2NXT | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGFGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__278100877149777__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__278100877149777__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2nxt/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__278100877149777__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"278100877149777","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2nxt/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__278100877149777__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Speeding Up Proton Transfer in a Fast Enzyme: Kinetic and Crystallographic Studies on the Effect of Hydrophobic Amino Acid Substitutions in the Active Site of Human Carbonic Anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	carbonic anhydrase 2
total genus	79
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2006-11-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2nxtA00

1KOQA 1UGDA 3RG4A 5G01A 1URTA 5DSNA 1Y7WA 4G7AA 4N0XB 2ZNCA 3HS4A 4JS6A 2POVA 1H9NA 3HKTA 5FNHA 3RZ8A 2QP6A 4MDMA 1LGDA 3P4VA 4QK1A 3RYJB 4DZ7A 4QSJA 5DSIA 2WD3A 5SZ5A 5IPZA 3P44A 3BL0A 3HFPA 3MMFA 1CNKA 1I91A 3KOIA 1IF9A 12CAA 5FDCA 1CVBA 3IAIA 2NNOA 4BF6A 1F2WA 4K0TA 1FSQA 1UGFA 3M5EA 5EZTX 2NWYA 1BCDA 3MNHA 4JSAA 3N0NA 5BRVA 4R5BA 5FDIA 1TB0X 4KUYA 1OKLA 4K0SA 4YXUA 1HCBA 5FLRA 3D92A 3TVOX 1I9QA 2H4NA 3MWOA 5JG5B 3OKUA 3DC9A 3R17B 5SZ2A 3U3AX 5EH7A 1V9EA 5FL5A 2AX2A 1BNNA 1ZFKA 4Q09A 5BRUA 3V3IB 4KV0A 3RZ1B 3V3GB 3KIGA 3S74B 3M1KA 1Z97A 3M3XA 5FNIA 1EOUA 1A42A 5SZ6A 3MDZA 5DSKA 3HLJA 1JD0A 4Q90A 5E5UA 4ITOA 5EOIA 4COQA 5JEGB 5DOGA 3RGEA 2NWOA 5FNMA 1BICA 5BRWA 5JGTB 3P58A 4RN4A 5FNKA 2VVAX 4RUZA 3MYQA 6CA2A 1UGCA 2CBCA 1CNYA 4JSZA 4M2WA 4Q81A 4RUXA 4Z1NA 4KNJA 5AMGA 3SBIA 2FNNA 4FVNA 4MO8A 9CA2A 2HL4A 4QK2A 1CVEA 4FPTA 1HUGA 3NI5A 4TWLA 1I9PA 4WL4A 5G0BA 1CNIA 2Q38A 1BNMA 3D0NA 5DSOA 5E2MA 1RZEA 1H9QA 1AZMA 1AVNA 4G0CA 4ZWZA 5CACA 2VVBX 3S75B 4Q49A 1I9OA 4ETQC 3OILA 2FNMA 1DMXA 2FOSA 1BV3A 4ZX0A 2OSFA 2Q1BA 4YGNA 1LG5A 2NNVA 3N4BA 3T5UA 3N2PA 3ZP9A 5E2NA 1G4OA 1RJ6A 1MOOA 1I8ZA 4TWMA 3MNUA 4YX4A 1BZMA 3M2ZA 2NXRA 5C8IA 4RFDA 3M14A 1THKA 3K7KA 3JXGA 3M67A 3P3JA 4HU1A 1HECA 5SZ1A 4Q8YA 3DBUA 2QOAA 1UGAA 1G3ZA 3CA2A 3EFTA 4Q78A 4XFWA 4E4AA 2NXSA 3M2XA 7CA2A 4K0ZA 4UOVA 1DCBA 5FLQA 5G0CA 4Q7SA 2POUA 4K1QA 4ZWYA 3KONA 5JESB 3BL1A 1DMYA 4FU5A 4QSAA 5EHEA 3BETA 3S73B 1CALA 4DZ9A 3EFIA 3GZ0A 1I9LA 5FNGA 2CABA 1IF8A 3FW3A 1IF4A 2CA2A 2FOQA 2F14A 5JQTA 3IBLA 5DOHA 1FR7A 3IBNA 1I9MA 1TG9A 4Z1EA 1V9IC 5HPJA 5JEPB 3M1QA 1Z9YA 4FIKA 3N3JA 3V3FA 4WW8A 4E5QA 1ZFQA 1BNQA 2EU2A 3S8XA 2ABEA 3OIMA 4RUYA 4Y0JA 4Z1KA 1TG3A 3UYNA 3F4XA 4Q83A 1CNBA 3DVDA 3NJ9A 5FLOA 1ZSCA 4Q7WA 1CAMA 1BN1A 2CBEA 2WEGA 4E3HA 2X7SA 3S97A 3FE4A 3KWAA 4RIUA 3DV7A 1CAHA 2HOCA 3PJJA 3SAPA 1IF7A 1CAJA 2O4ZA 4E3GA 3KKXA 1G4JA 5FLPA 4R5AA 5EKJA 3K34A 4CACA 1G46A 5EH5A 3ZNCA 2W2JA 2AW1A 3UYQA 4ZX1A 3RLDA 2EU3A 1JV0A 1RZAA 4N16A 4X5SA 4M2RA 1G1DA 4PXXA 2GD8A 5DSJA 4FRCA 1CNXA 3FFPX 3DCSA 4HT2A 3DAZA 4KUVA 1YDDA 4Q06A 4Z1JA 1XEVA 3OIKA 5BNLA 1YO1A 3M98A 3B4FA 3OKVA 5E2KA 4PYXA 1YO0A 4HEYA 3VBDA 3R16A 4QJPA 4KP8A 4QY3A 3L14A 4L5VA 5DVXA 3IEOA 1T9NA 1XPZA 4JSWA 1TTMA 1G0FA 2NXTA 4QJOA 1CVDA 3JXHC 3M5SA 4MTYA 4PYYA 4PQ7A 3KLDB 3M96A 5CJFA 2POWA 4WR7A 2NN7A 2FOVA 3PO6A 1XEGA 5JG3B 3RJ7A 3MNIA 1CRAA 2FMGA 3HKQA 4E3DA 5CA2A 1CAKA 2FOYA 2NNGA 3F8EA 3S77B 1UGBA 5EHVA 1TEQX 4Q07A 3U47A 4RFCA 3F7UA 3HKUA 3ML2A 5L3OA 1CA2A 4QIYA 3RG3A 1CRMA 3Q31A 3RYXB 3S9TA 4Q7VA 1JCZA 1CILA 1ZGEA 3CAJA 5AMLA 4YXIA 4Q8XA 4CNWA 5E5RA 5DSMA 1RZDA 3MNAA 1HEAA 3P5LA 5FL4A 4MDGA 1FQNA 1KOPA 5EHWA 2GEHA 2OSMA 1CNJA 5SZ7A 1BN3A 3M40A 3CZVA 3M5TA 1J9WA 1I9NA 3MZCA 1HCAA 3DCCA 1ZGFA 2CBAA 4IDRX 3S72B 4Q99A 4XIXA 4K13A 1LG6A 1RAZA 2FNKA 3W6HA 3C7PA 3D8WA 3DVCA 4YWPA 5SZ4A 4Q08A 4YGKA 4KNIA 5E28A 3RYZA 1G6VA 1CZMA 5EKMA 4BCWA 1YDBA 4QJMA 5JEHB 4RH2A 2HKKA 4Q87A 5J8ZA 4YYTA 4LP6A 3K2FA 4YGFA 4KAPA 1RAYA 4QTLA 1TE3X 1ZNCA 3P3HA 1MUAA 1CAYA 1YDCA 4CNRA 4GL1X 1CIMA 4KP5A 4LHIA 1BNTA 4XE1A 3MNJA 1G54A 3TVNX 8CA2A 1CCUA 3S76A 1TH9A 1CCSA 3QYKA 1CNHA 1RZBA 2NWZA 5FLSA 3W6IA 4ILXA 4XZ5A 1BNWA 4CNXA 2ILIA 3RZ7A 4YGLA 2X7UA 1FQMA 3KNEA 3IGPA 1CVCA 5DSPA 3RYYA 3DCWA 3DC3A 4FL7A 3HKNA 1CVHA 1G0EA 1IF5A 1RJ5A 2EZ7A 1CAOA 1HEDA 3DVBA 3MHMA 4HBAA 3TMJA 2X7TA 3D93A 4E49A 4ZWXA 2CBDA 4PZHA 1CAIA 3DD0A 1G53A 1I90A 1YDAA 4HEZA 3NB5A 4Q8ZA 1FSRA 2HFWA 5BYIA 5E2SA 5EKHA 2IT4A 1FLJA 4Q0LA 3T82A 3M1WA 4M2UA 5A6HA 3PYKA 4ZWIA 3D9ZA 4QSIA 1KWQA 3OYQA 4MLXA 4CQ0A 1RZCA 2H15A 3MHIA 3RYVB 5AMDA 1BNUA 1OQ5A 3B1BA 3M04A 5E2RA 2FMZA 5L6KA 4HT0A 3RZ0B 3OY0A 4KNMA 4YXOA 4YHAA 1CA3A 1Z93A 1OKMA 1CCTA 3DD8A 3MHCA 4IWZA 4R59A 5FNLA 1HUHA 4QJ0A 1H4NA 4Q6EA 1CAZA 4Q7PA 3KS3A 5EIJA 4HF3A 1YO2A 3MHOA 4XIWA 3T5ZA 2HD6A 4YVYA 3LXEA 4CA2A 1CINA 4C3TA 3JXFA 4WUPA 1CANA 2NWPA 5JDVB 5LMDA 5SZ0A 1LUGA 2FW4A 2HNCA 4WUQA 2NN1A 5EH8A 3T83A 2WEOA 3MNKA 2QO8A 5FL6A 4KUWA 1CNCA 1LZVA 4KNNA 4E3FA 3V2MA 1ZH9A 4ITPA 4JSSA 4MDLA 3IBUA 1BNVA 5JGSB 3T85A 3U7CA 4L5WA 1CNWA 3P5AA 5DSLA 1ZSBA 5DSRA 1CNGA 2CBBA 3MHLA 3V7XA 1ZE8A 1XQ0A 1FQRA 5CLUA 1TEUX 1CVFA 4QK3A 3V3JA 3V2JA 4CNVA 4QEFA 5G03A 4Q9YA 3V5GA 1OKNA 4M2VA 2NMXA 2WD2A 3M2NA 4L5UA 4RIVA 3RZ5A 3S78B 4BF1A 4WW6A 4ZAOA 3S71B 1KEQA 3ML5A 5DSQA 3F7BA 3M1JA 3KOKA 3OYSA 1FQLA 5A25A 1TBTX 3DA2A 4QIZA 3CYUA 1HEBA 1ZSAA 2WEHA 5FNJA 1HVAA 3U45X 2WEJA 1UGEA 4YGJA 2FOUA 1G45A 1G48A 4E9OX 5FLTA 4HEWA 5SZ3A 4QJWA 4FVOA 3SAXA 4QJXA 2Q1QA 4Z0QA 4QSBA 1G52A 3IBIA 1KWRA 4MLTA 1CVAA 3T84A 3SBHA 5JQ0A 3M2YA 5DRSA 3P55A 1UGGA 1AM6A 1BN4A 1FSNA 2NNSA 1IF6A 4LU3A 4Q6DA 1DCAA 3V3HB 1FR4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KOQ A;  1UGD A;  3RG4 A;  5G01 A;  1URT A;  5DSN A;  1Y7W A;  4G7A A;  4N0X B;  2ZNC A;  3HS4 A;  4JS6 A;  2POV A;  1H9N A;  3HKT A;  5FNH A;  3RZ8 A;  2QP6 A;  4MDM A;  1LGD A;  3P4V A;  4QK1 A;  3RYJ B;  4DZ7 A;  4QSJ A;  5DSI A;  2WD3 A;  5SZ5 A;  5IPZ A;  3P44 A;  3BL0 A;  3HFP A;  3MMF A;  1CNK A;  1I91 A;  3KOI A;  1IF9 A;  12CA A;  5FDC A;  1CVB A;  3IAI A;  2NNO A;  4BF6 A;  1F2W A;  4K0T A;  1FSQ A;  1UGF A;  3M5E A;  5EZT X;  2NWY A;  1BCD A;  3MNH A;  4JSA A;  3N0N A;  5BRV A;  4R5B A;  5FDI A;  1TB0 X;  4KUY A;  1OKL A;  4K0S A;  4YXU A;  1HCB A;  5FLR A;  3D92 A;  3TVO X;  1I9Q A;  2H4N A;  3MWO A;  5JG5 B;  3OKU A;  3DC9 A;  3R17 B;  5SZ2 A;  3U3A X;  5EH7 A;  1V9E A;  5FL5 A;  2AX2 A;  1BNN A;  1ZFK A;  4Q09 A;  5BRU A;  3V3I B;  4KV0 A;  3RZ1 B;  3V3G B;  3KIG A;  3S74 B;  3M1K A;  1Z97 A;  3M3X A;  5FNI A;  1EOU A;  1A42 A;  5SZ6 A;  3MDZ A;  5DSK A;  3HLJ A;  1JD0 A;  4Q90 A;  5E5U A;  4ITO A;  5EOI A;  4COQ A;  5JEG B;  5DOG A;  3RGE A;  2NWO A;  5FNM A;  1BIC A;  5BRW A;  5JGT B;  3P58 A;  4RN4 A;  5FNK A;  2VVA X;  4RUZ A;  3MYQ A;  6CA2 A;  1UGC A;  2CBC A;  1CNY A;  4JSZ A;  4M2W A;  4Q81 A;  4RUX A;  4Z1N A;  4KNJ A;  5AMG A;  3SBI A;  2FNN A;  4FVN A;  4MO8 A;  9CA2 A;  2HL4 A;  4QK2 A;  1CVE A;  4FPT A;  1HUG A;  3NI5 A;  4TWL A;  1I9P A;  4WL4 A;  5G0B A;  1CNI A;  2Q38 A;  1BNM A;  3D0N A;  5DSO A;  5E2M A;  1RZE A;  1H9Q A;  1AZM A;  1AVN A;  4G0C A;  4ZWZ A;  5CAC A;  2VVB X;  3S75 B;  4Q49 A;  1I9O A;  4ETQ C;  3OIL A;  2FNM A;  1DMX A;  2FOS A;  1BV3 A;  4ZX0 A;  2OSF A;  2Q1B A;  4YGN A;  1LG5 A;  2NNV A;  3N4B A;  3T5U A;  3N2P A;  3ZP9 A;  5E2N A;  1G4O A;  1RJ6 A;  1MOO A;  1I8Z A;  4TWM A;  3MNU A;  4YX4 A;  1BZM A;  3M2Z A;  2NXR A;  5C8I A;  4RFD A;  3M14 A;  1THK A;  3K7K A;  3JXG A;  3M67 A;  3P3J A;  4HU1 A;  1HEC A;  5SZ1 A;  4Q8Y A;  3DBU A;  2QOA A;  1UGA A;  1G3Z A;  3CA2 A;  3EFT A;  4Q78 A;  4XFW A;  4E4A A;  2NXS A;  3M2X A;  7CA2 A;  4K0Z A;  4UOV A;  1DCB A;  5FLQ A;  5G0C A;  4Q7S A;  2POU A;  4K1Q A;  4ZWY A;  3KON A;  5JES B;  3BL1 A;  1DMY A;  4FU5 A;  4QSA A;  5EHE A;  3BET A;  3S73 B;  1CAL A;  4DZ9 A;  3EFI A;  3GZ0 A;  1I9L A;  5FNG A;  2CAB A;  1IF8 A;  3FW3 A;  1IF4 A;  2CA2 A;  2FOQ A;  2F14 A;  5JQT A;  3IBL A;  5DOH A;  1FR7 A;  3IBN A;  1I9M A;  1TG9 A;  4Z1E A;  1V9I C;  5HPJ A;  5JEP B;  3M1Q A;  1Z9Y A;  4FIK A;  3N3J A;  3V3F A;  4WW8 A;  4E5Q A;  1ZFQ A;  1BNQ A;  2EU2 A;  3S8X A;  2ABE A;  3OIM A;  4RUY A;  4Y0J A;  4Z1K A;  1TG3 A;  3UYN A;  3F4X A;  4Q83 A;  1CNB A;  3DVD A;  3NJ9 A;  5FLO A;  1ZSC A;  4Q7W A;  1CAM A;  1BN1 A;  2CBE A;  2WEG A;  4E3H A;  2X7S A;  3S97 A;  3FE4 A;  3KWA A;  4RIU A;  3DV7 A;  1CAH A;  2HOC A;  3PJJ A;  3SAP A;  1IF7 A;  1CAJ A;  2O4Z A;  4E3G A;  3KKX A;  1G4J A;  5FLP A;  4R5A A;  5EKJ A;  3K34 A;  4CAC A;  1G46 A;  5EH5 A;  3ZNC A;  2W2J A;  2AW1 A;  3UYQ A;  4ZX1 A;  3RLD A;  2EU3 A;  1JV0 A;  1RZA A;  4N16 A;  4X5S A;  4M2R A;  1G1D A;  4PXX A;  2GD8 A;  5DSJ A;  4FRC A;  1CNX A;  3FFP X;  3DCS A;  4HT2 A;  3DAZ A;  4KUV A;  1YDD A;  4Q06 A;  4Z1J A;  1XEV A;  3OIK A;  5BNL A;  1YO1 A;  3M98 A;  3B4F A;  3OKV A;  5E2K A;  4PYX A;  1YO0 A;  4HEY A;  3VBD A;  3R16 A;  4QJP A;  4KP8 A;  4QY3 A;  3L14 A;  4L5V A;  5DVX A;  3IEO A;  1T9N A;  1XPZ A;  4JSW A;  1TTM A;  1G0F A;  2NXT A;  4QJO A;  1CVD A;  3JXH C;  3M5S A;  4MTY A;  4PYY A;  4PQ7 A;  3KLD B;  3M96 A;  5CJF A;  2POW A;  4WR7 A;  2NN7 A;  2FOV A;  3PO6 A;  1XEG A;  5JG3 B;  3RJ7 A;  3MNI A;  1CRA A;  2FMG A;  3HKQ A;  4E3D A;  5CA2 A;  1CAK A;  2FOY A;  2NNG A;  3F8E A;  3S77 B;  1UGB A;  5EHV A;  1TEQ X;  4Q07 A;  3U47 A;  4RFC A;  3F7U A;  3HKU A;  3ML2 A;  5L3O A;  1CA2 A;  4QIY A;  3RG3 A;  1CRM A;  3Q31 A;  3RYX B;  3S9T A;  4Q7V A;  1JCZ A;  1CIL A;  1ZGE A;  3CAJ A;  5AML A;  4YXI A;  4Q8X A;  4CNW A;  5E5R A;  5DSM A;  1RZD A;  3MNA A;  1HEA A;  3P5L A;  5FL4 A;  4MDG A;  1FQN A;  1KOP A;  5EHW A;  2GEH A;  2OSM A;  1CNJ A;  5SZ7 A;  1BN3 A;  3M40 A;  3CZV A;  3M5T A;  1J9W A;  1I9N A;  3MZC A;  1HCA A;  3DCC A;  1ZGF A;  2CBA A;  4IDR X;  3S72 B;  4Q99 A;  4XIX A;  4K13 A;  1LG6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2NXTA

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