF A;  2FMG A;  4ZAO A;  3OIK A;  1BIC A;  2HNC A;  2NWP A;  1CAJ A;  4Q81 A;  3HKN A;  3PO6 A;  4IWZ A;  3HFP A;  5DOH A;  5DOG A;  3V2M A;  1FQR A;  4PYY A;  2CBB A;  4RUY A;  2NXR A;  5FL4 A;  5FLO A;  4RIV A;  3V3J A;  2Q1B A;  3C7P A;  4PZH A;  2X7S A;  4ZWX A;  3BL0 A;  3M40 A;  4PYX A;  4R5A A;  3P58 A;  4CQ0 A;  4LP6 A;  1ZE8 A;  3CA2 A;  1KWR A;  3R16 A;  3MHM A;  4CNW A;  4G0C A;  2IT4 A;  8CA2 A;  4QJ0 A;  1ZSA A;  3K2F A;  2FNM A;  4ZWY A;  4Q8Z A;  1CIM A;  1FSN A;  1RZC A;  4YXU A;  3RGE A;  1IF7 A;  4MDG A;  5J8Z A;  5CLU A;  2NN1 A;  3PJJ A;  4UOV A;  3NJ9 A;  5EKH A;  5DSR A;  4HU1 A;  4HT2 A;  1TTM A;  4RUX A;  3RYZ A;  3S8X A;  1HVA A;  3DC3 A;  4YVY A;  5JQT A;  5BRW A;  4WUQ A;  3MHO A;  2X7T A;  4QIZ A;  3DBU A;  5JEH B;  1LGD A;  4MDM A;  3RYV B;  4G7A A;  2FOY A;  5EIJ A;  1H9N A;  3B4F A;  1I9O A;  3HLJ A;  3CAJ A;  2X7U A;  1BNT A;  2NXS A;  2Q38 A;  4FU5 A;  4KUY A;  4M2R A;  1FR7 A;  2NNG A;  4IDR X;  1AM6 A;  3W6H A;  1H9Q A;  1ZSB A;  3IBU A;  3T82 A;  2HKK A;  3T85 A;  2OSM A;  4YGN A;  4KP5 A;  3P3J A;  1G52 A;  1T9N A;  5DSO A;  1CNX A;  1UGC A;  3S74 B;  5FNI A;  4Q7S A;  4WR7 A;  5FLP A;  3KIG A;  2CBE A;  3OY0 A;  1KWQ A;  3S73 B;  1BN1 A;  1AVN A;  5DRS A;  4Q78 A;  4QJO A;  4RFC A;  3T5U A;  1OQ5 A;  5DSI A;  5SZ5 A;  3RZ5 A;  2CBA A;  3V3G B;  3BET A;  5EHV A;  1CIL A;  1CAL A;  3DD0 A;  3IBN A;  1JD0 A;  1KOP A;  2CA2 A;  3F7B A;  4XIX A;  5BRU A;  4KNM A;  5DSJ A;  1CAN A;  1CAI A;  3M5S A;  4Q6D A;  4QJX A;  5E5R A;  5SZ3 A;  2W2J A;  3OIL A;  3OKU A;  1CIN A;  4K1Q A;  1HEC A;  3M2Z A;  1BZM A;  1DMX A;  2WEO A;  4PXX A;  1CNJ A;  1I91 A;  1YDD A;  4KNI A;  3IGP A;  5JG5 B;  5JQ0 A;  3DCC A;  4X5S A;  1UGB A;  2GEH A;  3V7X A;  3M2X A;  1CZM A;  4FVO A;  1I9N A;  4ZX1 A;  3SAX A;  3DVD A;  1TE3 X;  4Q0L A;  1CNB A;  1IF6 A;  3S75 B;  2EZ7 A;  1BN3 A;  3M04 A;  3ML2 A;  1CVH A;  1UGF A;  1RZA A;  4Q8Y A;  2HD6 A;  5SZ2 A;  5SZ0 A;  1XQ0 A;  3MWO A;  3OYS A;  4Q8X A;  5CA2 A;  5FLT A;  4Q49 A;  2QOA A;  1CNH A;  4CNX A;  5E2S A;  3M98 A;  3Q31 A;  4R5B A;  3FW3 A;  3M96 A;  1HEA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2HNCA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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