3MHC | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__859991003169283__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__859991003169283__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3mhc/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__859991003169283__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"859991003169283","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3mhc/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__859991003169283__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Carbonic anhydrase inhibitors. The X-ray crystal structure of human isoform II in adduct with an adamantyl analogue of acetazolamide resides in a less utilized binding pocket than most hydrophobic inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	79
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-04-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3mhcA00

4Q8YA 4HEZA 4LU3A 1Y7WA 1CNGA 3OKVA 4CQ0A 3M04A 4R5BA 1BICA 4Q7WA 4R5AA 3RZ8A 1CAKA 5FLQA 3DVBA 1XQ0A 4QY3A 5EH7A 1IF5A 5EHVA 4Q6DA 4YVYA 1HCBA 3UYQA 1CVDA 1RJ5A 1HEAA 3DD8A 2HL4A 2O4ZA 5FLSA 4E9OX 3JXHC 3M96A 3BL0A 1G54A 1CNYA 4TWLA 3DBUA 1KOPA 1CRMA 2NWPA 3MHOA 1OKMA 4FRCA 1AVNA 3M1JA 2WEGA 4JSWA 5EKHA 4K13A 1IF8A 4Q09A 4HU1A 1DMYA 3ML5A 4CNXA 1FSRA 4N0XB 3K2FA 3HKQA 5DVXA 1F2WA 6CA2A 3M98A 1CVEA 4FIKA 1OKLA 5LMDA 5EKJA 3VBDA 4Q87A 3S73B 5FL4A 4PXXA 3PO6A 4YGLA 4Z1JA 2FNMA 4ZX0A 4LHIA 3T5ZA 3MNUA 3ZNCA 5FLTA 1JD0A 4HF3A 3HFPA 4ZWXA 5E2KA 3P55A 5JGTB 3M5TA 3N0NA 3RYYA 7CA2A 3V5GA 3L14A 4K1QA 4Q99A 1TB0X 4QK1A 5DSIA 3ML2A 2NNGA 3CYUA 4RUYA 2AX2A 4Q0LA 4E3GA 4QJMA 2NXRA 2FOVA 4X5SA 3M1QA 3V2JA 4Q83A 4ZWZA 1XEGA 4MDGA 4QIZA 1Z9YA 4HEWA 3RZ0B 5DSQA 4BF1A 4KV0A 3V3IB 5SZ7A 1CNKA 3IBLA 1G6VA 4ITOA 4XE1A 5FNGA 4HT2A 1CINA 3JXGA 4N16A 4E5QA 1EOUA 4Q9YA 1TEUX 2FOSA 1J9WA 5DOHA 4WW8A 3KS3A 4QTLA 1XPZA 3S9TA 3OYSA 3TVOX 1UGGA 2FW4A 5DSLA 3FW3A 3V3JA 3U47A 3MMFA 1G53A 4JSSA 1BN3A 3IGPA 3K34A 4CNRA 4KNJA 5EKMA 1THKA 5BRVA 1TEQX 2EU3A 4L5WA 5DSNA 1FSQA 4E4AA 1BNMA 2CBBA 3M2ZA 4QK3A 5AMGA 1YDAA 4WUQA 3N2PA 3SBIA 4E3FA 2NWOA 3DCCA 4KNNA 1BNVA 4MTYA 2NNOA 1I90A 3P58A 3DV7A 4KAPA 5EZTX 2ABEA 2X7UA 1I9OA 4Q07A 4E3HA 4QJWA 3KIGA 5FDIA 4RUXA 5L6KA 5AMLA 1BN1A 1CAIA 3D0NA 1A42A 4G7AA 5FNIA 2Q1QA 5FNLA 3D9ZA 5CA2A 1HECA 3MHIA 2Q1BA 1BNTA 2WEHA 3T83A 3RYZA 4JSZA 3DA2A 2VVAX 4XIWA 1UGAA 1CCTA 3HKNA 1FQLA 3RZ5A 3KLDB 1G48A 1LUGA 4YXIA 2FOYA 2CABA 3IBIA 4Q7PA 1KWRA 1Z93A 3TVNX 4BCWA 1CANA 5CLUA 4YXOA 4GL1X 3UYNA 3MHMA 3OIMA 1CVHA 1LGDA 3M67A 4Q6EA 5DSOA 3V2MA 4CNVA 1G3ZA 1TBTX 1BCDA 3QYKA 4JS6A 2F14A 4KP5A 4KNIA 1LG5A 5HPJA 5JQTA 3NB5A 4YWPA 3S78B 3S71B 2WD3A 1CALA 1UGBA 3U45X 3P4VA 1CVCA 4YGJA 2CBCA 1OQ5A 3T84A 3OY0A 1CIMA 1FR7A 2CBEA 2WD2A 4ZWIA 4FVOA 4K0SA 3BETA 4Q78A 1H4NA 2NN7A 3MNHA 1MUAA 4BF6A 1HUGA 3RG3A 1BNUA 2FNNA 5G03A 3S74B 3M5SA 2NNVA 5E2NA 2EU2A 1RAZA 3U7CA 4CNWA 4CA2A 1JCZA 4Z1EA 5CACA 3S75B 4L5UA 1G4OA 3W6IA 3N3JA 1BN4A 1CA3A 4FU5A 5L3OA 5BYIA 5C8IA 5IPZA 4C3TA 3S8XA 5E5UA 1UGCA 3V3GB 3RLDA 3HS4A 2POUA 1TG9A 3P44A 4RN4A 5CJFA 3D92A 4K0TA 4YGNA 3MHLA 5A25A 2QO8A 4HBAA 1BNQA 1FLJA 4M2RA 4RH2A 5DSPA 3OILA 3CZVA 5EHWA 4MDLA 4YHAA 1ZFQA 2POVA 3M2NA 1RAYA 4DZ9A 5E2MA 2CBDA 2HFWA 1CVFA 5FDCA 1KWQA 3KWAA 3ZP9A 5J8ZA 4QJXA 3S72B 2VVBX 5DRSA 2NMXA 5E2RA 4YXUA 1TE3X 4QK2A 4KP8A 2IT4A 1ZH9A 5G0BA 1BNWA 1RZDA 5FNHA 1I9LA 5JEPB 4HEYA 3U3AX 5SZ5A 5JEGB 4COQA 1CVAA 3M14A 2EZ7A 3F7BA 2ZNCA 3KKXA 1G0FA 3NJ9A 5E5RA 4FL7A 1ZSBA 1IF4A 4WUPA 3KNEA 2HNCA 3V3HB 1T9NA 1YO2A 1HVAA 1YO0A 4FVNA 4UOVA 4RUZA 4ZX1A 4WW6A 2Q38A 3FE4A 1ZFKA 3P5LA 1ZNCA 3KONA 2X7SA 4ITPA 1CNXA 3DAZA 1G45A 5FLPA 3HKUA 1HCAA 2GD8A 5EH5A 5A6HA 5DSMA 3M2XA 3DVCA 1I8ZA 3OYQA 1RZAA 2QOAA 1CNJA 1G4JA 4L5VA 3SAPA 3W6HA 3MDZA 3S77B 1CZMA 2NXTA 5BNLA 1G46A 1YDDA 1I9MA 4IDRX 4TWMA 3MWOA 4ILXA 5JEHB 1BNNA 4PQ7A 3B4FA 4QSIA 4FPTA 3RYVB 1Z97A 2GEHA 2WEOA 5BRWA 8CA2A 3CA2A 1V9EA 3P3JA 3M2YA 4MO8A 1ZGFA 4YGFA 1FQMA 4YGKA 1HEDA 1ZSAA 3F4XA 1TTMA 1YDCA 5SZ1A 12CAA 4RFDA 1BZMA 1CNCA 3CAJA 4QJOA 3MNKA 1KOQA 3RZ7A 4Q90A 1TG3A 4XIXA 1ZGEA 3PYKA 4Q7SA 4Q06A 1H9NA 1FSNA 1H9QA 3DC3A 5DSRA 5BRUA 5JESB 3RZ1B 9CA2A 1IF7A 3JXFA 5SZ0A 3RYJB 2HKKA 4K0ZA 4Z0QA 4ETQC 1FQRA 1CAOA 1UGEA 3F8EA 4CACA 3B1BA 4Q7VA 1I9PA 1URTA 1G0EA 2ILIA 3LXEA 3P5AA 1CNIA 1RZEA 4E49A 1CAZA 2WEJA 1IF6A 1CNHA 3OIKA 3BL1A 2FOQA 3M3XA 1DCAA 3RG4A 5FLOA 1HEBA 5JG5B 1YO1A 1I9NA 3EFIA 1CAYA 2NWZA 3IEOA 2FMZA 5SZ4A 2HOCA 1CVBA 2AW1A 1CA2A 3C7PA 5EIJA 4QSAA 3MHCA 1TH9A 5EH8A 3S76A 3D93A 3HKTA 1UGDA 4Y0JA 3T82A 3R17B 1RZBA 1KEQA 3NI5A 3DVDA 4R59A 3Q31A 5G01A 3V3FA 4PYXA 1CAMA 2CA2A 1CCUA 1YDBA 1HUHA 3M1KA 5SZ3A 3MYQA 4RFCA 4Z1NA 5SZ2A 1CNWA 2H4NA 1V9IC 3KOKA 4DZ7A 4LP6A 1AZMA 4JSAA 4KUVA 5FL6A 5E28A 2QP6A 1DMXA 5DSJA 4M2UA 5FNKA 3P3HA 1FQNA 2FOUA 1CNBA 4KUYA 3K7KA 4G0CA 5JQ0A 4Q08A 4KNMA 3HLJA 4QSJA 5SZ6A 3DC9A 5E2SA 1CAJA 3IBUA 4PYYA 1I9QA 4RIVA 3RJ7A 3OKUA 5JGSB 4PZHA 3F7UA 4M2VA 3IBNA 4QJ0A 3D8WA 4MDMA 2HD6A 2X7TA 1ZSCA 2W2JA 4WR7A 2CBAA 3MZCA 4Q8XA 5FNJA 2OSFA 1FR4A 3MNJA 4MLXA 4WL4A 2NN1A 1CRAA 3MNAA 3GZ0A 3RYXB 1G52A 4QSBA 1UGFA 1OKNA 1BV3A 3RGEA 5AMDA 1AM6A 2NXSA 1LG6A 5EOIA 5FLRA 3T5UA 4KUWA 2H15A 1RZCA 4XZ5A 2FNKA 4HT0A 3SAXA 3M1WA 4RIUA 4MLTA 3DCWA 5G0CA 4QJPA 3DD0A 3KOIA 3M5EA 2NWYA 4ZWYA 5JG3B 1IF9A 3S97A 1DCBA 1G1DA 3R16A 4Q8ZA 4YX4A 5FNMA 1ZE8A 2NNSA 1RJ6A 4IWZA 3V7XA 1XEVA 3FFPX 4YYTA 4Q81A 4Q49A 3T85A 5EHEA 4QEFA 3DCSA 4XFWA 3M40A 3PJJA 5DOGA 1LZVA 3SBHA 4QIYA 2OSMA 5FL5A 2FMGA 1I91A 1CAHA 2POWA 4ZAOA 1CCSA 4M2WA 5DSKA 3N4BA 1CILA 4Z1KA 4E3DA 5JDVB 1JV0A 3EFTA 3TMJA 3MNIA 1MOOA 3IAIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q8Y A;  4HEZ A;  4LU3 A;  1Y7W A;  1CNG A;  3OKV A;  4CQ0 A;  3M04 A;  4R5B A;  1BIC A;  4Q7W A;  4R5A A;  3RZ8 A;  1CAK A;  5FLQ A;  3DVB A;  1XQ0 A;  4QY3 A;  5EH7 A;  1IF5 A;  5EHV A;  4Q6D A;  4YVY A;  1HCB A;  3UYQ A;  1CVD A;  1RJ5 A;  1HEA A;  3DD8 A;  2HL4 A;  2O4Z A;  5FLS A;  4E9O X;  3JXH C;  3M96 A;  3BL0 A;  1G54 A;  1CNY A;  4TWL A;  3DBU A;  1KOP A;  1CRM A;  2NWP A;  3MHO A;  1OKM A;  4FRC A;  1AVN A;  3M1J A;  2WEG A;  4JSW A;  5EKH A;  4K13 A;  1IF8 A;  4Q09 A;  4HU1 A;  1DMY A;  3ML5 A;  4CNX A;  1FSR A;  4N0X B;  3K2F A;  3HKQ A;  5DVX A;  1F2W A;  6CA2 A;  3M98 A;  1CVE A;  4FIK A;  1OKL A;  5LMD A;  5EKJ A;  3VBD A;  4Q87 A;  3S73 B;  5FL4 A;  4PXX A;  3PO6 A;  4YGL A;  4Z1J A;  2FNM A;  4ZX0 A;  4LHI A;  3T5Z A;  3MNU A;  3ZNC A;  5FLT A;  1JD0 A;  4HF3 A;  3HFP A;  4ZWX A;  5E2K A;  3P55 A;  5JGT B;  3M5T A;  3N0N A;  3RYY A;  7CA2 A;  3V5G A;  3L14 A;  4K1Q A;  4Q99 A;  1TB0 X;  4QK1 A;  5DSI A;  3ML2 A;  2NNG A;  3CYU A;  4RUY A;  2AX2 A;  4Q0L A;  4E3G A;  4QJM A;  2NXR A;  2FOV A;  4X5S A;  3M1Q A;  3V2J A;  4Q83 A;  4ZWZ A;  1XEG A;  4MDG A;  4QIZ A;  1Z9Y A;  4HEW A;  3RZ0 B;  5DSQ A;  4BF1 A;  4KV0 A;  3V3I B;  5SZ7 A;  1CNK A;  3IBL A;  1G6V A;  4ITO A;  4XE1 A;  5FNG A;  4HT2 A;  1CIN A;  3JXG A;  4N16 A;  4E5Q A;  1EOU A;  4Q9Y A;  1TEU X;  2FOS A;  1J9W A;  5DOH A;  4WW8 A;  3KS3 A;  4QTL A;  1XPZ A;  3S9T A;  3OYS A;  3TVO X;  1UGG A;  2FW4 A;  5DSL A;  3FW3 A;  3V3J A;  3U47 A;  3MMF A;  1G53 A;  4JSS A;  1BN3 A;  3IGP A;  3K34 A;  4CNR A;  4KNJ A;  5EKM A;  1THK A;  5BRV A;  1TEQ X;  2EU3 A;  4L5W A;  5DSN A;  1FSQ A;  4E4A A;  1BNM A;  2CBB A;  3M2Z A;  4QK3 A;  5AMG A;  1YDA A;  4WUQ A;  3N2P A;  3SBI A;  4E3F A;  2NWO A;  3DCC A;  4KNN A;  1BNV A;  4MTY A;  2NNO A;  1I90 A;  3P58 A;  3DV7 A;  4KAP A;  5EZT X;  2ABE A;  2X7U A;  1I9O A;  4Q07 A;  4E3H A;  4QJW A;  3KIG A;  5FDI A;  4RUX A;  5L6K A;  5AML A;  1BN1 A;  1CAI A;  3D0N A;  1A42 A;  4G7A A;  5FNI A;  2Q1Q A;  5FNL A;  3D9Z A;  5CA2 A;  1HEC A;  3MHI A;  2Q1B A;  1BNT A;  2WEH A;  3T83 A;  3RYZ A;  4JSZ A;  3DA2 A;  2VVA X;  4XIW A;  1UGA A;  1CCT A;  3HKN A;  1FQL A;  3RZ5 A;  3KLD B;  1G48 A;  1LUG A;  4YXI A;  2FOY A;  2CAB A;  3IBI A;  4Q7P A;  1KWR A;  1Z93 A;  3TVN X;  4BCW A;  1CAN A;  5CLU A;  4YXO A;  4GL1 X;  3UYN A;  3MHM A;  3OIM A;  1CVH A;  1LGD A;  3M67 A;  4Q6E A;  5DSO A;  3V2M A;  4CNV A;  1G3Z A;  1TBT X;  1BCD A;  3QYK A;  4JS6 A;  2F14 A;  4KP5 A;  4KNI A;  1LG5 A;  5HPJ A;  5JQT A;  3NB5 A;  4YWP A;  3S78 B;  3S71 B;  2WD3 A;  1CAL A;  1UGB A;  3U45 X;  3P4V A;  1CVC A;  4YGJ A;  2CBC A;  1OQ5 A;  3T84 A;  3OY0 A;  1CIM A;  1FR7 A;  2CBE A;  2WD2 A;  4ZWI A;  4FVO A;  4K0S A;  3BET A;  4Q78 A;  1H4N A;  2NN7 A;  3MNH A;  1MUA A;  4BF6 A;  1HUG A;  3RG3 A;  1BNU A;  2FNN A;  5G03 A;  3S74 B;  3M5S A;  2NNV A;  5E2N A;  2EU2 A;  1RAZ A;  3U7C A;  4CNW A;  4CA2 A;  1JCZ A;  4Z1E A;  5CAC A;  3S75 B;  4L5U A;  1G4O A;  3W6I A;  3N3J A;  1BN4 A;  1CA3 A;  4FU5 A;  5L3O A;  5BYI A;  5C8I A;  5IPZ A;  4C3T A;  3S8X A;  5E5U A;  1UGC A;  3V3G B;  3RLD A;  3HS4 A;  2POU A;  1TG9 A;  3P44 A;  4RN4 A;  5CJF A;  3D92 A;  4K0T A;  4YGN A;  3MHL A;  5A25 A;  2QO8 A;  4HBA A;  1BNQ A;  1FLJ A;  4M2R A;  4RH2 A;  5DSP A;  3OIL A;  3CZV A;  5EHW A;  4MDL A;  4YHA A;  1ZFQ A;  2POV A;  3M2N A;  1RAY A;  4DZ9 A;  5E2M A;  2CBD A;  2HFW A;  1CVF A;  5FDC A;  1KWQ A;  3KWA A;  3ZP9 A;  5J8Z A;  4QJX A;  3S72 B;  2VVB X;  5DRS A;  2NMX A;  5E2R A;  4YXU A;  1TE3 X;  4QK2 A;  4KP8 A;  2IT4 A;  1ZH9 A;  5G0B A;  1BNW A;  1RZD A;  5FNH A;  1I9L A;  5JEP B;  4HEY A;  3U3A X;  5SZ5 A;  5JEG B;  4COQ A;  1CVA A;  3M14 A;  2EZ7 A;  3F7B A;  2ZNC A;  3KKX A;  1G0F A;  3NJ9 A;  5E5R A;  4FL7 A;  1ZSB A;  1IF4 A;  4WUP A;  3KNE A;  2HNC A;  3V3H B;  1T9N A;  1YO2 A;  1HVA A;  1YO0 A;  4FVN A;  4UOV A;  4RUZ A;  4ZX1 A;  4WW6 A;  2Q38 A;  3FE4 A;  1ZFK A;  3P5L A;  1ZNC A;  3KON A;  2X7S A;  4ITP A;  1CNX A;  3DAZ A;  1G45 A;  5FLP A;  3HKU A;  1HCA A;  2GD8 A;  5EH5 A;  5A6H A;  5DSM A;  3M2X A;  3DVC A;  1I8Z A;  3OYQ A;  1RZA A;  2QOA A;  1CNJ A;  1G4J A;  4L5V A; 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3MHCA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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