3OKU | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__123853797102912__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__123853797102912__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3oku/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__123853797102912__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"123853797102912","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3oku/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__123853797102912__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Characterization of Carbonic Anhydrase Isozyme Specific Inhibition by Sulfamated 2-Ethylestra Compounds rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	80
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-08-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3okuA00

1JD0A 4KP5A 3TVOX 2FOSA 3S74B 5G01A 3DA2A 4FPTA 3M2XA 1ZGFA 5DRSA 1V9EA 3KNEA 3OILA 3DD0A 4KNJA 4N0XB 1TB0X 4LU3A 2EU2A 2HL4A 4Q8XA 5FL6A 4KV0A 1HEAA 3RYJB 3K2FA 1CNBA 3U47A 4TWLA 1BN4A 5DVXA 4ITPA 3N4BA 5FLOA 4QJMA 4QSAA 1H4NA 2Q1QA 4G0CA 4Q0LA 1CAJA 1G54A 4RUXA 3M67A 2HKKA 3SAPA 4FVNA 3DCWA 4YX4A 4X5SA 3RG4A 5CACA 5BRVA 4CNVA 2X7TA 1BCDA 3F8EA 2EZ7A 2VVBX 4ZWXA 4DZ7A 1BICA 2NWOA 3P5AA 1HEBA 5FNLA 4UOVA 5E28A 4Q09A 3RYZA 1THKA 1CVHA 3ZNCA 1UGBA 1G3ZA 4ZWIA 4Q6EA 4RFDA 3V3HB 3M1JA 5G0BA 5JQTA 5FLQA 1KWQA 4IDRX 5EHWA 3IAIA 3KWAA 1JCZA 1CINA 1IF4A 5FLSA 4E3HA 4L5UA 5E2RA 3FE4A 4MDMA 4Q8YA 4K1QA 5DOGA 3PO6A 3EFIA 3F7UA 3M5TA 3OY0A 1CAIA 5DSKA 4N16A 4ZX1A 5E5RA 3M96A 5E2KA 1TG9A 4R5BA 5DSIA 1TH9A 3M04A 1EOUA 1CNYA 4PQ7A 1ZE8A 1CNXA 2POWA 3S76A 1UGCA 2QP6A 4HEYA 1ZFQA 2NMXA 1LG6A 3JXFA 1CNGA 1UGAA 1G4JA 4Z1NA 2AX2A 5DSRA 4E3DA 3MHMA 1BV3A 1I8ZA 1YO2A 2FMGA 3S72B 5L6KA 4RIVA 1OKLA 3SBHA 3D9ZA 3T84A 1DMYA 3M14A 4MLXA 5BRWA 5DOHA 8CA2A 3JXHC 1BNUA 4RUYA 5JG5B 1ZFKA 3P3JA 1I9MA 4HF3A 3JXGA 1CRMA 4COQA 5J8ZA 5DSQA 4YGJA 2WD2A 5CA2A 7CA2A 3M1QA 3HKNA 3NI5A 4G7AA 3P3HA 3RZ7A 1G6VA 3D8WA 3DC9A 3S75B 3MNJA 1G0FA 3GZ0A 2NWPA 4HBAA 5EH7A 3T85A 4ITOA 1IF7A 3M5SA 4L5WA 1CNHA 1HCBA 1YDDA 3M5EA 3MNKA 5DSNA 4KUWA 1CVCA 3IBNA 1H9NA 1YO1A 5L3OA 3C7PA 1CCSA 3P5LA 4K0ZA 4M2RA 4MDLA 3RGEA 1ZSAA 1YDCA 4Q83A 1CILA 4XFWA 4QK1A 4CACA 3V2JA 1KWRA 3DVCA 4C3TA 3S9TA 1BNMA 1CCUA 5JESB 3BETA 2CBCA 2FMZA 5JDVB 4YXIA 4YXOA 4QJXA 1HEDA 1LGDA 3Q31A 4TWMA 4K13A 4PZHA 3TVNX 5LMDA 3MWOA 4R59A 5HPJA 2F14A 5EOIA 1DMXA 5JQ0A 3V3IB 5FDCA 3MZCA 1UGDA 1FQMA 5JEPB 4CA2A 2W2JA 1URTA 3HS4A 5EKJA 1BNTA 4YGNA 4E5QA 1ZSCA 3RZ0B 3M40A 2WD3A 1CZMA 4CQ0A 3CA2A 3DCCA 1G53A 3EFTA 4ZX0A 3N0NA 5JGSB 5A6HA 4HEZA 3F4XA 5SZ6A 3T83A 5AMGA 1FLJA 1YO0A 3MHOA 1CAMA 4RIUA 1YDAA 1BNNA 2CBEA 3FW3A 4M2UA 4BF6A 3KONA 4K0SA 1CAHA 2NN7A 3M2NA 1G46A 5AMDA 3DCSA 5E5UA 1G52A 3RZ5A 4Z1KA 3FFPX 1CA2A 3MHCA 4KP8A 2GD8A 4WUPA 5EIJA 5EKMA 5FLPA 5G03A 3IGPA 5SZ5A 4RN4A 1UGFA 1XQ0A 5SZ2A 1ZNCA 1RZDA 5DSJA 5JEHB 1RJ6A 1RZAA 3M2ZA 2WEHA 1BNVA 3K34A 3D93A 5C8IA 5FL4A 1IF8A 1I9QA 1I90A 1IF5A 1V9IC 4Z0QA 2VVAX 1HVAA 1Y7WA 3OYSA 5JEGB 5E2SA 3CZVA 3HFPA 3MMFA 1Z9YA 1G45A 5EZTX 1TEUX 2WEOA 4QIYA 5FNMA 1MUAA 3R17B 3BL0A 1XEVA 3MHIA 1OKMA 4YHAA 2POVA 4KNIA 5DSOA 1BZMA 5DSPA 4Y0JA 3DD8A 2AW1A 3KOKA 1HECA 4LHIA 5FDIA 4RUZA 1YDBA 3IBUA 5JGTB 1CVDA 2HNCA 5EHVA 2ZNCA 4CNWA 2FNNA 3S73B 3MNIA 2NNVA 3B1BA 2HOCA 1FSRA 3RYYA 5SZ1A 1I91A 1Z93A 3SAXA 5BYIA 3VBDA 5BRUA 3MNHA 4QK3A 3V7XA 3RLDA 1CNWA 3RJ7A 3DAZA 5BNLA 2HD6A 1CANA 1H9QA 2FOVA 2POUA 2HFWA 1CVEA 1CALA 1CVBA 5A25A 1CAKA 1BN1A 5EKHA 4Z1EA 5DSMA 1MOOA 2CBAA 3M98A 1TG3A 1A42A 1BN3A 4YGKA 3NJ9A 4JSSA 12CAA 4FL7A 1T9NA 3KLDB 6CA2A 4XZ5A 3P55A 2OSFA 1CNJA 1UGGA 3HKUA 9CA2A 3CYUA 3F7BA 4Q07A 3B4FA 3CAJA 3S78B 1G1DA 1G48A 4MO8A 2Q1BA 4JSZA 3PJJA 1TEQX 4QSBA 3RYVB 4Q7VA 3NB5A 1OKNA 5JG3B 4ZAOA 5FNGA 1RJ5A 3KS3A 4BF1A 4KUVA 4Z1JA 3N2PA 3SBIA 5FNKA 2OSMA 4WW6A 1XPZA 5CLUA 4MLTA 1CVFA 5FLRA 5IPZA 4E4AA 1RAYA 2NN1A 3M1WA 4QJPA 5E2MA 1FSQA 3MHLA 1HUHA 2IT4A 4Q7WA 4YWPA 5SZ3A 1UGEA 2O4ZA 3S77B 3W6IA 2CBBA 2FNMA 2NXSA 3M1KA 3U45X 1CIMA 3V3GB 2WEJA 1BNQA 3OYQA 4JSWA 1IF9A 4DZ9A 3T5ZA 2H15A 2NNGA 4FIKA 3V5GA 5FNJA 4PYYA 1G4OA 4LP6A 3S8XA 1AM6A 4R5AA 5E2NA 4MTYA 1FR7A 1JV0A 4E3GA 3MYQA 3PYKA 3U3AX 4FVOA 1CNCA 4PXXA 4E9OX 3L14A 3UYNA 4WW8A 4KAPA 3W6HA 1DCBA 4YYTA 5SZ4A 3P44A 4MDGA 2NNSA 1I9LA 3MNUA 1I9OA 1XEGA 2CBDA 4M2WA 3T5UA 5SZ7A 1I9NA 1CCTA 2CABA 1AVNA 4Q49A 3RYXB 4WUQA 4QK2A 3K7KA 5SZ0A 3HKQA 3R16A 5FNIA 4CNRA 4Q81A 3V2MA 2NXRA 4FRCA 3D92A 4WR7A 1FQLA 1TBTX 3MNAA 4KUYA 4Q90A 3ML2A 1CAOA 1HUGA 4QTLA 1BNWA 3ZP9A 2WEGA 4QSJA 4QJ0A 1J9WA 1KEQA 3OKVA 4HU1A 4HT2A 3RG3A 4ZWZA 3OIKA 5FLTA 2QOAA 3OKUA 4QY3A 4KNNA 5DSLA 4BCWA 4RFCA 3S97A 4M2VA 2FW4A 4JSAA 1G0EA 3P58A 4Q78A 4E49A 3IEOA 5EHEA 4Q08A 3HKTA 1LG5A 2CA2A 4ETQC 1LZVA 4QEFA 1FQRA 1OQ5A 3ML5A 3DVDA 3S71B 2X7SA 2EU3A 3M3XA 1LUGA 4Q87A 4FU5A 1DCAA 1I9PA 1FSNA 4PYXA 4Q6DA 4ILXA 2ABEA 1Z97A 3DVBA 1CAYA 3D0NA 5FL5A 2GEHA 3QYKA 5EH8A 2NWYA 2NWZA 2NXTA 3DV7A 3DBUA 1AZMA 1RZCA 4RH2A 3BL1A 4YGLA 1KOPA 3V3JA 2X7UA 1ZH9A 2FOYA 4QJWA 3UYQA 3OIMA 1CA3A 4GL1X 3KOIA 4YGFA 1CRAA 3M2YA 4WL4A 3V3FA 1TE3X 1RAZA 4ZWYA 1CNKA 3N3JA 4QSIA 4E3FA 4QJOA 3RZ8A 4YVYA 4Q7PA 2H4NA 4Q7SA 3U7CA 2NNOA 4L5VA 3MDZA 5CJFA 1CNIA 3RZ1B 4HEWA 4Q8ZA 4QIZA 3IBLA 5G0CA 1CAZA 2FOQA 1RZBA 2Q38A 3LXEA 5AMLA 4YXUA 2QO8A 4Q99A 1TTMA 1F2WA 1ZGEA 4Q9YA 1FQNA 4XIWA 4XE1A 4KNMA 3T82A 4IWZA 4K0TA 5FNHA 3HLJA 2FNKA 4Q06A 2FOUA 4XIXA 3DC3A 3KIGA 4HT0A 1FR4A 4CNXA 1HCAA 3P4VA 3KKXA 1RZEA 1CVAA 1ZSBA 2ILIA 5EH5A 1IF6A 4JS6A 3IBIA 3TMJA 1KOQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JD0 A;  4KP5 A;  3TVO X;  2FOS A;  3S74 B;  5G01 A;  3DA2 A;  4FPT A;  3M2X A;  1ZGF A;  5DRS A;  1V9E A;  3KNE A;  3OIL A;  3DD0 A;  4KNJ A;  4N0X B;  1TB0 X;  4LU3 A;  2EU2 A;  2HL4 A;  4Q8X A;  5FL6 A;  4KV0 A;  1HEA A;  3RYJ B;  3K2F A;  1CNB A;  3U47 A;  4TWL A;  1BN4 A;  5DVX A;  4ITP A;  3N4B A;  5FLO A;  4QJM A;  4QSA A;  1H4N A;  2Q1Q A;  4G0C A;  4Q0L A;  1CAJ A;  1G54 A;  4RUX A;  3M67 A;  2HKK A;  3SAP A;  4FVN A;  3DCW A;  4YX4 A;  4X5S A;  3RG4 A;  5CAC A;  5BRV A;  4CNV A;  2X7T A;  1BCD A;  3F8E A;  2EZ7 A;  2VVB X;  4ZWX A;  4DZ7 A;  1BIC A;  2NWO A;  3P5A A;  1HEB A;  5FNL A;  4UOV A;  5E28 A;  4Q09 A;  3RYZ A;  1THK A;  1CVH A;  3ZNC A;  1UGB A;  1G3Z A;  4ZWI A;  4Q6E A;  4RFD A;  3V3H B;  3M1J A;  5G0B A;  5JQT A;  5FLQ A;  1KWQ A;  4IDR X;  5EHW A;  3IAI A;  3KWA A;  1JCZ A;  1CIN A;  1IF4 A;  5FLS A;  4E3H A;  4L5U A;  5E2R A;  3FE4 A;  4MDM A;  4Q8Y A;  4K1Q A;  5DOG A;  3PO6 A;  3EFI A;  3F7U A;  3M5T A;  3OY0 A;  1CAI A;  5DSK A;  4N16 A;  4ZX1 A;  5E5R A;  3M96 A;  5E2K A;  1TG9 A;  4R5B A;  5DSI A;  1TH9 A;  3M04 A;  1EOU A;  1CNY A;  4PQ7 A;  1ZE8 A;  1CNX A;  2POW A;  3S76 A;  1UGC A;  2QP6 A;  4HEY A;  1ZFQ A;  2NMX A;  1LG6 A;  3JXF A;  1CNG A;  1UGA A;  1G4J A;  4Z1N A;  2AX2 A;  5DSR A;  4E3D A;  3MHM A;  1BV3 A;  1I8Z A;  1YO2 A;  2FMG A;  3S72 B;  5L6K A;  4RIV A;  1OKL A;  3SBH A;  3D9Z A;  3T84 A;  1DMY A;  3M14 A;  4MLX A;  5BRW A;  5DOH A;  8CA2 A;  3JXH C;  1BNU A;  4RUY A;  5JG5 B;  1ZFK A;  3P3J A;  1I9M A;  4HF3 A;  3JXG A;  1CRM A;  4COQ A;  5J8Z A;  5DSQ A;  4YGJ A;  2WD2 A;  5CA2 A;  7CA2 A;  3M1Q A;  3HKN A;  3NI5 A;  4G7A A;  3P3H A;  3RZ7 A;  1G6V A;  3D8W A;  3DC9 A;  3S75 B;  3MNJ A;  1G0F A;  3GZ0 A;  2NWP A;  4HBA A;  5EH7 A;  3T85 A;  4ITO A;  1IF7 A;  3M5S A;  4L5W A;  1CNH A;  1HCB A;  1YDD A;  3M5E A;  3MNK A;  5DSN A;  4KUW A;  1CVC A;  3IBN A;  1H9N A;  1YO1 A;  5L3O A;  3C7P A;  1CCS A;  3P5L A;  4K0Z A;  4M2R A;  4MDL A;  3RGE A;  1ZSA A;  1YDC A;  4Q83 A;  1CIL A;  4XFW A;  4QK1 A;  4CAC A;  3V2J A;  1KWR A;  3DVC A;  4C3T A;  3S9T A;  1BNM A;  1CCU A;  5JES B;  3BET A;  2CBC A;  2FMZ A;  5JDV B;  4YXI A;  4YXO A;  4QJX A;  1HED A;  1LGD A;  3Q31 A;  4TWM A;  4K13 A;  4PZH A;  3TVN X;  5LMD A;  3MWO A;  4R59 A;  5HPJ A;  2F14 A;  5EOI A;  1DMX A;  5JQ0 A;  3V3I B;  5FDC A;  3MZC A;  1UGD A;  1FQM A;  5JEP B;  4CA2 A;  2W2J A;  1URT A;  3HS4 A;  5EKJ A;  1BNT A;  4YGN A;  4E5Q A;  1ZSC A;  3RZ0 B;  3M40 A;  2WD3 A;  1CZM A;  4CQ0 A;  3CA2 A;  3DCC A;  1G53 A;  3EFT A;  4ZX0 A;  3N0N A;  5JGS B;  5A6H A;  4HEZ A;  3F4X A;  5SZ6 A;  3T83 A;  5AMG A;  1FLJ A;  1YO0 A;  3MHO A;  1CAM A;  4RIU A;  1YDA A;  1BNN A;  2CBE A;  3FW3 A;  4M2U A;  4BF6 A;  3KON A;  4K0S A;  1CAH A;  2NN7 A;  3M2N A;  1G46 A;  5AMD A;  3DCS A;  5E5U A;  1G52 A;  3RZ5 A;  4Z1K A;  3FFP X;  1CA2 A;  3MHC A;  4KP8 A;  2GD8 A;  4WUP A;  5EIJ A;  5EKM A;  5FLP A;  5G03 A;  3IGP A;  5SZ5 A;  4RN4 A;  1UGF A;  1XQ0 A;  5SZ2 A;  1ZNC A;  1RZD A;  5DSJ A;  5JEH B;  1RJ6 A;  1RZA A;  3M2Z A;  2WEH A;  1BNV A;  3K34 A;  3D93 A;  5C8I A;  5FL4 A;  1IF8 A;  1I9Q A;  1I90 A;  1IF5 A;  1V9I C;  4Z0Q A;  2VVA X;  1HVA A;  1Y7W A;  3OYS A;  5JEG B;  5E2S A;  3CZV A;  3HFP A;  3MMF A;  1Z9Y A;  1G45 A;  5EZT X;  1TEU X;  2WEO A;  4QIY A;  5FNM A;  1MUA A;  3R17 B;  3BL0 A;  1XEV A;  3MHI A;  1OKM A;  4YHA A;  2POV A;  4KNI A;  5DSO A;  1BZM A;  5DSP A;  4Y0J A;  3DD8 A;  2AW1 A;  3KOK A;  1HEC A;  4LHI A;  5FDI A;  4RUZ A;  1YDB A;  3IBU A;  5JGT B;  1CVD A;  2HNC A;  5EHV A;  2ZNC A;  4CNW A;  2FNN A;  3S73 B;  3MNI A;  2NNV A;  3B1B A;  2HOC A;  1FSR A;  3RYY A;  5SZ1 A;  1I91 A;  1Z93 A;  3SAX A;  5BYI A;  3VBD A;  5BRU A;  3MNH A;  4QK3 A;  3V7X A;  3RLD A;  1CNW A;  3RJ7 A;  3DAZ A;  5BNL A;  2HD6 A;  1CAN A;  1H9Q A;  2FOV A;  2POU A;  2HFW A;  1CVE A;  1CAL A;  1CVB A;  5A25 A;  1CAK A;  1BN1 A;  5EKH A;  4Z1E A;  5DSM A;  1MOO A;  2CBA A;  3M98 A;  1TG3 A;  1A42 A;  1BN3 A;  4YGK A;  3NJ9 A;  4JSS A;  12CA A;  4FL7 A;  1T9N A;  3KLD B;  6CA2 A;  4XZ5 A;  3P55 A;  2OSF A;  1CNJ A;  1UGG A;  3HKU A;  9CA2 A;  3CYU A;  3F7B A;  4Q07 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3OKUA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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