3FW3 | Genus

Total Genus 66

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	66
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	262
structure length	249
Chain Sequence	WCYEVQAESSNCLVPVKWGGNCQKDRQSPINIVTTKAKVDKKLGRFFFSGYDKKQTWTVQNNGHSVMMLLENKASISGGGLPAPYQAKQLHLHWSDLPYKGSEHSLDGEHFAMEMHIVHEKEKPEDEIAVLAFLVEAGTQVNEGFQPLVEALSNIPKPEMSTTMAESSLLDLLPKEEKLRHYFRYLGSLTTPTCDEKVVWTVFREPIQLHREQILAFSQKLYYDKEQTVSMKDNVRPLQQLGQRTVIKS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__179772010074164__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__179772010074164__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3fw3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__179772010074164__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"179772010074164","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3fw3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__179772010074164__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfeeb78906694d364cc78d3/pdb.gz): 60 ms

reading 249 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

249 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:248});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Thioether benzenesulfonamide inhibitors of carbonic anhydrases II and IV: structure-based drug design, synthesis, and biological evaluation. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 4
total genus	66
structure length	249
sequence length	262
chains with identical sequence	B
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-01-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3fw3A00

3DD8A 1YO2A 4QJPA 5FNHA 2NN7A 3FW3A 5AMLA 1T9NA 4JSZA 5EH8A 3JXFA 4KP8A 4ILXA 3RZ0B 1RAZA 1CCSA 1JD0A 5CA2A 4MTYA 3S75B 1CVEA 1UGGA 3K34A 3NJ9A 2CBCA 5CJFA 3M2YA 3M5TA 3SBHA 5FNLA 4XE1A 4WR7A 2FOYA 1MOOA 1ZE8A 1LUGA 3S97A 5SZ1A 3N3JA 1I9MA 1CNXA 5EKMA 1KEQA 3KOIA 3SAXA 2HFWA 1XEVA 4CNXA 3DVCA 1AVNA 3M40A 4RUXA 4KV0A 4JS6A 4XFWA 3GZ0A 5G0CA 3M96A 1CANA 1I90A 4QK3A 1BNUA 1HCBA 1CAJA 3MWOA 5J8ZA 3D92A 3HFPA 1RJ6A 2WEJA 4WW8A 4M2VA 3CA2A 3KLDB 3S73B 3KKXA 3OKUA 5FNGA 3OIKA 4PYYA 3S8XA 3M1KA 3PYKA 5BRUA 1CNCA 2NWOA 4QTLA 5AMDA 1JV0A 1G0FA 3IEOA 1HCAA 1URTA 1ZFQA 1CVHA 2HOCA 1CNGA 5JESB 4Z0QA 1DMYA 1G52A 5EH5A 1CNHA 3MHLA 1LG6A 4ZWIA 3P55A 3RZ8A 4QIYA 4DZ9A 4Q9YA 2WEHA 1XEGA 1CAMA 5JGTB 1V9EA 1TE3X 3D9ZA 3EFIA 4RN4A 3DAZA 5FL4A 4YVYA 4YGFA 5L6KA 4HEZA 2FW4A 4LP6A 3T84A 3DD0A 5EHVA 4TWMA 3S76A 3K2FA 1FQMA 1IF7A 4Q83A 4QJOA 3DCCA 4MLXA 7CA2A 4PQ7A 2OSMA 4HU1A 3VBDA 4FU5A 3ML5A 2NN1A 3N2PA 1FSNA 4JSAA 5E5RA 1CAHA 5L3OA 9CA2A 4ZX0A 4RIUA 1CRAA 1CAOA 1CAZA 1RZCA 3R17B 1CNYA 3NI5A 1ZNCA 2FMGA 3OILA 3SBIA 4KUVA 1EOUA 1THKA 3P3JA 2NWYA 4Q0LA 1G46A 1YDDA 1UGBA 3JXHC 4FIKA 2W2JA 4IDRX 4Z1NA 1BN3A 1AM6A 2NNVA 2FOQA 2QP6A 2CBDA 3MNHA 4PXXA 3DVBA 2FOUA 1H4NA 4FVNA 5IPZA 4C3TA 4E9OX 1CVFA 3DC9A 3D8WA 5FDIA 4G0CA 4LHIA 1BZMA 4L5UA 1IF9A 5FLQA 4Q06A 3DCWA 4ITOA 5FNIA 1IF8A 2FOSA 1I9OA 3M98A 5BRVA 3TVNX 1XPZA 4QEFA 1YDAA 3MNAA 4Q90A 5EZTX 2EZ7A 1CRMA 1OQ5A 1AZMA 4YGNA 2NWPA 3F7UA 4Q07A 3M1WA 4QIZA 4R5BA 3OYQA 3RZ5A 3D0NA 2POUA 4BF1A 5DSIA 1CNWA 1OKMA 1F2WA 3F7BA 2Q1BA 4HT2A 5C8IA 2HL4A 2AX2A 3DVDA 1LG5A 4M2WA 1ZSBA 4R59A 4ZAOA 4R5AA 4E3HA 5DSMA 5BRWA 5FNMA 5FLOA 1KWQA 4QK1A 1YDCA 4GL1X 2CA2A 3JXGA 5FLRA 4CQ0A 4Q7PA 3V2JA 4Q09A 4FPTA 4ZX1A 5FDCA 4E49A 5DSOA 2FMZA 1I91A 1HVAA 3RZ1B 1RZAA 1Z93A 2CBBA 3BL0A 1ZGFA 1CZMA 3L14A 5E2KA 1RAYA 4XIXA 1CA3A 2WD3A 4KNJA 4Q8YA 4YGLA 3CAJA 5SZ4A 1FQNA 3IBNA 5G03A 2EU2A 5FLPA 3N4BA 5LMDA 1I9LA 3ZP9A 2WD2A 2NNSA 4JSWA 3IAIA 3M5SA 3V3JA 1UGDA 1G48A 5DSLA 5SZ3A 5FLTA 3NB5A 8CA2A 4WL4A 2FOVA 4Q49A 3RG4A 2WEGA 2FNNA 4FRCA 4HEWA 1Y7WA 1I9NA 5E2SA 3KOKA 1UGAA 3B1BA 5A6HA 5JEGB 1ZFKA 3T5UA 4Q6DA 2GEHA 1CA2A 2Q38A 4Q87A 1CNKA 1CVAA 4RFCA 3QYKA 1HECA 3EFTA 5FNKA 1G45A 1CALA 3MMFA 4BF6A 2NNGA 2QOAA 1FSQA 5E5UA 3M5EA 1G54A 1HEDA 3N0NA 4Q8ZA 3RYYA 4QJMA 4YGJA 3U7CA 4Q7SA 4HF3A 1CNBA 4Z1KA 3D93A 2FNKA 3T85A 4QY3A 3V5GA 1H9QA 4E3DA 1RZDA 3P44A 4IWZA 5FNJA 2X7TA 3V3HB 4YX4A 3RJ7A 4KAPA 4ITPA 5DSNA 4QK2A 3BL1A 4BCWA 1FR4A 4Q78A 3RG3A 2POVA 3R16A 4WW6A 3RYZA 4KNIA 4HT0A 1BNNA 4YXUA 4CNVA 1G1DA 2HNCA 1TB0X 3M67A 2IT4A 1BN4A 1KWRA 3CZVA 4MDGA 5A25A 3C7PA 4ZWXA 2GD8A 2NXTA 3S78B 1BNVA 1KOPA 4UOVA 5FLSA 4N16A 1BN1A 2Q1QA 3KIGA 3M2NA 1KOQA 1UGEA 3RYVB 1FSRA 5SZ7A 2HD6A 3IGPA 1TTMA 4YYTA 5EIJA 1ZGEA 3RGEA 2WEOA 3M14A 4Y0JA 2ILIA 5DOGA 5DVXA 4CA2A 4QSAA 5G01A 3IBLA 3MHIA 2HKKA 3U3AX 4MLTA 1G4JA 3P4VA 3MYQA 4CNRA 4DZ7A 5JDVB 3OY0A 3V7XA 4QJ0A 4E3FA 2CABA 4WUPA 4Q7WA 4LU3A 4QSJA 3OKVA 5DOHA 4RIVA 1IF5A 3DCSA 4N0XB 1HUHA 4Z1JA 5EH7A 3OIMA 2FNMA 3MHMA 3M04A 4FVOA 1CVDA 5DSRA 4Q81A 5SZ6A 4K0TA 1TBTX 3V3IB 4RUYA 1RJ5A 5AMGA 2O4ZA 3HLJA 3DA2A 2AW1A 4QSIA 1BV3A 1ZSAA 1A42A 4HEYA 1FQLA 3S72B 3KS3A 3U45X 4YXOA 4QSBA 3IBUA 3RYJB 5JEHB 3RYXB 1FR7A 4Q8XA 3V3GB 3M1JA 4QJWA 1YDBA 4YHAA 1ZH9A 5JG5B 1TG3A 3LXEA 3P5LA 1G3ZA 5EOIA 1TEQX 3MHOA 3HKNA 4G7AA 3T83A 4ETQC 3PJJA 4TWLA 4K0SA 3HKQA 3CYUA 4ZWZA 1G4OA 4COQA 4MDMA 5EKJA 3KONA 5G0BA 4Q6EA 3DC3A 4YGKA 5E2NA 4YXIA 4KP5A 1G6VA 1ZSCA 3Q31A 5DSJA 1CIMA 3KNEA 5JGSB 1MUAA 3KWAA 3FE4A 4Z1EA 1YO0A 4YWPA 3TMJA 3F8EA 4KNNA 1HUGA 2NXRA 1XQ0A 3HKTA 4KUWA 5EKHA 1BCDA 3MNIA 1CINA 1CNJA 4RH2A 1IF6A 5SZ0A 2EU3A 3S74B 1BICA 3SAPA 5EHWA 2CBEA 3MDZA 3M2ZA 2ABEA 5CACA 4KNMA 4KUYA 1CAYA 1UGCA 4M2RA 1BNTA 1Z9YA 1FQRA 2ZNCA 4E5QA 3HS4A 5SZ5A 3PO6A 3OYSA 4Q7VA 1DCAA 1I8ZA 1CILA 1TG9A 3W6HA 3M1QA 4E4AA 1CNIA 5FL5A 1CAIA 2NXSA 5BYIA 5JQ0A 2VVBX 3IBIA 1LGDA 3K7KA 1I9QA 5CLUA 3DBUA 1FLJA 5DSQA 2CBAA 1CVBA 3F4XA 4FL7A 5E2RA 1I9PA 5FL6A 4MDLA 1G53A 1BNMA 4JSSA 5EHEA 4ZWYA 1G0EA 2NNOA 3S9TA 1DCBA 2NMXA 1DMXA 3MNKA 3ML2A 3V3FA 2NWZA 1JCZA 3P5AA 3M2XA 3S77B 4QJXA 3FFPX 3MNJA 1CAKA 4PZHA 4K0ZA 3MHCA 3RLDA 1HEAA 3MZCA 5JG3B 4RFDA 1RZEA 2QO8A 5E28A 3ZNCA 3RZ7A 5BNLA 4RUZA 2H4NA 5DSKA 2VVAX 4Q08A 4HBAA 1BNWA 3V2MA 5JQTA 2X7SA 1UGFA 1RZBA 2H15A 1OKLA 4PYXA 1H9NA 5JEPB 1YO1A 3MNUA 5SZ2A 4K1QA 1TH9A 4XZ5A 4M2UA 3UYQA 5DRSA 2POWA 3U47A 1Z97A 1HEBA 5E2MA 1BNQA 1CCUA 2X7UA 3UYNA 1J9WA 4L5VA 3W6IA 4E3GA 5DSPA 3B4FA 3P3HA 2OSFA 3M3XA 4X5SA 4K13A 3DV7A 1CVCA 4CNWA 3T82A 5HPJA 1IF4A 3T5ZA 1LZVA 6CA2A 1TEUX 4Q99A 2F14A 1CCTA 1OKNA 3P58A 4L5WA 3TVOX 4MO8A 1V9IC 4XIWA 3S71B 4WUQA 4CACA 12CAA 3HKUA 3BETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DD8 A;  1YO2 A;  4QJP A;  5FNH A;  2NN7 A;  3FW3 A;  5AML A;  1T9N A;  4JSZ A;  5EH8 A;  3JXF A;  4KP8 A;  4ILX A;  3RZ0 B;  1RAZ A;  1CCS A;  1JD0 A;  5CA2 A;  4MTY A;  3S75 B;  1CVE A;  1UGG A;  3K34 A;  3NJ9 A;  2CBC A;  5CJF A;  3M2Y A;  3M5T A;  3SBH A;  5FNL A;  4XE1 A;  4WR7 A;  2FOY A;  1MOO A;  1ZE8 A;  1LUG A;  3S97 A;  5SZ1 A;  3N3J A;  1I9M A;  1CNX A;  5EKM A;  1KEQ A;  3KOI A;  3SAX A;  2HFW A;  1XEV A;  4CNX A;  3DVC A;  1AVN A;  3M40 A;  4RUX A;  4KV0 A;  4JS6 A;  4XFW A;  3GZ0 A;  5G0C A;  3M96 A;  1CAN A;  1I90 A;  4QK3 A;  1BNU A;  1HCB A;  1CAJ A;  3MWO A;  5J8Z A;  3D92 A;  3HFP A;  1RJ6 A;  2WEJ A;  4WW8 A;  4M2V A;  3CA2 A;  3KLD B;  3S73 B;  3KKX A;  3OKU A;  5FNG A;  3OIK A;  4PYY A;  3S8X A;  3M1K A;  3PYK A;  5BRU A;  1CNC A;  2NWO A;  4QTL A;  5AMD A;  1JV0 A;  1G0F A;  3IEO A;  1HCA A;  1URT A;  1ZFQ A;  1CVH A;  2HOC A;  1CNG A;  5JES B;  4Z0Q A;  1DMY A;  1G52 A;  5EH5 A;  1CNH A;  3MHL A;  1LG6 A;  4ZWI A;  3P55 A;  3RZ8 A;  4QIY A;  4DZ9 A;  4Q9Y A;  2WEH A;  1XEG A;  1CAM A;  5JGT B;  1V9E A;  1TE3 X;  3D9Z A;  3EFI A;  4RN4 A;  3DAZ A;  5FL4 A;  4YVY A;  4YGF A;  5L6K A;  4HEZ A;  2FW4 A;  4LP6 A;  3T84 A;  3DD0 A;  5EHV A;  4TWM A;  3S76 A;  3K2F A;  1FQM A;  1IF7 A;  4Q83 A;  4QJO A;  3DCC A;  4MLX A;  7CA2 A;  4PQ7 A;  2OSM A;  4HU1 A;  3VBD A;  4FU5 A;  3ML5 A;  2NN1 A;  3N2P A;  1FSN A;  4JSA A;  5E5R A;  1CAH A;  5L3O A;  9CA2 A;  4ZX0 A;  4RIU A;  1CRA A;  1CAO A;  1CAZ A;  1RZC A;  3R17 B;  1CNY A;  3NI5 A;  1ZNC A;  2FMG A;  3OIL A;  3SBI A;  4KUV A;  1EOU A;  1THK A;  3P3J A;  2NWY A;  4Q0L A;  1G46 A;  1YDD A;  1UGB A;  3JXH C;  4FIK A;  2W2J A;  4IDR X;  4Z1N A;  1BN3 A;  1AM6 A;  2NNV A;  2FOQ A;  2QP6 A;  2CBD A;  3MNH A;  4PXX A;  3DVB A;  2FOU A;  1H4N A;  4FVN A;  5IPZ A;  4C3T A;  4E9O X;  1CVF A;  3DC9 A;  3D8W A;  5FDI A;  4G0C A;  4LHI A;  1BZM A;  4L5U A;  1IF9 A;  5FLQ A;  4Q06 A;  3DCW A;  4ITO A;  5FNI A;  1IF8 A;  2FOS A;  1I9O A;  3M98 A;  5BRV A;  3TVN X;  1XPZ A;  4QEF A;  1YDA A;  3MNA A;  4Q90 A;  5EZT X;  2EZ7 A;  1CRM A;  1OQ5 A;  1AZM A;  4YGN A;  2NWP A;  3F7U A;  4Q07 A;  3M1W A;  4QIZ A;  4R5B A;  3OYQ A;  3RZ5 A;  3D0N A;  2POU A;  4BF1 A;  5DSI A;  1CNW A;  1OKM A;  1F2W A;  3F7B A;  2Q1B A;  4HT2 A;  5C8I A;  2HL4 A;  2AX2 A;  3DVD A;  1LG5 A;  4M2W A;  1ZSB A;  4R59 A;  4ZAO A;  4R5A A;  4E3H A;  5DSM A;  5BRW A;  5FNM A;  5FLO A;  1KWQ A;  4QK1 A;  1YDC A;  4GL1 X;  2CA2 A;  3JXG A;  5FLR A;  4CQ0 A;  4Q7P A;  3V2J A;  4Q09 A;  4FPT A;  4ZX1 A;  5FDC A;  4E49 A;  5DSO A;  2FMZ A;  1I91 A;  1HVA A;  3RZ1 B;  1RZA A;  1Z93 A;  2CBB A;  3BL0 A;  1ZGF A;  1CZM A;  3L14 A;  5E2K A;  1RAY A;  4XIX A;  1CA3 A;  2WD3 A;  4KNJ A;  4Q8Y A;  4YGL A;  3CAJ A;  5SZ4 A;  1FQN A;  3IBN A;  5G03 A;  2EU2 A;  5FLP A;  3N4B A;  5LMD A;  1I9L A;  3ZP9 A;  2WD2 A;  2NNS A;  4JSW A;  3IAI A;  3M5S A;  3V3J A;  1UGD A;  1G48 A;  5DSL A;  5SZ3 A;  5FLT A;  3NB5 A;  8CA2 A;  4WL4 A;  2FOV A;  4Q49 A;  3RG4 A;  2WEG A;  2FNN A;  4FRC A;  4HEW A;  1Y7W A;  1I9N A;  5E2S A;  3KOK A;  1UGA A;  3B1B A;  5A6H A;  5JEG B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3FW3A

Total Genus

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Chain Sequence

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