3NI5 | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0398105049968542__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0398105049968542__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ni5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0398105049968542__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0398105049968542","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ni5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0398105049968542__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffadd0bae43ffd6a44117e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffadd0bae43ffd6a44117e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffadd0bae43ffd6a44117e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffadd0bae43ffd6a44117e/pdb.gz): 1018 ms

reading 256 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

256 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:255});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Synthesis and crystallographic analysis of new sulfonamides incorporating NO-donating moieties with potent antiglaucoma action pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
total genus	73
structure length	256
sequence length	256
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-06-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3ni5A00

3MNKA 2ILIA 4PQ7A 4QJ0A 5DOGA 3V2JA 1OKLA 2FOQA 4RFCA 4R59A 5G03A 1OQ5A 3DC3A 4KNIA 1CAOA 3M1WA 3M14A 3RYXB 4PYYA 4LU3A 5DSPA 4Q08A 2CABA 3BL0A 2VVBX 5AMLA 1RZEA 4QJMA 1BN1A 1FR4A 1YO2A 1CAYA 4RH2A 3S76A 2H15A 4QIZA 1KWRA 1I9OA 4JSZA 4CNWA 3DV7A 3K7KA 1HVAA 4JS6A 4QJPA 1FQRA 4E3DA 2WEOA 1G48A 3DCWA 2NN1A 3RG4A 1JD0A 5CA2A 4QJXA 4XE1A 5HPJA 3JXFA 3MHCA 5SZ3A 4RIVA 1LUGA 3CA2A 3M1QA 4K0ZA 1MOOA 5EZTX 1CVAA 1CVCA 5E2MA 1UGDA 5JDVB 1ZGEA 4K1QA 3U7CA 4CNVA 3BETA 3MMFA 3P44A 1BZMA 5DSKA 5J8ZA 1BV3A 5JG3B 1DMYA 3KOKA 4K13A 3OYSA 5IPZA 5FLSA 4QSIA 4Q09A 5AMGA 4TWMA 1I9LA 4FVNA 4E3GA 1CANA 1RZCA 3CAJA 4Z1NA 1V9EA 4XZ5A 4L5WA 2FMGA 5CJFA 2O4ZA 1AVNA 3MNJA 4QSBA 1I8ZA 2WD3A 4QJOA 5DSNA 1TB0X 4LP6A 5JESB 2X7UA 5FL4A 4L5VA 1CVEA 1BNNA 4CNRA 3MNHA 1CNYA 4TWLA 5JEGB 3DC9A 3MNAA 1UGFA 4JSWA 12CAA 1KWQA 5E2KA 1CRAA 4N0XB 2GD8A 4YWPA 2W2JA 4MDMA 4FL7A 1BNTA 5EKHA 1Z9YA 3HKQA 4Q8YA 4Z1KA 4Z0QA 3S78B 4X5SA 5C8IA 3V3JA 1CA3A 1CINA 4Q78A 5DSJA 3KWAA 1A42A 3P5AA 2FNNA 3D0NA 3U3AX 2FOUA 2NMXA 3DCCA 4KUVA 3DD8A 3M2XA 4FVOA 5SZ4A 2NNVA 1TH9A 3IAIA 1CAHA 1CZMA 5DSRA 1XEVA 4ZWYA 5JEPB 1CNWA 3KOIA 3M40A 3R17B 1LGDA 5FNIA 4WL4A 3OIMA 3P5LA 5BRWA 1G6VA 3U45X 4FRCA 4MO8A 3V5GA 5G0BA 3V3GB 3M2YA 4YXIA 1ZH9A 5SZ5A 3S73B 3BL1A 5E2NA 3PO6A 4QK2A 1BNMA 3F4XA 3KKXA 3RZ8A 3RYVB 1YDCA 1AM6A 3GZ0A 5EIJA 5JGSB 4YYTA 4ITPA 2IT4A 5EH8A 1TEQX 2HL4A 2POWA 1G0FA 3TVNX 5FNMA 2HFWA 5E5UA 5AMDA 1UGEA 5BRUA 3DA2A 4Z1JA 1LZVA 1FQNA 4BF6A 2WEGA 1ZSCA 3ZNCA 1KOPA 5EKJA 2CBEA 2OSMA 3MNIA 5DVXA 4HF3A 8CA2A 5E2RA 5FLOA 1BICA 2QO8A 3NI5A 4PXXA 1G45A 2QP6A 4E9OX 4G7AA 2FNMA 3K2FA 3T83A 3P55A 5FNLA 3JXHC 4QIYA 1XQ0A 4ZWXA 4CA2A 4QSAA 1YDAA 3TMJA 5FDIA 3Q31A 5FNJA 3FW3A 5DSQA 5L3OA 3OYQA 5DSOA 3S74B 3S97A 3W6IA 2Q1QA 1ZNCA 4HT2A 2X7SA 3T84A 1I9QA 4ITOA 5SZ7A 4CNXA 4Q7WA 5FLPA 3S9TA 3P3HA 4R5AA 3M3XA 3OIKA 1CILA 1HUGA 2POUA 5FLRA 4KNMA 4HEYA 4Q6DA 2AW1A 4WW8A 3RYYA 2NNOA 4WUQA 1CRMA 3R16A 4LHIA 4PZHA 3DAZA 1LG6A 2HOCA 2AX2A 4QSJA 5E5RA 2WEHA 4Q7PA 2CBAA 3RZ5A 1CVFA 3SAPA 4PYXA 3MZCA 4RIUA 5JQ0A 3B4FA 3M2NA 4R5BA 1I90A 3HKTA 3N2PA 1HEAA 2NWYA 5FNKA 3T5UA 4DZ7A 2GEHA 3F8EA 3IBNA 1KEQA 4UOVA 3M1JA 4MTYA 1IF8A 4HU1A 1CVDA 3DVDA 1TBTX 3RZ0B 1LG5A 2ABEA 3DVBA 5SZ0A 3OILA 1RJ6A 3K34A 1BN4A 3HFPA 3F7UA 4Q07A 3HS4A 1ZE8A 3HKUA 3HKNA 4YX4A 1OKNA 1CVHA 1BN3A 3ML2A 4YGNA 1HEBA 4HEZA 3U47A 4K0TA 5L6KA 3S8XA 4ZAOA 3KNEA 3RYZA 3RGEA 4MLXA 3TVOX 1EOUA 4CQ0A 3S75B 3D9ZA 3P3JA 4XIXA 4ETQC 5G0CA 1DCBA 3ZP9A 2HKKA 3S77B 3NB5A 1CCUA 1CIMA 4KUWA 5A25A 2H4NA 1FSQA 4JSSA 3D8WA 1ZSAA 3DBUA 3KS3A 1HECA 5FDCA 3ML5A 4QEFA 3M5SA 4XFWA 5EHEA 2CBCA 1CAMA 1RZAA 2FNKA 1CALA 3MWOA 4YXOA 1Y7WA 3M98A 3N0NA 1F2WA 3MDZA 1CCTA 3M67A 4BF1A 1IF9A 4Q8XA 4M2RA 4HEWA 1OKMA 3MHMA 1XPZA 4KUYA 3S72B 1CNIA 2NXTA 3EFTA 1CVBA 1RZBA 2NXSA 5FNGA 3T5ZA 1BNUA 3N3JA 1CNCA 3M5TA 4Q7SA 1G1DA 5SZ2A 4GL1X 4FU5A 5CLUA 1DMXA 1TTMA 3MHLA 1HCAA 2POVA 3L14A 3IBLA 3CYUA 4KAPA 5SZ1A 5CACA 4M2WA 2QOAA 3V3HB 4FIKA 5FLQA 3F7BA 5E28A 1CNBA 4MDLA 4E4AA 4E5QA 5DSIA 4ZWZA 3PYKA 1CCSA 4K0SA 3EFIA 3N4BA 3V2MA 1G0EA 5BRVA 3OKVA 1I9NA 1FR7A 5DSLA 2EZ7A 2EU2A 3P4VA 3SAXA 3VBDA 4ZWIA 2NNGA 4C3TA 3M5EA 3KIGA 3NJ9A 4Q90A 1RAYA 3HLJA 3JXGA 4YGLA 2Q1BA 4KNNA 4WW6A 3PJJA 1IF6A 1THKA 2NNSA 1I9PA 3V7XA 1CAIA 4L5UA 4ILXA 4JSAA 1H9QA 1MUAA 1HEDA 1BNQA 1I9MA 1V9IC 1UGGA 1FSRA 3KONA 4KP8A 3D93A 1ZGFA 2OSFA 3B1BA 3M1KA 4Q6EA 1G54A 4M2UA 5FL5A 3P58A 4Q7VA 4ZX1A 1YDBA 4YXUA 3M96A 4XIWA 4Q9YA 1TE3X 1ZFQA 3IBIA 4M2VA 4QTLA 4G0CA 5EHVA 1CAJA 3RG3A 1FSNA 4N16A 3UYQA 3DVCA 1G46A 1G4JA 1CNGA 1CAKA 4E49A 9CA2A 5FNHA 4HT0A 1JV0A 1ZSBA 2NWZA 3RYJB 4YGJA 4ZX0A 2NXRA 5JQTA 4YHAA 5SZ6A 7CA2A 3MHIA 1RAZA 3DD0A 5DRSA 5FLTA 4DZ9A 4WUPA 4RFDA 2FW4A 2FMZA 1IF5A 5EHWA 1HUHA 3SBHA 5FL6A 1G52A 4RN4A 4BCWA 3CZVA 4QK3A 1I91A 3OKUA 4Q99A 1BNWA 3SBIA 4FPTA 5A6HA 2CBBA 1AZMA 2NWOA 1Z97A 1HCBA 3RZ7A 3OY0A 1TG9A 4CACA 3QYKA 4RUXA 1XEGA 3T85A 3C7PA 2FOVA 1G3ZA 2CA2A 1G4OA 1FLJA 3UYNA 3M04A 5EH7A 2EU3A 1UGCA 4Q0LA 5BNLA 1ZFKA 3V3IB 4MDGA 1IF7A 3DCSA 2WEJA 5DSMA 4YVYA 5G01A 4Y0JA 3IBUA 3RLDA 4WR7A 3LXEA 4Q87A 2F14A 4IWZA 3V3FA 4RUYA 3FE4A 4QK1A 3IGPA 4Q06A 1IF4A 1YO0A 6CA2A 4E3HA 1URTA 4Q83A 2ZNCA 4Q49A 5JEHB 4QY3A 5EOIA 1G53A 1CNXA 2NN7A 3W6HA 1TG3A 4E3FA 2HNCA 1CA2A 3D92A 4QJWA 1CAZA 3FFPX 4COQA 1FQMA 1CNJA 3RJ7A 2NWPA 4Q81A 1BCDA 3MYQA 3IEOA 1H9NA 4RUZA 5EH5A 2HD6A 1H4NA 4Q8ZA 1UGBA 5LMDA 2X7TA 4MLTA 3S71B 1FQLA 1JCZA 2FOSA 3RZ1B 5BYIA 1Z93A 1BNVA 2FOYA 4KV0A 1KOQA 1CNKA 4YGKA 4KP5A 1UGAA 3KLDB 3T82A 2VVAX 4YGFA 1J9WA 4IDRX 5DOHA 1T9NA 1YDDA 3M2ZA 4Z1EA 5JG5B 5E2SA 2WD2A 5JGTB 1RZDA 5EKMA 1RJ5A 1YO1A 2Q38A 3MHOA 1CNHA 2CBDA 3MNUA 1TEUX 4KNJA 1DCAA 4HBAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MNK A;  2ILI A;  4PQ7 A;  4QJ0 A;  5DOG A;  3V2J A;  1OKL A;  2FOQ A;  4RFC A;  4R59 A;  5G03 A;  1OQ5 A;  3DC3 A;  4KNI A;  1CAO A;  3M1W A;  3M14 A;  3RYX B;  4PYY A;  4LU3 A;  5DSP A;  4Q08 A;  2CAB A;  3BL0 A;  2VVB X;  5AML A;  1RZE A;  4QJM A;  1BN1 A;  1FR4 A;  1YO2 A;  1CAY A;  4RH2 A;  3S76 A;  2H15 A;  4QIZ A;  1KWR A;  1I9O A;  4JSZ A;  4CNW A;  3DV7 A;  3K7K A;  1HVA A;  4JS6 A;  4QJP A;  1FQR A;  4E3D A;  2WEO A;  1G48 A;  3DCW A;  2NN1 A;  3RG4 A;  1JD0 A;  5CA2 A;  4QJX A;  4XE1 A;  5HPJ A;  3JXF A;  3MHC A;  5SZ3 A;  4RIV A;  1LUG A;  3CA2 A;  3M1Q A;  4K0Z A;  1MOO A;  5EZT X;  1CVA A;  1CVC A;  5E2M A;  1UGD A;  5JDV B;  1ZGE A;  4K1Q A;  3U7C A;  4CNV A;  3BET A;  3MMF A;  3P44 A;  1BZM A;  5DSK A;  5J8Z A;  1BV3 A;  5JG3 B;  1DMY A;  3KOK A;  4K13 A;  3OYS A;  5IPZ A;  5FLS A;  4QSI A;  4Q09 A;  5AMG A;  4TWM A;  1I9L A;  4FVN A;  4E3G A;  1CAN A;  1RZC A;  3CAJ A;  4Z1N A;  1V9E A;  4XZ5 A;  4L5W A;  2FMG A;  5CJF A;  2O4Z A;  1AVN A;  3MNJ A;  4QSB A;  1I8Z A;  2WD3 A;  4QJO A;  5DSN A;  1TB0 X;  4LP6 A;  5JES B;  2X7U A;  5FL4 A;  4L5V A;  1CVE A;  1BNN A;  4CNR A;  3MNH A;  1CNY A;  4TWL A;  5JEG B;  3DC9 A;  3MNA A;  1UGF A;  4JSW A;  12CA A;  1KWQ A;  5E2K A;  1CRA A;  4N0X B;  2GD8 A;  4YWP A;  2W2J A;  4MDM A;  4FL7 A;  1BNT A;  5EKH A;  1Z9Y A;  3HKQ A;  4Q8Y A;  4Z1K A;  4Z0Q A;  3S78 B;  4X5S A;  5C8I A;  3V3J A;  1CA3 A;  1CIN A;  4Q78 A;  5DSJ A;  3KWA A;  1A42 A;  3P5A A;  2FNN A;  3D0N A;  3U3A X;  2FOU A;  2NMX A;  3DCC A;  4KUV A;  3DD8 A;  3M2X A;  4FVO A;  5SZ4 A;  2NNV A;  1TH9 A;  3IAI A;  1CAH A;  1CZM A;  5DSR A;  1XEV A;  4ZWY A;  5JEP B;  1CNW A;  3KOI A;  3M40 A;  3R17 B;  1LGD A;  5FNI A;  4WL4 A;  3OIM A;  3P5L A;  5BRW A;  1G6V A;  3U45 X;  4FRC A;  4MO8 A;  3V5G A;  5G0B A;  3V3G B;  3M2Y A;  4YXI A;  1ZH9 A;  5SZ5 A;  3S73 B;  3BL1 A;  5E2N A;  3PO6 A;  4QK2 A;  1BNM A;  3F4X A;  3KKX A;  3RZ8 A;  3RYV B;  1YDC A;  1AM6 A;  3GZ0 A;  5EIJ A;  5JGS B;  4YYT A;  4ITP A;  2IT4 A;  5EH8 A;  1TEQ X;  2HL4 A;  2POW A;  1G0F A;  3TVN X;  5FNM A;  2HFW A;  5E5U A;  5AMD A;  1UGE A;  5BRU A;  3DA2 A;  4Z1J A;  1LZV A;  1FQN A;  4BF6 A;  2WEG A;  1ZSC A;  3ZNC A;  1KOP A;  5EKJ A;  2CBE A;  2OSM A;  3MNI A;  5DVX A;  4HF3 A;  8CA2 A;  5E2R A;  5FLO A;  1BIC A;  2QO8 A;  3NI5 A;  4PXX A;  1G45 A;  2QP6 A;  4E9O X;  4G7A A;  2FNM A;  3K2F A;  3T83 A;  3P55 A;  5FNL A;  3JXH C;  4QIY A;  1XQ0 A;  4ZWX A;  4CA2 A;  4QSA A;  1YDA A;  3TMJ A;  5FDI A;  3Q31 A;  5FNJ A;  3FW3 A;  5DSQ A;  5L3O A;  3OYQ A;  5DSO A;  3S74 B;  3S97 A;  3W6I A;  2Q1Q A;  1ZNC A;  4HT2 A;  2X7S A;  3T84 A;  1I9Q A;  4ITO A;  5SZ7 A;  4CNX A;  4Q7W A;  5FLP A;  3S9T A;  3P3H A;  4R5A A;  3M3X A;  3OIK A;  1CIL A;  1HUG A;  2POU A;  5FLR A;  4KNM A;  4HEY A;  4Q6D A;  2AW1 A;  4WW8 A;  3RYY A;  2NNO A;  4WUQ A;  1CRM A;  3R16 A;  4LHI A;  4PZH A;  3DAZ A;  1LG6 A;  2HOC A;  2AX2 A;  4QSJ A;  5E5R A;  2WEH A;  4Q7P A;  2CBA A;  3RZ5 A;  1CVF A;  3SAP A;  4PYX A;  3MZC A;  4RIU A;  5JQ0 A;  3B4F A;  3M2N A;  4R5B A;  1I90 A;  3HKT A;  3N2P A;  1HEA A;  2NWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3NI5A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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