2W2J | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	268
structure length	268
Chain Sequence	EEEGVEWGYEEGVEWGLVFPDANGEYQSPINLNSREARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVILKSKSVLSGGPLPQGHEFELYEVRFHWGRENQRGSEHTVNFKAFPMELHLIHWNSTLFGSIDEAVGKPHGIAIIALFVQIGKEHVGLKAVTEILQDIQYKGKSKTIPCFNPNTLLPDPLLRDYWVYEGSLTIPPCSEGVTWILFRYPLTISQLQIEEFRRLRTHVKGAELVEGCDGILGDNFRPTQPLSDRVIRAAFQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__57861197144913__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__57861197144913__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2w2j/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__57861197144913__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"57861197144913","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2w2j/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__57861197144913__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure of Human Carbonic Anhydrase-Related Protein Viii Reveals the Basis for Catalytic Silencing. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE-RELATED PROTEIN
total genus	78
structure length	268
sequence length	268
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2008-10-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2w2jA00

4Q8XA 1BV3A 3S75B 3EFTA 3VBDA 3M1WA 4K0TA 4MDGA 1CAJA 5L6KA 4M2WA 3ML2A 4G7AA 1RAYA 4E3HA 5JQ0A 3F8EA 1FLJA 4RH2A 4QK2A 2FOUA 5A25A 4KNMA 4KUWA 4Q7VA 5E2MA 1CNXA 1T9NA 3OILA 4MDMA 5DSNA 3S74B 5JG3B 3T5ZA 3MMFA 3TMJA 3S78B 1FQMA 3DV7A 1CAYA 2WD3A 1KOPA 1KWQA 4QTLA 5DSLA 3T85A 2O4ZA 1HUHA 3F4XA 1OKMA 3ZP9A 1LG6A 5SZ5A 3RYXB 1I8ZA 2NMXA 1RAZA 1TBTX 5FDIA 4ETQC 3NB5A 3S97A 1KWRA 3V3IB 1CNJA 4Q87A 2POVA 4UOVA 1Y7WA 3V3GB 1FSNA 1Z97A 1OQ5A 4Q08A 3D8WA 4Q90A 3KLDB 4L5VA 4PQ7A 5BRUA 4Q9YA 2AX2A 4YHAA 1HCAA 3M14A 3MZCA 2AW1A 3L14A 1CZMA 2CBDA 3M67A 4FU5A 1XQ0A 5JG5B 5SZ4A 5FLSA 3S76A 5AMDA 4QJXA 5BRWA 4R59A 5FDCA 1Z93A 1CVEA 3M2YA 2CBAA 4Y0JA 4YGLA 1G6VA 1HEBA 1CVDA 5FNIA 1BCDA 5G0CA 3M5SA 4Q81A 5FNJA 5CJFA 1HECA 2H15A 5EKJA 2HL4A 4LHIA 3IEOA 1TG9A 5FL5A 4Q06A 3T84A 1Z9YA 1CNWA 1TEQX 4RN4A 1CNBA 4QJWA 1CNKA 2W2JA 3DVDA 1CIMA 3N4BA 1JD0A 4KNNA 3RJ7A 3M5EA 4PXXA 3S73B 3T82A 5BNLA 2NN7A 4Q07A 4C3TA 1CANA 3PYKA 3DA2A 1CRAA 3M2NA 3MYQA 4DZ7A 2FOVA 1CVHA 4Q49A 4LP6A 1IF7A 3HFPA 1CCUA 3KONA 1CINA 3V3FA 2NWYA 1DCBA 4E49A 2QP6A 5JESB 4HF3A 4K13A 5JQTA 3Q31A 1YDCA 6CA2A 2FNMA 5FL4A 1YO1A 1I9PA 4Q99A 3R17B 4QSBA 3MNIA 4ZWIA 4QEFA 7CA2A 1G1DA 2NWOA 4CACA 4QSJA 3DCSA 1F2WA 4RUYA 5BYIA 1CNHA 1YDAA 2POWA 1I9OA 3EFIA 3F7BA 3MHMA 1YDBA 4KAPA 2X7UA 1RZBA 4WW6A 1CVCA 3C7PA 4KV0A 4TWLA 1RZDA 3KOKA 4FVNA 4RIVA 3S9TA 3M96A 4WW8A 2OSFA 2X7SA 5DSQA 5EHVA 2CBEA 5G03A 3JXFA 1BNNA 3KS3A 4CNWA 3KNEA 3M1JA 5DSIA 4K1QA 3HS4A 3LXEA 1I90A 3IBLA 3MNHA 3U3AX 3DVBA 3P3HA 1DMYA 5FNHA 3RZ1B 4Q78A 4HBAA 1XPZA 5E2KA 3N2PA 5SZ0A 5SZ1A 3SAPA 4YGNA 3GZ0A 3M5TA 3OYSA 4BF1A 3K34A 4MO8A 4WUPA 3JXHC 3OKVA 4XIXA 1BNTA 4WL4A 5SZ3A 3FE4A 4KNJA 1H4NA 1UGCA 1XEGA 5LMDA 3P5AA 3M3XA 4Z1JA 3V7XA 1CAIA 3V5GA 1OKNA 1ZSBA 3OYQA 1CAHA 5FNGA 4IDRX 1H9QA 3SBIA 4CNRA 1G52A 1HEDA 3BETA 1TB0X 3V2JA 3W6HA 1LUGA 2GD8A 1FQLA 1FR7A 3IAIA 4R5BA 1TEUX 1UGFA 4RFDA 5EKMA 5FLRA 2FMGA 2HOCA 4XIWA 2WEHA 3RYVB 1CALA 4ZWYA 1I9NA 1LG5A 4FIKA 4RUZA 5EOIA 3T5UA 4R5AA 4HT0A 1FSQA 3SBHA 1UGAA 1I91A 1J9WA 1ZSAA 3KKXA 3P55A 4QJMA 5SZ6A 3RZ0B 3RGEA 1CILA 5DSPA 5FLPA 1CNCA 3CA2A 2NWPA 2ILIA 3D93A 1IF4A 4Q09A 5G01A 1HVAA 1RZEA 2F14A 4PYYA 5CACA 3IBIA 3V3JA 3MNUA 2NNGA 1FR4A 1CAKA 1G4JA 4G0CA 2X7TA 4QK3A 1FQRA 3BL1A 3BL0A 4YGJA 4Z1EA 3KIGA 1XEVA 4KNIA 4E4AA 3D9ZA 4E5QA 5EH7A 1I9LA 1CA2A 5EIJA 1BNWA 3DC9A 1TTMA 3B1BA 3M98A 4JSAA 4Q8YA 4CNVA 1I9MA 1HUGA 2HD6A 4M2UA 5DOGA 1G46A 4YGFA 5G0BA 2NXTA 5E5UA 1BN3A 3RYYA 1G48A 3NJ9A 3RZ8A 2FOQA 1FSRA 2OSMA 1V9IC 4HT2A 5FLOA 1CA3A 1BNQA 3HKTA 5CA2A 5JGTB 2WEJA 8CA2A 5E2RA 3DBUA 1JV0A 4Q8ZA 3U7CA 2EZ7A 3KOIA 3OIKA 3TVOX 1CAOA 1CCSA 3IBNA 5L3OA 3HKQA 3HKUA 5FNMA 1BICA 3U47A 3M04A 2Q38A 1RJ5A 1ZSCA 3DD0A 5JEGB 1AVNA 1JCZA 3N3JA 5DSMA 3PJJA 3M1QA 4Q7WA 3NI5A 4HEWA 4M2VA 3RYJB 1IF6A 1G0EA 4YXIA 4FPTA 3MNJA 5DSJA 2WD2A 1CNYA 1LZVA 4IWZA 3M1KA 4WUQA 4Z0QA 1CVBA 4QIZA 4FRCA 1CVFA 3OIMA 1CRMA 1YDDA 5AMLA 3CYUA 1HEAA 1YO2A 1YO0A 3N0NA 1ZGFA 4ILXA 2NXRA 4COQA 4Q7PA 1A42A 3CZVA 4Q6EA 4K0ZA 3KWAA 4QK1A 4QY3A 3P58A 4E3FA 5E28A 3DCCA 2POUA 3FFPX 3DCWA 4RIUA 4MLTA 2NNOA 3UYQA 4XFWA 3B4FA 4TWMA 1ZH9A 4E9OX 1CCTA 3OY0A 3RZ7A 4RFCA 1G53A 4QJPA 4X5SA 3QYKA 2NXSA 4ZX0A 4DZ9A 5EKHA 1TE3X 2HKKA 3JXGA 5DSOA 4E3DA 5JEHB 1G3ZA 3W6IA 4QSIA 3IBUA 2VVBX 4MDLA 5EZTX 5BRVA 3MDZA 4YXOA 4QIYA 3ZNCA 1CVAA 1G45A 1IF5A 4ZX1A 3P3JA 3S77B 1V9EA 1IF8A 3RG3A 3RLDA 4ITOA 4Z1KA 4L5UA 3MHLA 2FNKA 12CAA 3V3HB 4HU1A 3MHOA 4QJ0A 4YYTA 2NNVA 1BNMA 1FQNA 1MUAA 5CLUA 4LU3A 3IGPA 5C8IA 4ZWXA 1KOQA 1UGGA 2CABA 3DAZA 4Q83A 1DMXA 4YGKA 2Q1BA 3TVNX 5E5RA 2CBBA 3MNKA 1BN1A 5JEPB 4BF6A 4Q6DA 2EU3A 3D92A 3DVCA 4XE1A 1TH9A 5E2NA 4CA2A 5SZ2A 5DVXA 1IF9A 2NNSA 1RZCA 4Q7SA 4WR7A 1ZFQA 1KEQA 3MHCA 5AMGA 5E2SA 4JS6A 3OKUA 5JDVB 2FW4A 1H9NA 1I9QA 5J8ZA 1TG3A 3S72B 1CAZA 1HCBA 4KP5A 4BCWA 4Q0LA 2ZNCA 4E3GA 4M2RA 2FOYA 3D0NA 3HKNA 5IPZA 1URTA 1RZAA 4PZHA 3K7KA 4CQ0A 3MNAA 3S71B 4JSWA 4HEYA 3P44A 4HEZA 2GEHA 1ZFKA 1OKLA 3T83A 4N0XB 5A6HA 2Q1QA 2ABEA 4ITPA 1BN4A 3DC3A 3RZ5A 1G0FA 2IT4A 2NN1A 2CA2A 1CNGA 1G4OA 4L5WA 3K2FA 4QJOA 3PO6A 2FMZA 5FNLA 4Z1NA 4QSAA 4K0SA 3CAJA 4KUVA 3RG4A 1ZE8A 3FW3A 2VVAX 5FL6A 4YX4A 5JGSB 3M2ZA 5DSRA 2HNCA 3M2XA 3UYNA 1UGBA 4PYXA 2FNNA 1MOOA 2WEOA 3RYZA 2NWZA 2QOAA 4XZ5A 3M40A 1ZNCA 2HFWA 1ZGEA 4JSZA 4FVOA 5DOHA 5HPJA 4ZWZA 1CAMA 4N16A 3V2MA 4ZAOA 2WEGA 4KP8A 1CNIA 3MWOA 2QO8A 4MTYA 4YXUA 5SZ7A 5FLQA 4RUXA 3HLJA 1DCAA 3DD8A 5EHWA 4JSSA 1BZMA 5EHEA 1AZMA 1THKA 4GL1X 2EU2A 3P5LA 3S8XA 4KUYA 4MLXA 1G54A 9CA2A 1EOUA 3F7UA 5DSKA 5EH8A 1BNVA 4CNXA 2H4NA 4YVYA 3P4VA 5DRSA 1UGEA 1AM6A 3SAXA 3MHIA 4FL7A 3U45X 2CBCA 2FOSA 5FNKA 1UGDA 1LGDA 4YWPA 3ML5A 1BNUA 1RJ6A 5EH5A 5FLTA 3R16A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q8X A;  1BV3 A;  3S75 B;  3EFT A;  3VBD A;  3M1W A;  4K0T A;  4MDG A;  1CAJ A;  5L6K A;  4M2W A;  3ML2 A;  4G7A A;  1RAY A;  4E3H A;  5JQ0 A;  3F8E A;  1FLJ A;  4RH2 A;  4QK2 A;  2FOU A;  5A25 A;  4KNM A;  4KUW A;  4Q7V A;  5E2M A;  1CNX A;  1T9N A;  3OIL A;  4MDM A;  5DSN A;  3S74 B;  5JG3 B;  3T5Z A;  3MMF A;  3TMJ A;  3S78 B;  1FQM A;  3DV7 A;  1CAY A;  2WD3 A;  1KOP A;  1KWQ A;  4QTL A;  5DSL A;  3T85 A;  2O4Z A;  1HUH A;  3F4X A;  1OKM A;  3ZP9 A;  1LG6 A;  5SZ5 A;  3RYX B;  1I8Z A;  2NMX A;  1RAZ A;  1TBT X;  5FDI A;  4ETQ C;  3NB5 A;  3S97 A;  1KWR A;  3V3I B;  1CNJ A;  4Q87 A;  2POV A;  4UOV A;  1Y7W A;  3V3G B;  1FSN A;  1Z97 A;  1OQ5 A;  4Q08 A;  3D8W A;  4Q90 A;  3KLD B;  4L5V A;  4PQ7 A;  5BRU A;  4Q9Y A;  2AX2 A;  4YHA A;  1HCA A;  3M14 A;  3MZC A;  2AW1 A;  3L14 A;  1CZM A;  2CBD A;  3M67 A;  4FU5 A;  1XQ0 A;  5JG5 B;  5SZ4 A;  5FLS A;  3S76 A;  5AMD A;  4QJX A;  5BRW A;  4R59 A;  5FDC A;  1Z93 A;  1CVE A;  3M2Y A;  2CBA A;  4Y0J A;  4YGL A;  1G6V A;  1HEB A;  1CVD A;  5FNI A;  1BCD A;  5G0C A;  3M5S A;  4Q81 A;  5FNJ A;  5CJF A;  1HEC A;  2H15 A;  5EKJ A;  2HL4 A;  4LHI A;  3IEO A;  1TG9 A;  5FL5 A;  4Q06 A;  3T84 A;  1Z9Y A;  1CNW A;  1TEQ X;  4RN4 A;  1CNB A;  4QJW A;  1CNK A;  2W2J A;  3DVD A;  1CIM A;  3N4B A;  1JD0 A;  4KNN A;  3RJ7 A;  3M5E A;  4PXX A;  3S73 B;  3T82 A;  5BNL A;  2NN7 A;  4Q07 A;  4C3T A;  1CAN A;  3PYK A;  3DA2 A;  1CRA A;  3M2N A;  3MYQ A;  4DZ7 A;  2FOV A;  1CVH A;  4Q49 A;  4LP6 A;  1IF7 A;  3HFP A;  1CCU A;  3KON A;  1CIN A;  3V3F A;  2NWY A;  1DCB A;  4E49 A;  2QP6 A;  5JES B;  4HF3 A;  4K13 A;  5JQT A;  3Q31 A;  1YDC A;  6CA2 A;  2FNM A;  5FL4 A;  1YO1 A;  1I9P A;  4Q99 A;  3R17 B;  4QSB A;  3MNI A;  4ZWI A;  4QEF A;  7CA2 A;  1G1D A;  2NWO A;  4CAC A;  4QSJ A;  3DCS A;  1F2W A;  4RUY A;  5BYI A;  1CNH A;  1YDA A;  2POW A;  1I9O A;  3EFI A;  3F7B A;  3MHM A;  1YDB A;  4KAP A;  2X7U A;  1RZB A;  4WW6 A;  1CVC A;  3C7P A;  4KV0 A;  4TWL A;  1RZD A;  3KOK A;  4FVN A;  4RIV A;  3S9T A;  3M96 A;  4WW8 A;  2OSF A;  2X7S A;  5DSQ A;  5EHV A;  2CBE A;  5G03 A;  3JXF A;  1BNN A;  3KS3 A;  4CNW A;  3KNE A;  3M1J A;  5DSI A;  4K1Q A;  3HS4 A;  3LXE A;  1I90 A;  3IBL A;  3MNH A;  3U3A X;  3DVB A;  3P3H A;  1DMY A;  5FNH A;  3RZ1 B;  4Q78 A;  4HBA A;  1XPZ A;  5E2K A;  3N2P A;  5SZ0 A;  5SZ1 A;  3SAP A;  4YGN A;  3GZ0 A;  3M5T A;  3OYS A;  4BF1 A;  3K34 A;  4MO8 A;  4WUP A;  3JXH C;  3OKV A;  4XIX A;  1BNT A;  4WL4 A;  5SZ3 A;  3FE4 A;  4KNJ A;  1H4N A;  1UGC A;  1XEG A;  5LMD A;  3P5A A;  3M3X A;  4Z1J A;  3V7X A;  1CAI A;  3V5G A;  1OKN A;  1ZSB A;  3OYQ A;  1CAH A;  5FNG A;  4IDR X;  1H9Q A;  3SBI A;  4CNR A;  1G52 A;  1HED A;  3BET A;  1TB0 X;  3V2J A;  3W6H A;  1LUG A;  2GD8 A;  1FQL A;  1FR7 A;  3IAI A;  4R5B A;  1TEU X;  1UGF A;  4RFD A;  5EKM A;  5FLR A;  2FMG A;  2HOC A;  4XIW A;  2WEH A;  3RYV B;  1CAL A;  4ZWY A;  1I9N A;  1LG5 A;  4FIK A;  4RUZ A;  5EOI A;  3T5U A;  4R5A A;  4HT0 A;  1FSQ A;  3SBH A;  1UGA A;  1I91 A;  1J9W A;  1ZSA A;  3KKX A;  3P55 A;  4QJM A;  5SZ6 A;  3RZ0 B;  3RGE A;  1CIL A;  5DSP A;  5FLP A;  1CNC A;  3CA2 A;  2NWP A;  2ILI A;  3D93 A;  1IF4 A;  4Q09 A;  5G01 A;  1HVA A;  1RZE A;  2F14 A;  4PYY A;  5CAC A;  3IBI A;  3V3J A;  3MNU A;  2NNG A;  1FR4 A;  1CAK A;  1G4J A;  4G0C A;  2X7T A;  4QK3 A;  1FQR A;  3BL1 A;  3BL0 A;  4YGJ A;  4Z1E A;  3KIG A;  1XEV A;  4KNI A;  4E4A A;  3D9Z A;  4E5Q A;  5EH7 A;  1I9L A;  1CA2 A;  5EIJ A;  1BNW A;  3DC9 A;  1TTM A;  3B1B A;  3M98 A;  4JSA A;  4Q8Y A;  4CNV A;  1I9M A;  1HUG A;  2HD6 A;  4M2U A;  5DOG A;  1G46 A;  4YGF A;  5G0B A;  2NXT A;  5E5U A;  1BN3 A;  3RYY A;  1G48 A;  3NJ9 A;  3RZ8 A;  2FOQ A;  1FSR A;  2OSM A;  1V9I C;  4HT2 A;  5FLO A;  1CA3 A;  1BNQ A;  3HKT A;  5CA2 A;  5JGT B;  2WEJ A;  8CA2 A;  5E2R A;  3DBU A;  1JV0 A;  4Q8Z A;  3U7C A;  2EZ7 A;  3KOI A;  3OIK A;  3TVO X;  1CAO A;  1CCS A;  3IBN A;  5L3O A;  3HKQ A;  3HKU A;  5FNM A;  1BIC A;  3U47 A;  3M04 A;  2Q38 A;  1RJ5 A;  1ZSC A;  3DD0 A;  5JEG B;  1AVN A;  1JCZ A;  3N3J A;  5DSM A;  3PJJ A;  3M1Q A;  4Q7W A;  3NI5 A;  4HEW A;  4M2V A;  3RYJ B;  1IF6 A;  1G0E A;  4YXI A;  4FPT A; 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2W2JA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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