3HFP | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__477100642572604__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__477100642572604__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3hfp/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__477100642572604__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"477100642572604","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3hfp/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__477100642572604__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Crystal structure of teh complex between CA II and the activator MAI rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-05-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3hfpA00

3K2FA 1URTA 2NNGA 4ILXA 4XFWA 4Z1NA 4E49A 1I9PA 4QIYA 3DVDA 1FQMA 5FL4A 4Z1KA 5E5UA 1UGBA 4QK1A 5SZ6A 3MNUA 4Q06A 1HVAA 4Q7PA 2FMZA 1CAKA 1CNYA 3EFIA 2CBBA 4CNVA 3V3FA 1IF5A 2FOQA 3FE4A 4PYYA 1G0FA 3IBUA 1TB0X 3DC9A 1HEDA 1ZE8A 3C7PA 3QYKA 4K0TA 3M1WA 2NN7A 2EU3A 4FVNA 1LZVA 1CZMA 1Z93A 4ZWZA 1G53A 3R17B 4L5VA 2CBEA 3SAPA 3MWOA 2Q1BA 4Q83A 5FNKA 5EKHA 5L6KA 3L14A 2WEGA 4YX4A 5LMDA 4QTLA 3MHOA 4K1QA 4BF1A 2NXRA 1I9LA 1FR7A 4RIUA 3F4XA 2CBCA 3Q31A 5EKMA 4CA2A 2WEHA 2NWYA 4KP8A 1CAJA 5BRWA 1CRMA 2HFWA 1OKLA 5DSLA 3S78B 3FW3A 4HEZA 4YGFA 1FR4A 1FQLA 12CAA 2GD8A 5E2MA 5DSKA 4XIWA 3DCSA 1I9OA 5FLRA 4M2UA 4CQ0A 4YGKA 4XIXA 5DSOA 2HKKA 4QJMA 3HS4A 2HL4A 4XZ5A 3RG4A 3ZNCA 1BNQA 4JSWA 2NNSA 4X5SA 4Z1EA 3TVOX 1Z9YA 3OKVA 5G01A 1CVDA 3KWAA 5EH8A 3P44A 5EIJA 3T5ZA 1UGEA 3NJ9A 1KWRA 3RLDA 3MNHA 5E2SA 3DCCA 3DC3A 2GEHA 1RZCA 1RZDA 1BZMA 3M67A 1I9QA 3P58A 3HFPA 3PYKA 4CACA 4RFCA 3MNKA 5CLUA 4CNXA 3MNIA 5FDIA 5EOIA 4Z1JA 3BETA 1CA2A 3RJ7A 1DCBA 3KNEA 4MLXA 1YDAA 4M2VA 7CA2A 1UGCA 4YHAA 3R16A 1IF4A 3T5UA 8CA2A 5JGSB 1CVBA 4K13A 2POUA 2VVBX 5DSQA 3JXGA 3W6HA 4CNRA 4L5WA 1OQ5A 5EHWA 2WEJA 2H15A 4KNIA 4ZWYA 4Q87A 2HD6A 5DSPA 2OSFA 1AVNA 4Q8YA 1G3ZA 5DRSA 4DZ7A 5JQ0A 3DV7A 3P4VA 5E2NA 1G46A 3N2PA 3UYNA 5DSRA 1TTMA 4L5UA 3P5LA 5DSIA 4N0XB 5DOGA 4ZX1A 3SBIA 4YWPA 3V3GB 1HEAA 1H9NA 2Q38A 1XPZA 5FL5A 1TEUX 2O4ZA 4E3DA 4QJWA 3RZ1B 5FNLA 5JG5B 4KP5A 1ZNCA 4KV0A 5FDCA 4JSAA 3T85A 1LUGA 3DCWA 5FNMA 2ABEA 4YXOA 6CA2A 4G7AA 1XQ0A 3ML2A 1LGDA 4Q07A 4ZWIA 4YXIA 3MYQA 1CIMA 4PYXA 2FOSA 4MDMA 4IDRX 5JESB 4WUQA 4TWMA 4Q7VA 3P3HA 1J9WA 4WUPA 2VVAX 4DZ9A 2AW1A 2HNCA 4YVYA 4MO8A 1BNWA 1FSQA 4QJXA 1CVEA 4PXXA 1HECA 2NNVA 3CYUA 3M40A 1ZSAA 1TG9A 3KKXA 5SZ4A 1CNXA 2EZ7A 2FOYA 4Q08A 4Q6EA 4Q99A 4TWLA 2X7SA 4C3TA 4RFDA 3CZVA 4FPTA 1UGDA 3PO6A 3S9TA 4QEFA 3OYSA 3UYQA 5G03A 4COQA 4MLTA 4BCWA 1CAOA 2NMXA 4QY3A 4KNNA 1IF9A 1CVFA 1BN4A 3CAJA 1DMYA 4HBAA 3BL1A 3B4FA 5FNGA 1CA3A 4MDGA 2FOVA 1IF7A 2NXTA 2OSMA 4GL1X 3B1BA 3CA2A 4R5BA 5AMGA 9CA2A 3N0NA 1THKA 3RZ5A 4CNWA 4MTYA 3V3HB 5E5RA 3OILA 1CNWA 1TH9A 5JGTB 1ZGFA 3MHMA 3S75B 3N4BA 1CAMA 2FW4A 1RAZA 4KUVA 4FVOA 3OIKA 4ITPA 4JSSA 4QJOA 3RYJB 3S71B 1BICA 1KEQA 1BN1A 1UGGA 3M04A 3DAZA 1Z97A 1ZSBA 3P55A 4Q49A 3M14A 2QOAA 5FLPA 5BRVA 5BNLA 5CACA 5FL6A 3OKUA 4QSAA 5L3OA 1BNNA 2FNMA 4KNMA 4PQ7A 4Q0LA 3T84A 1JV0A 1XEVA 1HCAA 3V5GA 4YGNA 3OYQA 1A42A 2CABA 3HKTA 1ZFQA 1YO0A 5FLSA 2POWA 4E3HA 5SZ5A 4Q09A 1RJ6A 3TVNX 5FLQA 4Q8XA 1LG6A 3BL0A 2NWOA 3S72B 4WW8A 4ZAOA 2CBDA 4Q7SA 1I9MA 5JQTA 3P3JA 5EZTX 3KONA 4QJ0A 1FSNA 1CNKA 1CNJA 3F8EA 3RYVB 1CNGA 5AMDA 1YDDA 5JEGB 3M3XA 5JEPB 1I91A 4YGJA 1TEQX 4ITOA 4ZWXA 3KIGA 1AZMA 5FNIA 3N3JA 3V7XA 3OIMA 3HKNA 3NB5A 4Q6DA 1MOOA 4HEWA 5SZ7A 3VBDA 4FRCA 4Q7WA 1H9QA 3V3JA 1Y7WA 3RG3A 3M5TA 1ZSCA 5FNHA 1I8ZA 4G0CA 5JDVB 1CAHA 3D93A 1BNVA 3DD8A 3MZCA 1I90A 3D92A 1HCBA 5E2KA 3S73B 4E5QA 1G52A 3M1JA 3M5SA 1EOUA 4FL7A 3U47A 4RIVA 3HKQA 1UGFA 2NN1A 1DCAA 2ILIA 4HT0A 5E28A 1AM6A 2ZNCA 1MUAA 4M2WA 1CRAA 2NWZA 4QIZA 4YGLA 4YYTA 3S77B 5JG3B 3M2ZA 4JS6A 3OY0A 1G54A 5FNJA 1BNUA 1FQNA 3RZ0B 4WW6A 4HEYA 4YXUA 4K0ZA 5SZ2A 4KUYA 3F7BA 2NNOA 1UGAA 4N16A 3KOKA 1CVAA 2IT4A 1KWQA 3K34A 4Q8ZA 3RYZA 5IPZA 1FLJA 5BYIA 3EFTA 2AX2A 4WL4A 3LXEA 1JCZA 3U3AX 5DSJA 5A25A 1H4NA 1G0EA 4ZX0A 5SZ0A 1HEBA 5EKJA 4PZHA 1G6VA 1ZH9A 3DVBA 1XEGA 2WD2A 5CA2A 1V9EA 3GZ0A 3M1KA 3U45X 1V9IC 4R59A 4ETQC 3RZ8A 2WEOA 1CNBA 4JSZA 2FOUA 5G0CA 5CJFA 1RJ5A 3HKUA 1CAYA 4Y0JA 1F2WA 3FFPX 2WD3A 2POVA 2FMGA 3DD0A 3HLJA 4Q9YA 1FQRA 3D8WA 4R5AA 4E4AA 3JXHC 4Q90A 4E3FA 1G48A 3IBIA 4KNJA 5EHEA 5DOHA 3M96A 3NI5A 1KOPA 3S74B 1RZAA 2NXSA 2H4NA 3KS3A 3S76A 1YO2A 1BCDA 1HUGA 1FSRA 1CALA 3MHLA 1HUHA 4LHIA 4QSJA 4Q81A 5BRUA 5FLOA 3DBUA 1YDBA 3MNJA 3MDZA 5FLTA 3V3IB 5SZ1A 4RH2A 4Q78A 3M2YA 5E2RA 3JXFA 1TBTX 4KAPA 1OKMA 3S97A 1DMXA 4QK3A 3MMFA 4BF6A 2FNKA 4RUXA 2CA2A 4QJPA 3D9ZA 1CVHA 5J8ZA 3SBHA 4K0SA 4M2RA 2F14A 3V2JA 4UOVA 3IBNA 1BV3A 3M2XA 1CCSA 3M1QA 1CILA 5A6HA 1I9NA 3KOIA 1TG3A 3U7CA 1ZGEA 3IBLA 1CCUA 4RUYA 1G45A 2CBAA 4E3GA 3P5AA 5SZ3A 4RUZA 1CNCA 1CINA 5DSNA 2W2JA 2QP6A 1CNIA 1RZBA 4XE1A 1IF6A 3K7KA 2X7UA 4HF3A 2NWPA 2Q1QA 1KOQA 4QSIA 1LG5A 3PJJA 3IAIA 4HU1A 3T83A 1G4JA 3KLDB 1CVCA 1G1DA 3IGPA 3MHCA 3SAXA 5AMLA 1OKNA 4E9OX 4KUWA 4LU3A 1YDCA 3MHIA 4WR7A 1CANA 3RZ7A 5EHVA 1BNMA 1CCTA 4FIKA 4QSBA 1YO1A 4LP6A 5EH7A 4HT2A 3M5EA 3TMJA 2HOCA 2X7TA 1CAZA 4Z0QA 1CNHA 5DSMA 3M2NA 3MNAA 4RN4A 1CAIA 3ML5A 1BNTA 1BN3A 1T9NA 3ZP9A 2QO8A 5HPJA 1RZEA 2EU2A 5JEHB 1ZFKA 5G0BA 4QK2A 1RAYA 1TE3X 1G4OA 3T82A 1IF8A 5EH5A 3RGEA 3S8XA 3IEOA 4IWZA 3RYXB 2FNNA 3DA2A 3D0NA 3F7UA 4MDLA 3M98A 3RYYA 3V2MA 5DVXA 5C8IA 4FU5A 3W6IA 3DVCA 1JD0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K2F A;  1URT A;  2NNG A;  4ILX A;  4XFW A;  4Z1N A;  4E49 A;  1I9P A;  4QIY A;  3DVD A;  1FQM A;  5FL4 A;  4Z1K A;  5E5U A;  1UGB A;  4QK1 A;  5SZ6 A;  3MNU A;  4Q06 A;  1HVA A;  4Q7P A;  2FMZ A;  1CAK A;  1CNY A;  3EFI A;  2CBB A;  4CNV A;  3V3F A;  1IF5 A;  2FOQ A;  3FE4 A;  4PYY A;  1G0F A;  3IBU A;  1TB0 X;  3DC9 A;  1HED A;  1ZE8 A;  3C7P A;  3QYK A;  4K0T A;  3M1W A;  2NN7 A;  2EU3 A;  4FVN A;  1LZV A;  1CZM A;  1Z93 A;  4ZWZ A;  1G53 A;  3R17 B;  4L5V A;  2CBE A;  3SAP A;  3MWO A;  2Q1B A;  4Q83 A;  5FNK A;  5EKH A;  5L6K A;  3L14 A;  2WEG A;  4YX4 A;  5LMD A;  4QTL A;  3MHO A;  4K1Q A;  4BF1 A;  2NXR A;  1I9L A;  1FR7 A;  4RIU A;  3F4X A;  2CBC A;  3Q31 A;  5EKM A;  4CA2 A;  2WEH A;  2NWY A;  4KP8 A;  1CAJ A;  5BRW A;  1CRM A;  2HFW A;  1OKL A;  5DSL A;  3S78 B;  3FW3 A;  4HEZ A;  4YGF A;  1FR4 A;  1FQL A;  12CA A;  2GD8 A;  5E2M A;  5DSK A;  4XIW A;  3DCS A;  1I9O A;  5FLR A;  4M2U A;  4CQ0 A;  4YGK A;  4XIX A;  5DSO A;  2HKK A;  4QJM A;  3HS4 A;  2HL4 A;  4XZ5 A;  3RG4 A;  3ZNC A;  1BNQ A;  4JSW A;  2NNS A;  4X5S A;  4Z1E A;  3TVO X;  1Z9Y A;  3OKV A;  5G01 A;  1CVD A;  3KWA A;  5EH8 A;  3P44 A;  5EIJ A;  3T5Z A;  1UGE A;  3NJ9 A;  1KWR A;  3RLD A;  3MNH A;  5E2S A;  3DCC A;  3DC3 A;  2GEH A;  1RZC A;  1RZD A;  1BZM A;  3M67 A;  1I9Q A;  3P58 A;  3HFP A;  3PYK A;  4CAC A;  4RFC A;  3MNK A;  5CLU A;  4CNX A;  3MNI A;  5FDI A;  5EOI A;  4Z1J A;  3BET A;  1CA2 A;  3RJ7 A;  1DCB A;  3KNE A;  4MLX A;  1YDA A;  4M2V A;  7CA2 A;  1UGC A;  4YHA A;  3R16 A;  1IF4 A;  3T5U A;  8CA2 A;  5JGS B;  1CVB A;  4K13 A;  2POU A;  2VVB X;  5DSQ A;  3JXG A;  3W6H A;  4CNR A;  4L5W A;  1OQ5 A;  5EHW A;  2WEJ A;  2H15 A;  4KNI A;  4ZWY A;  4Q87 A;  2HD6 A;  5DSP A;  2OSF A;  1AVN A;  4Q8Y A;  1G3Z A;  5DRS A;  4DZ7 A;  5JQ0 A;  3DV7 A;  3P4V A;  5E2N A;  1G46 A;  3N2P A;  3UYN A;  5DSR A;  1TTM A;  4L5U A;  3P5L A;  5DSI A;  4N0X B;  5DOG A;  4ZX1 A;  3SBI A;  4YWP A;  3V3G B;  1HEA A;  1H9N A;  2Q38 A;  1XPZ A;  5FL5 A;  1TEU X;  2O4Z A;  4E3D A;  4QJW A;  3RZ1 B;  5FNL A;  5JG5 B;  4KP5 A;  1ZNC A;  4KV0 A;  5FDC A;  4JSA A;  3T85 A;  1LUG A;  3DCW A;  5FNM A;  2ABE A;  4YXO A;  6CA2 A;  4G7A A;  1XQ0 A;  3ML2 A;  1LGD A;  4Q07 A;  4ZWI A;  4YXI A;  3MYQ A;  1CIM A;  4PYX A;  2FOS A;  4MDM A;  4IDR X;  5JES B;  4WUQ A;  4TWM A;  4Q7V A;  3P3H A;  1J9W A;  4WUP A;  2VVA X;  4DZ9 A;  2AW1 A;  2HNC A;  4YVY A;  4MO8 A;  1BNW A;  1FSQ A;  4QJX A;  1CVE A;  4PXX A;  1HEC A;  2NNV A;  3CYU A;  3M40 A;  1ZSA A;  1TG9 A;  3KKX A;  5SZ4 A;  1CNX A;  2EZ7 A;  2FOY A;  4Q08 A;  4Q6E A;  4Q99 A;  4TWL A;  2X7S A;  4C3T A;  4RFD A;  3CZV A;  4FPT A;  1UGD A;  3PO6 A;  3S9T A;  4QEF A;  3OYS A;  3UYQ A;  5G03 A;  4COQ A;  4MLT A;  4BCW A;  1CAO A;  2NMX A;  4QY3 A;  4KNN A;  1IF9 A;  1CVF A;  1BN4 A;  3CAJ A;  1DMY A;  4HBA A;  3BL1 A;  3B4F A;  5FNG A;  1CA3 A;  4MDG A;  2FOV A;  1IF7 A;  2NXT A;  2OSM A;  4GL1 X;  3B1B A;  3CA2 A;  4R5B A;  5AMG A;  9CA2 A;  3N0N A;  1THK A;  3RZ5 A;  4CNW A;  4MTY A;  3V3H B;  5E5R A;  3OIL A;  1CNW A;  1TH9 A;  5JGT B;  1ZGF A;  3MHM A;  3S75 B;  3N4B A;  1CAM A;  2FW4 A;  1RAZ A;  4KUV A;  4FVO A;  3OIK A;  4ITP A;  4JSS A;  4QJO A;  3RYJ B;  3S71 B;  1BIC A;  1KEQ A;  1BN1 A;  1UGG A;  3M04 A;  3DAZ A;  1Z97 A;  1ZSB A;  3P55 A;  4Q49 A;  3M14 A;  2QOA A;  5FLP A;  5BRV A;  5BNL A;  5CAC A;  5FL6 A;  3OKU A;  4QSA A;  5L3O A;  1BNN A;  2FNM A;  4KNM A;  4PQ7 A;  4Q0L A;  3T84 A;  1JV0 A;  1XEV A;  1HCA A;  3V5G A;  4YGN A;  3OYQ A;  1A42 A;  2CAB A;  3HKT A;  1ZFQ A;  1YO0 A;  5FLS A;  2POW A;  4E3H A;  5SZ5 A;  4Q09 A;  1RJ6 A;  3TVN X;  5FLQ A;  4Q8X A;  1LG6 A;  3BL0 A;  2NWO A;  3S72 B;  4WW8 A;  4ZAO A;  2CBD A;  4Q7S A;  1I9M A;  5JQT A;  3P3J A;  5EZT X;  3KON A;  4QJ0 A;  1FSN A;  1CNK A;  1CNJ A;  3F8E A;  3RYV B;  1CNG A;  5AMD A;  1YDD A;  5JEG B;  3M3X A;  5JEP B;  1I91 A;  4YGJ A;  1TEQ X;  4ITO A;  4ZWX A;  3KIG A;  1AZM A;  5FNI A;  3N3J A;  3V7X A;  3OIM A;  3HKN A;  3NB5 A;  4Q6D A;  1MOO A;  4HEW A;  5SZ7 A;  3VBD A;  4FRC A;  4Q7W A;  1H9Q A;  3V3J A;  1Y7W A;  3RG3 A;  3M5T A;  1ZSC A;  5FNH A;  1I8Z A;  4G0C A;  5JDV B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3HFPA

Total Genus

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Chain Sequence

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