2X7T | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__579056560094336__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__579056560094336__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2x7t/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__579056560094336__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"579056560094336","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2x7t/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__579056560094336__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfde4f8843a1e24fb69e84f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfde4f8843a1e24fb69e84f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfde4f8843a1e24fb69e84f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfde4f8843a1e24fb69e84f/pdb.gz): 86 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structures of Human Carbonic Anhydrase II/Inhibitor Complexes Reveal a Second Binding Site for Steroidal and Non-Steroidal Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CARBONIC ANHYDRASE 2
total genus	75
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-03-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	2x7tA00

3BL0A 3M2XA 1YO1A 3MHCA 1CAYA 1G3ZA 3S77B 1UGDA 1I8ZA 1OKNA 3U47A 5CA2A 3DC3A 3CAJA 4ITPA 4M2VA 4ITOA 3MHOA 3KKXA 4UOVA 5JESB 2NXRA 2QP6A 3RGEA 4FU5A 1HCBA 3M2NA 4MTYA 1IF4A 5FLQA 5DVXA 5HPJA 3N2PA 3RYVB 4JSAA 3HKQA 1DMXA 4HEYA 3V2JA 1HCAA 4Q90A 5EKJA 5CJFA 1YO2A 5EKHA 2Q38A 3DCCA 4Q6DA 3P4VA 4Q99A 4K13A 1V9EA 1OQ5A 4IWZA 4YXIA 4HU1A 4Q06A 5FLRA 4Q49A 5DSLA 4LU3A 4YYTA 1Z97A 3ML2A 3B1BA 3DD8A 5A6HA 3OIMA 4HT0A 1G0EA 2QOAA 1TH9A 4HF3A 2CA2A 1YDCA 1CAZA 1YDDA 4RIVA 3UYQA 1CCUA 3M1QA 1G48A 3P5LA 2NWYA 1I9LA 2WEJA 5FLSA 1ZFQA 5EHVA 4WW6A 3HKTA 2WD2A 3V3IB 4QTLA 3SBHA 3IAIA 1G53A 2FMGA 5BYIA 5FNMA 1OKLA 4WL4A 1JD0A 5JEGB 2Q1QA 1YDAA 1YO0A 2X7TA 4M2RA 1CZMA 2X7UA 3P5AA 1RJ6A 5FNLA 3MNUA 4Q0LA 2X7SA 5L3OA 4JSZA 1XQ0A 4E3HA 4TWLA 5SZ1A 3K2FA 1KWRA 1DCAA 1FQMA 3M1KA 5BRWA 4PYXA 3F8EA 3M98A 2WEGA 3L14A 5JEHB 3NI5A 2HFWA 3RYYA 1HEAA 4CA2A 3NB5A 4MLTA 4Q07A 4YX4A 1LGDA 1H4NA 1EOUA 1FSNA 5G0BA 3W6IA 3OKUA 5FLOA 3D0NA 5BRUA 1TE3X 1IF6A 3D8WA 4QSJA 1J9WA 1RAYA 1I9QA 3W6HA 4M2UA 2FOYA 3FW3A 2FNKA 4LP6A 1CNKA 4FRCA 1CVCA 3RYZA 4Z0QA 4KAPA 1BN3A 4K0SA 3S75B 3F7UA 1G52A 4R5BA 4G0CA 1UGAA 3C7PA 4CNRA 4YXUA 3P58A 4KNNA 3KOIA 3HKUA 4N16A 4RH2A 2QO8A 3U3AX 3HLJA 1RJ5A 3OKVA 4Q6EA 1RZAA 3ML5A 5JGTB 1CRMA 2VVAX 4CNWA 3MNIA 1CNJA 2OSFA 1I91A 1CVAA 4QK2A 4L5VA 4QK1A 4FL7A 5SZ4A 4Q8ZA 1JV0A 3IBIA 5G01A 5FNJA 4E49A 3HS4A 1BNQA 4Q7WA 4WW8A 5SZ2A 5DOGA 3IBNA 5IPZA 3DVCA 4FPTA 5FNHA 3M04A 1ZSBA 3RZ0B 3TVNX 3S9TA 5E5RA 4HT2A 4YGFA 4KV0A 5E2NA 1CALA 1TBTX 1H9QA 1CAHA 3S71B 5FL6A 4PQ7A 4WR7A 4RIUA 3IGPA 1H9NA 1IF8A 3DD0A 4FVNA 4HBAA 5FNGA 3S97A 4Q7PA 4Q08A 3HFPA 1CAIA 5E28A 1CNXA 3F7BA 4Z1EA 5DRSA 4QSIA 5BNLA 5L6KA 2OSMA 2WEOA 4XZ5A 3RG3A 4PZHA 4L5WA 3OILA 2CBBA 1I9NA 3JXHC 5AMGA 1ZFKA 3S78B 1HEDA 1BCDA 3MHLA 1AZMA 1ZGFA 5DSKA 5EOIA 3V3FA 2NNGA 1BNMA 1G1DA 3Q31A 1TG9A 1CAMA 1THKA 5E2SA 2CBDA 1AVNA 3RYJB 4KNJA 4Z1NA 1G6VA 5SZ7A 2EZ7A 3MHMA 5AMDA 1BN4A 4XIXA 1HUGA 1ZH9A 3MNAA 1CVDA 4E3FA 1I9MA 1URTA 3OY0A 2POVA 4KNIA 3R17B 1CA2A 4WUQA 3RJ7A 1KWQA 5JEPB 4QJWA 1BN1A 3V3GB 4KP8A 3SBIA 1G45A 1CCSA 3BETA 5JQTA 5DSMA 3P44A 1FQNA 2NXSA 4K1QA 3VBDA 3P3HA 5DOHA 1CILA 3U7CA 5J8ZA 5FL5A 4Z1JA 4MDLA 2NNSA 4ZWIA 3S74B 1ZSCA 3T85A 4Y0JA 5E2KA 1CVEA 4E9OX 1ZE8A 3PYKA 1V9IC 2NXTA 4C3TA 4Q81A 3N4BA 1CVHA 1G4JA 3RZ5A 4N0XB 5DSNA 1FSRA 1CINA 4MDMA 3IBUA 2AX2A 1CRAA 4CNXA 5EHEA 5FDCA 5DSOA 1IF5A 1CNGA 3KIGA 5JG3B 4Q7VA 3SAPA 3CZVA 4YGKA 3K34A 2HD6A 5EIJA 4BCWA 7CA2A 3M1WA 3T5ZA 4QIYA 4Q9YA 2GD8A 5CLUA 5FNKA 2WEHA 5SZ0A 1DCBA 4RFCA 2POUA 1YDBA 3PO6A 4Q8XA 4ZWZA 2AW1A 4KNMA 4MLXA 4Q83A 4YGJA 2NN1A 3T83A 5E5UA 5FLTA 3V3JA 1BICA 3S8XA 4E3DA 3FE4A 3M2ZA 3DA2A 1CNCA 4K0ZA 3RZ8A 4BF6A 4LHIA 2CBEA 3V3HB 5FLPA 2ZNCA 4ZWYA 4COQA 4BF1A 2W2JA 1Z93A 2CBCA 1CNIA 5CACA 2HOCA 4QK3A 5G0CA 1CANA 1UGEA 1F2WA 3M5EA 2F14A 4Q7SA 4QJOA 4DZ9A 3RZ7A 1CVFA 1FQRA 5JQ0A 5DSJA 1BNWA 1KEQA 4XE1A 4Q78A 1I9OA 3MNHA 3D92A 4ILXA 3M3XA 4E5QA 5SZ6A 1CNBA 5DSRA 1HVAA 4HEZA 4Q8YA 1CCTA 3V7XA 5SZ5A 4KUWA 4KUYA 5EH7A 3TMJA 3KONA 1CNYA 2H4NA 3R16A 4ZX1A 3UYNA 1JCZA 3F4XA 1BNNA 1ZSAA 3MWOA 4QEFA 4Q87A 1OKMA 5EZTX 4QJPA 3IEOA 1XEGA 1BZMA 3M14A 4JS6A 5E2MA 4YWPA 1CNWA 3BL1A 2NMXA 4HEWA 4M2WA 2CABA 4QJMA 4QIZA 2HKKA 3DVBA 4Q09A 3DVDA 1RZCA 2NN7A 1ZNCA 5JDVB 1TB0X 2FOVA 3MNJA 1RAZA 1HUHA 1G46A 3MYQA 4JSWA 1RZEA 3KOKA 5DSQA 3DAZA 1LG6A 3OYQA 3MNKA 3NJ9A 1ZGEA 4E3GA 1FR4A 1AM6A 3DCSA 1XEVA 3M2YA 4G7AA 3T82A 1IF9A 5G03A 2NNOA 2Q1BA 2H15A 3M5SA 4PYYA 4RN4A 4ZWXA 4ZX0A 1TG3A 4R59A 4CNVA 12CAA 1MOOA 3D93A 3S73B 3P55A 1I90A 3GZ0A 3HKNA 3ZNCA 3DC9A 3DCWA 6CA2A 3M67A 1CIMA 4QJ0A 2ABEA 1FSQA 3DBUA 3RLDA 1Z9YA 4CACA 4E4AA 1KOQA 5JG5B 4FVOA 3OIKA 4R5AA 5BRVA 3ZP9A 3KWAA 4GL1X 3V5GA 5EH5A 2NWPA 2NNVA 8CA2A 4ZAOA 1CAOA 5E2RA 1DMYA 1RZBA 1FQLA 1XPZA 2VVBX 5DSPA 3CA2A 3T84A 3T5UA 3M40A 1I9PA 1UGGA 3IBLA 3QYKA 4KUVA 1UGBA 3JXFA 1FLJA 3RZ1B 3KNEA 4KP5A 2CBAA 3K7KA 4YHAA 5FL4A 1G0FA 1MUAA 5FDIA 3KLDB 5JGSB 1BNUA 3MDZA 3N0NA 4IDRX 1T9NA 3M5TA 5LMDA 1IF7A 4RUXA 3MMFA 3DV7A 3SAXA 1BV3A 3FFPX 2WD3A 4L5UA 5SZ3A 5EHWA 1TEUX 3RG4A 1BNTA 1CVBA 2ILIA 1LZVA 4WUPA 4DZ7A 1UGCA 1RZDA 4X5SA 1CNHA 3S72B 1G4OA 4RUZA 4Z1KA 3LXEA 2FOQA 4MDGA 1UGFA 3EFIA 1LG5A 4FIKA 2FNMA 3KS3A 5C8IA 4CQ0A 1BNVA 2GEHA 3M96A 2FNNA 4YGNA 2HNCA 5AMLA 2IT4A 1CA3A 4JSSA 5A25A 1G54A 3M1JA 5EH8A 2POWA 2FMZA 4RUYA 4QSAA 1HECA 2HL4A 3TVOX 3D9ZA 2FW4A 4XIWA 1TEQX 2O4ZA 3RYXB 1CAKA 4QJXA 5DSIA 2NWZA 2EU2A 3P3JA 1CAJA 4XFWA 4MO8A 4QSBA 3JXGA 2EU3A 3MZCA 3N3JA 4RFDA 4K0TA 4YXOA 2FOSA 9CA2A 3OYSA 1Y7WA 4YGLA 3V2MA 1FR7A 3B4FA 1TTMA 4PXXA 1HEBA 4QY3A 4YVYA 2FOUA 3EFTA 5EKMA 4ETQC 2NWOA 1LUGA 1KOPA 4TWMA 1A42A 5FNIA 3PJJA 3S76A 3U45X 3MHIA 3CYUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BL0 A;  3M2X A;  1YO1 A;  3MHC A;  1CAY A;  1G3Z A;  3S77 B;  1UGD A;  1I8Z A;  1OKN A;  3U47 A;  5CA2 A;  3DC3 A;  3CAJ A;  4ITP A;  4M2V A;  4ITO A;  3MHO A;  3KKX A;  4UOV A;  5JES B;  2NXR A;  2QP6 A;  3RGE A;  4FU5 A;  1HCB A;  3M2N A;  4MTY A;  1IF4 A;  5FLQ A;  5DVX A;  5HPJ A;  3N2P A;  3RYV B;  4JSA A;  3HKQ A;  1DMX A;  4HEY A;  3V2J A;  1HCA A;  4Q90 A;  5EKJ A;  5CJF A;  1YO2 A;  5EKH A;  2Q38 A;  3DCC A;  4Q6D A;  3P4V A;  4Q99 A;  4K13 A;  1V9E A;  1OQ5 A;  4IWZ A;  4YXI A;  4HU1 A;  4Q06 A;  5FLR A;  4Q49 A;  5DSL A;  4LU3 A;  4YYT A;  1Z97 A;  3ML2 A;  3B1B A;  3DD8 A;  5A6H A;  3OIM A;  4HT0 A;  1G0E A;  2QOA A;  1TH9 A;  4HF3 A;  2CA2 A;  1YDC A;  1CAZ A;  1YDD A;  4RIV A;  3UYQ A;  1CCU A;  3M1Q A;  1G48 A;  3P5L A;  2NWY A;  1I9L A;  2WEJ A;  5FLS A;  1ZFQ A;  5EHV A;  4WW6 A;  3HKT A;  2WD2 A;  3V3I B;  4QTL A;  3SBH A;  3IAI A;  1G53 A;  2FMG A;  5BYI A;  5FNM A;  1OKL A;  4WL4 A;  1JD0 A;  5JEG B;  2Q1Q A;  1YDA A;  1YO0 A;  2X7T A;  4M2R A;  1CZM A;  2X7U A;  3P5A A;  1RJ6 A;  5FNL A;  3MNU A;  4Q0L A;  2X7S A;  5L3O A;  4JSZ A;  1XQ0 A;  4E3H A;  4TWL A;  5SZ1 A;  3K2F A;  1KWR A;  1DCA A;  1FQM A;  3M1K A;  5BRW A;  4PYX A;  3F8E A;  3M98 A;  2WEG A;  3L14 A;  5JEH B;  3NI5 A;  2HFW A;  3RYY A;  1HEA A;  4CA2 A;  3NB5 A;  4MLT A;  4Q07 A;  4YX4 A;  1LGD A;  1H4N A;  1EOU A;  1FSN A;  5G0B A;  3W6I A;  3OKU A;  5FLO A;  3D0N A;  5BRU A;  1TE3 X;  1IF6 A;  3D8W A;  4QSJ A;  1J9W A;  1RAY A;  1I9Q A;  3W6H A;  4M2U A;  2FOY A;  3FW3 A;  2FNK A;  4LP6 A;  1CNK A;  4FRC A;  1CVC A;  3RYZ A;  4Z0Q A;  4KAP A;  1BN3 A;  4K0S A;  3S75 B;  3F7U A;  1G52 A;  4R5B A;  4G0C A;  1UGA A;  3C7P A;  4CNR A;  4YXU A;  3P58 A;  4KNN A;  3KOI A;  3HKU A;  4N16 A;  4RH2 A;  2QO8 A;  3U3A X;  3HLJ A;  1RJ5 A;  3OKV A;  4Q6E A;  1RZA A;  3ML5 A;  5JGT B;  1CRM A;  2VVA X;  4CNW A;  3MNI A;  1CNJ A;  2OSF A;  1I91 A;  1CVA A;  4QK2 A;  4L5V A;  4QK1 A;  4FL7 A;  5SZ4 A;  4Q8Z A;  1JV0 A;  3IBI A;  5G01 A;  5FNJ A;  4E49 A;  3HS4 A;  1BNQ A;  4Q7W A;  4WW8 A;  5SZ2 A;  5DOG A;  3IBN A;  5IPZ A;  3DVC A;  4FPT A;  5FNH A;  3M04 A;  1ZSB A;  3RZ0 B;  3TVN X;  3S9T A;  5E5R A;  4HT2 A;  4YGF A;  4KV0 A;  5E2N A;  1CAL A;  1TBT X;  1H9Q A;  1CAH A;  3S71 B;  5FL6 A;  4PQ7 A;  4WR7 A;  4RIU A;  3IGP A;  1H9N A;  1IF8 A;  3DD0 A;  4FVN A;  4HBA A;  5FNG A;  3S97 A;  4Q7P A;  4Q08 A;  3HFP A;  1CAI A;  5E28 A;  1CNX A;  3F7B A;  4Z1E A;  5DRS A;  4QSI A;  5BNL A;  5L6K A;  2OSM A;  2WEO A;  4XZ5 A;  3RG3 A;  4PZH A;  4L5W A;  3OIL A;  2CBB A;  1I9N A;  3JXH C;  5AMG A;  1ZFK A;  3S78 B;  1HED A;  1BCD A;  3MHL A;  1AZM A;  1ZGF A;  5DSK A;  5EOI A;  3V3F A;  2NNG A;  1BNM A;  1G1D A;  3Q31 A;  1TG9 A;  1CAM A;  1THK A;  5E2S A;  2CBD A;  1AVN A;  3RYJ B;  4KNJ A;  4Z1N A;  1G6V A;  5SZ7 A;  2EZ7 A;  3MHM A;  5AMD A;  1BN4 A;  4XIX A;  1HUG A;  1ZH9 A;  3MNA A;  1CVD A;  4E3F A;  1I9M A;  1URT A;  3OY0 A;  2POV A;  4KNI A;  3R17 B;  1CA2 A;  4WUQ A;  3RJ7 A;  1KWQ A;  5JEP B;  4QJW A;  1BN1 A;  3V3G B;  4KP8 A;  3SBI A;  1G45 A;  1CCS A;  3BET A;  5JQT A;  5DSM A;  3P44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2X7TA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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