2NWP | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNLGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5640520701792275__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5640520701792275__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2nwp/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5640520701792275__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5640520701792275","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2nwp/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5640520701792275__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Speeding Up Proton Transfer in a Fast Enzyme: Kinetic and Crystallographic Studies on the Effect of Hydrophobic Amino Acid Substitutions in the Active Site of Human Carbonic Anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2006-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2nwpA00

4Q87A 4FPTA 3S78B 3M1QA 2WEGA 1YO0A 1FR4A 1IF6A 1KOQA 5G01A 1UGEA 4QSBA 1CVDA 3D8WA 3MDZA 3MWOA 2GEHA 1DCBA 1H9QA 1URTA 1JD0A 3S8XA 1EOUA 4JSSA 1I9PA 5L6KA 4K0SA 4TWMA 4KNMA 3DVBA 5DSJA 1UGDA 3KOIA 3DAZA 3ML5A 1CNYA 4FVOA 4Q7VA 5CJFA 1CCUA 5DOHA 1G0EA 2H4NA 3MMFA 3OIMA 1FR7A 4MDGA 3NI5A 1BNNA 4XE1A 5BRVA 4PQ7A 3RZ0B 3DCWA 3QYKA 1BN1A 5EKMA 4KAPA 4ZWYA 5JEPB 2HNCA 5SZ4A 2AW1A 1CZMA 1FQRA 3P3JA 2CBCA 1RJ5A 3MNKA 3RZ5A 5SZ7A 4Y0JA 4MDMA 5FL5A 3S73B 4Q08A 5EIJA 3KNEA 5EH5A 3PJJA 4KUWA 4K1QA 1I9MA 3TVNX 4Q8ZA 4Q7SA 4DZ7A 1G0FA 1BCDA 1XPZA 3NB5A 4HEZA 1JCZA 4R5BA 3OYQA 3NJ9A 4HEYA 3KS3A 1G46A 4TWLA 1CNJA 1ZH9A 1DMYA 3MHCA 4Q0LA 3PYKA 4ZWZA 1TEUX 2NXSA 3DCSA 4QK3A 4PYXA 4M2WA 3D92A 3MYQA 4QTLA 4KP5A 5FNHA 1BNWA 3P5LA 4Q06A 1V9EA 3C7PA 3M1KA 2POWA 4HU1A 1I9OA 5SZ6A 1HEBA 1TH9A 4MO8A 5FNMA 1MUAA 1KEQA 3S9TA 3K2FA 4QEFA 4MLXA 5DSPA 5JG3B 3D0NA 5SZ3A 3S75B 1LZVA 4PXXA 12CAA 1FQLA 2FW4A 4R5AA 3FW3A 3OKUA 5IPZA 5E5UA 1UGAA 4QK1A 1CAMA 3D93A 4KNJA 4Z0QA 3RYZA 2O4ZA 2HOCA 1I91A 1TBTX 2EU2A 3S74B 4LP6A 3V2JA 5FNKA 3ML2A 4COQA 3U3AX 5SZ0A 3B1BA 4YGJA 1RZAA 3T83A 5EH7A 1CCTA 5FLTA 5FLPA 1BNUA 3F7UA 1G53A 1CAHA 2NWZA 4PZHA 5E2NA 1JV0A 3RZ1B 1OKNA 1ZE8A 1LGDA 3SAXA 3M1JA 3VBDA 3TMJA 3M1WA 4Q78A 5FLSA 4XIXA 5JGTB 4E49A 3MHOA 5FDIA 1YO2A 5JEHB 1ZFQA 1BZMA 4ZWIA 1HCAA 5E28A 2FMGA 3SBHA 5BNLA 4QSIA 3OY0A 3U47A 4BCWA 5JG5B 2FNMA 2VVBX 1LG5A 1THKA 1DCAA 3DV7A 4YWPA 4MDLA 4YYTA 4QJPA 4M2RA 2NN1A 5G0BA 1CALA 1CAOA 4E3FA 3F8EA 2VVAX 4QJXA 3IBUA 5L3OA 3V5GA 3RZ7A 2FOUA 2CBBA 4RUYA 4X5SA 3M5SA 4WW6A 4YXUA 2CBEA 4E3GA 3RLDA 2WEOA 1FQMA 3KONA 2H15A 4QJ0A 5G0CA 3M98A 8CA2A 2OSMA 3FFPX 3P4VA 3HLJA 4JSAA 3RJ7A 2WD3A 5EH8A 1Z93A 3PO6A 4Q49A 3N2PA 1YDDA 4Z1NA 5DSKA 2CBAA 2NXRA 1BNMA 2ZNCA 1T9NA 5CACA 1YDCA 4CNXA 5SZ5A 1YDBA 4R59A 1OKMA 3DD8A 4FVNA 4KP8A 3GZ0A 1IF8A 3M2XA 1CAZA 3N3JA 2F14A 5FL4A 2ABEA 3V3IB 2AX2A 1CNHA 5HPJA 4E3DA 3MZCA 1HVAA 5EOIA 5G03A 3F7BA 1RZBA 4K0ZA 3P58A 2OSFA 2NWYA 1ZSCA 1CVAA 1TG9A 3JXGA 4RFCA 4XIWA 4Q9YA 1CNIA 1I90A 4N16A 4ZWXA 2FNNA 3RGEA 4L5VA 2WEJA 1LUGA 1YDAA 3KOKA 3M14A 4E4AA 4G7AA 1CAJA 1Z97A 4Q07A 2NNOA 2NXTA 4YXOA 4CACA 2QO8A 2GD8A 1DMXA 4IWZA 5EKHA 1G45A 4BF6A 2NWPA 1CNWA 2EZ7A 3IBNA 2HKKA 7CA2A 1CAIA 4YX4A 1IF5A 3HKNA 5A25A 2HFWA 4WL4A 4Q90A 4LHIA 4E9OX 5JESB 1Z9YA 3EFTA 4UOVA 4CNWA 1H9NA 3DA2A 4M2UA 5E2SA 3T85A 2HD6A 4CNVA 3UYNA 4N0XB 3DD0A 1HCBA 5EHWA 1TB0X 3U7CA 3KLDB 1FSQA 4QY3A 3CYUA 1IF7A 1XQ0A 2QOAA 4ETQC 3M3XA 3Q31A 4RH2A 3SAPA 1CVCA 4KV0A 4Q7WA 4RN4A 3RYVB 3V2MA 4L5UA 5FNIA 2NN7A 1MOOA 3M67A 3JXFA 5SZ1A 4IDRX 1HUHA 4WUQA 3T82A 4WR7A 4BF1A 4MTYA 5AMGA 5BRUA 3CA2A 4KNNA 5EKJA 5JQ0A 1RAYA 3S77B 2Q1BA 1CNCA 4YVYA 1CIMA 3RZ8A 3T84A 3SBIA 4FRCA 4Q8YA 4JSWA 5E2MA 1CAYA 3IEOA 3N4BA 1FSNA 1CILA 4YGKA 4Q6DA 4RUZA 3JXHC 1BICA 4DZ9A 3HKTA 1RJ6A 2FOSA 4KUVA 3EFIA 1HEAA 2FNKA 1H4NA 3MNHA 2FOVA 5EZTX 5DSLA 4Z1EA 3B4FA 2ILIA 3D9ZA 3T5UA 3BL1A 5FLQA 1OQ5A 1CRMA 3W6IA 1BN4A 1KOPA 1AM6A 5JGSB 5A6HA 1BNTA 3M5TA 3L14A 4PYYA 1BV3A 1G3ZA 5SZ2A 4HF3A 4QJWA 4JSZA 3DVDA 3HKQA 1F2WA 3HFPA 1IF9A 2WEHA 2POVA 3S76A 1CVEA 1FLJA 5LMDA 3V3GB 3RYYA 4WW8A 1UGFA 3HS4A 2W2JA 5J8ZA 3IAIA 3DC3A 5FLOA 1OKLA 1UGGA 1TEQX 1A42A 4KNIA 4C3TA 5CLUA 5AMDA 3UYQA 3MNIA 2NWOA 4G0CA 4KUYA 4XZ5A 3IGPA 5FL6A 3RG3A 2Q38A 3W6HA 4QSJA 2Q1QA 5FNJA 4FIKA 3MHLA 1CVBA 4LU3A 2IT4A 2CABA 1CVHA 3F4XA 5BRWA 1XEVA 3S71B 1I9LA 4ZX1A 1TTMA 1BNQA 5FLRA 4MLTA 3S72B 1HECA 1I9NA 3P44A 4ITOA 1YO1A 1ZGFA 1CANA 2FOYA 3KIGA 4ILXA 5DRSA 4FL7A 3U45X 4QIZA 4Q7PA 1I9QA 3MNJA 1G1DA 4Q8XA 3CZVA 1TE3X 1CRAA 3FE4A 1V9IC 5DSMA 4Z1JA 4RIUA 5C8IA 1BNVA 4Q09A 1I8ZA 4Q6EA 2QP6A 1J9WA 1LG6A 3LXEA 2FMZA 3BETA 4YHAA 2FOQA 3V3HB 4ZX0A 3MHIA 3ZP9A 4YGLA 4HEWA 4CA2A 3S97A 1HEDA 1IF4A 2EU3A 4CNRA 4HT2A 4M2VA 3RYXB 3M2YA 4GL1X 4HT0A 4Z1KA 1UGBA 3M5EA 3M2NA 6CA2A 4YGFA 4QJMA 4K13A 5EHEA 3RYJB 3MNAA 4CQ0A 2NMXA 3MHMA 9CA2A 1XEGA 2HL4A 3OIKA 1G6VA 1ZNCA 4ZAOA 3P55A 5DSOA 1ZFKA 2WD2A 4Q99A 1RAZA 4Q81A 3R17B 5FDCA 3DVCA 3V3FA 5DSIA 1AVNA 4RIVA 5E2KA 3DCCA 2NNGA 1UGCA 4YGNA 1HUGA 1G52A 1ZSBA 4E3HA 5BYIA 3OILA 1CCSA 1BN3A 1G54A 1ZGEA 4ITPA 4JS6A 5DSRA 3IBLA 3RG4A 1CNBA 3OYSA 1KWRA 2POUA 5JDVB 5DSQA 4XFWA 4WUPA 4RFDA 3KKXA 3ZNCA 3MNUA 1CAKA 1AZMA 3M96A 3DC9A 1CNGA 3N0NA 4QK2A 4QSAA 4E5QA 4FU5A 5EHVA 1TG3A 2X7UA 5DVXA 4RUXA 3M2ZA 5E2RA 5DSNA 4L5WA 3OKVA 1CNKA 3M04A 1G4JA 3CAJA 5AMLA 5FNLA 1ZSAA 5JEGB 3TVOX 3R16A 3T5ZA 3IBIA 3HKUA 1RZDA 3BL0A 5JQTA 3V7XA 1RZCA 2NNSA 2X7TA 1G48A 1KWQA 3KWAA 1FQNA 1CVFA 1CNXA 1Y7WA 2X7SA 1RZEA 5FNGA 1G4OA 3V3JA 2CBDA 4QIYA 3P3HA 3K7KA 4HBAA 2CA2A 1CA2A 1FSRA 4YXIA 5E5RA 3DBUA 1CINA 3K34A 3P5AA 4QJOA 4Q83A 1CA3A 5DOGA 4K0TA 5CA2A 2NNVA 3M40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q87 A;  4FPT A;  3S78 B;  3M1Q A;  2WEG A;  1YO0 A;  1FR4 A;  1IF6 A;  1KOQ A;  5G01 A;  1UGE A;  4QSB A;  1CVD A;  3D8W A;  3MDZ A;  3MWO A;  2GEH A;  1DCB A;  1H9Q A;  1URT A;  1JD0 A;  3S8X A;  1EOU A;  4JSS A;  1I9P A;  5L6K A;  4K0S A;  4TWM A;  4KNM A;  3DVB A;  5DSJ A;  1UGD A;  3KOI A;  3DAZ A;  3ML5 A;  1CNY A;  4FVO A;  4Q7V A;  5CJF A;  1CCU A;  5DOH A;  1G0E A;  2H4N A;  3MMF A;  3OIM A;  1FR7 A;  4MDG A;  3NI5 A;  1BNN A;  4XE1 A;  5BRV A;  4PQ7 A;  3RZ0 B;  3DCW A;  3QYK A;  1BN1 A;  5EKM A;  4KAP A;  4ZWY A;  5JEP B;  2HNC A;  5SZ4 A;  2AW1 A;  1CZM A;  1FQR A;  3P3J A;  2CBC A;  1RJ5 A;  3MNK A;  3RZ5 A;  5SZ7 A;  4Y0J A;  4MDM A;  5FL5 A;  3S73 B;  4Q08 A;  5EIJ A;  3KNE A;  5EH5 A;  3PJJ A;  4KUW A;  4K1Q A;  1I9M A;  3TVN X;  4Q8Z A;  4Q7S A;  4DZ7 A;  1G0F A;  1BCD A;  1XPZ A;  3NB5 A;  4HEZ A;  1JCZ A;  4R5B A;  3OYQ A;  3NJ9 A;  4HEY A;  3KS3 A;  1G46 A;  4TWL A;  1CNJ A;  1ZH9 A;  1DMY A;  3MHC A;  4Q0L A;  3PYK A;  4ZWZ A;  1TEU X;  2NXS A;  3DCS A;  4QK3 A;  4PYX A;  4M2W A;  3D92 A;  3MYQ A;  4QTL A;  4KP5 A;  5FNH A;  1BNW A;  3P5L A;  4Q06 A;  1V9E A;  3C7P A;  3M1K A;  2POW A;  4HU1 A;  1I9O A;  5SZ6 A;  1HEB A;  1TH9 A;  4MO8 A;  5FNM A;  1MUA A;  1KEQ A;  3S9T A;  3K2F A;  4QEF A;  4MLX A;  5DSP A;  5JG3 B;  3D0N A;  5SZ3 A;  3S75 B;  1LZV A;  4PXX A;  12CA A;  1FQL A;  2FW4 A;  4R5A A;  3FW3 A;  3OKU A;  5IPZ A;  5E5U A;  1UGA A;  4QK1 A;  1CAM A;  3D93 A;  4KNJ A;  4Z0Q A;  3RYZ A;  2O4Z A;  2HOC A;  1I91 A;  1TBT X;  2EU2 A;  3S74 B;  4LP6 A;  3V2J A;  5FNK A;  3ML2 A;  4COQ A;  3U3A X;  5SZ0 A;  3B1B A;  4YGJ A;  1RZA A;  3T83 A;  5EH7 A;  1CCT A;  5FLT A;  5FLP A;  1BNU A;  3F7U A;  1G53 A;  1CAH A;  2NWZ A;  4PZH A;  5E2N A;  1JV0 A;  3RZ1 B;  1OKN A;  1ZE8 A;  1LGD A;  3SAX A;  3M1J A;  3VBD A;  3TMJ A;  3M1W A;  4Q78 A;  5FLS A;  4XIX A;  5JGT B;  4E49 A;  3MHO A;  5FDI A;  1YO2 A;  5JEH B;  1ZFQ A;  1BZM A;  4ZWI A;  1HCA A;  5E28 A;  2FMG A;  3SBH A;  5BNL A;  4QSI A;  3OY0 A;  3U47 A;  4BCW A;  5JG5 B;  2FNM A;  2VVB X;  1LG5 A;  1THK A;  1DCA A;  3DV7 A;  4YWP A;  4MDL A;  4YYT A;  4QJP A;  4M2R A;  2NN1 A;  5G0B A;  1CAL A;  1CAO A;  4E3F A;  3F8E A;  2VVA X;  4QJX A;  3IBU A;  5L3O A;  3V5G A;  3RZ7 A;  2FOU A;  2CBB A;  4RUY A;  4X5S A;  3M5S A;  4WW6 A;  4YXU A;  2CBE A;  4E3G A;  3RLD A;  2WEO A;  1FQM A;  3KON A;  2H15 A;  4QJ0 A;  5G0C A;  3M98 A;  8CA2 A;  2OSM A;  3FFP X;  3P4V A;  3HLJ A;  4JSA A;  3RJ7 A;  2WD3 A;  5EH8 A;  1Z93 A;  3PO6 A;  4Q49 A;  3N2P A;  1YDD A;  4Z1N A;  5DSK A;  2CBA A;  2NXR A;  1BNM A;  2ZNC A;  1T9N A;  5CAC A;  1YDC A;  4CNX A;  5SZ5 A;  1YDB A;  4R59 A;  1OKM A;  3DD8 A;  4FVN A;  4KP8 A;  3GZ0 A;  1IF8 A;  3M2X A;  1CAZ A;  3N3J A;  2F14 A;  5FL4 A;  2ABE A;  3V3I B;  2AX2 A;  1CNH A;  5HPJ A;  4E3D A;  3MZC A;  1HVA A;  5EOI A;  5G03 A;  3F7B A;  1RZB A;  4K0Z A;  3P58 A;  2OSF A;  2NWY A;  1ZSC A;  1CVA A;  1TG9 A;  3JXG A;  4RFC A;  4XIW A;  4Q9Y A;  1CNI A;  1I90 A;  4N16 A;  4ZWX A;  2FNN A;  3RGE A;  4L5V A;  2WEJ A;  1LUG A;  1YDA A;  3KOK A;  3M14 A;  4E4A A;  4G7A A;  1CAJ A;  1Z97 A;  4Q07 A;  2NNO A;  2NXT A;  4YXO A;  4CAC A;  2QO8 A;  2GD8 A;  1DMX A;  4IWZ A;  5EKH A;  1G45 A;  4BF6 A;  2NWP A;  1CNW A;  2EZ7 A;  3IBN A;  2HKK A;  7CA2 A;  1CAI A;  4YX4 A;  1IF5 A;  3HKN A;  5A25 A;  2HFW A;  4WL4 A;  4Q90 A;  4LHI A;  4E9O X;  5JES B;  1Z9Y A;  3EFT A;  4UOV A;  4CNW A;  1H9N A;  3DA2 A;  4M2U A;  5E2S A;  3T85 A;  2HD6 A;  4CNV A;  3UYN A;  4N0X B;  3DD0 A;  1HCB A;  5EHW A;  1TB0 X;  3U7C A;  3KLD B;  1FSQ A;  4QY3 A;  3CYU A;  1IF7 A;  1XQ0 A;  2QOA A;  4ETQ C;  3M3X A;  3Q31 A;  4RH2 A;  3SAP A;  1CVC A;  4KV0 A;  4Q7W A;  4RN4 A;  3RYV B;  3V2M A;  4L5U A;  5FNI A;  2NN7 A;  1MOO A;  3M67 A;  3JXF A;  5SZ1 A;  4IDR X;  1HUH A;  4WUQ A;  3T82 A;  4WR7 A;  4BF1 A;  4MTY A;  5AMG A;  5BRU A;  3CA2 A;  4KNN A;  5EKJ A;  5JQ0 A;  1RAY A;  3S77 B;  2Q1B A;  1CNC A;  4YVY A;  1CIM A;  3RZ8 A;  3T84 A;  3SBI A;  4FRC A;  4Q8Y A;  4JSW A;  5E2M A;  1CAY A;  3IEO A;  3N4B A;  1FSN A;  1CIL A;  4YGK A;  4Q6D A;  4RUZ A;  3JXH C;  1BIC A;  4DZ9 A;  3HKT A;  1RJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2NWPA

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