3IBL | Genus

Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__717521917955656__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__717521917955656__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ibl/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__717521917955656__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"717521917955656","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ibl/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__717521917955656__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff23fb0b47a76390e2ce9a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff23fb0b47a76390e2ce9a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff23fb0b47a76390e2ce9a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff23fb0b47a76390e2ce9a/pdb.gz): 143 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
publication title	Carbonic anhydrase inhibitors. Comparison of aliphatic sulfamate/bis-sulfamate adducts with isozymes II and IX as a platform for designing tight-binding, more isoform-selective inhibitors pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	76
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-07-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3iblA00

1FQMA 5DSPA 1RZAA 2AX2A 2EU3A 1CNHA 1HEDA 1KOPA 3M1WA 4YXOA 1FSNA 1HECA 3MHIA 4ZWZA 3SAXA 1G54A 4M2WA 5E5RA 4FVNA 3OILA 1KOQA 3VBDA 1AZMA 2NXTA 4ZWXA 1CAMA 1YO1A 1V9EA 2FMZA 3S71B 2CA2A 2NNOA 3U3AX 3BETA 4HT0A 4YWPA 1XQ0A 3MNAA 2HOCA 1BZMA 5CLUA 4WUQA 7CA2A 4KUVA 5IPZA 1CNJA 4RUXA 5FDIA 5G03A 5AMGA 1HUHA 1J9WA 1ZSAA 3RYYA 2NNGA 5JQTA 3V2JA 3PO6A 4QY3A 3V3HB 3D93A 1FR7A 3M2YA 2WD2A 2FNKA 4WL4A 4MLXA 3L14A 3FE4A 1HVAA 4BF1A 4YXIA 2ZNCA 4Y0JA 3U7CA 3T85A 5BRWA 4R59A 3M2ZA 5EKHA 4ZAOA 3B4FA 3M2NA 2ILIA 5EKJA 3RYXB 2QO8A 1CVEA 5JEPB 1TG3A 5JG3B 5SZ7A 3M04A 1G46A 1ZGFA 5DOGA 5FL4A 4QSIA 3U45X 4RUYA 4KNMA 1CNCA 4YGLA 3DC3A 3CZVA 3HFPA 5EKMA 1MUAA 2QOAA 4HEYA 1BNMA 1BN1A 4K0ZA 3T5ZA 3SBIA 1THKA 4YVYA 4G0CA 1CCTA 3HKTA 4QJPA 1LZVA 1RZEA 2HL4A 2QP6A 4IDRX 3MHOA 4CNVA 3D9ZA 3K34A 3N2PA 1BNNA 4K1QA 1CRAA 4KNIA 4KP5A 4TWLA 1FSRA 4N0XB 2HNCA 5SZ2A 4E49A 3MZCA 4ITPA 3S8XA 4E3GA 1CANA 4YXUA 4Q99A 3OYSA 4FIKA 1CVBA 4QK2A 2WD3A 3M40A 4Q6DA 1BCDA 1CA2A 3M2XA 4KP8A 4XIWA 5EH8A 3NJ9A 3P4VA 4Q83A 3V3IB 5DSQA 1LUGA 2FOYA 5AMLA 3RG4A 1G1DA 1EOUA 4XIXA 9CA2A 3N0NA 1JCZA 1G48A 2POWA 3K7KA 3MMFA 3N3JA 4PYXA 4QK1A 4KUYA 2CBBA 4ZX1A 1I90A 2O4ZA 4Q09A 4WUPA 4XZ5A 4YGFA 2NN1A 5SZ5A 4Q81A 1BNQA 4YYTA 1IF4A 4DZ7A 1CAZA 2OSMA 2FNMA 3MHCA 5EIJA 3RZ8A 1LGDA 3DCSA 5E28A 5J8ZA 4L5WA 5JGTB 4BCWA 5DSNA 1I9NA 3RGEA 3GZ0A 3DVBA 4MTYA 1ZFKA 1ZGEA 4QIZA 3C7PA 1CNGA 2NMXA 1RAYA 5BRVA 4YGJA 3DV7A 3M5SA 1A42A 2IT4A 4RUZA 4BF6A 5FLQA 3CYUA 4CA2A 2WEOA 3IBLA 1CVFA 5A25A 3OYQA 4Z1KA 3LXEA 5C8IA 5FNHA 2VVBX 4QIYA 5DSKA 1RZBA 3D0NA 5FLSA 4Q9YA 5SZ0A 1TE3X 1UGDA 3RZ0B 3IGPA 3M1QA 5CJFA 2CBAA 3PYKA 3V3GB 4CACA 3RYJB 3OKUA 4L5UA 3R17B 3IBNA 3K2FA 3Q31A 5FDCA 4C3TA 4RH2A 4HEWA 4MDGA 4Q08A 5E2MA 3JXFA 3V2MA 1DMXA 3ZNCA 2H4NA 5JG5B 3CAJA 3W6HA 4PZHA 1CALA 1BN4A 4RFCA 1G4OA 3OKVA 2FOSA 5DSIA 5DSOA 1CCUA 2F14A 4HU1A 2OSFA 2NWZA 3ML2A 3RLDA 3T82A 2NXRA 3DAZA 1IF6A 2FOUA 1HEBA 3MYQA 3S76A 5EHVA 2NWYA 4K0TA 3U47A 1CINA 4DZ9A 5L3OA 1H4NA 3D92A 3P3JA 4Q7SA 3TVOX 4Q87A 5JGSB 5L6KA 1TB0X 4QTLA 4FRCA 5AMDA 3M14A 1TTMA 1TBTX 1ZE8A 2NWPA 3HKUA 5G0CA 8CA2A 1CAKA 1CAOA 3P3HA 1IF5A 3PJJA 1CAJA 4Q8ZA 4K0SA 2HFWA 4JSAA 1BN3A 3RG3A 5E2SA 1ZFQA 2Q1QA 3KWAA 3ML5A 1G52A 1AM6A 4QJMA 5JESB 3IEOA 2H15A 5FLRA 5FL5A 5EZTX 5FNLA 5CA2A 1FLJA 2WEJA 4N16A 3D8WA 2NWOA 1CAYA 1UGFA 1XEVA 1G45A 4Q8YA 4ZWYA 3DVDA 1CVCA 5EHEA 1OKNA 4M2VA 4MLTA 5SZ6A 4QK3A 1T9NA 1H9QA 4E5QA 1Y7WA 4QSBA 2WEGA 2CBDA 1DMYA 1G6VA 2CBEA 4COQA 5DSMA 3DCCA 3RYVB 3DD0A 4GL1X 4PYYA 4L5VA 3MNUA 1CVHA 3DCWA 4M2UA 1FSQA 2Q38A 5DRSA 5G0BA 3M1JA 4Q07A 5SZ4A 2X7UA 4ETQC 2GD8A 3P55A 3F7UA 2WEHA 2W2JA 3DD8A 4E4AA 4YX4A 4LU3A 4QEFA 2NNVA 3EFIA 3MNHA 3OIKA 1G3ZA 4HEZA 4E3HA 2AW1A 1FQLA 5DSJA 3MNIA 3JXGA 1CIMA 1FQNA 5JEGB 5E5UA 2EZ7A 3RZ1B 1YDCA 4KNJA 1CILA 4QJOA 3DVCA 3M67A 3KIGA 3F7BA 3M5TA 1YO2A 1BNVA 4KUWA 1KWRA 1CNXA 1I9PA 5JDVB 1XEGA 4Z0QA 3T84A 1RAZA 3BL1A 4XE1A 4R5AA 1LG6A 3S78B 1BICA 1F2WA 2CBCA 5E2RA 5CACA 4CNRA 1G0EA 2FNNA 3OY0A 3OIMA 2HD6A 4JSZA 4Q7VA 1TG9A 3M3XA 4ZX0A 1CVAA 1ZSBA 3BL0A 1Z9YA 4E3DA 4WW8A 4Q78A 1UGEA 2NXSA 1BNTA 2POVA 3KOKA 1CRMA 3V3JA 1Z93A 1OKLA 1OQ5A 4FVOA 4LHIA 5BYIA 3KNEA 5EHWA 5DVXA 1ZSCA 3JXHC 4R5BA 4CQ0A 12CAA 4KV0A 2CABA 3S74B 4E3FA 4IWZA 5FLPA 2GEHA 3EFTA 2FW4A 4Z1NA 4M2RA 4Z1JA 4X5SA 3DBUA 5DOHA 1FR4A 4LP6A 1LG5A 3HKNA 3IAIA 5FLTA 2HKKA 1Z97A 4QJ0A 4Q8XA 3ZP9A 5JQ0A 3V5GA 4PQ7A 3MHMA 3DC9A 1YO0A 4UOVA 1UGBA 3M96A 3P5LA 4CNWA 5A6HA 3S9TA 1KWQA 3FFPX 5EOIA 5LMDA 4MO8A 5FNGA 1CNKA 1TEQX 1I9QA 3RJ7A 1RZDA 1G0FA 4Q7PA 3S75B 1CNYA 3QYKA 4JSSA 4Q06A 1JD0A 1CNBA 2NNSA 4HBAA 1URTA 1CNIA 5FLOA 4Q90A 5E2NA 1CVDA 4YHAA 1G4JA 1UGGA 4HT2A 1HUGA 1HEAA 3MNJA 5DSRA 4Z1EA 4YGNA 1G53A 4Q0LA 3P44A 4TWMA 5JEHB 3KONA 3UYQA 3B1BA 6CA2A 3T83A 2X7SA 2Q1BA 1ZH9A 4PXXA 1YDBA 1ZNCA 5HPJA 1CNWA 1TEUX 3KLDB 4Q7WA 1IF8A 3HKQA 4MDLA 1IF7A 2FOVA 4ILXA 3V7XA 2ABEA 3KOIA 3M1KA 3TMJA 4E9OX 3SBHA 1HCBA 2FOQA 5EH5A 2NN7A 3N4BA 5FNIA 5FNJA 5BRUA 3S97A 1BNWA 1JV0A 4JSWA 1I91A 3FW3A 3T5UA 5BNLA 1DCAA 3NB5A 3S73B 1IF9A 1DCBA 1H9NA 3P58A 1I9OA 4RFDA 4YGKA 3MHLA 1OKMA 2VVAX 5G01A 1CAIA 3MDZA 1I9MA 4QJXA 1CZMA 3HS4A 4HF3A 5FL6A 1RJ6A 4FU5A 2EU2A 3W6IA 4QJWA 3RYZA 1BNUA 3HLJA 4MDMA 4CNXA 3M98A 1XPZA 4RIUA 1I8ZA 1MOOA 1YDAA 3IBUA 3P5AA 4KAPA 4KNNA 4Q49A 1AVNA 1FQRA 4WW6A 5SZ1A 3TVNX 3UYNA 2POUA 3MWOA 3RZ5A 5E2KA 2FMGA 4RIVA 3V3FA 3IBIA 3S72B 1YDDA 3F8EA 3MNKA 4RN4A 3RZ7A 2X7TA 3SAPA 1TH9A 4Q6EA 4QSAA 5FNKA 1KEQA 1RZCA 1CA3A 1HCAA 1V9IC 4G7AA 5EH7A 4ZWIA 3F4XA 4JS6A 3NI5A 5DSLA 1RJ5A 3DA2A 4FPTA 4ITOA 1BV3A 4K13A 3KKXA 4QSJA 1UGCA 3M5EA 4WR7A 5SZ3A 1CAHA 4FL7A 3R16A 3KS3A 5FNMA 1UGAA 1CCSA 4XFWA 1I9LA 3CA2A 3S77B
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQM A;  5DSP A;  1RZA A;  2AX2 A;  2EU3 A;  1CNH A;  1HED A;  1KOP A;  3M1W A;  4YXO A;  1FSN A;  1HEC A;  3MHI A;  4ZWZ A;  3SAX A;  1G54 A;  4M2W A;  5E5R A;  4FVN A;  3OIL A;  1KOQ A;  3VBD A;  1AZM A;  2NXT A;  4ZWX A;  1CAM A;  1YO1 A;  1V9E A;  2FMZ A;  3S71 B;  2CA2 A;  2NNO A;  3U3A X;  3BET A;  4HT0 A;  4YWP A;  1XQ0 A;  3MNA A;  2HOC A;  1BZM A;  5CLU A;  4WUQ A;  7CA2 A;  4KUV A;  5IPZ A;  1CNJ A;  4RUX A;  5FDI A;  5G03 A;  5AMG A;  1HUH A;  1J9W A;  1ZSA A;  3RYY A;  2NNG A;  5JQT A;  3V2J A;  3PO6 A;  4QY3 A;  3V3H B;  3D93 A;  1FR7 A;  3M2Y A;  2WD2 A;  2FNK A;  4WL4 A;  4MLX A;  3L14 A;  3FE4 A;  1HVA A;  4BF1 A;  4YXI A;  2ZNC A;  4Y0J A;  3U7C A;  3T85 A;  5BRW A;  4R59 A;  3M2Z A;  5EKH A;  4ZAO A;  3B4F A;  3M2N A;  2ILI A;  5EKJ A;  3RYX B;  2QO8 A;  1CVE A;  5JEP B;  1TG3 A;  5JG3 B;  5SZ7 A;  3M04 A;  1G46 A;  1ZGF A;  5DOG A;  5FL4 A;  4QSI A;  3U45 X;  4RUY A;  4KNM A;  1CNC A;  4YGL A;  3DC3 A;  3CZV A;  3HFP A;  5EKM A;  1MUA A;  2QOA A;  4HEY A;  1BNM A;  1BN1 A;  4K0Z A;  3T5Z A;  3SBI A;  1THK A;  4YVY A;  4G0C A;  1CCT A;  3HKT A;  4QJP A;  1LZV A;  1RZE A;  2HL4 A;  2QP6 A;  4IDR X;  3MHO A;  4CNV A;  3D9Z A;  3K34 A;  3N2P A;  1BNN A;  4K1Q A;  1CRA A;  4KNI A;  4KP5 A;  4TWL A;  1FSR A;  4N0X B;  2HNC A;  5SZ2 A;  4E49 A;  3MZC A;  4ITP A;  3S8X A;  4E3G A;  1CAN A;  4YXU A;  4Q99 A;  3OYS A;  4FIK A;  1CVB A;  4QK2 A;  2WD3 A;  3M40 A;  4Q6D A;  1BCD A;  1CA2 A;  3M2X A;  4KP8 A;  4XIW A;  5EH8 A;  3NJ9 A;  3P4V A;  4Q83 A;  3V3I B;  5DSQ A;  1LUG A;  2FOY A;  5AML A;  3RG4 A;  1G1D A;  1EOU A;  4XIX A;  9CA2 A;  3N0N A;  1JCZ A;  1G48 A;  2POW A;  3K7K A;  3MMF A;  3N3J A;  4PYX A;  4QK1 A;  4KUY A;  2CBB A;  4ZX1 A;  1I90 A;  2O4Z A;  4Q09 A;  4WUP A;  4XZ5 A;  4YGF A;  2NN1 A;  5SZ5 A;  4Q81 A;  1BNQ A;  4YYT A;  1IF4 A;  4DZ7 A;  1CAZ A;  2OSM A;  2FNM A;  3MHC A;  5EIJ A;  3RZ8 A;  1LGD A;  3DCS A;  5E28 A;  5J8Z A;  4L5W A;  5JGT B;  4BCW A;  5DSN A;  1I9N A;  3RGE A;  3GZ0 A;  3DVB A;  4MTY A;  1ZFK A;  1ZGE A;  4QIZ A;  3C7P A;  1CNG A;  2NMX A;  1RAY A;  5BRV A;  4YGJ A;  3DV7 A;  3M5S A;  1A42 A;  2IT4 A;  4RUZ A;  4BF6 A;  5FLQ A;  3CYU A;  4CA2 A;  2WEO A;  3IBL A;  1CVF A;  5A25 A;  3OYQ A;  4Z1K A;  3LXE A;  5C8I A;  5FNH A;  2VVB X;  4QIY A;  5DSK A;  1RZB A;  3D0N A;  5FLS A;  4Q9Y A;  5SZ0 A;  1TE3 X;  1UGD A;  3RZ0 B;  3IGP A;  3M1Q A;  5CJF A;  2CBA A;  3PYK A;  3V3G B;  4CAC A;  3RYJ B;  3OKU A;  4L5U A;  3R17 B;  3IBN A;  3K2F A;  3Q31 A;  5FDC A;  4C3T A;  4RH2 A;  4HEW A;  4MDG A;  4Q08 A;  5E2M A;  3JXF A;  3V2M A;  1DMX A;  3ZNC A;  2H4N A;  5JG5 B;  3CAJ A;  3W6H A;  4PZH A;  1CAL A;  1BN4 A;  4RFC A;  1G4O A;  3OKV A;  2FOS A;  5DSI A;  5DSO A;  1CCU A;  2F14 A;  4HU1 A;  2OSF A;  2NWZ A;  3ML2 A;  3RLD A;  3T82 A;  2NXR A;  3DAZ A;  1IF6 A;  2FOU A;  1HEB A;  3MYQ A;  3S76 A;  5EHV A;  2NWY A;  4K0T A;  3U47 A;  1CIN A;  4DZ9 A;  5L3O A;  1H4N A;  3D92 A;  3P3J A;  4Q7S A;  3TVO X;  4Q87 A;  5JGS B;  5L6K A;  1TB0 X;  4QTL A;  4FRC A;  5AMD A;  3M14 A;  1TTM A;  1TBT X;  1ZE8 A;  2NWP A;  3HKU A;  5G0C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3IBLA

Total Genus

Knots found

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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