3RYZ | Genus

Total Genus 73

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	73
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	258
structure length	258
Chain Sequence	HHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__496411019645621__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__496411019645621__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ryz/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__496411019645621__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"496411019645621","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ryz/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__496411019645621__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Fluoroalkyl and alkyl chains have similar hydrophobicities in binding to the "hydrophobic wall" of carbonic anhydrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
total genus	73
structure length	258
sequence length	258
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3ryzA00

4QIZA 1DCBA 3EFTA 4HU1A 5EH7A 4JSWA 3UYNA 1BNQA 2WEJA 1IF8A 3MHMA 4FVOA 4CA2A 5SZ2A 1KWRA 4RH2A 5E5RA 3BL0A 3F8EA 4Q7PA 4YYTA 3U3AX 2QOAA 4HT2A 1FQNA 3KIGA 3S77B 5DVXA 1Y7WA 5JQ0A 1HEDA 3SAPA 4XE1A 1LUGA 2H4NA 3S97A 4QY3A 4MLTA 4Q7WA 5DSJA 2EZ7A 3UYQA 1KOPA 1G0FA 2WD2A 3IBIA 1CCSA 2EU3A 4XZ5A 1CVEA 1LGDA 3S73B 1YDBA 5FDCA 3OIMA 3ZNCA 1DMYA 3M2XA 1FQMA 5SZ4A 4CACA 5JEHB 1RJ6A 3OKUA 4E3HA 3MWOA 4Q99A 4JSZA 1G48A 2Q1QA 3NB5A 3P4VA 1HCAA 4QSJA 4ZX0A 1CAKA 5DOGA 1CAMA 2ILIA 2NXRA 5JESB 2VVBX 3V2JA 5DSNA 4HEYA 3IEOA 5FL6A 4RUYA 2HKKA 3MHIA 5CJFA 1LZVA 1CCUA 1CNGA 1OKMA 1RZCA 1RZEA 3GZ0A 4KNJA 3MHLA 3MNUA 3S74B 3V3HB 4QEFA 3M2NA 4FPTA 1CNBA 3M2ZA 1BNWA 5SZ0A 1CNHA 2CA2A 4Q7VA 3V3JA 3RG4A 4Q81A 5JGTB 2NWPA 2WEOA 5CACA 4PYYA 1CAYA 2FNMA 1ZSBA 4Q78A 12CAA 3DA2A 4YVYA 1OKLA 2WD3A 5DOHA 3SBHA 5EHVA 1CA2A 4YHAA 7CA2A 1BNMA 1CVAA 3D0NA 3EFIA 1FQLA 1I9QA 3HKUA 4BF1A 3RZ1B 4Q8YA 3RYXB 1H9QA 3P3JA 3M1JA 4QSIA 5G03A 4YGJA 3KOKA 3RYYA 4Z1KA 1FSNA 4M2RA 3L14A 3S76A 1Z97A 3M5TA 1J9WA 1JV0A 9CA2A 4WUQA 2NWOA 3PJJA 4WW6A 4MLXA 5LMDA 2VVAX 2NXTA 3KKXA 1CZMA 5DSOA 4RIUA 5CA2A 2HOCA 3P55A 1EOUA 1TEUX 3P58A 3MDZA 5FLQA 3T5ZA 1ZGFA 1CNXA 2FOYA 3SBIA 3IBNA 3HS4A 1HEAA 5JG3B 3NJ9A 3D93A 2FOSA 1KEQA 5E28A 4L5UA 2O4ZA 3U45X 4Q87A 3OKVA 5L6KA 5EKHA 3F7BA 3Q31A 1G53A 5EZTX 1G46A 1MOOA 3OIKA 4KUWA 3V5GA 4QJWA 1F2WA 1CAZA 5G0CA 3RYZA 3RLDA 4M2UA 1I8ZA 5AMLA 4YXUA 1OKNA 2FNNA 1RAYA 3DAZA 4XFWA 4QK3A 2ABEA 1I9PA 1RZAA 1UGAA 5AMGA 1ZH9A 3HFPA 4YGLA 3TVNX 3T5UA 5FL5A 3CYUA 3FFPX 4YXIA 1CANA 3P5LA 4L5WA 3HKTA 3MZCA 4QJ0A 4R59A 3M5SA 1CINA 5JDVB 4KP5A 3MNJA 4E9OX 3JXHC 4N16A 4COQA 2NNGA 3C7PA 3S9TA 2X7TA 4FRCA 3DBUA 3DC3A 2H15A 2QO8A 4Z1NA 4IWZA 3S75B 4M2VA 1TG3A 3KLDB 2IT4A 3ML5A 3JXGA 4E5QA 4Z1EA 4QJPA 5FLTA 1G54A 3M98A 3QYKA 2NWZA 3M1QA 1I90A 5C8IA 3MNIA 1IF9A 3DCWA 4Q7SA 3OYQA 3S72B 5EH5A 5DSRA 3P5AA 2HNCA 1DCAA 5FNHA 4RFCA 1HEBA 4WW8A 5SZ5A 4GL1X 1KWQA 4PXXA 4E49A 5E5UA 1CNCA 1H4NA 3IAIA 5EIJA 5G0BA 2NMXA 5JQTA 4Z0QA 2WEHA 5FNKA 4TWLA 1LG6A 1LG5A 5FNMA 3RZ5A 2FOVA 1ZGEA 5FLOA 4KUYA 3S71B 1G6VA 1CAHA 4HEZA 4HBAA 5FLSA 4QSAA 4RIVA 5BRUA 4Q06A 4E4AA 4UOVA 5DSMA 3M1KA 1TH9A 4ZAOA 1H9NA 3R17B 4FU5A 1BN1A 4R5BA 1BCDA 4KUVA 1ZNCA 4Q90A 1IF7A 3F4XA 2ZNCA 2GEHA 2EU2A 4TWMA 4QTLA 1DMXA 1MUAA 2Q38A 3LXEA 5FLPA 4C3TA 4XIXA 2FMGA 3U47A 4L5VA 1BNNA 1CAIA 4KP8A 1G1DA 3MNKA 4FL7A 5EOIA 2W2JA 3IBLA 4RUXA 5DSQA 4YWPA 3V7XA 2HL4A 4HF3A 5E2KA 1XPZA 4JS6A 1BV3A 3N3JA 5SZ6A 5CLUA 1I91A 3K7KA 3OILA 2X7SA 5SZ7A 5FNGA 1YDCA 2CABA 3BL1A 1UGFA 4QJXA 4ZWXA 1JCZA 1I9MA 3W6IA 4DZ7A 3CA2A 4ZWZA 4RN4A 3B1BA 3KONA 4BF6A 1HUHA 2HFWA 3T84A 1UGGA 1CNYA 1CA3A 1BN3A 1RAZA 2GD8A 1ZE8A 1RJ5A 4G0CA 3U7CA 3OYSA 3N0NA 4BCWA 5FNLA 2NNOA 4KAPA 4Y0JA 3RG3A 4Q83A 1CNWA 4YX4A 4IDRX 2CBCA 1G4JA 4LHIA 1ZSCA 5E2RA 3T85A 1CRAA 1G52A 1AVNA 4HEWA 4Q09A 1RZBA 1HECA 5FL4A 1BN4A 1UGDA 4ITPA 1ZFKA 2HD6A 3DD8A 4Q8XA 3VBDA 3W6HA 1CNKA 3HKNA 5FNJA 4MDLA 3K34A 1UGBA 4Q6DA 1G45A 3CZVA 4QSBA 1BNVA 3M1WA 4ZWIA 2WEGA 2OSMA 1XEVA 4YGNA 3CAJA 3RJ7A 3KNEA 4CNRA 1HCBA 1YDDA 4WR7A 3M3XA 4CNXA 4E3FA 3DC9A 3MNHA 1CAJA 1G4OA 1XQ0A 2NNSA 3JXFA 3KWAA 4K13A 4X5SA 4Q6EA 4QK2A 5BNLA 5EH8A 1CVCA 3S78B 2POWA 1CRMA 3RGEA 1A42A 3M5EA 1CVFA 1G3ZA 1UGCA 4Q8ZA 5DSPA 2F14A 3IGPA 4M2WA 2POUA 3T82A 1CCTA 1CVBA 4CQ0A 5J8ZA 3N2PA 4K1QA 3MYQA 6CA2A 4K0SA 4RFDA 3DCCA 1OQ5A 2FOQA 5EKJA 3V2MA 4Q49A 5FDIA 1I9NA 5JEPB 3R16A 4CNWA 4Q0LA 3NI5A 3F7UA 4Q07A 3M40A 4N0XB 1IF4A 1FR7A 1BNTA 1CVDA 3KS3A 4MDMA 4Q9YA 3OY0A 2NN7A 3B4FA 1CIMA 1AZMA 1JD0A 2NN1A 3DV7A 4ITOA 3MNAA 3RYJB 5HPJA 2FNKA 5A6HA 4Z1JA 1XEGA 2FMZA 4K0TA 4HT0A 5EKMA 3PYKA 3MHOA 5BRWA 2QP6A 2NNVA 3FW3A 5BYIA 1BZMA 2FOUA 4E3GA 1BNUA 3V3FA 5JEGB 3DVDA 1CALA 1YDAA 4FIKA 1KOQA 1TG9A 4WL4A 3M96A 1FLJA 1YO0A 5BRVA 3D8WA 2X7UA 1ZFQA 1CVHA 1CILA 1V9IC 2CBBA 3FE4A 3M67A 5E2SA 5E2NA 4JSAA 3RZ8A 1IF6A 5DSLA 3M14A 4QJOA 4KNMA 4XIWA 1IF5A 3IBUA 4ZWYA 5EHEA 1THKA 2NWYA 3P44A 4QIYA 3K2FA 4G7AA 3DVCA 1YO1A 3BETA 2NXSA 4QJMA 4KV0A 3MHCA 1HUGA 1TE3X 5EHWA 3DVBA 4PZHA 3TVOX 5DSKA 5JG5B 2OSFA 5A25A 3P3HA 3D92A 3M04A 3RZ0B 5SZ3A 5FNIA 3HKQA 2CBAA 5AMDA 1CNIA 1FR4A 5SZ1A 4LP6A 4E3DA 2Q1BA 1Z9YA 3T83A 1FSRA 3DCSA 3V3GB 1I9LA 3N4BA 5FLRA 4KNNA 3RYVB 1T9NA 3RZ7A 1TTMA 4Q08A 5DRSA 1TEQX 8CA2A 4YGKA 5JGSB 5DSIA 4WUPA 4FVNA 1YO2A 1TBTX 4R5AA 3M2YA 1ZSAA 2CBEA 3D9ZA 1BICA 4MTYA 4YGFA 2CBDA 5E2MA 3ZP9A 1UGEA 1Z93A 1G0EA 3ML2A 3HLJA 1AM6A 4JSSA 1I9OA 4ILXA 2AW1A 3DD0A 5IPZA 2AX2A 1RZDA 4DZ9A 3S8XA 1CAOA 4MDGA 4PYXA 3SAXA 4PQ7A 4ZX1A 2POVA 3V3IB 1CNJA 4KNIA 1TB0X 1FSQA 1HVAA 4YXOA 3MMFA 4ETQC 4K0ZA 1URTA 1V9EA 5L3OA 4CNVA 3PO6A 1FQRA 4MO8A 4QK1A 4RUZA 5G01A 3KOIA 3TMJA 4LU3A 2FW4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QIZ A;  1DCB A;  3EFT A;  4HU1 A;  5EH7 A;  4JSW A;  3UYN A;  1BNQ A;  2WEJ A;  1IF8 A;  3MHM A;  4FVO A;  4CA2 A;  5SZ2 A;  1KWR A;  4RH2 A;  5E5R A;  3BL0 A;  3F8E A;  4Q7P A;  4YYT A;  3U3A X;  2QOA A;  4HT2 A;  1FQN A;  3KIG A;  3S77 B;  5DVX A;  1Y7W A;  5JQ0 A;  1HED A;  3SAP A;  4XE1 A;  1LUG A;  2H4N A;  3S97 A;  4QY3 A;  4MLT A;  4Q7W A;  5DSJ A;  2EZ7 A;  3UYQ A;  1KOP A;  1G0F A;  2WD2 A;  3IBI A;  1CCS A;  2EU3 A;  4XZ5 A;  1CVE A;  1LGD A;  3S73 B;  1YDB A;  5FDC A;  3OIM A;  3ZNC A;  1DMY A;  3M2X A;  1FQM A;  5SZ4 A;  4CAC A;  5JEH B;  1RJ6 A;  3OKU A;  4E3H A;  3MWO A;  4Q99 A;  4JSZ A;  1G48 A;  2Q1Q A;  3NB5 A;  3P4V A;  1HCA A;  4QSJ A;  4ZX0 A;  1CAK A;  5DOG A;  1CAM A;  2ILI A;  2NXR A;  5JES B;  2VVB X;  3V2J A;  5DSN A;  4HEY A;  3IEO A;  5FL6 A;  4RUY A;  2HKK A;  3MHI A;  5CJF A;  1LZV A;  1CCU A;  1CNG A;  1OKM A;  1RZC A;  1RZE A;  3GZ0 A;  4KNJ A;  3MHL A;  3MNU A;  3S74 B;  3V3H B;  4QEF A;  3M2N A;  4FPT A;  1CNB A;  3M2Z A;  1BNW A;  5SZ0 A;  1CNH A;  2CA2 A;  4Q7V A;  3V3J A;  3RG4 A;  4Q81 A;  5JGT B;  2NWP A;  2WEO A;  5CAC A;  4PYY A;  1CAY A;  2FNM A;  1ZSB A;  4Q78 A;  12CA A;  3DA2 A;  4YVY A;  1OKL A;  2WD3 A;  5DOH A;  3SBH A;  5EHV A;  1CA2 A;  4YHA A;  7CA2 A;  1BNM A;  1CVA A;  3D0N A;  3EFI A;  1FQL A;  1I9Q A;  3HKU A;  4BF1 A;  3RZ1 B;  4Q8Y A;  3RYX B;  1H9Q A;  3P3J A;  3M1J A;  4QSI A;  5G03 A;  4YGJ A;  3KOK A;  3RYY A;  4Z1K A;  1FSN A;  4M2R A;  3L14 A;  3S76 A;  1Z97 A;  3M5T A;  1J9W A;  1JV0 A;  9CA2 A;  4WUQ A;  2NWO A;  3PJJ A;  4WW6 A;  4MLX A;  5LMD A;  2VVA X;  2NXT A;  3KKX A;  1CZM A;  5DSO A;  4RIU A;  5CA2 A;  2HOC A;  3P55 A;  1EOU A;  1TEU X;  3P58 A;  3MDZ A;  5FLQ A;  3T5Z A;  1ZGF A;  1CNX A;  2FOY A;  3SBI A;  3IBN A;  3HS4 A;  1HEA A;  5JG3 B;  3NJ9 A;  3D93 A;  2FOS A;  1KEQ A;  5E28 A;  4L5U A;  2O4Z A;  3U45 X;  4Q87 A;  3OKV A;  5L6K A;  5EKH A;  3F7B A;  3Q31 A;  1G53 A;  5EZT X;  1G46 A;  1MOO A;  3OIK A;  4KUW A;  3V5G A;  4QJW A;  1F2W A;  1CAZ A;  5G0C A;  3RYZ A;  3RLD A;  4M2U A;  1I8Z A;  5AML A;  4YXU A;  1OKN A;  2FNN A;  1RAY A;  3DAZ A;  4XFW A;  4QK3 A;  2ABE A;  1I9P A;  1RZA A;  1UGA A;  5AMG A;  1ZH9 A;  3HFP A;  4YGL A;  3TVN X;  3T5U A;  5FL5 A;  3CYU A;  3FFP X;  4YXI A;  1CAN A;  3P5L A;  4L5W A;  3HKT A;  3MZC A;  4QJ0 A;  4R59 A;  3M5S A;  1CIN A;  5JDV B;  4KP5 A;  3MNJ A;  4E9O X;  3JXH C;  4N16 A;  4COQ A;  2NNG A;  3C7P A;  3S9T A;  2X7T A;  4FRC A;  3DBU A;  3DC3 A;  2H15 A;  2QO8 A;  4Z1N A;  4IWZ A;  3S75 B;  4M2V A;  1TG3 A;  3KLD B;  2IT4 A;  3ML5 A;  3JXG A;  4E5Q A;  4Z1E A;  4QJP A;  5FLT A;  1G54 A;  3M98 A;  3QYK A;  2NWZ A;  3M1Q A;  1I90 A;  5C8I A;  3MNI A;  1IF9 A;  3DCW A;  4Q7S A;  3OYQ A;  3S72 B;  5EH5 A;  5DSR A;  3P5A A;  2HNC A;  1DCA A;  5FNH A;  4RFC A;  1HEB A;  4WW8 A;  5SZ5 A;  4GL1 X;  1KWQ A;  4PXX A;  4E49 A;  5E5U A;  1CNC A;  1H4N A;  3IAI A;  5EIJ A;  5G0B A;  2NMX A;  5JQT A;  4Z0Q A;  2WEH A;  5FNK A;  4TWL A;  1LG6 A;  1LG5 A;  5FNM A;  3RZ5 A;  2FOV A;  1ZGE A;  5FLO A;  4KUY A;  3S71 B;  1G6V A;  1CAH A;  4HEZ A;  4HBA A;  5FLS A;  4QSA A;  4RIV A;  5BRU A;  4Q06 A;  4E4A A;  4UOV A;  5DSM A;  3M1K A;  1TH9 A;  4ZAO A;  1H9N A;  3R17 B;  4FU5 A;  1BN1 A;  4R5B A;  1BCD A;  4KUV A;  1ZNC A;  4Q90 A;  1IF7 A;  3F4X A;  2ZNC A;  2GEH A;  2EU2 A;  4TWM A;  4QTL A;  1DMX A;  1MUA A;  2Q38 A;  3LXE A;  5FLP A;  4C3T A;  4XIX A;  2FMG A;  3U47 A;  4L5V A;  1BNN A;  1CAI A;  4KP8 A;  1G1D A;  3MNK A;  4FL7 A;  5EOI A;  2W2J A;  3IBL A;  4RUX A;  5DSQ A;  4YWP A;  3V7X A;  2HL4 A;  4HF3 A;  5E2K A;  1XPZ A;  4JS6 A;  1BV3 A;  3N3J A;  5SZ6 A;  5CLU A;  1I91 A;  3K7K A;  3OIL A;  2X7S A;  5SZ7 A;  5FNG A;  1YDC A;  2CAB A;  3BL1 A;  1UGF A;  4QJX A;  4ZWX A;  1JCZ A;  1I9M A;  3W6I A;  4DZ7 A;  3CA2 A;  4ZWZ A;  4RN4 A;  3B1B A;  3KON A;  4BF6 A;  1HUH A;  2HFW A;  3T84 A;  1UGG A;  1CNY A;  1CA3 A;  1BN3 A;  1RAZ A;  2GD8 A;  1ZE8 A;  1RJ5 A;  4G0C A;  3U7C A;  3OYS A;  3N0N A;  4BCW A;  5FNL A;  2NNO A;  4KAP A;  4Y0J A;  3RG3 A;  4Q83 A;  1CNW A;  4YX4 A;  4IDR X;  2CBC A;  1G4J A;  4LHI A;  1ZSC A;  5E2R A;  3T85 A;  1CRA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3RYZA

Total Genus

Knots found

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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