3R16 | Genus

Total Genus 77

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__843180518302988__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__843180518302988__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3r16/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__843180518302988__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"843180518302988","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3r16/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__843180518302988__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Conformational variability of different sulfonamide inhibitors with thienyl-acetamido moieties attributes to differential binding in the active site of cytosolic human carbonic anhydrase isoforms. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	77
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-03-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3r16A00

3M2NA 4YXOA 4Z1EA 3V3JA 3S9TA 1V9EA 4YYTA 2NN7A 1KWQA 5BNLA 5E5UA 3OKUA 1UGFA 1IF8A 2FOQA 3KKXA 3F4XA 2HFWA 5L6KA 5DSKA 1FSNA 4Q6DA 2FNMA 4ETQC 3V3HB 4WUQA 9CA2A 1CCTA 1YO1A 5CLUA 3JXGA 5E2RA 4DZ9A 5BRUA 2Q38A 4YHAA 4RUYA 3DCSA 4ZX1A 4Q7PA 4Q90A 3MHIA 12CAA 2NNSA 4ZWZA 1Z97A 5LMDA 4CNRA 2FOSA 2NNVA 3D92A 5FNIA 5DSMA 1IF4A 3DD8A 2Q1BA 4KUWA 5BYIA 3HKTA 4E49A 4MDGA 4Q8ZA 3MNIA 1LG5A 4RFDA 1V9IC 3DC9A 1MUAA 4PXXA 4CACA 1G52A 1KOQA 4Q87A 1BN1A 1ZGEA 5E2KA 1KEQA 3Q31A 1G48A 4MLXA 4MDLA 1YO0A 3BL1A 3RYYA 3RLDA 2NXSA 5DSNA 3S97A 3M2YA 4G0CA 5DSRA 1TE3X 4K0TA 4COQA 5FNHA 4HT2A 5FNGA 1OQ5A 4YGFA 3T85A 3U47A 4QSAA 3M40A 1DMXA 3QYKA 3IGPA 3ML5A 1AM6A 1TEQX 2H4NA 2H15A 1YDAA 1I9MA 1I90A 4E3HA 3MNJA 4LU3A 4FIKA 2W2JA 2Q1QA 3HS4A 3T82A 1TEUX 1CAJA 3EFIA 4Q08A 4ZX0A 4C3TA 4Q8YA 5G0BA 1ZSAA 4DZ7A 1I8ZA 2ZNCA 1G46A 2ABEA 1XQ0A 4BF1A 3RJ7A 4ZWXA 5CA2A 2QO8A 5AMLA 5E5RA 3HKUA 4G7AA 3V3GB 3SBHA 2OSMA 5FLSA 2GEHA 3EFTA 4PYYA 5JQ0A 3MNKA 4QEFA 2EU3A 2CA2A 3CA2A 3K34A 2CBAA 4QSBA 3IBIA 4HT0A 4KNIA 5DSOA 1ZFKA 5DSJA 5JG5B 3KOIA 1CCSA 3NI5A 5JQTA 4Q07A 5E2SA 4KNNA 4Z1KA 4R5BA 1G45A 3D0NA 4YXUA 5JEHB 1ZH9A 4LP6A 1CILA 1OKNA 3F8EA 1G4JA 4QJXA 4ZWYA 4YX4A 5SZ7A 1THKA 2NWYA 3P5AA 1AZMA 4R5AA 3M1KA 2WD2A 3DCWA 2X7SA 1CZMA 5E2NA 1UGEA 4Q49A 2QOAA 1CNHA 1FQNA 3M5TA 4Q78A 3MYQA 3DD0A 4Q7VA 3S72B 5DSPA 4HU1A 4JSAA 1G4OA 3HKNA 4CNWA 3V7XA 5FLRA 3HKQA 5EH8A 4FVNA 4FVOA 4QTLA 1HEDA 5E2MA 4FPTA 4RIVA 3SAXA 1HEBA 4L5UA 1JV0A 3T84A 1CINA 1FLJA 2NNOA 2WEGA 3P3JA 4TWLA 1HCAA 5EZTX 5JDVB 1ZFQA 1IF7A 3DVBA 3W6IA 2POUA 1XEGA 4X5SA 3RGEA 4IDRX 3S77B 1BNMA 3IAIA 3IBNA 1I9NA 5HPJA 1UGGA 1I9OA 1FR7A 5A6HA 4WW8A 3RZ8A 5FL4A 5IPZA 8CA2A 1LZVA 3P44A 4RN4A 4HEYA 4JSZA 1G1DA 4M2WA 1OKLA 1KWRA 2NXRA 1CVBA 3MHMA 1LG6A 1OKMA 4Q06A 1FQRA 1BNNA 1ZNCA 3ZNCA 3D8WA 2O4ZA 1JCZA 1Z9YA 4KUYA 3S74B 1LGDA 2HOCA 1LUGA 1HUGA 2NN1A 1CIMA 4WL4A 5FNJA 1FSRA 1CVDA 1ZSCA 3LXEA 3KLDB 4Q8XA 1XPZA 4FRCA 3RYVB 3KONA 2CBBA 4Z1NA 4RUXA 1UGDA 2F14A 3M14A 1CNYA 3N4BA 1FQMA 3N2PA 3T5ZA 1YO2A 5SZ3A 2OSFA 4KNJA 5DOHA 1CVHA 4E5QA 1G6VA 5SZ0A 2NNGA 4L5WA 5JEGB 3RZ5A 1CAHA 1G54A 1RJ6A 4Q7WA 1J9WA 4Q09A 1CRAA 1G53A 4E9OX 5SZ2A 1RJ5A 1G3ZA 3M3XA 4JS6A 4YXIA 5JESB 1CAMA 2FMZA 4QSIA 7CA2A 3MNAA 4RFCA 1CNKA 4N16A 1CVFA 4HBAA 4YGJA 4YWPA 2GD8A 3SAPA 5L3OA 3ML2A 4ITPA 4WR7A 1HECA 3F7UA 3M1QA 3M96A 3RZ1B 2HKKA 4RUZA 3FE4A 1JD0A 3V2JA 2WEOA 2HL4A 1CVAA 1XEVA 4MO8A 3DVCA 4QJ0A 2FOUA 3M2ZA 2FMGA 3T83A 3UYQA 3MMFA 4QJWA 3VBDA 1IF9A 3KIGA 3R17B 4KV0A 3M98A 5SZ6A 5EH7A 1ZE8A 4ZAOA 1CCUA 2X7UA 4L5VA 3JXHC 3M04A 1FR4A 5AMGA 3SBIA 5G03A 2QP6A 1H9QA 3CYUA 1CANA 1CAKA 3DCCA 1CAYA 1CNIA 4BF6A 3OYSA 4KP8A 3N3JA 4CNVA 4XE1A 3N0NA 5SZ5A 3L14A 3S8XA 1RZCA 3PJJA 4K13A 3DAZA 4Q7SA 3DV7A 4KP5A 3V2MA 3IEOA 1RAZA 4QJPA 5SZ4A 1RZAA 1CNCA 3OIKA 1FQLA 4QIYA 4E4AA 2NWZA 1HCBA 5FNLA 1EOUA 1IF6A 3P5LA 4HF3A 3U3AX 4WUPA 5AMDA 1I9QA 1BNQA 5FDCA 3R16A 1CNXA 1DCBA 4YVYA 3M5SA 4PYXA 5FL6A 3DC3A 3OIMA 4QK3A 5FLTA 4QSJA 1I9LA 1TB0X 1CALA 1DMYA 1CNBA 2VVBX 4PZHA 3P58A 3MNHA 1CNWA 1HVAA 1CVCA 3RYXB 3M1JA 3S78B 4K1QA 3KWAA 5G01A 4ZWIA 2HD6A 1YDDA 1TG3A 4K0SA 3TVNX 1BCDA 1RZDA 6CA2A 1BV3A 2POWA 3CAJA 3RG3A 4KAPA 3ZP9A 5JGTB 1Y7WA 4E3DA 1RAYA 4QK2A 1YDBA 1CNGA 1CAIA 2NWOA 2FOVA 3IBUA 5DSQA 3MHOA 1TTMA 5BRVA 4XIXA 2VVAX 5EKJA 1CA2A 4HEWA 3D9ZA 2WEJA 5E28A 1MOOA 3OY0A 5EIJA 4Q9YA 3S71B 5EKHA 4CA2A 1CAOA 1UGBA 4Q99A 5EOIA 1HUHA 1BN4A 1Z93A 1TBTX 5DOGA 3V3IB 3KS3A 3B4FA 5EH5A 3KOKA 3W6HA 3HFPA 5EHVA 4FU5A 1RZBA 4MTYA 4CQ0A 1CAZA 3MHLA 4Q0LA 3GZ0A 4QIZA 3RZ7A 2CBCA 2HNCA 3P55A 3UYNA 4E3FA 3M1WA 2FNNA 2ILIA 2WD3A 1CNJA 3OYQA 4JSSA 1CVEA 1BICA 5FDIA 4YGNA 3B1BA 3K7KA 1H9NA 3MZCA 1F2WA 3TMJA 2POVA 4MLTA 3MHCA 2EU2A 1ZGFA 5FLQA 1FSQA 4QJMA 2EZ7A 3P3HA 4CNXA 3NB5A 4MDMA 5EHEA 5G0CA 4UOVA 1A42A 4E3GA 3JXFA 2AX2A 4R59A 5CACA 3P4VA 4N0XB 5BRWA 4FL7A 3FFPX 2X7TA 4PQ7A 2NMXA 1H4NA 1BNTA 1BNUA 1UGAA 4M2VA 4Z0QA 2FW4A 4YGKA 3V5GA 5JG3B 3S76A 4QK1A 1BZMA 3FW3A 4QY3A 3T5UA 2FOYA 5FL5A 3M67A 3M5EA 4LHIA 3TVOX 5FLPA 1I9PA 3M2XA 1BNWA 1IF5A 5JEPB 4ITOA 4WW6A 4KUVA 3DA2A 5EHWA 1ZSBA 5DSLA 5FLOA 3HLJA 2WEHA 4KNMA 1KOPA 4GL1X 4M2RA 5C8IA 3PYKA 3V3FA 5CJFA 1DCAA 3BETA 3K2FA 3OILA 2CBDA 2NXTA 4TWMA 3S73B 3U7CA 5DSIA 5JGSB 4IWZA 4Y0JA 3DVDA 4XZ5A 3RG4A 3MWOA 4Q83A 1CA3A 3MDZA 1RZEA 1UGCA 3IBLA 3NJ9A 3F7BA 1G0EA 4QJOA 3DBUA 3S75B 3D93A 4BCWA 2IT4A 2NWPA 3RZ0B 4YGLA 3MNUA 2AW1A 4JSWA 3C7PA 1T9NA 5SZ1A 1HEAA 1BNVA 4HEZA 2CBEA 3RYZA 5DVXA 4ILXA 2FNKA 1BN3A 5A25A 1CRMA 3OKVA 5EKMA 3U45X 3KNEA 5FNKA 5J8ZA 1TG9A 3RYJB 1AVNA 4Q6EA 5DRSA 1I91A 1URTA 4XIWA 5FNMA 1G0FA 3PO6A 4RH2A 4Z1JA 4K0ZA 4RIUA 1YDCA 1TH9A 3CZVA 2CABA 4M2UA 4Q81A 3BL0A 4XFWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3M2N A;  4YXO A;  4Z1E A;  3V3J A;  3S9T A;  1V9E A;  4YYT A;  2NN7 A;  1KWQ A;  5BNL A;  5E5U A;  3OKU A;  1UGF A;  1IF8 A;  2FOQ A;  3KKX A;  3F4X A;  2HFW A;  5L6K A;  5DSK A;  1FSN A;  4Q6D A;  2FNM A;  4ETQ C;  3V3H B;  4WUQ A;  9CA2 A;  1CCT A;  1YO1 A;  5CLU A;  3JXG A;  5E2R A;  4DZ9 A;  5BRU A;  2Q38 A;  4YHA A;  4RUY A;  3DCS A;  4ZX1 A;  4Q7P A;  4Q90 A;  3MHI A;  12CA A;  2NNS A;  4ZWZ A;  1Z97 A;  5LMD A;  4CNR A;  2FOS A;  2NNV A;  3D92 A;  5FNI A;  5DSM A;  1IF4 A;  3DD8 A;  2Q1B A;  4KUW A;  5BYI A;  3HKT A;  4E49 A;  4MDG A;  4Q8Z A;  3MNI A;  1LG5 A;  4RFD A;  1V9I C;  3DC9 A;  1MUA A;  4PXX A;  4CAC A;  1G52 A;  1KOQ A;  4Q87 A;  1BN1 A;  1ZGE A;  5E2K A;  1KEQ A;  3Q31 A;  1G48 A;  4MLX A;  4MDL A;  1YO0 A;  3BL1 A;  3RYY A;  3RLD A;  2NXS A;  5DSN A;  3S97 A;  3M2Y A;  4G0C A;  5DSR A;  1TE3 X;  4K0T A;  4COQ A;  5FNH A;  4HT2 A;  5FNG A;  1OQ5 A;  4YGF A;  3T85 A;  3U47 A;  4QSA A;  3M40 A;  1DMX A;  3QYK A;  3IGP A;  3ML5 A;  1AM6 A;  1TEQ X;  2H4N A;  2H15 A;  1YDA A;  1I9M A;  1I90 A;  4E3H A;  3MNJ A;  4LU3 A;  4FIK A;  2W2J A;  2Q1Q A;  3HS4 A;  3T82 A;  1TEU X;  1CAJ A;  3EFI A;  4Q08 A;  4ZX0 A;  4C3T A;  4Q8Y A;  5G0B A;  1ZSA A;  4DZ7 A;  1I8Z A;  2ZNC A;  1G46 A;  2ABE A;  1XQ0 A;  4BF1 A;  3RJ7 A;  4ZWX A;  5CA2 A;  2QO8 A;  5AML A;  5E5R A;  3HKU A;  4G7A A;  3V3G B;  3SBH A;  2OSM A;  5FLS A;  2GEH A;  3EFT A;  4PYY A;  5JQ0 A;  3MNK A;  4QEF A;  2EU3 A;  2CA2 A;  3CA2 A;  3K34 A;  2CBA A;  4QSB A;  3IBI A;  4HT0 A;  4KNI A;  5DSO A;  1ZFK A;  5DSJ A;  5JG5 B;  3KOI A;  1CCS A;  3NI5 A;  5JQT A;  4Q07 A;  5E2S A;  4KNN A;  4Z1K A;  4R5B A;  1G45 A;  3D0N A;  4YXU A;  5JEH B;  1ZH9 A;  4LP6 A;  1CIL A;  1OKN A;  3F8E A;  1G4J A;  4QJX A;  4ZWY A;  4YX4 A;  5SZ7 A;  1THK A;  2NWY A;  3P5A A;  1AZM A;  4R5A A;  3M1K A;  2WD2 A;  3DCW A;  2X7S A;  1CZM A;  5E2N A;  1UGE A;  4Q49 A;  2QOA A;  1CNH A;  1FQN A;  3M5T A;  4Q78 A;  3MYQ A;  3DD0 A;  4Q7V A;  3S72 B;  5DSP A;  4HU1 A;  4JSA A;  1G4O A;  3HKN A;  4CNW A;  3V7X A;  5FLR A;  3HKQ A;  5EH8 A; 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 1CAH A;  1G54 A;  1RJ6 A;  4Q7W A;  1J9W A;  4Q09 A;  1CRA A;  1G53 A;  4E9O X;  5SZ2 A;  1RJ5 A;  1G3Z A;  3M3X A;  4JS6 A;  4YXI A;  5JES B;  1CAM A;  2FMZ A;  4QSI A;  7CA2 A;  3MNA A;  4RFC A;  1CNK A;  4N16 A;  1CVF A;  4HBA A;  4YGJ A;  4YWP A;  2GD8 A;  3SAP A;  5L3O A;  3ML2 A;  4ITP A;  4WR7 A;  1HEC A;  3F7U A;  3M1Q A;  3M96 A;  3RZ1 B;  2HKK A;  4RUZ A;  3FE4 A;  1JD0 A;  3V2J A;  2WEO A;  2HL4 A;  1CVA A;  1XEV A;  4MO8 A;  3DVC A;  4QJ0 A;  2FOU A;  3M2Z A;  2FMG A;  3T83 A;  3UYQ A;  3MMF A;  4QJW A;  3VBD A;  1IF9 A;  3KIG A;  3R17 B;  4KV0 A;  3M98 A;  5SZ6 A;  5EH7 A;  1ZE8 A;  4ZAO A;  1CCU A;  2X7U A;  4L5V A;  3JXH C;  3M04 A;  1FR4 A;  5AMG A;  3SBI A;  5G03 A;  2QP6 A;  1H9Q A;  3CYU A;  1CAN A;  1CAK A;  3DCC A;  1CAY A;  1CNI A;  4BF6 A;  3OYS A;  4KP8 A;  3N3J A;  4CNV A;  4XE1 A;  3N0N A;  5SZ5 A;  3L14 A;  3S8X A;  1RZC A;  3PJJ A;  4K13 A;  3DAZ A;  4Q7S A;  3DV7 A;  4KP5 A;  3V2M A;  3IEO A;  1RAZ A;  4QJP A;  5SZ4 A;  1RZA A;  1CNC A;  3OIK A;  1FQL A;  4QIY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3R16A

Total Genus

Knots found

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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