3FW3 | Genus

Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	262
structure length	249
Chain Sequence	WCYEVQAESSNCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTTKAKVDKKLGRFFFSGYDKKQTWTVQNNGHSVMMLLENKASISGGGLPAPYQAKQLHLHWSDLPYKGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKPEDEIAVLAFLVEAGTQVNEGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKVVWTVFREPIQLHREQILAFSQKLYYDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__894371573433011__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__894371573433011__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3fw3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__894371573433011__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"894371573433011","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3fw3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__894371573433011__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz): 742 ms

reading 249 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

249 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:248});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Thioether benzenesulfonamide inhibitors of carbonic anhydrases II and IV: structure-based drug design, synthesis, and biological evaluation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 4
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	66
structure length	249
sequence length	262
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-01-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3fw3A00

3IBNA 5FDCA 1KWQA 1G46A 3FFPX 3IAIA 5BYIA 1G54A 5FL6A 3BL0A 1I9PA 1CNYA 4QSBA 3N0NA 2CA2A 5EH7A 4E3HA 2QOAA 1CANA 1CA3A 3DCCA 1YO1A 3V2MA 4FL7A 1DMXA 1RZDA 1YDCA 2CBEA 1V9IC 2GEHA 3IBIA 1Y7WA 3TVNX 3K2FA 3S8XA 5FLRA 1CAHA 1ZSAA 2F14A 1YO2A 3GZ0A 3V3GB 3N4BA 3OIKA 5FLPA 3DA2A 1EOUA 4XE1A 4R59A 4ITPA 3M5SA 1CNGA 4Q7VA 3BETA 2CBCA 4Q6DA 1CAKA 4YGJA 5EHEA 1CVBA 4G0CA 1CALA 3EFTA 3V7XA 3D92A 5EH8A 2X7SA 2NNSA 5BRWA 4YYTA 3L14A 3F8EA 4XIXA 3RGEA 2NMXA 2HOCA 4CQ0A 1V9EA 3HKNA 5JG5B 4M2UA 2OSFA 3MYQA 4XIWA 1I9QA 3T5UA 1BZMA 1YDBA 4ZWXA 1CNXA 3IBUA 3S78B 1ZNCA 3V3FA 2CBAA 1CVAA 1FLJA 1XEVA 1G6VA 3ML2A 4KUYA 3V3JA 4QTLA 1IF7A 1G4OA 4RUZA 1CAJA 1RZCA 4BF1A 5FNJA 1ZSCA 5FLQA 5DSIA 3S75B 4HBAA 5JDVB 4DZ9A 2NXTA 4HT2A 1CAYA 1BNVA 5EIJA 5DRSA 3M5EA 1AZMA 2POWA 4Y0JA 4YXUA 4PZHA 2FOQA 5JQ0A 3DCWA 4Q7PA 2QO8A 3D93A 3QYKA 1BN1A 3N2PA 4KAPA 5JEPB 3DD8A 3FW3A 1CNHA 4RIUA 1LG6A 2CBBA 3UYQA 3MHIA 1I91A 1UGDA 1IF8A 3M14A 4BCWA 4Q78A 3JXGA 4QK3A 3IGPA 3HKTA 3NI5A 1A42A 5SZ3A 4PYXA 1TEUX 2O4ZA 1G0FA 5CJFA 1G3ZA 4RH2A 1BV3A 4RFCA 1BCDA 4L5VA 3RYVB 1ZH9A 2QP6A 1G48A 5FNLA 3RZ7A 1HEAA 3OYQA 4K0TA 4QK2A 4E3DA 4YVYA 4ZWYA 1HCBA 1I8ZA 5JG3B 1Z93A 5E2KA 4QJMA 2NWPA 3TMJA 3RZ5A 4ZX1A 2NWYA 5EOIA 1G52A 3MNUA 4M2VA 3MHOA 4QJPA 5DSPA 3RYZA 3SAPA 1OKLA 3U47A 3W6HA 3S9TA 4Z1JA 3U3AX 1BNWA 5FDIA 1TG3A 3NB5A 4Q87A 4XFWA 4K0ZA 1CAOA 5SZ5A 3KS3A 1CAZA 3M5TA 3MNAA 4M2RA 3T82A 5DSKA 2WEGA 1UGCA 2NNGA 4Q90A 4XZ5A 3DBUA 3Q31A 2WEHA 3CAJA 1JCZA 4MDMA 4DZ7A 1F2WA 3DAZA 3DC3A 1UGBA 2FOSA 3M67A 4RUXA 3DD0A 3HS4A 4TWMA 4PYYA 5AMGA 4WUPA 3S77B 3M2ZA 1CZMA 2GD8A 1G4JA 4PXXA 4YXIA 3M1JA 3C7PA 3PYKA 3T83A 2VVAX 2H15A 3M1QA 3MDZA 1BNTA 1BNQA 3PO6A 4Z1KA 3T84A 3F7BA 7CA2A 1BNUA 2NN7A 4X5SA 1HVAA 5DSQA 1CVCA 3R17B 2VVBX 2AW1A 4KP8A 5L3OA 3ZNCA 5G0BA 3OILA 2WEOA 1BNMA 5DVXA 5E2SA 1CA2A 4Q8ZA 2POUA 1G53A 4G7AA 2X7UA 4QIYA 3P3JA 3SBHA 2W2JA 4RIVA 3IEOA 3RYXB 3CA2A 3V5GA 1LZVA 5FLSA 5JQTA 2H4NA 4JSSA 5FNKA 3MNKA 4Q9YA 4KUVA 4YGKA 1FR7A 4QY3A 1RZBA 4RN4A 4YHAA 4KNMA 4QSJA 3P4VA 1HCAA 5DOHA 12CAA 2EU3A 3VBDA 4YWPA 2HFWA 4Z1EA 3U7CA 1CNKA 4Q07A 4YGNA 4Q81A 1LGDA 3P5AA 4TWLA 2X7TA 3T85A 4E3FA 1HEDA 4RFDA 1KOQA 4MLXA 4FU5A 5JGTB 1CVHA 3DVDA 3DCSA 5G0CA 1CRAA 4KV0A 1FQRA 3FE4A 4E3GA 1YDAA 3M40A 1CRMA 5AMLA 3KOKA 1UGEA 2OSMA 4Q8XA 3DV7A 3KLDB 4FVOA 5EHWA 3RZ8A 3DC9A 1CCTA 1MOOA 4N0XB 3RYYA 4KNNA 4C3TA 1AVNA 4LHIA 4ILXA 3MNHA 3RZ0B 4YGLA 3S72B 2FMGA 4FRCA 4Q83A 3HFPA 4Q7WA 4Q7SA 1MUAA 3KWAA 1TG9A 3P44A 1AM6A 5SZ2A 3CYUA 2FOYA 4CNRA 1HUHA 2Q1BA 4MTYA 1HECA 2NWOA 4M2WA 1CILA 4Z0QA 1CNWA 5LMDA 4YXOA 4BF6A 1OKMA 3N3JA 5CACA 5FL5A 3B1BA 1YDDA 3DVBA 3BL1A 3KNEA 5FNHA 1TEQX 1LUGA 4QIZA 2FW4A 3RG3A 3MHLA 3LXEA 3OYSA 1ZGFA 3F7UA 5DSJA 3M98A 4QJWA 4JSAA 4Q09A 4ZX0A 3EFIA 4QSAA 1KEQA 4E49A 4K13A 4MDGA 3KKXA 1IF6A 3M3XA 1CCSA 4E5QA 5EH5A 5SZ0A 1H9QA 4HU1A 3V3IB 4ETQC 5FNMA 4KUWA 1I9NA 2FNNA 1CAIA 1UGFA 1I9OA 1CIMA 3M2XA 4FVNA 5SZ7A 1DCBA 1RAYA 4RUYA 5EKJA 5JEGB 5G03A 4CNVA 2FOUA 5AMDA 5BRUA 2NWZA 1G1DA 1BN3A 1KOPA 4ZWZA 3S74B 4Z1NA 5FNIA 1TH9A 3MNJA 1FQNA 2FOVA 1XQ0A 1LG5A 5HPJA 4FPTA 4IDRX 1FSRA 2HNCA 1UGGA 1BICA 4ZAOA 1URTA 5DSOA 4JSWA 4L5UA 2AX2A 3MHMA 4L5WA 3CZVA 3B4FA 1BNNA 2NXRA 2ABEA 4Q0LA 2POVA 3RG4A 4UOVA 3OIMA 1DMYA 1ZFQA 3P58A 5JESB 5SZ6A 3RYJB 4WR7A 1CVEA 5FLOA 2EZ7A 3K34A 5EKHA 4HEYA 3RLDA 5A6HA 3P55A 2WD3A 4QJXA 3SBIA 1Z97A 4MDLA 1FQLA 5BRVA 1RJ6A 3IBLA 3P3HA 4HEWA 1HEBA 1TBTX 4QJ0A 3RZ1B 3F4XA 3K7KA 2HD6A 4QSIA 4HF3A 3JXHC 3MWOA 4Q8YA 1ZGEA 1CNIA 5DSNA 2NNVA 1CNBA 1CNJA 4QEFA 4JSZA 5DSRA 1G0EA 1H9NA 5FL4A 2HKKA 2HL4A 4JS6A 3MMFA 4E4AA 2IT4A 1T9NA 2NNOA 3D9ZA 1CINA 1TB0X 5DSMA 3HKUA 3TVOX 4CNXA 3RJ7A 3V2JA 5IPZA 4HT0A 5SZ1A 1G45A 2FNKA 4IWZA 1KWRA 3KOIA 3S76A 3OY0A 1IF4A 1FR4A 3D8WA 4Q6EA 3S71B 1JV0A 5G01A 5BNLA 3M2YA 4KP5A 5E2MA 1TTMA 3M2NA 3MHCA 5DSLA 3V3HB 1CVFA 2NXSA 5CLUA 1OQ5A 1I9LA 1DCAA 3M96A 5EZTX 3ZP9A 1OKNA 4WUQA 2Q38A 4KNJA 1ZE8A 4ITOA 4WW8A 3D0NA 4E9OX 4MO8A 4CA2A 1XPZA 3M04A 1ZFKA 2WEJA 1RJ5A 1Z9YA 1ZSBA 5E5RA 3S73B 3UYNA 2NN1A 3M1KA 4N16A 4MLTA 5SZ4A 5EKMA 2CBDA 3NJ9A 4FIKA 5L6KA 4CNWA 3P5LA 1FSQA 4QK1A 3ML5A 4QJOA 3T5ZA 5JGSB 4HEZA 1TE3X 1J9WA 1I90A 5FNGA 4ZWIA 3KIGA 2Q1QA 2ZNCA 3R16A 4YX4A 5C8IA 4R5AA 4R5BA 4GL1X 1XEGA 2FMZA 3SAXA 1THKA 5EHVA 1FSNA 2ILIA 3MNIA 1YO0A 1RAZA 1CAMA 5E2NA 5E5UA 3PJJA 3W6IA 3U45X 1JD0A 4Q08A 4LP6A 1HUGA 3JXFA 4YGFA 5E2RA 6CA2A 5CA2A 3MZCA 4LU3A 4CACA 3OKUA 1CVDA 5A25A 5FLTA 1CNCA 5JEHB 4PQ7A 1RZEA 4K1QA 2FNMA 4Q99A 2WD2A 3HKQA 2CABA 4Q49A 3DVCA 3KONA 4WW6A 4K0SA 1H4NA 4KNIA 5DOGA 4COQA 3S97A 1IF5A 8CA2A 1CCUA 4WL4A 9CA2A 1UGAA 3OKVA 1FQMA 5E28A 1RZAA 1I9MA 5J8ZA 3M1WA 1BN4A 1IF9A 4Q06A 3HLJA 2EU2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IBN A;  5FDC A;  1KWQ A;  1G46 A;  3FFP X;  3IAI A;  5BYI A;  1G54 A;  5FL6 A;  3BL0 A;  1I9P A;  1CNY A;  4QSB A;  3N0N A;  2CA2 A;  5EH7 A;  4E3H A;  2QOA A;  1CAN A;  1CA3 A;  3DCC A;  1YO1 A;  3V2M A;  4FL7 A;  1DMX A;  1RZD A;  1YDC A;  2CBE A;  1V9I C;  2GEH A;  3IBI A;  1Y7W A;  3TVN X;  3K2F A;  3S8X A;  5FLR A;  1CAH A;  1ZSA A;  2F14 A;  1YO2 A;  3GZ0 A;  3V3G B;  3N4B A;  3OIK A;  5FLP A;  3DA2 A;  1EOU A;  4XE1 A;  4R59 A;  4ITP A;  3M5S A;  1CNG A;  4Q7V A;  3BET A;  2CBC A;  4Q6D A;  1CAK A;  4YGJ A;  5EHE A;  1CVB A;  4G0C A;  1CAL A;  3EFT A;  3V7X A;  3D92 A;  5EH8 A;  2X7S A;  2NNS A;  5BRW A;  4YYT A;  3L14 A;  3F8E A;  4XIX A;  3RGE A;  2NMX A;  2HOC A;  4CQ0 A;  1V9E A;  3HKN A;  5JG5 B;  4M2U A;  2OSF A;  3MYQ A;  4XIW A;  1I9Q A;  3T5U A;  1BZM A;  1YDB A;  4ZWX A;  1CNX A;  3IBU A;  3S78 B;  1ZNC A;  3V3F A;  2CBA A;  1CVA A;  1FLJ A;  1XEV A;  1G6V A;  3ML2 A;  4KUY A;  3V3J A;  4QTL A;  1IF7 A;  1G4O A;  4RUZ A;  1CAJ A;  1RZC A;  4BF1 A;  5FNJ A;  1ZSC A;  5FLQ A;  5DSI A;  3S75 B;  4HBA A;  5JDV B;  4DZ9 A;  2NXT A;  4HT2 A;  1CAY A;  1BNV A;  5EIJ A;  5DRS A;  3M5E A;  1AZM A;  2POW A;  4Y0J A;  4YXU A;  4PZH A;  2FOQ A;  5JQ0 A;  3DCW A;  4Q7P A;  2QO8 A;  3D93 A;  3QYK A;  1BN1 A;  3N2P A;  4KAP A;  5JEP B;  3DD8 A;  3FW3 A;  1CNH A;  4RIU A;  1LG6 A;  2CBB A;  3UYQ A;  3MHI A;  1I91 A;  1UGD A;  1IF8 A;  3M14 A;  4BCW A;  4Q78 A;  3JXG A;  4QK3 A;  3IGP A;  3HKT A;  3NI5 A;  1A42 A;  5SZ3 A;  4PYX A;  1TEU X;  2O4Z A;  1G0F A;  5CJF A;  1G3Z A;  4RH2 A;  1BV3 A;  4RFC A;  1BCD A;  4L5V A;  3RYV B;  1ZH9 A;  2QP6 A;  1G48 A;  5FNL A;  3RZ7 A;  1HEA A;  3OYQ A;  4K0T A;  4QK2 A;  4E3D A;  4YVY A;  4ZWY A;  1HCB A;  1I8Z A;  5JG3 B;  1Z93 A;  5E2K A;  4QJM A;  2NWP A;  3TMJ A;  3RZ5 A;  4ZX1 A;  2NWY A;  5EOI A;  1G52 A;  3MNU A;  4M2V A;  3MHO A;  4QJP A;  5DSP A;  3RYZ A;  3SAP A;  1OKL A;  3U47 A;  3W6H A;  3S9T A;  4Z1J A;  3U3A X;  1BNW A;  5FDI A;  1TG3 A;  3NB5 A;  4Q87 A;  4XFW A;  4K0Z A;  1CAO A;  5SZ5 A;  3KS3 A;  1CAZ A;  3M5T A;  3MNA A;  4M2R A;  3T82 A;  5DSK A;  2WEG A;  1UGC A;  2NNG A;  4Q90 A;  4XZ5 A;  3DBU A;  3Q31 A;  2WEH A;  3CAJ A;  1JCZ A;  4MDM A;  4DZ7 A;  1F2W A;  3DAZ A;  3DC3 A;  1UGB A;  2FOS A;  3M67 A;  4RUX A;  3DD0 A;  3HS4 A;  4TWM A;  4PYY A;  5AMG A;  4WUP A;  3S77 B;  3M2Z A;  1CZM A;  2GD8 A;  1G4J A;  4PXX A;  4YXI A;  3M1J A;  3C7P A;  3PYK A;  3T83 A;  2VVA X;  2H15 A;  3M1Q A;  3MDZ A;  1BNT A;  1BNQ A;  3PO6 A;  4Z1K A;  3T84 A;  3F7B A;  7CA2 A;  1BNU A;  2NN7 A;  4X5S A;  1HVA A;  5DSQ A;  1CVC A;  3R17 B;  2VVB X;  2AW1 A;  4KP8 A;  5L3O A;  3ZNC A;  5G0B A;  3OIL A;  2WEO A;  1BNM A;  5DVX A;  5E2S A;  1CA2 A;  4Q8Z A;  2POU A;  1G53 A;  4G7A A;  2X7U A;  4QIY A;  3P3J A;  3SBH A;  2W2J A;  4RIV A;  3IEO A;  3RYX B;  3CA2 A;  3V5G A;  1LZV A;  5FLS A;  5JQT A;  2H4N A;  4JSS A;  5FNK A;  3MNK A;  4Q9Y A;  4KUV A;  4YGK A;  1FR7 A;  4QY3 A;  1RZB A;  4RN4 A;  4YHA A;  4KNM A;  4QSJ A;  3P4V A;  1HCA A;  5DOH A;  12CA A;  2EU3 A;  3VBD A;  4YWP A;  2HFW A;  4Z1E A;  3U7C A;  1CNK A;  4Q07 A; 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3FW3A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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