3EFI | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__942124818774684__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__942124818774684__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3efi/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__942124818774684__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"942124818774684","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3efi/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__942124818774684__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Carbonic anhydrase activators: kinetic and X-ray crystallographic study for the interaction of D- and L-tryptophan with the mammalian isoforms I-XIV pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	78
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2008-09-09

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3efiA00

2QOAA 2X7UA 4WW8A 3F7UA 1IF6A 1CNBA 1ZNCA 1G4OA 3DA2A 5DSKA 2FOUA 4GL1X 2NNGA 4BF1A 5E2NA 3KKXA 3OYQA 4MDGA 4TWLA 5E5RA 3FE4A 1G54A 3RLDA 3ML2A 5JEGB 1G0FA 3MNUA 2FOVA 4Q8XA 1HEAA 3M04A 4UOVA 3T85A 1RAYA 5FLPA 5FLTA 4XZ5A 2EZ7A 2GD8A 5DSJA 3HKNA 5JQTA 1A42A 2NNOA 3MHOA 2FOQA 3IBUA 3RYVB 5JG5B 3MNKA 3KONA 1BZMA 1LG6A 3V2MA 1G45A 3RZ8A 3OYSA 4CQ0A 1KWQA 2FMZA 1G53A 4Z1NA 5JGSB 5J8ZA 1UGGA 3T84A 3DVBA 4WL4A 3CAJA 1CNHA 1LG5A 1T9NA 4CA2A 2CBDA 4Q81A 4Q78A 4RIUA 1FSRA 4M2UA 1UGBA 3HKTA 3T5UA 3M98A 4Z1KA 5EIJA 3GZ0A 1YO2A 2HL4A 2NNVA 1IF7A 1JV0A 1BN4A 4Q83A 1BICA 3M5EA 4Q8ZA 3OKVA 4M2RA 4QSJA 4YYTA 3HLJA 2FOYA 3JXHC 4KNMA 3N4BA 1BNQA 4MTYA 4MDMA 3OIMA 4FU5A 2QP6A 1CVBA 4TWMA 3MHCA 3DV7A 4Q9YA 5DRSA 1BN3A 3PYKA 3MWOA 4L5WA 5DSOA 2W2JA 4YGNA 4QSAA 1CNXA 1G0EA 1XEVA 1DCAA 4E3DA 3DD0A 4ZAOA 4YHAA 2OSFA 5SZ6A 1FR4A 3RYJB 4JSSA 3U45X 5EHVA 3IBLA 1ZFKA 4R59A 3M5TA 4YGKA 1CA2A 4HEZA 4JS6A 4K0TA 2H15A 1TBTX 1EOUA 1OKNA 4QTLA 4ETQC 3B1BA 5SZ1A 3V7XA 4Q7WA 1HCAA 1H9QA 4XIWA 3F7BA 5EOIA 2Q1QA 4ZWXA 5SZ0A 3IGPA 5EH8A 3SBIA 4QEFA 4FRCA 1JD0A 1UGDA 3S75B 4COQA 4HT0A 4QK3A 1RZEA 3MHMA 3K2FA 4JSWA 4XIXA 1I9NA 5EKJA 5FL4A 7CA2A 3P55A 3OIKA 5L3OA 1ZSCA 4E3HA 1DMYA 5CLUA 3KLDB 3RZ5A 5E28A 3DCSA 4ILXA 4KUVA 3DVCA 3S77B 1V9IC 2HD6A 4WUPA 2HOCA 2QO8A 5EKHA 3DC3A 1JCZA 4MLXA 1IF8A 1CAIA 4E9OX 5FL6A 3BL0A 1AZMA 4FVOA 3V3HB 3N0NA 4YGFA 5E2MA 5EHEA 5BNLA 2NWPA 1XEGA 1I9OA 4DZ7A 1BN1A 1FR7A 2F14A 3CA2A 4KAPA 4WUQA 3M1KA 4CNVA 1BNNA 1CAMA 4BF6A 5E2RA 4ZWZA 1CNCA 3IAIA 1IF9A 5JDVB 3S72B 3KOKA 4YXOA 4KP5A 1CAYA 1CVFA 4YXIA 4KNNA 3RZ7A 3DVDA 4Q08A 1IF4A 3IBNA 2CBBA 3M2XA 3M2ZA 3M5SA 3EFIA 5BRVA 5CA2A 5AMLA 3S78B 3D9ZA 5FNIA 2X7SA 5AMDA 3MNIA 1H4NA 1HECA 4RUYA 4Q49A 3S76A 5E5UA 3N2PA 1ZFQA 4M2WA 3L14A 4R5AA 3ZP9A 1XQ0A 3M96A 1FQLA 3RG3A 2POWA 5DSRA 3M1JA 4YXUA 1OQ5A 4WW6A 3W6IA 5A25A 3RG4A 1ZH9A 1CAKA 1FLJA 2ILIA 3KNEA 4RFDA 5G0CA 2POVA 1RAZA 2WEGA 1G48A 3KS3A 3M40A 2CBCA 3MNHA 1HEDA 4DZ9A 5DSNA 1BNVA 1TEUX 1G46A 4QJXA 5FNMA 4RUZA 4Z1EA 4LU3A 2WD3A 2NMXA 3V3JA 4Q6EA 1HEBA 2AW1A 3M67A 3P5LA 4MLTA 4L5VA 1UGAA 4KUYA 4KUWA 2X7TA 1FSNA 1CVAA 1BNMA 1YDAA 3P3HA 4Q99A 1G6VA 1CVDA 3U47A 1Z97A 1YO0A 1URTA 5FNJA 4ITPA 3DCWA 2H4NA 3PO6A 4KV0A 5DSMA 3P3JA 3FW3A 3S9TA 3S73B 4QSIA 1G52A 4JSAA 4QK2A 1H9NA 4FIKA 3Q31A 1CZMA 1KWRA 4PYYA 2NXSA 4FL7A 4CNRA 2O4ZA 3U3AX 4Z0QA 4E4AA 2AX2A 1TTMA 4HBAA 3SBHA 1CAOA 1TG9A 1YO1A 1YDDA 4Q6DA 3KOIA 1RZAA 4X5SA 5DSLA 3M1QA 1ZGFA 5SZ3A 3V2JA 1CCSA 3U7CA 5BRUA 1BV3A 1CIMA 4Q8YA 1YDBA 3IEOA 4Q87A 5FLQA 1I9PA 4E3GA 4Y0JA 3BL1A 4G0CA 3RJ7A 1YDCA 2CA2A 3K7KA 1I9MA 1CRMA 2VVBX 5DSIA 3P5AA 1CA3A 5G01A 5FDIA 3HS4A 1Z93A 2Q38A 3K34A 3DAZA 3R16A 3S97A 1FQNA 3RYZA 4CACA 5BRWA 3RZ0B 3F8EA 3HFPA 4Q06A 4RIVA 3M2YA 1BCDA 3EFTA 3OY0A 2WEOA 1AM6A 4LP6A 4Q09A 2NXRA 1RJ6A 3VBDA 5HPJA 3D8WA 5JESB 4N0XB 3HKQA 3IBIA 2HNCA 1TB0X 4Q07A 5G03A 3R17B 3DD8A 2NWOA 2FNNA 5G0BA 1CNGA 3M2NA 1BNUA 4Q0LA 4QJWA 1CNKA 3B4FA 5FLSA 8CA2A 1TH9A 1FQMA 2FNKA 4WR7A 1FQRA 3PJJA 9CA2A 1Z9YA 4QJ0A 4YGJA 3MZCA 5SZ5A 4ZX1A 1DMXA 1CILA 1KOPA 12CAA 5JEPB 2EU2A 2NNSA 4K0SA 3T82A 1CAHA 5FNKA 4PXXA 1KOQA 4FVNA 4PQ7A 1LZVA 1RZDA 1CVHA 2NWYA 1G1DA 3M1WA 3SAXA 5FNHA 2CABA 4Q7PA 1I9LA 4YGLA 1I8ZA 4ZWIA 3C7PA 1V9EA 3DC9A 3ML5A 5EZTX 3T5ZA 2WEJA 4E3FA 5BYIA 1Y7WA 1HCBA 5FLOA 4CNXA 4ZX0A 2FW4A 1RJ5A 5A6HA 3MMFA 3JXFA 3HKUA 3F4XA 5SZ7A 2Q1BA 3M14A 1AVNA 2ABEA 3RGEA 5E2KA 1RZCA 4Q90A 4HEWA 1CNJA 3CZVA 3D0NA 1CVEA 3RZ1B 5DSPA 1LGDA 1UGEA 4QY3A 5JGTB 5FL5A 1FSQA 2WEHA 5SZ2A 3MNAA 5L6KA 1IF5A 3NJ9A 3TVOX 4KNIA 3SAPA 3TVNX 4QJMA 3CYUA 1KEQA 3T83A 3V3IB 4HF3A 3S8XA 1TE3X 3MHLA 1J9WA 4HT2A 1CNIA 1CALA 4RH2A 5LMDA 2NWZA 4BCWA 1I91A 5EH5A 4C3TA 4K13A 1LUGA 4Q7SA 4QJPA 4E5QA 2NN1A 4N16A 5FLRA 4ITOA 1UGFA 1CVCA 4MO8A 5EHWA 1XPZA 3NB5A 3V5GA 4KP8A 5DSQA 5CJFA 1HVAA 5DOHA 3M3XA 3UYQA 4FPTA 2NXTA 2POUA 1OKMA 4QJOA 1G4JA 4M2VA 1I9QA 4ZWYA 5E2SA 4QIZA 2HFWA 1MUAA 1G3ZA 4Q7VA 1RZBA 3DCCA 4CNWA 5C8IA 1CINA 4HU1A 4K1QA 1MOOA 1TG3A 1THKA 3MDZA 3MYQA 4QK1A 2FOSA 4YVYA 4Z1JA 4YX4A 5SZ4A 3QYKA 1HUHA 4KNJA 4QSBA 5CACA 3KWAA 3OILA 1CNWA 5JQ0A 1TEQX 5DOGA 5JEHB 4L5UA 2ZNCA 4HEYA 3N3JA 1OKLA 3MNJA 4XFWA 3KIGA 2OSMA 3DBUA 2NN7A 2CBAA 5IPZA 3NI5A 4G7AA 4E49A 2CBEA 3FFPX 1UGCA 1CRAA 5FDCA 3S71B 3P58A 3OKUA 4QIYA 1ZSBA 3P44A 4RN4A 1ZE8A 3S74B 3V3FA 2EU3A 4XE1A 4RUXA 1CCTA 1ZSAA 3JXGA 4YWPA 4K0ZA 3LXEA 3D92A 1CCUA 5DVXA 2IT4A 2GEHA 1DCBA 5JG3B 1ZGEA 5EKMA 5AMGA 3W6HA 1HUGA 1CAZA 2FMGA 3P4VA 1I90A 1BNWA 1CAJA 4PZHA 3RYXB 3V3GB 6CA2A 2WD2A 2HKKA 5FNGA 1CNYA 2VVAX 2FNMA 4R5BA 4PYXA 4IDRX 3ZNCA 1BNTA 4RFCA 3TMJA 3UYNA 1CANA 5EH7A 3D93A 4JSZA 3RYYA 5FNLA 4LHIA 4IWZA 1F2WA 4MDLA 3BETA 3MHIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QOA A;  2X7U A;  4WW8 A;  3F7U A;  1IF6 A;  1CNB A;  1ZNC A;  1G4O A;  3DA2 A;  5DSK A;  2FOU A;  4GL1 X;  2NNG A;  4BF1 A;  5E2N A;  3KKX A;  3OYQ A;  4MDG A;  4TWL A;  5E5R A;  3FE4 A;  1G54 A;  3RLD A;  3ML2 A;  5JEG B;  1G0F A;  3MNU A;  2FOV A;  4Q8X A;  1HEA A;  3M04 A;  4UOV A;  3T85 A;  1RAY A;  5FLP A;  5FLT A;  4XZ5 A;  2EZ7 A;  2GD8 A;  5DSJ A;  3HKN A;  5JQT A;  1A42 A;  2NNO A;  3MHO A;  2FOQ A;  3IBU A;  3RYV B;  5JG5 B;  3MNK A;  3KON A;  1BZM A;  1LG6 A;  3V2M A;  1G45 A;  3RZ8 A;  3OYS A;  4CQ0 A;  1KWQ A;  2FMZ A;  1G53 A;  4Z1N A;  5JGS B;  5J8Z A;  1UGG A;  3T84 A;  3DVB A;  4WL4 A;  3CAJ A;  1CNH A;  1LG5 A;  1T9N A;  4CA2 A;  2CBD A;  4Q81 A;  4Q78 A;  4RIU A;  1FSR A;  4M2U A;  1UGB A;  3HKT A;  3T5U A;  3M98 A;  4Z1K A;  5EIJ A;  3GZ0 A;  1YO2 A;  2HL4 A;  2NNV A;  1IF7 A;  1JV0 A;  1BN4 A;  4Q83 A;  1BIC A;  3M5E A;  4Q8Z A;  3OKV A;  4M2R A;  4QSJ A;  4YYT A;  3HLJ A;  2FOY A;  3JXH C;  4KNM A;  3N4B A;  1BNQ A;  4MTY A;  4MDM A;  3OIM A;  4FU5 A;  2QP6 A;  1CVB A;  4TWM A;  3MHC A;  3DV7 A;  4Q9Y A;  5DRS A;  1BN3 A;  3PYK A;  3MWO A;  4L5W A;  5DSO A;  2W2J A;  4YGN A;  4QSA A;  1CNX A;  1G0E A;  1XEV A;  1DCA A;  4E3D A;  3DD0 A;  4ZAO A;  4YHA A;  2OSF A;  5SZ6 A;  1FR4 A;  3RYJ B;  4JSS A;  3U45 X;  5EHV A;  3IBL A;  1ZFK A;  4R59 A;  3M5T A;  4YGK A;  1CA2 A;  4HEZ A;  4JS6 A;  4K0T A;  2H15 A;  1TBT X;  1EOU A;  1OKN A;  4QTL A;  4ETQ C;  3B1B A;  5SZ1 A;  3V7X A;  4Q7W A;  1HCA A;  1H9Q A;  4XIW A;  3F7B A;  5EOI A;  2Q1Q A;  4ZWX A;  5SZ0 A;  3IGP A;  5EH8 A;  3SBI A;  4QEF A;  4FRC A;  1JD0 A;  1UGD A;  3S75 B;  4COQ A;  4HT0 A;  4QK3 A;  1RZE A;  3MHM A;  3K2F A;  4JSW A;  4XIX A;  1I9N A;  5EKJ A;  5FL4 A;  7CA2 A;  3P55 A;  3OIK A;  5L3O A;  1ZSC A;  4E3H A;  1DMY A;  5CLU A;  3KLD B;  3RZ5 A;  5E28 A;  3DCS A;  4ILX A;  4KUV A;  3DVC A;  3S77 B;  1V9I C;  2HD6 A;  4WUP A;  2HOC A;  2QO8 A;  5EKH A;  3DC3 A;  1JCZ A;  4MLX A;  1IF8 A;  1CAI A;  4E9O X;  5FL6 A;  3BL0 A;  1AZM A;  4FVO A;  3V3H B;  3N0N A;  4YGF A;  5E2M A;  5EHE A;  5BNL A; 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 2X7T A;  1FSN A;  1CVA A;  1BNM A;  1YDA A;  3P3H A;  4Q99 A;  1G6V A;  1CVD A;  3U47 A;  1Z97 A;  1YO0 A;  1URT A;  5FNJ A;  4ITP A;  3DCW A;  2H4N A;  3PO6 A;  4KV0 A;  5DSM A;  3P3J A;  3FW3 A;  3S9T A;  3S73 B;  4QSI A;  1G52 A;  4JSA A;  4QK2 A;  1H9N A;  4FIK A;  3Q31 A;  1CZM A;  1KWR A;  4PYY A;  2NXS A;  4FL7 A;  4CNR A;  2O4Z A;  3U3A X;  4Z0Q A;  4E4A A;  2AX2 A;  1TTM A;  4HBA A;  3SBH A;  1CAO A;  1TG9 A;  1YO1 A;  1YDD A;  4Q6D A;  3KOI A;  1RZA A;  4X5S A;  5DSL A;  3M1Q A;  1ZGF A;  5SZ3 A;  3V2J A;  1CCS A;  3U7C A;  5BRU A;  1BV3 A;  1CIM A;  4Q8Y A;  1YDB A;  3IEO A;  4Q87 A;  5FLQ A;  1I9P A;  4E3G A;  4Y0J A;  3BL1 A;  4G0C A;  3RJ7 A;  1YDC A;  2CA2 A;  3K7K A;  1I9M A;  1CRM A;  2VVB X;  5DSI A;  3P5A A;  1CA3 A;  5G01 A;  5FDI A;  3HS4 A;  1Z93 A;  2Q38 A;  3K34 A;  3DAZ A;  3R16 A;  3S97 A;  1FQN A;  3RYZ A;  4CAC A;  5BRW A;  3RZ0 B;  3F8E A;  3HFP A;  4Q06 A;  4RIV A;  3M2Y A;  1BCD A;  3EFT A;  3OY0 A;  2WEO A;  1AM6 A;  4LP6 A;  4Q09 A;  2NXR A;  1RJ6 A;  3VBD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3EFIA

Total Genus

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Chain Sequence

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