3MNJ | Genus

Total Genus 74

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTEGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__223076996952378__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__223076996952378__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3mnj/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__223076996952378__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"223076996952378","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3mnj/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__223076996952378__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Proton transport
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural and kinetic study of the extended active site for proton transfer in human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	74
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-04-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3mnjA00

3SBHA 4DZ9A 3KOIA 4QJWA 3BETA 1Z93A 1YO2A 2ABEA 3SBIA 3HKUA 4XFWA 2VVAX 4Q08A 3S77B 2O4ZA 3S73B 3M2ZA 3MHCA 4MLXA 4Q8ZA 4CQ0A 3CZVA 4YXIA 4K1QA 1OQ5A 4Z1JA 4Q7SA 5DSMA 5AMGA 3S8XA 1I9LA 1F2WA 3DC3A 4X5SA 3OILA 4QY3A 4L5WA 3F4XA 3S97A 4WL4A 3HLJA 1TG3A 3D93A 5IPZA 5E2MA 4KNJA 3PO6A 1HEDA 4UOVA 1CRAA 4RFDA 1RZEA 1TB0X 4XZ5A 3MNUA 4BF1A 3NJ9A 3RZ1B 1CNCA 4PYXA 4CACA 3KS3A 2EU2A 4ZWXA 1I9OA 1KWQA 3R16A 5SZ2A 1MUAA 1CNHA 1ZGEA 1XEVA 3MYQA 1RAYA 1ZSCA 4Q7WA 3KWAA 5LMDA 1HCBA 1XQ0A 1BNVA 1DCAA 5DSQA 5J8ZA 3S71B 4E3HA 1CCUA 1IF8A 2CBEA 4YVYA 1HEBA 4Q8YA 3D8WA 4RIUA 4YGKA 4QJPA 1CAKA 1G52A 3P58A 4M2UA 4QSJA 2NNGA 3HFPA 2QOAA 4KUVA 1BN1A 3K7KA 5EHVA 5FNLA 3S75B 5DSPA 3JXHC 5EH8A 4KV0A 2ILIA 2NXTA 4Q99A 4RH2A 5C8IA 1AVNA 5EKHA 1RZCA 1BZMA 4KNNA 4KAPA 3DVBA 2NN1A 1G6VA 1LG5A 3C7PA 1JV0A 1OKNA 3CAJA 3DD8A 3M96A 3V7XA 1CAJA 6CA2A 4Z1KA 2GEHA 2HKKA 3BL0A 3MZCA 2HFWA 4YGNA 1BNUA 1BN3A 4JSZA 4FVNA 4LU3A 5FNIA 5E2NA 3RYXB 3OKUA 3MHOA 3MHMA 3P5LA 5JEHB 3V5GA 3B4FA 3T5UA 4Q7VA 1CNXA 1YDBA 3DD0A 3RZ0B 1FQNA 4RFCA 3DC9A 3M5EA 5A6HA 1G0FA 1H4NA 1A42A 4FVOA 3RYVB 3JXGA 4HU1A 1CAYA 3IBNA 3PJJA 3OY0A 1CNYA 1AZMA 4Q6EA 3MHLA 4IWZA 3EFTA 5JGTB 1RZAA 1YO1A 3U7CA 3RZ5A 4KUWA 2CBBA 2CABA 4ILXA 1ZNCA 4R5BA 1HECA 1RZBA 4MDLA 3RYZA 3OKVA 2HOCA 4E4AA 2NXSA 4Z1EA 5JEGB 2FW4A 3HS4A 1CAMA 3ZNCA 4WR7A 5FLTA 5DOHA 5SZ6A 3F7UA 2NWYA 1FSQA 1CA3A 1V9EA 4MDMA 2FMGA 3P4VA 1G53A 3CYUA 4ZWZA 3S9TA 3RYJB 3UYNA 1DMXA 5FLQA 4Q07A 5L6KA 1ZGFA 5BRUA 2CA2A 3DBUA 4FIKA 1I90A 2CBAA 4E3FA 1HEAA 4QIYA 2AX2A 3N2PA 1BNWA 2FMZA 3B1BA 3IBLA 3OYQA 2OSFA 1HCAA 4QIZA 5BRVA 5E2RA 2FNMA 4N0XB 4Q81A 5FNKA 4ETQC 3T83A 2WEGA 3M5TA 5DSRA 7CA2A 1KOPA 3RZ7A 5JEPB 1LUGA 1CINA 1CVDA 1ZFKA 2NXRA 4LP6A 3P3HA 3IEOA 3RYYA 5DSKA 4Q90A 3V3HB 2QO8A 2NWZA 5DSLA 4QJMA 2FOYA 3D0NA 1G1DA 1HVAA 3F7BA 4C3TA 2NWOA 3F8EA 3M40A 2HNCA 4N16A 5E2KA 4E5QA 1CRMA 1CAZA 1T9NA 2HL4A 3UYQA 4KP8A 3MWOA 3PYKA 4HT0A 4XIXA 4E3DA 1FQRA 4L5UA 3GZ0A 1TTMA 3OIMA 1I9MA 2X7UA 4YGJA 1CVCA 3V2MA 3NB5A 1FSNA 4TWMA 4Q9YA 3V2JA 1Z9YA 4HEZA 3DVCA 3M1QA 3U47A 4FL7A 9CA2A 1XEGA 3K34A 1UGCA 5FL6A 1CNWA 1BN4A 1G4JA 4QK2A 3IBIA 1HUGA 1UGGA 4Q87A 2X7SA 1CIMA 1CNGA 2POWA 1IF6A 3S76A 1FLJA 1I9QA 5DRSA 1MOOA 3KONA 4WUPA 4HBAA 3M04A 4YGLA 5HPJA 5FLPA 3M67A 3U45X 1URTA 5G03A 2FOQA 1YDDA 4Q49A 2AW1A 5DVXA 5SZ7A 4KNIA 1ZSAA 4QTLA 1ZSBA 1YDAA 5BNLA 1AM6A 3ML5A 1UGBA 4BCWA 5FNMA 3IGPA 2H15A 3IBUA 5E28A 1CVEA 2NMXA 5SZ5A 3HKQA 1H9QA 5E5RA 2Q1QA 4HEWA 4Z1NA 4KP5A 1J9WA 4ITPA 3KLDB 1IF5A 3SAXA 3ZP9A 1CAIA 3P5AA 1RZDA 4WW6A 3M1JA 3S78B 4Q06A 3V3GB 2NWPA 3DCCA 4YX4A 5JG5B 5SZ3A 1H9NA 3M2XA 2EU3A 5FDIA 3DV7A 3TVNX 3HKTA 4CNXA 4M2WA 1TE3X 3RG3A 4QSAA 5FNJA 1IF4A 1THKA 4K13A 1YDCA 5EKJA 1G46A 5CJFA 1I9NA 3KOKA 3MNKA 4QK3A 4K0SA 1UGEA 3RJ7A 1KWRA 5BYIA 5JGSB 2CBCA 2NN7A 1KOQA 2WEOA 4Q09A 2W2JA 4Q8XA 2Q38A 4MTYA 4CNWA 1UGFA 3K2FA 1ZH9A 2IT4A 5JDVB 1BV3A 4ZAOA 4ITOA 3LXEA 2POUA 4KUYA 3ML2A 5JQTA 2H4NA 4K0TA 3P3JA 4YGFA 5E5UA 5CACA 4ZWYA 3NI5A 1LZVA 4XIWA 4QK1A 4ZX1A 5EZTX 1TG9A 3FW3A 1OKLA 3EFIA 4TWLA 4FRCA 5FL4A 4K0ZA 3OIKA 2NNSA 4KNMA 1CVFA 2HD6A 4QJXA 4RUZA 3T84A 4YYTA 5DSNA 1LG6A 4Q7PA 4HEYA 3TVOX 2FOVA 1CILA 4YXOA 3SAPA 3JXFA 1IF9A 3OYSA 1G48A 1CNKA 5EH7A 3KKXA 1BNQA 1CVBA 2FNNA 4JSAA 1CNIA 4YXUA 3N4BA 1JD0A 2WD2A 3KNEA 4GL1X 1FR7A 3D9ZA 1HUHA 5A25A 2NNOA 1BICA 3MNJA 1CCSA 1CVHA 4QJOA 1ZE8A 3W6HA 1DMYA 4FU5A 1CNJA 4PXXA 5G0CA 3P44A 4E49A 1TBTX 3QYKA 4IDRX 1IF7A 1XPZA 4Q0LA 4MDGA 4QEFA 4WW8A 4E3GA 3MHIA 1RAZA 5DOGA 12CAA 4LHIA 3CA2A 3HKNA 3T5ZA 3Q31A 1UGAA 1I9PA 1CVAA 2EZ7A 5JQ0A 1FR4A 4MLTA 3DVDA 4E9OX 1TH9A 2CBDA 4JSSA 1CAHA 3M98A 4JS6A 4QJ0A 4Y0JA 4PYYA 4JSWA 4COQA 4CNRA 4R59A 3M5SA 5JESB 3M14A 4CA2A 5JG3B 3MNAA 4QSBA 5EOIA 3V3JA 4FPTA 5G0BA 5EH5A 3P55A 2F14A 5FLSA 1BNNA 1CZMA 1OKMA 1BCDA 5AMDA 1I8ZA 4ZX0A 3DA2A 1BNMA 2WEHA 2X7TA 3IAIA 4ZWIA 3R17B 4PZHA 4YWPA 1CALA 5EHEA 3KIGA 5BRWA 2WD3A 1RJ6A 4HF3A 3M1WA 1G45A 5CA2A 1ZFQA 4RUYA 3L14A 5FNHA 3M2NA 4MO8A 5FLOA 3BL1A 2ZNCA 3N3JA 3W6IA 1BNTA 2NNVA 1CAOA 1V9IC 4M2VA 5AMLA 8CA2A 1G3ZA 3MDZA 3U3AX 4YHAA 5EKMA 1YO0A 4Z0QA 4XE1A 3D92A 3T82A 3RGEA 3DCWA 5FDCA 4L5VA 1CNBA 5L3OA 1FQLA 3VBDA 1FQMA 5DSOA 2VVBX 4RIVA 3MNHA 4G0CA 2POVA 1CCTA 1G4OA 4PQ7A 3T85A 1RJ5A 1TEUX 5EHWA 1I91A 3RZ8A 1DCBA 1G54A 5DSJA 3MNIA 5E2SA 3M1KA 5EIJA 1JCZA 4BF6A 1UGDA 1Y7WA 2WEJA 4WUQA 4HT2A 3RLDA 5CLUA 3S72B 4Q83A 2QP6A 5FLRA 3M2YA 1Z97A 3RG4A 4Q78A 3N0NA 2FOSA 3MMFA 3S74B 4DZ7A 1LGDA 5SZ0A 4CNVA 1FSRA 2OSMA 1CA2A 4Q6DA 4RN4A 3M3XA 5G01A 3DAZA 1TEQX 3TMJA 1G0EA 5SZ4A 4R5AA 2FOUA 2FNKA 5FL5A 3FFPX 4RUXA 3FE4A 1KEQA 5SZ1A 3V3FA 2Q1BA 3V3IB 2GD8A 4M2RA 1CANA 3DCSA 4G7AA 5FNGA 5DSIA 4QSIA 1EOUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SBH A;  4DZ9 A;  3KOI A;  4QJW A;  3BET A;  1Z93 A;  1YO2 A;  2ABE A;  3SBI A;  3HKU A;  4XFW A;  2VVA X;  4Q08 A;  3S77 B;  2O4Z A;  3S73 B;  3M2Z A;  3MHC A;  4MLX A;  4Q8Z A;  4CQ0 A;  3CZV A;  4YXI A;  4K1Q A;  1OQ5 A;  4Z1J A;  4Q7S A;  5DSM A;  5AMG A;  3S8X A;  1I9L A;  1F2W A;  3DC3 A;  4X5S A;  3OIL A;  4QY3 A;  4L5W A;  3F4X A;  3S97 A;  4WL4 A;  3HLJ A;  1TG3 A;  3D93 A;  5IPZ A;  5E2M A;  4KNJ A;  3PO6 A;  1HED A;  4UOV A;  1CRA A;  4RFD A;  1RZE A;  1TB0 X;  4XZ5 A;  3MNU A;  4BF1 A;  3NJ9 A;  3RZ1 B;  1CNC A;  4PYX A;  4CAC A;  3KS3 A;  2EU2 A;  4ZWX A;  1I9O A;  1KWQ A;  3R16 A;  5SZ2 A;  1MUA A;  1CNH A;  1ZGE A;  1XEV A;  3MYQ A;  1RAY A;  1ZSC A;  4Q7W A;  3KWA A;  5LMD A;  1HCB A;  1XQ0 A;  1BNV A;  1DCA A;  5DSQ A;  5J8Z A;  3S71 B;  4E3H A;  1CCU A;  1IF8 A;  2CBE A;  4YVY A;  1HEB A;  4Q8Y A;  3D8W A;  4RIU A;  4YGK A;  4QJP A;  1CAK A;  1G52 A;  3P58 A;  4M2U A;  4QSJ A;  2NNG A;  3HFP A;  2QOA A;  4KUV A;  1BN1 A;  3K7K A;  5EHV A;  5FNL A;  3S75 B;  5DSP A;  3JXH C;  5EH8 A;  4KV0 A;  2ILI A;  2NXT A;  4Q99 A;  4RH2 A;  5C8I A;  1AVN A;  5EKH A;  1RZC A;  1BZM A;  4KNN A;  4KAP A;  3DVB A;  2NN1 A;  1G6V A;  1LG5 A;  3C7P A;  1JV0 A;  1OKN A;  3CAJ A;  3DD8 A;  3M96 A;  3V7X A;  1CAJ A;  6CA2 A;  4Z1K A;  2GEH A;  2HKK A;  3BL0 A;  3MZC A;  2HFW A;  4YGN A;  1BNU A;  1BN3 A;  4JSZ A;  4FVN A;  4LU3 A;  5FNI A;  5E2N A;  3RYX B;  3OKU A;  3MHO A;  3MHM A;  3P5L A;  5JEH B;  3V5G A;  3B4F A;  3T5U A;  4Q7V A;  1CNX A;  1YDB A;  3DD0 A;  3RZ0 B;  1FQN A;  4RFC A;  3DC9 A;  3M5E A;  5A6H A;  1G0F A;  1H4N A;  1A42 A;  4FVO A;  3RYV B;  3JXG A;  4HU1 A;  1CAY A;  3IBN A;  3PJJ A;  3OY0 A;  1CNY A;  1AZM A;  4Q6E A;  3MHL A;  4IWZ A;  3EFT A;  5JGT B;  1RZA A;  1YO1 A;  3U7C A;  3RZ5 A;  4KUW A;  2CBB A;  2CAB A;  4ILX A;  1ZNC A;  4R5B A;  1HEC A;  1RZB A;  4MDL A;  3RYZ A;  3OKV A;  2HOC A;  4E4A A;  2NXS A;  4Z1E A;  5JEG B;  2FW4 A;  3HS4 A;  1CAM A;  3ZNC A;  4WR7 A;  5FLT A;  5DOH A;  5SZ6 A;  3F7U A;  2NWY A;  1FSQ A;  1CA3 A;  1V9E A;  4MDM A;  2FMG A;  3P4V A;  1G53 A;  3CYU A;  4ZWZ A;  3S9T A;  3RYJ B;  3UYN A;  1DMX A;  5FLQ A;  4Q07 A;  5L6K A;  1ZGF A;  5BRU A;  2CA2 A;  3DBU A;  4FIK A;  1I90 A;  2CBA A;  4E3F A;  1HEA A;  4QIY A;  2AX2 A;  3N2P A;  1BNW A;  2FMZ A;  3B1B A;  3IBL A;  3OYQ A;  2OSF A;  1HCA A;  4QIZ A;  5BRV A;  5E2R A;  2FNM A;  4N0X B;  4Q81 A;  5FNK A;  4ETQ C;  3T83 A;  2WEG A;  3M5T A;  5DSR A;  7CA2 A;  1KOP A;  3RZ7 A;  5JEP B;  1LUG A;  1CIN A;  1CVD A;  1ZFK A;  2NXR A;  4LP6 A;  3P3H A;  3IEO A;  3RYY A;  5DSK A;  4Q90 A;  3V3H B;  2QO8 A;  2NWZ A;  5DSL A;  4QJM A;  2FOY A;  3D0N A;  1G1D A;  1HVA A;  3F7B A;  4C3T A;  2NWO A;  3F8E A;  3M40 A;  2HNC A;  4N16 A;  5E2K A;  4E5Q A;  1CRM A;  1CAZ A;  1T9N A;  2HL4 A;  3UYQ A;  4KP8 A;  3MWO A;  3PYK A;  4HT0 A;  4XIX A;  4E3D A;  1FQR A;  4L5U A;  3GZ0 A;  1TTM A;  3OIM A;  1I9M A;  2X7U A;  4YGJ A;  1CVC A;  3V2M A;  3NB5 A;  1FSN A;  4TWM A;  4Q9Y A;  3V2J A;  1Z9Y A;  4HEZ A;  3DVC A;  3M1Q A;  3U47 A;  4FL7 A;  9CA2 A;  1XEG A;  3K34 A;  1UGC A;  5FL6 A;  1CNW A;  1BN4 A;  1G4J A;  4QK2 A;  3IBI A;  1HUG A;  1UGG A;  4Q87 A;  2X7S A;  1CIM A;  1CNG A;  2POW A;  1IF6 A;  3S76 A;  1FLJ A;  1I9Q A;  5DRS A;  1MOO A;  3KON A;  4WUP A;  4HBA A;  3M04 A;  4YGL A;  5HPJ A;  5FLP A;  3M67 A;  3U45 X;  1URT A;  5G03 A;  2FOQ A;  1YDD A;  4Q49 A;  2AW1 A;  5DVX A;  5SZ7 A;  4KNI A;  1ZSA A;  4QTL A;  1ZSB A;  1YDA A;  5BNL A;  1AM6 A;  3ML5 A;  1UGB A;  4BCW A;  5FNM A;  3IGP A;  2H15 A;  3IBU A;  5E28 A;  1CVE A;  2NMX A;  5SZ5 A;  3HKQ A;  1H9Q A;  5E5R A;  2Q1Q A;  4HEW A;  4Z1N A;  4KP5 A;  1J9W A;  4ITP A;  3KLD B;  1IF5 A;  3SAX A;  3ZP9 A;  1CAI A;  3P5A A;  1RZD A;  4WW6 A;  3M1J A;  3S78 B;  4Q06 A;  3V3G B;  2NWP A;  3DCC A;  4YX4 A;  5JG5 B;  5SZ3 A;  1H9N A;  3M2X A;  2EU3 A;  5FDI A;  3DV7 A;  3TVN X;  3HKT A;  4CNX A;  4M2W A;  1TE3 X;  3RG3 A;  4QSA A;  5FNJ A;  1IF4 A;  1THK A;  4K13 A;  1YDC A;  5EKJ A;  1G46 A;  5CJF A;  1I9N A;  3KOK A;  3MNK A;  4QK3 A;  4K0S A;  1UGE A;  3RJ7 A;  1KWR A;  5BYI A;  5JGS B;  2CBC A;  2NN7 A;  1KOQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3MNJA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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