2NMX | Genus

Total Genus 74

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	PDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEIINVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELHVAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNFDPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAVPMQHNNRPTQPLKGRTVRASF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__933788907677419__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__933788907677419__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2nmx/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__933788907677419__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"933788907677419","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2nmx/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__933788907677419__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural Analysis of Charge Discrimination in the Binding of Inhibitors to Human Carbonic Anhydrases I and II pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 1
total genus	74
structure length	258
sequence length	258
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2006-10-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2nmxA00

4Z1JA 4RUXA 4CNRA 1CVAA 1YDDA 5CACA 3RGEA 1BN1A 5DSPA 4JSSA 3DD0A 4FVOA 1DMYA 2FOUA 4FRCA 3W6HA 3S74B 5DRSA 3KKXA 3M1JA 1G48A 4M2UA 3MHOA 4Q7SA 1CINA 3T5UA 4M2VA 5J8ZA 1G52A 3DVDA 4MLXA 5SZ2A 1CNHA 4N0XB 2FMZA 2ABEA 3DVBA 4BF6A 1G4JA 4TWMA 5FNGA 3IBUA 1G1DA 2GD8A 5E5UA 4Q9YA 3DC3A 1KEQA 3V3GB 3M2XA 1I90A 3RYYA 4FPTA 2NXTA 5DSLA 1CAKA 4YWPA 1Z97A 3OYQA 1G4OA 3MHCA 2FOYA 2CBEA 4HT2A 2HFWA 4CA2A 3L14A 4G7AA 4QSAA 1KWRA 2WD2A 2HOCA 5FL5A 1I9MA 4Q78A 4Q09A 3MYQA 1XEVA 5FLQA 3M5SA 2NWZA 4BF1A 5JGSB 5FL4A 5CLUA 1CAMA 4ZWIA 4M2WA 3K2FA 4Q49A 5JEPB 3P55A 4G0CA 1DCBA 2CBAA 4CQ0A 4CACA 3DD8A 2X7SA 5C8IA 1FQMA 4YYTA 1ZE8A 3KS3A 1LG6A 3P3HA 1CAYA 1ZNCA 3T5ZA 5EZTX 4M2RA 4QJXA 3NI5A 3M96A 4XIWA 1CILA 1TG3A 1TB0X 1G0EA 1ZSBA 4XFWA 1H9NA 3MHLA 1CAJA 3OKUA 3RZ7A 2QO8A 3P58A 1IF7A 3RYVB 3MNIA 1RZBA 4KUYA 2FOSA 3P3JA 1IF8A 1CIMA 3D8WA 3MDZA 3N0NA 8CA2A 5FLPA 3F4XA 5BRWA 3MZCA 5EKMA 2NWYA 3DVCA 5EH5A 3M2ZA 3MHMA 1HUGA 1HVAA 3HKUA 4JSZA 4QK1A 4KV0A 3KWAA 1G6VA 3V3HB 2FOVA 1I9OA 3M2YA 1CNCA 1IF4A 3OKVA 5BYIA 4WUQA 7CA2A 4ZWXA 5JDVB 4E3FA 2EU3A 3MNAA 3RZ8A 4HEZA 3KIGA 1BNNA 4Q8XA 3KOIA 3OIKA 5CJFA 1CNJA 1TEQX 4YXUA 3TVOX 1BNVA 1J9WA 3U3AX 3DCCA 3S73B 3V2MA 3RYXB 3M40A 3P44A 3RG4A 5HPJA 1FSRA 5JQ0A 4Q6EA 5EH7A 3JXFA 1CAZA 1UGEA 3FW3A 5CA2A 4PZHA 1CA2A 5DSNA 2VVBX 3DAZA 3F8EA 4RUZA 4ZWZA 4E4AA 3HKQA 4RN4A 4Z1KA 3S78B 1CAIA 4JS6A 1BN4A 1BICA 3P4VA 4BCWA 5FNKA 5L6KA 1OQ5A 1RJ6A 4TWLA 3UYNA 2HNCA 1RZDA 2WEHA 3RJ7A 1FSQA 3F7BA 4LP6A 1IF9A 3DBUA 3RZ5A 2QOAA 5JGTB 4QJOA 3Q31A 2CA2A 2EZ7A 2Q1BA 2EU2A 2POVA 4MDLA 3RZ0B 5FNLA 6CA2A 1BCDA 1CRAA 4JSAA 2CBDA 5SZ0A 3RYJB 4QJWA 4GL1X 5FLOA 5FNJA 5L3OA 1FQRA 1RAYA 3FE4A 3PJJA 1CRMA 1CCTA 4IWZA 1BZMA 1FLJA 2FOQA 3S75B 1HEBA 1UGDA 4YXIA 5FNHA 1TE3X 4ETQC 3RLDA 1RAZA 3T85A 3HS4A 1XEGA 3TVNX 1G53A 3IAIA 1URTA 3HKNA 4K0TA 1G0FA 1I9QA 4WUPA 4ZX1A 3VBDA 3GZ0A 4ILXA 5JG3B 3KLDB 3NJ9A 5SZ4A 1ZSCA 3M14A 5G03A 2WEOA 1BN3A 4MDGA 3PO6A 1V9IC 5FLSA 1KOPA 2Q1QA 4KP5A 2O4ZA 5E2KA 1KOQA 2FNNA 3K7KA 3KNEA 3T82A 1CA3A 1T9NA 4Q83A 5E2RA 4YGNA 2NNSA 1V9EA 4QSIA 3V2JA 2IT4A 4CNXA 4C3TA 5AMDA 1G46A 3D0NA 5G01A 1HEAA 3S71B 1Y7WA 1HEDA 1MOOA 3MNKA 3U47A 5JEHB 4JSWA 4YHAA 3JXHC 4YX4A 4QSBA 1OKLA 5EIJA 3V3FA 3B1BA 5DVXA 4XZ5A 3IBIA 4FIKA 2CBBA 4MTYA 1MUAA 4LHIA 3SBHA 5BRVA 2VVAX 4HU1A 3M98A 3JXGA 3M1WA 3V5GA 4HEWA 3PYKA 1BNTA 4E3DA 5JQTA 3S8XA 1LUGA 1UGBA 4UOVA 4FU5A 3F7UA 2OSFA 1ZFQA 4WL4A 4R5BA 1HECA 2POUA 5IPZA 5JESB 4PYXA 3SAPA 1H4NA 5JEGB 3M5EA 4FVNA 3IBLA 3D92A 3MWOA 1CCUA 4ITOA 4Q6DA 1UGCA 4X5SA 1H9QA 3T84A 3DCSA 5E2NA 3SBIA 1BNQA 2FNMA 4YGJA 4QJ0A 3QYKA 5AMGA 1CNWA 4MLTA 3U45X 3U7CA 3CA2A 3W6IA 2F14A 4R5AA 1FQNA 3S72B 4Q8ZA 4KNMA 1CAOA 2GEHA 5BRUA 1CNKA 1CVCA 2FMGA 2NWPA 4QJPA 4Q7PA 4Q99A 4PXXA 5LMDA 4YGLA 4Z0QA 2H4NA 4HBAA 1FQLA 4Q7VA 3DCWA 1CNXA 5DSOA 1I9PA 2NWOA 3KOKA 4QK3A 1CALA 4QTLA 4RIUA 3OILA 4COQA 2AW1A 2FW4A 5DOGA 4QJMA 1CNYA 1YO1A 4IDRX 3M67A 5JG5B 1CZMA 4WW6A 1I8ZA 5E28A 3HKTA 1RJ5A 5FLTA 1LG5A 1ZGFA 3OYSA 3CAJA 1CANA 1XQ0A 4Q0LA 2W2JA 2NNGA 2ZNCA 3DV7A 3S9TA 2NN1A 1UGFA 3V3IB 3TMJA 1EOUA 4L5WA 1CAHA 2NNVA 1OKMA 1AM6A 4QSJA 3OY0A 1ZFKA 4RUYA 3BETA 1UGGA 12CAA 4K13A 4K0ZA 5SZ1A 3N2PA 3EFTA 2NXSA 2POWA 3C7PA 5E2SA 5E5RA 1YDBA 1XPZA 1CNBA 2WD3A 1YO0A 3P5LA 1A42A 4RFCA 3RG3A 1ZH9A 4Q81A 4E5QA 4L5VA 3ML2A 1TH9A 5SZ5A 1Z93A 3BL0A 5DSJA 1ZGEA 4MDMA 3D93A 1RZEA 4CNWA 4XE1A 1KWQA 4CNVA 1IF6A 4KNJA 2Q38A 2ILIA 4YVYA 5FNIA 4E49A 4Q90A 1G3ZA 4WR7A 5EH8A 1ZSAA 3M1KA 4KUVA 4E3HA 4LU3A 5FLRA 3R17B 1I9LA 5EKJA 5SZ3A 4L5UA 3IBNA 5DSQA 3SAXA 1DMXA 5DSKA 4QIZA 4ZWYA 3D9ZA 3DC9A 3IGPA 5DSIA 9CA2A 3RZ1B 1FR7A 3P5AA 3V7XA 3HLJA 4HT0A 4K0SA 4ZAOA 2X7UA 3UYQA 1LZVA 5G0CA 3HFPA 1CVEA 4YGKA 5E2MA 1FR4A 1HUHA 1F2WA 3M1QA 2QP6A 4XIXA 4ITPA 3M2NA 4YGFA 4Q87A 1Z9YA 5DOHA 1UGAA 2NXRA 3MMFA 1HCAA 4PYYA 1CVDA 2AX2A 2HKKA 3N4BA 4Q06A 5EHEA 4MO8A 2OSMA 1I91A 2CBCA 1CVBA 1CVHA 4Z1EA 4HF3A 4E3GA 2NNOA 5G0BA 3S77B 4QEFA 4RIVA 1YDAA 1BNUA 2NN7A 3T83A 1TG9A 4Y0JA 1AVNA 4QIYA 4ZX0A 3CYUA 1BV3A 5AMLA 1TTMA 3N3JA 4QK2A 3FFPX 4Z1NA 1JCZA 1G54A 1CNIA 4HEYA 3ML5A 5SZ7A 3B4FA 1LGDA 3M3XA 1IF5A 3ZP9A 4FL7A 5FNMA 3KONA 3DA2A 1FSNA 4KNNA 1BNWA 5BNLA 3RYZA 3MNJA 4N16A 2FNKA 1BNMA 3MNHA 1G45A 3BL1A 3EFIA 5EOIA 4PQ7A 3K34A 1RZAA 4DZ7A 2WEGA 1OKNA 4QY3A 4KUWA 3CZVA 4R59A 4KNIA 4Q08A 4DZ9A 3ZNCA 1YDCA 3S76A 2WEJA 2HL4A 5DSMA 3MHIA 4KP8A 1RZCA 1CNGA 1AZMA 2X7TA 1YO2A 5FL6A 4Q8YA 1TBTX 1DCAA 4K1QA 4Q07A 3V3JA 4RH2A 3OIMA 1JV0A 5FDCA 4YXOA 3R16A 3NB5A 4KAPA 3M5TA 3MNUA 1TEUX 3IEOA 1I9NA 5SZ6A 5FDIA 5DSRA 2H15A 2HD6A 5EKHA 1THKA 3LXEA 5A6HA 4WW8A 4E9OX 2NMXA 5EHVA 4Q7WA 5A25A 1JD0A 1CCSA 1HCBA 2CABA 5EHWA 4RFDA 3M04A 1CVFA 3S97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z1J A;  4RUX A;  4CNR A;  1CVA A;  1YDD A;  5CAC A;  3RGE A;  1BN1 A;  5DSP A;  4JSS A;  3DD0 A;  4FVO A;  1DMY A;  2FOU A;  4FRC A;  3W6H A;  3S74 B;  5DRS A;  3KKX A;  3M1J A;  1G48 A;  4M2U A;  3MHO A;  4Q7S A;  1CIN A;  3T5U A;  4M2V A;  5J8Z A;  1G52 A;  3DVD A;  4MLX A;  5SZ2 A;  1CNH A;  4N0X B;  2FMZ A;  2ABE A;  3DVB A;  4BF6 A;  1G4J A;  4TWM A;  5FNG A;  3IBU A;  1G1D A;  2GD8 A;  5E5U A;  4Q9Y A;  3DC3 A;  1KEQ A;  3V3G B;  3M2X A;  1I90 A;  3RYY A;  4FPT A;  2NXT A;  5DSL A;  1CAK A;  4YWP A;  1Z97 A;  3OYQ A;  1G4O A;  3MHC A;  2FOY A;  2CBE A;  4HT2 A;  2HFW A;  4CA2 A;  3L14 A;  4G7A A;  4QSA A;  1KWR A;  2WD2 A;  2HOC A;  5FL5 A;  1I9M A;  4Q78 A;  4Q09 A;  3MYQ A;  1XEV A;  5FLQ A;  3M5S A;  2NWZ A;  4BF1 A;  5JGS B;  5FL4 A;  5CLU A;  1CAM A;  4ZWI A;  4M2W A;  3K2F A;  4Q49 A;  5JEP B;  3P55 A;  4G0C A;  1DCB A;  2CBA A;  4CQ0 A;  4CAC A;  3DD8 A;  2X7S A;  5C8I A;  1FQM A;  4YYT A;  1ZE8 A;  3KS3 A;  1LG6 A;  3P3H A;  1CAY A;  1ZNC A;  3T5Z A;  5EZT X;  4M2R A;  4QJX A;  3NI5 A;  3M96 A;  4XIW A;  1CIL A;  1TG3 A;  1TB0 X;  1G0E A;  1ZSB A;  4XFW A;  1H9N A;  3MHL A;  1CAJ A;  3OKU A;  3RZ7 A;  2QO8 A;  3P58 A;  1IF7 A;  3RYV B;  3MNI A;  1RZB A;  4KUY A;  2FOS A;  3P3J A;  1IF8 A;  1CIM A;  3D8W A;  3MDZ A;  3N0N A;  8CA2 A;  5FLP A;  3F4X A;  5BRW A;  3MZC A;  5EKM A;  2NWY A;  3DVC A;  5EH5 A;  3M2Z A;  3MHM A;  1HUG A;  1HVA A;  3HKU A;  4JSZ A;  4QK1 A;  4KV0 A;  3KWA A;  1G6V A;  3V3H B;  2FOV A;  1I9O A;  3M2Y A;  1CNC A;  1IF4 A;  3OKV A;  5BYI A;  4WUQ A;  7CA2 A;  4ZWX A;  5JDV B;  4E3F A;  2EU3 A;  3MNA A;  3RZ8 A;  4HEZ A;  3KIG A;  1BNN A;  4Q8X A;  3KOI A;  3OIK A;  5CJF A;  1CNJ A;  1TEQ X;  4YXU A;  3TVO X;  1BNV A;  1J9W A;  3U3A X;  3DCC A;  3S73 B;  3V2M A;  3RYX B;  3M40 A;  3P44 A;  3RG4 A;  5HPJ A;  1FSR A;  5JQ0 A;  4Q6E A;  5EH7 A;  3JXF A;  1CAZ A;  1UGE A;  3FW3 A;  5CA2 A;  4PZH A;  1CA2 A;  5DSN A;  2VVB X;  3DAZ A;  3F8E A;  4RUZ A;  4ZWZ A;  4E4A A;  3HKQ A;  4RN4 A;  4Z1K A;  3S78 B;  1CAI A;  4JS6 A;  1BN4 A;  1BIC A;  3P4V A;  4BCW A;  5FNK A;  5L6K A;  1OQ5 A;  1RJ6 A;  4TWL A;  3UYN A;  2HNC A;  1RZD A;  2WEH A;  3RJ7 A;  1FSQ A;  3F7B A;  4LP6 A;  1IF9 A;  3DBU A;  3RZ5 A;  2QOA A;  5JGT B;  4QJO A;  3Q31 A;  2CA2 A;  2EZ7 A;  2Q1B A;  2EU2 A;  2POV A;  4MDL A;  3RZ0 B;  5FNL A;  6CA2 A;  1BCD A;  1CRA A;  4JSA A;  2CBD A;  5SZ0 A;  3RYJ B;  4QJW A;  4GL1 X;  5FLO A;  5FNJ A;  5L3O A;  1FQR A;  1RAY A;  3FE4 A;  3PJJ A;  1CRM A;  1CCT A;  4IWZ A;  1BZM A;  1FLJ A;  2FOQ A;  3S75 B;  1HEB A;  1UGD A;  4YXI A;  5FNH A;  1TE3 X;  4ETQ C;  3RLD A;  1RAZ A;  3T85 A;  3HS4 A;  1XEG A;  3TVN X;  1G53 A;  3IAI A;  1URT A;  3HKN A;  4K0T A;  1G0F A;  1I9Q A;  4WUP A;  4ZX1 A;  3VBD A;  3GZ0 A;  4ILX A;  5JG3 B;  3KLD B;  3NJ9 A;  5SZ4 A;  1ZSC A;  3M14 A;  5G03 A;  2WEO A;  1BN3 A;  4MDG A;  3PO6 A;  1V9I C;  5FLS A;  1KOP A;  2Q1Q A;  4KP5 A;  2O4Z A;  5E2K A;  1KOQ A;  2FNN A;  3K7K A;  3KNE A;  3T82 A;  1CA3 A;  1T9N A;  4Q83 A;  5E2R A;  4YGN A;  2NNS A;  1V9E A;  4QSI A;  3V2J A;  2IT4 A;  4CNX A;  4C3T A;  5AMD A;  1G46 A;  3D0N A;  5G01 A;  1HEA A;  3S71 B;  1Y7W A;  1HED A;  1MOO A;  3MNK A;  3U47 A;  5JEH B;  4JSW A;  4YHA A;  3JXH C;  4YX4 A;  4QSB A;  1OKL A;  5EIJ A;  3V3F A;  3B1B A;  5DVX A;  4XZ5 A;  3IBI A;  4FIK A;  2CBB A;  4MTY A;  1MUA A;  4LHI A;  3SBH A;  5BRV A;  2VVA X;  4HU1 A;  3M98 A;  3JXG A;  3M1W A;  3V5G A;  4HEW A;  3PYK A;  1BNT A;  4E3D A;  5JQT A;  3S8X A;  1LUG A;  1UGB A;  4UOV A;  4FU5 A;  3F7U A;  2OSF A;  1ZFQ A;  4WL4 A;  4R5B A;  1HEC A;  2POU A;  5IPZ A;  5JES B;  4PYX A;  3SAP A;  1H4N A;  5JEG B;  3M5E A;  4FVN A;  3IBL A;  3D92 A;  3MWO A;  1CCU A;  4ITO A;  4Q6D A;  1UGC A;  4X5S A;  1H9Q A;  3T84 A;  3DCS A;  5E2N A;  3SBI A;  1BNQ A;  2FNM A;  4YGJ A;  4QJ0 A;  3QYK A;  5AMG A;  1CNW A;  4MLT A;  3U45 X;  3U7C A;  3CA2 A;  3W6I A;  2F14 A;  4R5A A;  1FQN A;  3S72 B;  4Q8Z A;  4KNM A;  1CAO A;  2GEH A;  5BRU A;  1CNK A;  1CVC A;  2FMG A;  2NWP A;  4QJP A;  4Q7P A;  4Q99 A;  4PXX A;  5LMD A;  4YGL A;  4Z0Q A;  2H4N A;  4HBA A;  1FQL A;  4Q7V A;  3DCW A;  1CNX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2NMXA

Total Genus

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Chain Sequence

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