3M5S | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGCAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8510300889012177__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8510300889012177__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3m5s/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8510300889012177__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8510300889012177","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3m5s/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8510300889012177__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff8865fb712924d8cd6143/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff8865fb712924d8cd6143/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff8865fb712924d8cd6143/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff8865fb712924d8cd6143/pdb.gz): 662 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mutational study on Carbonic Anhydrase II rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	79
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3m5sA00

4L5VA 2QP6A 4YXIA 4YYTA 1BV3A 2CBDA 2HKKA 1BZMA 2QO8A 3NJ9A 3TMJA 3TVOX 3U3AX 1BN4A 5DSNA 3RG3A 3MNKA 5BRVA 5SZ3A 3S9TA 4KAPA 1G3ZA 3M1JA 1OKLA 3ML2A 4TWMA 5E2RA 5EH8A 5FDIA 1RZBA 1TEUX 5FLSA 12CAA 1EOUA 1HUGA 1G0EA 3V3GB 1G0FA 1T9NA 1RZAA 1TE3X 3DD8A 1CNBA 1LUGA 3M3XA 3MNAA 4ZWZA 1I9QA 2WEHA 3OYSA 4K1QA 4MDLA 5DOGA 2X7UA 1FR7A 5DOHA 4XIXA 4E3GA 4FL7A 3TVNX 3N0NA 3W6IA 1FSNA 4E3FA 2AW1A 1CRAA 3RLDA 1FQRA 3FW3A 4E4AA 2CBEA 2HL4A 2NNVA 4CNVA 5FL5A 1AZMA 1G45A 2VVBX 3T82A 8CA2A 2IT4A 4JS6A 5DSOA 1I9LA 3RYYA 5LMDA 3V3HB 1CVBA 4HEZA 4LU3A 5JEGB 1I9PA 3ML5A 5E2NA 3DC3A 3HKTA 5CLUA 5E28A 3PYKA 4K0TA 4YXOA 4QSIA 1FLJA 3RZ5A 3KLDB 4RUYA 5JGTB 2EZ7A 4FU5A 3F4XA 4RUXA 2NN1A 4MDGA 2CA2A 4Q90A 1OQ5A 5FNLA 4HEYA 3D9ZA 4RFCA 1TTMA 4ETQC 1UGCA 2NNGA 1BNTA 4Y0JA 5SZ7A 3M1KA 1CNKA 1HEDA 5EOIA 4K0ZA 3R17B 1JV0A 4CA2A 3S74B 1CAOA 2F14A 4RIUA 3OKVA 4KUWA 4Q7SA 5G03A 5G0BA 3IBIA 3MWOA 1CVDA 2CBAA 5FNHA 3N3JA 3S77B 1IF8A 5FLRA 4JSAA 1CNYA 2HOCA 5DVXA 4Q6DA 3V3FA 1CNIA 3KKXA 3UYNA 4Q8YA 3IBLA 5DSJA 2FOVA 1UGDA 3QYKA 1CAKA 1CNCA 4YHAA 1KOPA 3OKUA 4R59A 1G4JA 3V2MA 4HT2A 4COQA 3FE4A 1TEQX 3F8EA 4FVOA 3KWAA 1IF7A 3M40A 4QK2A 2FNMA 1Y7WA 2ABEA 2POVA 4MO8A 3MDZA 1BICA 5FDCA 4E3DA 1G1DA 4FPTA 3DVCA 5EH5A 1CNGA 4ZWYA 1CIMA 3HKQA 4E49A 3DBUA 1AVNA 5JESB 1CVCA 1I91A 3R16A 1CAZA 4PYYA 3DV7A 4M2UA 4QEFA 3RYJB 4IWZA 1DCAA 1IF9A 3RYZA 4YGLA 4RUZA 2NWOA 4K13A 3NB5A 4PZHA 1YO2A 4RN4A 3BL1A 3P44A 1ZFKA 2AX2A 3K7KA 4N16A 2OSFA 4JSSA 1A42A 3RGEA 4HF3A 1ZGEA 1CRMA 1ZSAA 3DVBA 5SZ2A 1CNXA 5L6KA 1G52A 4KNJA 1HCAA 2H4NA 4Q07A 2X7TA 5AMGA 5JDVB 3CZVA 3NI5A 4KNNA 3IAIA 4ITPA 3S76A 1FSQA 1HVAA 4MDMA 4KP8A 3RG4A 3S72B 5SZ4A 2CBBA 1KEQA 3MNUA 4WR7A 2QOAA 2W2JA 2WEGA 3CAJA 4BF1A 3F7UA 3M67A 4XIWA 2NWZA 1IF5A 3V3JA 2NNSA 3M5EA 5SZ5A 3HKNA 4PYXA 5FLPA 1CVFA 2NN7A 3FFPX 1YDDA 3P55A 1YDBA 3RJ7A 5CA2A 5BRUA 5C8IA 3IBNA 4Q49A 3MYQA 1HEBA 1UGFA 2VVAX 3OIMA 1CA2A 4QJPA 3S71B 5A6HA 4QJMA 4QIYA 4YWPA 2FMZA 1YDCA 1CA3A 1RAYA 3HLJA 2GEHA 2HFWA 3M1WA 5JQ0A 4M2WA 4MLTA 4YVYA 3OIKA 5EHWA 4QTLA 2FOSA 1CAYA 4LHIA 3W6HA 3GZ0A 5DSLA 4MLXA 1CILA 4WUPA 2Q1BA 3CA2A 4Q08A 5E2KA 4RFDA 1G48A 2NWYA 1F2WA 1YO1A 2GD8A 3MHCA 5EIJA 3KNEA 4E3HA 6CA2A 3OYQA 4G7AA 4K0SA 5FNIA 1UGAA 1CCSA 3M1QA 2NXRA 3DCWA 3EFTA 5HPJA 3MHMA 3IEOA 3F7BA 1RZDA 4KNIA 5DRSA 5EHVA 4JSZA 3MMFA 5AMLA 4Q06A 5SZ6A 4KNMA 5FNMA 4QJXA 5CACA 3KOKA 4BF6A 1CALA 1JD0A 3L14A 4FIKA 4Z1KA 2O4ZA 1CANA 3D93A 2HNCA 3PO6A 2EU2A 1HUHA 4RH2A 1TH9A 3DD0A 5G01A 4LP6A 5J8ZA 3UYQA 3Q31A 4YGFA 3BETA 3OY0A 3MNHA 3DC9A 4KUYA 3IBUA 4YGKA 1CNJA 4FVNA 3DVDA 3B4FA 5DSPA 4X5SA 1TB0X 4WUQA 3JXFA 1I8ZA 1CVAA 5SZ1A 1LZVA 4QSBA 3U47A 4Q87A 4C3TA 1V9EA 1FQLA 4QSJA 1CAMA 4ZWIA 4CACA 4HEWA 3P3JA 5E2MA 4ITOA 2FW4A 4CNRA 4QK3A 3T85A 4Z1EA 3KIGA 4XFWA 3VBDA 1ZE8A 2NXSA 1BNQA 4Z0QA 1CAJA 1RJ5A 5E5UA 1IF4A 3RYXB 2ZNCA 3M2NA 1UGGA 4JSWA 1FQMA 4Q8XA 2WD3A 4GL1X 3DA2A 1G53A 2CABA 4QJWA 3PJJA 4Q7PA 4R5AA 4QIZA 4Q09A 5FNGA 1DCBA 3LXEA 5JG3B 3M2YA 4HU1A 1I9MA 1RZCA 4WW8A 1RZEA 5FLOA 5DSMA 4QJ0A 3ZP9A 3KS3A 1OKNA 1KWQA 3N2PA 2ILIA 5EZTX 3M2ZA 4DZ7A 4YGNA 3U45X 1XEGA 5G0CA 5E2SA 2HD6A 3C7PA 1HEAA 1V9IC 1I9NA 1RJ6A 4HT0A 1YDAA 1I90A 2FNNA 2WEJA 1BNNA 1CAHA 1IF6A 2NXTA 1MOOA 5JEHB 4Q78A 4L5WA 5FLQA 1UGEA 3JXHC 1BN1A 4E9OX 4BCWA 4IDRX 4QJOA 4FRCA 3S8XA 4MTYA 3V3IB 3S73B 2NWPA 4CNXA 4YX4A 1URTA 4Q8ZA 1BNUA 2H15A 3MHLA 4KUVA 1CINA 3P5AA 3T5UA 3U7CA 3M14A 3SAPA 3MHIA 1YO0A 3RZ1B 5EKHA 1CCUA 1ZSCA 2EU3A 3V5GA 4YGJA 4PQ7A 4KP5A 1BNWA 2FMGA 1DMXA 5FL4A 3K2FA 5JEPB 2Q1QA 3HFPA 1ZSBA 5BYIA 4XZ5A 4Q9YA 1OKMA 3M98A 3IGPA 1LGDA 3DAZA 5BRWA 1FSRA 1LG6A 5FLTA 3JXGA 1ZH9A 3HKUA 4N0XB 4Q83A 3V2JA 4CNWA 2FOQA 5IPZA 4Q6EA 5SZ0A 4ZX1A 1XQ0A 2X7SA 3DCSA 3MZCA 4M2RA 3MNIA 3B1BA 4Q7WA 3T83A 4E5QA 4WW6A 1TG9A 4PXXA 9CA2A 1Z9YA 4R5BA 4TWLA 5DSQA 1XEVA 3RZ7A 5FL6A 2WD2A 3T5ZA 4ILXA 4Q99A 1G4OA 3P4VA 3RZ8A 2OSMA 3SAXA 1AM6A 1FQNA 1TBTX 3P3HA 2FOUA 5EKJA 1HECA 5JGSB 4M2VA 3RZ0B 2WEOA 5DSRA 4ZAOA 1LG5A 1I9OA 1KOQA 1ZNCA 1JCZA 1ZGFA 3K34A 4DZ9A 1UGBA 1BN3A 3T84A 4QK1A 1DMYA 2FNKA 2NNOA 3M2XA 1XPZA 4WL4A 4XE1A 3DCCA 2Q38A 3D92A 3KONA 2NMXA 5EH7A 3V7XA 3M04A 3S75B 4ZWXA 1CCTA 4QSAA 3ZNCA 5FNKA 3M5SA 3OILA 1BNVA 1CVHA 2POWA 3MNJA 4Z1NA 1J9WA 2CBCA 7CA2A 4UOVA 5BNLA 4ZX0A 4Z1JA 3MHOA 5DSIA 3M96A 5DSKA 4YXUA 1KWRA 3D8WA 5A25A 3HS4A 5L3OA 2POUA 4HBAA 1H9NA 1G54A 1CZMA 3D0NA 3S78B 3SBHA 4KV0A 3RYVB 3P5LA 4Q7VA 1CAIA 4G0CA 5JG5B 4L5UA 1HCBA 1MUAA 1THKA 1ZFQA 5E5RA 5EHEA 3SBIA 5AMDA 1H9QA 1BCDA 1G46A 5CJFA 1BNMA 4Q81A 3KOIA 3M5TA 1H4NA 4Q0LA 1TG3A 3CYUA 1FR4A 1CVEA 1Z93A 3BL0A 5EKMA 3EFIA 1RAZA 5FNJA 1CNWA 4QY3A 1G6VA 2FOYA 4RIVA 3S97A 3N4BA 1Z97A 3P58A 4CQ0A 5JQTA 1CNHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L5V A;  2QP6 A;  4YXI A;  4YYT A;  1BV3 A;  2CBD A;  2HKK A;  1BZM A;  2QO8 A;  3NJ9 A;  3TMJ A;  3TVO X;  3U3A X;  1BN4 A;  5DSN A;  3RG3 A;  3MNK A;  5BRV A;  5SZ3 A;  3S9T A;  4KAP A;  1G3Z A;  3M1J A;  1OKL A;  3ML2 A;  4TWM A;  5E2R A;  5EH8 A;  5FDI A;  1RZB A;  1TEU X;  5FLS A;  12CA A;  1EOU A;  1HUG A;  1G0E A;  3V3G B;  1G0F A;  1T9N A;  1RZA A;  1TE3 X;  3DD8 A;  1CNB A;  1LUG A;  3M3X A;  3MNA A;  4ZWZ A;  1I9Q A;  2WEH A;  3OYS A;  4K1Q A;  4MDL A;  5DOG A;  2X7U A;  1FR7 A;  5DOH A;  4XIX A;  4E3G A;  4FL7 A;  3TVN X;  3N0N A;  3W6I A;  1FSN A;  4E3F A;  2AW1 A;  1CRA A;  3RLD A;  1FQR A;  3FW3 A;  4E4A A;  2CBE A;  2HL4 A;  2NNV A;  4CNV A;  5FL5 A;  1AZM A;  1G45 A;  2VVB X;  3T82 A;  8CA2 A;  2IT4 A;  4JS6 A;  5DSO A;  1I9L A;  3RYY A;  5LMD A;  3V3H B;  1CVB A;  4HEZ A;  4LU3 A;  5JEG B;  1I9P A;  3ML5 A;  5E2N A;  3DC3 A;  3HKT A;  5CLU A;  5E28 A;  3PYK A;  4K0T A;  4YXO A;  4QSI A;  1FLJ A;  3RZ5 A;  3KLD B;  4RUY A;  5JGT B;  2EZ7 A;  4FU5 A;  3F4X A;  4RUX A;  2NN1 A;  4MDG A;  2CA2 A;  4Q90 A;  1OQ5 A;  5FNL A;  4HEY A;  3D9Z A;  4RFC A;  1TTM A;  4ETQ C;  1UGC A;  2NNG A;  1BNT A;  4Y0J A;  5SZ7 A;  3M1K A;  1CNK A;  1HED A;  5EOI A;  4K0Z A;  3R17 B;  1JV0 A;  4CA2 A;  3S74 B;  1CAO A;  2F14 A;  4RIU A;  3OKV A;  4KUW A;  4Q7S A;  5G03 A;  5G0B A;  3IBI A;  3MWO A;  1CVD A;  2CBA A;  5FNH A;  3N3J A;  3S77 B;  1IF8 A;  5FLR A;  4JSA A;  1CNY A;  2HOC A;  5DVX A;  4Q6D A;  3V3F A;  1CNI A;  3KKX A;  3UYN A;  4Q8Y A;  3IBL A;  5DSJ A;  2FOV A;  1UGD A;  3QYK A;  1CAK A;  1CNC A;  4YHA A;  1KOP A;  3OKU A;  4R59 A;  1G4J A;  3V2M A;  4HT2 A;  4COQ A;  3FE4 A;  1TEQ X;  3F8E A;  4FVO A;  3KWA A;  1IF7 A;  3M40 A;  4QK2 A;  2FNM A;  1Y7W A;  2ABE A;  2POV A;  4MO8 A;  3MDZ A;  1BIC A;  5FDC A;  4E3D A;  1G1D A;  4FPT A;  3DVC A;  5EH5 A;  1CNG A;  4ZWY A;  1CIM A;  3HKQ A;  4E49 A;  3DBU A;  1AVN A;  5JES B;  1CVC A;  1I91 A;  3R16 A;  1CAZ A;  4PYY A;  3DV7 A;  4M2U A;  4QEF A;  3RYJ B;  4IWZ A;  1DCA A;  1IF9 A;  3RYZ A;  4YGL A;  4RUZ A;  2NWO A;  4K13 A;  3NB5 A;  4PZH A;  1YO2 A;  4RN4 A;  3BL1 A;  3P44 A;  1ZFK A;  2AX2 A;  3K7K A;  4N16 A;  2OSF A;  4JSS A;  1A42 A;  3RGE A;  4HF3 A;  1ZGE A;  1CRM A;  1ZSA A;  3DVB A;  5SZ2 A;  1CNX A;  5L6K A;  1G52 A;  4KNJ A;  1HCA A;  2H4N A;  4Q07 A;  2X7T A;  5AMG A;  5JDV B;  3CZV A;  3NI5 A;  4KNN A;  3IAI A;  4ITP A;  3S76 A;  1FSQ A;  1HVA A;  4MDM A;  4KP8 A;  3RG4 A;  3S72 B;  5SZ4 A;  2CBB A;  1KEQ A;  3MNU A;  4WR7 A;  2QOA A;  2W2J A;  2WEG A;  3CAJ A;  4BF1 A;  3F7U A;  3M67 A;  4XIW A;  2NWZ A;  1IF5 A;  3V3J A;  2NNS A;  3M5E A;  5SZ5 A;  3HKN A;  4PYX A;  5FLP A;  1CVF A;  2NN7 A;  3FFP X;  1YDD A;  3P55 A;  1YDB A;  3RJ7 A;  5CA2 A;  5BRU A;  5C8I A;  3IBN A;  4Q49 A;  3MYQ A;  1HEB A;  1UGF A;  2VVA X;  3OIM A;  1CA2 A;  4QJP A;  3S71 B;  5A6H A;  4QJM A;  4QIY A;  4YWP A;  2FMZ A;  1YDC A;  1CA3 A;  1RAY A;  3HLJ A;  2GEH A;  2HFW A;  3M1W A;  5JQ0 A;  4M2W A;  4MLT A;  4YVY A;  3OIK A;  5EHW A;  4QTL A;  2FOS A;  1CAY A;  4LHI A;  3W6H A;  3GZ0 A;  5DSL A;  4MLX A;  1CIL A;  4WUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3M5SA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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