3M1W | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	255
structure length	255
Chain Sequence	CGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGCAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__10002608302532__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__10002608302532__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3m1w/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__10002608302532__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"10002608302532","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3m1w/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__10002608302532__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff845cac51c2a53d45ab61/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff845cac51c2a53d45ab61/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff845cac51c2a53d45ab61/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff845cac51c2a53d45ab61/pdb.gz): 934 ms

reading 255 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

255 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:254});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mutational Study on Carbonic Anhydrase II rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	78
structure length	255
sequence length	255
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3m1wA00

4KNIA 4M2RA 3GZ0A 4Q87A 3ZP9A 1F2WA 1CNYA 4M2WA 1DMYA 1YO1A 3P5LA 2QOAA 1BN1A 4E49A 3KWAA 1CNHA 4L5VA 1RZEA 4Q8YA 2NNVA 3S78B 3TVNX 1FR4A 1G0FA 3P5AA 2EU2A 5SZ6A 4ITOA 1LG6A 1CRMA 3F7UA 3S72B 3RZ1B 5SZ2A 1TB0X 3HLJA 1Z97A 1HVAA 3T84A 1RZBA 2FMZA 1KWQA 1Y7WA 2NMXA 3BL1A 5E2SA 1HECA 3MHIA 4Z1EA 5SZ7A 8CA2A 1ZSAA 4Q09A 5FLPA 1TH9A 4G0CA 1BNNA 3U47A 1CILA 3M98A 5AMDA 1URTA 4HBAA 4QSJA 4KV0A 3SBHA 3T82A 5CACA 5IPZA 2X7TA 4MDLA 4PYYA 1DMXA 1AZMA 3KKXA 1MOOA 1BNUA 4FVNA 5EHWA 2H4NA 3CA2A 1LUGA 1BCDA 3K34A 3M5SA 2NNGA 1UGEA 1JD0A 1YO0A 5JQTA 1TTMA 4Z1JA 3TMJA 2NN7A 3K2FA 1CVAA 1G48A 3JXGA 4WW8A 1JCZA 5JG3B 5EIJA 2HL4A 2FNNA 3ML2A 3HS4A 3PYKA 4QSAA 3JXFA 3RZ5A 1IF7A 2NWPA 4X5SA 2WEOA 1CAJA 2W2JA 1CNGA 4QK1A 5JEPB 1AM6A 2HOCA 3V5GA 2HD6A 4Y0JA 4G7AA 2O4ZA 3CYUA 4BF1A 2H15A 3F4XA 4YYTA 1CNCA 5DVXA 4E3DA 4FRCA 1OQ5A 5EOIA 1CZMA 5EZTX 2FNKA 3D93A 4ZX1A 1CANA 1RZAA 4CNWA 4YXOA 5BYIA 4E4AA 3B4FA 2NNSA 3OYQA 3JXHC 4RUYA 1I91A 1LGDA 1RAYA 1G52A 2WEJA 3C7PA 3ZNCA 1H9NA 3SBIA 3HFPA 1I90A 4YXUA 3CAJA 3M2NA 3MZCA 1V9IC 1HUHA 2NWYA 1I8ZA 1G1DA 2VVAX 4MTYA 4E3GA 3SAPA 3MNAA 1FLJA 4WUPA 1CVBA 5EHEA 2FW4A 3V2MA 3HKNA 4Q7WA 3R17B 2CBEA 3P4VA 5JG5B 1CNJA 3DVCA 5DSQA 2WEHA 3MNJA 1TEQX 5G0BA 1CAOA 1EOUA 1YDBA 1UGAA 4Q7PA 5EKMA 1FR7A 3S8XA 5EKHA 4Z1NA 4QJMA 3ML5A 1ZSCA 3S74B 1DCAA 2FOYA 4M2VA 3DCSA 3IBUA 1CA3A 4LU3A 2NN1A 4Q7SA 3KLDB 3D9ZA 3MHMA 3V7XA 3IEOA 3M5EA 5E2RA 1KOQA 7CA2A 1I9PA 3DC3A 5A6HA 1FSQA 1XQ0A 4JSAA 5E2MA 3DAZA 3KNEA 3DVBA 4RFCA 5DSOA 4BCWA 4FIKA 3MNIA 2OSFA 4KUVA 4COQA 4CNXA 3IGPA 2Q1QA 1ZGFA 3P44A 1JV0A 4E3HA 4R5BA 5C8IA 4HEZA 5FLOA 5E5RA 3R16A 2NXSA 1KWRA 4R5AA 3M1QA 5DOHA 1H4NA 2ABEA 1YDAA 4YGLA 2QO8A 1TE3X 1UGGA 4BF6A 1ZNCA 1HEAA 1DCBA 1ZE8A 4Q8ZA 1FSRA 2QP6A 1MUAA 3IBNA 4XZ5A 4QK3A 3V3GB 4RUXA 2VVBX 4R59A 3RYXB 3OIKA 5FNMA 4CNVA 2WD2A 5BRUA 2POVA 2CBCA 4XE1A 1CCTA 4Q78A 1ZFQA 4CQ0A 4GL1X 3DD8A 3RZ7A 4Q06A 5JEHB 3OKVA 1G4JA 3U7CA 4E5QA 3DD0A 1RAZA 3M96A 3M1JA 3DCCA 3S71B 3P55A 4Q83A 4YGJA 5EH5A 4K13A 4ZWIA 4WL4A 6CA2A 3P3HA 5SZ3A 5E5UA 1UGBA 3D0NA 4Q8XA 4JS6A 5CA2A 2NNOA 2FNMA 5FNLA 3F8EA 1T9NA 1RZDA 4YHAA 5SZ0A 4KP5A 4QJPA 1I9QA 3U45X 4E9OX 5DSMA 4K0ZA 4YGFA 3V2JA 1RJ5A 4Q6DA 1CNIA 3HKTA 3M1KA 2NXRA 1V9EA 3B1BA 4QSIA 5SZ1A 4HF3A 3V3HB 2GD8A 3PO6A 3UYNA 5AMGA 4CACA 1LG5A 1XPZA 3KS3A 5JQ0A 3D8WA 4RIVA 1TEUX 5EHVA 3CZVA 4YGNA 1FQMA 1G0EA 3RYVB 3V3FA 2CABA 5JGSB 1CNKA 4WW6A 4YX4A 2F14A 5JDVB 3EFIA 3M2ZA 5FNKA 3M04A 5EKJA 5DSKA 5E2NA 4Q99A 4ILXA 4XIXA 3KOKA 3MYQA 3KIGA 5DSRA 4ETQC 1CVHA 4UOVA 4TWMA 2NXTA 4DZ9A 5DRSA 1FSNA 4IDRX 3IAIA 3MHLA 1ZSBA 4L5WA 4QIYA 2POUA 2IT4A 3MHCA 2ILIA 1BZMA 1AVNA 1IF5A 4HU1A 3MNKA 4Q81A 4KNNA 5E2KA 5DSNA 5G03A 3S73B 1CCSA 3OYSA 5DSLA 5BRWA 4WR7A 3DV7A 2CBDA 5FLTA 3TVOX 1YO2A 1Z9YA 4RFDA 3EFTA 1I9NA 5G01A 4RH2A 1CAMA 5LMDA 1J9WA 3RYZA 3W6HA 4ZWZA 2WD3A 4KNJA 3MHOA 1ZFKA 1CAKA 5BNLA 1BN4A 4PZHA 1CINA 1HCAA 4RUZA 1CNWA 5FLRA 1CNXA 3RZ8A 1BNVA 2HNCA 3M3XA 5G0CA 2CBAA 4PXXA 2Q38A 4N0XB 5JESB 1I9LA 1FQRA 3N0NA 4K0SA 1CAYA 5FLQA 2ZNCA 3BETA 1THKA 4IWZA 4RN4A 4ZWXA 2CA2A 3RG4A 2HFWA 4QK2A 5FL4A 5FLSA 4Q90A 1IF8A 4PQ7A 4LP6A 4MO8A 3HKQA 3M14A 1RZCA 5FNHA 3MNUA 2EZ7A 1I9OA 5A25A 4CA2A 4L5UA 3DC9A 3VBDA 3P3JA 3M67A 4JSSA 4JSWA 3Q31A 3NI5A 1HCBA 1OKLA 1CALA 3NB5A 3S77B 4Z1KA 5L6KA 3M40A 5FDCA 2FOVA 4LHIA 5DOGA 4K0TA 2Q1BA 1G54A 5FNIA 2X7SA 4MLTA 1OKNA 4MDGA 1G46A 1IF4A 3SAXA 2AW1A 5SZ4A 4MDMA 4Q7VA 1CVCA 1CIMA 4FVOA 4RIUA 5AMLA 5BRVA 4Z0QA 5FNGA 1UGFA 1BNQA 4CNRA 4FPTA 5CJFA 1BICA 3M5TA 4FL7A 1G3ZA 3FE4A 2HKKA 1HEDA 2GEHA 4E3FA 1Z93A 1LZVA 3FW3A 4Q07A 4QIZA 3V3JA 1BV3A 5DSPA 1I9MA 3RZ0B 1IF9A 1KEQA 1FQNA 5FL6A 4QJXA 4YVYA 4ZAOA 3FFPX 1G45A 3V3IB 1CAZA 5FNJA 1CAIA 3OY0A 4K1QA 3S97A 2POWA 1G4OA 4YWPA 3L14A 4ZWYA 1XEGA 4M2UA 4QEFA 1CA2A 1ZGEA 3OKUA 5SZ5A 5L3OA 3S75B 3F7BA 1A42A 1UGDA 2FMGA 3KONA 4Q6EA 4YGKA 3DCWA 1G6VA 1YDCA 2FOSA 3N3JA 4PYXA 4XIWA 1CVFA 4KUYA 4Q49A 5FL5A 2FOUA 1IF6A 1CCUA 4Q9YA 2EU3A 3T5UA 1BN3A 3M2XA 4TWLA 3MWOA 3IBLA 3RG3A 3PJJA 3N2PA 5E28A 3MDZA 3RYJB 4KUWA 3T83A 1RJ6A 3M1WA 4QJWA 1XEVA 5EH7A 4YXIA 1TG3A 1CRAA 4JSZA 3MNHA 5JGTB 1HUGA 4KP8A 5DSIA 4KAPA 1CVDA 1ZH9A 3QYKA 3T85A 3DA2A 4ITPA 3DBUA 3RJ7A 2OSMA 4MLXA 5HPJA 4HEWA 4Q08A 3BL0A 2NWOA 3MMFA 4XFWA 3LXEA 5FDIA 2CBBA 12CAA 3K7KA 3P58A 3U3AX 2AX2A 9CA2A 3D92A 1CAHA 4Q0LA 4QJ0A 3RLDA 4KNMA 1BNWA 3OIMA 1UGCA 3N4BA 4QY3A 1BNTA 4HEYA 1CNBA 1TBTX 3DVDA 3HKUA 5J8ZA 1G53A 3IBIA 3KOIA 4N16A 4FU5A 5EH8A 1KOPA 4DZ7A 4HT0A 4WUQA 1YDDA 1TG9A 3S76A 4QTLA 1HEBA 3W6IA 3RYYA 5DSJA 2X7UA 2WEGA 3NJ9A 3S9TA 3T5ZA 3UYQA 4HT2A 3OILA 4QJOA 5CLUA 3M2YA 4QSBA 3RGEA 1FQLA 2NWZA 1OKMA 5JEGB 1H9QA 1CVEA 4ZX0A 4C3TA 1BNMA 2FOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KNI A;  4M2R A;  3GZ0 A;  4Q87 A;  3ZP9 A;  1F2W A;  1CNY A;  4M2W A;  1DMY A;  1YO1 A;  3P5L A;  2QOA A;  1BN1 A;  4E49 A;  3KWA A;  1CNH A;  4L5V A;  1RZE A;  4Q8Y A;  2NNV A;  3S78 B;  3TVN X;  1FR4 A;  1G0F A;  3P5A A;  2EU2 A;  5SZ6 A;  4ITO A;  1LG6 A;  1CRM A;  3F7U A;  3S72 B;  3RZ1 B;  5SZ2 A;  1TB0 X;  3HLJ A;  1Z97 A;  1HVA A;  3T84 A;  1RZB A;  2FMZ A;  1KWQ A;  1Y7W A;  2NMX A;  3BL1 A;  5E2S A;  1HEC A;  3MHI A;  4Z1E A;  5SZ7 A;  8CA2 A;  1ZSA A;  4Q09 A;  5FLP A;  1TH9 A;  4G0C A;  1BNN A;  3U47 A;  1CIL A;  3M98 A;  5AMD A;  1URT A;  4HBA A;  4QSJ A;  4KV0 A;  3SBH A;  3T82 A;  5CAC A;  5IPZ A;  2X7T A;  4MDL A;  4PYY A;  1DMX A;  1AZM A;  3KKX A;  1MOO A;  1BNU A;  4FVN A;  5EHW A;  2H4N A;  3CA2 A;  1LUG A;  1BCD A;  3K34 A;  3M5S A;  2NNG A;  1UGE A;  1JD0 A;  1YO0 A;  5JQT A;  1TTM A;  4Z1J A;  3TMJ A;  2NN7 A;  3K2F A;  1CVA A;  1G48 A;  3JXG A;  4WW8 A;  1JCZ A;  5JG3 B;  5EIJ A;  2HL4 A;  2FNN A;  3ML2 A;  3HS4 A;  3PYK A;  4QSA A;  3JXF A;  3RZ5 A;  1IF7 A;  2NWP A;  4X5S A;  2WEO A;  1CAJ A;  2W2J A;  1CNG A;  4QK1 A;  5JEP B;  1AM6 A;  2HOC A;  3V5G A;  2HD6 A;  4Y0J A;  4G7A A;  2O4Z A;  3CYU A;  4BF1 A;  2H15 A;  3F4X A;  4YYT A;  1CNC A;  5DVX A;  4E3D A;  4FRC A;  1OQ5 A;  5EOI A;  1CZM A;  5EZT X;  2FNK A;  3D93 A;  4ZX1 A;  1CAN A;  1RZA A;  4CNW A;  4YXO A;  5BYI A;  4E4A A;  3B4F A;  2NNS A;  3OYQ A;  3JXH C;  4RUY A;  1I91 A;  1LGD A;  1RAY A;  1G52 A;  2WEJ A;  3C7P A;  3ZNC A;  1H9N A;  3SBI A;  3HFP A;  1I90 A;  4YXU A;  3CAJ A;  3M2N A;  3MZC A;  1V9I C;  1HUH A;  2NWY A;  1I8Z A;  1G1D A;  2VVA X;  4MTY A;  4E3G A;  3SAP A;  3MNA A;  1FLJ A;  4WUP A;  1CVB A;  5EHE A;  2FW4 A;  3V2M A;  3HKN A;  4Q7W A;  3R17 B;  2CBE A;  3P4V A;  5JG5 B;  1CNJ A;  3DVC A;  5DSQ A;  2WEH A;  3MNJ A;  1TEQ X;  5G0B A;  1CAO A;  1EOU A;  1YDB A;  1UGA A;  4Q7P A;  5EKM A;  1FR7 A;  3S8X A;  5EKH A;  4Z1N A;  4QJM A;  3ML5 A;  1ZSC A;  3S74 B;  1DCA A;  2FOY A;  4M2V A;  3DCS A;  3IBU A;  1CA3 A;  4LU3 A;  2NN1 A;  4Q7S A;  3KLD B;  3D9Z A;  3MHM A;  3V7X A;  3IEO A;  3M5E A;  5E2R A;  1KOQ A;  7CA2 A;  1I9P A;  3DC3 A;  5A6H A;  1FSQ A;  1XQ0 A;  4JSA A;  5E2M A;  3DAZ A;  3KNE A;  3DVB A;  4RFC A;  5DSO A;  4BCW A;  4FIK A;  3MNI A;  2OSF A;  4KUV A;  4COQ A;  4CNX A;  3IGP A;  2Q1Q A;  1ZGF A;  3P44 A;  1JV0 A;  4E3H A;  4R5B A;  5C8I A;  4HEZ A;  5FLO A;  5E5R A;  3R16 A;  2NXS A;  1KWR A;  4R5A A;  3M1Q A;  5DOH A;  1H4N A;  2ABE A;  1YDA A;  4YGL A;  2QO8 A;  1TE3 X;  1UGG A;  4BF6 A;  1ZNC A;  1HEA A;  1DCB A;  1ZE8 A;  4Q8Z A;  1FSR A;  2QP6 A;  1MUA A;  3IBN A;  4XZ5 A;  4QK3 A;  3V3G B;  4RUX A;  2VVB X;  4R59 A;  3RYX B;  3OIK A;  5FNM A;  4CNV A;  2WD2 A;  5BRU A;  2POV A;  2CBC A;  4XE1 A;  1CCT A;  4Q78 A;  1ZFQ A;  4CQ0 A;  4GL1 X;  3DD8 A;  3RZ7 A;  4Q06 A;  5JEH B;  3OKV A;  1G4J A;  3U7C A;  4E5Q A;  3DD0 A;  1RAZ A;  3M96 A;  3M1J A;  3DCC A;  3S71 B;  3P55 A;  4Q83 A;  4YGJ A;  5EH5 A;  4K13 A;  4ZWI A;  4WL4 A;  6CA2 A;  3P3H A;  5SZ3 A;  5E5U A;  1UGB A;  3D0N A;  4Q8X A;  4JS6 A;  5CA2 A;  2NNO A;  2FNM A;  5FNL A;  3F8E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3M1WA

Total Genus

Knots found

sequence length

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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