3IBN | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1879430911143616__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1879430911143616__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ibn/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1879430911143616__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1879430911143616","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ibn/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1879430911143616__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff24816bf5927ac5c90d86/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff24816bf5927ac5c90d86/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff24816bf5927ac5c90d86/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff24816bf5927ac5c90d86/pdb.gz): 1977 ms

reading 258 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

258 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:257});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Carbonic anhydrase inhibitors. Comparison of aliphatic sulfamate/bis-sulfamate adducts with isozymes II and IX as a platform for designing tight-binding, more isoform-selective inhibitors pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
total genus	73
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2009-07-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3ibnA00

1CVFA 5FNLA 3RJ7A 4YGKA 2GD8A 3BL1A 4PXXA 3M2YA 4ZX1A 1ZSAA 4RFDA 1JV0A 3IEOA 2GEHA 5BYIA 4HEWA 4Q07A 1BNTA 1CZMA 3FW3A 1I9PA 4N16A 3MMFA 5EH8A 4CQ0A 3ZNCA 1CAJA 3MHOA 1FSRA 5DSPA 4MDMA 1TB0X 4QJ0A 2WD3A 5FL5A 1CAKA 2CABA 1HUHA 4WL4A 5FNGA 1AZMA 3S78B 3M2ZA 4FPTA 1RJ6A 3OIMA 5BRUA 4PZHA 1CVCA 3M1JA 4XZ5A 1YDAA 1URTA 1XEGA 1CIMA 4M2RA 2HFWA 5EH5A 4Q7WA 4KNMA 3MHCA 4K0TA 5JEGB 1I91A 5FL6A 3KKXA 1CVDA 2X7TA 4XFWA 1I9NA 2AX2A 3VBDA 1V9EA 2NWOA 2WEGA 1THKA 4MLXA 3HS4A 3S72B 1Z93A 1FSQA 2NNVA 1RAZA 5AMLA 1CAIA 4Q90A 3DVDA 3CZVA 4RFCA 4YGJA 5FNMA 3RYZA 4XE1A 3M1QA 1YDBA 4RIUA 4Q06A 3ML2A 4WW6A 1YDDA 5DSOA 3M5SA 2FNNA 1BICA 5DOGA 4PYXA 5G0CA 3P55A 1J9WA 3CAJA 3T83A 4E3GA 5DSRA 1CRMA 5FL4A 1CCUA 1I90A 2FOUA 1CNJA 3DD0A 1G0EA 2VVBX 3N3JA 3HKUA 3DVBA 5FLQA 2F14A 3IGPA 3JXHC 1I9MA 3IAIA 4RIVA 4QK3A 3F7UA 3S74B 4Z1KA 4YX4A 5FNHA 4QIYA 4XIXA 5FLRA 3IBLA 5FDCA 5A6HA 2H15A 2ILIA 5FNJA 1DMXA 1DCBA 1TEQX 1CNWA 1UGAA 1BCDA 4ZAOA 3DV7A 1G6VA 1CVEA 2AW1A 3RYYA 3ZP9A 2WEHA 5EKMA 1T9NA 3MNAA 1UGGA 5DSIA 2FNMA 1Z97A 5JG5B 4L5VA 3PYKA 1BN4A 1CAMA 4K0ZA 4RH2A 4BF6A 2FOYA 1CNBA 2FOQA 4IDRX 5L3OA 4ZX0A 3TMJA 4Q0LA 2NNGA 1BZMA 3D93A 3D92A 1HUGA 3HKQA 2FOSA 1G4OA 1G4JA 4KUYA 3PO6A 3IBUA 1Y7WA 1TH9A 1FQRA 3D0NA 3V3IB 8CA2A 3S71B 4HU1A 5FLTA 1FR4A 3OILA 4E49A 3V2MA 3P3JA 3B4FA 1BV3A 2QO8A 1BNUA 4DZ7A 4YGNA 5SZ5A 1IF7A 4MDLA 3MNUA 4PQ7A 4KP8A 2NNOA 4K0SA 3MHLA 5SZ4A 3JXFA 4G7AA 2NNSA 4ILXA 4L5UA 4WR7A 1G52A 1YO0A 1FQNA 1RZAA 1ZH9A 2NWPA 3KS3A 4UOVA 5DSLA 1ZSCA 2OSMA 5JQTA 3NB5A 3RYVB 1V9IC 3SBHA 1G54A 5G0BA 1CVHA 1XPZA 3F4XA 1YDCA 4QTLA 5EHWA 1DCAA 3P58A 4RUXA 1LUGA 4Z1NA 4FRCA 2Q1BA 3MHIA 5SZ6A 1CVBA 2CBAA 4K1QA 3KLDB 3NJ9A 4JSSA 5EIJA 3SAPA 4QJOA 4RUZA 4YXUA 1OKLA 5E5UA 3OKVA 5FNIA 7CA2A 3PJJA 1CA3A 5DRSA 4KUWA 4Q08A 3V3HB 4FIKA 1RAYA 1UGBA 4HT2A 4LP6A 4PYYA 3FFPX 3U45X 3MHMA 3DC3A 3RYXB 5DSNA 1HEBA 4X5SA 4Z1JA 3TVNX 1I9OA 1TG3A 2ZNCA 3V2JA 2POWA 1YO1A 4JS6A 1RJ5A 5AMGA 3GZ0A 3M04A 5JG3B 2CBBA 3M2NA 2Q38A 1DMYA 3F8EA 4Q6EA 1YO2A 4ZWIA 4HEYA 5DVXA 5JEPB 4K13A 5DSJA 2EU3A 5BRWA 5HPJA 1HEAA 5CLUA 2CBEA 3IBIA 1CINA 1ZNCA 4LU3A 3MNJA 3M67A 4MDGA 4ITPA 4Z1EA 2NXRA 4E5QA 1CA2A 1IF8A 3B1BA 4M2VA 3DCSA 5EHVA 3S77B 4Q7PA 1I9QA 3M98A 1XEVA 4MTYA 5FLSA 3R17B 4Q09A 1MOOA 3T5ZA 3K34A 4CNXA 1FLJA 1RZBA 1TTMA 5EZTX 3SBIA 4COQA 4YXIA 5JDVB 4QSIA 3RGEA 3UYQA 1ZGEA 4KAPA 3S75B 5FLOA 5FNKA 2NWYA 1BN1A 3KOKA 5E2RA 4FVNA 4R59A 5CJFA 2FMGA 4FVOA 3P3HA 1TE3X 3K2FA 1CANA 4CNWA 5DSQA 3MNIA 1BNVA 5E2MA 1BNQA 3M3XA 3T82A 2POUA 3RLDA 3M2XA 5BRVA 1KOPA 5AMDA 3D8WA 2O4ZA 2W2JA 4WW8A 5L6KA 1IF6A 1H4NA 5SZ1A 2HKKA 3DBUA 1HVAA 4Q8YA 3U7CA 1TBTX 2VVAX 4TWLA 4QK2A 1OQ5A 3KONA 3OY0A 4M2UA 4CNVA 3NI5A 4Q9YA 3OIKA 1CNHA 3M5TA 4WUPA 4YGLA 1HEDA 1OKNA 2EU2A 4DZ9A 3RZ8A 4BF1A 4Q8XA 4Q8ZA 5EKHA 4FL7A 3BL0A 4QJPA 3EFIA 3QYKA 4CACA 4YYTA 3N4BA 4Q81A 1IF9A 3W6HA 1G0FA 2OSFA 4RUYA 4Q7SA 12CAA 4LHIA 1ZFKA 1CNIA 4R5BA 3KNEA 2Q1QA 3DCWA 3S76A 4Q78A 3DD8A 3JXGA 4YGFA 5EH7A 3V5GA 3L14A 1I8ZA 4ZWXA 3MYQA 3T84A 1CCSA 1CAOA 4YHAA 4G0CA 4QSBA 1CNYA 3P5LA 5EKJA 1UGDA 3M1KA 5DSMA 2WD2A 3P44A 4Q6DA 4KNNA 4QJMA 4QSJA 4Y0JA 1CNXA 3R16A 5CACA 1HCBA 4RN4A 3UYNA 3KWAA 5SZ2A 1KEQA 3MZCA 1G3ZA 3ML5A 5EHEA 4Q83A 2ABEA 5EOIA 4ETQC 3OYQA 3RG4A 1G53A 1EOUA 2FW4A 3Q31A 5JEHB 5JGTB 3MNKA 1ZE8A 3N0NA 5DSKA 1FQMA 1OKMA 3CYUA 3S73B 1HECA 4Z0QA 2FOVA 3P4VA 5E2SA 5G01A 3U47A 3V3JA 3RG3A 2NN1A 2FMZA 4ZWZA 4KUVA 1LG5A 3P5AA 3FE4A 2QP6A 3KIGA 1CAHA 4E3DA 1UGFA 3RZ5A 1FSNA 2CBDA 1BNNA 2CA2A 3MNHA 3RYJB 2X7SA 3CA2A 1RZCA 1MUAA 1IF5A 4CA2A 1H9QA 4Q87A 1CAYA 4QSAA 3RZ1B 4KV0A 4R5AA 3EFTA 1AM6A 1UGEA 1IF4A 1LZVA 1KWQA 6CA2A 5E2NA 5LMDA 3F7BA 4HF3A 4E3HA 4FU5A 3U3AX 4YVYA 1CNCA 1FR7A 3DA2A 3SAXA 3V3FA 1H9NA 5IPZA 2NXTA 3T85A 1JD0A 5JGSB 4TWMA 5SZ7A 1CVAA 5E28A 4JSZA 4BCWA 4ZWYA 4XIWA 1BNMA 1ZSBA 3MWOA 2HNCA 4QJWA 2IT4A 5JQ0A 2X7UA 2WEJA 4MO8A 1FQLA 2QOAA 3M14A 4Q49A 4KP5A 5SZ3A 5A25A 5SZ0A 1CILA 3HFPA 4ITOA 3C7PA 1G45A 1CRAA 3MDZA 5C8IA 3W6IA 2NN7A 3M1WA 1TG9A 4YWPA 1ZGFA 9CA2A 4E4AA 4QEFA 3HKNA 5CA2A 4M2WA 1G46A 3DC9A 3S9TA 1RZEA 3D9ZA 4HEZA 1G48A 4N0XB 5FLPA 2NMXA 5G03A 1AVNA 4Q7VA 1BN3A 1RZDA 2NXSA 3M96A 2HD6A 1CNKA 2WEOA 1I9LA 4HT0A 3DCCA 1KWRA 5JESB 1G1DA 1UGCA 4JSAA 1CAZA 4E3FA 1ZFQA 4CNRA 3M40A 3V7XA 3S8XA 2NWZA 3RZ7A 3LXEA 1LGDA 3IBNA 2HL4A 1JCZA 4HBAA 4E9OX 5J8ZA 3V3GB 2HOCA 3OYSA 4WUQA 4IWZA 3T5UA 4KNJA 1XQ0A 2CBCA 3OKUA 3M5EA 1BNWA 4QY3A 3HLJA 5E5RA 3KOIA 4Q99A 5DOHA 1A42A 4GL1X 4C3TA 2H4NA 3DVCA 4JSWA 4KNIA 3TVOX 1F2WA 1LG6A 2FNKA 3HKTA 4QK1A 4QJXA 2POVA 3N2PA 5BNLA 4L5WA 1HCAA 4YXOA 5E2KA 5FDIA 4QIZA 1KOQA 3RZ0B 4MLTA 3K7KA 3BETA 3DAZA 3S97A 1CCTA 1CNGA 2EZ7A 1Z9YA 1CALA 1TEUX
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CVF A;  5FNL A;  3RJ7 A;  4YGK A;  2GD8 A;  3BL1 A;  4PXX A;  3M2Y A;  4ZX1 A;  1ZSA A;  4RFD A;  1JV0 A;  3IEO A;  2GEH A;  5BYI A;  4HEW A;  4Q07 A;  1BNT A;  1CZM A;  3FW3 A;  1I9P A;  4N16 A;  3MMF A;  5EH8 A;  4CQ0 A;  3ZNC A;  1CAJ A;  3MHO A;  1FSR A;  5DSP A;  4MDM A;  1TB0 X;  4QJ0 A;  2WD3 A;  5FL5 A;  1CAK A;  2CAB A;  1HUH A;  4WL4 A;  5FNG A;  1AZM A;  3S78 B;  3M2Z A;  4FPT A;  1RJ6 A;  3OIM A;  5BRU A;  4PZH A;  1CVC A;  3M1J A;  4XZ5 A;  1YDA A;  1URT A;  1XEG A;  1CIM A;  4M2R A;  2HFW A;  5EH5 A;  4Q7W A;  4KNM A;  3MHC A;  4K0T A;  5JEG B;  1I91 A;  5FL6 A;  3KKX A;  1CVD A;  2X7T A;  4XFW A;  1I9N A;  2AX2 A;  3VBD A;  1V9E A;  2NWO A;  2WEG A;  1THK A;  4MLX A;  3HS4 A;  3S72 B;  1Z93 A;  1FSQ A;  2NNV A;  1RAZ A;  5AML A;  1CAI A;  4Q90 A;  3DVD A;  3CZV A;  4RFC A;  4YGJ A;  5FNM A;  3RYZ A;  4XE1 A;  3M1Q A;  1YDB A;  4RIU A;  4Q06 A;  3ML2 A;  4WW6 A;  1YDD A;  5DSO A;  3M5S A;  2FNN A;  1BIC A;  5DOG A;  4PYX A;  5G0C A;  3P55 A;  1J9W A;  3CAJ A;  3T83 A;  4E3G A;  5DSR A;  1CRM A;  5FL4 A;  1CCU A;  1I90 A;  2FOU A;  1CNJ A;  3DD0 A;  1G0E A;  2VVB X;  3N3J A;  3HKU A;  3DVB A;  5FLQ A;  2F14 A;  3IGP A;  3JXH C;  1I9M A;  3IAI A;  4RIV A;  4QK3 A;  3F7U A;  3S74 B;  4Z1K A;  4YX4 A;  5FNH A;  4QIY A;  4XIX A;  5FLR A;  3IBL A;  5FDC A;  5A6H A;  2H15 A;  2ILI A;  5FNJ A;  1DMX A;  1DCB A;  1TEQ X;  1CNW A;  1UGA A;  1BCD A;  4ZAO A;  3DV7 A;  1G6V A;  1CVE A;  2AW1 A;  3RYY A;  3ZP9 A;  2WEH A;  5EKM A;  1T9N A;  3MNA A;  1UGG A;  5DSI A;  2FNM A;  1Z97 A;  5JG5 B;  4L5V A;  3PYK A;  1BN4 A;  1CAM A;  4K0Z A;  4RH2 A;  4BF6 A;  2FOY A;  1CNB A;  2FOQ A;  4IDR X;  5L3O A;  4ZX0 A;  3TMJ A;  4Q0L A;  2NNG A;  1BZM A;  3D93 A;  3D92 A;  1HUG A;  3HKQ A;  2FOS A;  1G4O A;  1G4J A;  4KUY A;  3PO6 A;  3IBU A;  1Y7W A;  1TH9 A;  1FQR A;  3D0N A;  3V3I B;  8CA2 A;  3S71 B;  4HU1 A;  5FLT A;  1FR4 A;  3OIL A;  4E49 A;  3V2M A;  3P3J A;  3B4F A;  1BV3 A;  2QO8 A;  1BNU A;  4DZ7 A;  4YGN A;  5SZ5 A;  1IF7 A;  4MDL A;  3MNU A;  4PQ7 A;  4KP8 A;  2NNO A;  4K0S A;  3MHL A;  5SZ4 A;  3JXF A;  4G7A A;  2NNS A;  4ILX A;  4L5U A;  4WR7 A;  1G52 A;  1YO0 A;  1FQN A;  1RZA A;  1ZH9 A;  2NWP A;  3KS3 A;  4UOV A;  5DSL A;  1ZSC A;  2OSM A;  5JQT A;  3NB5 A;  3RYV B;  1V9I C;  3SBH A;  1G54 A;  5G0B A;  1CVH A;  1XPZ A;  3F4X A;  1YDC A;  4QTL A;  5EHW A;  1DCA A;  3P58 A;  4RUX A;  1LUG A;  4Z1N A;  4FRC A;  2Q1B A;  3MHI A;  5SZ6 A;  1CVB A;  2CBA A;  4K1Q A;  3KLD B;  3NJ9 A;  4JSS A;  5EIJ A;  3SAP A;  4QJO A;  4RUZ A;  4YXU A;  1OKL A;  5E5U A;  3OKV A;  5FNI A;  7CA2 A;  3PJJ A;  1CA3 A;  5DRS A;  4KUW A;  4Q08 A;  3V3H B;  4FIK A;  1RAY A;  1UGB A;  4HT2 A;  4LP6 A;  4PYY A;  3FFP X;  3U45 X;  3MHM A;  3DC3 A;  3RYX B;  5DSN A;  1HEB A;  4X5S A;  4Z1J A;  3TVN X;  1I9O A;  1TG3 A;  2ZNC A;  3V2J A;  2POW A;  1YO1 A;  4JS6 A;  1RJ5 A;  5AMG A;  3GZ0 A;  3M04 A;  5JG3 B;  2CBB A;  3M2N A;  2Q38 A;  1DMY A;  3F8E A;  4Q6E A;  1YO2 A;  4ZWI A;  4HEY A;  5DVX A;  5JEP B;  4K13 A;  5DSJ A;  2EU3 A;  5BRW A;  5HPJ A;  1HEA A;  5CLU A;  2CBE A;  3IBI A;  1CIN A; 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3IBNA

Total Genus

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Chain Sequence

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