3ML5 | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	262
structure length	262
Chain Sequence	GHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPIAQGDRQSPINIISSQAVYSPSLQPLELSYEACMSLSITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLEGPYRLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSELHLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFLETGDEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSCFNPKSLLPASRHYWTYPGSLTTPPLSESVTWIVLREPISISERQMGKFRSLLFTSEDDERIHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__048684079872179__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__048684079872179__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ml5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__048684079872179__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"048684079872179","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ml5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__048684079872179__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cff8fb40d0768f53743d207/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cff8fb40d0768f53743d207/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cff8fb40d0768f53743d207/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cff8fb40d0768f53743d207/pdb.gz): 83 ms

reading 262 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

262 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:261});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of the C183S/C217S mutant of human CA VII in complex with acetazolamide pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 7
total genus	75
structure length	262
sequence length	262
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-04-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3ml5A00

3MNUA 5DSRA 3RZ5A 1IF7A 3NI5A 5SZ4A 4MTYA 1FQNA 4GL1X 5SZ6A 3EFIA 3U7CA 3N4BA 4QSAA 4MDMA 4CA2A 2X7SA 2FMZA 1CAOA 4KUVA 5FL6A 1BZMA 1UGFA 1I9MA 3KWAA 1AZMA 2NNVA 1TTMA 2NMXA 1CZMA 3GZ0A 3IBUA 3M2YA 3MNJA 5AMDA 2WEGA 3BETA 1BNUA 5FNLA 1H9QA 1ZNCA 4Q09A 3MDZA 4M2WA 4QK3A 5E2NA 2W2JA 4JSWA 5JQTA 2CABA 3M14A 3RGEA 4KAPA 1CVAA 4RH2A 3R17B 4KNIA 3BL0A 3T5UA 4QJMA 4WW8A 4HEWA 3T85A 1KEQA 1UGCA 1LGDA 1FSQA 3MWOA 5SZ5A 3JXGA 5FLQA 1DCBA 2O4ZA 1UGAA 4ITOA 1BNWA 1ZGFA 2CA2A 3M40A 1FQMA 4QJ0A 1UGDA 4RN4A 3SAPA 1BN4A 1G0FA 3T84A 3KOKA 1TB0X 2EU3A 3DBUA 1AM6A 1XEVA 4E4AA 4RFCA 1ZSAA 1G1DA 2ZNCA 4PYXA 3U3AX 3V5GA 1JCZA 3S74B 1DMYA 4ZX1A 5DSPA 5FL5A 4RIUA 3OIKA 5EHWA 2EU2A 3MNKA 4WR7A 1BN1A 4QIZA 1BNMA 4YGLA 3CAJA 4IWZA 2VVAX 2X7UA 5FNIA 1CCUA 2AX2A 1UGBA 3S97A 5EZTX 2POUA 4KP5A 4KNMA 1ZH9A 4QIYA 3DD8A 4ZX0A 3MYQA 5CACA 3V3HB 5SZ0A 3SBIA 1HEAA 5E2SA 2FMGA 5DOHA 2H4NA 1CVBA 5DSKA 3D9ZA 5G01A 5E2MA 1CA3A 4RFDA 3S9TA 3KOIA 4FRCA 3K34A 3B4FA 1G3ZA 3B1BA 4Q8YA 2HFWA 1HCBA 3CYUA 1RJ6A 1CNXA 4E3DA 3MHIA 3HLJA 3DCCA 4PQ7A 4YGKA 3SAXA 1Y7WA 1OQ5A 1RZAA 2NWYA 5EIJA 5J8ZA 5E2RA 1G48A 4L5WA 4M2UA 2ABEA 1HVAA 1IF4A 4ITPA 5FLRA 3OKVA 1LG6A 3UYQA 4RIVA 2CBBA 3V2MA 1XQ0A 1TEQX 1A42A 4KP8A 4RUYA 1CVCA 4FL7A 3M67A 2WEOA 5SZ7A 3ML5A 3U47A 4PZHA 1EOUA 1BICA 1CALA 2NXRA 4Q78A 1CNCA 3S71B 4YXIA 4MDLA 5G03A 5CJFA 3FFPX 1BN3A 1CRMA 3M3XA 3PO6A 1CIMA 4Z1KA 3HKQA 4Q8XA 4Q90A 1YO0A 5EH5A 4JSSA 3MNAA 4KUWA 4E49A 1OKLA 3V3FA 4Q7VA 5JG5B 1JD0A 2HD6A 3F4XA 4K13A 1IF8A 3D0NA 4PXXA 4K0TA 1CAIA 1RJ5A 1CAMA 1CNBA 1G46A 3FW3A 4Q49A 4Q07A 3MHLA 5G0BA 5A6HA 5FLOA 1CVDA 1URTA 3ML2A 4X5SA 3NB5A 5EOIA 2FW4A 3MHOA 3TMJA 3NJ9A 1UGEA 4YYTA 3MHMA 1CVFA 3P44A 5EH7A 1HECA 4K1QA 2HKKA 3S8XA 1LUGA 5JEGB 3F7BA 1AVNA 5SZ2A 4KNNA 1CAZA 1TEUX 1FQLA 3V7XA 4Q7SA 3D8WA 3LXEA 4PYYA 4Q9YA 3KKXA 1H4NA 2HNCA 2NNSA 1KOQA 2NWZA 1BCDA 1G4JA 1FLJA 5DSIA 3CZVA 5JEHB 3N0NA 4JS6A 4QK2A 4HT0A 3IAIA 1CAJA 1DCAA 2Q38A 9CA2A 4QJWA 3M1QA 4CNWA 3M2XA 4QSJA 1G52A 4E3HA 2Q1QA 5FNKA 3VBDA 4MDGA 2QOAA 4MLTA 4Q7WA 3Q31A 2GD8A 4XZ5A 4UOVA 3K7KA 1G6VA 3N3JA 3TVNX 3ZNCA 4Q0LA 5JEPB 3P58A 4L5UA 4Q87A 3M2ZA 1FQRA 2NWPA 1RZEA 3S77B 4R59A 4QK1A 5DRSA 1CRAA 3PJJA 3OKUA 3RZ8A 4YX4A 2CBEA 1I9OA 1I90A 5C8IA 2F14A 4HU1A 3PYKA 5FNGA 4Z0QA 4E9OX 1RAYA 4N16A 1ZFQA 1G45A 4Z1JA 2FNMA 3T5ZA 1I9NA 2CBAA 4MO8A 5A25A 4KNJA 1OKMA 5CLUA 3DVBA 1CNKA 5E5RA 3MZCA 4HBAA 1CA2A 2FNNA 3S73B 4ZWYA 2NNOA 3HS4A 1TG9A 3S76A 4WW6A 3M1KA 1I9LA 3V3JA 2OSMA 2VVBX 4RUXA 3M1WA 3M5TA 4MLXA 3DA2A 3HKUA 4IDRX 4C3TA 3M1JA 4Y0JA 1CVHA 4R5BA 1HEDA 1HUHA 3HKTA 3KNEA 5DSMA 3D92A 4BF6A 5BNLA 2ILIA 3RZ7A 2Q1BA 3OYSA 4QJOA 3IBLA 3P5AA 3P55A 5SZ3A 4FIKA 5E5UA 5L3OA 1XPZA 5AMGA 5E28A 3RYXB 1CAYA 5FLTA 1HEBA 5DSNA 3U45X 5FLSA 3V3IB 1YO1A 1G0EA 1THKA 3QYKA 4K0ZA 4HT2A 1FR4A 2HOCA 2NXSA 4K0SA 2NN7A 3BL1A 5DSQA 4E5QA 3DD0A 3RYYA 5FDCA 3S72B 4DZ9A 3CA2A 5DOGA 1V9EA 1BNVA 3RJ7A 3UYNA 4LP6A 1BV3A 3T82A 3M5SA 2CBDA 4R5AA 5SZ1A 3MHCA 4YGNA 5BRWA 1YDBA 3F8EA 3P3HA 1BNTA 4KV0A 4YGJA 3M2NA 1CANA 1Z9YA 4ILXA 1DMXA 4Q8ZA 4QTLA 2FOVA 12CAA 1CCTA 4CQ0A 4XE1A 4Q99A 1CILA 2FOUA 4WUQA 1I9PA 3N2PA 4XIWA 2HL4A 6CA2A 1XEGA 4Z1EA 2FNKA 4XFWA 3W6HA 4Q08A 5EKJA 1ZSCA 2WD3A 3RYJB 4DZ7A 1IF5A 4M2VA 4Q81A 1T9NA 4JSAA 1I9QA 3K2FA 3KIGA 2EZ7A 4HEYA 4Q83A 3ZP9A 3DAZA 3DV7A 4WL4A 5DSLA 3TVOX 3HKNA 5JQ0A 3P3JA 3RZ0B 3FE4A 1FSNA 4YWPA 3L14A 5EHEA 3IBNA 4BF1A 4QSIA 1G54A 1TE3X 2GEHA 2NNGA 5BYIA 4ZWIA 4YGFA 1OKNA 1HCAA 1FSRA 2NN1A 2WD2A 3MNHA 5G0CA 4CACA 5LMDA 1CINA 4QSBA 5EKHA 4YXOA 4ZAOA 5FNJA 1H9NA 4TWLA 5BRVA 3EFTA 2POWA 1YDCA 2FOQA 5FNMA 4Z1NA 4CNXA 8CA2A 2POVA 1YDAA 3DVCA 4QEFA 2X7TA 4Q6EA 3DC9A 4Q06A 3M04A 4E3GA 1CVEA 3DCSA 3DC3A 5BRUA 2NWOA 4FVNA 2WEJA 1RZCA 1F2WA 5DSJA 3T83A 1ZFKA 4QJPA 3KS3A 3M98A 4ETQC 1KWQA 5JGSB 2IT4A 3OYQA 5FLPA 2FOSA 1CNHA 3V2JA 1I91A 3SBHA 4LHIA 5HPJA 5JESB 3C7PA 3HFPA 5IPZA 4JSZA 5FL4A 3RZ1B 4YXUA 2OSFA 5CA2A 1CNYA 3DVDA 3M96A 3R16A 4WUPA 2QP6A 4RUZA 3IEOA 3RLDA 5EH8A 3V3GB 1BNQA 3MMFA 1CNGA 3OIMA 4FU5A 3RG3A 1CNIA 1MOOA 3S78B 4N0XB 4HEZA 2NXTA 4G7AA 4QY3A 1KOPA 1CAHA 1KWRA 3KONA 3W6IA 1CAKA 1CNJA 3P5LA 3S75B 4HF3A 3IGPA 4YVYA 1TG3A 1ZGEA 4ZWZA 3RYVB 1CNWA 5EKMA 4FPTA 1HUGA 5EHVA 5AMLA 1G53A 1I8ZA 4KUYA 3P4VA 2CBCA 4LU3A 5JDVB 1V9IC 1YDDA 3RYZA 4Q7PA 4COQA 3MNIA 1ZE8A 4QJXA 4FVOA 5FDIA 3DCWA 4Q6DA 1YO2A 3JXHC 4CNRA 1IF6A 2QO8A 1ZSBA 1Z93A 1TH9A 2FOYA 3F7UA 1MUAA 1RAZA 3M5EA 4E3FA 1CCSA 4L5VA 7CA2A 5JG3B 4CNVA 4ZWXA 1BNNA 5FNHA 1IF9A 1LG5A 5JGTB 2H15A 5L6KA 1FR7A 5DVXA 3KLDB 1LZVA 1G4OA 4G0CA 3IBIA 1RZDA 2AW1A 3OILA 5DSOA 4XIXA 4M2RA 4BCWA 4YHAA 1TBTX 3D93A 4TWMA 1J9WA 1Z97A 1UGGA 2WEHA 3OY0A 3RG4A 5E2KA 3JXFA 1JV0A 1RZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MNU A;  5DSR A;  3RZ5 A;  1IF7 A;  3NI5 A;  5SZ4 A;  4MTY A;  1FQN A;  4GL1 X;  5SZ6 A;  3EFI A;  3U7C A;  3N4B A;  4QSA A;  4MDM A;  4CA2 A;  2X7S A;  2FMZ A;  1CAO A;  4KUV A;  5FL6 A;  1BZM A;  1UGF A;  1I9M A;  3KWA A;  1AZM A;  2NNV A;  1TTM A;  2NMX A;  1CZM A;  3GZ0 A;  3IBU A;  3M2Y A;  3MNJ A;  5AMD A;  2WEG A;  3BET A;  1BNU A;  5FNL A;  1H9Q A;  1ZNC A;  4Q09 A;  3MDZ A;  4M2W A;  4QK3 A;  5E2N A;  2W2J A;  4JSW A;  5JQT A;  2CAB A;  3M14 A;  3RGE A;  4KAP A;  1CVA A;  4RH2 A;  3R17 B;  4KNI A;  3BL0 A;  3T5U A;  4QJM A;  4WW8 A;  4HEW A;  3T85 A;  1KEQ A;  1UGC A;  1LGD A;  1FSQ A;  3MWO A;  5SZ5 A;  3JXG A;  5FLQ A;  1DCB A;  2O4Z A;  1UGA A;  4ITO A;  1BNW A;  1ZGF A;  2CA2 A;  3M40 A;  1FQM A;  4QJ0 A;  1UGD A;  4RN4 A;  3SAP A;  1BN4 A;  1G0F A;  3T84 A;  3KOK A;  1TB0 X;  2EU3 A;  3DBU A;  1AM6 A;  1XEV A;  4E4A A;  4RFC A;  1ZSA A;  1G1D A;  2ZNC A;  4PYX A;  3U3A X;  3V5G A;  1JCZ A;  3S74 B;  1DMY A;  4ZX1 A;  5DSP A;  5FL5 A;  4RIU A;  3OIK A;  5EHW A;  2EU2 A;  3MNK A;  4WR7 A;  1BN1 A;  4QIZ A;  1BNM A;  4YGL A;  3CAJ A;  4IWZ A;  2VVA X;  2X7U A;  5FNI A;  1CCU A;  2AX2 A;  1UGB A;  3S97 A;  5EZT X;  2POU A;  4KP5 A;  4KNM A;  1ZH9 A;  4QIY A;  3DD8 A;  4ZX0 A;  3MYQ A;  5CAC A;  3V3H B;  5SZ0 A;  3SBI A;  1HEA A;  5E2S A;  2FMG A;  5DOH A;  2H4N A;  1CVB A;  5DSK A;  3D9Z A;  5G01 A;  5E2M A;  1CA3 A;  4RFD A;  3S9T A;  3KOI A;  4FRC A;  3K34 A;  3B4F A;  1G3Z A;  3B1B A;  4Q8Y A;  2HFW A;  1HCB A;  3CYU A;  1RJ6 A;  1CNX A;  4E3D A;  3MHI A;  3HLJ A;  3DCC A;  4PQ7 A;  4YGK A;  3SAX A;  1Y7W A;  1OQ5 A;  1RZA A;  2NWY A;  5EIJ A;  5J8Z A;  5E2R A;  1G48 A;  4L5W A;  4M2U A;  2ABE A;  1HVA A;  1IF4 A;  4ITP A;  5FLR A;  3OKV A;  1LG6 A;  3UYQ A;  4RIV A;  2CBB A;  3V2M A;  1XQ0 A;  1TEQ X;  1A42 A;  4KP8 A;  4RUY A;  1CVC A;  4FL7 A;  3M67 A;  2WEO A;  5SZ7 A;  3ML5 A;  3U47 A;  4PZH A;  1EOU A;  1BIC A;  1CAL A;  2NXR A;  4Q78 A;  1CNC A;  3S71 B;  4YXI A;  4MDL A;  5G03 A;  5CJF A;  3FFP X;  1BN3 A;  1CRM A;  3M3X A;  3PO6 A;  1CIM A;  4Z1K A;  3HKQ A;  4Q8X A;  4Q90 A;  1YO0 A;  5EH5 A;  4JSS A;  3MNA A;  4KUW A;  4E49 A;  1OKL A;  3V3F A;  4Q7V A;  5JG5 B;  1JD0 A;  2HD6 A;  3F4X A;  4K13 A;  1IF8 A;  3D0N A;  4PXX A;  4K0T A;  1CAI A;  1RJ5 A;  1CAM A;  1CNB A;  1G46 A;  3FW3 A;  4Q49 A;  4Q07 A;  3MHL A;  5G0B A;  5A6H A;  5FLO A;  1CVD A;  1URT A;  3ML2 A;  4X5S A;  3NB5 A;  5EOI A;  2FW4 A;  3MHO A;  3TMJ A;  3NJ9 A;  1UGE A;  4YYT A;  3MHM A;  1CVF A;  3P44 A;  5EH7 A;  1HEC A;  4K1Q A;  2HKK A;  3S8X A;  1LUG A;  5JEG B;  3F7B A;  1AVN A;  5SZ2 A;  4KNN A;  1CAZ A;  1TEU X;  1FQL A;  3V7X A;  4Q7S A;  3D8W A;  3LXE A;  4PYY A;  4Q9Y A;  3KKX A;  1H4N A;  2HNC A;  2NNS A;  1KOQ A;  2NWZ A;  1BCD A;  1G4J A;  1FLJ A;  5DSI A;  3CZV A;  5JEH B;  3N0N A;  4JS6 A;  4QK2 A;  4HT0 A;  3IAI A;  1CAJ A;  1DCA A;  2Q38 A;  9CA2 A;  4QJW A;  3M1Q A;  4CNW A;  3M2X A;  4QSJ A;  1G52 A;  4E3H A;  2Q1Q A;  5FNK A;  3VBD A;  4MDG A;  2QOA A;  4MLT A;  4Q7W A;  3Q31 A;  2GD8 A;  4XZ5 A;  4UOV A;  3K7K A;  1G6V A;  3N3J A;  3TVN X;  3ZNC A;  4Q0L A; 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3ML5A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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