3B4F | Genus

Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4833257667467037__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4833257667467037__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3b4f/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4833257667467037__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4833257667467037","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3b4f/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4833257667467037__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Carbonic anhydrase inhibitors. Interaction of 2-(hydrazinocarbonyl)-3-phenyl-1H-indole-5-sulfonamide with 12 mammalian isoforms: kinetic and X-ray crystallographic studies. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
total genus	80
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2007-10-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3b4fA00

3M2NA 3S72B 3W6HA 4RIUA 1CIMA 4QTLA 4YXIA 3ZNCA 3FFPX 4Q9YA 1BNTA 5G0BA 3RZ5A 1CNIA 1I9PA 4MDMA 1HCAA 3M67A 3DCCA 1CNWA 3S76A 3K2FA 3S97A 4XE1A 3DBUA 5AMLA 4KUYA 1TB0X 1CILA 3KONA 4FVNA 3MDZA 4QJWA 1TTMA 4Q6EA 2EZ7A 1FSQA 4BF6A 4HEYA 1FQNA 3U3AX 4E3DA 5SZ0A 3M04A 3NB5A 3V3JA 1Y7WA 1ZSAA 4HEZA 4KNNA 2AW1A 1G0EA 3OIMA 3T5UA 3S9TA 4L5VA 3S77B 2GEHA 1IF7A 2POUA 3MWOA 4Q78A 5DSPA 1YO1A 4E3FA 2NWOA 3MHOA 1UGCA 1RZDA 3K34A 4HT0A 3VBDA 4HBAA 1Z9YA 3V2JA 3QYKA 5FNHA 8CA2A 3MHMA 3UYQA 5CJFA 1BNUA 3Q31A 3MNAA 1I90A 3EFIA 3S75B 4XFWA 1HEBA 1OKMA 3V5GA 1YO2A 2ZNCA 3HKNA 1IF4A 5CLUA 3IAIA 4WL4A 2F14A 4YXUA 4YX4A 3R16A 1BN1A 5EHEA 2GD8A 5A25A 3K7KA 1HCBA 1G52A 2FMGA 4Q7PA 5DSKA 5BNLA 2POWA 1ZFKA 5LMDA 4WUQA 1BNNA 1I9QA 4ETQC 3MNIA 3HKTA 1CRAA 3MNHA 4ITPA 1CNXA 1TG3A 2H4NA 2VVAX 3L14A 5EZTX 3V2MA 3M98A 5EH7A 4QSIA 3S71B 1LG5A 3NI5A 4BF1A 1ZSBA 1G45A 2O4ZA 1CNKA 4QK1A 4K13A 1OQ5A 4HEWA 1AZMA 3OKVA 1HUGA 5JDVB 1CVHA 5SZ3A 2OSMA 1BV3A 1G4JA 2CBBA 3JXHC 1YDAA 2FNMA 5FLSA 5CA2A 4ZWYA 1CA2A 2Q38A 3M14A 3KOIA 3DC3A 4ZX1A 3M2XA 4CNXA 2FOUA 5DSQA 2NNGA 3CZVA 1CNGA 1OKLA 2WEJA 3CYUA 4Q07A 1CA3A 1BN4A 4FRCA 3RYVB 5L3OA 2HD6A 1DCAA 4QJMA 3M40A 5FLRA 5JG5B 4YHAA 1EOUA 5EHVA 5DSRA 1CCTA 1CNHA 3NJ9A 6CA2A 3MMFA 3FW3A 3PJJA 3M3XA 4MO8A 1IF5A 5C8IA 1G53A 4XIWA 5A6HA 4XIXA 3KLDB 2FOVA 7CA2A 1IF8A 5SZ5A 3F4XA 3M1WA 4FU5A 4QIZA 4R5BA 1FLJA 1UGDA 2X7SA 3M5EA 4YGLA 1UGEA 2NNSA 5AMGA 1AVNA 3C7PA 4KP8A 4MLTA 4TWMA 5E5UA 5FL5A 3HS4A 5EOIA 4GL1X 4CNRA 2ABEA 1G0FA 1ZFQA 3RLDA 5IPZA 4M2WA 2IT4A 4KUVA 3CA2A 1TBTX 2NXSA 1I9LA 3DAZA 3OIKA 4Q8ZA 1G1DA 5G0CA 1UGFA 2CBEA 1ZH9A 1BNWA 4Q49A 2NNOA 4Q8YA 2FOSA 5FLPA 4QJXA 5EKJA 1I9OA 3P44A 3CAJA 3V3GB 1JV0A 4UOVA 3M5TA 1CVFA 3OY0A 4QK3A 3IGPA 2HFWA 4M2RA 1A42A 1YDBA 3UYNA 4HF3A 4BCWA 3LXEA 3MNUA 3U7CA 3P3JA 4RFCA 1FSRA 4ZWXA 5JEPB 5E2NA 1H9QA 3IBUA 4RUXA 4Q0LA 1CNYA 5G01A 5JG3B 2EU3A 4K0SA 5FLTA 3P5LA 3MHLA 1ZSCA 3SBIA 4E5QA 3R17B 1G46A 5DSLA 4XZ5A 2WEHA 3M1QA 1T9NA 2FMZA 4E4AA 4ZWZA 1Z97A 3T84A 4KNJA 1KWQA 5SZ4A 1H4NA 1XQ0A 5DOHA 1I8ZA 4KNMA 4QSAA 2H15A 2NN7A 4QJOA 2WD2A 4L5WA 4YVYA 3D0NA 4JSSA 3D92A 4K0TA 4IDRX 2POVA 1I91A 4ZWIA 4JSAA 3TMJA 3U47A 1FQRA 5DSIA 2CABA 4YXOA 1XPZA 5BRWA 3KIGA 1JCZA 1FSNA 1DCBA 1DMYA 4Y0JA 4E3GA 3GZ0A 5JEHB 3MHIA 4KAPA 4PYXA 1HVAA 1XEGA 3S73B 4COQA 3MNJA 3RG4A 1G6VA 5DVXA 4Q09A 1G4OA 4QIYA 2NNVA 4K1QA 1CALA 3M2YA 3MNKA 5FL4A 4ZAOA 4PXXA 1ZNCA 2HNCA 1FR7A 1TEUX 3P55A 4JSWA 4K0ZA 3SAXA 4ZX0A 3PO6A 1KOQA 4Q08A 3RJ7A 3OYSA 4R5AA 4QSJA 3JXFA 4Q6DA 4PZHA 1CAOA 1BNVA 4RIVA 1HECA 1RZCA 1CAKA 1TH9A 4MDLA 4Q99A 2QP6A 3SAPA 1Z93A 3N0NA 3PYKA 3M96A 1HEAA 1HUHA 4Q7SA 1ZGEA 3MZCA 2FNNA 3S78B 2NXRA 3IBNA 3BETA 1YDDA 5G03A 1IF6A 1LG6A 3TVOX 3DVBA 1V9IC 3F7BA 2NMXA 4Z1NA 4ILXA 3BL1A 3D93A 4WUPA 5EIJA 3ML2A 3N3JA 3KWAA 3RYXB 2QOAA 1IF9A 4QEFA 4CNWA 1UGBA 3RYJB 2NN1A 1ZE8A 4Q7VA 2VVBX 3OILA 1JD0A 1TE3X 3OYQA 3DCWA 3RZ0B 1BICA 12CAA 5JGSB 4X5SA 2ILIA 3V3IB 3B4FA 3P3HA 2X7TA 4YWPA 3KKXA 4Q83A 4FL7A 5E2SA 4FPTA 3MHCA 5DSOA 5JGTB 4DZ9A 4G0CA 1YO0A 1RAZA 1V9EA 5E2MA 3W6IA 4DZ7A 4E3HA 4FIKA 1J9WA 3U45X 4MTYA 4WW6A 4FVOA 4E9OX 1FQMA 1URTA 4HU1A 4N16A 4KV0A 5BYIA 1G54A 2FOQA 3MYQA 5DSJA 3ML5A 5BRUA 3EFTA 1OKNA 3DD0A 1RZAA 5DSNA 5SZ7A 3KNEA 4Q8XA 2FOYA 4RFDA 3T83A 1CRMA 4Q87A 4QK2A 2QO8A 4WR7A 4Z1EA 4CACA 3DVCA 1HEDA 5FDIA 1CAIA 5DSMA 3RZ7A 1CAMA 2NWZA 1RJ5A 4N0XB 1TEQX 2WEGA 4ITOA 5FDCA 4E49A 3BL0A 4KP5A 1BCDA 5FLQA 1CINA 4CNVA 3HKQA 5EKHA 3B1BA 4YGJA 4YGKA 3KS3A 1BZMA 1DMXA 1RAYA 1F2WA 3DD8A 4G7AA 1CAJA 1CCUA 1H9NA 1I9NA 3IEOA 4C3TA 3KOKA 2FW4A 2WEOA 4YGNA 1G3ZA 3ZP9A 3S74B 4QY3A 1FR4A 1YDCA 5SZ2A 3F8EA 4CA2A 4WW8A 1AM6A 3IBLA 1BNQA 4M2VA 1BN3A 5FNMA 4LP6A 5JEGB 1CANA 3M1JA 3V3HB 1ZGFA 1CNBA 2Q1BA 5EH5A 3RYYA 5CACA 4LU3A 1CAZA 3FE4A 3DA2A 3M1KA 1MUAA 2FNKA 3N2PA 1RZBA 3D9ZA 5DOGA 4Q81A 3HLJA 5E2RA 2WD3A 3V7XA 1BNMA 4M2UA 1FQLA 3RG3A 4QJ0A 1KWRA 3P5AA 1CVDA 1I9MA 5SZ6A 1LUGA 2OSFA 1THKA 2CA2A 4CQ0A 4YGFA 4Q7WA 1LZVA 2EU2A 2NWPA 1MOOA 3P58A 4Z0QA 5EH8A 5AMDA 4TWLA 4PYYA 5FNIA 2X7UA 3P4VA 4QSBA 2NWYA 5J8ZA 5E2KA 4IWZA 1KEQA 5SZ1A 3T82A 4KUWA 3T85A 3RZ8A 3T5ZA 5FLOA 2CBCA 3M5SA 4Q90A 4RUZA 5E28A 5L6KA 2Q1QA 3DV7A 3HFPA 4JSZA 5FNJA 5E5RA 1CAHA 3HKUA 1RZEA 1CZMA 4LHIA 3OKUA 4RUYA 3RGEA 5JQ0A 1CAYA 4MDGA 1CNJA 4Z1KA 1CCSA 4QJPA 1UGAA 2HKKA 4L5UA 2CBDA 3SBHA 5EKMA 1CNCA 3D8WA 9CA2A 4Q06A 3RYZA 1UGGA 2HL4A 3M2ZA 1TG9A 4HT2A 4KNIA 4JS6A 5JQTA 1LGDA 4YYTA 2NXTA 4R59A 2HOCA 4RN4A 1XEVA 3DC9A 3RZ1B 1KOPA 5FNKA 3DVDA 4RH2A 2W2JA 3TVNX 1CVCA 5FNLA 4MLXA 3N4BA 3V3FA 5DRSA 5JESB 1G48A 4Z1JA 3S8XA 3F7UA 2AX2A 4PQ7A 3DCSA 1CVAA 5HPJA 1RJ6A 5FNGA 1CVEA 2CBAA 3IBIA 5EHWA 5FL6A 5BRVA 3JXGA 1CVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M2N A;  3S72 B;  3W6H A;  4RIU A;  1CIM A;  4QTL A;  4YXI A;  3ZNC A;  3FFP X;  4Q9Y A;  1BNT A;  5G0B A;  3RZ5 A;  1CNI A;  1I9P A;  4MDM A;  1HCA A;  3M67 A;  3DCC A;  1CNW A;  3S76 A;  3K2F A;  3S97 A;  4XE1 A;  3DBU A;  5AML A;  4KUY A;  1TB0 X;  1CIL A;  3KON A;  4FVN A;  3MDZ A;  4QJW A;  1TTM A;  4Q6E A;  2EZ7 A;  1FSQ A;  4BF6 A;  4HEY A;  1FQN A;  3U3A X;  4E3D A;  5SZ0 A;  3M04 A;  3NB5 A;  3V3J A;  1Y7W A;  1ZSA A;  4HEZ A;  4KNN A;  2AW1 A;  1G0E A;  3OIM A;  3T5U A;  3S9T A;  4L5V A;  3S77 B;  2GEH A;  1IF7 A;  2POU A;  3MWO A;  4Q78 A;  5DSP A;  1YO1 A;  4E3F A;  2NWO A;  3MHO A;  1UGC A;  1RZD A;  3K34 A;  4HT0 A;  3VBD A;  4HBA A;  1Z9Y A;  3V2J A;  3QYK A;  5FNH A;  8CA2 A;  3MHM A;  3UYQ A;  5CJF A;  1BNU A;  3Q31 A;  3MNA A;  1I90 A;  3EFI A;  3S75 B;  4XFW A;  1HEB A;  1OKM A;  3V5G A;  1YO2 A;  2ZNC A;  3HKN A;  1IF4 A;  5CLU A;  3IAI A;  4WL4 A;  2F14 A;  4YXU A;  4YX4 A;  3R16 A;  1BN1 A;  5EHE A;  2GD8 A;  5A25 A;  3K7K A;  1HCB A;  1G52 A;  2FMG A;  4Q7P A;  5DSK A;  5BNL A;  2POW A;  1ZFK A;  5LMD A;  4WUQ A;  1BNN A;  1I9Q A;  4ETQ C;  3MNI A;  3HKT A;  1CRA A;  3MNH A;  4ITP A;  1CNX A;  1TG3 A;  2H4N A;  2VVA X;  3L14 A;  5EZT X;  3V2M A;  3M98 A;  5EH7 A;  4QSI A;  3S71 B;  1LG5 A;  3NI5 A;  4BF1 A;  1ZSB A;  1G45 A;  2O4Z A;  1CNK A;  4QK1 A;  4K13 A;  1OQ5 A;  4HEW A;  1AZM A;  3OKV A;  1HUG A;  5JDV B;  1CVH A;  5SZ3 A;  2OSM A;  1BV3 A;  1G4J A;  2CBB A;  3JXH C;  1YDA A;  2FNM A;  5FLS A;  5CA2 A;  4ZWY A;  1CA2 A;  2Q38 A;  3M14 A;  3KOI A;  3DC3 A;  4ZX1 A;  3M2X A;  4CNX A;  2FOU A;  5DSQ A;  2NNG A;  3CZV A;  1CNG A;  1OKL A;  2WEJ A;  3CYU A;  4Q07 A;  1CA3 A;  1BN4 A;  4FRC A;  3RYV B;  5L3O A;  2HD6 A;  1DCA A;  4QJM A;  3M40 A;  5FLR A;  5JG5 B;  4YHA A;  1EOU A;  5EHV A;  5DSR A;  1CCT A;  1CNH A;  3NJ9 A;  6CA2 A;  3MMF A;  3FW3 A;  3PJJ A;  3M3X A;  4MO8 A;  1IF5 A;  5C8I A;  1G53 A;  4XIW A;  5A6H A;  4XIX A;  3KLD B;  2FOV A;  7CA2 A;  1IF8 A;  5SZ5 A;  3F4X A;  3M1W A;  4FU5 A;  4QIZ A;  4R5B A;  1FLJ A;  1UGD A;  2X7S A;  3M5E A; 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 3D0N A;  4JSS A;  3D92 A;  4K0T A;  4IDR X;  2POV A;  1I91 A;  4ZWI A;  4JSA A;  3TMJ A;  3U47 A;  1FQR A;  5DSI A;  2CAB A;  4YXO A;  1XPZ A;  5BRW A;  3KIG A;  1JCZ A;  1FSN A;  1DCB A;  1DMY A;  4Y0J A;  4E3G A;  3GZ0 A;  5JEH B;  3MHI A;  4KAP A;  4PYX A;  1HVA A;  1XEG A;  3S73 B;  4COQ A;  3MNJ A;  3RG4 A;  1G6V A;  5DVX A;  4Q09 A;  1G4O A;  4QIY A;  2NNV A;  4K1Q A;  1CAL A;  3M2Y A;  3MNK A;  5FL4 A;  4ZAO A;  4PXX A;  1ZNC A;  2HNC A;  1FR7 A;  1TEU X;  3P55 A;  4JSW A;  4K0Z A;  3SAX A;  4ZX0 A;  3PO6 A;  1KOQ A;  4Q08 A;  3RJ7 A;  3OYS A;  4R5A A;  4QSJ A;  3JXF A;  4Q6D A;  4PZH A;  1CAO A;  1BNV A;  4RIV A;  1HEC A;  1RZC A;  1CAK A;  1TH9 A;  4MDL A;  4Q99 A;  2QP6 A;  3SAP A;  1Z93 A;  3N0N A;  3PYK A;  3M96 A;  1HEA A;  1HUH A;  4Q7S A;  1ZGE A;  3MZC A;  2FNN A;  3S78 B;  2NXR A;  3IBN A;  3BET A;  1YDD A;  5G03 A;  1IF6 A;  1LG6 A;  3TVO X;  3DVB A;  1V9I C;  3F7B A;  2NMX A;  4Z1N A;  4ILX A;  3BL1 A;  3D93 A;  4WUP A;  5EIJ A;  3ML2 A;  3N3J A;  3KWA A;  3RYX B;  2QOA A; 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3B4FA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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