3P5L | Genus

Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	78
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__547913010745786__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__547913010745786__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3p5l/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__547913010745786__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"547913010745786","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3p5l/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__547913010745786__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Dithiocarbamates: a new class of carbonic anhydrase inhibitors. Crystallographic and kinetic investigations. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase/inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	78
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2010-10-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3p5lA00

5FNLA 1YDDA 2FOUA 1BNNA 3W6IA 1DMXA 2CBCA 3Q31A 4E49A 4CNWA 1TG3A 3P44A 3P58A 4BF1A 1TEQX 4QK1A 3S9TA 3PYKA 4Q87A 5G01A 5E2RA 5DRSA 3RZ8A 5DOGA 2W2JA 4QJWA 3F4XA 4JS6A 1I9MA 3MNKA 4HU1A 1OKNA 2EU3A 4RUYA 4N16A 1UGDA 2H4NA 1XQ0A 4WW6A 1IF9A 3V2MA 5DVXA 4DZ9A 3DC9A 3DD8A 1G52A 5AMGA 4WUPA 3RZ1B 4Z1NA 3HFPA 1IF4A 3K34A 2FOVA 1CAYA 2X7UA 4QK2A 4KP5A 1ZGFA 4ILXA 5SZ7A 1KEQA 12CAA 1DMYA 4HBAA 4ZWIA 1I9PA 4G7AA 4ITOA 5BYIA 1RAYA 3RLDA 4HEYA 1CNCA 3OYQA 3F7BA 4YGKA 4LHIA 5BRUA 5EH7A 3M3XA 4RH2A 4IWZA 5DSNA 5EKMA 2HL4A 4YXUA 4TWMA 4XFWA 1FQRA 1Z9YA 5CJFA 1CNJA 2AX2A 3S97A 2NNSA 1CINA 4L5WA 3D0NA 1CNXA 1TH9A 3NJ9A 3T5ZA 3RZ0B 1CAHA 1CIMA 1FSQA 4PQ7A 1CA2A 2VVAX 4XIWA 5SZ4A 4Q8XA 4HT2A 5FNJA 3SAPA 3M1JA 7CA2A 3KOKA 3OIKA 4ZX0A 1TG9A 1G0FA 3NI5A 1IF7A 1OKLA 3DD0A 4KNIA 5L6KA 3T82A 4HT0A 4Q6DA 1FSNA 3TMJA 4QEFA 3V3JA 3U45X 4JSWA 5E2KA 1RJ5A 3MNHA 1CILA 1G0EA 4E3DA 4Q07A 5C8IA 4RIUA 4ZWYA 3M2YA 4FU5A 5FLQA 3F7UA 4GL1X 4HF3A 5E28A 8CA2A 4KNMA 2FOQA 4E9OX 2GEHA 3MNIA 5EKJA 5DSKA 3RGEA 1CAIA 2NNGA 4CA2A 3MYQA 1CZMA 1ZNCA 4JSZA 5JG5B 2HFWA 5SZ1A 5AMDA 5FL4A 3MMFA 5FLOA 1OQ5A 3SBHA 1I91A 4E3FA 1V9EA 2QO8A 1UGFA 3S76A 5FLTA 1T9NA 3N2PA 4Z0QA 1ZH9A 4FPTA 4JSAA 1IF5A 2FMGA 4KP8A 2NWYA 1I90A 4Q7VA 4WR7A 3R17B 3RYJB 1RZAA 4X5SA 1CVDA 4Q90A 4QSJA 1RAZA 3PJJA 3D9ZA 1YO2A 2NXTA 4JSSA 5FNIA 2NNOA 1TB0X 3NB5A 3CAJA 3BL1A 3QYKA 4Q99A 3U7CA 4Q08A 5G0BA 3VBDA 3CYUA 4Q83A 4MDLA 1UGEA 1G45A 2POUA 3ML5A 3OILA 4Y0JA 4DZ7A 4Q81A 3RYYA 3UYQA 3M04A 4QK3A 5EHWA 3T83A 3U47A 1HEBA 3M96A 1CVEA 1FR4A 3MWOA 5EZTX 4YHAA 3M1QA 2NNVA 4UOVA 3RJ7A 4QTLA 1KWQA 4XIXA 2CBEA 4C3TA 3M2NA 2WD2A 3IGPA 3M2ZA 1CCUA 1I9NA 2QP6A 1G53A 5EH8A 4Q7SA 4KUYA 1CAKA 1YDAA 3DBUA 3S78B 5FNMA 3MHLA 3D93A 5E5RA 4XZ5A 3RG3A 4K0ZA 5FDIA 3K2FA 3KOIA 4BCWA 4QJ0A 1FQMA 2Q38A 3P55A 3T5UA 1BICA 2CBAA 4KUVA 4YGLA 1KOQA 5JG3B 5JGSB 3V3FA 5FLSA 3FE4A 3V7XA 1CNHA 1ZSCA 2ZNCA 4KAPA 5DSJA 4E3HA 2POWA 1KOPA 4HEWA 3S72B 4CNXA 1FLJA 3IEOA 3P5AA 4R5AA 3S74B 3L14A 4ETQC 1URTA 4CNVA 2HOCA 3MNAA 3R16A 1G46A 5JQTA 1CNWA 5E2SA 4R5BA 2OSFA 3M5SA 4QSIA 3KKXA 3M2XA 1BZMA 3RG4A 4CACA 1CA3A 1BNVA 1XEGA 5FL5A 1I9QA 4YVYA 3N0NA 3HKNA 4YX4A 3S75B 1CVBA 1AZMA 2X7SA 3MDZA 4QJMA 5JEPB 5DSPA 4ZWXA 1A42A 5E2MA 3DVDA 3OIMA 1BV3A 3V2JA 5CA2A 4RN4A 5IPZA 4Q9YA 3P5LA 4RFCA 1CRMA 1HCAA 3IBUA 2HD6A 5CLUA 5AMLA 4MDGA 3HKUA 4LU3A 1BNWA 5HPJA 3OYSA 4TWLA 5BRVA 1G4OA 1HECA 4M2WA 2CABA 3M67A 5JEGB 1Z97A 1CNKA 3RYXB 3BETA 3OKVA 3JXGA 3C7PA 4QJOA 1CCSA 3ZP9A 2WEGA 2CA2A 1HUGA 1BN1A 4K0TA 1JCZA 3SAXA 1I8ZA 1Y7WA 5DSQA 4Z1JA 3RZ7A 5G0CA 3M1WA 1THKA 3DCCA 4Q06A 9CA2A 1CAJA 3DV7A 1CRAA 1LG6A 1YDBA 4FVOA 3P3JA 1RZCA 6CA2A 5SZ6A 4L5UA 5FNGA 5JEHB 1IF8A 5JESB 3W6HA 2FOYA 2AW1A 3DVBA 4LP6A 5EOIA 1MOOA 3BL0A 3IAIA 2WEHA 3V3HB 1KWRA 5EKHA 3M5TA 3DC3A 2NWZA 4MTYA 2GD8A 4YXOA 4KNJA 5JDVB 3KS3A 5E5UA 2NN7A 1FR7A 1G4JA 3HLJA 5DSRA 3S71B 2FMZA 3T85A 5DSIA 2HNCA 5SZ0A 4KNNA 4KUWA 4Q78A 3FFPX 4L5VA 4QSAA 3DA2A 3DCWA 3N4BA 2NMXA 3JXFA 3F8EA 1LGDA 2FOSA 4K13A 3EFIA 1HUHA 4G0CA 5FL6A 1CALA 3FW3A 2FNKA 4YYTA 5EIJA 1TE3X 3U3AX 4QY3A 1BNMA 4WW8A 1G48A 4COQA 3MNUA 3M40A 4QJPA 4RUXA 1AM6A 3OY0A 1Z93A 4Z1KA 1G3ZA 3KWAA 1UGCA 3MHIA 5EH5A 4MLTA 3T84A 1LG5A 1FQLA 1J9WA 3IBLA 5FNHA 2NWPA 3N3JA 3S8XA 3MZCA 1HEAA 4PXXA 4YGFA 4Q0LA 3HKQA 4RUZA 4ZAOA 5LMDA 5DSLA 3S77B 1CVCA 1CVFA 4CQ0A 1YO1A 5FDCA 4YGNA 5JQ0A 1I9LA 4ITPA 5JGTB 1CAZA 1RZDA 1BNUA 4FVNA 4PYYA 1BNQA 3PO6A 5L3OA 1ZSAA 1G6VA 1CVHA 1CNGA 5SZ3A 3MNJA 4Q49A 5FNKA 4Q8ZA 1I9OA 1UGBA 4Q6EA 1TEUX 3RZ5A 5BRWA 2H15A 4FIKA 4RIVA 1MUAA 1AVNA 2X7TA 1UGGA 2NWOA 2IT4A 1TBTX 3M1KA 2O4ZA 3TVNX 4Q7PA 3KONA 1LZVA 1JV0A 4BF6A 5SZ2A 1ZSBA 4QJXA 4E5QA 4WUQA 2F14A 2NXSA 4MLXA 2HKKA 1XEVA 1CCTA 1UGAA 2Q1BA 3GZ0A 3HKTA 1BN4A 1CANA 3MHOA 3P3HA 1TTMA 1BNTA 2CBDA 3HS4A 3KIGA 1CVAA 1ZGEA 3RYZA 4PYXA 3S73B 4YGJA 4KV0A 1V9IC 5DSOA 4QIYA 3V3IB 5E2NA 2FNNA 2WD3A 3TVOX 4Q7WA 5DOHA 3CZVA 1CAOA 2EZ7A 3RYVB 1CAMA 3M5EA 5DSMA 4N0XB 4E3GA 3SBIA 1XPZA 4YXIA 3M98A 3ML2A 1G1DA 2QOAA 3P4VA 4QIZA 1CNIA 2CBBA 4YWPA 2VVBX 4ZWZA 3DVCA 2EU2A 3ZNCA 5A6HA 4FRCA 4IDRX 2FNMA 3D8WA 1H9QA 4K0SA 3MHMA 3V5GA 3KNEA 3K7KA 4Q09A 2NXRA 3EFTA 2ILIA 4M2VA 3OKUA 1YO0A 4WL4A 4XE1A 4CNRA 2NN1A 5EHEA 1DCAA 1IF6A 1EOUA 5J8ZA 1H9NA 3JXHC 1DCBA 3DCSA 2WEOA 4MDMA 4FL7A 1H4NA 1BN3A 1HCBA 4M2UA 5FLPA 1RZBA 1ZFKA 4QSBA 3KLDB 1JD0A 1ZE8A 1FSRA 1BCDA 1YDCA 5G03A 3MHCA 4M2RA 5SZ5A 1CNYA 4Z1EA 1CNBA 1RZEA 1G54A 3B1BA 4HEZA 2FW4A 1RJ6A 3LXEA 4MO8A 1ZFQA 2POVA 3M14A 4PZHA 4Q8YA 4R59A 3D92A 2OSMA 4K1QA 5EHVA 3DAZA 1FQNA 1HEDA 3CA2A 4RFDA 4E4AA 1LUGA 3B4FA 5A25A 5FLRA 3V3GB 2ABEA 3IBNA 1F2WA 2WEJA 3IBIA 1HVAA 1OKMA 2Q1QA 4ZX1A 3UYNA 5BNLA 5CACA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FNL A;  1YDD A;  2FOU A;  1BNN A;  3W6I A;  1DMX A;  2CBC A;  3Q31 A;  4E49 A;  4CNW A;  1TG3 A;  3P44 A;  3P58 A;  4BF1 A;  1TEQ X;  4QK1 A;  3S9T A;  3PYK A;  4Q87 A;  5G01 A;  5E2R A;  5DRS A;  3RZ8 A;  5DOG A;  2W2J A;  4QJW A;  3F4X A;  4JS6 A;  1I9M A;  3MNK A;  4HU1 A;  1OKN A;  2EU3 A;  4RUY A;  4N16 A;  1UGD A;  2H4N A;  1XQ0 A;  4WW6 A;  1IF9 A;  3V2M A;  5DVX A;  4DZ9 A;  3DC9 A;  3DD8 A;  1G52 A;  5AMG A;  4WUP A;  3RZ1 B;  4Z1N A;  3HFP A;  1IF4 A;  3K34 A;  2FOV A;  1CAY A;  2X7U A;  4QK2 A;  4KP5 A;  1ZGF A;  4ILX A;  5SZ7 A;  1KEQ A;  12CA A;  1DMY A;  4HBA A;  4ZWI A;  1I9P A;  4G7A A;  4ITO A;  5BYI A;  1RAY A;  3RLD A;  4HEY A;  1CNC A;  3OYQ A;  3F7B A;  4YGK A;  4LHI A;  5BRU A;  5EH7 A;  3M3X A;  4RH2 A;  4IWZ A;  5DSN A;  5EKM A;  2HL4 A;  4YXU A;  4TWM A;  4XFW A;  1FQR A;  1Z9Y A;  5CJF A;  1CNJ A;  2AX2 A;  3S97 A;  2NNS A;  1CIN A;  4L5W A;  3D0N A;  1CNX A;  1TH9 A;  3NJ9 A;  3T5Z A;  3RZ0 B;  1CAH A;  1CIM A;  1FSQ A;  4PQ7 A;  1CA2 A;  2VVA X;  4XIW A;  5SZ4 A;  4Q8X A;  4HT2 A;  5FNJ A;  3SAP A;  3M1J A;  7CA2 A;  3KOK A;  3OIK A;  4ZX0 A;  1TG9 A;  1G0F A;  3NI5 A;  1IF7 A;  1OKL A;  3DD0 A;  4KNI A;  5L6K A;  3T82 A;  4HT0 A;  4Q6D A;  1FSN A;  3TMJ A;  4QEF A;  3V3J A;  3U45 X;  4JSW A;  5E2K A;  1RJ5 A;  3MNH A;  1CIL A;  1G0E A;  4E3D A;  4Q07 A;  5C8I A;  4RIU A;  4ZWY A;  3M2Y A;  4FU5 A;  5FLQ A;  3F7U A;  4GL1 X;  4HF3 A;  5E28 A;  8CA2 A;  4KNM A;  2FOQ A;  4E9O X;  2GEH A;  3MNI A;  5EKJ A;  5DSK A;  3RGE A;  1CAI A;  2NNG A;  4CA2 A;  3MYQ A;  1CZM A;  1ZNC A;  4JSZ A;  5JG5 B;  2HFW A;  5SZ1 A;  5AMD A;  5FL4 A;  3MMF A;  5FLO A;  1OQ5 A;  3SBH A;  1I91 A;  4E3F A;  1V9E A;  2QO8 A;  1UGF A;  3S76 A;  5FLT A;  1T9N A;  3N2P A;  4Z0Q A;  1ZH9 A;  4FPT A;  4JSA A;  1IF5 A;  2FMG A;  4KP8 A;  2NWY A;  1I90 A;  4Q7V A;  4WR7 A;  3R17 B;  3RYJ B;  1RZA A;  4X5S A;  1CVD A;  4Q90 A;  4QSJ A;  1RAZ A;  3PJJ A;  3D9Z A;  1YO2 A;  2NXT A;  4JSS A;  5FNI A;  2NNO A;  1TB0 X;  3NB5 A;  3CAJ A;  3BL1 A;  3QYK A;  4Q99 A;  3U7C A;  4Q08 A;  5G0B A;  3VBD A;  3CYU A;  4Q83 A;  4MDL A;  1UGE A;  1G45 A;  2POU A;  3ML5 A;  3OIL A;  4Y0J A;  4DZ7 A;  4Q81 A;  3RYY A;  3UYQ A;  3M04 A;  4QK3 A;  5EHW A;  3T83 A;  3U47 A;  1HEB A;  3M96 A;  1CVE A;  1FR4 A;  3MWO A;  5EZT X;  4YHA A;  3M1Q A;  2NNV A;  4UOV A;  3RJ7 A;  4QTL A;  1KWQ A;  4XIX A;  2CBE A;  4C3T A;  3M2N A;  2WD2 A;  3IGP A;  3M2Z A;  1CCU A;  1I9N A;  2QP6 A;  1G53 A;  5EH8 A;  4Q7S A;  4KUY A;  1CAK A;  1YDA A;  3DBU A;  3S78 B;  5FNM A;  3MHL A;  3D93 A;  5E5R A;  4XZ5 A;  3RG3 A;  4K0Z A;  5FDI A;  3K2F A;  3KOI A;  4BCW A;  4QJ0 A;  1FQM A;  2Q38 A;  3P55 A;  3T5U A;  1BIC A;  2CBA A;  4KUV A;  4YGL A;  1KOQ A;  5JG3 B;  5JGS B;  3V3F A;  5FLS A;  3FE4 A;  3V7X A;  1CNH A;  1ZSC A;  2ZNC A;  4KAP A;  5DSJ A;  4E3H A;  2POW A;  1KOP A;  4HEW A;  3S72 B;  4CNX A;  1FLJ A;  3IEO A;  3P5A A;  4R5A A;  3S74 B;  3L14 A;  4ETQ C;  1URT A;  4CNV A;  2HOC A;  3MNA A;  3R16 A;  1G46 A;  5JQT A;  1CNW A;  5E2S A;  4R5B A;  2OSF A;  3M5S A;  4QSI A;  3KKX A;  3M2X A;  1BZM A;  3RG4 A;  4CAC A;  1CA3 A;  1BNV A;  1XEG A;  5FL5 A;  1I9Q A;  4YVY A;  3N0N A;  3HKN A;  4YX4 A;  3S75 B;  1CVB A;  1AZM A;  2X7S A;  3MDZ A;  4QJM A;  5JEP B;  5DSP A;  4ZWX A;  1A42 A;  5E2M A;  3DVD A;  3OIM A;  1BV3 A;  3V2J A;  5CA2 A;  4RN4 A;  5IPZ A;  4Q9Y A;  3P5L A;  4RFC A;  1CRM A;  1HCA A;  3IBU A;  2HD6 A;  5CLU A;  5AML A;  4MDG A;  3HKU A;  4LU3 A;  1BNW A;  5HPJ A;  3OYS A;  4TWL A;  5BRV A;  1G4O A;  1HEC A;  4M2W A;  2CAB A;  3M67 A;  5JEG B;  1Z97 A;  1CNK A;  3RYX B;  3BET A;  3OKV A;  3JXG A;  3C7P A;  4QJO A;  1CCS A;  3ZP9 A;  2WEG A;  2CA2 A;  1HUG A;  1BN1 A;  4K0T A;  1JCZ A;  3SAX A;  1I8Z A;  1Y7W A;  5DSQ A;  4Z1J A;  3RZ7 A;  5G0C A;  3M1W A;  1THK A;  3DCC A;  4Q06 A;  9CA2 A;  1CAJ A;  3DV7 A;  1CRA A;  1LG6 A;  1YDB A;  4FVO A;  3P3J A;  1RZC A;  6CA2 A;  5SZ6 A;  4L5U A;  5FNG A;  5JEH B;  1IF8 A;  5JES B;  3W6H A;  2FOY A;  2AW1 A;  3DVB A;  4LP6 A;  5EOI A;  1MOO A;  3BL0 A;  3IAI A;  2WEH A;  3V3H B;  1KWR A;  5EKH A;  3M5T A;  3DC3 A;  2NWZ A;  4MTY A;  2GD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3P5LA

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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