3QYK | Genus

Total Genus 73

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__877128968139631__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__877128968139631__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3qyk/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__877128968139631__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"877128968139631","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3qyk/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__877128968139631__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Human Carbonic Anhydrase II complexed with triple ring benzene sulfonamide inhibitor rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	73
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-03-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3qykA00

1CNJA 3QYKA 4JSWA 4JSAA 2GD8A 5DSPA 5JDVB 3DD8A 4CACA 5FL5A 2QOAA 1BNQA 3M04A 4Q8XA 3U3AX 3KWAA 1HVAA 4K0ZA 2FW4A 5CJFA 2VVBX 3IGPA 1TE3X 1CVBA 1I9MA 1TEUX 1G46A 3M1QA 5FLPA 1OKLA 4E5QA 3ZNCA 1CAYA 3SAPA 4KP5A 3P3HA 4RFDA 3DBUA 4Z1JA 2FOYA 5FL4A 1CAIA 4YGJA 4RFCA 1ZGFA 5E5RA 1FR7A 3IBLA 3DC3A 2EU3A 5JESB 4Q6DA 2X7TA 3MZCA 4MTYA 5FNHA 4CQ0A 3BETA 2FOQA 5LMDA 5E2MA 1JD0A 3EFTA 3M1WA 4E3HA 3U47A 2HFWA 1G54A 4Q8YA 2VVAX 4FU5A 3T5UA 1I9NA 3DCCA 3KONA 4L5VA 1OKMA 4Z1KA 4FIKA 2X7SA 5IPZA 1XEVA 2NXTA 5EHWA 4KUYA 1V9IC 1G53A 3N0NA 1I90A 4DZ9A 3S78B 1G4OA 1BNVA 3N4BA 3M98A 3RYYA 1H4NA 1ZE8A 1H9QA 1ZNCA 2FOSA 5DVXA 5CACA 1FSQA 1RAYA 1G48A 1CILA 1UGGA 5SZ2A 4E3DA 3V7XA 1BNWA 3B4FA 3D93A 8CA2A 5CLUA 2WEGA 4G0CA 3KS3A 1MOOA 5FNIA 1ZH9A 1G0EA 1RZEA 5FLQA 4HBAA 2EU2A 3N3JA 1TBTX 1TEQX 3MHLA 4XFWA 1IF9A 1YDBA 1TTMA 4TWLA 5FLSA 4ZWYA 4Q81A 2NXRA 3P4VA 2NWOA 2NMXA 1ZSAA 1RAZA 4E3FA 4Q7WA 3HKTA 1CZMA 4X5SA 1RJ6A 3HS4A 3M5SA 5FLRA 3CYUA 1BN4A 1IF8A 1CANA 1UGDA 1I8ZA 4CNRA 4RIVA 4YWPA 3K2FA 3NJ9A 1I9PA 4YXUA 3DA2A 2OSFA 3K7KA 3K34A 1HEAA 4GL1X 5G0BA 1BN3A 3V3JA 5FNGA 2FNMA 1YO1A 4WW8A 3RYJB 3T83A 2NN1A 1KWQA 3RYZA 4WUQA 1BNUA 1CNKA 3OYQA 1ZGEA 5BRVA 3DD0A 3M96A 3R17B 2W2JA 3M5EA 3ZP9A 4KNNA 4Q0LA 1FQMA 4MLXA 1TH9A 3OIMA 2NNSA 3KIGA 4YXOA 4Q99A 4FVNA 3V2MA 3S77B 3P55A 1CNWA 4Q7SA 5DRSA 5FL6A 3OILA 2AW1A 5FNKA 3M67A 3MNJA 1XEGA 1CNBA 2AX2A 4QY3A 2Q1BA 5C8IA 1H9NA 3RZ7A 1DCAA 4HF3A 4IWZA 5DSRA 4Q83A 1URTA 4ITOA 1CAJA 4Q07A 4QSAA 3KKXA 1FR4A 4QSBA 1BV3A 4BCWA 3B1BA 4CNXA 1G52A 5G0CA 3S74B 4Q87A 1BNTA 1CNCA 2CABA 2FMZA 1CAOA 3JXGA 3MNHA 2FNKA 4JSSA 2FOUA 2WEOA 4KNIA 4M2WA 4QIZA 4RIUA 5FDCA 1LG5A 4MO8A 1FLJA 3KOIA 4YGNA 5EH8A 3SAXA 3M14A 5FDIA 3M1JA 3OKUA 4QJMA 3MNIA 3T84A 5AMLA 3M2ZA 1HUGA 5JG3B 4HEYA 5EOIA 1IF7A 1LG6A 5DSQA 3RZ8A 5E2NA 5EH7A 3D8WA 4N0XB 4Q49A 4YGFA 1CVDA 1BNMA 4PQ7A 5FNJA 3UYNA 2NN7A 3RJ7A 1CINA 2HNCA 3S71B 4Q90A 2POWA 1CAHA 3TMJA 1UGFA 1FSRA 4PYYA 5EZTX 4BF1A 5DSLA 5HPJA 2CBAA 3N2PA 4WW6A 2NWPA 1G45A 5FLOA 5SZ7A 4HEWA 1G3ZA 4RUXA 1MUAA 4ETQC 5SZ3A 3S73B 2QO8A 4YVYA 1HCAA 2FNNA 2EZ7A 3Q31A 3V3GB 1YO0A 3P3JA 1AVNA 3CA2A 2H15A 2H4NA 3KNEA 3RZ5A 3SBHA 4ZAOA 4XE1A 4N16A 4QTLA 2HOCA 5DSJA 4YX4A 3RG3A 1CCSA 1LZVA 3M5TA 1CVHA 4E9OX 5E28A 5SZ5A 5EHVA 4CNVA 4FL7A 5DOGA 4E3GA 5EKHA 1BCDA 5EKMA 5JQ0A 2CA2A 4WR7A 2NNVA 5FNLA 1BN1A 1IF6A 5JEPB 3MYQA 1Z93A 1CNGA 1Y7WA 1JCZA 2ZNCA 3DVCA 3T5ZA 1KEQA 2Q38A 1I9LA 4LU3A 2NWZA 2X7UA 4CA2A 5A6HA 3MWOA 4ILXA 3MHMA 4K0TA 3DAZA 3DV7A 4E4AA 4M2UA 1TG3A 3F7BA 5DSOA 1YO2A 3IBIA 4YHAA 5BNLA 3ML5A 4QSIA 4ZX0A 4R59A 4QSJA 1CIMA 4XIWA 3S97A 4M2RA 3M2YA 2CBEA 4BF6A 2OSMA 5EIJA 3M2XA 1BICA 1YDDA 2IT4A 1ZSBA 1HECA 5JEGB 3MHCA 5DSMA 2CBCA 1ZSCA 3R16A 4KNJA 4QEFA 4L5UA 4FPTA 4COQA 4Q9YA 4LP6A 1CCUA 1TG9A 1UGBA 1LUGA 3LXEA 4PZHA 1A42A 1CALA 3ML2A 4Q6EA 5SZ0A 4ZWIA 5G03A 4MDMA 4M2VA 3M2NA 4XIXA 5SZ1A 3IEOA 1CNIA 3P5LA 5DOHA 4KV0A 2ABEA 1DCBA 2NNOA 1UGCA 4K1QA 4JS6A 3VBDA 1ZFQA 1CNXA 3JXHC 4Q7PA 2ILIA 4L5WA 3IBUA 3NB5A 1HEBA 1THKA 2O4ZA 3PYKA 4LHIA 3RZ0B 5A25A 1RZDA 5EH5A 2NXSA 1CRMA 3JXFA 3S72B 3MMFA 3D92A 4QK1A 4DZ7A 3DCWA 5E2RA 5JG5B 1KWRA 4PYXA 3SBIA 3PO6A 4YGLA 3M40A 3PJJA 2WD3A 1CNYA 3MDZA 4FVOA 1XPZA 2HD6A 1Z9YA 3IAIA 1YDAA 4KAPA 4K13A 5L3OA 4UOVA 4Q8ZA 4RUZA 3NI5A 1KOPA 3HFPA 3P44A 2POUA 4YXIA 5E5UA 4QK3A 3RYXB 3DCSA 1CAKA 4Q08A 3W6IA 3V2JA 3DVDA 3RYVB 3UYQA 3F7UA 2NNGA 3HKUA 5BYIA 1DMXA 5BRWA 1I91A 3KOKA 3BL0A 3DVBA 5JGTB 3MNKA 5FNMA 1RZCA 3HLJA 4IDRX 1IF4A 3W6HA 2CBBA 2HKKA 4KP8A 9CA2A 3RZ1B 1CAZA 5BRUA 3DC9A 4QJOA 2POVA 3OY0A 4WUPA 4QIYA 3U45X 5AMGA 1CVAA 3P58A 2QP6A 4MLTA 3RGEA 1HEDA 1RJ5A 1IF5A 2NWYA 4HT2A 1CRAA 3KLDB 4QJPA 2WD2A 7CA2A 6CA2A 1HCBA 4QJ0A 1ZFKA 4C3TA 5CA2A 5JQTA 3T82A 4RUYA 4MDGA 5SZ4A 4RN4A 3MNAA 1XQ0A 5DSNA 3FFPX 4RH2A 3MHIA 1CCTA 4HEZA 3V3HB 1KOQA 1V9EA 4KUVA 4TWMA 4PXXA 1CNHA 1CA3A 2WEJA 1BZMA 2Q1QA 2WEHA 4WL4A 5FLTA 1DMYA 1FSNA 3GZ0A 5E2SA 5E2KA 12CAA 4HU1A 3S8XA 3V3FA 5J8ZA 1OKNA 1G1DA 4ZWZA 3OIKA 1RZBA 2CBDA 2HL4A 4R5AA 4ITPA 3V3IB 3S9TA 3F8EA 4QK2A 2GEHA 1AZMA 1G6VA 3V5GA 1JV0A 4G7AA 4XZ5A 5L6KA 3OKVA 1CVEA 3MNUA 4YGKA 3L14A 3CZVA 4YYTA 4MDLA 3CAJA 1I9QA 3TVNX 1CA2A 5G01A 4FRCA 1CVCA 1J9WA 1G0FA 1FQRA 3P5AA 4HT0A 1FQLA 4K0SA 3S76A 4ZX1A 4QJXA 5EKJA 4Y0JA 4KUWA 3MHOA 1RZAA 3M3XA 1I9OA 3RLDA 3TVOX 3D9ZA 5DSKA 3IBNA 3FE4A 1EOUA 5EHEA 3S75B 3T85A 1YDCA 4QJWA 5JGSB 1UGAA 4KNMA 4Z1EA 3HKNA 3M1KA 3U7CA 1UGEA 4E49A 4JSZA 1CAMA 5SZ6A 3OYSA 4ZWXA 3HKQA 1OQ5A 3EFIA 4CNWA 4Q09A 4Q7VA 3C7PA 4Q06A 5JEHB 4R5BA 4Z1NA 1BNNA 1F2WA 1G4JA 1LGDA 1T9NA 1Z97A 4Q78A 1FQNA 2FMGA 1HUHA 1TB0X 3RG4A 3D0NA 2FOVA 2F14A 1CVFA 1AM6A 4Z0QA 3F4XA 3FW3A 5DSIA 5AMDA 3BL1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CNJ A;  3QYK A;  4JSW A;  4JSA A;  2GD8 A;  5DSP A;  5JDV B;  3DD8 A;  4CAC A;  5FL5 A;  2QOA A;  1BNQ A;  3M04 A;  4Q8X A;  3U3A X;  3KWA A;  1HVA A;  4K0Z A;  2FW4 A;  5CJF A;  2VVB X;  3IGP A;  1TE3 X;  1CVB A;  1I9M A;  1TEU X;  1G46 A;  3M1Q A;  5FLP A;  1OKL A;  4E5Q A;  3ZNC A;  1CAY A;  3SAP A;  4KP5 A;  3P3H A;  4RFD A;  3DBU A;  4Z1J A;  2FOY A;  5FL4 A;  1CAI A;  4YGJ A;  4RFC A;  1ZGF A;  5E5R A;  1FR7 A;  3IBL A;  3DC3 A;  2EU3 A;  5JES B;  4Q6D A;  2X7T A;  3MZC A;  4MTY A;  5FNH A;  4CQ0 A;  3BET A;  2FOQ A;  5LMD A;  5E2M A;  1JD0 A;  3EFT A;  3M1W A;  4E3H A;  3U47 A;  2HFW A;  1G54 A;  4Q8Y A;  2VVA X;  4FU5 A;  3T5U A;  1I9N A;  3DCC A;  3KON A;  4L5V A;  1OKM A;  4Z1K A;  4FIK A;  2X7S A;  5IPZ A;  1XEV A;  2NXT A;  5EHW A;  4KUY A;  1V9I C;  1G53 A;  3N0N A;  1I90 A;  4DZ9 A;  3S78 B;  1G4O A;  1BNV A;  3N4B A;  3M98 A;  3RYY A;  1H4N A;  1ZE8 A;  1H9Q A;  1ZNC A;  2FOS A;  5DVX A;  5CAC A;  1FSQ A;  1RAY A;  1G48 A;  1CIL A;  1UGG A;  5SZ2 A;  4E3D A;  3V7X A;  1BNW A;  3B4F A;  3D93 A;  8CA2 A;  5CLU A;  2WEG A;  4G0C A;  3KS3 A;  1MOO A;  5FNI A;  1ZH9 A;  1G0E A;  1RZE A;  5FLQ A;  4HBA A;  2EU2 A;  3N3J A;  1TBT X;  1TEQ X;  3MHL A;  4XFW A;  1IF9 A;  1YDB A;  1TTM A;  4TWL A;  5FLS A;  4ZWY A;  4Q81 A;  2NXR A;  3P4V A;  2NWO A;  2NMX A;  1ZSA A;  1RAZ A;  4E3F A;  4Q7W A;  3HKT A;  1CZM A;  4X5S A;  1RJ6 A;  3HS4 A;  3M5S A;  5FLR A;  3CYU A;  1BN4 A;  1IF8 A;  1CAN A;  1UGD A;  1I8Z A;  4CNR A;  4RIV A;  4YWP A;  3K2F A;  3NJ9 A;  1I9P A;  4YXU A;  3DA2 A;  2OSF A;  3K7K A;  3K34 A;  1HEA A;  4GL1 X;  5G0B A;  1BN3 A;  3V3J A;  5FNG A;  2FNM A;  1YO1 A;  4WW8 A;  3RYJ B;  3T83 A;  2NN1 A;  1KWQ A;  3RYZ A;  4WUQ A;  1BNU A;  1CNK A;  3OYQ A;  1ZGE A;  5BRV A;  3DD0 A;  3M96 A;  3R17 B;  2W2J A;  3M5E A;  3ZP9 A;  4KNN A;  4Q0L A;  1FQM A;  4MLX A;  1TH9 A;  3OIM A;  2NNS A;  3KIG A;  4YXO A;  4Q99 A;  4FVN A;  3V2M A;  3S77 B;  3P55 A;  1CNW A;  4Q7S A;  5DRS A;  5FL6 A;  3OIL A;  2AW1 A;  5FNK A;  3M67 A;  3MNJ A;  1XEG A;  1CNB A;  2AX2 A;  4QY3 A;  2Q1B A;  5C8I A;  1H9N A;  3RZ7 A;  1DCA A;  4HF3 A;  4IWZ A;  5DSR A;  4Q83 A;  1URT A;  4ITO A;  1CAJ A;  4Q07 A;  4QSA A;  3KKX A;  1FR4 A;  4QSB A;  1BV3 A;  4BCW A;  3B1B A;  4CNX A;  1G52 A;  5G0C A;  3S74 B;  4Q87 A;  1BNT A;  1CNC A;  2CAB A;  2FMZ A;  1CAO A;  3JXG A;  3MNH A;  2FNK A;  4JSS A;  2FOU A;  2WEO A;  4KNI A;  4M2W A;  4QIZ A;  4RIU A;  5FDC A;  1LG5 A;  4MO8 A;  1FLJ A;  3KOI A;  4YGN A;  5EH8 A;  3SAX A;  3M14 A;  5FDI A;  3M1J A;  3OKU A;  4QJM A;  3MNI A;  3T84 A;  5AML A;  3M2Z A;  1HUG A;  5JG3 B;  4HEY A;  5EOI A;  1IF7 A;  1LG6 A;  5DSQ A;  3RZ8 A;  5E2N A;  5EH7 A;  3D8W A;  4N0X B;  4Q49 A;  4YGF A;  1CVD A;  1BNM A;  4PQ7 A;  5FNJ A;  3UYN A;  2NN7 A;  3RJ7 A;  1CIN A;  2HNC A;  3S71 B;  4Q90 A;  2POW A;  1CAH A;  3TMJ A;  1UGF A;  1FSR A;  4PYY A;  5EZT X;  4BF1 A;  5DSL A;  5HPJ A;  2CBA A;  3N2P A;  4WW6 A;  2NWP A;  1G45 A;  5FLO A;  5SZ7 A;  4HEW A;  1G3Z A;  4RUX A;  1MUA A;  4ETQ C;  5SZ3 A;  3S73 B;  2QO8 A;  4YVY A;  1HCA A;  2FNN A;  2EZ7 A;  3Q31 A;  3V3G B;  1YO0 A;  3P3J A;  1AVN A;  3CA2 A;  2H15 A;  2H4N A;  3KNE A;  3RZ5 A;  3SBH A;  4ZAO A;  4XE1 A;  4N16 A;  4QTL A;  2HOC A;  5DSJ A;  4YX4 A;  3RG3 A;  1CCS A;  1LZV A;  3M5T A;  1CVH A;  4E9O X;  5E28 A;  5SZ5 A;  5EHV A;  4CNV A;  4FL7 A;  5DOG A;  4E3G A;  5EKH A;  1BCD A;  5EKM A;  5JQ0 A;  2CA2 A;  4WR7 A;  2NNV A;  5FNL A;  1BN1 A;  1IF6 A;  5JEP B;  3MYQ A;  1Z93 A;  1CNG A;  1Y7W A;  1JCZ A;  2ZNC A;  3DVC A;  3T5Z A;  1KEQ A;  2Q38 A;  1I9L A;  4LU3 A;  2NWZ A;  2X7U A;  4CA2 A;  5A6H A;  3MWO A;  4ILX A;  3MHM A;  4K0T A;  3DAZ A;  3DV7 A;  4E4A A;  4M2U A;  1TG3 A;  3F7B A;  5DSO A;  1YO2 A;  3IBI A;  4YHA A;  5BNL A;  3ML5 A;  4QSI A;  4ZX0 A;  4R59 A;  4QSJ A;  1CIM A;  4XIW A;  3S97 A;  4M2R A;  3M2Y A;  2CBE A;  4BF6 A;  2OSM A;  5EIJ A;  3M2X A;  1BIC A;  1YDD A;  2IT4 A;  1ZSB A;  1HEC A;  5JEG B;  3MHC A;  5DSM A;  2CBC A;  1ZSC A;  3R16 A;  4KNJ A;  4QEF A;  4L5U A;  4FPT A;  4COQ A;  4Q9Y A;  4LP6 A;  1CCU A;  1TG9 A;  1UGB A;  1LUG A;  3LXE A;  4PZH A;  1A42 A; 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3QYKA

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