3BL0 | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2462671746074383__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2462671746074383__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3bl0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2462671746074383__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2462671746074383","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3bl0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2462671746074383__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe6987863123046e269ac1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe6987863123046e269ac1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfe6987863123046e269ac1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfe6987863123046e269ac1/pdb.gz): 71 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Carbonic anhydrase inhibitors. Interaction of 2-N,N-dimethylamino-1,3,4-thiadiazole-5-methanesulfonamide with 12 mammalian isoforms: kinetic and X-ray crystallographic studies. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2007-12-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3bl0A00

1Z97A 3V7XA 4WR7A 1CNXA 2WEOA 2FOSA 3VBDA 4YWPA 2HL4A 5DSIA 1OKMA 1G53A 12CAA 1F2WA 4MDGA 1CVHA 5SZ2A 4JSSA 1DMXA 3N3JA 4Z0QA 1CAJA 2OSFA 1G45A 1HECA 2FOYA 1OKNA 4BCWA 2GD8A 4HT0A 4C3TA 1HEBA 1CNJA 2Q1QA 3M40A 3MHMA 3OYSA 4K0TA 4KP8A 1ZGFA 5EKJA 3MNHA 8CA2A 1ZNCA 2NWYA 5EIJA 3OIMA 3EFTA 3MHLA 1V9EA 5DRSA 4X5SA 4PYYA 3M1WA 4K13A 3OKUA 5FDCA 3T5UA 5BYIA 5CLUA 3M67A 3N0NA 3U3AX 4ZWZA 3MMFA 3M1KA 1YO1A 4QJXA 4MO8A 3S9TA 3RYYA 5AMLA 4K1QA 5FDIA 4RN4A 3MZCA 3M1JA 1BNWA 1ZSAA 1BNVA 3KNEA 4COQA 4ILXA 3DD8A 4XIWA 3DBUA 2H4NA 2POVA 5EH5A 1YDAA 1RZCA 3S97A 5DSMA 1DCBA 4KUYA 2X7TA 1CCSA 3P3JA 4LP6A 5FL6A 1DCAA 3IGPA 4RUXA 3MNKA 2WEGA 4ZX1A 1I9NA 1DMYA 5EHEA 2NNSA 1RAYA 4Q99A 5JESB 3DA2A 2NNVA 1CNYA 3UYNA 4YGJA 3RYVB 1IF5A 5SZ0A 3DVDA 1CAKA 1CVDA 1TH9A 3B4FA 4RH2A 5FNGA 4E4AA 5DSJA 4E49A 3M1QA 1TEQX 1BNTA 1IF8A 1LGDA 3M5EA 4BF1A 5JEHB 4RIVA 1A42A 5FL5A 2W2JA 3GZ0A 3HKNA 4ZX0A 2AX2A 2CBEA 1HEDA 1XPZA 1BV3A 4E3GA 4FVNA 3MHCA 4MLXA 5L6KA 3M2NA 4QJMA 3OKVA 3V3HB 3P3HA 4Q90A 4Q7WA 2CABA 2POUA 4Q6EA 3KWAA 2FNMA 1UGBA 4CA2A 1G52A 3KOKA 4KP5A 4QK1A 4QSBA 2IT4A 5JG3B 4ZWYA 4L5VA 2OSMA 4KNMA 5FNJA 1CINA 3R16A 3MNIA 4YGFA 4CNVA 1LG6A 3IBUA 2QP6A 4RFCA 2Q38A 1THKA 3P58A 1RZDA 5SZ6A 4IDRX 5JGTB 1CVFA 4YHAA 3IBLA 3NI5A 3F7BA 5DOHA 4HT2A 5EHVA 4CNWA 3ZP9A 4Z1EA 4QSIA 2NNGA 2X7UA 2FNNA 2FOVA 5E2SA 5SZ7A 3T83A 3TMJA 1CVCA 2NN7A 5EKHA 4E5QA 5SZ4A 5BRUA 1CNGA 7CA2A 3PO6A 1BICA 1CVBA 2FOUA 1T9NA 3M5SA 3FE4A 4K0SA 1FSNA 1CCUA 1BZMA 1TEUX 5FNHA 4QJOA 1TTMA 1RAZA 5G03A 5DSPA 3RZ1B 4QIZA 4TWLA 3W6HA 4Q7VA 2CBCA 5E28A 3HLJA 4K0ZA 4DZ7A 4UOVA 5FLQA 5SZ1A 1CNCA 1CCTA 4MTYA 5JG5B 3CZVA 5E2NA 1G4OA 4Q07A 3S74B 2WEHA 3CA2A 1RJ6A 4M2UA 3MYQA 2FW4A 3RZ5A 2VVAX 5FNMA 3F4XA 4Q9YA 5JEPB 3CYUA 5J8ZA 3RLDA 4Z1NA 3D8WA 3N4BA 3RYJB 1CVAA 3UYQA 4M2WA 3DC3A 4Q8YA 3S8XA 4FU5A 4YXUA 1RZBA 3Q31A 5DSKA 4L5UA 4Q8XA 4Q08A 5JDVB 4FPTA 1CAHA 3T85A 4QK2A 1BN4A 5CA2A 1MUAA 4RFDA 4QJ0A 3MHOA 1CIMA 4E3FA 5DSOA 3RGEA 4Q6DA 1G6VA 5AMDA 4Q0LA 4YYTA 3V3GB 3OILA 5FLOA 2EZ7A 4KNJA 4YX4A 3MNAA 3CAJA 2F14A 1CNWA 3OY0A 2QO8A 3MHIA 4E3DA 1LZVA 3LXEA 4Z1KA 3HKUA 4QJPA 1FSRA 1FQNA 3PYKA 4KAPA 4QTLA 3K2FA 1LG5A 4HEYA 2CBDA 3V2MA 4FL7A 3JXGA 5A6HA 1CANA 3U47A 2HKKA 4QEFA 1CAIA 3RZ8A 2EU2A 3KLDB 4Q49A 3ML2A 5DSNA 4YGKA 3V5GA 4TWMA 3T82A 1MOOA 1V9IC 4IWZA 1CNBA 5JQ0A 3D9ZA 1G3ZA 3RG3A 2CBBA 2WD3A 3RG4A 2CBAA 2POWA 3EFIA 1BN3A 4QIYA 2GEHA 3NJ9A 4YVYA 5FL4A 6CA2A 1FR7A 3DCCA 3M2YA 4Q8ZA 4QJWA 5JQTA 2NXTA 2ILIA 1LUGA 2O4ZA 4Q81A 1RJ5A 1YO2A 5IPZA 1UGDA 5FLTA 2VVBX 4PZHA 3M98A 1AM6A 2HD6A 2HOCA 5CACA 3DCWA 4BF6A 4E3HA 1I9LA 3BETA 5BRVA 1ZSBA 5EH8A 3S76A 4CNRA 5DSQA 1BNMA 3S72B 1JV0A 1CAOA 3L14A 3R17B 4KUWA 1ZGEA 2NWPA 4Q83A 4Q87A 1G1DA 1JCZA 1H9NA 3BL1A 1CA2A 4R5AA 3TVNX 4MDMA 3DAZA 3P55A 3S73B 3RZ7A 1CAMA 1KOPA 3M2ZA 5BRWA 4ZWIA 3KS3A 3DV7A 1IF4A 2NNOA 3NB5A 3P4VA 1XEVA 3P5AA 5L3OA 4ITPA 4KNIA 1G0EA 4RUYA 1YO0A 4YGLA 4PYXA 4Z1JA 2NXRA 3HKTA 5G0BA 4ITOA 3SBIA 1BCDA 2NWZA 4GL1X 3C7PA 2WEJA 4QY3A 3MNJA 3T5ZA 3V3FA 1TB0X 3DD0A 1AVNA 3W6IA 4Y0JA 1KOQA 2FMGA 4HF3A 1I8ZA 3PJJA 1CILA 5CJFA 4N16A 1HVAA 4MLTA 4G0CA 1G4JA 3ZNCA 2NMXA 4PXXA 3QYKA 1I9QA 1CRMA 1IF9A 4L5WA 3RYXB 3D0NA 3S78B 4YXIA 3IEOA 1RZEA 5AMGA 3SBHA 1CAZA 1ZFKA 1UGFA 3S71B 1TE3X 3DVBA 1UGCA 3JXHC 1IF6A 3KOIA 4YGNA 5JEGB 4WW8A 3RYZA 5C8IA 1ZE8A 3M04A 5DOGA 5E2MA 1HEAA 3B1BA 1RZAA 1FQRA 5EH7A 5FNLA 1ZFQA 5FNKA 1CZMA 1ZH9A 3TVOX 4LU3A 1H9QA 2HFWA 4XIXA 3V2JA 4M2VA 4HEWA 4FRCA 4JSZA 2NXSA 2FOQA 4FVOA 3HKQA 2QOAA 1OQ5A 5G0CA 5EKMA 5FLPA 4QSAA 4PQ7A 1AZMA 2NN1A 4CACA 1CA3A 1CAYA 3BL0A 4WUPA 4JSAA 4WL4A 1BNNA 4RIUA 4N0XB 1J9WA 4M2RA 5G01A 1I9OA 1YDDA 3HS4A 3M96A 4KUVA 4ZAOA 3U45X 4QSJA 1EOUA 9CA2A 2AW1A 4Q7SA 3IAIA 1Y7WA 4XFWA 5E2RA 1I90A 3D92A 4R59A 1CNKA 1JD0A 3IBIA 3D93A 3RJ7A 4RUZA 5JGSB 1BNQA 1ZSCA 2ABEA 5E2KA 2ZNCA 1TG3A 3S75B 1HCAA 5HPJA 4CNXA 4E9OX 4Q06A 4MDLA 1I9PA 5EHWA 1TG9A 3KONA 3MWOA 3P5LA 3V3IB 1KWRA 2H15A 3JXFA 1IF7A 1Z93A 4KV0A 2FNKA 3OYQA 3F7UA 1FR4A 4HBAA 1CNIA 3U7CA 1I9MA 3K7KA 1BNUA 1CVEA 3FW3A 4R5BA 3SAXA 2X7SA 1YDBA 5E5UA 3DVCA 1CRAA 3V3JA 1H4NA 4CQ0A 3MDZA 1TBTX 5DVXA 3KIGA 5EZTX 3S77B 4QK3A 5SZ3A 2HNCA 3T84A 3M5TA 1KEQA 5DSLA 2CA2A 3OIKA 3DCSA 4WUQA 5FLSA 3RZ0B 5FNIA 4G7AA 1G54A 1YDCA 1CALA 4HU1A 5E5RA 4HEZA 1HCBA 1HUGA 3M3XA 3KKXA 3N2PA 4FIKA 3M2XA 1FQLA 3IBNA 2Q1BA 3M14A 3F8EA 4KNNA 5LMDA 1G46A 4ETQC 1BN1A 4ZWXA 2NWOA 1URTA 5DSRA 1I91A 3DC9A 3SAPA 4DZ9A 2EU3A 5SZ5A 4WW6A 1XQ0A 3HFPA 4JS6A 4XZ5A 1UGEA 5BNLA 3K34A 1KWQA 2FMZA 1FSQA 1FQMA 5A25A 4LHIA 1G48A 5FLRA 3ML5A 4Q09A 2WD2A 1OKLA 5EOIA 1Z9YA 3FFPX 4YXOA 3P44A 1HUHA 1G0FA 1UGGA 1XEGA 1FLJA 3MNUA 4Q7PA 4JSWA 4XE1A 1CNHA 4Q78A 1UGAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Z97 A;  3V7X A;  4WR7 A;  1CNX A;  2WEO A;  2FOS A;  3VBD A;  4YWP A;  2HL4 A;  5DSI A;  1OKM A;  1G53 A;  12CA A;  1F2W A;  4MDG A;  1CVH A;  5SZ2 A;  4JSS A;  1DMX A;  3N3J A;  4Z0Q A;  1CAJ A;  2OSF A;  1G45 A;  1HEC A;  2FOY A;  1OKN A;  4BCW A;  2GD8 A;  4HT0 A;  4C3T A;  1HEB A;  1CNJ A;  2Q1Q A;  3M40 A;  3MHM A;  3OYS A;  4K0T A;  4KP8 A;  1ZGF A;  5EKJ A;  3MNH A;  8CA2 A;  1ZNC A;  2NWY A;  5EIJ A;  3OIM A;  3EFT A;  3MHL A;  1V9E A;  5DRS A;  4X5S A;  4PYY A;  3M1W A;  4K13 A;  3OKU A;  5FDC A;  3T5U A;  5BYI A;  5CLU A;  3M67 A;  3N0N A;  3U3A X;  4ZWZ A;  3MMF A;  3M1K A;  1YO1 A;  4QJX A;  4MO8 A;  3S9T A;  3RYY A;  5AML A;  4K1Q A;  5FDI A;  4RN4 A;  3MZC A;  3M1J A;  1BNW A;  1ZSA A;  1BNV A;  3KNE A;  4COQ A;  4ILX A;  3DD8 A;  4XIW A;  3DBU A;  2H4N A;  2POV A;  5EH5 A;  1YDA A;  1RZC A;  3S97 A;  5DSM A;  1DCB A;  4KUY A;  2X7T A;  1CCS A;  3P3J A;  4LP6 A;  5FL6 A;  1DCA A;  3IGP A;  4RUX A;  3MNK A;  2WEG A;  4ZX1 A;  1I9N A;  1DMY A;  5EHE A;  2NNS A;  1RAY A;  4Q99 A;  5JES B;  3DA2 A;  2NNV A;  1CNY A;  3UYN A;  4YGJ A;  3RYV B;  1IF5 A;  5SZ0 A;  3DVD A;  1CAK A;  1CVD A;  1TH9 A;  3B4F A;  4RH2 A;  5FNG A;  4E4A A;  5DSJ A;  4E49 A;  3M1Q A;  1TEQ X;  1BNT A;  1IF8 A;  1LGD A;  3M5E A;  4BF1 A;  5JEH B;  4RIV A;  1A42 A;  5FL5 A;  2W2J A;  3GZ0 A;  3HKN A;  4ZX0 A;  2AX2 A;  2CBE A;  1HED A;  1XPZ A;  1BV3 A;  4E3G A;  4FVN A;  3MHC A;  4MLX A;  5L6K A;  3M2N A;  4QJM A;  3OKV A;  3V3H B;  3P3H A;  4Q90 A;  4Q7W A;  2CAB A;  2POU A;  4Q6E A;  3KWA A;  2FNM A;  1UGB A;  4CA2 A;  1G52 A;  3KOK A;  4KP5 A;  4QK1 A;  4QSB A;  2IT4 A;  5JG3 B;  4ZWY A;  4L5V A;  2OSM A;  4KNM A;  5FNJ A;  1CIN A;  3R16 A;  3MNI A;  4YGF A;  4CNV A;  1LG6 A;  3IBU A;  2QP6 A;  4RFC A;  2Q38 A;  1THK A;  3P58 A;  1RZD A;  5SZ6 A;  4IDR X;  5JGT B;  1CVF A;  4YHA A;  3IBL A;  3NI5 A;  3F7B A;  5DOH A;  4HT2 A;  5EHV A;  4CNW A;  3ZP9 A;  4Z1E A;  4QSI A;  2NNG A;  2X7U A;  2FNN A;  2FOV A;  5E2S A;  5SZ7 A;  3T83 A;  3TMJ A;  1CVC A;  2NN7 A;  5EKH A;  4E5Q A;  5SZ4 A;  5BRU A;  1CNG A;  7CA2 A;  3PO6 A;  1BIC A;  1CVB A;  2FOU A;  1T9N A;  3M5S A;  3FE4 A;  4K0S A;  1FSN A;  1CCU A;  1BZM A;  1TEU X;  5FNH A;  4QJO A;  1TTM A;  1RAZ A;  5G03 A;  5DSP A;  3RZ1 B;  4QIZ A;  4TWL A;  3W6H A;  4Q7V A;  2CBC A;  5E28 A;  3HLJ A;  4K0Z A;  4DZ7 A;  4UOV A;  5FLQ A;  5SZ1 A;  1CNC A;  1CCT A;  4MTY A;  5JG5 B;  3CZV A;  5E2N A;  1G4O A;  4Q07 A;  3S74 B;  2WEH A;  3CA2 A;  1RJ6 A;  4M2U A;  3MYQ A;  2FW4 A;  3RZ5 A;  2VVA X;  5FNM A;  3F4X A;  4Q9Y A;  5JEP B;  3CYU A;  5J8Z A;  3RLD A;  4Z1N A;  3D8W A;  3N4B A;  3RYJ B;  1CVA A;  3UYQ A;  4M2W A;  3DC3 A;  4Q8Y A;  3S8X A;  4FU5 A;  4YXU A;  1RZB A;  3Q31 A;  5DSK A;  4L5U A;  4Q8X A;  4Q08 A;  5JDV B;  4FPT A;  1CAH A;  3T85 A;  4QK2 A;  1BN4 A;  5CA2 A;  1MUA A;  4RFD A;  4QJ0 A;  3MHO A;  1CIM A;  4E3F A;  5DSO A;  3RGE A;  4Q6D A;  1G6V A;  5AMD A;  4Q0L A;  4YYT A;  3V3G B;  3OIL A;  5FLO A;  2EZ7 A;  4KNJ A;  4YX4 A;  3MNA A;  3CAJ A;  2F14 A;  1CNW A;  3OY0 A;  2QO8 A;  3MHI A;  4E3D A;  1LZV A;  3LXE A;  4Z1K A; 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3BL0A

Total Genus

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Chain Sequence

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