3JXFA

Ca-like domain of human ptprz
Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
Knots found
sequence length
268
structure length
268
Chain Sequence
EEIGWSYTGALNQKNWGKKYPTCNSPKQSPINIDEDLTQVNVNLKKLKFQGWDKTSLENTFIHNTGKTVEINLTNDYRVSGGVSEMVFKASKITFHWGKCNMSSDGSEHSLEGQKFPLEMQIYCFDADRFSSFEEAVKGKGKLRALSILFEVGTEENLDFKAIIDGVESVSRFGKQAALDPFILLNLLPNSTDKYYIYNGSLTSPPCTDTVDWIVFKDTVSISESQLAVFCEVLTMQQSGYVMLMDYLQNNFREQQYKFSRQVFSSYT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS11 (208-211)AH3 (257-261)O2 (133-264)TI1 (39-42)TIV1 (42-45)S3 (78-83)TIV4 (82-85)AH2 (194-203)3H1 (46-51)3H2 (54-57)S10 (176-185)TIV2 (51-54)TIV3 (58-61)TI2 (74-77)S2 (72-73)3H3 (68-70)O1 (56-240)S1 (65-66)S4 (94-97)TI4 (90-93)S8 (143-144)TI3 (84-87)TI5 (134-137)S13 (244-249)S12 (228-233)TIV5 (98-101)TVIII2 (225-228)S6 (111-115)S7 (117-130)TI'1 (144-147)TIV8 (143-146)TIV7 (140-143)3H5 (217-220)S9 (151-158)AH1 (166-172)TIV9 (159-162)TI6 (160-163)3H4 (191-193)3H6 (262-265)TII1 (205-208)TVIII1 (222-225)TVIa1 (237-240)S14 (253-255)S5 (102-105)TII'1 (114-117)TIV6 (130-133)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Cell adhesion
source organism Homo sapiens
publication title The protein tyrosine phosphatases PTPRZ and PTPRG bind to distinct members of the contactin family of neural recognition molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Receptor-type tyrosine-protein phosphatase zeta
total genus 73
structure length 268
sequence length 268
chains with identical sequence B
other databases KnotProt 2.0: K +31
ec nomenclature ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date 2009-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00194 Carb_anhydrase Eukaryotic-type carbonic anhydrase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.200.10 Alpha Beta Roll Carbonic Anhydrase II Alpha carbonic anhydrase 3jxfA00
4Z1KA 5EKMA 4N0XB 1RAZA 3V3HB 4G7AA 3N4BA 4COQA 4M2RA 4Q7SA 3MYQA 3P44A 3U3AX 4E5QA 2FMZA 4FVNA 5EOIA 4MDMA 4HT2A 3PYKA 4MO8A 1ZE8A 4KNJA 3RYVB 4XZ5A 5AMLA 3LXEA 2EZ7A 3DD8A 1IF5A 5SZ6A 4QJOA 4E3DA 2CA2A 1BNMA 3TVOX 1HEDA 5G0CA 3KOIA 1I9NA 3B4FA 3T84A 2QO8A 1CAOA 3RZ7A 3SBIA 3OYSA 2WEGA 3D8WA 4LP6A 5FL5A 5FNIA 4BF1A 5DSMA 3V3IB 2HD6A 4CNXA 3DAZA 2WEOA 1Z93A 2ILIA 1UGBA 1H4NA 3ML5A 7CA2A 4E4AA 3Q31A 1ZSBA 5DSIA 3K34A 2O4ZA 1XEGA 4HF3A 1CVEA 3M5SA 5DOGA 1XQ0A 3ML2A 5EH7A 1CNHA 4Q6DA 4Q07A 4FPTA 4YGNA 1G4JA 3F7BA 4XIXA 1G0FA 4GL1X 3FW3A 1HCAA 1RZBA 4Q7PA 1JD0A 4UOVA 4YX4A 4ZWZA 3NI5A 4PQ7A 4Q49A 1CRMA 3DCCA 1I9PA 1TEQX 3HKUA 4YYTA 1UGEA 2HKKA 4Z1JA 1ZSCA 5EHVA 4LHIA 3S74B 3M5TA 3PJJA 4FRCA 4Q78A 4Z0QA 1J9WA 1TH9A 1CNJA 1UGGA 1FQMA 1BNQA 1LZVA 5CA2A 4KP8A 3L14A 3OILA 5SZ3A 3DC3A 3M3XA 5JEHB 5FLTA 1G54A 1H9QA 3FFPX 5BYIA 4QSBA 5EZTX 4CNWA 3S9TA 4M2UA 3MNHA 1CNGA 3MHIA 2NNGA 3M96A 3F8EA 3IEOA 4CA2A 1OQ5A 3P58A 1RZAA 4DZ7A 1CCSA 5E5RA 1IF9A 4YWPA 2POWA 4Q87A 1Z9YA 5DSQA 3MNUA 2GEHA 2FOUA 3RG3A 1CNIA 3MHLA 3MNIA 5FLPA 1TG9A 5DSJA 3DD0A 4ZX1A 2W2JA 5CLUA 4KUYA 1BN3A 2AX2A 4Q06A 3HS4A 1TG3A 4LU3A 2OSMA 4Q90A 3N3JA 3RYJB 4Q81A 1OKMA 1TE3X 3V3FA 1CNYA 1HUHA 2AW1A 3EFTA 5E2KA 4KNMA 5G0BA 4JS6A 3P5LA 4E3FA 2WD3A 4KUWA 4WR7A 4ITOA 3S97A 2WD2A 5FLQA 1I9QA 2NN1A 1FR4A 5JQ0A 4YXIA 1IF4A 4Q6EA 3CA2A 4QJ0A 5EH8A 4ZWXA 4CACA 1XPZA 3DV7A 1G46A 5SZ1A 3S77B 1CAMA 4K1QA 3M5EA 1UGAA 5CACA 2F14A 1HEAA 3D0NA 3MWOA 1G52A 1EOUA 4Q0LA 4YGFA 1CVDA 5EKJA 3RZ0B 3HLJA 1BN4A 3M98A 2NWZA 3TVNX 4HBAA 2Q1QA 2NXSA 4K0SA 3IGPA 3MZCA 4QJMA 5HPJA 1RZCA 1ZFQA 3D93A 3OIKA 3KOKA 4G0CA 4R5BA 4RIVA 4BF6A 4HT0A 5BRUA 1BZMA 5FL4A 4ILXA 1CNKA 5JGTB 1HECA 3CZVA 5E2SA 3HFPA 1BV3A 1F2WA 3W6HA 4R5AA 3DBUA 3M2NA 5J8ZA 1BNTA 1AM6A 4YXUA 3F4XA 2H15A 2NMXA 3MNAA 1HCBA 5FLOA 4YGLA 4RFDA 3V3GB 1I90A 3DCWA 4ZWIA 9CA2A 2FNMA 4RIUA 5JDVB 3RZ1B 3IBUA 3FE4A 2Q1BA 3D92A 2EU2A 2NN7A 4KUVA 3S71B 1BNUA 1HUGA 2CBDA 2NNSA 2HOCA 5FLSA 3GZ0A 2WEHA 5JGSB 1MOOA 2CBBA 4HEWA 4QIYA 4QK2A 4R59A 5DOHA 5DVXA 3K7KA 4ETQC 5CJFA 1IF7A 4YGJA 1I9OA 3S78B 5A25A 5FNJA 3DVDA 3NJ9A 3MNKA 2X7UA 5JEPB 1YO1A 2FMGA 3DA2A 1CCTA 3MNJA 2FOVA 4MDLA 4CNRA 4DZ9A 3B1BA 4YXOA 1LGDA 3N2PA 5FLRA 4MLXA 3M14A 5JG5B 5DRSA 4K13A 5SZ2A 1RZEA 4L5UA 5E2MA 2OSFA 4HEYA 5E2RA 3ZNCA 4M2VA 3U45X 5DSKA 3R17B 1BNNA 4E49A 1ZGEA 5L6KA 4QSAA 1IF8A 4N16A 1AZMA 5EKHA 2GD8A 5FL6A 3T83A 1KOPA 3V2MA 4JSAA 3RZ8A 2FOQA 1I9LA 5E2NA 1FLJA 1UGFA 2NWPA 5JG3B 1TBTX 4QK1A 4MDGA 4FVOA 3RYZA 2NWYA 2VVAX 3KIGA 1CINA 1ZGFA 3OYQA 2FOYA 3K2FA 2IT4A 1KWQA 1CVAA 3V5GA 1FSRA 1ZH9A 3P3HA 4Q83A 4C3TA 3RYYA 4JSSA 3DC9A 4RUZA 3HKTA 1G6VA 4QJPA 3V7XA 1LG6A 2CBEA 2NXRA 2FW4A 3RG4A 1CRAA 3M67A 4QTLA 5SZ5A 8CA2A 1CAJA 4Q8YA 5FNKA 3V2JA 1FSNA 1I91A 3MHMA 3KNEA 4Q9YA 3T5ZA 3SAPA 1YDBA 4PYYA 3JXHC 4PXXA 3S8XA 4TWLA 4XFWA 1CAYA 4QJWA 1RZDA 1G4OA 2CBAA 5FDIA 4XIWA 3UYNA 1H9NA 3ZP9A 4Q7WA 5LMDA 3RLDA 5JESB 1ZSAA 1DCBA 1BICA 3M1WA 4L5VA 2ABEA 1BCDA 3T85A 1CVFA 3M40A 2NNVA 1IF6A 3M2ZA 3RYXB 4RN4A 1CVHA 3HKNA 1RJ6A 3P5AA 3IBIA 3RJ7A 3RZ5A 4HEZA 3VBDA 4Y0JA 1G48A 3JXFA 1YO0A 3NB5A 5SZ0A 3DCSA 5L3OA 1JV0A 4ZAOA 3MMFA 3M2YA 5IPZA 3M04A 1CAKA 1BNVA 1CIMA 4PYXA 3T82A 1Z97A 2Q38A 1CNCA 5SZ7A 5DSNA 1V9EA 3F7UA 1DMXA 3IBLA 3M2XA 4QK3A 5DSLA 3RGEA 2X7SA 4FL7A 4Q8ZA 1HEBA 4ZWYA 5E5UA 4Z1NA 3MHCA 4JSWA 1CILA 1MUAA 1LG5A 1YDAA 2POUA 4IDRX 1CAIA 1KOQA 4RUXA 1G1DA 1BNWA 5EHEA 4Q08A 1THKA 3OY0A 3T5UA 1YDCA 1RJ5A 3W6IA 1FQLA 1JCZA 3S76A 4CNVA 1CCUA 1Y7WA 4Z1EA 5AMDA 4YGKA 1LUGA 1CAHA 3JXGA 1CVCA 1I9MA 2ZNCA 2X7TA 4MLTA 1A42A 2WEJA 3M1KA 4FU5A 3D9ZA 2QOAA 4QJXA 1CALA 1URTA 2NXTA 4BCWA 5C8IA 3HKQA 4HU1A 5FNLA 5A6HA 3S73B 5FNMA 1OKNA 3DVCA 3U7CA 1FSQA 1FQRA 5DSOA 3P55A 2NNOA 1CA2A 2QP6A 3IBNA 3P4VA 2HL4A 1CNWA 5JEGB 3MHOA 4Q7VA 5FNHA 3S72B 2HFWA 4WUPA 3TMJA 5G03A 1FR7A 1CNXA 4MTYA 5EH5A 4PZHA 5BRVA 5FNGA 3OIMA 2FNNA 4QSIA 3BL0A 3KWAA 3BETA 4KNIA 1BN1A 3R16A 3PO6A 4M2WA 4RFCA 5FDCA 1TB0X 4ITPA 1V9IC 1KEQA 1CA3A 5SZ4A 3KKXA 4ZX0A 2EU3A 1TEUX 5DSRA 5BNLA 1YO2A 2HNCA 4E3HA 3KLDB 4X5SA 4E3GA 3EFIA 5BRWA 3CAJA 1YDDA 1XEVA 4K0ZA 1ZNCA 5EHWA 12CAA 1DCAA 4TWMA 4JSZA 1CZMA 3M1JA 2FNKA 4CQ0A 3IAIA 4E9OX 4RH2A 5E28A 3N0NA 1AVNA 1CANA 1TTMA 1HVAA 2CABA 4WW8A 3SAXA 1UGCA 5EIJA 3KONA 3S75B 1ZFKA 1FQNA 1RAYA 3CYUA 3SBHA 1KWRA 5G01A 3DVBA 4QY3A 2NWOA 5JQTA 3OKVA 4RUYA 4K0TA 5DSPA 1CAZA 4KNNA 4WW6A 3MDZA 4XE1A 1DMYA 4YVYA 1G0EA 1CNBA 1G3ZA 4QEFA 1CVBA 3KS3A 4Q8XA 2POVA 3U47A 3QYKA 4KAPA 2FOSA 3C7PA 1G53A 1I8ZA 5AMGA 4QSJA 4L5WA 4Q09A 4YHAA 4WL4A 2VVBX 3P3JA 3M1QA 4FIKA 4IWZA 1T9NA 4QIZA 4WUQA 2CBCA 4KP5A 3UYQA 1G45A 1OKLA 3V3JA 1UGDA 6CA2A 4Q99A 3OKUA 4KV0A 2H4NA 3BL1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z1K A;  5EKM A;  4N0X B;  1RAZ A;  3V3H B;  4G7A A;  3N4B A;  4COQ A;  4M2R A;  4Q7S A;  3MYQ A;  3P44 A;  3U3A X;  4E5Q A;  2FMZ A;  4FVN A;  5EOI A;  4MDM A;  4HT2 A;  3PYK A;  4MO8 A;  1ZE8 A;  4KNJ A;  3RYV B;  4XZ5 A;  5AML A;  3LXE A;  2EZ7 A;  3DD8 A;  1IF5 A;  5SZ6 A;  4QJO A;  4E3D A;  2CA2 A;  1BNM A;  3TVO X;  1HED A;  5G0C A;  3KOI A;  1I9N A;  3B4F A;  3T84 A;  2QO8 A;  1CAO A;  3RZ7 A;  3SBI A;  3OYS A;  2WEG A;  3D8W A;  4LP6 A;  5FL5 A;  5FNI A;  4BF1 A;  5DSM A;  3V3I B;  2HD6 A;  4CNX A;  3DAZ A;  2WEO A;  1Z93 A;  2ILI A;  1UGB A;  1H4N A;  3ML5 A;  7CA2 A;  4E4A A;  3Q31 A;  1ZSB A;  5DSI A;  3K34 A;  2O4Z A;  1XEG A;  4HF3 A;  1CVE A;  3M5S A;  5DOG A;  1XQ0 A;  3ML2 A;  5EH7 A;  1CNH A;  4Q6D A;  4Q07 A;  4FPT A;  4YGN A;  1G4J A;  3F7B A;  4XIX A;  1G0F A;  4GL1 X;  3FW3 A;  1HCA A;  1RZB A;  4Q7P A;  1JD0 A;  4UOV A;  4YX4 A;  4ZWZ A;  3NI5 A;  4PQ7 A;  4Q49 A;  1CRM A;  3DCC A;  1I9P A;  1TEQ X;  3HKU A;  4YYT A;  1UGE A;  2HKK A;  4Z1J A;  1ZSC A;  5EHV A;  4LHI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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