3DCW | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHSFQVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__343324312165729__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__343324312165729__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3dcw/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__343324312165729__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"343324312165729","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3dcw/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__343324312165729__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d028cd05cd7a114e25f7a6a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d028cd05cd7a114e25f7a6a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d028cd05cd7a114e25f7a6a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d028cd05cd7a114e25f7a6a/pdb.gz): 473 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Design of a carbonic anhydrase IX active-site mimic to screen inhibitors for possible anticancer properties pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	76
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2008-06-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3dcwA00

3M04A 4MDMA 1BNNA 3KOIA 4L5WA 3D0NA 2NN7A 1OKNA 1LG6A 1DMYA 3MHLA 5SZ2A 2NXSA 4QJPA 3RYXB 3F4XA 4UOVA 1CVEA 3F8EA 4KP8A 4YX4A 1TBTX 5JQ0A 4R5BA 3RYYA 1CNWA 2CBAA 1CA3A 1CVFA 3SAPA 3RJ7A 1HECA 1CVBA 5FL6A 3M2XA 1F2WA 1I9MA 4ZWXA 2Q1QA 2WEOA 3TMJA 5FL4A 3RG3A 1A42A 5EKMA 1CINA 2FMZA 3ML5A 5DSKA 1ZFKA 1G53A 5CJFA 1TB0X 2WEJA 5EH7A 1RZAA 2F14A 1OKMA 4ITPA 4Y0JA 5FNGA 3UYQA 4XFWA 3KWAA 4R5AA 1XEVA 4HT0A 5EOIA 1RJ5A 4YXOA 3PYKA 5AMDA 2HKKA 1CNJA 4HBAA 1HEDA 3SAXA 4YGLA 2NNSA 3DC3A 1DCAA 3DVDA 5SZ5A 4XZ5A 5E5UA 1I90A 1CVDA 3M1JA 2NNGA 3KS3A 4RFCA 12CAA 2EU2A 3S8XA 1TEQX 2O4ZA 4PQ7A 4BF6A 5C8IA 2NXRA 3OIKA 4LHIA 1JV0A 4RUYA 3NJ9A 3P4VA 3CAJA 3K34A 4Q0LA 3W6IA 4CA2A 3F7UA 1FQNA 2HNCA 2CBCA 2HD6A 4ZX1A 4E3GA 2POWA 2HOCA 5SZ0A 3SBIA 3Q31A 4MO8A 1CAIA 4Q8ZA 4N16A 5FDIA 3MNKA 1YO1A 4Q7SA 1IF9A 4QIZA 1LGDA 4DZ7A 4YGJA 3NB5A 2NWOA 5SZ7A 3V3FA 4GL1X 3NI5A 5FLTA 3JXHC 3S76A 3KONA 4FVOA 1CAHA 1FR4A 1H9NA 2ILIA 2GEHA 3HKUA 4LP6A 4Q83A 3U45X 4HT2A 4XE1A 5DVXA 4Q99A 3RLDA 2FOQA 5E2RA 2NWPA 5JG5B 2NN1A 1RZEA 4QSIA 1YDBA 3DA2A 4KUWA 1MUAA 5EIJA 2HL4A 1KEQA 4Q81A 3B4FA 3MNJA 4RFDA 3U3AX 4WR7A 4C3TA 4QK1A 1THKA 3T5UA 1V9IC 5FNLA 2FOYA 1G48A 4ZX0A 3B1BA 4WUPA 1CAOA 1FQRA 1EOUA 4YWPA 4HF3A 5L6KA 4X5SA 4QY3A 1T9NA 2NNOA 1BNWA 4JSZA 3BETA 3M2NA 3DCSA 5FLSA 5HPJA 1ZSCA 3OYSA 3M96A 1YO0A 5DOHA 1ZE8A 1LZVA 4Z0QA 1FQLA 5FNJA 1CNGA 5JEPB 4KP5A 1G46A 1BCDA 4JSAA 3M3XA 3EFIA 5E2MA 4WW6A 1OKLA 3P58A 3DAZA 1I9NA 1BN4A 4ITOA 4E4AA 1CANA 1CCSA 4QJXA 1UGEA 2FW4A 5CACA 4M2VA 4MLTA 4YXIA 4KAPA 5EKJA 4KNMA 5SZ6A 1BNUA 1Z9YA 1FSQA 1BNVA 5JG3B 2NWZA 1RAZA 4QK3A 4RUXA 5JGTB 3M98A 3DV7A 5BNLA 5EHWA 4Q87A 1KWRA 4Q06A 1V9EA 1RZDA 3T5ZA 5DSPA 1J9WA 4WL4A 3N2PA 4M2UA 4MDGA 4RUZA 3S73B 1BV3A 1JD0A 4RH2A 2X7SA 4L5VA 2CBBA 2FNNA 5DRSA 5G01A 4IWZA 1G0FA 1YDDA 4K1QA 2IT4A 2VVAX 4ILXA 4ZWYA 1HUGA 3RZ5A 4KNNA 1XQ0A 1CNHA 4Q7PA 1BNMA 3RYJB 3DC9A 1G3ZA 3EFTA 3PJJA 4G7AA 3M1WA 4YVYA 3D9ZA 3IBLA 2FMGA 3M14A 3ZNCA 3MNAA 4BF1A 3M67A 1YDCA 4QJWA 3MDZA 1TEUX 2CA2A 1CNBA 2WD3A 5DSJA 3CA2A 4PXXA 3M1KA 1Z97A 4QEFA 4DZ9A 1G0EA 1H4NA 5EH8A 3T82A 5JEHB 4KUVA 4COQA 4XIXA 4FVNA 1G52A 3IGPA 1CALA 2FOUA 3CYUA 4JS6A 4Q6DA 4QJOA 3D93A 1ZNCA 4Q8YA 3KIGA 1ZGEA 4KNJA 4QJ0A 3V3HB 1CAYA 5BRUA 2OSMA 3L14A 3RZ8A 4M2RA 2NNVA 6CA2A 3OYQA 3HS4A 1DCBA 3HLJA 5L3OA 5JDVB 3DCWA 4Q7WA 3BL0A 1BN3A 5DSLA 3S97A 2GD8A 5EZTX 4CQ0A 3DD8A 1YO2A 2X7TA 5J8ZA 1UGDA 3DD0A 2EZ7A 3MNIA 4G0CA 3M40A 3V3JA 4KUYA 4MDLA 1BN1A 3N4BA 5BRWA 3LXEA 1URTA 3VBDA 1CNYA 3DVBA 3OIMA 1CNCA 1AVNA 3IEOA 1OQ5A 3W6HA 1ZFQA 4FU5A 4PYYA 1G54A 5DSMA 2OSFA 1FQMA 1XEGA 4Z1JA 4RIVA 3MHOA 1KOQA 3D8WA 2NMXA 5DSOA 3HFPA 3JXGA 5G0BA 4HEWA 5E2SA 3R16A 3JXFA 1DMXA 3KNEA 4K0TA 1I9LA 9CA2A 3M5EA 1IF6A 4MTYA 5DSIA 4QSAA 5AMGA 2H15A 3V7XA 3IBUA 5EHVA 1Z93A 1CA2A 1RZBA 4QIYA 3P5LA 4QSBA 5FNHA 5SZ3A 1RAYA 3RYZA 5DSQA 1CRAA 3S78B 3MHIA 3DBUA 2WEGA 3MWOA 4PZHA 2FOVA 3TVNX 4Q07A 4ETQC 4Q09A 1AM6A 3M1QA 4Q08A 4Q6EA 2HFWA 1CVAA 4JSWA 3UYNA 3RZ7A 5FL5A 3S75B 2NXTA 5FLOA 1FSRA 3IBIA 1CZMA 3MYQA 4Q49A 4LU3A 2FOSA 5DOGA 1YDAA 1TG9A 3BL1A 3T84A 5FLRA 3HKNA 5G0CA 3MZCA 5IPZA 1FR7A 4E3FA 5EHEA 3OILA 1CRMA 1IF7A 4YXUA 3P3HA 4YGFA 3OKUA 4Q7VA 5AMLA 3MHCA 4CACA 3P5AA 1UGGA 3M2ZA 1CCUA 1CILA 4JSSA 3V2JA 3V3GB 1HEBA 5DSNA 4FIKA 3KLDB 5DSRA 5EKHA 3MNUA 1AZMA 2EU3A 3P44A 4ZWIA 4BCWA 4YGNA 1G6VA 1HCAA 1UGFA 5E2KA 5G03A 3QYKA 5A6HA 3FFPX 1TG3A 1RJ6A 1IF8A 4Q9YA 3U7CA 3FW3A 2AW1A 1UGAA 3S74B 4KV0A 7CA2A 4Q8XA 4RN4A 3PO6A 4ZWZA 4QSJA 3F7BA 4FPTA 3V5GA 1HEAA 3M2YA 3MNHA 1CIMA 4K0ZA 4CNVA 1BZMA 3D92A 3C7PA 3OY0A 2POUA 4ZAOA 4TWMA 4CNWA 3P3JA 2CBDA 2ZNCA 4MLXA 1XPZA 1CCTA 4CNRA 2QOAA 3RG4A 3FE4A 1TE3X 4E3HA 5JESB 2QO8A 1LG5A 4HEZA 4Z1KA 4L5UA 4TWLA 4CNXA 1HVAA 2VVBX 1ZSBA 3HKQA 4FRCA 4K0SA 4R59A 3RYVB 1LUGA 4Z1EA 3T83A 4E9OX 2CBEA 1G4JA 1UGBA 4PYXA 4WUQA 1I9OA 5FDCA 2CABA 1I9QA 3N3JA 5A25A 3RZ0B 1TH9A 4YHAA 3S72B 3DCCA 4QK2A 4KNIA 3T85A 2POVA 1KWQA 3N0NA 3ZP9A 4N0XB 3KOKA 4E5QA 4Q90A 3TVOX 2WEHA 3MHMA 4YGKA 3RGEA 4IDRX 1CNKA 5JQTA 5FNKA 1CVCA 5EH5A 5FLQA 1FLJA 4RIUA 1CAZA 1FSNA 4Q78A 1ZH9A 1CAJA 5CLUA 3IBNA 2Q1BA 1I9PA 3CZVA 2WD2A 5SZ4A 2H4NA 4QJMA 1IF5A 4E3DA 5FNIA 1I91A 3S77B 5BYIA 1BNQA 3ML2A 1CAKA 3U47A 3K2FA 1CNXA 5FLPA 5BRVA 1CAMA 1G45A 1HUHA 1UGCA 3DVCA 3HKTA 1KOPA 2NWYA 3IAIA 1BNTA 5JGSB 3M5TA 5E5RA 5E2NA 5FNMA 3S71B 5JEGB 1RZCA 4E49A 2X7UA 1Y7WA 1ZGFA 3M5SA 1IF4A 1CNIA 3OKVA 4M2WA 4WW8A 4YYTA 2W2JA 1CVHA 3KKXA 3R17B 5E28A 3RZ1B 1G1DA 3K7KA 1JCZA 2ABEA 3V3IB 1I8ZA 5SZ1A 1G4OA 1TTMA 2Q38A 4HEYA 4HU1A 3SBHA 5LMDA 3V2MA 4FL7A 4QTLA 5CA2A 3S9TA 3MMFA 2AX2A 2FNMA 1HCBA 2QP6A 3GZ0A 4XIWA 3P55A 1BICA 1MOOA 1ZSAA 4Z1NA 1H9QA 8CA2A 2FNKA 4K13A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M04 A;  4MDM A;  1BNN A;  3KOI A;  4L5W A;  3D0N A;  2NN7 A;  1OKN A;  1LG6 A;  1DMY A;  3MHL A;  5SZ2 A;  2NXS A;  4QJP A;  3RYX B;  3F4X A;  4UOV A;  1CVE A;  3F8E A;  4KP8 A;  4YX4 A;  1TBT X;  5JQ0 A;  4R5B A;  3RYY A;  1CNW A;  2CBA A;  1CA3 A;  1CVF A;  3SAP A;  3RJ7 A;  1HEC A;  1CVB A;  5FL6 A;  3M2X A;  1F2W A;  1I9M A;  4ZWX A;  2Q1Q A;  2WEO A;  3TMJ A;  5FL4 A;  3RG3 A;  1A42 A;  5EKM A;  1CIN A;  2FMZ A;  3ML5 A;  5DSK A;  1ZFK A;  1G53 A;  5CJF A;  1TB0 X;  2WEJ A;  5EH7 A;  1RZA A;  2F14 A;  1OKM A;  4ITP A;  4Y0J A;  5FNG A;  3UYQ A;  4XFW A;  3KWA A;  4R5A A;  1XEV A;  4HT0 A;  5EOI A;  1RJ5 A;  4YXO A;  3PYK A;  5AMD A;  2HKK A;  1CNJ A;  4HBA A;  1HED A;  3SAX A;  4YGL A;  2NNS A;  3DC3 A;  1DCA A;  3DVD A;  5SZ5 A;  4XZ5 A;  5E5U A;  1I90 A;  1CVD A;  3M1J A;  2NNG A;  3KS3 A;  4RFC A;  12CA A;  2EU2 A;  3S8X A;  1TEQ X;  2O4Z A;  4PQ7 A;  4BF6 A;  5C8I A;  2NXR A;  3OIK A;  4LHI A;  1JV0 A;  4RUY A;  3NJ9 A;  3P4V A;  3CAJ A;  3K34 A;  4Q0L A;  3W6I A;  4CA2 A;  3F7U A;  1FQN A;  2HNC A;  2CBC A;  2HD6 A;  4ZX1 A;  4E3G A;  2POW A;  2HOC A;  5SZ0 A;  3SBI A;  3Q31 A;  4MO8 A;  1CAI A;  4Q8Z A;  4N16 A;  5FDI A;  3MNK A;  1YO1 A;  4Q7S A;  1IF9 A;  4QIZ A;  1LGD A;  4DZ7 A;  4YGJ A;  3NB5 A;  2NWO A;  5SZ7 A;  3V3F A;  4GL1 X;  3NI5 A;  5FLT A;  3JXH C;  3S76 A;  3KON A;  4FVO A;  1CAH A;  1FR4 A;  1H9N A;  2ILI A;  2GEH A;  3HKU A;  4LP6 A;  4Q83 A;  3U45 X;  4HT2 A;  4XE1 A;  5DVX A;  4Q99 A;  3RLD A;  2FOQ A;  5E2R A;  2NWP A;  5JG5 B;  2NN1 A;  1RZE A;  4QSI A;  1YDB A;  3DA2 A;  4KUW A;  1MUA A;  5EIJ A;  2HL4 A;  1KEQ A;  4Q81 A;  3B4F A;  3MNJ A;  4RFD A;  3U3A X;  4WR7 A;  4C3T A;  4QK1 A;  1THK A;  3T5U A;  1V9I C;  5FNL A;  2FOY A;  1G48 A;  4ZX0 A;  3B1B A;  4WUP A;  1CAO A;  1FQR A;  1EOU A;  4YWP A;  4HF3 A;  5L6K A;  4X5S A;  4QY3 A;  1T9N A;  2NNO A;  1BNW A;  4JSZ A;  3BET A;  3M2N A;  3DCS A;  5FLS A;  5HPJ A;  1ZSC A;  3OYS A;  3M96 A;  1YO0 A;  5DOH A;  1ZE8 A;  1LZV A;  4Z0Q A;  1FQL A;  5FNJ A;  1CNG A;  5JEP B;  4KP5 A;  1G46 A;  1BCD A;  4JSA A;  3M3X A;  3EFI A;  5E2M A;  4WW6 A;  1OKL A;  3P58 A;  3DAZ A;  1I9N A;  1BN4 A;  4ITO A;  4E4A A;  1CAN A;  1CCS A;  4QJX A;  1UGE A;  2FW4 A;  5CAC A;  4M2V A;  4MLT A;  4YXI A;  4KAP A;  5EKJ A;  4KNM A;  5SZ6 A;  1BNU A;  1Z9Y A;  1FSQ A;  1BNV A;  5JG3 B;  2NWZ A;  1RAZ A;  4QK3 A;  4RUX A;  5JGT B;  3M98 A;  3DV7 A;  5BNL A;  5EHW A;  4Q87 A;  1KWR A;  4Q06 A;  1V9E A;  1RZD A;  3T5Z A;  5DSP A;  1J9W A;  4WL4 A;  3N2P A;  4M2U A;  4MDG A;  4RUZ A;  3S73 B;  1BV3 A;  1JD0 A;  4RH2 A;  2X7S A;  4L5V A;  2CBB A;  2FNN A;  5DRS A;  5G01 A;  4IWZ A;  1G0F A;  1YDD A;  4K1Q A;  2IT4 A;  2VVA X;  4ILX A;  4ZWY A;  1HUG A;  3RZ5 A;  4KNN A;  1XQ0 A;  1CNH A;  4Q7P A;  1BNM A;  3RYJ B;  3DC9 A;  1G3Z A;  3EFT A;  3PJJ A;  4G7A A;  3M1W A;  4YVY A;  3D9Z A;  3IBL A;  2FMG A;  3M14 A;  3ZNC A;  3MNA A;  4BF1 A;  3M67 A;  1YDC A;  4QJW A;  3MDZ A;  1TEU X;  2CA2 A;  1CNB A;  2WD3 A;  5DSJ A;  3CA2 A;  4PXX A;  3M1K A;  1Z97 A;  4QEF A;  4DZ9 A;  1G0E A;  1H4N A;  5EH8 A;  3T82 A;  5JEH B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3DCWA

Total Genus

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Chain Sequence

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